src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  27 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  28 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.AlignmentFileReaderI;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.DataSourceType;
  36 import jalview.io.FileFormatException;
  37 import jalview.io.FileFormatI;
  38 import jalview.io.FormatAdapter;
  39 import jalview.io.IdentifyFile;
  40 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  41 import jalview.io.JalviewFileView;
  42 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  43 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  44 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  45 import jalview.util.MessageManager;
  46
  47 import java.awt.Toolkit;
  48 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  49 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  50 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  51 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.MouseEvent;
  55 import java.io.FileWriter;
  56 import java.io.IOException;
  57 import java.io.PrintWriter;
  58
  59 import javax.swing.JMenuItem;
  60 import javax.swing.JPopupMenu;
  61 import javax.swing.SwingUtilities;
  62
  63 /**
  64  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  65  *
  66  * @author $author$
  67  * @version $Revision$
  68  */
  69 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  70 {
  71
  72   AlignmentViewPanel alignpanel;
  73
  74   AlignViewportI viewport;
  75
  76   AlignmentFileReaderI source = null;
  77
  78   public CutAndPasteTransfer()
  79   {
  80     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  81     {
  82       @Override
  83       public void run()
  84       {
  85         textarea.requestFocus();
  86       }
  87     });
  88
  89   }
  90
  91   /**
  92    * DOCUMENT ME!
  93    */
  94   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  95   {
  96     this.alignpanel = viewpanel;
  97     if (alignpanel != null)
  98     {
  99       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
 100     }
 101     if (viewport != null)
 102     {
 103       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
 104     }
 105
 106     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 107   }
 108
 109   /**
 110    * DOCUMENT ME!
 111    *
 112    * @return DOCUMENT ME!
 113    */
 114   public String getText()
 115   {
 116     return textarea.getText();
 117   }
 118
 119   /**
 120    * DOCUMENT ME!
 121    *
 122    * @param text
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    */
 125   public void setText(String text)
 126   {
 127     textarea.setText(text);
 128   }
 129
 130   public void appendText(String text)
 131   {
 132     textarea.append(text);
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 137   {
 138     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 139             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 140
 141     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 142     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 143     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 144             .getString("label.save_text_to_file"));
 145     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 146
 147     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 148
 149     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 150     {
 151       try
 152       {
 153         PrintWriter out = new PrintWriter(new FileWriter(
 154                 chooser.getSelectedFile()));
 155
 156         out.print(getText());
 157         out.close();
 158       } catch (Exception ex)
 159       {
 160         ex.printStackTrace();
 161       }
 162
 163     }
 164   }
 165
 166   /**
 167    * DOCUMENT ME!
 168    *
 169    * @param e
 170    *          DOCUMENT ME!
 171    */
 172   @Override
 173   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 174   {
 175     textarea.getSelectedText();
 176     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 177     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 178   }
 179
 180   /**
 181    * DOCUMENT ME!
 182    *
 183    * @param e
 184    *          DOCUMENT ME!
 185    */
 186   @Override
 187   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 188   {
 189     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 190     Transferable contents = c.getContents(this);
 191
 192     if (contents == null)
 193     {
 194       return;
 195     }
 196
 197     try
 198     {
 199       textarea.append((String) contents
 200               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 201     } catch (Exception ex)
 202     {
 203     }
 204   }
 205
 206   /**
 207    * DOCUMENT ME!
 208    *
 209    * @param e
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    */
 212   @Override
 213   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 214   {
 215     String text = getText();
 216     if (text.trim().length() < 1)
 217     {
 218       return;
 219     }
 220
 221     FileFormatI format = null;
 222     try
 223     {
 224       format = new IdentifyFile().identify(text, DataSourceType.PASTE);
 225     } catch (FileFormatException e1)
 226     {
 227       // leave as null
 228     }
 229     if (format == null)
 230     {
 231       System.err.println(MessageManager
 232               .getString("label.couldnt_read_data"));
 233       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 234       {
 235         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 236                 AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 237                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 238                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 239       }
 240       return;
 241     }
 242
 243     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 244     AlignmentI al = null;
 245
 246     try
 247     {
 248       FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 249       al = fa.readFile(getText(), DataSourceType.PASTE, format);
 250       source = fa.getAlignFile();
 251
 252     } catch (IOException ex)
 253     {
 254       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
 255               .formatMessage("label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 256               { ex.toString() }), MessageManager
 257               .getString("label.error_parsing_text"),
 258               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 259     }
 260
 261     if (al != null && al.hasValidSequence())
 262     {
 263       String title = MessageManager.formatMessage(
 264               "label.input_cut_paste_params",
 265               new String[] { format.getName() });
 266       FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 267               .getFeatureColourScheme();
 268
 269       /*
 270        * if the view panel was closed its alignment is nulled
 271        * and this is an orphaned cut and paste window
 272        */
 273       if (viewport != null && viewport.getAlignment() != null)
 274       {
 275         if (proxyColourScheme != null)
 276         {
 277           viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 278         }
 279         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 280       }
 281       else
 282       {
 283
 284         AlignFrame af;
 285         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 286         {
 287           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 288                   .getColumnSelection();
 289           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 290                   .getHiddenSequences();
 291           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 292                   .isShowSeqFeatures();
 293           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 294                   .getGlobalColourScheme();
 295           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 296                   .getDisplayedFeatures();
 297           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 298                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 299           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 300           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 301           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 302                   colourSchemeName, al);
 303           if (cs != null)
 304           {
 305             af.changeColour(cs);
 306           }
 307         }
 308         else
 309         {
 310           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 311                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 312           if (source instanceof FeaturesSourceI)
 313           {
 314             af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 315           }
 316         }
 317         if (proxyColourScheme != null)
 318         {
 319           af.getViewport().applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 320         }
 321         af.currentFileFormat = format;
 322         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 323                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 324         af.statusBar.setText(MessageManager
 325                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 326
 327         try
 328         {
 329           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 330                   false));
 331         } catch (Exception ex)
 332         {
 333         }
 334       }
 335     }
 336     else
 337     {
 338       System.err.println(MessageManager
 339               .getString("label.couldnt_read_data"));
 340       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 341       {
 342         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 343                 AppletFormatAdapter.getSupportedFormats(),
 344                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 345                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 346       }
 347     }
 348   }
 349
 350   /**
 351    * DOCUMENT ME!
 352    *
 353    * @param e
 354    *          DOCUMENT ME!
 355    */
 356   @Override
 357   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 358   {
 359     try
 360     {
 361       this.setClosed(true);
 362     } catch (Exception ex)
 363     {
 364     }
 365   }
 366
 367   @Override
 368   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 369   {
 370     /*
 371      * isPopupTrigger is checked in mousePressed on Mac,
 372      * in mouseReleased on Windows
 373      */
 374     if (e.isPopupTrigger())
 375     {
 376       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 377               MessageManager.getString("action.edit"));
 378       JMenuItem item = new JMenuItem(
 379               MessageManager.getString("action.copy"));
 380       item.addActionListener(new ActionListener()
 381       {
 382         @Override
 383         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 384         {
 385           copyItem_actionPerformed(e);
 386         }
 387       });
 388       popup.add(item);
 389       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 390       item.addActionListener(new ActionListener()
 391       {
 392         @Override
 393         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 394         {
 395           pasteMenu_actionPerformed(e);
 396         }
 397       });
 398       popup.add(item);
 399       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 400
 401     }
 402   }
 403
 404 }