src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser\r
  34     extends GDasSourceBrowser implements Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY =\r
  43       "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  44 \r
  45   /**\r
  46    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  47    */\r
  48   public boolean loadingDasSources = false;\r
  49   protected static String getDasRegistryURL()\r
  50   {\r
  51     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52         DEFAULT_REGISTRY);\r
  53 \r
  54     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61   public DasSourceBrowser()\r
  62   {\r
  63     String registry = getDasRegistryURL();\r
  64     \r
  65     registryURL.setText(registry);\r
  66 \r
  67     setSelectedFromProperties();\r
  68 \r
  69     displayFullDetails(null);\r
  70     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  71 \r
  72     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  73     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  75 \r
  76     //Ask to be notified of selection changes.\r
  77     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  78     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  79     {\r
  80       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  81       {\r
  82         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  83         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  84         {\r
  85           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  86           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (evt.getClickCount() == 2\r
  96             || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  97         {\r
  98           editRemoveLocalSource(evt);\r
  99         }\r
 100       }\r
 101     });\r
 102 \r
 103     if (dasSources != null)\r
 104     {\r
 105       init();\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 110   {\r
 111     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 112     {\r
 113       Thread worker = new Thread(this);\r
 114       worker.start();\r
 115     }\r
 116   }\r
 117 \r
 118   void init()\r
 119   {\r
 120     int dSize = dasSources.length;\r
 121     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 122     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 123     {\r
 124       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 125       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 126           getNickname()));\r
 127     }\r
 128 \r
 129     refreshTableData(data);\r
 130     setCapabilities(dasSources);\r
 131 \r
 132     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 133     {\r
 134       public void run()\r
 135       {\r
 136         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 137         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 138         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 139       }\r
 140     });\r
 141 \r
 142     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 143     progressBar.setVisible(false);\r
 144     addLocal.setVisible(true);\r
 145     refresh.setVisible(true);\r
 146   }\r
 147 \r
 148   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 149   {\r
 150     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 151     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 152     table.setModel(sorter);\r
 153   }\r
 154 \r
 155   void displayFullDetails(String nickName)\r
 156   {\r
 157 \r
 158     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 159         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 160 \r
 161     if (nickName == null)\r
 162     {\r
 163       fullDetails.setText(text +\r
 164                           "Select a DAS service from the table"\r
 165                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int dSize = dasSources.length;\r
 170     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 171     {\r
 172       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 173       {\r
 174         continue;\r
 175       }\r
 176 \r
 177       DasSource ds = dasSources[i];\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 180                   "<br>");\r
 181       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 182                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 183       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 184                   "<br>");\r
 185 \r
 186       text.append(\r
 187           "<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 188           + dasSources[i].getAdminemail()\r
 189           + "\">" + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" +\r
 190           "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " +\r
 193                   dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 194                   "<br>");\r
 195 \r
 196       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " +\r
 197                   dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 198                   "<br>");\r
 199 \r
 200       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 201       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 202       {\r
 203         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 204         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 205         {\r
 206           text.append(",");\r
 207         }\r
 208         text.append(" ");\r
 209       }\r
 210       text.append("<br>");\r
 211 \r
 212       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 213       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 214       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 215       {\r
 216         text.append(scap[j]);\r
 217         if (j < scap.length - 1)\r
 218         {\r
 219           text.append(", ");\r
 220         }\r
 221       }\r
 222       text.append("<br>");\r
 223 \r
 224       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 225       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 226       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 227       {\r
 228         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 229                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 230         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 231         {\r
 232           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 233         }\r
 234         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 235         {\r
 236           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 237         }\r
 238 \r
 239         text.append("<br>");\r
 240       }\r
 241 \r
 242       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 243                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 244 \r
 245       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 246           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 247       {\r
 248         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 249                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 250                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 251       }\r
 252 \r
 253       text.append("</font></html>");\r
 254 \r
 255       break;\r
 256     }\r
 257 \r
 258     fullDetails.setText(text.toString());\r
 259     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 260     {\r
 261       public void run()\r
 262       {\r
 263         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 264       }\r
 265     });\r
 266   }\r
 267 \r
 268   public void run()\r
 269   {\r
 270     loadingDasSources = true;\r
 271 \r
 272     addLocal.setVisible(false);\r
 273     refresh.setVisible(false);\r
 274     progressBar.setVisible(true);\r
 275     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 276     // Refresh the source list.\r
 277     dasSources=null;\r
 278     getDASSource();\r
 279     \r
 280     init();\r
 281 \r
 282     loadingDasSources = false;\r
 283 \r
 284   }\r
 285 \r
 286   public Vector getSelectedSources()\r
 287   {\r
 288     Vector selected = new Vector();\r
 289     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 290     {\r
 291       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 292       {\r
 293         if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 294             selectedSources.elementAt(r)))\r
 295         {\r
 296           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 297           break;\r
 298         }\r
 299       }\r
 300     }\r
 301 \r
 302     return selected;\r
 303   }\r
 304   /**\r
 305    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 306    * @return\r
 307    */\r
 308   public DasSource[] getDASSource()\r
 309   {\r
 310     if (dasSources == null)\r
 311     {\r
 312       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 313       appendLocalSources();\r
 314     }\r
 315 \r
 316     return dasSources;\r
 317   }\r
 318 \r
 319   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 320   {\r
 321     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 322 \r
 323     Thread worker = new Thread(this);\r
 324     worker.start();\r
 325   }\r
 326 \r
 327   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 328   {\r
 329     Vector authority = new Vector();\r
 330     Vector type = new Vector();\r
 331     Vector label = new Vector();\r
 332 \r
 333     authority.addElement("Any");\r
 334     type.addElement("Any");\r
 335     label.addElement("Any");\r
 336 \r
 337     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 338     {\r
 339       DasSource ds = sources[i];\r
 340 \r
 341       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 342 \r
 343       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 344       {\r
 345         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 346         {\r
 347           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 348         }\r
 349 \r
 350         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 351         {\r
 352           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 353         }\r
 354       }\r
 355 \r
 356       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 357       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 358       {\r
 359         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 360         {\r
 361           label.addElement(slabels[s]);\r
 362         }\r
 363       }\r
 364 \r
 365     }\r
 366 \r
 367     filter1.setListData(authority);\r
 368     filter2.setListData(type);\r
 369     filter3.setListData(label);\r
 370 \r
 371     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 372     {\r
 373       public void run()\r
 374       {\r
 375         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 376         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 377         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 378       }\r
 379     });\r
 380   }\r
 381 \r
 382   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 383   {\r
 384     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 385 \r
 386     if (!newSource)\r
 387     {\r
 388       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 389       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 390       url = ( (DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 391     }\r
 392 \r
 393     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 394     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 395 \r
 396     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 397     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 398     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 399     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 400     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 401     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 402     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 403     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 404     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 405 \r
 406     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 407         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 408         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 409 \r
 410     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 411     {\r
 412       return;\r
 413     }\r
 414 \r
 415     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 416     {\r
 417       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 418     }\r
 419 \r
 420     Das1Source local = new Das1Source();\r
 421 \r
 422     local.setUrl(urltf.getText());\r
 423     local.setNickname(nametf.getText());\r
 424 \r
 425     if (localSources == null)\r
 426     {\r
 427       localSources = new Hashtable();\r
 428     }\r
 429 \r
 430     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 431 \r
 432     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 433     {\r
 434       localSources.remove(nickname);\r
 435     }\r
 436 \r
 437     int size = dasSources.length;\r
 438     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 439 \r
 440     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 441     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 442     {\r
 443       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 444       {\r
 445         ( (DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 446         ( (DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 447         data[i][0] = local.getNickname();\r
 448         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 449       }\r
 450       else\r
 451       {\r
 452         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 453         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 454             getNickname()));\r
 455       }\r
 456     }\r
 457 \r
 458     if (newSource)\r
 459     {\r
 460       data[size][0] = local.getNickname();\r
 461       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 462       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 463     }\r
 464 \r
 465     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 466 \r
 467     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 468 \r
 469     if (newSource)\r
 470     {\r
 471       tmp[size] = local;\r
 472     }\r
 473 \r
 474     dasSources = tmp;\r
 475 \r
 476     refreshTableData(data);\r
 477 \r
 478     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 479     {\r
 480       public void run()\r
 481       {\r
 482         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 483             scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 484             );\r
 485       }\r
 486     });\r
 487 \r
 488     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 489   }\r
 490 \r
 491   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 492   {\r
 493     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 494     if (selectedRow == -1)\r
 495     {\r
 496       return;\r
 497     }\r
 498 \r
 499     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 500 \r
 501     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 502     {\r
 503       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 504                                             "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 505                                             "Public DAS source - not editable",\r
 506                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 507       return;\r
 508     }\r
 509 \r
 510     Object[] options =\r
 511         {\r
 512         "Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 513     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 514         "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 515         "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 516         JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 517         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 518         null,\r
 519         options,\r
 520         options[2]);\r
 521 \r
 522     switch (choice)\r
 523     {\r
 524       case 0:\r
 525         amendLocal(false);\r
 526         break;\r
 527       case 1:\r
 528         localSources.remove(nickname);\r
 529         selectedSources.remove(nickname);\r
 530         Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 531         DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 532         int index = 0;\r
 533         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 534         {\r
 535           if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 536           {\r
 537             continue;\r
 538           }\r
 539           else\r
 540           {\r
 541             tmp[index] = dasSources[i];\r
 542             data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 543             data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 544                 getNickname()));\r
 545             index++;\r
 546           }\r
 547         }\r
 548         dasSources = tmp;\r
 549         refreshTableData(data);\r
 550         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 551         {\r
 552           public void run()\r
 553           {\r
 554             scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 555                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 556                 );\r
 557           }\r
 558         });\r
 559 \r
 560         break;\r
 561     }\r
 562   }\r
 563 \r
 564   void appendLocalSources()\r
 565   {\r
 566     if (localSources == null)\r
 567     {\r
 568       return;\r
 569     }\r
 570 \r
 571     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 572     int lsize = localSources.size();\r
 573 \r
 574     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 575     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 576     {\r
 577       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 578       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 579           getNickname()));\r
 580     }\r
 581 \r
 582     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 583     if (dasSources != null)\r
 584     {\r
 585       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 586     }\r
 587 \r
 588     Enumeration en = localSources.keys();\r
 589     int index = size;\r
 590     while (en.hasMoreElements())\r
 591     {\r
 592       String key = en.nextElement().toString();\r
 593       data[index][0] = key;\r
 594       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 595       tmp[index] = new Das1Source();\r
 596       tmp[index].setNickname(key);\r
 597       tmp[index].setUrl( ( (DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 598 \r
 599       index++;\r
 600     }\r
 601 \r
 602     dasSources = tmp;\r
 603 \r
 604     refreshTableData(data);\r
 605   }\r
 606 \r
 607   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 608   {\r
 609     //Called when the MainTable selection changes\r
 610     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 611     {\r
 612       return;\r
 613     }\r
 614 \r
 615     displayFullDetails(null);\r
 616 \r
 617     // Filter the displayed data sources\r
 618     int dSize = dasSources.length;\r
 619 \r
 620     ArrayList names = new ArrayList();\r
 621     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 622     DasSource ds;\r
 623 \r
 624     //The features filter is not visible, but we must still\r
 625     //filter the das source list here.\r
 626     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 627     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 628         {\r
 629         "features"};\r
 630 \r
 631     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 632     {\r
 633       ds = dasSources[i];\r
 634       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 635 \r
 636       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 637           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 638           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 639           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 640       {\r
 641         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 642         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 643         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 644         names.add(ds.getNickname());\r
 645         selected.add(new Boolean(\r
 646             selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 647         continue;\r
 648       }\r
 649 \r
 650       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 651           || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 652                              ds.getLabels()))\r
 653       {\r
 654         continue;\r
 655       }\r
 656 \r
 657       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 658       {\r
 659         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 660                            new String[]\r
 661                            {dcs[j].getName()})\r
 662             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 663                               new String[]\r
 664                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 665         {\r
 666           names.add(ds.getNickname());\r
 667           selected.add(new Boolean(\r
 668               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 669           break;\r
 670         }\r
 671       }\r
 672     }\r
 673 \r
 674     dSize = names.size();\r
 675     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 676     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 677     {\r
 678       data[d][0] = names.get(d);\r
 679       data[d][1] = selected.get(d);\r
 680     }\r
 681 \r
 682     refreshTableData(data);\r
 683   }\r
 684 \r
 685   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 686   {\r
 687     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 688     {\r
 689       if (selection[i].equals("Any"))\r
 690       {\r
 691         return true;\r
 692       }\r
 693 \r
 694       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 695       {\r
 696         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 697         {\r
 698           return true;\r
 699         }\r
 700       }\r
 701     }\r
 702 \r
 703     return false;\r
 704   }\r
 705 \r
 706   void setSelectedFromProperties()\r
 707   {\r
 708     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 709     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 710     selectedSources = new Vector();\r
 711     while (st.hasMoreTokens())\r
 712     {\r
 713       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 714     }\r
 715 \r
 716     String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 717     if (local != null)\r
 718     {\r
 719       if (localSources == null)\r
 720       {\r
 721         localSources = new Hashtable();\r
 722       }\r
 723 \r
 724       st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 725       while (st.hasMoreTokens())\r
 726       {\r
 727         String token = st.nextToken();\r
 728         int bar = token.indexOf("|");\r
 729         Das1Source source = new Das1Source();\r
 730 \r
 731         source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 732         source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 733 \r
 734         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 735       }\r
 736     }\r
 737   }\r
 738 \r
 739   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 740   {\r
 741     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 742   }\r
 743 \r
 744   public void saveProperties(Properties properties)\r
 745   {\r
 746     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 747     {\r
 748       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 749     }\r
 750     else\r
 751     {\r
 752       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 753     }\r
 754 \r
 755     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 756     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 757     {\r
 758       if ( ( (Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 759       {\r
 760         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 761       }\r
 762     }\r
 763 \r
 764     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString());\r
 765 \r
 766     if (localSources != null)\r
 767     {\r
 768       sb = new StringBuffer();\r
 769       Enumeration en = localSources.keys();\r
 770       while (en.hasMoreElements())\r
 771       {\r
 772         String token = en.nextElement().toString();\r
 773         sb.append(token + "|"\r
 774                   + ( (DasSource) localSources.get(token)).getUrl()\r
 775                   + "\t");\r
 776       }\r
 777 \r
 778       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 779     }\r
 780 \r
 781   }\r
 782 \r
 783   class DASTableModel\r
 784       extends AbstractTableModel\r
 785   {\r
 786 \r
 787     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 788     {\r
 789       this.data = data;\r
 790     }\r
 791 \r
 792     private String[] columnNames = new String[]\r
 793         {\r
 794         "Nickname", "Use Source"};\r
 795 \r
 796     private Object[][] data;\r
 797 \r
 798     public int getColumnCount()\r
 799     {\r
 800       return columnNames.length;\r
 801     }\r
 802 \r
 803     public int getRowCount()\r
 804     {\r
 805       return data.length;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     public String getColumnName(int col)\r
 809     {\r
 810       return columnNames[col];\r
 811     }\r
 812 \r
 813     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 814     {\r
 815       return data[row][col];\r
 816     }\r
 817 \r
 818     /*\r
 819      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 820      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 821      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 822      * rather than a check box.\r
 823      */\r
 824     public Class getColumnClass(int c)\r
 825     {\r
 826       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 827     }\r
 828 \r
 829     /*\r
 830      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 831      * editable.\r
 832      */\r
 833     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 834     {\r
 835       //Note that the data/cell address is constant,\r
 836       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 837       return col == 1;\r
 838 \r
 839     }\r
 840 \r
 841     /*\r
 842      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 843      * data can change.\r
 844      */\r
 845     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 846     {\r
 847       data[row][col] = value;\r
 848       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 849 \r
 850       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 851       boolean selected = ( (Boolean) value).booleanValue();\r
 852 \r
 853       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 854       {\r
 855         selectedSources.remove(name);\r
 856       }\r
 857 \r
 858       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 859       {\r
 860         selectedSources.add(name);\r
 861       }\r
 862     }\r
 863   }\r
 864 }\r