src/jalview/gui/ChimeraViewFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.ext.rbvi.chimera.ChimeraCommands;
  30 import jalview.ext.rbvi.chimera.JalviewChimeraBinding;
  31 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  32 import jalview.io.DataSourceType;
  33 import jalview.io.StructureFile;
  34 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  35 import jalview.util.BrowserLauncher;
  36 import jalview.util.MessageManager;
  37 import jalview.util.Platform;
  38 import jalview.ws.dbsources.Pdb;
  39
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.MouseAdapter;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.io.File;
  45 import java.io.FileInputStream;
  46 import java.io.IOException;
  47 import java.io.InputStream;
  48 import java.util.ArrayList;
  49 import java.util.Collections;
  50 import java.util.List;
  51 import java.util.Random;
  52
  53 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  54 import javax.swing.JInternalFrame;
  55 import javax.swing.JMenu;
  56 import javax.swing.JMenuItem;
  57 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  58 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  59
  60 /**
  61  * GUI elements for handling an external chimera display
  62  *
  63  * @author jprocter
  64  *
  65  */
  66 public class ChimeraViewFrame extends StructureViewerBase
  67 {
  68   private JalviewChimeraBinding jmb;
  69
  70   private IProgressIndicator progressBar = null;
  71
  72   /*
  73    * Path to Chimera session file. This is set when an open Jalview/Chimera
  74    * session is saved, or on restore from a Jalview project (if it holds the
  75    * filename of any saved Chimera sessions).
  76    */
  77   private String chimeraSessionFile = null;
  78
  79   private Random random = new Random();
  80
  81   private int myWidth = 500;
  82
  83   private int myHeight = 150;
  84
  85   /**
  86    * Initialise menu options.
  87    */
  88   @Override
  89   protected void initMenus()
  90   {
  91     super.initMenus();
  92
  93     viewerActionMenu.setText(MessageManager.getString("label.chimera"));
  94
  95     viewerColour
  96             .setText(MessageManager.getString("label.colour_with_chimera"));
  97     viewerColour.setToolTipText(MessageManager
  98             .getString("label.let_chimera_manage_structure_colours"));
  99
 100     helpItem.setText(MessageManager.getString("label.chimera_help"));
 101     savemenu.setVisible(false); // not yet implemented
 102     viewMenu.add(fitToWindow);
 103
 104     JMenuItem writeFeatures = new JMenuItem(
 105             MessageManager.getString("label.create_chimera_attributes"));
 106     writeFeatures.setToolTipText(MessageManager
 107             .getString("label.create_chimera_attributes_tip"));
 108     writeFeatures.addActionListener(new ActionListener()
 109     {
 110       @Override
 111       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 112       {
 113         sendFeaturesToChimera();
 114       }
 115     });
 116     viewerActionMenu.add(writeFeatures);
 117
 118     final JMenu fetchAttributes = new JMenu(
 119             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes"));
 120     fetchAttributes.setToolTipText(
 121             MessageManager.getString("label.fetch_chimera_attributes_tip"));
 122     fetchAttributes.addMouseListener(new MouseAdapter()
 123     {
 124
 125       @Override
 126       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 127       {
 128         buildAttributesMenu(fetchAttributes);
 129       }
 130     });
 131     viewerActionMenu.add(fetchAttributes);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * Query Chimera for its residue attribute names and add them as items off the
 136    * attributes menu
 137    *
 138    * @param attributesMenu
 139    */
 140   protected void buildAttributesMenu(JMenu attributesMenu)
 141   {
 142     List<String> atts = jmb.sendChimeraCommand("list resattr", true);
 143     if (atts == null)
 144     {
 145       return;
 146     }
 147     attributesMenu.removeAll();
 148     Collections.sort(atts);
 149     for (String att : atts)
 150     {
 151       final String attName = att.split(" ")[1];
 152
 153       /*
 154        * ignore 'jv_*' attributes, as these are Jalview features that have
 155        * been transferred to residue attributes in Chimera!
 156        */
 157       if (!attName.startsWith(ChimeraCommands.NAMESPACE_PREFIX))
 158       {
 159         JMenuItem menuItem = new JMenuItem(attName);
 160         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 161         {
 162           @Override
 163           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 164           {
 165             getChimeraAttributes(attName);
 166           }
 167         });
 168         attributesMenu.add(menuItem);
 169       }
 170     }
 171   }
 172
 173   /**
 174    * Read residues in Chimera with the given attribute name, and set as features
 175    * on the corresponding sequence positions (if any)
 176    *
 177    * @param attName
 178    */
 179   protected void getChimeraAttributes(String attName)
 180   {
 181     jmb.copyStructureAttributesToFeatures(attName, getAlignmentPanel());
 182   }
 183
 184   /**
 185    * Send a command to Chimera to create residue attributes for Jalview features
 186    * <p>
 187    * The syntax is: setattr r <attName> <attValue> <atomSpec>
 188    * <p>
 189    * For example: setattr r jv:chain "Ferredoxin-1, Chloroplastic" #0:94.A
 190    */
 191   protected void sendFeaturesToChimera()
 192   {
 193     int count = jmb.sendFeaturesToViewer(getAlignmentPanel());
 194     statusBar.setText(
 195             MessageManager.formatMessage("label.attributes_set", count));
 196   }
 197
 198   /**
 199    * open a single PDB structure in a new Chimera view
 200    *
 201    * @param pdbentry
 202    * @param seq
 203    * @param chains
 204    * @param ap
 205    */
 206   public ChimeraViewFrame(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
 207           String[] chains, final AlignmentPanel ap)
 208   {
 209     this();
 210
 211     openNewChimera(ap, new PDBEntry[] { pdbentry },
 212             new SequenceI[][]
 213             { seq });
 214   }
 215
 216   /**
 217    * Create a helper to manage progress bar display
 218    */
 219   protected void createProgressBar()
 220   {
 221     if (progressBar == null)
 222     {
 223       progressBar = new ProgressBar(statusPanel, statusBar);
 224     }
 225   }
 226
 227   private void openNewChimera(AlignmentPanel ap, PDBEntry[] pdbentrys,
 228           SequenceI[][] seqs)
 229   {
 230     createProgressBar();
 231     jmb = new JalviewChimeraBindingModel(this,
 232             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null);
 233     addAlignmentPanel(ap);
 234     useAlignmentPanelForColourbyseq(ap);
 235
 236     if (pdbentrys.length > 1)
 237     {
 238       useAlignmentPanelForSuperposition(ap);
 239     }
 240     jmb.setColourBySequence(true);
 241     setSize(myWidth, myHeight);
 242     initMenus();
 243
 244     addingStructures = false;
 245     worker = new Thread(this);
 246     worker.start();
 247
 248     this.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 249     {
 250       @Override
 251       public void internalFrameClosing(
 252               InternalFrameEvent internalFrameEvent)
 253       {
 254         closeViewer(false);
 255       }
 256     });
 257
 258   }
 259
 260   /**
 261    * Create a new viewer from saved session state data including Chimera session
 262    * file
 263    *
 264    * @param chimeraSessionFile
 265    * @param alignPanel
 266    * @param pdbArray
 267    * @param seqsArray
 268    * @param colourByChimera
 269    * @param colourBySequence
 270    * @param newViewId
 271    */
 272   public ChimeraViewFrame(String chimeraSessionFile,
 273           AlignmentPanel alignPanel, PDBEntry[] pdbArray,
 274           SequenceI[][] seqsArray, boolean colourByChimera,
 275           boolean colourBySequence, String newViewId)
 276   {
 277     this();
 278     setViewId(newViewId);
 279     this.chimeraSessionFile = chimeraSessionFile;
 280     openNewChimera(alignPanel, pdbArray, seqsArray);
 281     if (colourByChimera)
 282     {
 283       jmb.setColourBySequence(false);
 284       seqColour.setSelected(false);
 285       viewerColour.setSelected(true);
 286     }
 287     else if (colourBySequence)
 288     {
 289       jmb.setColourBySequence(true);
 290       seqColour.setSelected(true);
 291       viewerColour.setSelected(false);
 292     }
 293   }
 294
 295   /**
 296    * create a new viewer containing several structures, optionally superimposed
 297    * using the given alignPanel.
 298    *
 299    * @param pe
 300    * @param seqs
 301    * @param ap
 302    */
 303   public ChimeraViewFrame(PDBEntry[] pe, boolean alignAdded,
 304           SequenceI[][] seqs,
 305           AlignmentPanel ap)
 306   {
 307     this();
 308     setAlignAddedStructures(alignAdded);
 309     openNewChimera(ap, pe, seqs);
 310   }
 311
 312   /**
 313    * Default constructor
 314    */
 315   public ChimeraViewFrame()
 316   {
 317     super();
 318
 319     /*
 320      * closeViewer will decide whether or not to close this frame
 321      * depending on whether user chooses to Cancel or not
 322      */
 323     setDefaultCloseOperation(JInternalFrame.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 324   }
 325
 326   /**
 327    * Launch Chimera. If we have a chimera session file name, send Chimera the
 328    * command to open its saved session file.
 329    */
 330   void initChimera()
 331   {
 332     jmb.setFinishedInit(false);
 333     Desktop.addInternalFrame(this,
 334             jmb.getViewerTitle(getViewerName(), true), getBounds().width,
 335             getBounds().height);
 336
 337     if (!jmb.launchChimera())
 338     {
 339       JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
 340               MessageManager.getString("label.chimera_failed"),
 341               MessageManager.getString("label.error_loading_file"),
 342               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 343       this.dispose();
 344       return;
 345     }
 346
 347     if (this.chimeraSessionFile != null)
 348     {
 349       boolean opened = jmb.openSession(chimeraSessionFile);
 350       if (!opened)
 351       {
 352         System.err.println("An error occurred opening Chimera session file "
 353                 + chimeraSessionFile);
 354       }
 355     }
 356
 357     jmb.startChimeraListener();
 358   }
 359
 360   /**
 361    * Show only the selected chain(s) in the viewer
 362    */
 363   @Override
 364   void showSelectedChains()
 365   {
 366     List<String> toshow = new ArrayList<>();
 367     for (int i = 0; i < chainMenu.getItemCount(); i++)
 368     {
 369       if (chainMenu.getItem(i) instanceof JCheckBoxMenuItem)
 370       {
 371         JCheckBoxMenuItem item = (JCheckBoxMenuItem) chainMenu.getItem(i);
 372         if (item.isSelected())
 373         {
 374           toshow.add(item.getText());
 375         }
 376       }
 377     }
 378     jmb.showChains(toshow);
 379   }
 380
 381   /**
 382    * Close down this instance of Jalview's Chimera viewer, giving the user the
 383    * option to close the associated Chimera window (process). They may wish to
 384    * keep it open until they have had an opportunity to save any work.
 385    *
 386    * @param closeChimera
 387    *          if true, close any linked Chimera process; if false, prompt first
 388    */
 389   @Override
 390   public void closeViewer(boolean closeChimera)
 391   {
 392     if (jmb != null && jmb.isChimeraRunning())
 393     {
 394       if (!closeChimera)
 395       {
 396         String prompt = MessageManager
 397                 .formatMessage("label.confirm_close_chimera", new Object[]
 398                 { jmb.getViewerTitle(getViewerName(), false) });
 399         prompt = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, prompt);
 400         int confirm = JvOptionPane.showConfirmDialog(this, prompt,
 401                 MessageManager.getString("label.close_viewer"),
 402                 JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION);
 403         /*
 404          * abort closure if user hits escape or Cancel
 405          */
 406         if (confirm == JvOptionPane.CANCEL_OPTION
 407                 || confirm == JvOptionPane.CLOSED_OPTION)
 408         {
 409           return;
 410         }
 411         closeChimera = confirm == JvOptionPane.YES_OPTION;
 412       }
 413       jmb.closeViewer(closeChimera);
 414     }
 415     setAlignmentPanel(null);
 416     _aps.clear();
 417     _alignwith.clear();
 418     _colourwith.clear();
 419     // TODO: check for memory leaks where instance isn't finalised because jmb
 420     // holds a reference to the window
 421     jmb = null;
 422     dispose();
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Open any newly added PDB structures in Chimera, having first fetched data
 427    * from PDB (if not already saved).
 428    */
 429   @Override
 430   public void run()
 431   {
 432     _started = true;
 433     // todo - record which pdbids were successfully imported.
 434     StringBuilder errormsgs = new StringBuilder(128);
 435     StringBuilder files = new StringBuilder(128);
 436     List<PDBEntry> filePDB = new ArrayList<>();
 437     List<Integer> filePDBpos = new ArrayList<>();
 438     PDBEntry thePdbEntry = null;
 439     StructureFile pdb = null;
 440     try
 441     {
 442       String[] curfiles = jmb.getStructureFiles(); // files currently in viewer
 443       // TODO: replace with reference fetching/transfer code (validate PDBentry
 444       // as a DBRef?)
 445       for (int pi = 0; pi < jmb.getPdbCount(); pi++)
 446       {
 447         String file = null;
 448         thePdbEntry = jmb.getPdbEntry(pi);
 449         if (thePdbEntry.getFile() == null)
 450         {
 451           /*
 452            * Retrieve PDB data, save to file, attach to PDBEntry
 453            */
 454           file = fetchPdbFile(thePdbEntry);
 455           if (file == null)
 456           {
 457             errormsgs.append("'" + thePdbEntry.getId() + "' ");
 458           }
 459         }
 460         else
 461         {
 462           /*
 463            * Got file already - ignore if already loaded in Chimera.
 464            */
 465           file = new File(thePdbEntry.getFile()).getAbsoluteFile()
 466                   .getPath();
 467           if (curfiles != null && curfiles.length > 0)
 468           {
 469             addingStructures = true; // already files loaded.
 470             for (int c = 0; c < curfiles.length; c++)
 471             {
 472               if (curfiles[c].equals(file))
 473               {
 474                 file = null;
 475                 break;
 476               }
 477             }
 478           }
 479         }
 480         if (file != null)
 481         {
 482           filePDB.add(thePdbEntry);
 483           filePDBpos.add(Integer.valueOf(pi));
 484           files.append(" \"" + Platform.escapeBackslashes(file) + "\"");
 485         }
 486       }
 487     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 488     {
 489       new OOMWarning("Retrieving PDB files: " + thePdbEntry.getId(),
 490               oomerror);
 491     } catch (Exception ex)
 492     {
 493       ex.printStackTrace();
 494       errormsgs.append(
 495               "When retrieving pdbfiles for '" + thePdbEntry.getId() + "'");
 496     }
 497     if (errormsgs.length() > 0)
 498     {
 499
 500       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 501               MessageManager.formatMessage(
 502                       "label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved", new Object[]
 503                       { errormsgs.toString() }),
 504               MessageManager.getString("label.couldnt_load_file"),
 505               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 506     }
 507
 508     if (files.length() > 0)
 509     {
 510       jmb.setFinishedInit(false);
 511       if (!addingStructures)
 512       {
 513         try
 514         {
 515           initChimera();
 516         } catch (Exception ex)
 517         {
 518           Cache.log.error("Couldn't open Chimera viewer!", ex);
 519         }
 520       }
 521       int num = -1;
 522       for (PDBEntry pe : filePDB)
 523       {
 524         num++;
 525         if (pe.getFile() != null)
 526         {
 527           try
 528           {
 529             int pos = filePDBpos.get(num).intValue();
 530             long startTime = startProgressBar(getViewerName() + " "
 531                     + MessageManager.getString("status.opening_file_for")
 532                     + " " + pe.getId());
 533             jmb.openFile(pe);
 534             jmb.addSequence(pos, jmb.getSequence()[pos]);
 535             File fl = new File(pe.getFile());
 536             DataSourceType protocol = DataSourceType.URL;
 537             try
 538             {
 539               if (fl.exists())
 540               {
 541                 protocol = DataSourceType.FILE;
 542               }
 543             } catch (Throwable e)
 544             {
 545             } finally
 546             {
 547               stopProgressBar("", startTime);
 548             }
 549             // Explicitly map to the filename used by Chimera ;
 550
 551             pdb = jmb.getSsm().setMapping(jmb.getSequence()[pos],
 552                     jmb.getChains()[pos], pe.getFile(), protocol,
 553                     progressBar);
 554             stashFoundChains(pdb, pe.getFile());
 555
 556           } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 557           {
 558             new OOMWarning(
 559                     "When trying to open and map structures from Chimera!",
 560                     oomerror);
 561           } catch (Exception ex)
 562           {
 563             Cache.log.error(
 564                     "Couldn't open " + pe.getFile() + " in Chimera viewer!",
 565                     ex);
 566           } finally
 567           {
 568             Cache.log.debug("File locations are " + files);
 569           }
 570         }
 571       }
 572
 573       jmb.refreshGUI();
 574       jmb.setFinishedInit(true);
 575       jmb.setLoadingFromArchive(false);
 576
 577       /*
 578        * ensure that any newly discovered features (e.g. RESNUM)
 579        * are added to any open feature settings dialog
 580        */
 581       FeatureRenderer fr = getBinding().getFeatureRenderer(null);
 582       if (fr != null)
 583       {
 584         fr.featuresAdded();
 585       }
 586
 587       // refresh the sequence colours for the new structure(s)
 588       for (AlignmentViewPanel avp : _colourwith)
 589       {
 590         jmb.updateColours(avp);
 591       }
 592       // do superposition if asked to
 593       if (alignAddedStructures)
 594       {
 595         new Thread(new Runnable()
 596         {
 597           @Override
 598           public void run()
 599           {
 600             alignStructs_withAllAlignPanels();
 601           }
 602         }).start();
 603       }
 604       addingStructures = false;
 605     }
 606     _started = false;
 607     worker = null;
 608   }
 609
 610   /**
 611    * Fetch PDB data and save to a local file. Returns the full path to the file,
 612    * or null if fetch fails. TODO: refactor to common with Jmol ? duplication
 613    *
 614    * @param processingEntry
 615    * @return
 616    * @throws Exception
 617    */
 618
 619   private void stashFoundChains(StructureFile pdb, String file)
 620   {
 621     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 622     {
 623       String chid = new String(
 624               pdb.getId() + ":" + pdb.getChains().elementAt(i).id);
 625       jmb.getChainNames().add(chid);
 626       jmb.getChainFile().put(chid, file);
 627     }
 628   }
 629
 630   private String fetchPdbFile(PDBEntry processingEntry) throws Exception
 631   {
 632     String filePath = null;
 633     Pdb pdbclient = new Pdb();
 634     AlignmentI pdbseq = null;
 635     String pdbid = processingEntry.getId();
 636     long handle = System.currentTimeMillis()
 637             + Thread.currentThread().hashCode();
 638
 639     /*
 640      * Write 'fetching PDB' progress on AlignFrame as we are not yet visible
 641      */
 642     String msg = MessageManager.formatMessage("status.fetching_pdb",
 643             new Object[]
 644             { pdbid });
 645     getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 646     // long hdl = startProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 647     // "status.fetching_pdb", new Object[]
 648     // { pdbid }));
 649     try
 650     {
 651       pdbseq = pdbclient.getSequenceRecords(pdbid);
 652     } catch (OutOfMemoryError oomerror)
 653     {
 654       new OOMWarning("Retrieving PDB id " + pdbid, oomerror);
 655     } finally
 656     {
 657       msg = pdbid + " " + MessageManager.getString("label.state_completed");
 658       getAlignmentPanel().alignFrame.setProgressBar(msg, handle);
 659       // stopProgressBar(msg, hdl);
 660     }
 661     /*
 662      * If PDB data were saved and are not invalid (empty alignment), return the
 663      * file path.
 664      */
 665     if (pdbseq != null && pdbseq.getHeight() > 0)
 666     {
 667       // just use the file name from the first sequence's first PDBEntry
 668       filePath = new File(pdbseq.getSequenceAt(0).getAllPDBEntries()
 669               .elementAt(0).getFile()).getAbsolutePath();
 670       processingEntry.setFile(filePath);
 671     }
 672     return filePath;
 673   }
 674
 675   /**
 676    * Convenience method to update the progress bar if there is one. Be sure to
 677    * call stopProgressBar with the returned handle to remove the message.
 678    *
 679    * @param msg
 680    * @param handle
 681    */
 682   public long startProgressBar(String msg)
 683   {
 684     // TODO would rather have startProgress/stopProgress as the
 685     // IProgressIndicator interface
 686     long tm = random.nextLong();
 687     if (progressBar != null)
 688     {
 689       progressBar.setProgressBar(msg, tm);
 690     }
 691     return tm;
 692   }
 693
 694   /**
 695    * End the progress bar with the specified handle, leaving a message (if not
 696    * null) on the status bar
 697    *
 698    * @param msg
 699    * @param handle
 700    */
 701   public void stopProgressBar(String msg, long handle)
 702   {
 703     if (progressBar != null)
 704     {
 705       progressBar.setProgressBar(msg, handle);
 706     }
 707   }
 708
 709   @Override
 710   public void eps_actionPerformed(ActionEvent e)
 711   {
 712     throw new Error(MessageManager
 713             .getString("error.eps_generation_not_implemented"));
 714   }
 715
 716   @Override
 717   public void png_actionPerformed(ActionEvent e)
 718   {
 719     throw new Error(MessageManager
 720             .getString("error.png_generation_not_implemented"));
 721   }
 722
 723   @Override
 724   public void showHelp_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 725   {
 726     try
 727     {
 728       BrowserLauncher
 729               .openURL("https://www.cgl.ucsf.edu/chimera/docs/UsersGuide");
 730     } catch (IOException ex)
 731     {
 732     }
 733   }
 734
 735   @Override
 736   public AAStructureBindingModel getBinding()
 737   {
 738     return jmb;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * Ask Chimera to save its session to the designated file path, or to a
 743    * temporary file if the path is null. Returns the file path if successful,
 744    * else null.
 745    *
 746    * @param filepath
 747    * @see getStateInfo
 748    */
 749   protected String saveSession(String filepath)
 750   {
 751     String pathUsed = filepath;
 752     try
 753     {
 754       if (pathUsed == null)
 755       {
 756         File tempFile = File.createTempFile("chimera", ".py");
 757         tempFile.deleteOnExit();
 758         pathUsed = tempFile.getPath();
 759       }
 760       boolean result = jmb.saveSession(pathUsed);
 761       if (result)
 762       {
 763         this.chimeraSessionFile = pathUsed;
 764         return pathUsed;
 765       }
 766     } catch (IOException e)
 767     {
 768     }
 769     return null;
 770   }
 771
 772   /**
 773    * Returns a string representing the state of the Chimera session. This is
 774    * done by requesting Chimera to save its session to a temporary file, then
 775    * reading the file contents. Returns an empty string on any error.
 776    */
 777   @Override
 778   public String getStateInfo()
 779   {
 780     String sessionFile = saveSession(null);
 781     if (sessionFile == null)
 782     {
 783       return "";
 784     }
 785     InputStream is = null;
 786     try
 787     {
 788       File f = new File(sessionFile);
 789       byte[] bytes = new byte[(int) f.length()];
 790       is = new FileInputStream(sessionFile);
 791       is.read(bytes);
 792       return new String(bytes);
 793     } catch (IOException e)
 794     {
 795       return "";
 796     } finally
 797     {
 798       if (is != null)
 799       {
 800         try
 801         {
 802           is.close();
 803         } catch (IOException e)
 804         {
 805           // ignore
 806         }
 807       }
 808     }
 809   }
 810
 811   @Override
 812   protected void fitToWindow_actionPerformed()
 813   {
 814     jmb.focusView();
 815   }
 816
 817   @Override
 818   public ViewerType getViewerType()
 819   {
 820     return ViewerType.CHIMERA;
 821   }
 822
 823   @Override
 824   protected String getViewerName()
 825   {
 826     return "Chimera";
 827   }
 828
 829   /**
 830    * Sends commands to align structures according to associated alignment(s).
 831    *
 832    * @return
 833    */
 834   @Override
 835   protected String alignStructs_withAllAlignPanels()
 836   {
 837     String reply = super.alignStructs_withAllAlignPanels();
 838     statusBar.setText(
 839             reply == null ? " " : "Superposition failed: " + reply);
 840     return reply;
 841   }
 842
 843   @Override
 844   protected IProgressIndicator getIProgressIndicator()
 845   {
 846     return progressBar;
 847   }
 848 }