src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  27 import jalview.bin.Jalview;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.io.FileParse;
  32 import jalview.io.FormatAdapter;
  33 import jalview.io.IdentifyFile;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  37 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  38 import jalview.util.MessageManager;
  39
  40 import java.awt.Toolkit;
  41 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  42 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  43 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  44 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  45 import java.awt.event.ActionEvent;
  46 import java.awt.event.ActionListener;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48
  49 import javax.swing.JMenuItem;
  50 import javax.swing.JOptionPane;
  51 import javax.swing.JPopupMenu;
  52 import javax.swing.SwingUtilities;
  53
  54 /**
  55  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  56  *
  57  * @author $author$
  58  * @version $Revision$
  59  */
  60 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  61 {
  62
  63   AlignmentViewPanel alignpanel;
  64
  65   AlignViewportI viewport;
  66
  67   FileParse source = null;
  68   public CutAndPasteTransfer()
  69   {
  70     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  71     {
  72       public void run()
  73       {
  74         textarea.requestFocus();
  75       }
  76     });
  77
  78   }
  79
  80   /**
  81    * DOCUMENT ME!
  82    */
  83   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  84   {
  85     this.alignpanel = viewpanel;
  86     if (alignpanel != null)
  87     {
  88       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  89     }
  90     if (viewport != null)
  91     {
  92       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
  93     }
  94
  95     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
  96   }
  97
  98   /**
  99    * DOCUMENT ME!
 100    *
 101    * @return DOCUMENT ME!
 102    */
 103   public String getText()
 104   {
 105     return textarea.getText();
 106   }
 107
 108   /**
 109    * DOCUMENT ME!
 110    *
 111    * @param text
 112    *          DOCUMENT ME!
 113    */
 114   public void setText(String text)
 115   {
 116     textarea.setText(text);
 117   }
 118
 119   public void appendText(String text)
 120   {
 121     textarea.append(text);
 122   }
 123
 124   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 125   {
 126     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 127             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 128
 129     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 130     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 131     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_text_to_file"));
 132     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 133
 134     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 135
 136     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 137     {
 138       try
 139       {
 140         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 141                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 142
 143         out.print(getText());
 144         out.close();
 145       } catch (Exception ex)
 146       {
 147         ex.printStackTrace();
 148       }
 149
 150     }
 151   }
 152
 153   /**
 154    * DOCUMENT ME!
 155    *
 156    * @param e
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    */
 159   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 160   {
 161     textarea.getSelectedText();
 162     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 163     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 164   }
 165
 166   /**
 167    * DOCUMENT ME!
 168    *
 169    * @param e
 170    *          DOCUMENT ME!
 171    */
 172   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 173   {
 174     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 175     Transferable contents = c.getContents(this);
 176
 177     if (contents == null)
 178     {
 179       return;
 180     }
 181
 182     try
 183     {
 184       textarea.append((String) contents
 185               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 186     } catch (Exception ex)
 187     {
 188     }
 189   }
 190
 191   /**
 192    * DOCUMENT ME!
 193    *
 194    * @param e
 195    *          DOCUMENT ME!
 196    */
 197   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 198   {
 199     String text = getText();
 200     if (text.trim().length() < 1)
 201     {
 202       return;
 203     }
 204
 205     String format = new IdentifyFile().Identify(text, "Paste");
 206     if (format == null || format.equalsIgnoreCase("EMPTY DATA FILE"))
 207     {
 208       System.err.println(MessageManager
 209               .getString("label.null_or_unidentifiable_data"));
 210       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 211       {
 212         JOptionPane.showMessageDialog(null,
 213  MessageManager
 214                 .getString("label.null_or_unidentifiable_data"),
 215                 MessageManager.getString("label.unidentifiable_data"),
 216                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 217       }
 218       return;
 219     }
 220
 221     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 222     AlignmentI al = null;
 223
 224     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 225     {
 226       try
 227       {
 228         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 229         al = fa.readFile(getText(), "Paste", format);
 230         source = fa.getAlignFile();
 231
 232       } catch (java.io.IOException ex)
 233       {
 234         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 235                 MessageManager.formatMessage(
 236                         "label.couldnt_read_pasted_text", new String[]
 237                         { ex.toString() }), MessageManager
 238                         .getString("label.error_parsing_text"),
 239                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 240       }
 241     }
 242
 243     if (al != null && al.hasValidSequence())
 244     {
 245       String title = MessageManager.formatMessage(
 246               "label.input_cut_paste_params", new String[]
 247               { format });
 248       if (viewport != null)
 249       {
 250         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 251       }
 252       else
 253       {
 254
 255         AlignFrame af;
 256         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 257         {
 258           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 259                   .getColumnSelection();
 260           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 261                   .getHiddenSequences();
 262           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 263                   .isShowSeqFeatures();
 264           ColourSchemeI cs = ((ComplexAlignFile) source).getColourScheme();
 265           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 266                   .getDisplayedFeatures();
 267           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 268                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 269                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 270           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 271           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 272           af.changeColour(cs);
 273         }
 274         else
 275         {
 276           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 277                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 278         }
 279
 280         af.currentFileFormat = format;
 281         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 282                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 283         af.statusBar.setText(MessageManager
 284                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 285
 286         try
 287         {
 288           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 289                   false));
 290         } catch (Exception ex)
 291         {
 292         }
 293       }
 294     }
 295     else
 296     {
 297       System.err.println(MessageManager
 298               .getString("label.null_or_invalid_alignment"));
 299       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 300       {
 301         JOptionPane
 302                 .showMessageDialog(
 303                         null,
 304                         MessageManager
 305                                 .getString("label.null_or_invalid_alignment"),
 306                         MessageManager
 307                                 .getString("label.unable_to_create_alignment"),
 308                         JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 309       }
 310     }
 311   }
 312
 313
 314   /**
 315    * DOCUMENT ME!
 316    *
 317    * @param e
 318    *          DOCUMENT ME!
 319    */
 320   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 321   {
 322     try
 323     {
 324       this.setClosed(true);
 325     } catch (Exception ex)
 326     {
 327     }
 328   }
 329
 330   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 331   {
 332     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(e))
 333     {
 334       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 335               MessageManager.getString("action.edit"));
 336       JMenuItem item = new JMenuItem(
 337               MessageManager.getString("action.copy"));
 338       item.addActionListener(new ActionListener()
 339       {
 340         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 341         {
 342           copyItem_actionPerformed(e);
 343         }
 344       });
 345       popup.add(item);
 346       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 347       item.addActionListener(new ActionListener()
 348       {
 349         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 350         {
 351           pasteMenu_actionPerformed(e);
 352         }
 353       });
 354       popup.add(item);
 355       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 356
 357     }
 358   }
 359
 360 }