Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / gui / CutAndPasteTransfer.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.io.*;\r
24 \r
25 import jalview.jbgui.*;\r
26 \r
27 import java.awt.*;\r
28 import java.awt.datatransfer.*;\r
29 import java.awt.event.*;\r
30 \r
31 import javax.swing.*;\r
32 \r
33 \r
34 /**\r
35  * DOCUMENT ME!\r
36  *\r
37  * @author $author$\r
38  * @version $Revision$\r
39  */\r
40 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer\r
41 {\r
42 \r
43   AlignViewport viewport;\r
44 \r
45   public CutAndPasteTransfer()\r
46   {\r
47     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
48     {\r
49       public void run()\r
50       {\r
51         textarea.requestFocus();\r
52       }\r
53     });\r
54 \r
55   }\r
56 \r
57     /**\r
58      * DOCUMENT ME!\r
59      */\r
60     public void setForInput(AlignViewport viewport)\r
61     {\r
62       this.viewport = viewport;\r
63       getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
64     }\r
65 \r
66     /**\r
67      * DOCUMENT ME!\r
68      *\r
69      * @return DOCUMENT ME!\r
70      */\r
71     public String getText()\r
72     {\r
73         return textarea.getText();\r
74     }\r
75 \r
76     /**\r
77      * DOCUMENT ME!\r
78      *\r
79      * @param text DOCUMENT ME!\r
80      */\r
81     public void setText(String text)\r
82     {\r
83         textarea.setText(text);\r
84     }\r
85 \r
86     public void appendText(String text)\r
87     {\r
88       textarea.append(text);\r
89     }\r
90 \r
91 \r
92     public void save_actionPerformed(ActionEvent e)\r
93     {\r
94       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(\r
95           jalview.bin.Cache.getProperty(\r
96               "LAST_DIRECTORY"));\r
97 \r
98       chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);\r
99       chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
100       chooser.setDialogTitle("Save Text to File");\r
101       chooser.setToolTipText("Save");\r
102 \r
103       int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
104 \r
105       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
106       {\r
107         try\r
108         {\r
109           java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(\r
110               new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));\r
111 \r
112           out.print(getText());\r
113           out.close();\r
114         }\r
115         catch (Exception ex)\r
116         {\r
117           ex.printStackTrace();\r
118         }\r
119 \r
120       }\r
121     }\r
122 \r
123 \r
124 \r
125     /**\r
126      * DOCUMENT ME!\r
127      *\r
128      * @param e DOCUMENT ME!\r
129      */\r
130     public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
131     {\r
132         textarea.getSelectedText();\r
133         Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
134         c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);\r
135     }\r
136 \r
137     /**\r
138      * DOCUMENT ME!\r
139      *\r
140      * @param e DOCUMENT ME!\r
141      */\r
142     public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
143     {\r
144         Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();\r
145         Transferable contents = c.getContents(this);\r
146 \r
147         if (contents == null)\r
148         {\r
149             return;\r
150         }\r
151 \r
152         try\r
153         {\r
154             textarea.append((String) contents.getTransferData(\r
155                     DataFlavor.stringFlavor));\r
156         }\r
157         catch (Exception ex)\r
158         {\r
159         }\r
160     }\r
161 \r
162     /**\r
163      * DOCUMENT ME!\r
164      *\r
165      * @param e DOCUMENT ME!\r
166      */\r
167     public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)\r
168     {\r
169         String format = new IdentifyFile().Identify(getText(), "Paste");\r
170         SequenceI[] sequences = null;\r
171 \r
172         if (FormatAdapter.isValidFormat(format))\r
173         {\r
174           try{\r
175             sequences = new FormatAdapter().readFile(getText(), "Paste", format);\r
176           }catch(java.io.IOException ex)\r
177           {\r
178             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
179                                                   "Couldn't read the pasted text.\n" +ex.toString(),\r
180                                                   "Error parsing text",\r
181                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
182           }\r
183         }\r
184 \r
185         if (sequences != null)\r
186         {\r
187           if(viewport!=null)\r
188           {\r
189             for(int i=0; i<sequences.length; i++)\r
190               viewport.getAlignment().addSequence(sequences[i]);\r
191 \r
192             viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment().getSequences());\r
193           }\r
194           else\r
195           {\r
196             AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences),\r
197                                            AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
198                                            AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
199             af.currentFileFormat = format;\r
200             Desktop.addInternalFrame(af, "Cut & Paste input - " + format,\r
201                                      AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,\r
202                                      AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);\r
203             af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");\r
204 \r
205             try\r
206             {\r
207               af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));\r
208             }\r
209             catch (Exception ex)\r
210             {\r
211             }\r
212           }\r
213         }\r
214     }\r
215 \r
216     /**\r
217      * DOCUMENT ME!\r
218      *\r
219      * @param e DOCUMENT ME!\r
220      */\r
221     public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
222     {\r
223         try\r
224         {\r
225             this.setClosed(true);\r
226         }\r
227         catch (Exception ex)\r
228         {\r
229         }\r
230     }\r
231 \r
232     public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)\r
233     {\r
234       if(SwingUtilities.isRightMouseButton(e))\r
235       {\r
236         JPopupMenu popup = new JPopupMenu("Edit");\r
237         JMenuItem item = new JMenuItem("Copy");\r
238         item.addActionListener(new ActionListener()\r
239             {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
240                   {\r
241                     copyItem_actionPerformed(e);\r
242                   }\r
243             });\r
244         popup.add(item);\r
245         item = new JMenuItem("Paste");\r
246         item.addActionListener(new ActionListener()\r
247             {public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
248                   {\r
249                     pasteMenu_actionPerformed(e);\r
250                   }\r
251             });\r
252         popup.add(item);\r
253         popup.show(this, e.getX()+10, e.getY()+textarea.getY()+40);\r
254 \r
255       }\r
256     }\r
257 \r
258 }\r