src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.gui;\r
  19 \r
  20 import jalview.jbgui.GDasSourceBrowser;\r
  21 import jalview.util.TableSorter;\r
  22 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;\r
  23 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;\r
  24 \r
  25 import java.awt.BorderLayout;\r
  26 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  27 import java.awt.event.MouseAdapter;\r
  28 import java.awt.event.MouseEvent;\r
  29 import java.util.ArrayList;\r
  30 import java.util.List;\r
  31 import java.util.Properties;\r
  32 import java.util.StringTokenizer;\r
  33 import java.util.Vector;\r
  34 \r
  35 import javax.swing.JCheckBox;\r
  36 import javax.swing.JLabel;\r
  37 import javax.swing.JOptionPane;\r
  38 import javax.swing.JPanel;\r
  39 import javax.swing.JTextField;\r
  40 import javax.swing.ListSelectionModel;\r
  41 import javax.swing.SwingUtilities;\r
  42 import javax.swing.event.ListSelectionEvent;\r
  43 import javax.swing.event.ListSelectionListener;\r
  44 import javax.swing.table.AbstractTableModel;\r
  45 \r
  46 import org.biodas.jdas.schema.sources.CAPABILITY;\r
  47 import org.biodas.jdas.schema.sources.COORDINATES;\r
  48 import org.biodas.jdas.schema.sources.PROP;\r
  49 import org.biodas.jdas.schema.sources.VERSION;\r
  50 \r
  51 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  52         Runnable, ListSelectionListener\r
  53 {\r
  54   DasSourceRegistryI sourceRegistry = null;\r
  55 \r
  56   Vector<String> selectedSources;\r
  57 \r
  58   public DasSourceBrowser(FeatureSettings featureSettings)\r
  59   {\r
  60     fs = featureSettings;\r
  61     // TODO DasSourceRegistryProvider API\r
  62     sourceRegistry = jalview.bin.Cache.getDasSourceRegistry();\r
  63     String registry = sourceRegistry.getDasRegistryURL();\r
  64 \r
  65     registryURL.setText(registry);\r
  66 \r
  67     setSelectedFromProperties();\r
  68 \r
  69     displayFullDetails(null);\r
  70     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  71 \r
  72     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  73     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  75 \r
  76     // Ask to be notified of selection changes.\r
  77     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  78     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  79     {\r
  80       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  81       {\r
  82         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  83         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  84         {\r
  85           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  86           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  87         }\r
  88       }\r
  89     });\r
  90 \r
  91     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  92     {\r
  93       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  94       {\r
  95         if (evt.getClickCount() == 2\r
  96                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  97         {\r
  98           editRemoveLocalSource(evt);\r
  99         }\r
 100       }\r
 101     });\r
 102 \r
 103     if (sourceRegistry.getSources() != null)\r
 104     {\r
 105       init();\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 \r
 109   FeatureSettings fs = null;\r
 110 \r
 111   private boolean loadingDasSources;\r
 112 \r
 113   public DasSourceBrowser()\r
 114   {\r
 115     this(null);\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 119   {\r
 120     if (sourceRegistry == null)\r
 121     {\r
 122       Thread worker = new Thread(this);\r
 123       worker.start();\r
 124     }\r
 125   }\r
 126 \r
 127   void init()\r
 128   {\r
 129     List<jalviewSourceI> sources = sourceRegistry.getSources();\r
 130     int dSize = sources.size();\r
 131     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 132     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 133     {\r
 134       data[i][0] = sources.get(i).getTitle(); // what's equivalent of nickname\r
 135       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(sources.get(i).getTitle()));\r
 136     }\r
 137 \r
 138     refreshTableData(data);\r
 139     setCapabilities(sourceRegistry);\r
 140 \r
 141     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 142     {\r
 143       public void run()\r
 144       {\r
 145         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 146         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 147         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 148       }\r
 149     });\r
 150 \r
 151     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 152     progressBar.setVisible(false);\r
 153     addLocal.setVisible(true);\r
 154     refresh.setVisible(true);\r
 155   }\r
 156 \r
 157   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 158   {\r
 159     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 160     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 161     table.setModel(sorter);\r
 162   }\r
 163 \r
 164   void displayFullDetails(String nickName)\r
 165   {\r
 166 \r
 167     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 168             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 169 \r
 170     if (nickName == null)\r
 171     {\r
 172       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 173               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 174       return;\r
 175     }\r
 176 \r
 177     int dSize = sourceRegistry.getSources().size();\r
 178     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry.getSources())\r
 179     {\r
 180       if (!ds.getTitle().equals(nickName))\r
 181       {\r
 182         continue;\r
 183       }\r
 184 \r
 185       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 186       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> " + ds.getUri()\r
 187               + "<br>");\r
 188       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 189               + ds.getTitle() + "<br>");\r
 190       \r
 191       if (!ds.isLocal())\r
 192       {\r
 193       // TODO: IMMEDIATE verify that URI + ds.URI point to latest version for non-local sources.\r
 194       if (ds.getDocHref()!=null) {\r
 195         text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> " + ds.getDocHref()\r
 196               + "<br>");\r
 197       }\r
 198       \r
 199       text.append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 200               + ds.getEmail() + "\">" + ds.getEmail() + "</a>" + "<br>");\r
 201 \r
 202       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 203               + latest.getCreated() + "<br>");\r
 204 \r
 205       // TODO: Identify last successful test date\r
 206       // text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 207       // + latest.dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 208       } else {\r
 209         text.append("Source was added manually.<br/>");\r
 210       }\r
 211       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 212       boolean b = false;\r
 213       for (PROP labl : latest.getPROP())\r
 214       {\r
 215         if (labl.getName().equalsIgnoreCase("LABEL"))\r
 216         {\r
 217           if (!b)\r
 218           {\r
 219             text.append(",");\r
 220           }\r
 221           text.append(" ");\r
 222 \r
 223           text.append(labl.getValue());\r
 224           b = true;\r
 225         }\r
 226         ;\r
 227       }\r
 228       text.append("<br>");\r
 229 \r
 230       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 231       CAPABILITY[] scap = latest.getCAPABILITY().toArray(new CAPABILITY[0]);\r
 232       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 233       {\r
 234         text.append(scap[j].getType());\r
 235         if (j < scap.length - 1)\r
 236         {\r
 237           text.append(", ");\r
 238         }\r
 239       }\r
 240       text.append("<br>");\r
 241 \r
 242       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 243       for (COORDINATES dcs : latest.getCOORDINATES())\r
 244       {\r
 245         text.append("(" + dcs.getUri() + ") "\r
 246 \r
 247         + dcs.getSource() + ", " + dcs.getAuthority());\r
 248         if (dcs.getTaxid() != null && dcs.getTaxid().trim().length() > 0)\r
 249         {\r
 250           text.append(", " + dcs.getTaxid());\r
 251         }\r
 252         if (dcs.getVersion()!=null && dcs.getVersion().trim().length() > 0)\r
 253         {\r
 254           {\r
 255             text.append(", " + dcs.getVersion());\r
 256           }\r
 257 \r
 258           text.append("<br>");\r
 259         }\r
 260 \r
 261         text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 262                 + ds.getDescription() + "<br>");\r
 263 \r
 264         if (ds.getDocHref() != null && ds.getDocHref().length() > 0)\r
 265         {\r
 266           text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 267                   + ds.getDocHref() + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 268         }\r
 269 \r
 270         text.append("</font></html>");\r
 271 \r
 272         break;\r
 273       }\r
 274     }\r
 275     fullDetails.setText(text.toString());\r
 276     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 277     {\r
 278       public void run()\r
 279       {\r
 280         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 281       }\r
 282     });\r
 283   }\r
 284 \r
 285   public void run()\r
 286   {\r
 287     loadingDasSources = true;\r
 288 \r
 289     addLocal.setVisible(false);\r
 290     refresh.setVisible(false);\r
 291     progressBar.setVisible(true);\r
 292     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 293     setParentGuiEnabled(false);\r
 294     // Refresh the source list.\r
 295     sourceRegistry.refreshSources();\r
 296 \r
 297     init();\r
 298 \r
 299     setParentGuiEnabled(true);\r
 300     loadingDasSources = false;\r
 301 \r
 302   }\r
 303 \r
 304   private void setParentGuiEnabled(boolean b)\r
 305   {\r
 306     if (fs != null)\r
 307     {\r
 308       fs.fetchDAS.setEnabled(b);\r
 309       fs.saveDAS.setEnabled(b);\r
 310     }\r
 311   }\r
 312 \r
 313   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()\r
 314   {\r
 315     // wait around if we're still loading.\r
 316     while (sourceRegistry == null)\r
 317     {\r
 318       if (!loadingDasSources)\r
 319       {\r
 320         new Thread(this).start();\r
 321         try\r
 322         {\r
 323           Thread.sleep(5);\r
 324         } catch (Exception e)\r
 325         {\r
 326         }\r
 327         ;\r
 328         while (loadingDasSources)\r
 329         {\r
 330           try\r
 331           {\r
 332             Thread.sleep(5);\r
 333           } catch (Exception e)\r
 334           {\r
 335           }\r
 336           ;\r
 337         }\r
 338         ;\r
 339       }\r
 340     }\r
 341 \r
 342     Vector<jalviewSourceI> selected = new Vector<jalviewSourceI>();\r
 343     for (String source : selectedSources)\r
 344     {\r
 345       jalviewSourceI srce = sourceRegistry.getSource(source);\r
 346       if (srce != null)\r
 347       {\r
 348         selected.addElement(srce);\r
 349       }\r
 350     }\r
 351     return selected;\r
 352   }\r
 353 \r
 354   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 355   {\r
 356     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 357 \r
 358     Thread worker = new Thread(this);\r
 359     worker.start();\r
 360   }\r
 361 \r
 362   private void setCapabilities(DasSourceRegistryI sourceRegistry2)\r
 363   {\r
 364     Vector<String> authority = new Vector<String>();\r
 365     Vector<String> type = new Vector<String>();\r
 366     Vector<String> label = new Vector<String>();\r
 367     Vector<String> taxIds = new Vector<String>();\r
 368     authority.add("Any");\r
 369     type.add("Any");\r
 370     label.add("Any");\r
 371 \r
 372     for (jalviewSourceI ds : sourceRegistry2.getSources())\r
 373     {\r
 374       VERSION latest = ds.getVersion();\r
 375 \r
 376       for (COORDINATES cs : latest.getCOORDINATES())\r
 377       {\r
 378         if (!type.contains(cs.getSource()))\r
 379         {\r
 380           type.add(cs.getSource()); // source==category\r
 381         }\r
 382 \r
 383         if (!authority.contains(cs.getAuthority()))\r
 384         {\r
 385           authority.add(cs.getAuthority());\r
 386         }\r
 387       }\r
 388 \r
 389       for (PROP slabel : latest.getPROP())\r
 390       {\r
 391         if (slabel.getName().equalsIgnoreCase("LABEL")\r
 392                 && !label.contains(slabel.getValue()))\r
 393         {\r
 394           label.add(slabel.getValue());\r
 395         }\r
 396       }\r
 397 \r
 398     }\r
 399 \r
 400     filter1.setListData(authority);\r
 401     filter2.setListData(type);\r
 402     filter3.setListData(label);\r
 403     // filter4 taxIds\r
 404 \r
 405     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 406     {\r
 407       public void run()\r
 408       {\r
 409         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 410         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 411         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 412       }\r
 413     });\r
 414   }\r
 415 \r
 416   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 417   {\r
 418     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 419     boolean seqsrc = false;\r
 420     if (!newSource)\r
 421     {\r
 422       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 423       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 424       jalviewSourceI source = sourceRegistry.getSource(nickname);\r
 425       url = source.getUri();\r
 426       seqsrc = source.isSequenceSource();\r
 427     }\r
 428 \r
 429     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 430     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 431     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 432     seqs.setSelected(seqsrc);\r
 433     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 434     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 435     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 436     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 437     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 438     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 439     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 440     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 441     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 442     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 443 \r
 444     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 445             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 446             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 447 \r
 448     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 449     {\r
 450       return;\r
 451     }\r
 452 \r
 453     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 454     {\r
 455       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 456     }\r
 457 \r
 458     jalviewSourceI local = sourceRegistry.createLocalSource(\r
 459             urltf.getText(), nametf.getText(), seqs.isSelected(), true);\r
 460     List sources = sourceRegistry.getSources();\r
 461     int osize = sources.size();\r
 462     int size = osize + (newSource ? 1 : 0);\r
 463 \r
 464     Object[][] data = new Object[size][2];\r
 465     DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel)((TableSorter) table.getModel()).getTableModel()\r
 466             : null;\r
 467     for (int i = 0; i < osize; i++)\r
 468     {\r
 469       String osrc = (dtm == null || i >= osize) ? null : (String) dtm\r
 470               .getValueAt(i, 0);\r
 471       if (!newSource && osrc != null\r
 472               && dtm.getValueAt(i, 0).equals(nickname))\r
 473       {\r
 474         data[i][0] = local.getTitle();\r
 475         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 476       }\r
 477       else\r
 478       {\r
 479         data[i][0] = osrc;\r
 480         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(osrc));\r
 481       }\r
 482     }\r
 483     // Always add a new source at the end\r
 484     if (newSource)\r
 485     {\r
 486       data[osize][0] = local.getTitle();\r
 487       data[osize][1] = new Boolean(true);\r
 488       selectedSources.add(local.getTitle());\r
 489     }\r
 490 \r
 491     refreshTableData(data);\r
 492 \r
 493     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 494     {\r
 495       public void run()\r
 496       {\r
 497         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 498                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 499       }\r
 500     });\r
 501 \r
 502     displayFullDetails(local.getTitle());\r
 503   }\r
 504 \r
 505   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 506   {\r
 507     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 508     if (selectedRow == -1)\r
 509     {\r
 510       return;\r
 511     }\r
 512 \r
 513     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 514 \r
 515     if (!sourceRegistry.getSource(nickname).isLocal())\r
 516     {\r
 517       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 518               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 519               "Public DAS source - not editable",\r
 520               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 521       return;\r
 522     }\r
 523 \r
 524     Object[] options =\r
 525     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 526     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 527             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 528             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 529             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 530             null, options, options[2]);\r
 531 \r
 532     switch (choice)\r
 533     {\r
 534     case 0:\r
 535       amendLocal(false);\r
 536       break;\r
 537     case 1:\r
 538       sourceRegistry.removeLocalSource(sourceRegistry.getSource(nickname));\r
 539       selectedSources.remove(nickname);\r
 540       Object[][] data = new Object[sourceRegistry.getSources().size()][2];\r
 541       DASTableModel dtm = (table != null) ? (DASTableModel) table\r
 542               .getModel() : null;\r
 543       int index = 0,\r
 544       l = dtm.getRowCount();\r
 545 \r
 546       for (int i = 0; i < l; i++)\r
 547       {\r
 548         String nm;\r
 549         if ((nm = (String) table.getValueAt(i, 0)).equals(nickname))\r
 550         {\r
 551           continue;\r
 552         }\r
 553         else\r
 554         {\r
 555           data[index][0] = nm;\r
 556           data[index][1] = new Boolean(selectedSources.contains(nm));\r
 557           index++;\r
 558         }\r
 559       }\r
 560       refreshTableData(data);\r
 561       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 562       {\r
 563         public void run()\r
 564         {\r
 565           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 566                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 567         }\r
 568       });\r
 569 \r
 570       break;\r
 571     }\r
 572   }\r
 573 \r
 574   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 575   {\r
 576     // Called when the MainTable selection changes\r
 577     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 578     {\r
 579       return;\r
 580     }\r
 581 \r
 582     displayFullDetails(null);\r
 583 \r
 584     // Filter the displayed data sources\r
 585 \r
 586     ArrayList names = new ArrayList();\r
 587     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 588 \r
 589     // The features filter is not visible, but we must still\r
 590     // filter the das source list here.\r
 591     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 592     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 593     { "features" };\r
 594     List<jalviewSourceI> srcs=sourceRegistry.getSources();\r
 595     for (jalviewSourceI ds : srcs)\r
 596     {\r
 597 \r
 598       VERSION v = ds.getVersion();\r
 599       List<COORDINATES> coords = v.getCOORDINATES();\r
 600       if (ds.isLocal() || ((coords == null || coords.size() == 0)\r
 601               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 602               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 603               && filter3.getSelectedIndex() == 0))\r
 604       {\r
 605         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 606         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 607         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 608         names.add(ds.getTitle());\r
 609         selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 610         continue;\r
 611       }\r
 612 \r
 613       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilityList(v))\r
 614               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(),\r
 615                       ds.getLabelsFor(v)))\r
 616       {\r
 617         continue;\r
 618       }\r
 619 \r
 620       for (int j = 0; j < coords.size(); j++)\r
 621       {\r
 622         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 623         { coords.get(j).getAuthority() })\r
 624                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 625                 { coords.get(j).getSource() }))\r
 626         {\r
 627           names.add(ds.getTitle());\r
 628           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getTitle())));\r
 629           break;\r
 630         }\r
 631       }\r
 632     }\r
 633 \r
 634     int dSize = names.size();\r
 635     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 636     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 637     {\r
 638       data[d][0] = names.get(d);\r
 639       data[d][1] = selected.get(d);\r
 640     }\r
 641 \r
 642     refreshTableData(data);\r
 643   }\r
 644 \r
 645   private boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 646   {\r
 647     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 648     {\r
 649       if (selection[i].equals("Any"))\r
 650       {\r
 651         return true;\r
 652       }\r
 653       if (items==null || items.length==0)\r
 654       {\r
 655         return false;\r
 656       }\r
 657       String sel=(items[0].startsWith("das1:") ? "das1:":"")+selection[i];\r
 658       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 659       {\r
 660         if (sel.equals(items[j]))\r
 661         {\r
 662           return true;\r
 663         }\r
 664       }\r
 665     }\r
 666 \r
 667     return false;\r
 668   }\r
 669 \r
 670   void setSelectedFromProperties()\r
 671   {\r
 672     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 673             "uniprot");\r
 674     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 675     selectedSources = new Vector();\r
 676     while (st.hasMoreTokens())\r
 677     {\r
 678       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 679     }\r
 680   }\r
 681 \r
 682   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 683   {\r
 684     registryURL.setText(sourceRegistry.getDasRegistryURL());\r
 685   }\r
 686 \r
 687   /**\r
 688    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 689    * \r
 690    * @param properties\r
 691    */\r
 692   public void saveProperties(Properties properties)\r
 693   {\r
 694     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 695     {\r
 696       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 697     }\r
 698     else\r
 699     {\r
 700       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL,\r
 701               registryURL.getText());\r
 702     }\r
 703 \r
 704     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 705     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 706     {\r
 707       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 708       {\r
 709         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 710       }\r
 711     }\r
 712 \r
 713     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE,\r
 714             sb.toString());\r
 715 \r
 716     String sourceprop = sourceRegistry.getLocalSourceString();\r
 717     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sourceprop);\r
 718   }\r
 719 \r
 720   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 721   {\r
 722 \r
 723     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 724     {\r
 725       this.data = data;\r
 726     }\r
 727 \r
 728     private String[] columnNames = new String[]\r
 729     { "Nickname", "Use Source" };\r
 730 \r
 731     private Object[][] data;\r
 732 \r
 733     public int getColumnCount()\r
 734     {\r
 735       return columnNames.length;\r
 736     }\r
 737 \r
 738     public int getRowCount()\r
 739     {\r
 740       return data.length;\r
 741     }\r
 742 \r
 743     public String getColumnName(int col)\r
 744     {\r
 745       return columnNames[col];\r
 746     }\r
 747 \r
 748     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 749     {\r
 750       return data[row][col];\r
 751     }\r
 752 \r
 753     /*\r
 754      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 755      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 756      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 757      */\r
 758     public Class getColumnClass(int c)\r
 759     {\r
 760       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 761     }\r
 762 \r
 763     /*\r
 764      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 765      */\r
 766     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 767     {\r
 768       // Note that the data/cell address is constant,\r
 769       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 770       return col == 1;\r
 771 \r
 772     }\r
 773 \r
 774     /*\r
 775      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 776      */\r
 777     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 778     {\r
 779       data[row][col] = value;\r
 780       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 781 \r
 782       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 783       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 784 \r
 785       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 786       {\r
 787         selectedSources.remove(name);\r
 788       }\r
 789 \r
 790       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 791       {\r
 792         selectedSources.add(name);\r
 793       }\r
 794     }\r
 795   }\r
 796 \r
 797   public void initDasSources()\r
 798   {\r
 799 \r
 800     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 801     {\r
 802       public void run()\r
 803       {\r
 804         // this actually initialises the das source list\r
 805         paintComponent(null); // yuk\r
 806       }\r
 807     });\r
 808     thr.start();\r
 809     while (loadingDasSources || sourceRegistry == null)\r
 810     {\r
 811       try\r
 812       {\r
 813         Thread.sleep(10);\r
 814       } catch (Exception e)\r
 815       {\r
 816       }\r
 817       ;\r
 818     }\r
 819   }\r
 820 \r
 821   /**\r
 822    * disable or enable the buttons on the source browser\r
 823    * \r
 824    * @param b\r
 825    */\r
 826   public void setGuiEnabled(boolean b)\r
 827   {\r
 828     refresh.setEnabled(b);\r
 829     addLocal.setEnabled(b);\r
 830   }\r
 831 }\r