src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import java.security.interfaces.DSAKey;\r
  21 import java.text.ParseException;\r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.util.List;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import javax.swing.*;\r
  28 import javax.swing.event.*;\r
  29 import javax.swing.table.*;\r
  30 \r
  31 import org.biodas.jdas.dassources.Capabilities;\r
  32 import org.biodas.jdas.dassources.utils.DasTimeFormat;\r
  33 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  34 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  35 import org.biodas.jdas.schema.sources.MAINTAINER;\r
  36 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  37 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE;\r
  38 import org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCES;\r
  39 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  40 \r
  41 import jalview.jbgui.*;\r
  42 import jalview.util.*;\r
  43 \r
  44 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  45         Runnable, ListSelectionListener\r
  46 {\r
  47   static org.biodas.jdas.schema.sources.SOURCE[] dasSources = null;\r
  48 \r
  49   Hashtable localSources = null;\r
  50 \r
  51   Vector selectedSources;\r
  52 \r
  53   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  54 \r
  55   /**\r
  56    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  57    */\r
  58   public boolean loadingDasSources = false;\r
  59 \r
  60   protected static String getDasRegistryURL()\r
  61   {\r
  62     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  63             DEFAULT_REGISTRY);\r
  64 \r
  65     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  66     {\r
  67       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
  68               DEFAULT_REGISTRY);\r
  69       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  70     }\r
  71     return registry;\r
  72   }\r
  73 \r
  74   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  75   {\r
  76     fs = featureSettings;\r
  77     String registry = getDasRegistryURL();\r
  78 \r
  79     registryURL.setText(registry);\r
  80 \r
  81     setSelectedFromProperties();\r
  82 \r
  83     displayFullDetails(null);\r
  84     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  85 \r
  86     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  87     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  88     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  89 \r
  90     // Ask to be notified of selection changes.\r
  91     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  92     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  93     {\r
  94       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  95       {\r
  96         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  97         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  98         {\r
  99           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
 100           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
 101         }\r
 102       }\r
 103     });\r
 104 \r
 105     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 106     {\r
 107       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 108       {\r
 109         if (evt.getClickCount() == 2\r
 110                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 111         {\r
 112           editRemoveLocalSource(evt);\r
 113         }\r
 114       }\r
 115     });\r
 116 \r
 117     if (dasSources != null)\r
 118     {\r
 119       init();\r
 120     }\r
 121   }\r
 122 \r
 123   FeatureSettings fs = null;\r
 124 \r
 125   public DasSourceBrowser()\r
 126   {\r
 127     this(null);\r
 128   }\r
 129 \r
 130   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 131   {\r
 132     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 133     {\r
 134       Thread worker = new Thread(this);\r
 135       worker.start();\r
 136     }\r
 137   }\r
 138 \r
 139   void init()\r
 140   {\r
 141     int dSize = dasSources.length;\r
 142     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 143     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 144     {\r
 145       data[i][0] = dasSources[i]. // what's equivalent of nickname\r
 146       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 147               .getNickname()));\r
 148     }\r
 149 \r
 150     refreshTableData(data);\r
 151     setCapabilities(dasSources);\r
 152 \r
 153     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 154     {\r
 155       public void run()\r
 156       {\r
 157         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 158         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 159         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 160       }\r
 161     });\r
 162 \r
 163     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 164     progressBar.setVisible(false);\r
 165     addLocal.setVisible(true);\r
 166     refresh.setVisible(true);\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 170   {\r
 171     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 172     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 173     table.setModel(sorter);\r
 174   }\r
 175 \r
 176   void displayFullDetails(String nickName)\r
 177   {\r
 178 \r
 179     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 180             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 181 \r
 182     if (nickName == null)\r
 183     {\r
 184       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 185               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 186       return;\r
 187     }\r
 188 \r
 189     int dSize = dasSources.length;\r
 190     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 191     {\r
 192       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 193       {\r
 194         continue;\r
 195       }\r
 196 \r
 197       DasSource ds = dasSources[i];\r
 198 \r
 199       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 200               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 201       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 202               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 203       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 204               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 205 \r
 206       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 207               + dasSources[i].getAdminemail()\r
 208               + "\">"\r
 209               + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 210 \r
 211       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 212               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 213 \r
 214       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 215               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 216 \r
 217       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 218       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 219       {\r
 220         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 221         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 222         {\r
 223           text.append(",");\r
 224         }\r
 225         text.append(" ");\r
 226       }\r
 227       text.append("<br>");\r
 228 \r
 229       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 230       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 231       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 232       {\r
 233         text.append(scap[j]);\r
 234         if (j < scap.length - 1)\r
 235         {\r
 236           text.append(", ");\r
 237         }\r
 238       }\r
 239       text.append("<br>");\r
 240 \r
 241       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 242       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 243       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 244       {\r
 245         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 246                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 247         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 248         {\r
 249           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 250         }\r
 251         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 252         {\r
 253           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 254         }\r
 255 \r
 256         text.append("<br>");\r
 257       }\r
 258 \r
 259       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 260               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 261 \r
 262       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 263               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 264       {\r
 265         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 266                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 267                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 268       }\r
 269 \r
 270       text.append("</font></html>");\r
 271 \r
 272       break;\r
 273     }\r
 274 \r
 275     fullDetails.setText(text.toString());\r
 276     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 277     {\r
 278       public void run()\r
 279       {\r
 280         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 281       }\r
 282     });\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void run()\r
 286   {\r
 287     loadingDasSources = true;\r
 288 \r
 289     addLocal.setVisible(false);\r
 290     refresh.setVisible(false);\r
 291     progressBar.setVisible(true);\r
 292     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 293     setParentGuiEnabled(false);\r
 294     // Refresh the source list.\r
 295     dasSources = null;\r
 296     getDASSource();\r
 297 \r
 298     init();\r
 299 \r
 300     setParentGuiEnabled(true);\r
 301     loadingDasSources = false;\r
 302 \r
 303   }\r
 304 \r
 305   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 306   {\r
 307     if (fs != null)\r
 308     {\r
 309       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 310       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 311     }\r
 312   }\r
 313 \r
 314   public Vector getSelectedSources()\r
 315   {\r
 316     // wait around if we're still loading.\r
 317     while (dasSources == null)\r
 318     {\r
 319       if (!loadingDasSources)\r
 320       {\r
 321         new Thread(this).start();\r
 322         try\r
 323         {\r
 324           Thread.sleep(5);\r
 325         } catch (Exception e)\r
 326         {\r
 327         }\r
 328         ;\r
 329         while (loadingDasSources)\r
 330         {\r
 331           try\r
 332           {\r
 333             Thread.sleep(5);\r
 334           } catch (Exception e)\r
 335           {\r
 336           }\r
 337           ;\r
 338         }\r
 339         ;\r
 340       }\r
 341     }\r
 342 \r
 343     Vector selected = new Vector();\r
 344     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 345     {\r
 346       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 347       {\r
 348         if (dasSources[i].getNickname()\r
 349                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 350         {\r
 351           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 352           break;\r
 353         }\r
 354       }\r
 355     }\r
 356 \r
 357     return selected;\r
 358   }\r
 359 \r
 360   /**\r
 361    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 362    * \r
 363    * @return\r
 364    */\r
 365   public DasSource[] getDASSource()\r
 366   {\r
 367     if (dasSources == null)\r
 368     {\r
 369       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 370       appendLocalSources();\r
 371     }\r
 372 \r
 373     return dasSources;\r
 374   }\r
 375 \r
 376   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 377   {\r
 378     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 379 \r
 380     Thread worker = new Thread(this);\r
 381     worker.start();\r
 382   }\r
 383 \r
 384   private boolean isLaterThan(String ref, String newer)\r
 385   {\r
 386     Date refdate=null,newdate=null;\r
 387     try {\r
 388       refdate=DasTimeFormat.fromDASString(ref);\r
 389       \r
 390     }\r
 391     catch (ParseException x)\r
 392     {\r
 393       return false;\r
 394     }\r
 395     try {\r
 396       newdate = DasTimeFormat.fromDASString(newer);\r
 397     }\r
 398     catch (ParseException e) {\r
 399       // TODO: handle exception\r
 400     }\r
 401     if (refdate!=null)\r
 402     {\r
 403       if (newdate!=null)\r
 404       {\r
 405         return refdate.before(newdate);\r
 406       }\r
 407       return false;\r
 408     }\r
 409     if (newdate!=null)\r
 410     {\r
 411       return true;\r
 412     }\r
 413     // assume first instance of source is newest in list. - TODO: check if natural ordering of source versions is newest first or oldest first\r
 414     return false;\r
 415   }\r
 416   private void setCapabilities(SOURCE[] sources)\r
 417   {\r
 418     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 419     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 420     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 421     Vector<String> taxIds=new Vector<String>();\r
 422     authority.add("Any");\r
 423     type.add("Any");\r
 424     label.add("Any");\r
 425     \r
 426 \r
 427     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 428     {\r
 429       SOURCE ds = sources[i];\r
 430       VERSION latest=null;\r
 431       for (VERSION v:ds.getVERSION()) {\r
 432         if (latest==null || isLaterThan(latest.getCreated(),v.getCreated()))\r
 433         {\r
 434           // TODO: das 1.6 - should just get the first version - ignore other versions since not specified how to construct URL from version's URI + source URI\r
 435           latest=v;\r
 436         }\r
 437       }\r
 438       \r
 439       for (COORDINATES cs: latest.getCOORDINATES())\r
 440       {\r
 441         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 442         {\r
 443           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 444         }\r
 445 \r
 446         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 447         {\r
 448           authority.add(cs.getAuthority());\r
 449         }\r
 450       }\r
 451 \r
 452       for (PROP slabel:latest.getPROP())\r
 453       {\r
 454         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL") && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 455         {\r
 456           label.add(slabel.getValue());\r
 457         }\r
 458       }\r
 459 \r
 460     }\r
 461 \r
 462     filter1.setListData(authority);\r
 463     filter2.setListData(type);\r
 464     filter3.setListData(label);\r
 465     // filter4 taxIds\r
 466 \r
 467     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 468     {\r
 469       public void run()\r
 470       {\r
 471         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 472         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 473         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 474       }\r
 475     });\r
 476   }\r
 477 \r
 478   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 479   {\r
 480     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 481     boolean seqsrc = false;\r
 482     if (!newSource)\r
 483     {\r
 484       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 485       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 486       url = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getUri();\r
 487       seqsrc = ((SOURCE) localSources.get(nickname)).getVERSION().get(0).getCAPABILITY().contains(Capabilities.SEQUENCE);\r
 488     }\r
 489 \r
 490     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 491     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 492     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 493     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 494     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 495     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 496     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 497     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 498     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 499     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 500     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 501     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 502     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 503     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 504 \r
 505     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 506             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 507             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 508 \r
 509     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 510     {\r
 511       return;\r
 512     }\r
 513 \r
 514     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 515     {\r
 516       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 517     }\r
 518 \r
 519     // build using pattern from test: sourcesclientImplTest\r
 520     {\r
 521       SOURCE source = new SOURCE();\r
 522       String uri = "http://das.sanger.ac.uk/das/dummysource";\r
 523       source.setUri("http://das.sanger.ac.uk/das/dummysource");\r
 524       source.setDescription("Dummy Test Source, should not be in a working registry sources doc");\r
 525       VERSION version = new VERSION();\r
 526       version.setUri(uri);\r
 527       COORDINATES coord = new COORDINATES();\r
 528       coord.setAuthority("NCBI");\r
 529       coord.setSource("Chromosome");\r
 530       coord.setTaxid("9606");\r
 531       coord.setVersion("35");\r
 532       version.getCOORDINATES().add(coord);\r
 533       CAPABILITY cap = new CAPABILITY();\r
 534       cap.setQueryUri(uri + "features");\r
 535       cap.setType("das1:" + Capabilities.FEATURES.getName());\r
 536       version.getCAPABILITY().add(cap);\r
 537       source.getVERSION().add(version);\r
 538       MAINTAINER m = new MAINTAINER();\r
 539       m.setEmail("jw12@sanger.ac.uk");\r
 540       source.setMAINTAINER(m);\r
 541       source.setTitle("dummy title");\r
 542 \r
 543     }\r
 544     SOURCE local = new Das1Source();\r
 545 \r
 546     local.setUrl(urltf.getText());\r
 547     local.setNickname(nametf.getText());\r
 548     if (seqs.isSelected())\r
 549     {\r
 550       local.setCapabilities(new String[]\r
 551       { "features", "sequence" });\r
 552     }\r
 553     if (localSources == null)\r
 554     {\r
 555       localSources = new Hashtable();\r
 556     }\r
 557 \r
 558     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 559 \r
 560     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 561     {\r
 562       localSources.remove(nickname);\r
 563     }\r
 564 \r
 565     int size = dasSources.length;\r
 566     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 567 \r
 568     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 569     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 570     {\r
 571       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 572       {\r
 573         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 574         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 575         data[i][0] = local.getNickname();\r
 576         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 577       }\r
 578       else\r
 579       {\r
 580         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 581         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 582                 .getNickname()));\r
 583       }\r
 584     }\r
 585 \r
 586     if (newSource)\r
 587     {\r
 588       data[size][0] = local.getNickname();\r
 589       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 590       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 591     }\r
 592 \r
 593     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 594 \r
 595     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 596 \r
 597     if (newSource)\r
 598     {\r
 599       tmp[size] = local;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     dasSources = tmp;\r
 603 \r
 604     refreshTableData(data);\r
 605 \r
 606     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 607     {\r
 608       public void run()\r
 609       {\r
 610         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 611                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 612       }\r
 613     });\r
 614 \r
 615     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 616   }\r
 617 \r
 618   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 619   {\r
 620     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 621     if (selectedRow == -1)\r
 622     {\r
 623       return;\r
 624     }\r
 625 \r
 626     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 627 \r
 628     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 629     {\r
 630       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 631               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 632               "Public DAS source - not editable",\r
 633               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 634       return;\r
 635     }\r
 636 \r
 637     Object[] options =\r
 638     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 639     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 640             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 641             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 642             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 643             null, options, options[2]);\r
 644 \r
 645     switch (choice)\r
 646     {\r
 647     case 0:\r
 648       amendLocal(false);\r
 649       break;\r
 650     case 1:\r
 651       localSources.remove(nickname);\r
 652       selectedSources.remove(nickname);\r
 653       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 654       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 655       int index = 0;\r
 656       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 657       {\r
 658         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 659         {\r
 660           continue;\r
 661         }\r
 662         else\r
 663         {\r
 664           tmp[index] = dasSources[i];\r
 665           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 666           data[index][1] = new Boolean(\r
 667                   selectedSources.contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 668           index++;\r
 669         }\r
 670       }\r
 671       dasSources = tmp;\r
 672       refreshTableData(data);\r
 673       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 674       {\r
 675         public void run()\r
 676         {\r
 677           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 678                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 679         }\r
 680       });\r
 681 \r
 682       break;\r
 683     }\r
 684   }\r
 685 \r
 686   void appendLocalSources()\r
 687   {\r
 688     if (localSources == null)\r
 689     {\r
 690       return;\r
 691     }\r
 692     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the\r
 693     // standard fetchDbRefs function\r
 694     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 695     int lsize = localSources.size();\r
 696 \r
 697     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 698     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 699     {\r
 700       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 701       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 702               .getNickname()));\r
 703     }\r
 704 \r
 705     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 706     if (dasSources != null)\r
 707     {\r
 708       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 709     }\r
 710 \r
 711     Enumeration en = localSources.keys();\r
 712     int index = size;\r
 713     while (en.hasMoreElements())\r
 714     {\r
 715       String key = en.nextElement().toString();\r
 716       data[index][0] = key;\r
 717       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 718       tmp[index] = new Das1Source();\r
 719       tmp[index].setNickname(key);\r
 720       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 721 \r
 722       index++;\r
 723     }\r
 724 \r
 725     dasSources = tmp;\r
 726 \r
 727     refreshTableData(data);\r
 728   }\r
 729 \r
 730   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 731   {\r
 732     // Called when the MainTable selection changes\r
 733     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 734     {\r
 735       return;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     displayFullDetails(null);\r
 739 \r
 740     // Filter the displayed data sources\r
 741     int dSize = dasSources.length;\r
 742 \r
 743     ArrayList names = new ArrayList();\r
 744     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 745     DasSource ds;\r
 746 \r
 747     // The features filter is not visible, but we must still\r
 748     // filter the das source list here.\r
 749     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 750     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 751     { "features" };\r
 752 \r
 753     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 754     {\r
 755       ds = dasSources[i];\r
 756       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 757 \r
 758       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 759               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 760               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 761               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 762       {\r
 763         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 764         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 765         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 766         names.add(ds.getNickname());\r
 767         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 768         continue;\r
 769       }\r
 770 \r
 771       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 772               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 773                       ds.getLabels()))\r
 774       {\r
 775         continue;\r
 776       }\r
 777 \r
 778       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 779       {\r
 780         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 781         { dcs[j].getName() })\r
 782                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 783                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 784         {\r
 785           names.add(ds.getNickname());\r
 786           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 787                   .getNickname())));\r
 788           break;\r
 789         }\r
 790       }\r
 791     }\r
 792 \r
 793     dSize = names.size();\r
 794     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 795     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 796     {\r
 797       data[d][0] = names.get(d);\r
 798       data[d][1] = selected.get(d);\r
 799     }\r
 800 \r
 801     refreshTableData(data);\r
 802   }\r
 803 \r
 804   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 805   {\r
 806     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 807     {\r
 808       if (selection[i].equals("Any"))\r
 809       {\r
 810         return true;\r
 811       }\r
 812 \r
 813       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 814       {\r
 815         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 816         {\r
 817           return true;\r
 818         }\r
 819       }\r
 820     }\r
 821 \r
 822     return false;\r
 823   }\r
 824 \r
 825   void setSelectedFromProperties()\r
 826   {\r
 827     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 828             "uniprot");\r
 829     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 830     selectedSources = new Vector();\r
 831     while (st.hasMoreTokens())\r
 832     {\r
 833       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 834     }\r
 835 \r
 836     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 837     if (_localSources != null)\r
 838     {\r
 839       if (localSources == null)\r
 840       {\r
 841         localSources = new Hashtable();\r
 842       }\r
 843       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 844       while (sources.hasMoreElements())\r
 845       {\r
 846         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 847         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 848       }\r
 849     }\r
 850   }\r
 851 \r
 852   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 853   {\r
 854     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 855   }\r
 856 \r
 857   /**\r
 858    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 859    * \r
 860    * @param properties\r
 861    */\r
 862   public void saveProperties(Properties properties)\r
 863   {\r
 864     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 865     {\r
 866       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 867     }\r
 868     else\r
 869     {\r
 870       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 871               registryURL.getText());\r
 872     }\r
 873 \r
 874     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 875     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 876     {\r
 877       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 878       {\r
 879         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 880       }\r
 881     }\r
 882 \r
 883     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 884             sb.toString());\r
 885 \r
 886     if (localSources != null)\r
 887     {\r
 888       sb = new StringBuffer();\r
 889       Enumeration en = localSources.keys();\r
 890       while (en.hasMoreElements())\r
 891       {\r
 892         String token = en.nextElement().toString();\r
 893         sb.append(token\r
 894                 + "|"\r
 895                 + (((DasSource) localSources.get(token))\r
 896                         .hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 897                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 898       }\r
 899 \r
 900       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE,\r
 901               sb.toString());\r
 902     }\r
 903 \r
 904   }\r
 905 \r
 906   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 907   {\r
 908 \r
 909     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 910     {\r
 911       this.data = data;\r
 912     }\r
 913 \r
 914     private String[] columnNames = new String[]\r
 915     { "Nickname", "Use Source" };\r
 916 \r
 917     private Object[][] data;\r
 918 \r
 919     public int getColumnCount()\r
 920     {\r
 921       return columnNames.length;\r
 922     }\r
 923 \r
 924     public int getRowCount()\r
 925     {\r
 926       return data.length;\r
 927     }\r
 928 \r
 929     public String getColumnName(int col)\r
 930     {\r
 931       return columnNames[col];\r
 932     }\r
 933 \r
 934     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 935     {\r
 936       return data[row][col];\r
 937     }\r
 938 \r
 939     /*\r
 940      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 941      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 942      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 943      */\r
 944     public Class getColumnClass(int c)\r
 945     {\r
 946       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 947     }\r
 948 \r
 949     /*\r
 950      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 951      */\r
 952     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 953     {\r
 954       // Note that the data/cell address is constant,\r
 955       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 956       return col == 1;\r
 957 \r
 958     }\r
 959 \r
 960     /*\r
 961      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 962      */\r
 963     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 964     {\r
 965       data[row][col] = value;\r
 966       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 967 \r
 968       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 969       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 970 \r
 971       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 972       {\r
 973         selectedSources.remove(name);\r
 974       }\r
 975 \r
 976       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 977       {\r
 978         selectedSources.add(name);\r
 979       }\r
 980     }\r
 981   }\r
 982 \r
 983   public void initDasSources()\r
 984   {\r
 985 \r
 986     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 987     {\r
 988       public void run()\r
 989       {\r
 990         // this actually initialises the das source list\r
 991         paintComponent(null); // yuk\r
 992       }\r
 993     });\r
 994     thr.start();\r
 995     while (loadingDasSources || dasSources == null)\r
 996     {\r
 997       try\r
 998       {\r
 999         Thread.sleep(10);\r
1000       } catch (Exception e)\r
1001       {\r
1002       }\r
1003       ;\r
1004     }\r
1005   }\r
1006 \r
1007   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
1008   {\r
1009 \r
1010     Vector resolved = new Vector();\r
1011     if (sources != null)\r
1012     {\r
1013       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
1014       {\r
1015         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
1016         {\r
1017           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
1018           {\r
1019             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
1020           }\r
1021         }\r
1022       }\r
1023     }\r
1024     return resolved;\r
1025   }\r
1026 \r
1027   /**\r
1028    * disable or enable the buttons on the source browser\r
1029    * \r
1030    * @param b\r
1031    */\r
1032   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
1033   {\r
1034     refresh.setEnabled(b);\r
1035     addLocal.setEnabled(b);\r
1036   }\r
1037 }\r