src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;
  24 import jalview.util.MessageManager;
  25 import jalview.util.TableSorter;
  26 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  27 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  28
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.MouseAdapter;
  32 import java.awt.event.MouseEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Properties;
  36 import java.util.StringTokenizer;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 import javax.swing.JCheckBox;
  40 import javax.swing.JLabel;
  41 import javax.swing.JOptionPane;
  42 import javax.swing.JPanel;
  43 import javax.swing.JTextField;
  44 import javax.swing.ListSelectionModel;
  45 import javax.swing.SwingUtilities;
  46 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;
  47 import javax.swing.event.ListSelectionListener;
  48 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  49
  50 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;
  51 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;
  52 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;
  53 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;
  54
  55 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements
  56         Runnable, ListSelectionListener
  57 {
  58   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;
  59
  60   Vector<String> selectedSources;
  61
  62   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)
  63   {
  64     fs = featureSettings;
  65     // TODO DasSourceRegistryProvider API
  66     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();
  67     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();
  68
  69     registryURL.setText(registry);
  70
  71     setSelectedFromProperties();
  72
  73     displayFullDetails(null);
  74     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
  75
  76     filter1.addListSelectionListener(this);
  77     filter2.addListSelectionListener(this);
  78     filter3.addListSelectionListener(this);
  79
  80     // Ask to be notified of selection changes.
  81     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();
  82     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()
  83     {
  84       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)
  85       {
  86         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();
  87         if (!lsm.isSelectionEmpty())
  88         {
  89           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();
  90           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());
  91         }
  92       }
  93     });
  94
  95     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
  96     {
  97       public void mouseClicked(MouseEvent evt)
  98       {
  99         if (evt.getClickCount() == 2
 100                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 101         {
 102           editRemoveLocalSource(evt);
 103         }
 104       }
 105     });
 106
 107     if (sourceRegistry.getSources() != null)
 108     {
 109       init();
 110     }
 111   }
 112
 113   FeatureSettings fs = null;
 114
 115   private boolean loadingDasSources;
 116
 117   public DasSourceBrowser()
 118   {
 119     this(null);
 120   }
 121
 122   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)
 123   {
 124     if (sourceRegistry == null)
 125     {
 126       Thread worker = new Thread(this);
 127       worker.start();
 128     }
 129   }
 130
 131   void init()
 132   {
 133     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();
 134     int dSize = sources.size();
 135     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 136     for (int i = 0; i < dSize; i++)
 137     {
 138       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname
 139       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i)
 140               .getTitle()));
 141     }
 142
 143     refreshTableData(data);
 144     setCapabilities(sourceRegistry);
 145
 146     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 147     {
 148       public void run()
 149       {
 150         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();
 151         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);
 152         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);
 153       }
 154     });
 155
 156     progressBar.setIndeterminate(false);
 157     progressBar.setVisible(false);
 158     addLocal.setVisible(true);
 159     refresh.setVisible(true);
 160   }
 161
 162   public void refreshTableData(Object[][] data)
 163   {
 164     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));
 165     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());
 166     table.setModel(sorter);
 167   }
 168
 169   void displayFullDetails(String nickName)
 170   {
 171
 172     StringBuffer text = new StringBuffer(
 173             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");
 174
 175     if (nickName == null)
 176     {
 177       fullDetails.setText(text + MessageManager.getString("label.select_das_service_from_table"));
 178       return;
 179     }
 180
 181     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();
 182     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())
 183     {
 184       if (!ds.getTitle().equals(nickName))
 185       {
 186         continue;
 187       }
 188
 189       VERSION latest = ds.getVersion();
 190       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()
 191               + "<br>");
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "
 193               + ds.getTitle() + "<br>");
 194
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> <a href=\""
 196               + ds.getSourceURL() + "\">" + ds.getSourceURL() + "</a>"
 197               + "<br>");
 198       if (!ds.isLocal())
 199       {
 200         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)
 201         {
 202           text.append("<font color=\"#0000FF\">Site:</font> <a href=\""
 203                   + ds.getDocHref() + "\">" + ds.getDocHref() + "</a>"
 204                   + "<br>");
 205         }
 206
 207         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "
 208                 + ds.getDescription() + "<br>");
 209
 210         text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"
 211                 + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");
 212
 213         text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "
 214                 + latest.getCreated() + "<br>");
 215
 216         // TODO: Identify last successful test date
 217         // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "
 218         // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");
 219       }
 220       else
 221       {
 222         text.append("Source was added manually.<br/>");
 223       }
 224       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");
 225       boolean b = false;
 226       for (PROP labl : latest.getPROP())
 227       {
 228         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))
 229         {
 230           if (b)
 231           {
 232             text.append(",");
 233           }
 234           text.append(" ");
 235
 236           text.append(labl.getValue());
 237           b = true;
 238         }
 239         ;
 240       }
 241       text.append("<br>");
 242
 243       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");
 244       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);
 245       for (int j = 0; j < scap.length; j++)
 246       {
 247         text.append(scap[j].getType());
 248         if (j < scap.length - 1)
 249         {
 250           text.append(", ");
 251         }
 252       }
 253       text.append("<br>");
 254
 255       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font>");
 256       int i = 1;
 257       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())
 258       {
 259         text.append("<br/>" + i++ + ". ");
 260         text.append(dcs.getAuthority() + " : " + dcs.getSource());
 261         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)
 262         {
 263           text.append(" [TaxId:" + dcs.getTaxid() + "]");
 264         }
 265         if (dcs.getVersion() != null
 266                 && dcs.getVersion().trim().length() > 0)
 267         {
 268           {
 269             text.append(" {v. " + dcs.getVersion() + "}");
 270           }
 271         }
 272         text.append(" (<a href=\"" + dcs.getUri() + "\">" + dcs.getUri()
 273                 + "</a>)");
 274       }
 275       text.append("</font></html>");
 276
 277       break;
 278     }
 279
 280     fullDetails.setText(text.toString());
 281     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 282     {
 283       public void run()
 284       {
 285         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);
 286       }
 287     });
 288   }
 289
 290   public void run()
 291   {
 292     loadingDasSources = true;
 293
 294     addLocal.setVisible(false);
 295     refresh.setVisible(false);
 296     progressBar.setVisible(true);
 297     progressBar.setIndeterminate(true);
 298     setParentGuiEnabled(false);
 299     // Refresh the source list.
 300     sourceRegistry.refreshSources();
 301
 302     init();
 303
 304     setParentGuiEnabled(true);
 305     loadingDasSources = false;
 306
 307   }
 308
 309   private void setParentGuiEnabled(boolean b)
 310   {
 311     if (fs != null)
 312     {
 313       fs.fetchDAS.setEnabled(b);
 314       fs.saveDAS.setEnabled(b);
 315     }
 316   }
 317
 318   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
 319   {
 320     // wait around if we're still loading.
 321     while (sourceRegistry == null)
 322     {
 323       if (!loadingDasSources)
 324       {
 325         new Thread(this).start();
 326         try
 327         {
 328           Thread.sleep(5);
 329         } catch (Exception e)
 330         {
 331         }
 332         ;
 333         while (loadingDasSources)
 334         {
 335           try
 336           {
 337             Thread.sleep(5);
 338           } catch (Exception e)
 339           {
 340           }
 341           ;
 342         }
 343         ;
 344       }
 345     }
 346
 347     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();
 348     for (String source : selectedSources)
 349     {
 350       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);
 351       if (srce != null)
 352       {
 353         selected.addElement(srce);
 354       }
 355     }
 356     return selected;
 357   }
 358
 359   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)
 360   {
 361     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
 362
 363     Thread worker = new Thread(this);
 364     worker.start();
 365   }
 366
 367   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)
 368   {
 369     Vector<String> authority = new Vector<String>();
 370     Vector<String> type = new Vector<String>();
 371     Vector<String> label = new Vector<String>();
 372     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();
 373     authority.add("Any");
 374     type.add("Any");
 375     label.add("Any");
 376
 377     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())
 378     {
 379       VERSION latest = ds.getVersion();
 380
 381       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())
 382       {
 383         if (!type.contains(cs.getSource()))
 384         {
 385           type.add(cs.getSource()); // source==category
 386         }
 387
 388         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))
 389         {
 390           authority.add(cs.getAuthority());
 391         }
 392       }
 393
 394       for (PROP slabel : latest.getPROP())
 395       {
 396         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")
 397                 && !label.contains(slabel.getValue()))
 398         {
 399           label.add(slabel.getValue());
 400         }
 401       }
 402
 403     }
 404
 405     filter1.setListData(authority);
 406     filter2.setListData(type);
 407     filter3.setListData(label);
 408     // filter4 taxIds
 409
 410     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 411     {
 412       public void run()
 413       {
 414         filter1.setSelectedIndex(0);
 415         filter2.setSelectedIndex(0);
 416         filter3.setSelectedIndex(0);
 417       }
 418     });
 419   }
 420
 421   public void amendLocal(boolean newSource)
 422   {
 423     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";
 424     boolean seqsrc = false;
 425     if (!newSource)
 426     {
 427       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 428       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 429       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);
 430       url = source.getUri();
 431       seqsrc = source.isSequenceSource();
 432     }
 433
 434     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);
 435     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);
 436     JCheckBox seqs = new JCheckBox(MessageManager.getString("label.sequence_source"));
 437     seqs.setSelected(seqsrc);
 438     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 439     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 440     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.structure_manager")), BorderLayout.CENTER);
 441     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);
 442     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);
 443     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());
 444     pane12.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.url")), BorderLayout.NORTH);
 445     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);
 446     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);
 447     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);
 448
 449     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
 450             panel, MessageManager.getString("label.enter_local_das_source"),
 451             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 452
 453     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 454     {
 455       return;
 456     }
 457
 458     if (!urltf.getText().endsWith("/"))
 459     {
 460       urltf.setText(urltf.getText() + "/");
 461     }
 462
 463     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(
 464             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);
 465     List sources = sourceRegistry.getSources();
 466     int osize = sources.size();
 467     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);
 468
 469     Object[][] data = new Object[size][2];
 470     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) ((TableSorter) table
 471             .getModel()).getTableModel() : null;
 472     for (int i = 0; i < osize; i++)
 473     {
 474       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm
 475               .getValueAt(i, 0);
 476       if (!newSource && osrc != null
 477               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))
 478       {
 479         data[i][0] = local.getTitle();
 480         data[i][1] = new Boolean(true);
 481       }
 482       else
 483       {
 484         data[i][0] = osrc;
 485         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));
 486       }
 487     }
 488     // Always add a new source at the end
 489     if (newSource)
 490     {
 491       data[osize][0] = local.getTitle();
 492       data[osize][1] = new Boolean(true);
 493       selectedSources.add(local.getTitle());
 494     }
 495
 496     refreshTableData(data);
 497
 498     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 499     {
 500       public void run()
 501       {
 502         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 503                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 504       }
 505     });
 506
 507     displayFullDetails(local.getTitle());
 508   }
 509
 510   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)
 511   {
 512     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();
 513     if (selectedRow == -1)
 514     {
 515       return;
 516     }
 517
 518     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();
 519
 520     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())
 521     {
 522       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 523               MessageManager.getString("label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources"),
 524               MessageManager.getString("label.public_das_source"),
 525               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 526       return;
 527     }
 528
 529     Object[] options =
 530     { "Edit", "Remove", "Cancel" };
 531     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,
 532             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",
 533             "Edit / Remove Local DAS Source",
 534             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,
 535             null, options, options[2]);
 536
 537     switch (choice)
 538     {
 539     case 0:
 540       amendLocal(false);
 541       break;
 542     case 1:
 543       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));
 544       selectedSources.remove(nickname);
 545       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];
 546       int index = 0,
 547       l = table.getRowCount();
 548
 549       for (int i = 0; i < l; i++)
 550       {
 551         String nm;
 552         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))
 553         {
 554           continue;
 555         }
 556         else
 557         {
 558           data[index][0] = nm;
 559           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));
 560           index++;
 561         }
 562       }
 563       refreshTableData(data);
 564       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 565       {
 566         public void run()
 567         {
 568           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(
 569                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());
 570         }
 571       });
 572
 573       break;
 574     }
 575   }
 576
 577   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)
 578   {
 579     // Called when the MainTable selection changes
 580     if (evt.getValueIsAdjusting())
 581     {
 582       return;
 583     }
 584
 585     displayFullDetails(null);
 586
 587     // Filter the displayed data sources
 588
 589     ArrayList names = new ArrayList();
 590     ArrayList selected = new ArrayList();
 591
 592     // The features filter is not visible, but we must still
 593     // filter the das source list here.
 594     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features
 595     Object[] dummyFeatureList = new Object[]
 596     { "features" };
 597     List<jalviewSourceI> srcs = sourceRegistry.getSources();
 598     for (jalviewSourceI ds : srcs)
 599     {
 600
 601       VERSION v = ds.getVersion();
 602       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();
 603       if (ds.isLocal()
 604               || ((coords == null || coords.size() == 0)
 605                       && filter1.getSelectedIndex() == 0
 606                       && filter2.getSelectedIndex() == 0 && filter3
 607                       .getSelectedIndex() == 0))
 608       {
 609         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT
 610         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT
 611         // IS ADDED FROM THE REGISTRY
 612         names.add(ds.getTitle());
 613         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 614         continue;
 615       }
 616
 617       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))
 618               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),
 619                       ds.getLabelsFor(v)))
 620       {
 621         continue;
 622       }
 623
 624       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)
 625       {
 626         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]
 627         { coords.get(j).getAuthority() })
 628                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]
 629                 { coords.get(j).getSource() }))
 630         {
 631           names.add(ds.getTitle());
 632           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));
 633           break;
 634         }
 635       }
 636     }
 637
 638     int dSize = names.size();
 639     Object[][] data = new Object[dSize][2];
 640     for (int d = 0; d < dSize; d++)
 641     {
 642       data[d][0] = names.get(d);
 643       data[d][1] = selected.get(d);
 644     }
 645
 646     refreshTableData(data);
 647   }
 648
 649   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)
 650   {
 651     for (int i = 0; i < selection.length; i++)
 652     {
 653       if (selection[i].equals("Any"))
 654       {
 655         return true;
 656       }
 657       if (items == null || items.length == 0)
 658       {
 659         return false;
 660       }
 661       String sel = (items[0].startsWith("das1:") ? "das1:" : "")
 662               + selection[i];
 663       for (int j = 0; j < items.length; j++)
 664       {
 665         if (sel.equals(items[j]))
 666         {
 667           return true;
 668         }
 669       }
 670     }
 671
 672     return false;
 673   }
 674
 675   void setSelectedFromProperties()
 676   {
 677     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",
 678             "uniprot");
 679     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");
 680     selectedSources = new Vector();
 681     while (st.hasMoreTokens())
 682     {
 683       selectedSources.addElement(st.nextToken());
 684     }
 685   }
 686
 687   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)
 688   {
 689     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());
 690   }
 691
 692   /**
 693    * set the DAS source settings in the given jalview properties.
 694    *
 695    * @param properties
 696    */
 697   public void saveProperties(Properties properties)
 698   {
 699     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)
 700     {
 701       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);
 702     }
 703     else
 704     {
 705       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,
 706               registryURL.getText());
 707     }
 708
 709     StringBuffer sb = new StringBuffer();
 710     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)
 711     {
 712       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())
 713       {
 714         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");
 715       }
 716     }
 717
 718     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,
 719             sb.toString());
 720
 721     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();
 722     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);
 723   }
 724
 725   class DASTableModel extends AbstractTableModel
 726   {
 727
 728     public DASTableModel(Object[][] data)
 729     {
 730       this.data = data;
 731     }
 732
 733     private String[] columnNames = new String[]
 734     { "Nickname", "Use Source" };
 735
 736     private Object[][] data;
 737
 738     public int getColumnCount()
 739     {
 740       return columnNames.length;
 741     }
 742
 743     public int getRowCount()
 744     {
 745       return data.length;
 746     }
 747
 748     public String getColumnName(int col)
 749     {
 750       return columnNames[col];
 751     }
 752
 753     public Object getValueAt(int row, int col)
 754     {
 755       return data[row][col];
 756     }
 757
 758     /*
 759      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for
 760      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would
 761      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.
 762      */
 763     public Class getColumnClass(int c)
 764     {
 765       return getValueAt(0, c).getClass();
 766     }
 767
 768     /*
 769      * Don't need to implement this method unless your table's editable.
 770      */
 771     public boolean isCellEditable(int row, int col)
 772     {
 773       // Note that the data/cell address is constant,
 774       // no matter where the cell appears onscreen.
 775       return col == 1;
 776
 777     }
 778
 779     /*
 780      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.
 781      */
 782     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
 783     {
 784       data[row][col] = value;
 785       fireTableCellUpdated(row, col);
 786
 787       String name = getValueAt(row, 0).toString();
 788       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();
 789
 790       if (selectedSources.contains(name) && !selected)
 791       {
 792         selectedSources.remove(name);
 793       }
 794
 795       if (!selectedSources.contains(name) && selected)
 796       {
 797         selectedSources.add(name);
 798       }
 799     }
 800   }
 801
 802   public void initDasSources()
 803   {
 804
 805     Thread thr = new Thread(new Runnable()
 806     {
 807       public void run()
 808       {
 809         // this actually initialises the das source list
 810         paintComponent(null); // yuk
 811       }
 812     });
 813     thr.start();
 814     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)
 815     {
 816       try
 817       {
 818         Thread.sleep(10);
 819       } catch (Exception e)
 820       {
 821       }
 822       ;
 823     }
 824   }
 825
 826   /**
 827    * disable or enable the buttons on the source browser
 828    *
 829    * @param b
 830    */
 831   public void setGuiEnabled(boolean b)
 832   {
 833     refresh.setEnabled(b);
 834     addLocal.setEnabled(b);
 835   }
 836 }