src/jalview/gui/CutAndPasteTransfer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.api.ComplexAlignFile;
  26 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  27 import jalview.api.FeaturesDisplayedI;
  28 import jalview.api.FeaturesSourceI;
  29 import jalview.bin.Jalview;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  34 import jalview.io.DataSourceType;
  35 import jalview.io.FileFormatI;
  36 import jalview.io.FileParse;
  37 import jalview.io.FormatAdapter;
  38 import jalview.io.IdentifyFile;
  39 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  40 import jalview.io.JalviewFileView;
  41 import jalview.jbgui.GCutAndPasteTransfer;
  42 import jalview.json.binding.biojson.v1.ColourSchemeMapper;
  43 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45
  46 import java.awt.Toolkit;
  47 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  48 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  49 import java.awt.datatransfer.StringSelection;
  50 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.MouseEvent;
  54
  55 import javax.swing.JMenuItem;
  56 import javax.swing.JOptionPane;
  57 import javax.swing.JPopupMenu;
  58 import javax.swing.SwingUtilities;
  59
  60 /**
  61  * Cut'n'paste files into the desktop See JAL-1105
  62  *
  63  * @author $author$
  64  * @version $Revision$
  65  */
  66 public class CutAndPasteTransfer extends GCutAndPasteTransfer
  67 {
  68
  69   AlignmentViewPanel alignpanel;
  70
  71   AlignViewportI viewport;
  72
  73   FileParse source = null;
  74
  75   public CutAndPasteTransfer()
  76   {
  77     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
  78     {
  79       @Override
  80       public void run()
  81       {
  82         textarea.requestFocus();
  83       }
  84     });
  85
  86   }
  87
  88   /**
  89    * DOCUMENT ME!
  90    */
  91   public void setForInput(AlignmentViewPanel viewpanel)
  92   {
  93     this.alignpanel = viewpanel;
  94     if (alignpanel != null)
  95     {
  96       this.viewport = alignpanel.getAlignViewport();
  97     }
  98     if (viewport != null)
  99     {
 100       ok.setText(MessageManager.getString("action.add"));
 101     }
 102
 103     getContentPane().add(inputButtonPanel, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 104   }
 105
 106   /**
 107    * DOCUMENT ME!
 108    *
 109    * @return DOCUMENT ME!
 110    */
 111   public String getText()
 112   {
 113     return textarea.getText();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param text
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   public void setText(String text)
 123   {
 124     textarea.setText(text);
 125   }
 126
 127   public void appendText(String text)
 128   {
 129     textarea.append(text);
 130   }
 131
 132   @Override
 133   public void save_actionPerformed(ActionEvent e)
 134   {
 135     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 136             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 137
 138     chooser.setAcceptAllFileFilterUsed(false);
 139     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 140     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 141             .getString("label.save_text_to_file"));
 142     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 143
 144     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 145
 146     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 147     {
 148       try
 149       {
 150         java.io.PrintWriter out = new java.io.PrintWriter(
 151                 new java.io.FileWriter(chooser.getSelectedFile()));
 152
 153         out.print(getText());
 154         out.close();
 155       } catch (Exception ex)
 156       {
 157         ex.printStackTrace();
 158       }
 159
 160     }
 161   }
 162
 163   /**
 164    * DOCUMENT ME!
 165    *
 166    * @param e
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    */
 169   @Override
 170   public void copyItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 171   {
 172     textarea.getSelectedText();
 173     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 174     c.setContents(new StringSelection(textarea.getSelectedText()), null);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * DOCUMENT ME!
 179    *
 180    * @param e
 181    *          DOCUMENT ME!
 182    */
 183   @Override
 184   public void pasteMenu_actionPerformed(ActionEvent e)
 185   {
 186     Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 187     Transferable contents = c.getContents(this);
 188
 189     if (contents == null)
 190     {
 191       return;
 192     }
 193
 194     try
 195     {
 196       textarea.append((String) contents
 197               .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor));
 198     } catch (Exception ex)
 199     {
 200     }
 201   }
 202
 203   /**
 204    * DOCUMENT ME!
 205    *
 206    * @param e
 207    *          DOCUMENT ME!
 208    */
 209   @Override
 210   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 211   {
 212     String text = getText();
 213     if (text.trim().length() < 1)
 214     {
 215       return;
 216     }
 217
 218     FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(text,
 219             DataSourceType.PASTE);
 220     if (format == null)
 221     {
 222       System.err.println(MessageManager
 223               .getString("label.couldnt_read_data"));
 224       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 225       {
 226         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 227                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 228                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 229                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 230       }
 231       return;
 232     }
 233
 234     // TODO: identify feature, annotation or tree file and parse appropriately.
 235     AlignmentI al = null;
 236
 237     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 238     {
 239       try
 240       {
 241         FormatAdapter fa = new FormatAdapter(alignpanel);
 242         al = fa.readFile(getText(), DataSourceType.PASTE, format);
 243         source = fa.getAlignFile();
 244
 245       } catch (java.io.IOException ex)
 246       {
 247         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 248                 MessageManager.formatMessage(
 249                         "label.couldnt_read_pasted_text",
 250                         new String[] { ex.toString() }), MessageManager
 251                         .getString("label.error_parsing_text"),
 252                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 253       }
 254     }
 255
 256     if (al != null && al.hasValidSequence())
 257     {
 258       String title = MessageManager.formatMessage(
 259               "label.input_cut_paste_params", new String[] { format });
 260       FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = source
 261               .getFeatureColourScheme();
 262
 263       /*
 264        * if the view panel was closed its alignment is nulled
 265        * and this is an orphaned cut and paste window
 266        */
 267       if (viewport != null && viewport.getAlignment() != null)
 268       {
 269         if (proxyColourScheme != null)
 270         {
 271           viewport.applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 272         }
 273         ((AlignViewport) viewport).addAlignment(al, title);
 274       }
 275       else
 276       {
 277
 278         AlignFrame af;
 279         if (source instanceof ComplexAlignFile)
 280         {
 281           ColumnSelection colSel = ((ComplexAlignFile) source)
 282                   .getColumnSelection();
 283           SequenceI[] hiddenSeqs = ((ComplexAlignFile) source)
 284                   .getHiddenSequences();
 285           boolean showSeqFeatures = ((ComplexAlignFile) source)
 286                   .isShowSeqFeatures();
 287           String colourSchemeName = ((ComplexAlignFile) source)
 288                   .getGlobalColourScheme();
 289           FeaturesDisplayedI fd = ((ComplexAlignFile) source)
 290                   .getDisplayedFeatures();
 291           af = new AlignFrame(al, hiddenSeqs, colSel,
 292                   AlignFrame.DEFAULT_WIDTH, AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 293           af.getViewport().setShowSequenceFeatures(showSeqFeatures);
 294           af.getViewport().setFeaturesDisplayed(fd);
 295           ColourSchemeI cs = ColourSchemeMapper.getJalviewColourScheme(
 296                   colourSchemeName, al);
 297           if (cs != null)
 298           {
 299             af.changeColour(cs);
 300           }
 301         }
 302         else
 303         {
 304           af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 305                   AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 306           if (source instanceof FeaturesSourceI)
 307           {
 308             af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
 309           }
 310         }
 311         if (proxyColourScheme != null)
 312         {
 313           af.getViewport().applyFeaturesStyle(proxyColourScheme);
 314         }
 315         af.currentFileFormat = format;
 316         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 317                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 318         af.statusBar.setText(MessageManager
 319                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 320
 321         try
 322         {
 323           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 324                   false));
 325         } catch (Exception ex)
 326         {
 327         }
 328       }
 329     }
 330     else
 331     {
 332       System.err.println(MessageManager
 333               .getString("label.couldnt_read_data"));
 334       if (!Jalview.isHeadlessMode())
 335       {
 336         javax.swing.JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 337                 AppletFormatAdapter.SUPPORTED_FORMATS,
 338                 MessageManager.getString("label.couldnt_read_data"),
 339                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 340       }
 341     }
 342   }
 343
 344   /**
 345    * DOCUMENT ME!
 346    *
 347    * @param e
 348    *          DOCUMENT ME!
 349    */
 350   @Override
 351   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 352   {
 353     try
 354     {
 355       this.setClosed(true);
 356     } catch (Exception ex)
 357     {
 358     }
 359   }
 360
 361   @Override
 362   public void textarea_mousePressed(MouseEvent e)
 363   {
 364     if (e.isPopupTrigger())
 365     {
 366       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 367               MessageManager.getString("action.edit"));
 368       JMenuItem item = new JMenuItem(
 369               MessageManager.getString("action.copy"));
 370       item.addActionListener(new ActionListener()
 371       {
 372         @Override
 373         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 374         {
 375           copyItem_actionPerformed(e);
 376         }
 377       });
 378       popup.add(item);
 379       item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.paste"));
 380       item.addActionListener(new ActionListener()
 381       {
 382         @Override
 383         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 384         {
 385           pasteMenu_actionPerformed(e);
 386         }
 387       });
 388       popup.add(item);
 389       popup.show(this, e.getX() + 10, e.getY() + textarea.getY() + 40);
 390
 391     }
 392   }
 393
 394 }