src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  56         Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       @Override
  85       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  86       {
  87         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  88         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  89         {
  90           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  91           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  92         }
  93       }
  94     });
  95
  96     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  97     {
  98       @Override
  99       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 100       {
 101         if (evt.getClickCount() == 2 || evt.isPopupTrigger())
 102         {
 103           editRemoveLocalSource(evt);
 104         }
 105       }
 106     });
 107
 108     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 109     {
 110       init();
 111     }
 112   }
 113
 114   FeatureSettings fs = null;
 115
 116   private boolean loadingDasSources;
 117
 118   public DasSourceBrowser()
 119   {
 120     this(null);
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 125   {
 126     if (sourceRegistry == null)
 127     {
 128       Thread worker = new Thread(this);
 129       worker.start();
 130     }
 131   }
 132
 133   void init()
 134   {
 135     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 136     int dSize = sources.size();
 137     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 138     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 139     {
 140       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 141       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 142               .getTitle()));
 143     }
 144
 145     refreshTableData(data);
 146     setCapabilities(sourceRegistry);
 147
 148     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 149     {
 150       @Override
 151       public void run()
 152       {
 153         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 154         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 155         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 156       }
 157     });
 158
 159     progressBar.setIndeterminate(false);
 160     progressBar.setVisible(false);
 161     addLocal.setVisible(true);
 162     refresh.setVisible(true);
 163   }
 164
 165   public void refreshTableData(Object[][] data)
 166   {
 167     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 168     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 169     table.setModel(sorter);
 170   }
 171
 172   void displayFullDetails(String nickName)
 173   {
 174
 175     StringBuffer text = new StringBuffer(
 176             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 177
 178     if (nickName == null)
 179     {
 180       fullDetails.setText(text
 181               + MessageManager
 182                       .getString("label.select_das_service_from_table"));
 183       return;
 184     }
 185
 186     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 187     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 188     {
 189       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 190       {
 191         continue;
 192       }
 193
 194       VERSION latest = ds.getVersion();
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 196               + "<br>");
 197       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 198               + ds.getTitle() + "<br>");
 199
 200       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 201               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 202               + "<br>");
 203       if (!ds.isLocal())
 204       {
 205         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 206         {
 207           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 208                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 209                   + "<br>");
 210         }
 211
 212         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 213                 + ds.getDescription() + "<br>");
 214
 215         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 216                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 217
 218         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 219                 + latest.getCreated() + "<br>");
 220
 221         // TODO: Identify last successful test date
 222         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 223         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 224       }
 225       else
 226       {
 227         text.append("Source was added manually.<br/>");
 228       }
 229       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 230       boolean b = false;
 231       for (PROP labl : latest.getPROP())
 232       {
 233         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 234         {
 235           if (b)
 236           {
 237             text.append(",");
 238           }
 239           text.append(" ");
 240
 241           text.append(labl.getValue());
 242           b = true;
 243         }
 244         ;
 245       }
 246       text.append("<br>");
 247
 248       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 249       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 250       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 251       {
 252         text.append(scap[j].getType());
 253         if (j < scap.length - 1)
 254         {
 255           text.append(", ");
 256         }
 257       }
 258       text.append("<br>");
 259
 260       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 261       int i = 1;
 262       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 263       {
 264         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 265         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 266         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 267         {
 268           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 269         }
 270         if (dcs.getVersion() != null
 271                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 272         {
 273           {
 274             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 275           }
 276         }
 277         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 278                 + "</a>)");
 279       }
 280       text.append("</font></html>");
 281
 282       break;
 283     }
 284
 285     fullDetails.setText(text.toString());
 286     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 287     {
 288       @Override
 289       public void run()
 290       {
 291         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 292       }
 293     });
 294   }
 295
 296   @Override
 297   public void run()
 298   {
 299     loadingDasSources = true;
 300
 301     addLocal.setVisible(false);
 302     refresh.setVisible(false);
 303     progressBar.setVisible(true);
 304     progressBar.setIndeterminate(true);
 305     setParentGuiEnabled(false);
 306     // Refresh the source list.
 307     sourceRegistry.refreshSources();
 308
 309     init();
 310
 311     setParentGuiEnabled(true);
 312     loadingDasSources = false;
 313
 314   }
 315
 316   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 317   {
 318     if (fs != null)
 319     {
 320       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 321       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 322     }
 323   }
 324
 325   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 326   {
 327     // wait around if we're still loading.
 328     while (sourceRegistry == null)
 329     {
 330       if (!loadingDasSources)
 331       {
 332         new Thread(this).start();
 333         try
 334         {
 335           Thread.sleep(5);
 336         } catch (Exception e)
 337         {
 338         }
 339         ;
 340         while (loadingDasSources)
 341         {
 342           try
 343           {
 344             Thread.sleep(5);
 345           } catch (Exception e)
 346           {
 347           }
 348           ;
 349         }
 350         ;
 351       }
 352     }
 353
 354     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 355     for (String source : selectedSources)
 356     {
 357       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 358       if (srce != null)
 359       {
 360         selected.addElement(srce);
 361       }
 362     }
 363     return selected;
 364   }
 365
 366   @Override
 367   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 368   {
 369     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 370
 371     Thread worker = new Thread(this);
 372     worker.start();
 373   }
 374
 375   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 376   {
 377     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 378     Vector<String> type = new Vector<String>();
 379     Vector<String> label = new Vector<String>();
 380     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 381     authority.add("Any");
 382     type.add("Any");
 383     label.add("Any");
 384
 385     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 386     {
 387       VERSION latest = ds.getVersion();
 388
 389       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 390       {
 391         if (!type.contains(cs.getSource()))
 392         {
 393           type.add(cs.getSource()); // source==category
 394         }
 395
 396         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 397         {
 398           authority.add(cs.getAuthority());
 399         }
 400       }
 401
 402       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 403       {
 404         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 405                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 406         {
 407           label.add(slabel.getValue());
 408         }
 409       }
 410
 411     }
 412
 413     filter1.setListData(authority);
 414     filter2.setListData(type);
 415     filter3.setListData(label);
 416     // filter4 taxIds
 417
 418     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 419     {
 420       @Override
 421       public void run()
 422       {
 423         filter1.setSelectedIndex(0);
 424         filter2.setSelectedIndex(0);
 425         filter3.setSelectedIndex(0);
 426       }
 427     });
 428   }
 429
 430   @Override
 431   public void amendLocal(boolean newSource)
 432   {
 433     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 434     boolean seqsrc = false;
 435     if (!newSource)
 436     {
 437       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 438       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 439       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 440       url = source.getUri();
 441       seqsrc = source.isSequenceSource();
 442     }
 443
 444     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 445     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 446     JCheckBox seqs = new JCheckBox(
 447             MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 448     seqs.setSelected(seqsrc);
 449     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 450     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 451     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name:")),
 452             BorderLayout.CENTER);
 453     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 454     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 455     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 456     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url:")),
 457             BorderLayout.NORTH);
 458     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 459     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 460     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 461
 462     int reply = JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 463             panel,
 464             MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 465             JvOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 466
 467     if (reply != JvOptionPane.OK_OPTION)
 468     {
 469       return;
 470     }
 471
 472     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 473     {
 474       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 475     }
 476
 477     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 478             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 479     List sources = sourceRegistry.getSources();
 480     int osize = sources.size();
 481     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 482
 483     Object[][] data = new Object[size][2];
 484     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 485             .getModel()).getTableModel() : null;
 486     for (int i = 0; i < osize; i++)
 487     {
 488       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 489               .getValueAt(i, 0);
 490       if (!newSource && osrc != null
 491               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 492       {
 493         data[i][0] = local.getTitle();
 494         data[i][1] = new Boolean(true);
 495       }
 496       else
 497       {
 498         data[i][0] = osrc;
 499         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 500       }
 501     }
 502     // Always add a new source at the end
 503     if (newSource)
 504     {
 505       data[osize][0] = local.getTitle();
 506       data[osize][1] = new Boolean(true);
 507       selectedSources.add(local.getTitle());
 508     }
 509
 510     refreshTableData(data);
 511
 512     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 513     {
 514       @Override
 515       public void run()
 516       {
 517         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 518                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 519       }
 520     });
 521
 522     displayFullDetails(local.getTitle());
 523   }
 524
 525   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 526   {
 527     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 528     if (selectedRow == -1)
 529     {
 530       return;
 531     }
 532
 533     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 534
 535     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 536     {
 537       JvOptionPane
 538               .showInternalMessageDialog(
 539                       Desktop.desktop,
 540                       MessageManager
 541                               .getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 542                       MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 543                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 544       return;
 545     }
 546
 547     Object[] options = { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 548     int choice = JvOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 549             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 550             "Edit / Remove Local DAS Source",
 551             JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JvOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 552             null, options, options[2]);
 553
 554     switch (choice)
 555     {
 556     case 0:
 557       amendLocal(false);
 558       break;
 559     case 1:
 560       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 561       selectedSources.remove(nickname);
 562       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 563       int index = 0,
 564       l = table.getRowCount();
 565
 566       for (int i = 0; i < l; i++)
 567       {
 568         String nm;
 569         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 570         {
 571           continue;
 572         }
 573         else
 574         {
 575           data[index][0] = nm;
 576           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 577           index++;
 578         }
 579       }
 580       refreshTableData(data);
 581       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 582       {
 583         @Override
 584         public void run()
 585         {
 586           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 587                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 588         }
 589       });
 590
 591       break;
 592     }
 593   }
 594
 595   @Override
 596   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 597   {
 598     // Called when the MainTable selection changes
 599     if (evt.getValueIsAdjusting())
 600     {
 601       return;
 602     }
 603
 604     displayFullDetails(null);
 605
 606     // Filter the displayed data sources
 607
 608     ArrayList names = new ArrayList();
 609     ArrayList selected = new ArrayList();
 610
 611     // The features filter is not visible, but we must still
 612     // filter the das source list here.
 613     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 614     Object[] dummyFeatureList = new Object[] { "features" };
 615     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 616     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 617     {
 618
 619       VERSION v = ds.getVersion();
 620       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 621       if (ds.isLocal()
 622               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 623                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 624                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 625                       .getSelectedIndex() == 0))
 626       {
 627         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 628         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 629         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 630         names.add(ds.getTitle());
 631         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 632         continue;
 633       }
 634
 635       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 636               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 637                       ds.getLabelsFor(v)))
 638       {
 639         continue;
 640       }
 641
 642       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 643       {
 644         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(),
 645                 new String[] { coords.get(j).getAuthority() })
 646                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 647                 { coords.get(j).getSource() }))
 648         {
 649           names.add(ds.getTitle());
 650           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 651           break;
 652         }
 653       }
 654     }
 655
 656     int dSize = names.size();
 657     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 658     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 659     {
 660       data[d][0] = names.get(d);
 661       data[d][1] = selected.get(d);
 662     }
 663
 664     refreshTableData(data);
 665   }
 666
 667   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 668   {
 669     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 670     {
 671       if (selection[i].equals("Any"))
 672       {
 673         return true;
 674       }
 675       if (items == null || items.length == 0)
 676       {
 677         return false;
 678       }
 679       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 680               + selection[i];
 681       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 682       {
 683         if (sel.equals(items[j]))
 684         {
 685           return true;
 686         }
 687       }
 688     }
 689
 690     return false;
 691   }
 692
 693   void setSelectedFromProperties()
 694   {
 695     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 696             "uniprot");
 697     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 698     selectedSources = new Vector();
 699     while (st.hasMoreTokens())
 700     {
 701       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 702     }
 703   }
 704
 705   @Override
 706   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 707   {
 708     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 709   }
 710
 711   /**
 712    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 713    *
 714    * @param properties
 715    */
 716   public void saveProperties(Properties properties)
 717   {
 718     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 719     {
 720       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 721     }
 722     else
 723     {
 724       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 725               registryURL.getText());
 726     }
 727
 728     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 729     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 730     {
 731       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 732       {
 733         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 734       }
 735     }
 736
 737     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 738             sb.toString());
 739
 740     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 741     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 742   }
 743
 744   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 745   {
 746
 747     public DASTableModel(Object[][] data)
 748     {
 749       this.data = data;
 750     }
 751
 752     private String[] columnNames = new String[] {
 753         MessageManager.getString("label.nickname"),
 754         MessageManager.getString("label.use_source") };
 755
 756     private Object[][] data;
 757
 758     @Override
 759     public int getColumnCount()
 760     {
 761       return columnNames.length;
 762     }
 763
 764     @Override
 765     public int getRowCount()
 766     {
 767       return data.length;
 768     }
 769
 770     @Override
 771     public String getColumnName(int col)
 772     {
 773       return columnNames[col];
 774     }
 775
 776     @Override
 777     public Object getValueAt(int row, int col)
 778     {
 779       return data[row][col];
 780     }
 781
 782     /*
 783      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 784      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 785      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 786      */
 787     @Override
 788     public Class getColumnClass(int c)
 789     {
 790       return getValueAt(0, c).getClass();
 791     }
 792
 793     /*
 794      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 795      */
 796     @Override
 797     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 798     {
 799       // Note that the data/cell address is constant,
 800       // no matter where the cell appears onscreen.
 801       return col == 1;
 802
 803     }
 804
 805     /*
 806      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 807      */
 808     @Override
 809     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 810     {
 811       data[row][col] = value;
 812       fireTableCellUpdated(row, col);
 813
 814       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 815       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 816
 817       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 818       {
 819         selectedSources.remove(name);
 820       }
 821
 822       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 823       {
 824         selectedSources.add(name);
 825       }
 826     }
 827   }
 828
 829   public void initDasSources()
 830   {
 831
 832     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 833     {
 834       @Override
 835       public void run()
 836       {
 837         // this actually initialises the das source list
 838         paintComponent(null); // yuk
 839       }
 840     });
 841     thr.start();
 842     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 843     {
 844       try
 845       {
 846         Thread.sleep(10);
 847       } catch (Exception e)
 848       {
 849       }
 850       ;
 851     }
 852   }
 853
 854   /**
 855    * disable or enable the buttons on the source browser
 856    *
 857    * @param b
 858    */
 859   public void setGuiEnabled(boolean b)
 860   {
 861     refresh.setEnabled(b);
 862     addLocal.setEnabled(b);
 863   }
 864 }