src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  32 import jalview.io.FileParse;
  33 import jalview.io.FormatAdapter;
  34 import jalview.io.IdentifyFile;
  35 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  36 import jalview.io.JalviewFileView;
  37 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Toolkit;
  42 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  43 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  44 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  45 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  46 import java.awt.event.ActionEvent;
  47 import java.awt.event.ActionListener;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49
  50 import javax.swing.JMenuItem;
  51 import javax.swing.JOptionPane;
  52 import javax.swing.JPopupMenu;
  53 import javax.swing.SwingUtilities;
  54
  55 /**
  56  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  57  *
  58  * @author $author$
  59  * @version $Revision$
  60  */
  61 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  62 {
  63
  64   AlignmentViewPanel alignpanel;
  65
  66   AlignViewportI viewport;
  67
  68   FileParse source = null;
  69   public CutAndPasteTransfer()
  70   {
  71     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  72     {
  73       public void run()
  74       {
  75         textarea.requestFocus();
  76       }
  77     });
  78
  79   }
  80
  81   /**
  82    * DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  85   {
  86     this.alignpanel = viewpanel;
  87     if (alignpanel != null)
  88     {
  89       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  90     }
  91     if (viewport != null)
  92     {
  93       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  94     }
  95
  96     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  97   }
  98
  99   /**
 100    * DOCUMENT ME!
 101    *
 102    * @return DOCUMENT ME!
 103    */
 104   public String getText()
 105   {
 106     return textarea.getText();
 107   }
 108
 109   /**
 110    * DOCUMENT ME!
 111    *
 112    * @param text
 113    *          DOCUMENT ME!
 114    */
 115   public void setText(String text)
 116   {
 117     textarea.setText(text);
 118   }
 119
 120   public void appendText(String text)
 121   {
 122     textarea.append(text);
 123   }
 124
 125   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 126   {
 127     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 128             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 129
 130     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 131     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 132     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 133     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 134
 135     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 136
 137     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 138     {
 139       try
 140       {
 141         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 142                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 143
 144         out.print(getText());
 145         out.close();
 146       } catch (Exception ex)
 147       {
 148         ex.printStackTrace();
 149       }
 150
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param e
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    */
 160   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 161   {
 162     textarea.getSelectedText();
 163     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 164     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 165   }
 166
 167   /**
 168    * DOCUMENT ME!
 169    *
 170    * @param e
 171    *          DOCUMENT ME!
 172    */
 173   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 174   {
 175     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 176     Transferable contents = c.getContents(this);
 177
 178     if (contents == null)
 179     {
 180       return;
 181     }
 182
 183     try
 184     {
 185       textarea.append((String) contents
 186               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 187     } catch (Exception ex)
 188     {
 189     }
 190   }
 191
 192   /**
 193    * DOCUMENT ME!
 194    *
 195    * @param e
 196    *          DOCUMENT ME!
 197    */
 198   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 199   {
 200     String text = getText();
 201     if (text.trim().length() < 1)
 202     {
 203       return;
 204     }
 205
 206     String format = new IdentifyFile().Identify(text, "Paste");
 207     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 208     {
 209       System.err.println(MessageManager
 210               .getString("label.couldnt_read_data"));
 211       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 212       {
 213         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 214                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 215                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 216                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 217       }
 218       return;
 219     }
 220
 221     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 222     AlignmentI al = null;
 223
 224     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 225     {
 226       try
 227       {
 228         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 229         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 230         source = fa.getAlignFile();
 231
 232       } catch (java.io.IOException ex)
 233       {
 234         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 235                 MessageManager.formatMessage(
 236                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 237                         { ex.toString() }), MessageManager
 238                         .getString("label.error_parsing_text"),
 239                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 240       }
 241     }
 242
 243     if (al != null && al.hasValidSequence())
 244     {
 245       String title = MessageManager.formatMessage(
 246               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 247               { format });
 248       if (viewport != null)
 249       {
 250         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 251       }
 252       else
 253       {
 254
 255         AlignFrame af;
 256         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 257         {
 258           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 259                   .getColumnSelection();
 260           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 261                   .getHiddenSequences();
 262           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 263                   .isShowSeqFeatures();
 264           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 265           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 266                   .getDisplayedFeatures();
 267           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 268                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 269                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 270           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 271           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 272           af.changeColour(cs);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 277                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 278         }
 279
 280         af.currentFileFormat = format;
 281         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 282                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 283         af.statusBar.setText(MessageManager
 284                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 285
 286         try
 287         {
 288           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 289                   false));
 290         } catch (Exception ex)
 291         {
 292         }
 293       }
 294     }
 295     else
 296     {
 297       System.err.println(MessageManager
 298               .getString("label.couldnt_read_data"));
 299       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 300       {
 301         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 302                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 303                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 304                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 305       }
 306     }
 307   }
 308
 309
 310   /**
 311    * DOCUMENT ME!
 312    *
 313    * @param e
 314    *          DOCUMENT ME!
 315    */
 316   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 317   {
 318     try
 319     {
 320       this.setClosed(true);
 321     } catch (Exception ex)
 322     {
 323     }
 324   }
 325
 326   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 327   {
 328     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 329     {
 330       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 331               MessageManager.getString("action.edit"));
 332       JMenuItem item = new JMenuItem(
 333               MessageManager.getString("action.copy"));
 334       item.addActionListener(new ActionListener()
 335       {
 336         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 337         {
 338           copyItem_actionPerformed(e);
 339         }
 340       });
 341       popup.add(item);
 342       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 343       item.addActionListener(new ActionListener()
 344       {
 345         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 346         {
 347           pasteMenu_actionPerformed(e);
 348         }
 349       });
 350       popup.add(item);
 351       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 352
 353     }
 354   }
 355
 356 }