src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.jbgui.*;\r
  22 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  23 import javax.swing.event.*;\r
  24 import jalview.util.TableSorter;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
  31 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  32 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
  33 import java.awt.BorderLayout;\r
  34 \r
  35 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser\r
  36     implements Runnable, ListSelectionListener\r
  37 {\r
  38   static DasSource[] dasSources = null;\r
  39 \r
  40   Hashtable localSources = null;\r
  41 \r
  42   Vector selectedSources;\r
  43 \r
  44   String DEFAULT_REGISTRY = "http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/";\r
  45 \r
  46 \r
  47   public DasSourceBrowser()\r
  48   {\r
  49     registryURL.setText(jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  50         DEFAULT_REGISTRY) );\r
  51 \r
  52     setSelectedFromProperties();\r
  53 \r
  54     displayFullDetails(null);\r
  55     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  56 \r
  57     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  58     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  59     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  60 \r
  61     //Ask to be notified of selection changes.\r
  62     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  63     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  64     {\r
  65       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  66       {\r
  67         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  68         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  69         {\r
  70           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  71           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  72         }\r
  73       }\r
  74     });\r
  75 \r
  76     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  77         {\r
  78           public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  79           {\r
  80             if(evt.getClickCount()==2\r
  81                || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  82               editRemoveLocalSource(evt);\r
  83           }\r
  84         });\r
  85 \r
  86     if(dasSources==null)\r
  87     {\r
  88     Thread worker = new Thread(this);\r
  89     worker.start();\r
  90     }\r
  91     else\r
  92      {\r
  93        init();\r
  94      }\r
  95   }\r
  96 \r
  97   void init()\r
  98   {\r
  99     int dSize = dasSources.length;\r
 100     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 101     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 102     {\r
 103       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 104       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 105           getNickname()));\r
 106     }\r
 107 \r
 108     refreshTableData(data);\r
 109     setCapabilities(dasSources);\r
 110 \r
 111     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 112         {\r
 113           public void run()\r
 114           {\r
 115             TableSorter sorter = (TableSorter)table.getModel();\r
 116             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 117             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 118           }\r
 119         });\r
 120 \r
 121     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 122     progressBar.setVisible(false);\r
 123     addLocal.setVisible(true);\r
 124     refresh.setVisible(true);\r
 125   }\r
 126 \r
 127 \r
 128   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 129   {\r
 130     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 131     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 132     table.setModel(sorter);\r
 133   }\r
 134 \r
 135   void displayFullDetails(String nickName)\r
 136   {\r
 137 \r
 138     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 139         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 140 \r
 141     if (nickName == null)\r
 142     {\r
 143       fullDetails.setText(text +\r
 144                           "Select a DAS service from the table"\r
 145                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 146       return;\r
 147     }\r
 148 \r
 149     int dSize = dasSources.length;\r
 150     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 151     {\r
 152       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 153         continue;\r
 154 \r
 155       DasSource ds = dasSources[i];\r
 156 \r
 157       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 158                   "<br>");\r
 159       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 160                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 161       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 162                   "<br>");\r
 163 \r
 164       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 165                   +dasSources[i].getAdminemail()\r
 166                   +"\">"+dasSources[i].getAdminemail()+"</a>" +\r
 167                   "<br>");\r
 168 \r
 169 \r
 170       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " + dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 171                         "<br>");\r
 172 \r
 173       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " + dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 174                         "<br>");\r
 175 \r
 176       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 177       for(int s=0; s<dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 178       {\r
 179         text.append( dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 180         if(s<dasSources[i].getLabels().length-1)\r
 181           text.append(",");\r
 182         text.append(" ");\r
 183       }\r
 184       text.append("<br>");\r
 185 \r
 186 \r
 187 \r
 188       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 189       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 190       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 191       {\r
 192         text.append(scap[j]);\r
 193         if (j < scap.length - 1)\r
 194           text.append(", ");\r
 195       }\r
 196       text.append("<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 199       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 200       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 201       {\r
 202         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 203                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 204         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 205           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 206         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 207           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 208 \r
 209         text.append("<br>");\r
 210       }\r
 211 \r
 212       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 213                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 214 \r
 215 \r
 216       if (dasSources[i].getHelperurl()!=null\r
 217           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 218       {\r
 219         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 220                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 221                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 222       }\r
 223 \r
 224       text.append("</font></html>");\r
 225 \r
 226       break;\r
 227     }\r
 228 \r
 229     fullDetails.setText(text.toString());\r
 230     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 231     {\r
 232       public void run()\r
 233       {\r
 234         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 235       }\r
 236     });\r
 237   }\r
 238 \r
 239 \r
 240   public void run()\r
 241   {\r
 242     addLocal.setVisible(false);\r
 243     refresh.setVisible(false);\r
 244     progressBar.setVisible(true);\r
 245     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 246 \r
 247     dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 248 \r
 249     appendLocalSources();\r
 250 \r
 251     init();\r
 252 \r
 253   }\r
 254 \r
 255   public Vector getSelectedSources()\r
 256   {\r
 257     Vector selected = new Vector();\r
 258     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 259     {\r
 260         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 261         {\r
 262           if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 263               selectedSources.elementAt(r)))\r
 264           {\r
 265             selected.addElement(dasSources[i]);\r
 266             break;\r
 267           }\r
 268         }\r
 269     }\r
 270 \r
 271     return selected;\r
 272   }\r
 273 \r
 274   public DasSource[] getDASSource()\r
 275   {\r
 276     if(dasSources==null)\r
 277     {\r
 278      dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 279      appendLocalSources();\r
 280     }\r
 281 \r
 282     return dasSources;\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 286   {\r
 287     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 288 \r
 289     Thread worker = new Thread(this);\r
 290     worker.start();\r
 291   }\r
 292 \r
 293   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 294   {\r
 295     Vector authority = new Vector();\r
 296     Vector type = new Vector();\r
 297     Vector label = new Vector();\r
 298 \r
 299     authority.addElement("Any");\r
 300     type.addElement("Any");\r
 301     label.addElement("Any");\r
 302 \r
 303     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 304     {\r
 305       DasSource ds = sources[i];\r
 306 \r
 307       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 308 \r
 309       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 310       {\r
 311         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 312           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 313 \r
 314         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 315           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 316       }\r
 317 \r
 318       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 319       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 320       {\r
 321         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 322         {\r
 323           label.addElement(slabels[s]);\r
 324         }\r
 325       }\r
 326 \r
 327     }\r
 328 \r
 329     filter1.setListData(authority);\r
 330     filter2.setListData(type);\r
 331     filter3.setListData(label);\r
 332 \r
 333     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 334     {\r
 335       public void run()\r
 336       {\r
 337         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 338         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 339         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 340       }\r
 341     });\r
 342   }\r
 343 \r
 344   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 345   {\r
 346     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 347 \r
 348     if(!newSource)\r
 349     {\r
 350       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 351       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 352       url = ((DasSource)localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 353     }\r
 354 \r
 355     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 356     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 357 \r
 358     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 359     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 360     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 361     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 362     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 363     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 364     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 365     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 366     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 367 \r
 368 \r
 369     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 370         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 371         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 372 \r
 373        if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 374        {\r
 375            return;\r
 376        }\r
 377 \r
 378        if(!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 379          urltf.setText(urltf.getText()+"/");\r
 380 \r
 381        Das1Source local = new Das1Source();\r
 382 \r
 383        local.setUrl(urltf.getText());\r
 384        local.setNickname(nametf.getText());\r
 385 \r
 386 \r
 387        if(localSources==null)\r
 388          localSources = new Hashtable();\r
 389 \r
 390        localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 391 \r
 392        if(!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 393        {\r
 394          localSources.remove(nickname);\r
 395        }\r
 396 \r
 397        int size = dasSources.length;\r
 398        int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 399 \r
 400        Object[][] data = new Object[size+adjust][2];\r
 401        for (int i = 0; i < size; i++)\r
 402        {\r
 403          if(!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 404          {\r
 405            ((DasSource)dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 406            ((DasSource)dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 407            data[i][0] = local.getNickname();\r
 408            data[i][1] = new Boolean(true);\r
 409          }\r
 410          else\r
 411          {\r
 412            data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 413            data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 414                getNickname()));\r
 415          }\r
 416        }\r
 417 \r
 418        if(newSource)\r
 419        {\r
 420          data[size][0] = local.getNickname();\r
 421          data[size][1] = new Boolean(true);\r
 422          selectedSources.add(local.getNickname());\r
 423        }\r
 424 \r
 425        DasSource [] tmp = new DasSource[size+adjust];\r
 426 \r
 427        System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 428 \r
 429        if(newSource)\r
 430          tmp[size] = local;\r
 431 \r
 432        dasSources = tmp;\r
 433 \r
 434        refreshTableData(data);\r
 435 \r
 436        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 437        {\r
 438          public void run()\r
 439          {\r
 440            scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 441                scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 442                );\r
 443          }\r
 444        });\r
 445 \r
 446        displayFullDetails(local.getNickname());\r
 447      }\r
 448 \r
 449     public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 450     {\r
 451       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 452       if(selectedRow==-1)\r
 453         return;\r
 454 \r
 455       String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 456 \r
 457       if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 458       {\r
 459         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 460         "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 461          "Public DAS source - not editable",\r
 462          JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 463         return;\r
 464       }\r
 465 \r
 466 \r
 467       Object[] options = {"Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 468       int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 469     "Do you want to edit or remove "+nickname+"?",\r
 470     "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 471     JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 472     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 473     null,\r
 474     options,\r
 475     options[2]);\r
 476 \r
 477       switch(choice)\r
 478       {\r
 479         case 0: amendLocal(false);   break;\r
 480         case 1:\r
 481           localSources.remove(nickname);\r
 482           selectedSources.remove(nickname);\r
 483           Object[][] data = new Object[dasSources.length-1][2];\r
 484           DasSource [] tmp = new DasSource[dasSources.length-1];\r
 485           int index = 0;\r
 486           for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 487           {\r
 488             if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 489             {\r
 490               continue;\r
 491             }\r
 492             else\r
 493             {\r
 494               tmp[index] = dasSources[i];\r
 495               data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 496               data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 497                   getNickname()));\r
 498               index++;\r
 499             }\r
 500           }\r
 501            dasSources = tmp;\r
 502            refreshTableData(data);\r
 503            SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 504            {\r
 505              public void run()\r
 506              {\r
 507                scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 508                    scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 509                    );\r
 510              }\r
 511            });\r
 512 \r
 513           break;\r
 514       }\r
 515     }\r
 516 \r
 517     void appendLocalSources()\r
 518     {\r
 519       if(localSources==null)\r
 520         return;\r
 521 \r
 522       int size = dasSources!=null ? dasSources.length : 0;\r
 523       int lsize = localSources.size();\r
 524 \r
 525       Object[][] data = new Object[size+lsize][2];\r
 526       for (int i = 0; i < size; i++)\r
 527       {\r
 528         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 529         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 530             getNickname()));\r
 531       }\r
 532 \r
 533       DasSource [] tmp = new DasSource[size+lsize];\r
 534       if(dasSources!=null)\r
 535         System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 536 \r
 537       Enumeration en = localSources.keys();\r
 538       int index = size;\r
 539       while(en.hasMoreElements())\r
 540       {\r
 541         String key = en.nextElement().toString();\r
 542         data[index][0] = key;\r
 543         data[index][1] = new Boolean(false);\r
 544         tmp[index] = new Das1Source();\r
 545         tmp[index].setNickname(key);\r
 546         tmp[index].setUrl( ((DasSource)localSources.get(key)).getUrl() );\r
 547 \r
 548         index++;\r
 549       }\r
 550 \r
 551       dasSources = tmp;\r
 552 \r
 553       refreshTableData(data);\r
 554   }\r
 555 \r
 556   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 557   {\r
 558     //Called when the MainTable selection changes\r
 559     if (evt.getValueIsAdjusting() )\r
 560     {\r
 561       return;\r
 562     }\r
 563 \r
 564 \r
 565     displayFullDetails(null);\r
 566 \r
 567     // Filter the displayed data sources\r
 568     int dSize = dasSources.length;\r
 569 \r
 570 \r
 571     ArrayList names = new ArrayList();\r
 572     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 573     DasSource ds;\r
 574 \r
 575     //The features filter is not visible, but we must still\r
 576     //filter the das source list here.\r
 577     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 578     Object [] dummyFeatureList = new Object[]{"features"};\r
 579 \r
 580     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 581     {\r
 582       ds = dasSources[i];\r
 583       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 584 \r
 585       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 586           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 587           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 588           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 589       {\r
 590         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 591         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 592         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 593         names.add(ds.getNickname());\r
 594         selected.add(new Boolean(\r
 595               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 596         continue;\r
 597       }\r
 598 \r
 599 \r
 600       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 601       ||  !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 602                           ds.getLabels()))\r
 603       {\r
 604         continue;\r
 605       }\r
 606 \r
 607       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 608       {\r
 609         if (   selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 610                            new String[]\r
 611                            {dcs[j].getName()})\r
 612             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 613                               new String[]\r
 614                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 615         {\r
 616           names.add(ds.getNickname());\r
 617           selected.add(new Boolean(\r
 618               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 619           break;\r
 620         }\r
 621       }\r
 622     }\r
 623 \r
 624     dSize = names.size();\r
 625     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 626     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 627     {\r
 628       data[d][0] = names.get(d);\r
 629       data[d][1] = selected.get(d);\r
 630     }\r
 631 \r
 632     refreshTableData(data);\r
 633   }\r
 634 \r
 635   boolean selectedInList(Object [] selection, String[] items)\r
 636   {\r
 637     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 638     {\r
 639       if (selection[i].equals("Any") )\r
 640         return true;\r
 641 \r
 642       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 643       {\r
 644         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 645           return true;\r
 646       }\r
 647     }\r
 648 \r
 649     return false;\r
 650   }\r
 651 \r
 652   void setSelectedFromProperties()\r
 653   {\r
 654      String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 655      StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 656      selectedSources = new Vector();\r
 657      while(st.hasMoreTokens())\r
 658      {\r
 659        selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 660      }\r
 661 \r
 662      String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 663      if(local!=null)\r
 664      {\r
 665        if(localSources == null)\r
 666          localSources = new Hashtable();\r
 667 \r
 668        st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 669        while(st.hasMoreTokens())\r
 670        {\r
 671          String token = st.nextToken();\r
 672          int bar = token.indexOf("|");\r
 673          Das1Source source = new Das1Source();\r
 674 \r
 675          source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 676          source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 677 \r
 678          localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 679        }\r
 680      }\r
 681   }\r
 682 \r
 683   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 684   {\r
 685     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 686   }\r
 687 \r
 688   public void saveProperties(Properties properties)\r
 689   {\r
 690     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 691       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 692     else\r
 693       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 694 \r
 695     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 696     for(int r=0; r<table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 697     {\r
 698       if( ((Boolean)table.getValueAt(r,1)).booleanValue())\r
 699       {\r
 700         sb.append(table.getValueAt(r,0)+"\t");\r
 701       }\r
 702     }\r
 703 \r
 704     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString() );\r
 705 \r
 706     if(localSources!=null)\r
 707     {\r
 708       sb = new StringBuffer();\r
 709       Enumeration en = localSources.keys();\r
 710       while(en.hasMoreElements())\r
 711       {\r
 712         String token = en.nextElement().toString();\r
 713         sb.append(token+"|"\r
 714                   + ((DasSource)localSources.get(token)).getUrl()\r
 715                   +"\t");\r
 716       }\r
 717 \r
 718       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 719     }\r
 720 \r
 721   }\r
 722 \r
 723   class DASTableModel\r
 724       extends AbstractTableModel\r
 725   {\r
 726 \r
 727     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 728     {\r
 729       this.data = data;\r
 730     }\r
 731 \r
 732     private String[] columnNames = new String[]  {"Nickname", "Use Source"};\r
 733 \r
 734     private Object[][] data;\r
 735 \r
 736     public int getColumnCount()\r
 737     {\r
 738       return columnNames.length;\r
 739     }\r
 740 \r
 741     public int getRowCount()\r
 742     {\r
 743       return data.length;\r
 744     }\r
 745 \r
 746     public String getColumnName(int col)\r
 747     {\r
 748       return columnNames[col];\r
 749     }\r
 750 \r
 751     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 752     {\r
 753       return data[row][col];\r
 754     }\r
 755 \r
 756     /*\r
 757      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 758      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 759      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 760      * rather than a check box.\r
 761      */\r
 762     public Class getColumnClass(int c)\r
 763     {\r
 764       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 765     }\r
 766 \r
 767     /*\r
 768      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 769      * editable.\r
 770      */\r
 771     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 772     {\r
 773       //Note that the data/cell address is constant,\r
 774       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 775       return col == 1;\r
 776 \r
 777     }\r
 778 \r
 779     /*\r
 780      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 781      * data can change.\r
 782      */\r
 783     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 784     {\r
 785       data[row][col] = value;\r
 786       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 787 \r
 788       String name = getValueAt(row,0).toString();\r
 789       boolean selected = ((Boolean)value).booleanValue();\r
 790 \r
 791       if(selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 792         selectedSources.remove(name);\r
 793 \r
 794       if(!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 795         selectedSources.add(name);\r
 796     }\r
 797   }\r
 798 }\r
 799 \r
 800 \r