src/jalview/gui/ChimeraXViewFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.datamodel.StructureViewerModel;
  26 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  27
  28 /**
  29  * A class for the gui frame through which Jalview interacts with the ChimeraX
  30  * structure viewer. Mostly the same as ChimeraViewFrame with a few overrides
  31  * for the differences.
  32  *
  33  * @author gmcarstairs
  34  *
  35  */
  36 public class ChimeraXViewFrame extends ChimeraViewFrame
  37 {
  38
  39   public ChimeraXViewFrame(PDBEntry pdb, SequenceI[] seqsForPdb,
  40           String[] chains, AlignmentPanel ap)
  41   {
  42     super(pdb, seqsForPdb, chains, ap);
  43   }
  44
  45   public ChimeraXViewFrame(PDBEntry[] pdbsForFile, boolean superposeAdded,
  46           SequenceI[][] theSeqs, AlignmentPanel ap)
  47   {
  48     super(pdbsForFile, superposeAdded, theSeqs, ap);
  49   }
  50
  51   /**
  52    * Constructor given a session file to be loaded
  53    *
  54    * @param viewerData
  55    * @param alignPanel
  56    * @param sessionFile
  57    * @param vid
  58    */
  59   public ChimeraXViewFrame(StructureViewerModel viewerData,
  60           AlignmentPanel alignPanel, String sessionFile, String vid)
  61   {
  62     super(viewerData, alignPanel, sessionFile, vid);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public ViewerType getViewerType()
  67   {
  68     return ViewerType.CHIMERAX;
  69   }
  70
  71   @Override
  72   protected String getViewerName()
  73   {
  74     return "ChimeraX";
  75   }
  76
  77   @Override
  78   protected JalviewChimeraBindingModel newBindingModel(AlignmentPanel ap,
  79           PDBEntry[] pdbentrys, SequenceI[][] seqs)
  80   {
  81     return new JalviewChimeraXBindingModel(this,
  82             ap.getStructureSelectionManager(), pdbentrys, seqs, null);
  83   }
  84 }