src/jalview/gui/Console.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.GraphicsEnvironment;
  27 import java.awt.GridBagConstraints;
  28 import java.awt.GridBagLayout;
  29 import java.awt.Rectangle;
  30 import java.awt.Toolkit;
  31 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  32 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.MouseAdapter;
  36 import java.awt.event.MouseEvent;
  37 import java.awt.event.WindowAdapter;
  38 import java.awt.event.WindowEvent;
  39 import java.awt.event.WindowListener;
  40 import java.io.IOException;
  41 import java.io.PipedInputStream;
  42 import java.io.PipedOutputStream;
  43 import java.io.PrintStream;
  44
  45 import javax.swing.BorderFactory;
  46 import javax.swing.JButton;
  47 import javax.swing.JComboBox;
  48 import javax.swing.JFrame;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52 import javax.swing.JTextArea;
  53 import javax.swing.border.Border;
  54 import javax.swing.text.DefaultCaret;
  55
  56 import jalview.bin.Cache;
  57 import jalview.log.JLoggerI.LogLevel;
  58 import jalview.log.JLoggerLog4j;
  59 import jalview.log.JalviewAppender;
  60 import jalview.util.ChannelProperties;
  61 import jalview.util.MessageManager;
  62 import jalview.util.Platform;
  63
  64 /**
  65  * Simple Jalview Java Console. Version 1 - allows viewing of console output
  66  * after desktop is created. Acquired with thanks from RJHM's site
  67  * http://www.comweb.nl/java/Console/Console.html A simple Java Console for your
  68  * application (Swing version) Requires Java 1.1.5 or higher Disclaimer the use
  69  * of this source is at your own risk. Permision to use and distribute into your
  70  * own applications RJHM van den Bergh , rvdb@comweb.nl
  71  */
  72
  73 public class Console extends WindowAdapter
  74         implements WindowListener, ActionListener, Runnable
  75 {
  76   private JFrame frame;
  77
  78   private JTextArea textArea;
  79
  80   /*
  81    * unused - tally and limit for lines in console window int lines = 0;
  82    *
  83    * int lim = 1000;
  84    */
  85   int byteslim = 102400, bytescut = 76800; // 100k and 75k cut point.
  86
  87   private Thread reader, reader2, textAppender;
  88
  89   private boolean quit;
  90
  91   private final PrintStream stdout = System.out, stderr = System.err;
  92
  93   private PipedInputStream pin = new PipedInputStream();
  94
  95   private PipedInputStream pin2 = new PipedInputStream();
  96
  97   private StringBuffer displayPipe = new StringBuffer();
  98
  99   Thread errorThrower; // just for testing (Throws an Exception at this Console
 100
 101   // are we attached to some parent Desktop
 102   Desktop parent = null;
 103
 104   private int MIN_WIDTH = 300;
 105
 106   private int MIN_HEIGHT = 250;
 107
 108   private JComboBox<LogLevel> logLevelCombo = new JComboBox<LogLevel>();
 109
 110   protected LogLevel startingLogLevel = null;
 111
 112   public Console()
 113   {
 114     // create all components and add them
 115     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 116     frame = initFrame("Java Console", screenSize.width / 2,
 117             screenSize.height / 2, -1, -1);
 118     frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
 119     initConsole(true);
 120   }
 121
 122   private void initConsole(boolean visible)
 123   {
 124     initConsole(visible, true);
 125   }
 126
 127   /**
 128    *
 129    * @param visible
 130    *          - open the window
 131    * @param redirect
 132    *          - redirect std*
 133    */
 134   private void initConsole(boolean visible, boolean redirect)
 135   {
 136     // CutAndPasteTransfer cpt = new CutAndPasteTransfer();
 137     // textArea = cpt.getTextArea();
 138     textArea = new JTextArea();
 139     textArea.setEditable(false);
 140     // autoscroll
 141     DefaultCaret caret = (DefaultCaret) textArea.getCaret();
 142     caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE);
 143     // toggle autoscroll by clicking on the text area
 144     Border pausedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 2, 2, 2,
 145             textArea.getForeground());
 146     Border noBorder = BorderFactory.createEmptyBorder(2, 2, 2, 2);
 147     JScrollPane scrollPane = new JScrollPane(textArea);
 148     scrollPane.setBorder(noBorder);
 149     textArea.addMouseListener(new MouseAdapter()
 150     {
 151       @Override
 152       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 153       {
 154         if (e.getButton() == MouseEvent.BUTTON1)
 155         {
 156           if (caret.getUpdatePolicy() == DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE)
 157           {
 158             caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.NEVER_UPDATE);
 159             scrollPane.setBorder(pausedBorder);
 160           }
 161           else
 162           {
 163             caret.setUpdatePolicy(DefaultCaret.ALWAYS_UPDATE);
 164             textArea.setCaretPosition(textArea.getDocument().getLength());
 165             scrollPane.setBorder(noBorder);
 166           }
 167         }
 168       }
 169     });
 170
 171     JButton clearButton = new JButton(
 172             MessageManager.getString("action.clear"));
 173     JButton copyToClipboardButton = new JButton(
 174             MessageManager.getString("label.copy_to_clipboard"));
 175     copyToClipboardButton.addActionListener(new ActionListener()
 176     {
 177       @Override
 178       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 179       {
 180         copyConsoleTextToClipboard();
 181       }
 182     });
 183     copyToClipboardButton.addMouseListener(new MouseAdapter()
 184     {
 185       private Color bg = textArea.getBackground();
 186
 187       private Color fg = textArea.getForeground();
 188
 189       @Override
 190       public void mousePressed(MouseEvent e)
 191       {
 192         textArea.setBackground(textArea.getSelectionColor());
 193         textArea.setForeground(textArea.getSelectedTextColor());
 194       }
 195
 196       @Override
 197       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 198       {
 199         textArea.setBackground(bg);
 200         textArea.setForeground(fg);
 201       }
 202
 203     });
 204     copyToClipboardButton.setToolTipText(
 205             MessageManager.getString("label.copy_to_clipboard_tooltip"));
 206
 207     JLabel logLevelLabel = new JLabel(
 208             MessageManager.getString("label.log_level") + ":");
 209
 210     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ALL);
 211     logLevelCombo.addItem(LogLevel.TRACE);
 212     logLevelCombo.addItem(LogLevel.DEBUG);
 213     logLevelCombo.addItem(LogLevel.INFO);
 214     logLevelCombo.addItem(LogLevel.WARN);
 215     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ERROR);
 216     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.FATAL);
 217     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.ERROR);
 218     // logLevelCombo.addItem(LogLevel.OFF);
 219     // set startingLogLevel
 220     if (jalview.bin.Console.log == null)
 221     {
 222       try
 223       {
 224         startingLogLevel = LogLevel
 225                 .valueOf(Cache.getDefault(Cache.JALVIEWLOGLEVEL, null));
 226       } catch (IllegalArgumentException e1)
 227       {
 228         jalview.bin.Console.debug(
 229                 "Invalid value for preference " + Cache.JALVIEWLOGLEVEL);
 230       } catch (NullPointerException e2)
 231       {
 232         // no value in preferences
 233       } finally
 234       {
 235         if (startingLogLevel == null)
 236         {
 237           startingLogLevel = LogLevel.INFO;
 238         }
 239       }
 240     }
 241     else
 242     {
 243       startingLogLevel = jalview.bin.Console.log.getLevel();
 244     }
 245     setChosenLogLevelCombo();
 246     logLevelCombo.addActionListener(new ActionListener()
 247     {
 248       @Override
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 250       {
 251         if (jalview.bin.Console.log != null)
 252         {
 253           jalview.bin.Console.log
 254                   .setLevel((LogLevel) logLevelCombo.getSelectedItem());
 255         }
 256       }
 257
 258     });
 259
 260     // frame = cpt;
 261     frame.getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 262     frame.getContentPane().add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 263     JPanel southPanel = new JPanel();
 264     southPanel.setLayout(new GridBagLayout());
 265
 266     JPanel logLevelPanel = new JPanel();
 267     logLevelPanel.setAlignmentX(JPanel.LEFT_ALIGNMENT);
 268     logLevelPanel.add(logLevelLabel);
 269     logLevelPanel.add(logLevelCombo);
 270     String logLevelTooltip = MessageManager.formatMessage(
 271             "label.log_level_tooltip", startingLogLevel.toString());
 272     logLevelLabel.setToolTipText(logLevelTooltip);
 273     logLevelCombo.setToolTipText(logLevelTooltip);
 274
 275     GridBagConstraints gbc = new GridBagConstraints();
 276     gbc.gridx = 0;
 277     gbc.gridy = 0;
 278     gbc.gridwidth = 1;
 279     gbc.gridheight = 1;
 280     gbc.weightx = 0.1;
 281     southPanel.add(logLevelPanel, gbc);
 282
 283     gbc.gridx++;
 284     gbc.weightx = 0.8;
 285     gbc.fill = GridBagConstraints.HORIZONTAL;
 286     southPanel.add(clearButton, gbc);
 287
 288     gbc.gridx++;
 289     gbc.weightx = 0.1;
 290     gbc.fill = GridBagConstraints.NONE;
 291     southPanel.add(copyToClipboardButton, gbc);
 292
 293     southPanel.setVisible(true);
 294     frame.getContentPane().add(southPanel, BorderLayout.SOUTH);
 295     frame.setVisible(visible);
 296     updateConsole = visible;
 297     frame.addWindowListener(this);
 298     clearButton.addActionListener(this);
 299
 300     if (redirect)
 301     {
 302       redirectStreams();
 303     }
 304     else
 305     {
 306       unredirectStreams();
 307     }
 308     quit = false; // signals the Threads that they should exit
 309
 310     // Starting two seperate threads to read from the PipedInputStreams
 311     //
 312     reader = new Thread(this);
 313     reader.setDaemon(true);
 314     reader.start();
 315     //
 316     reader2 = new Thread(this);
 317     reader2.setDaemon(true);
 318     reader2.start();
 319     // and a thread to append text to the textarea
 320     textAppender = new Thread(this);
 321     textAppender.setDaemon(true);
 322     textAppender.start();
 323
 324     // set icons
 325     frame.setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
 326   }
 327
 328   private void setChosenLogLevelCombo()
 329   {
 330     setChosenLogLevelCombo(startingLogLevel);
 331   }
 332
 333   private void setChosenLogLevelCombo(LogLevel setLogLevel)
 334   {
 335     logLevelCombo.setSelectedItem(setLogLevel);
 336     if (!logLevelCombo.getSelectedItem().equals(setLogLevel))
 337     {
 338       // setLogLevel not (yet) in list
 339       if (setLogLevel != null && setLogLevel instanceof LogLevel)
 340       {
 341         // add new item to list (might be set via .jalview_properties)
 342         boolean added = false;
 343         for (int i = 0; i < logLevelCombo.getItemCount(); i++)
 344         {
 345           LogLevel l = logLevelCombo.getItemAt(i);
 346           if (l.compareTo(setLogLevel) >= 0)
 347           {
 348             logLevelCombo.insertItemAt(setLogLevel, i);
 349             added = true;
 350             break;
 351           }
 352         }
 353         if (!added) // lower priority than others or some confusion -- add to
 354                     // end of list
 355         {
 356           logLevelCombo.addItem(setLogLevel);
 357         }
 358         logLevelCombo.setSelectedItem(setLogLevel);
 359       }
 360       else
 361       {
 362         logLevelCombo.setSelectedItem(LogLevel.INFO);
 363       }
 364     }
 365   }
 366
 367   private void copyConsoleTextToClipboard()
 368   {
 369     String consoleText = textArea.getText();
 370     StringSelection consoleTextSelection = new StringSelection(consoleText);
 371     Clipboard cb = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 372     cb.setContents(consoleTextSelection, null);
 373   }
 374
 375   PipedOutputStream pout = null, perr = null;
 376
 377   public void redirectStreams()
 378   {
 379     if (pout == null)
 380     {
 381       try
 382       {
 383         pout = new PipedOutputStream(this.pin);
 384         System.setOut(new PrintStream(pout, true));
 385       } catch (java.io.IOException io)
 386       {
 387         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 388                 + io.getMessage());
 389         io.printStackTrace(stderr);
 390       } catch (SecurityException se)
 391       {
 392         textArea.append("Couldn't redirect STDOUT to this console\n"
 393                 + se.getMessage());
 394         se.printStackTrace(stderr);
 395       }
 396
 397       try
 398       {
 399         perr = new PipedOutputStream(this.pin2);
 400         System.setErr(new PrintStream(perr, true));
 401       } catch (java.io.IOException io)
 402       {
 403         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 404                 + io.getMessage());
 405         io.printStackTrace(stderr);
 406       } catch (SecurityException se)
 407       {
 408         textArea.append("Couldn't redirect STDERR to this console\n"
 409                 + se.getMessage());
 410         se.printStackTrace(stderr);
 411       }
 412     }
 413   }
 414
 415   public void unredirectStreams()
 416   {
 417     if (pout != null)
 418     {
 419       try
 420       {
 421         System.setOut(stdout);
 422         pout.flush();
 423         pout.close();
 424         pin = new PipedInputStream();
 425         pout = null;
 426       } catch (java.io.IOException io)
 427       {
 428         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 429                 + io.getMessage());
 430         io.printStackTrace(stderr);
 431       } catch (SecurityException se)
 432       {
 433         textArea.append("Couldn't unredirect STDOUT to this console\n"
 434                 + se.getMessage());
 435         se.printStackTrace(stderr);
 436       }
 437
 438       try
 439       {
 440         System.setErr(stderr);
 441         perr.flush();
 442         perr.close();
 443         pin2 = new PipedInputStream();
 444         perr = null;
 445       } catch (java.io.IOException io)
 446       {
 447         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 448                 + io.getMessage());
 449         io.printStackTrace(stderr);
 450       } catch (SecurityException se)
 451       {
 452         textArea.append("Couldn't unredirect STDERR to this console\n"
 453                 + se.getMessage());
 454         se.printStackTrace(stderr);
 455       }
 456     }
 457   }
 458
 459   public void test()
 460   {
 461     // testing part
 462     // you may omit this part for your application
 463     //
 464
 465     jalview.bin.Console.outPrintln("Hello World 2");
 466     jalview.bin.Console.outPrintln("All fonts available to Graphic2D:\n");
 467     GraphicsEnvironment ge = GraphicsEnvironment
 468             .getLocalGraphicsEnvironment();
 469     String[] fontNames = ge.getAvailableFontFamilyNames();
 470     for (int n = 0; n < fontNames.length; n++)
 471     {
 472       jalview.bin.Console.outPrintln(fontNames[n]);
 473     }
 474     // Testing part: simple an error thrown anywhere in this JVM will be printed
 475     // on the Console
 476     // We do it with a seperate Thread becasue we don't wan't to break a Thread
 477     // used by the Console.
 478     jalview.bin.Console.outPrintln("\nLets throw an error on this console");
 479     errorThrower = new Thread(this);
 480     errorThrower.setDaemon(true);
 481     errorThrower.start();
 482   }
 483
 484   private JFrame initFrame(String string, int i, int j, int x, int y)
 485   {
 486     JFrame frame = new JFrame(string);
 487     frame.setName(string);
 488     if (x == -1)
 489     {
 490       x = i / 2;
 491     }
 492     if (y == -1)
 493     {
 494       y = j / 2;
 495     }
 496     frame.setBounds(x, y, i, j);
 497     return frame;
 498   }
 499
 500   /**
 501    * attach a console to the desktop - the desktop will open it if requested.
 502    *
 503    * @param desktop
 504    */
 505   public Console(Desktop desktop)
 506   {
 507     parent = desktop;
 508     // window name - get x,y,width, height possibly scaled
 509     Rectangle bounds = parent.getLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_");
 510     if (bounds == null)
 511     {
 512       frame = initFrame(
 513               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
 514               parent.getWidth() / 2, parent.getHeight() / 4, parent.getX(),
 515               parent.getY());
 516     }
 517     else
 518     {
 519       frame = initFrame(
 520               ChannelProperties.getProperty("app_name") + " Java Console",
 521               bounds.width, bounds.height, bounds.x, bounds.y);
 522     }
 523     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 524     // parent.add(frame);
 525     initConsole(false);
 526     LogLevel level = (LogLevel) logLevelCombo.getSelectedItem();
 527     if (!Platform.isJS())
 528     {
 529       JalviewAppender jappender = new JalviewAppender(level);
 530       JalviewAppender.setTextArea(textArea);
 531       jappender.start();
 532       if (jalview.bin.Console.log != null
 533               && jalview.bin.Console.log instanceof JLoggerLog4j)
 534       {
 535         JLoggerLog4j.addAppender(jalview.bin.Console.log, jappender);
 536       }
 537     }
 538   }
 539
 540   public synchronized void stopConsole()
 541   {
 542     quit = true;
 543     this.notifyAll();
 544     /*
 545      * reader.notify(); reader2.notify(); if (errorThrower!=null)
 546      * errorThrower.notify(); // stop all threads if (textAppender!=null)
 547      * textAppender.notify();
 548      */
 549     if (pout != null)
 550     {
 551       try
 552       {
 553         reader.join(10);
 554         pin.close();
 555       } catch (Exception e)
 556       {
 557       }
 558       try
 559       {
 560         reader2.join(10);
 561         pin2.close();
 562       } catch (Exception e)
 563       {
 564       }
 565       try
 566       {
 567         textAppender.join(10);
 568       } catch (Exception e)
 569       {
 570       }
 571     }
 572     /*
 573     if (!frame.isVisible())
 574     {
 575       frame.dispose();
 576     }
 577     */
 578     // System.exit(0);
 579   }
 580
 581   @Override
 582   public synchronized void windowClosed(WindowEvent evt)
 583   {
 584     frame.setVisible(false);
 585     closeConsoleGui();
 586   }
 587
 588   private void closeConsoleGui()
 589   {
 590     updateConsole = false;
 591     if (parent == null)
 592     {
 593
 594       stopConsole();
 595     }
 596     else
 597     {
 598       parent.showConsole(false);
 599     }
 600   }
 601
 602   @Override
 603   public synchronized void windowClosing(WindowEvent evt)
 604   {
 605     frame.setVisible(false); // default behaviour of JFrame
 606     closeConsoleGui();
 607
 608     // frame.dispose();
 609   }
 610
 611   @Override
 612   public synchronized void actionPerformed(ActionEvent evt)
 613   {
 614     trimBuffer(true);
 615     // textArea.setText("");
 616   }
 617
 618   @Override
 619   public synchronized void run()
 620   {
 621     try
 622     {
 623       while (Thread.currentThread() == reader)
 624       {
 625         if (pin == null || pin.available() == 0)
 626         {
 627           try
 628           {
 629             this.wait(100);
 630             if (pin.available() == 0)
 631             {
 632               trimBuffer(false);
 633             }
 634           } catch (InterruptedException ie)
 635           {
 636           }
 637         }
 638
 639         while (pin.available() != 0)
 640         {
 641           String input = this.readLine(pin);
 642           stdout.print(input);
 643           long time = System.nanoTime();
 644           appendToTextArea(input);
 645           // stderr.println("Time taken to stdout append:\t"
 646           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 647           // lines++;
 648         }
 649         if (quit)
 650         {
 651           return;
 652         }
 653       }
 654
 655       while (Thread.currentThread() == reader2)
 656       {
 657         if (pin2.available() == 0)
 658         {
 659           try
 660           {
 661             this.wait(100);
 662             if (pin2.available() == 0)
 663             {
 664               trimBuffer(false);
 665             }
 666           } catch (InterruptedException ie)
 667           {
 668           }
 669         }
 670         while (pin2.available() != 0)
 671         {
 672           String input = this.readLine(pin2);
 673           stderr.print(input);
 674           long time = System.nanoTime();
 675           appendToTextArea(input);
 676           // stderr.println("Time taken to stderr append:\t"
 677           // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 678           // lines++;
 679         }
 680         if (quit)
 681         {
 682           return;
 683         }
 684       }
 685       while (Thread.currentThread() == textAppender)
 686       {
 687         if (updateConsole)
 688         {
 689           // check string buffer - if greater than console, clear console and
 690           // replace with last segment of content, otherwise, append all to
 691           // content.
 692           long count;
 693           while (displayPipe.length() > 0)
 694           {
 695             count = 0;
 696             StringBuffer tmp = new StringBuffer(), replace;
 697             synchronized (displayPipe)
 698             {
 699               replace = displayPipe;
 700               displayPipe = tmp;
 701             }
 702             // simply append whole buffer
 703             textArea.append(replace.toString());
 704             count += replace.length();
 705             if (count > byteslim)
 706             {
 707               trimBuffer(false);
 708             }
 709           }
 710           if (displayPipe.length() == 0)
 711           {
 712             try
 713             {
 714               this.wait(100);
 715               if (displayPipe.length() == 0)
 716               {
 717                 trimBuffer(false);
 718               }
 719             } catch (InterruptedException e)
 720             {
 721             }
 722           }
 723         }
 724         else
 725         {
 726           try
 727           {
 728             this.wait(100);
 729           } catch (InterruptedException e)
 730           {
 731
 732           }
 733         }
 734         if (quit)
 735         {
 736           return;
 737         }
 738
 739       }
 740     } catch (Exception e)
 741     {
 742       textArea.append("\nConsole reports an Internal error.");
 743       textArea.append("The error is: " + e.getMessage());
 744       // Need to uncomment this to ensure that line tally is synched.
 745       // lines += 2;
 746       stderr.println(
 747               "Console reports an Internal error.\nThe error is: " + e);
 748     }
 749
 750     // just for testing (Throw a Nullpointer after 1 second)
 751     if (Thread.currentThread() == errorThrower)
 752     {
 753       try
 754       {
 755         this.wait(1000);
 756       } catch (InterruptedException ie)
 757       {
 758       }
 759       throw new NullPointerException(
 760               MessageManager.getString("exception.application_test_npe"));
 761     }
 762   }
 763
 764   private void appendToTextArea(final String input)
 765   {
 766     if (updateConsole == false)
 767     {
 768       // do nothing;
 769       return;
 770     }
 771     long time = System.nanoTime();
 772     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 773     {
 774       @Override
 775       public void run()
 776       {
 777         displayPipe.append(input); // change to stringBuffer
 778         // displayPipe.flush();
 779
 780       }
 781     });
 782     // stderr.println("Time taken to Spawnappend:\t" + (System.nanoTime() -
 783     // time)
 784     // + " ns");
 785   }
 786
 787   private String header = null;
 788
 789   private boolean updateConsole = false;
 790
 791   private synchronized void trimBuffer(boolean clear)
 792   {
 793     if (header == null && textArea.getLineCount() > 5)
 794     {
 795       try
 796       {
 797         header = textArea.getText(0, textArea.getLineStartOffset(5))
 798                 + "\nTruncated...\n";
 799       } catch (Exception e)
 800       {
 801         e.printStackTrace();
 802       }
 803     }
 804     // trim the buffer
 805     int tlength = textArea.getDocument().getLength();
 806     if (header != null)
 807     {
 808       if (clear || (tlength > byteslim))
 809       {
 810         try
 811         {
 812           if (!clear)
 813           {
 814             long time = System.nanoTime();
 815             textArea.replaceRange(header, 0, tlength - bytescut);
 816             // stderr.println("Time taken to cut:\t"
 817             // + (System.nanoTime() - time) + " ns");
 818           }
 819           else
 820           {
 821             textArea.setText(header);
 822           }
 823         } catch (Exception e)
 824         {
 825           e.printStackTrace();
 826         }
 827         // lines = textArea.getLineCount();
 828       }
 829     }
 830
 831   }
 832
 833   public synchronized String readLine(PipedInputStream in)
 834           throws IOException
 835   {
 836     String input = "";
 837     int lp = -1;
 838     do
 839     {
 840       int available = in.available();
 841       if (available == 0)
 842       {
 843         break;
 844       }
 845       byte b[] = new byte[available];
 846       in.read(b);
 847       input = input + new String(b, 0, b.length);
 848       // counts lines - we don't do this for speed.
 849       // while ((lp = input.indexOf("\n", lp + 1)) > -1)
 850       // {
 851       // lines++;
 852       // }
 853     } while (!input.endsWith("\n") && !input.endsWith("\r\n") && !quit);
 854     return input;
 855   }
 856
 857   /**
 858    * @j2sIgnore
 859    * @param arg
 860    */
 861   public static void main(String[] arg)
 862   {
 863     new Console().test(); // create console with not reference
 864
 865   }
 866
 867   public void setVisible(boolean selected)
 868   {
 869     frame.setVisible(selected);
 870     if (selected == true)
 871     {
 872       setChosenLogLevelCombo();
 873       redirectStreams();
 874       updateConsole = true;
 875       frame.toFront();
 876     }
 877     else
 878     {
 879       // reset log level to what it was before
 880       if (jalview.bin.Console.log != null)
 881       {
 882         jalview.bin.Console.log.setLevel(startingLogLevel);
 883       }
 884
 885       unredirectStreams();
 886       updateConsole = false;
 887     }
 888   }
 889
 890   public Rectangle getBounds()
 891   {
 892     if (frame != null)
 893     {
 894       return frame.getBounds();
 895     }
 896     return null;
 897   }
 898
 899   /**
 900    * set the banner that appears at the top of the console output
 901    *
 902    * @param string
 903    */
 904   public void setHeader(String string)
 905   {
 906     header = string;
 907     if (header.charAt(header.length() - 1) != '\n')
 908     {
 909       header += "\n";
 910     }
 911     textArea.insert(header, 0);
 912   }
 913
 914   /**
 915    * get the banner
 916    *
 917    * @return
 918    */
 919   public String getHeader()
 920   {
 921     return header;
 922   }
 923 }