src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.jbgui.*;\r
  22 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  23 import javax.swing.event.*;\r
  24 import jalview.util.TableSorter;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
  31 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  32 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
  33 import java.awt.BorderLayout;\r
  34 \r
  35 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser\r
  36     implements Runnable, ListSelectionListener\r
  37 {\r
  38   static DasSource[] dasSources = null;\r
  39 \r
  40   Hashtable localSources = null;\r
  41 \r
  42   Vector selectedSources;\r
  43 \r
  44   String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/registry/das1/sources/";\r
  45 \r
  46   boolean loadingDasSources = false;\r
  47 \r
  48 \r
  49   public DasSourceBrowser()\r
  50   {\r
  51     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52         DEFAULT_REGISTRY);\r
  53 \r
  54     if(registry.equals("http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/"))\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59 \r
  60     registryURL.setText( registry );\r
  61 \r
  62     setSelectedFromProperties();\r
  63 \r
  64     displayFullDetails(null);\r
  65     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  66 \r
  67     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  68     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  69     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  70 \r
  71     //Ask to be notified of selection changes.\r
  72     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  73     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  74     {\r
  75       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  76       {\r
  77         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  78         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  79         {\r
  80           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  81           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  82         }\r
  83       }\r
  84     });\r
  85 \r
  86     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  87         {\r
  88           public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  89           {\r
  90             if(evt.getClickCount()==2\r
  91                || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  92               editRemoveLocalSource(evt);\r
  93           }\r
  94         });\r
  95 \r
  96     if(dasSources!=null)\r
  97     {\r
  98        init();\r
  99     }\r
 100   }\r
 101 \r
 102   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 103   {\r
 104     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 105     {\r
 106       Thread worker = new Thread(this);\r
 107       worker.start();\r
 108     }\r
 109   }\r
 110 \r
 111   void init()\r
 112   {\r
 113     int dSize = dasSources.length;\r
 114     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 115     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 116     {\r
 117       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 118       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 119           getNickname()));\r
 120     }\r
 121 \r
 122     refreshTableData(data);\r
 123     setCapabilities(dasSources);\r
 124 \r
 125     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 126         {\r
 127           public void run()\r
 128           {\r
 129             TableSorter sorter = (TableSorter)table.getModel();\r
 130             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 131             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 132           }\r
 133         });\r
 134 \r
 135     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 136     progressBar.setVisible(false);\r
 137     addLocal.setVisible(true);\r
 138     refresh.setVisible(true);\r
 139   }\r
 140 \r
 141 \r
 142   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 143   {\r
 144     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 145     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 146     table.setModel(sorter);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   void displayFullDetails(String nickName)\r
 150   {\r
 151 \r
 152     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 153         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 154 \r
 155     if (nickName == null)\r
 156     {\r
 157       fullDetails.setText(text +\r
 158                           "Select a DAS service from the table"\r
 159                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 160       return;\r
 161     }\r
 162 \r
 163     int dSize = dasSources.length;\r
 164     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 165     {\r
 166       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 167         continue;\r
 168 \r
 169       DasSource ds = dasSources[i];\r
 170 \r
 171       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 172                   "<br>");\r
 173       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 174                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 175       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 176                   "<br>");\r
 177 \r
 178       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 179                   +dasSources[i].getAdminemail()\r
 180                   +"\">"+dasSources[i].getAdminemail()+"</a>" +\r
 181                   "<br>");\r
 182 \r
 183 \r
 184       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " + dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 185                         "<br>");\r
 186 \r
 187       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " + dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 188                         "<br>");\r
 189 \r
 190       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 191       for(int s=0; s<dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 192       {\r
 193         text.append( dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 194         if(s<dasSources[i].getLabels().length-1)\r
 195           text.append(",");\r
 196         text.append(" ");\r
 197       }\r
 198       text.append("<br>");\r
 199 \r
 200 \r
 201 \r
 202       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 203       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 204       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 205       {\r
 206         text.append(scap[j]);\r
 207         if (j < scap.length - 1)\r
 208           text.append(", ");\r
 209       }\r
 210       text.append("<br>");\r
 211 \r
 212       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 213       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 214       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 215       {\r
 216         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 217                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 218         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 219           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 220         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 221           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 222 \r
 223         text.append("<br>");\r
 224       }\r
 225 \r
 226       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 227                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 228 \r
 229 \r
 230       if (dasSources[i].getHelperurl()!=null\r
 231           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 232       {\r
 233         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 234                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 235                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 236       }\r
 237 \r
 238       text.append("</font></html>");\r
 239 \r
 240       break;\r
 241     }\r
 242 \r
 243     fullDetails.setText(text.toString());\r
 244     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 245     {\r
 246       public void run()\r
 247       {\r
 248         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 249       }\r
 250     });\r
 251   }\r
 252 \r
 253 \r
 254   public void run()\r
 255   {\r
 256     loadingDasSources = true;\r
 257 \r
 258     addLocal.setVisible(false);\r
 259     refresh.setVisible(false);\r
 260     progressBar.setVisible(true);\r
 261     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 262 \r
 263     dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 264 \r
 265     appendLocalSources();\r
 266 \r
 267     init();\r
 268 \r
 269     loadingDasSources = false;\r
 270 \r
 271   }\r
 272 \r
 273   public Vector getSelectedSources()\r
 274   {\r
 275     Vector selected = new Vector();\r
 276     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 277     {\r
 278         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 279         {\r
 280           if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 281               selectedSources.elementAt(r)))\r
 282           {\r
 283             selected.addElement(dasSources[i]);\r
 284             break;\r
 285           }\r
 286         }\r
 287     }\r
 288 \r
 289     return selected;\r
 290   }\r
 291 \r
 292   public DasSource[] getDASSource()\r
 293   {\r
 294     if(dasSources==null)\r
 295     {\r
 296      dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 297      appendLocalSources();\r
 298     }\r
 299 \r
 300     return dasSources;\r
 301   }\r
 302 \r
 303   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 304   {\r
 305     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 306 \r
 307     Thread worker = new Thread(this);\r
 308     worker.start();\r
 309   }\r
 310 \r
 311   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 312   {\r
 313     Vector authority = new Vector();\r
 314     Vector type = new Vector();\r
 315     Vector label = new Vector();\r
 316 \r
 317     authority.addElement("Any");\r
 318     type.addElement("Any");\r
 319     label.addElement("Any");\r
 320 \r
 321     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 322     {\r
 323       DasSource ds = sources[i];\r
 324 \r
 325       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 326 \r
 327       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 328       {\r
 329         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 330           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 331 \r
 332         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 333           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 334       }\r
 335 \r
 336       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 337       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 338       {\r
 339         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 340         {\r
 341           label.addElement(slabels[s]);\r
 342         }\r
 343       }\r
 344 \r
 345     }\r
 346 \r
 347     filter1.setListData(authority);\r
 348     filter2.setListData(type);\r
 349     filter3.setListData(label);\r
 350 \r
 351     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 352     {\r
 353       public void run()\r
 354       {\r
 355         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 356         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 357         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 358       }\r
 359     });\r
 360   }\r
 361 \r
 362   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 363   {\r
 364     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 365 \r
 366     if(!newSource)\r
 367     {\r
 368       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 369       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 370       url = ((DasSource)localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 371     }\r
 372 \r
 373     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 374     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 375 \r
 376     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 377     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 378     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 379     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 380     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 381     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 382     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 383     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 384     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 385 \r
 386 \r
 387     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 388         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 389         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 390 \r
 391        if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 392        {\r
 393            return;\r
 394        }\r
 395 \r
 396        if(!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 397          urltf.setText(urltf.getText()+"/");\r
 398 \r
 399        Das1Source local = new Das1Source();\r
 400 \r
 401        local.setUrl(urltf.getText());\r
 402        local.setNickname(nametf.getText());\r
 403 \r
 404 \r
 405        if(localSources==null)\r
 406          localSources = new Hashtable();\r
 407 \r
 408        localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 409 \r
 410        if(!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 411        {\r
 412          localSources.remove(nickname);\r
 413        }\r
 414 \r
 415        int size = dasSources.length;\r
 416        int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 417 \r
 418        Object[][] data = new Object[size+adjust][2];\r
 419        for (int i = 0; i < size; i++)\r
 420        {\r
 421          if(!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 422          {\r
 423            ((DasSource)dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 424            ((DasSource)dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 425            data[i][0] = local.getNickname();\r
 426            data[i][1] = new Boolean(true);\r
 427          }\r
 428          else\r
 429          {\r
 430            data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 431            data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 432                getNickname()));\r
 433          }\r
 434        }\r
 435 \r
 436        if(newSource)\r
 437        {\r
 438          data[size][0] = local.getNickname();\r
 439          data[size][1] = new Boolean(true);\r
 440          selectedSources.add(local.getNickname());\r
 441        }\r
 442 \r
 443        DasSource [] tmp = new DasSource[size+adjust];\r
 444 \r
 445        System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 446 \r
 447        if(newSource)\r
 448          tmp[size] = local;\r
 449 \r
 450        dasSources = tmp;\r
 451 \r
 452        refreshTableData(data);\r
 453 \r
 454        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 455        {\r
 456          public void run()\r
 457          {\r
 458            scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 459                scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 460                );\r
 461          }\r
 462        });\r
 463 \r
 464        displayFullDetails(local.getNickname());\r
 465      }\r
 466 \r
 467     public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 468     {\r
 469       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 470       if(selectedRow==-1)\r
 471         return;\r
 472 \r
 473       String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 474 \r
 475       if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 476       {\r
 477         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 478         "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 479          "Public DAS source - not editable",\r
 480          JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 481         return;\r
 482       }\r
 483 \r
 484 \r
 485       Object[] options = {"Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 486       int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 487     "Do you want to edit or remove "+nickname+"?",\r
 488     "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 489     JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 490     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 491     null,\r
 492     options,\r
 493     options[2]);\r
 494 \r
 495       switch(choice)\r
 496       {\r
 497         case 0: amendLocal(false);   break;\r
 498         case 1:\r
 499           localSources.remove(nickname);\r
 500           selectedSources.remove(nickname);\r
 501           Object[][] data = new Object[dasSources.length-1][2];\r
 502           DasSource [] tmp = new DasSource[dasSources.length-1];\r
 503           int index = 0;\r
 504           for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 505           {\r
 506             if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 507             {\r
 508               continue;\r
 509             }\r
 510             else\r
 511             {\r
 512               tmp[index] = dasSources[i];\r
 513               data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 514               data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 515                   getNickname()));\r
 516               index++;\r
 517             }\r
 518           }\r
 519            dasSources = tmp;\r
 520            refreshTableData(data);\r
 521            SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 522            {\r
 523              public void run()\r
 524              {\r
 525                scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 526                    scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 527                    );\r
 528              }\r
 529            });\r
 530 \r
 531           break;\r
 532       }\r
 533     }\r
 534 \r
 535     void appendLocalSources()\r
 536     {\r
 537       if(localSources==null)\r
 538         return;\r
 539 \r
 540       int size = dasSources!=null ? dasSources.length : 0;\r
 541       int lsize = localSources.size();\r
 542 \r
 543       Object[][] data = new Object[size+lsize][2];\r
 544       for (int i = 0; i < size; i++)\r
 545       {\r
 546         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 547         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 548             getNickname()));\r
 549       }\r
 550 \r
 551       DasSource [] tmp = new DasSource[size+lsize];\r
 552       if(dasSources!=null)\r
 553         System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 554 \r
 555       Enumeration en = localSources.keys();\r
 556       int index = size;\r
 557       while(en.hasMoreElements())\r
 558       {\r
 559         String key = en.nextElement().toString();\r
 560         data[index][0] = key;\r
 561         data[index][1] = new Boolean(false);\r
 562         tmp[index] = new Das1Source();\r
 563         tmp[index].setNickname(key);\r
 564         tmp[index].setUrl( ((DasSource)localSources.get(key)).getUrl() );\r
 565 \r
 566         index++;\r
 567       }\r
 568 \r
 569       dasSources = tmp;\r
 570 \r
 571       refreshTableData(data);\r
 572   }\r
 573 \r
 574   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 575   {\r
 576     //Called when the MainTable selection changes\r
 577     if (evt.getValueIsAdjusting() )\r
 578     {\r
 579       return;\r
 580     }\r
 581 \r
 582 \r
 583     displayFullDetails(null);\r
 584 \r
 585     // Filter the displayed data sources\r
 586     int dSize = dasSources.length;\r
 587 \r
 588 \r
 589     ArrayList names = new ArrayList();\r
 590     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 591     DasSource ds;\r
 592 \r
 593     //The features filter is not visible, but we must still\r
 594     //filter the das source list here.\r
 595     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 596     Object [] dummyFeatureList = new Object[]{"features"};\r
 597 \r
 598     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 599     {\r
 600       ds = dasSources[i];\r
 601       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 602 \r
 603       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 604           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 605           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 606           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 607       {\r
 608         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 609         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 610         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 611         names.add(ds.getNickname());\r
 612         selected.add(new Boolean(\r
 613               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 614         continue;\r
 615       }\r
 616 \r
 617 \r
 618       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 619       ||  !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 620                           ds.getLabels()))\r
 621       {\r
 622         continue;\r
 623       }\r
 624 \r
 625       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 626       {\r
 627         if (   selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 628                            new String[]\r
 629                            {dcs[j].getName()})\r
 630             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 631                               new String[]\r
 632                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 633         {\r
 634           names.add(ds.getNickname());\r
 635           selected.add(new Boolean(\r
 636               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 637           break;\r
 638         }\r
 639       }\r
 640     }\r
 641 \r
 642     dSize = names.size();\r
 643     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 644     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 645     {\r
 646       data[d][0] = names.get(d);\r
 647       data[d][1] = selected.get(d);\r
 648     }\r
 649 \r
 650     refreshTableData(data);\r
 651   }\r
 652 \r
 653   boolean selectedInList(Object [] selection, String[] items)\r
 654   {\r
 655     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 656     {\r
 657       if (selection[i].equals("Any") )\r
 658         return true;\r
 659 \r
 660       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 661       {\r
 662         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 663           return true;\r
 664       }\r
 665     }\r
 666 \r
 667     return false;\r
 668   }\r
 669 \r
 670   void setSelectedFromProperties()\r
 671   {\r
 672      String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 673      StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 674      selectedSources = new Vector();\r
 675      while(st.hasMoreTokens())\r
 676      {\r
 677        selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 678      }\r
 679 \r
 680      String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 681      if(local!=null)\r
 682      {\r
 683        if(localSources == null)\r
 684          localSources = new Hashtable();\r
 685 \r
 686        st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 687        while(st.hasMoreTokens())\r
 688        {\r
 689          String token = st.nextToken();\r
 690          int bar = token.indexOf("|");\r
 691          Das1Source source = new Das1Source();\r
 692 \r
 693          source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 694          source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 695 \r
 696          localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 697        }\r
 698      }\r
 699   }\r
 700 \r
 701   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 702   {\r
 703     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 704   }\r
 705 \r
 706   public void saveProperties(Properties properties)\r
 707   {\r
 708     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 709       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 710     else\r
 711       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 712 \r
 713     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 714     for(int r=0; r<table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 715     {\r
 716       if( ((Boolean)table.getValueAt(r,1)).booleanValue())\r
 717       {\r
 718         sb.append(table.getValueAt(r,0)+"\t");\r
 719       }\r
 720     }\r
 721 \r
 722     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString() );\r
 723 \r
 724     if(localSources!=null)\r
 725     {\r
 726       sb = new StringBuffer();\r
 727       Enumeration en = localSources.keys();\r
 728       while(en.hasMoreElements())\r
 729       {\r
 730         String token = en.nextElement().toString();\r
 731         sb.append(token+"|"\r
 732                   + ((DasSource)localSources.get(token)).getUrl()\r
 733                   +"\t");\r
 734       }\r
 735 \r
 736       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 737     }\r
 738 \r
 739   }\r
 740 \r
 741   class DASTableModel\r
 742       extends AbstractTableModel\r
 743   {\r
 744 \r
 745     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 746     {\r
 747       this.data = data;\r
 748     }\r
 749 \r
 750     private String[] columnNames = new String[]  {"Nickname", "Use Source"};\r
 751 \r
 752     private Object[][] data;\r
 753 \r
 754     public int getColumnCount()\r
 755     {\r
 756       return columnNames.length;\r
 757     }\r
 758 \r
 759     public int getRowCount()\r
 760     {\r
 761       return data.length;\r
 762     }\r
 763 \r
 764     public String getColumnName(int col)\r
 765     {\r
 766       return columnNames[col];\r
 767     }\r
 768 \r
 769     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 770     {\r
 771       return data[row][col];\r
 772     }\r
 773 \r
 774     /*\r
 775      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 776      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 777      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 778      * rather than a check box.\r
 779      */\r
 780     public Class getColumnClass(int c)\r
 781     {\r
 782       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 783     }\r
 784 \r
 785     /*\r
 786      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 787      * editable.\r
 788      */\r
 789     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 790     {\r
 791       //Note that the data/cell address is constant,\r
 792       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 793       return col == 1;\r
 794 \r
 795     }\r
 796 \r
 797     /*\r
 798      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 799      * data can change.\r
 800      */\r
 801     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 802     {\r
 803       data[row][col] = value;\r
 804       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 805 \r
 806       String name = getValueAt(row,0).toString();\r
 807       boolean selected = ((Boolean)value).booleanValue();\r
 808 \r
 809       if(selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 810         selectedSources.remove(name);\r
 811 \r
 812       if(!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 813         selectedSources.add(name);\r
 814     }\r
 815   }\r
 816 }\r
 817 \r
 818 \r