src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.jbgui.*;\r
  22 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  23 import javax.swing.event.*;\r
  24 import jalview.util.TableSorter;\r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasCoordinateSystem;\r
  31 import org.biojava.dasobert.dasregistry.DasSource;\r
  32 import org.biojava.dasobert.dasregistry.Das1Source;\r
  33 import java.awt.BorderLayout;\r
  34 \r
  35 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser\r
  36     implements Runnable, ListSelectionListener\r
  37 {\r
  38   static DasSource[] dasSources = null;\r
  39 \r
  40   Hashtable localSources = null;\r
  41 \r
  42   Vector selectedSources;\r
  43 \r
  44   String DEFAULT_REGISTRY = "http://das.sanger.ac.uk/registry/das1/sources/";\r
  45 \r
  46   boolean loadingDasSources = false;\r
  47 \r
  48 \r
  49   public DasSourceBrowser()\r
  50   {\r
  51     registryURL.setText(jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52         DEFAULT_REGISTRY) );\r
  53 \r
  54     setSelectedFromProperties();\r
  55 \r
  56     displayFullDetails(null);\r
  57     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  58 \r
  59     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  60     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  61     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  62 \r
  63     //Ask to be notified of selection changes.\r
  64     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  65     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  66     {\r
  67       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  68       {\r
  69         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  70         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  71         {\r
  72           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  73           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  74         }\r
  75       }\r
  76     });\r
  77 \r
  78     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  79         {\r
  80           public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  81           {\r
  82             if(evt.getClickCount()==2\r
  83                || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  84               editRemoveLocalSource(evt);\r
  85           }\r
  86         });\r
  87 \r
  88     if(dasSources!=null)\r
  89     {\r
  90        init();\r
  91     }\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
  95   {\r
  96     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
  97     {\r
  98       Thread worker = new Thread(this);\r
  99       worker.start();\r
 100     }\r
 101   }\r
 102 \r
 103   void init()\r
 104   {\r
 105     int dSize = dasSources.length;\r
 106     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 107     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 108     {\r
 109       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 110       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 111           getNickname()));\r
 112     }\r
 113 \r
 114     refreshTableData(data);\r
 115     setCapabilities(dasSources);\r
 116 \r
 117     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 118         {\r
 119           public void run()\r
 120           {\r
 121             TableSorter sorter = (TableSorter)table.getModel();\r
 122             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 123             sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 124           }\r
 125         });\r
 126 \r
 127     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 128     progressBar.setVisible(false);\r
 129     addLocal.setVisible(true);\r
 130     refresh.setVisible(true);\r
 131   }\r
 132 \r
 133 \r
 134   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 135   {\r
 136     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 137     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 138     table.setModel(sorter);\r
 139   }\r
 140 \r
 141   void displayFullDetails(String nickName)\r
 142   {\r
 143 \r
 144     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 145         "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 146 \r
 147     if (nickName == null)\r
 148     {\r
 149       fullDetails.setText(text +\r
 150                           "Select a DAS service from the table"\r
 151                           + " to read a full description here.</font></html>");\r
 152       return;\r
 153     }\r
 154 \r
 155     int dSize = dasSources.length;\r
 156     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 157     {\r
 158       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 159         continue;\r
 160 \r
 161       DasSource ds = dasSources[i];\r
 162 \r
 163       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + dasSources[i].getId() +\r
 164                   "<br>");\r
 165       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> " +\r
 166                   dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 167       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + dasSources[i].getUrl() +\r
 168                   "<br>");\r
 169 \r
 170       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 171                   +dasSources[i].getAdminemail()\r
 172                   +"\">"+dasSources[i].getAdminemail()+"</a>" +\r
 173                   "<br>");\r
 174 \r
 175 \r
 176       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> " + dasSources[i].getRegisterDate() +\r
 177                         "<br>");\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> " + dasSources[i].getLeaseDate() +\r
 180                         "<br>");\r
 181 \r
 182       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 183       for(int s=0; s<dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 184       {\r
 185         text.append( dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 186         if(s<dasSources[i].getLabels().length-1)\r
 187           text.append(",");\r
 188         text.append(" ");\r
 189       }\r
 190       text.append("<br>");\r
 191 \r
 192 \r
 193 \r
 194       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 195       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 196       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 197       {\r
 198         text.append(scap[j]);\r
 199         if (j < scap.length - 1)\r
 200           text.append(", ");\r
 201       }\r
 202       text.append("<br>");\r
 203 \r
 204       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 205       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 206       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 207       {\r
 208         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 209                     + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 210         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 211           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 212         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 213           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 214 \r
 215         text.append("<br>");\r
 216       }\r
 217 \r
 218       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> " +\r
 219                   dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 220 \r
 221 \r
 222       if (dasSources[i].getHelperurl()!=null\r
 223           && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 224       {\r
 225         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\"" +\r
 226                     dasSources[i].getHelperurl()\r
 227                     + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 228       }\r
 229 \r
 230       text.append("</font></html>");\r
 231 \r
 232       break;\r
 233     }\r
 234 \r
 235     fullDetails.setText(text.toString());\r
 236     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 237     {\r
 238       public void run()\r
 239       {\r
 240         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 241       }\r
 242     });\r
 243   }\r
 244 \r
 245 \r
 246   public void run()\r
 247   {\r
 248     loadingDasSources = true;\r
 249 \r
 250     addLocal.setVisible(false);\r
 251     refresh.setVisible(false);\r
 252     progressBar.setVisible(true);\r
 253     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 254 \r
 255     dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 256 \r
 257     appendLocalSources();\r
 258 \r
 259     init();\r
 260 \r
 261     loadingDasSources = false;\r
 262 \r
 263   }\r
 264 \r
 265   public Vector getSelectedSources()\r
 266   {\r
 267     Vector selected = new Vector();\r
 268     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 269     {\r
 270         for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 271         {\r
 272           if (dasSources[i].getNickname().equals(\r
 273               selectedSources.elementAt(r)))\r
 274           {\r
 275             selected.addElement(dasSources[i]);\r
 276             break;\r
 277           }\r
 278         }\r
 279     }\r
 280 \r
 281     return selected;\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public DasSource[] getDASSource()\r
 285   {\r
 286     if(dasSources==null)\r
 287     {\r
 288      dasSources = jalview.io.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 289      appendLocalSources();\r
 290     }\r
 291 \r
 292     return dasSources;\r
 293   }\r
 294 \r
 295   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 296   {\r
 297     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 298 \r
 299     Thread worker = new Thread(this);\r
 300     worker.start();\r
 301   }\r
 302 \r
 303   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 304   {\r
 305     Vector authority = new Vector();\r
 306     Vector type = new Vector();\r
 307     Vector label = new Vector();\r
 308 \r
 309     authority.addElement("Any");\r
 310     type.addElement("Any");\r
 311     label.addElement("Any");\r
 312 \r
 313     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 314     {\r
 315       DasSource ds = sources[i];\r
 316 \r
 317       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 318 \r
 319       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 320       {\r
 321         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 322           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 323 \r
 324         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 325           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 326       }\r
 327 \r
 328       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 329       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 330       {\r
 331         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 332         {\r
 333           label.addElement(slabels[s]);\r
 334         }\r
 335       }\r
 336 \r
 337     }\r
 338 \r
 339     filter1.setListData(authority);\r
 340     filter2.setListData(type);\r
 341     filter3.setListData(label);\r
 342 \r
 343     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 344     {\r
 345       public void run()\r
 346       {\r
 347         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 348         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 349         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 350       }\r
 351     });\r
 352   }\r
 353 \r
 354   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 355   {\r
 356     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 357 \r
 358     if(!newSource)\r
 359     {\r
 360       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 361       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 362       url = ((DasSource)localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 363     }\r
 364 \r
 365     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 366     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 367 \r
 368     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 369     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 370     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 371     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 372     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 373     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 374     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.CENTER);\r
 375     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 376     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 377 \r
 378 \r
 379     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 380         panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 381         JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 382 \r
 383        if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )\r
 384        {\r
 385            return;\r
 386        }\r
 387 \r
 388        if(!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 389          urltf.setText(urltf.getText()+"/");\r
 390 \r
 391        Das1Source local = new Das1Source();\r
 392 \r
 393        local.setUrl(urltf.getText());\r
 394        local.setNickname(nametf.getText());\r
 395 \r
 396 \r
 397        if(localSources==null)\r
 398          localSources = new Hashtable();\r
 399 \r
 400        localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 401 \r
 402        if(!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 403        {\r
 404          localSources.remove(nickname);\r
 405        }\r
 406 \r
 407        int size = dasSources.length;\r
 408        int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 409 \r
 410        Object[][] data = new Object[size+adjust][2];\r
 411        for (int i = 0; i < size; i++)\r
 412        {\r
 413          if(!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 414          {\r
 415            ((DasSource)dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 416            ((DasSource)dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 417            data[i][0] = local.getNickname();\r
 418            data[i][1] = new Boolean(true);\r
 419          }\r
 420          else\r
 421          {\r
 422            data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 423            data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 424                getNickname()));\r
 425          }\r
 426        }\r
 427 \r
 428        if(newSource)\r
 429        {\r
 430          data[size][0] = local.getNickname();\r
 431          data[size][1] = new Boolean(true);\r
 432          selectedSources.add(local.getNickname());\r
 433        }\r
 434 \r
 435        DasSource [] tmp = new DasSource[size+adjust];\r
 436 \r
 437        System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 438 \r
 439        if(newSource)\r
 440          tmp[size] = local;\r
 441 \r
 442        dasSources = tmp;\r
 443 \r
 444        refreshTableData(data);\r
 445 \r
 446        SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 447        {\r
 448          public void run()\r
 449          {\r
 450            scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 451                scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 452                );\r
 453          }\r
 454        });\r
 455 \r
 456        displayFullDetails(local.getNickname());\r
 457      }\r
 458 \r
 459     public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 460     {\r
 461       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 462       if(selectedRow==-1)\r
 463         return;\r
 464 \r
 465       String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 466 \r
 467       if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 468       {\r
 469         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 470         "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 471          "Public DAS source - not editable",\r
 472          JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 473         return;\r
 474       }\r
 475 \r
 476 \r
 477       Object[] options = {"Edit", "Remove", "Cancel"};\r
 478       int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 479     "Do you want to edit or remove "+nickname+"?",\r
 480     "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 481     JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,\r
 482     JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 483     null,\r
 484     options,\r
 485     options[2]);\r
 486 \r
 487       switch(choice)\r
 488       {\r
 489         case 0: amendLocal(false);   break;\r
 490         case 1:\r
 491           localSources.remove(nickname);\r
 492           selectedSources.remove(nickname);\r
 493           Object[][] data = new Object[dasSources.length-1][2];\r
 494           DasSource [] tmp = new DasSource[dasSources.length-1];\r
 495           int index = 0;\r
 496           for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 497           {\r
 498             if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 499             {\r
 500               continue;\r
 501             }\r
 502             else\r
 503             {\r
 504               tmp[index] = dasSources[i];\r
 505               data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 506               data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 507                   getNickname()));\r
 508               index++;\r
 509             }\r
 510           }\r
 511            dasSources = tmp;\r
 512            refreshTableData(data);\r
 513            SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 514            {\r
 515              public void run()\r
 516              {\r
 517                scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 518                    scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum()\r
 519                    );\r
 520              }\r
 521            });\r
 522 \r
 523           break;\r
 524       }\r
 525     }\r
 526 \r
 527     void appendLocalSources()\r
 528     {\r
 529       if(localSources==null)\r
 530         return;\r
 531 \r
 532       int size = dasSources!=null ? dasSources.length : 0;\r
 533       int lsize = localSources.size();\r
 534 \r
 535       Object[][] data = new Object[size+lsize][2];\r
 536       for (int i = 0; i < size; i++)\r
 537       {\r
 538         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 539         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i].\r
 540             getNickname()));\r
 541       }\r
 542 \r
 543       DasSource [] tmp = new DasSource[size+lsize];\r
 544       if(dasSources!=null)\r
 545         System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 546 \r
 547       Enumeration en = localSources.keys();\r
 548       int index = size;\r
 549       while(en.hasMoreElements())\r
 550       {\r
 551         String key = en.nextElement().toString();\r
 552         data[index][0] = key;\r
 553         data[index][1] = new Boolean(false);\r
 554         tmp[index] = new Das1Source();\r
 555         tmp[index].setNickname(key);\r
 556         tmp[index].setUrl( ((DasSource)localSources.get(key)).getUrl() );\r
 557 \r
 558         index++;\r
 559       }\r
 560 \r
 561       dasSources = tmp;\r
 562 \r
 563       refreshTableData(data);\r
 564   }\r
 565 \r
 566   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 567   {\r
 568     //Called when the MainTable selection changes\r
 569     if (evt.getValueIsAdjusting() )\r
 570     {\r
 571       return;\r
 572     }\r
 573 \r
 574 \r
 575     displayFullDetails(null);\r
 576 \r
 577     // Filter the displayed data sources\r
 578     int dSize = dasSources.length;\r
 579 \r
 580 \r
 581     ArrayList names = new ArrayList();\r
 582     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 583     DasSource ds;\r
 584 \r
 585     //The features filter is not visible, but we must still\r
 586     //filter the das source list here.\r
 587     //July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 588     Object [] dummyFeatureList = new Object[]{"features"};\r
 589 \r
 590     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 591     {\r
 592       ds = dasSources[i];\r
 593       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 594 \r
 595       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 596           && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 597           && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 598           && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 599       {\r
 600         //THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 601         //HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 602         //IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 603         names.add(ds.getNickname());\r
 604         selected.add(new Boolean(\r
 605               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 606         continue;\r
 607       }\r
 608 \r
 609 \r
 610       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 611       ||  !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 612                           ds.getLabels()))\r
 613       {\r
 614         continue;\r
 615       }\r
 616 \r
 617       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 618       {\r
 619         if (   selectedInList(filter1.getSelectedValues(),\r
 620                            new String[]\r
 621                            {dcs[j].getName()})\r
 622             && selectedInList(filter2.getSelectedValues(),\r
 623                               new String[]\r
 624                               {dcs[j].getCategory()}))\r
 625         {\r
 626           names.add(ds.getNickname());\r
 627           selected.add(new Boolean(\r
 628               selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 629           break;\r
 630         }\r
 631       }\r
 632     }\r
 633 \r
 634     dSize = names.size();\r
 635     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 636     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 637     {\r
 638       data[d][0] = names.get(d);\r
 639       data[d][1] = selected.get(d);\r
 640     }\r
 641 \r
 642     refreshTableData(data);\r
 643   }\r
 644 \r
 645   boolean selectedInList(Object [] selection, String[] items)\r
 646   {\r
 647     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 648     {\r
 649       if (selection[i].equals("Any") )\r
 650         return true;\r
 651 \r
 652       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 653       {\r
 654         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 655           return true;\r
 656       }\r
 657     }\r
 658 \r
 659     return false;\r
 660   }\r
 661 \r
 662   void setSelectedFromProperties()\r
 663   {\r
 664      String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE", "uniprot");\r
 665      StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 666      selectedSources = new Vector();\r
 667      while(st.hasMoreTokens())\r
 668      {\r
 669        selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 670      }\r
 671 \r
 672      String local = jalview.bin.Cache.getProperty("DAS_LOCAL_SOURCE");\r
 673      if(local!=null)\r
 674      {\r
 675        if(localSources == null)\r
 676          localSources = new Hashtable();\r
 677 \r
 678        st = new StringTokenizer(local, "\t");\r
 679        while(st.hasMoreTokens())\r
 680        {\r
 681          String token = st.nextToken();\r
 682          int bar = token.indexOf("|");\r
 683          Das1Source source = new Das1Source();\r
 684 \r
 685          source.setUrl(token.substring(bar + 1));\r
 686          source.setNickname(token.substring(0, bar));\r
 687 \r
 688          localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 689        }\r
 690      }\r
 691   }\r
 692 \r
 693   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 694   {\r
 695     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 696   }\r
 697 \r
 698   public void saveProperties(Properties properties)\r
 699   {\r
 700     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 701       properties.remove("DAS_REGISTRY_URL");\r
 702     else\r
 703       properties.setProperty("DAS_REGISTRY_URL", registryURL.getText());\r
 704 \r
 705     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 706     for(int r=0; r<table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 707     {\r
 708       if( ((Boolean)table.getValueAt(r,1)).booleanValue())\r
 709       {\r
 710         sb.append(table.getValueAt(r,0)+"\t");\r
 711       }\r
 712     }\r
 713 \r
 714     properties.setProperty("DAS_ACTIVE_SOURCE", sb.toString() );\r
 715 \r
 716     if(localSources!=null)\r
 717     {\r
 718       sb = new StringBuffer();\r
 719       Enumeration en = localSources.keys();\r
 720       while(en.hasMoreElements())\r
 721       {\r
 722         String token = en.nextElement().toString();\r
 723         sb.append(token+"|"\r
 724                   + ((DasSource)localSources.get(token)).getUrl()\r
 725                   +"\t");\r
 726       }\r
 727 \r
 728       properties.setProperty("DAS_LOCAL_SOURCE", sb.toString());\r
 729     }\r
 730 \r
 731   }\r
 732 \r
 733   class DASTableModel\r
 734       extends AbstractTableModel\r
 735   {\r
 736 \r
 737     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 738     {\r
 739       this.data = data;\r
 740     }\r
 741 \r
 742     private String[] columnNames = new String[]  {"Nickname", "Use Source"};\r
 743 \r
 744     private Object[][] data;\r
 745 \r
 746     public int getColumnCount()\r
 747     {\r
 748       return columnNames.length;\r
 749     }\r
 750 \r
 751     public int getRowCount()\r
 752     {\r
 753       return data.length;\r
 754     }\r
 755 \r
 756     public String getColumnName(int col)\r
 757     {\r
 758       return columnNames[col];\r
 759     }\r
 760 \r
 761     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 762     {\r
 763       return data[row][col];\r
 764     }\r
 765 \r
 766     /*\r
 767      * JTable uses this method to determine the default renderer/\r
 768      * editor for each cell.  If we didn't implement this method,\r
 769      * then the last column would contain text ("true"/"false"),\r
 770      * rather than a check box.\r
 771      */\r
 772     public Class getColumnClass(int c)\r
 773     {\r
 774       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 775     }\r
 776 \r
 777     /*\r
 778      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 779      * editable.\r
 780      */\r
 781     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 782     {\r
 783       //Note that the data/cell address is constant,\r
 784       //no matter where the cell appears onscreen.\r
 785       return col == 1;\r
 786 \r
 787     }\r
 788 \r
 789     /*\r
 790      * Don't need to implement this method unless your table's\r
 791      * data can change.\r
 792      */\r
 793     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 794     {\r
 795       data[row][col] = value;\r
 796       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 797 \r
 798       String name = getValueAt(row,0).toString();\r
 799       boolean selected = ((Boolean)value).booleanValue();\r
 800 \r
 801       if(selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 802         selectedSources.remove(name);\r
 803 \r
 804       if(!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 805         selectedSources.add(name);\r
 806     }\r
 807   }\r
 808 }\r
 809 \r
 810 \r