src/jalview/gui/DasSourceBrowser.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)\r
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  * \r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  * \r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import javax.swing.table.*;\r
  28 \r
  29 import org.biojava.dasobert.dasregistry.*;\r
  30 import jalview.jbgui.*;\r
  31 import jalview.util.*;\r
  32 \r
  33 public class DasSourceBrowser extends GDasSourceBrowser implements\r
  34         Runnable, ListSelectionListener\r
  35 {\r
  36   static DasSource[] dasSources = null;\r
  37 \r
  38   Hashtable localSources = null;\r
  39 \r
  40   Vector selectedSources;\r
  41 \r
  42   public static String DEFAULT_REGISTRY = "http://www.dasregistry.org/das1/sources/";\r
  43 \r
  44   /**\r
  45    * true if thread is running and we are talking to DAS registry service\r
  46    */\r
  47   public boolean loadingDasSources = false;\r
  48 \r
  49   protected static String getDasRegistryURL()\r
  50   {\r
  51     String registry = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_REGISTRY_URL",\r
  52             DEFAULT_REGISTRY);\r
  53 \r
  54     if (registry.indexOf("/registry/das1/sources/") > -1)\r
  55     {\r
  56       jalview.bin.Cache.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL, DEFAULT_REGISTRY);\r
  57       registry = DEFAULT_REGISTRY;\r
  58     }\r
  59     return registry;\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public DasSourceBrowser()\r
  63   {\r
  64     String registry = getDasRegistryURL();\r
  65 \r
  66     registryURL.setText(registry);\r
  67 \r
  68     setSelectedFromProperties();\r
  69 \r
  70     displayFullDetails(null);\r
  71     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);\r
  72 \r
  73     filter1.addListSelectionListener(this);\r
  74     filter2.addListSelectionListener(this);\r
  75     filter3.addListSelectionListener(this);\r
  76 \r
  77     // Ask to be notified of selection changes.\r
  78     ListSelectionModel rowSM = table.getSelectionModel();\r
  79     rowSM.addListSelectionListener(new ListSelectionListener()\r
  80     {\r
  81       public void valueChanged(ListSelectionEvent e)\r
  82       {\r
  83         ListSelectionModel lsm = (ListSelectionModel) e.getSource();\r
  84         if (!lsm.isSelectionEmpty())\r
  85         {\r
  86           int selectedRow = lsm.getMinSelectionIndex();\r
  87           displayFullDetails(table.getValueAt(selectedRow, 0).toString());\r
  88         }\r
  89       }\r
  90     });\r
  91 \r
  92     table.addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  93     {\r
  94       public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
  95       {\r
  96         if (evt.getClickCount() == 2\r
  97                 || SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  98         {\r
  99           editRemoveLocalSource(evt);\r
 100         }\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     if (dasSources != null)\r
 105     {\r
 106       init();\r
 107     }\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void paintComponent(java.awt.Graphics g)\r
 111   {\r
 112     if (dasSources == null && !loadingDasSources)\r
 113     {\r
 114       Thread worker = new Thread(this);\r
 115       worker.start();\r
 116     }\r
 117   }\r
 118 \r
 119   void init()\r
 120   {\r
 121     int dSize = dasSources.length;\r
 122     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 123     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 124     {\r
 125       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 126       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 127               .getNickname()));\r
 128     }\r
 129 \r
 130     refreshTableData(data);\r
 131     setCapabilities(dasSources);\r
 132 \r
 133     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 134     {\r
 135       public void run()\r
 136       {\r
 137         TableSorter sorter = (TableSorter) table.getModel();\r
 138         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.DESCENDING);\r
 139         sorter.setSortingStatus(1, TableSorter.NOT_SORTED);\r
 140       }\r
 141     });\r
 142 \r
 143     progressBar.setIndeterminate(false);\r
 144     progressBar.setVisible(false);\r
 145     addLocal.setVisible(true);\r
 146     refresh.setVisible(true);\r
 147   }\r
 148 \r
 149   public void refreshTableData(Object[][] data)\r
 150   {\r
 151     TableSorter sorter = new TableSorter(new DASTableModel(data));\r
 152     sorter.setTableHeader(table.getTableHeader());\r
 153     table.setModel(sorter);\r
 154   }\r
 155 \r
 156   void displayFullDetails(String nickName)\r
 157   {\r
 158 \r
 159     StringBuffer text = new StringBuffer(\r
 160             "<HTML><font size=\"2\" face=\"Verdana, Arial, Helvetica, sans-serif\">");\r
 161 \r
 162     if (nickName == null)\r
 163     {\r
 164       fullDetails.setText(text + "Select a DAS service from the table"\r
 165               + " to read a full description here.</font></html>");\r
 166       return;\r
 167     }\r
 168 \r
 169     int dSize = dasSources.length;\r
 170     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 171     {\r
 172       if (!dasSources[i].getNickname().equals(nickName))\r
 173       {\r
 174         continue;\r
 175       }\r
 176 \r
 177       DasSource ds = dasSources[i];\r
 178 \r
 179       text.append("<font color=\"#0000FF\">Id:</font> "\r
 180               + dasSources[i].getId() + "<br>");\r
 181       text.append("<font color=\"#0000FF\">Nickname:</font> "\r
 182               + dasSources[i].getNickname() + "<br>");\r
 183       text.append("<font color=\"#0000FF\">URL:</font> "\r
 184               + dasSources[i].getUrl() + "<br>");\r
 185 \r
 186       text\r
 187               .append("<font color=\"#0000FF\">Admin Email:</font> <a href=\"mailto:"\r
 188                       + dasSources[i].getAdminemail()\r
 189                       + "\">"\r
 190                       + dasSources[i].getAdminemail() + "</a>" + "<br>");\r
 191 \r
 192       text.append("<font color=\"#0000FF\">Registered at:</font> "\r
 193               + dasSources[i].getRegisterDate() + "<br>");\r
 194 \r
 195       text.append("<font color=\"#0000FF\">Last successful test:</font> "\r
 196               + dasSources[i].getLeaseDate() + "<br>");\r
 197 \r
 198       text.append("<font color=\"#0000FF\">Labels:</font> ");\r
 199       for (int s = 0; s < dasSources[i].getLabels().length; s++)\r
 200       {\r
 201         text.append(dasSources[i].getLabels()[s]);\r
 202         if (s < dasSources[i].getLabels().length - 1)\r
 203         {\r
 204           text.append(",");\r
 205         }\r
 206         text.append(" ");\r
 207       }\r
 208       text.append("<br>");\r
 209 \r
 210       text.append("<font color=\"#0000FF\">Capabilities:</font> ");\r
 211       String[] scap = dasSources[i].getCapabilities();\r
 212       for (int j = 0; j < scap.length; j++)\r
 213       {\r
 214         text.append(scap[j]);\r
 215         if (j < scap.length - 1)\r
 216         {\r
 217           text.append(", ");\r
 218         }\r
 219       }\r
 220       text.append("<br>");\r
 221 \r
 222       text.append("<font color=\"#0000FF\">Coordinates:</font> ");\r
 223       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 224       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 225       {\r
 226         text.append("(" + dcs[j].getUniqueId() + ") "\r
 227                 + dcs[j].getCategory() + ", " + dcs[j].getName());\r
 228         if (dcs[j].getNCBITaxId() != 0)\r
 229         {\r
 230           text.append(", " + dcs[j].getNCBITaxId());\r
 231         }\r
 232         if (dcs[j].getOrganismName().length() > 0)\r
 233         {\r
 234           text.append(", " + dcs[j].getOrganismName());\r
 235         }\r
 236 \r
 237         text.append("<br>");\r
 238       }\r
 239 \r
 240       text.append("<font color=\"#0000FF\">Description:</font> "\r
 241               + dasSources[i].getDescription() + "<br>");\r
 242 \r
 243       if (dasSources[i].getHelperurl() != null\r
 244               && dasSources[i].getHelperurl().length() > 0)\r
 245       {\r
 246         text.append("<font color=\"#0000FF\"><a href=\""\r
 247                 + dasSources[i].getHelperurl()\r
 248                 + "\">Go to site</a></font<br>");\r
 249       }\r
 250 \r
 251       text.append("</font></html>");\r
 252 \r
 253       break;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     fullDetails.setText(text.toString());\r
 257     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 258     {\r
 259       public void run()\r
 260       {\r
 261         fullDetailsScrollpane.getVerticalScrollBar().setValue(0);\r
 262       }\r
 263     });\r
 264   }\r
 265 \r
 266   public void run()\r
 267   {\r
 268     loadingDasSources = true;\r
 269 \r
 270     addLocal.setVisible(false);\r
 271     refresh.setVisible(false);\r
 272     progressBar.setVisible(true);\r
 273     progressBar.setIndeterminate(true);\r
 274     // Refresh the source list.\r
 275     dasSources = null;\r
 276     getDASSource();\r
 277 \r
 278     init();\r
 279 \r
 280     loadingDasSources = false;\r
 281 \r
 282   }\r
 283 \r
 284   public Vector getSelectedSources()\r
 285   {\r
 286     // wait around if we're still loading.\r
 287     while (dasSources ==null) {\r
 288       if (!loadingDasSources)\r
 289       {\r
 290         new Thread(this).start();\r
 291         try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) {};\r
 292         while (loadingDasSources)\r
 293         {\r
 294           try { Thread.sleep(5); } catch (Exception e) {}; \r
 295         };\r
 296       }\r
 297     }\r
 298       \r
 299     Vector selected = new Vector();\r
 300     for (int r = 0; r < selectedSources.size(); r++)\r
 301     {\r
 302       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 303       {\r
 304         if (dasSources[i].getNickname()\r
 305                 .equals(selectedSources.elementAt(r)))\r
 306         {\r
 307           selected.addElement(dasSources[i]);\r
 308           break;\r
 309         }\r
 310       }\r
 311     }\r
 312 \r
 313     return selected;\r
 314   }\r
 315 \r
 316   /**\r
 317    * retrieve das sources from registry and add local source list\r
 318    * \r
 319    * @return\r
 320    */\r
 321   public DasSource[] getDASSource()\r
 322   {\r
 323     if (dasSources == null)\r
 324     {\r
 325       dasSources = jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher.getDASSources();\r
 326       appendLocalSources();\r
 327     }\r
 328 \r
 329     return dasSources;\r
 330   }\r
 331 \r
 332   public void refresh_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 333   {\r
 334     saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);\r
 335 \r
 336     Thread worker = new Thread(this);\r
 337     worker.start();\r
 338   }\r
 339 \r
 340   private void setCapabilities(DasSource[] sources)\r
 341   {\r
 342     Vector authority = new Vector();\r
 343     Vector type = new Vector();\r
 344     Vector label = new Vector();\r
 345 \r
 346     authority.addElement("Any");\r
 347     type.addElement("Any");\r
 348     label.addElement("Any");\r
 349 \r
 350     for (int i = 0; i < sources.length; i++)\r
 351     {\r
 352       DasSource ds = sources[i];\r
 353 \r
 354       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 355 \r
 356       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 357       {\r
 358         if (!type.contains(dcs[j].getCategory()))\r
 359         {\r
 360           type.addElement(dcs[j].getCategory());\r
 361         }\r
 362 \r
 363         if (!authority.contains(dcs[j].getName()))\r
 364         {\r
 365           authority.addElement(dcs[j].getName());\r
 366         }\r
 367       }\r
 368 \r
 369       String[] slabels = ds.getLabels();\r
 370       for (int s = 0; s < slabels.length; s++)\r
 371       {\r
 372         if (!label.contains(slabels[s]))\r
 373         {\r
 374           label.addElement(slabels[s]);\r
 375         }\r
 376       }\r
 377 \r
 378     }\r
 379 \r
 380     filter1.setListData(authority);\r
 381     filter2.setListData(type);\r
 382     filter3.setListData(label);\r
 383 \r
 384     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 385     {\r
 386       public void run()\r
 387       {\r
 388         filter1.setSelectedIndex(0);\r
 389         filter2.setSelectedIndex(0);\r
 390         filter3.setSelectedIndex(0);\r
 391       }\r
 392     });\r
 393   }\r
 394 \r
 395   public void amendLocal(boolean newSource)\r
 396   {\r
 397     String url = "http://localhost:8080/", nickname = "";\r
 398 \r
 399     if (!newSource)\r
 400     {\r
 401       int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 402       nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 403       url = ((DasSource) localSources.get(nickname)).getUrl();\r
 404     }\r
 405 \r
 406     JTextField nametf = new JTextField(nickname, 40);\r
 407     JTextField urltf = new JTextField(url, 40);\r
 408     JCheckBox seqs = new JCheckBox("Sequence Source");\r
 409     seqs.setSelected(((DasSource)localSources.get(nickname)).hasCapability("sequence"));\r
 410     JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 411     JPanel pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 412     pane12.add(new JLabel("Nickname: "), BorderLayout.CENTER);\r
 413     pane12.add(nametf, BorderLayout.EAST);\r
 414     panel.add(pane12, BorderLayout.NORTH);\r
 415     pane12 = new JPanel(new BorderLayout());\r
 416     pane12.add(new JLabel("URL: "), BorderLayout.NORTH);\r
 417     pane12.add(seqs, BorderLayout.SOUTH);\r
 418     pane12.add(urltf, BorderLayout.EAST);\r
 419     panel.add(pane12, BorderLayout.SOUTH);\r
 420     \r
 421     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 422             panel, "Enter Nickname & URL of Local DAS Source",\r
 423             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);\r
 424 \r
 425     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 426     {\r
 427       return;\r
 428     }\r
 429 \r
 430     if (!urltf.getText().endsWith("/"))\r
 431     {\r
 432       urltf.setText(urltf.getText() + "/");\r
 433     }\r
 434 \r
 435     Das1Source local = new Das1Source();\r
 436 \r
 437     local.setUrl(urltf.getText());\r
 438     local.setNickname(nametf.getText());\r
 439     if (seqs.isSelected())\r
 440     {\r
 441       local.setCapabilities(new String[] {"features","sequence"});\r
 442     }\r
 443     if (localSources == null)\r
 444     {\r
 445       localSources = new Hashtable();\r
 446     }\r
 447 \r
 448     localSources.put(local.getNickname(), local);\r
 449 \r
 450     if (!newSource && !nickname.equals(nametf.getText()))\r
 451     {\r
 452       localSources.remove(nickname);\r
 453     }\r
 454 \r
 455     int size = dasSources.length;\r
 456     int adjust = newSource ? 1 : 0;\r
 457 \r
 458     Object[][] data = new Object[size + adjust][2];\r
 459     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 460     {\r
 461       if (!newSource && dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 462       {\r
 463         ((DasSource) dasSources[i]).setNickname(local.getNickname());\r
 464         ((DasSource) dasSources[i]).setUrl(local.getUrl());\r
 465         data[i][0] = local.getNickname();\r
 466         data[i][1] = new Boolean(true);\r
 467       }\r
 468       else\r
 469       {\r
 470         data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 471         data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 472                 .getNickname()));\r
 473       }\r
 474     }\r
 475 \r
 476     if (newSource)\r
 477     {\r
 478       data[size][0] = local.getNickname();\r
 479       data[size][1] = new Boolean(true);\r
 480       selectedSources.add(local.getNickname());\r
 481     }\r
 482 \r
 483     DasSource[] tmp = new DasSource[size + adjust];\r
 484 \r
 485     System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 486 \r
 487     if (newSource)\r
 488     {\r
 489       tmp[size] = local;\r
 490     }\r
 491 \r
 492     dasSources = tmp;\r
 493 \r
 494     refreshTableData(data);\r
 495 \r
 496     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 497     {\r
 498       public void run()\r
 499       {\r
 500         scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 501                 scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 502       }\r
 503     });\r
 504 \r
 505     displayFullDetails(local.getNickname());\r
 506   }\r
 507 \r
 508   public void editRemoveLocalSource(MouseEvent evt)\r
 509   {\r
 510     int selectedRow = table.getSelectionModel().getMinSelectionIndex();\r
 511     if (selectedRow == -1)\r
 512     {\r
 513       return;\r
 514     }\r
 515 \r
 516     String nickname = table.getValueAt(selectedRow, 0).toString();\r
 517 \r
 518     if (!localSources.containsKey(nickname))\r
 519     {\r
 520       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 521               "You can only edit or remove local DAS Sources!",\r
 522               "Public DAS source - not editable",\r
 523               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 524       return;\r
 525     }\r
 526 \r
 527     Object[] options =\r
 528     { "Edit", "Remove", "Cancel" };\r
 529     int choice = JOptionPane.showInternalOptionDialog(Desktop.desktop,\r
 530             "Do you want to edit or remove " + nickname + "?",\r
 531             "Edit / Remove Local DAS Source",\r
 532             JOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION, JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 533             null, options, options[2]);\r
 534 \r
 535     switch (choice)\r
 536     {\r
 537     case 0:\r
 538       amendLocal(false);\r
 539       break;\r
 540     case 1:\r
 541       localSources.remove(nickname);\r
 542       selectedSources.remove(nickname);\r
 543       Object[][] data = new Object[dasSources.length - 1][2];\r
 544       DasSource[] tmp = new DasSource[dasSources.length - 1];\r
 545       int index = 0;\r
 546       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 547       {\r
 548         if (dasSources[i].getNickname().equals(nickname))\r
 549         {\r
 550           continue;\r
 551         }\r
 552         else\r
 553         {\r
 554           tmp[index] = dasSources[i];\r
 555           data[index][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 556           data[index][1] = new Boolean(selectedSources\r
 557                   .contains(dasSources[i].getNickname()));\r
 558           index++;\r
 559         }\r
 560       }\r
 561       dasSources = tmp;\r
 562       refreshTableData(data);\r
 563       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
 564       {\r
 565         public void run()\r
 566         {\r
 567           scrollPane.getVerticalScrollBar().setValue(\r
 568                   scrollPane.getVerticalScrollBar().getMaximum());\r
 569         }\r
 570       });\r
 571 \r
 572       break;\r
 573     }\r
 574   }\r
 575 \r
 576   void appendLocalSources()\r
 577   {\r
 578     if (localSources == null)\r
 579     {\r
 580       return;\r
 581     }\r
 582     // note - we add all das sources to list so they can be filtered for the standard fetchDbRefs function\r
 583     int size = dasSources != null ? dasSources.length : 0;\r
 584     int lsize = localSources.size();\r
 585 \r
 586     Object[][] data = new Object[size + lsize][2];\r
 587     for (int i = 0; i < size; i++)\r
 588     {\r
 589       data[i][0] = dasSources[i].getNickname();\r
 590       data[i][1] = new Boolean(selectedSources.contains(dasSources[i]\r
 591               .getNickname()));\r
 592     }\r
 593 \r
 594     DasSource[] tmp = new DasSource[size + lsize];\r
 595     if (dasSources != null)\r
 596     {\r
 597       System.arraycopy(dasSources, 0, tmp, 0, size);\r
 598     }\r
 599 \r
 600     Enumeration en = localSources.keys();\r
 601     int index = size;\r
 602     while (en.hasMoreElements())\r
 603     {\r
 604       String key = en.nextElement().toString();\r
 605       data[index][0] = key;\r
 606       data[index][1] = new Boolean(false);\r
 607       tmp[index] = new Das1Source();\r
 608       tmp[index].setNickname(key);\r
 609       tmp[index].setUrl(((DasSource) localSources.get(key)).getUrl());\r
 610 \r
 611       index++;\r
 612     }\r
 613 \r
 614     dasSources = tmp;\r
 615 \r
 616     refreshTableData(data);\r
 617   }\r
 618 \r
 619   public void valueChanged(ListSelectionEvent evt)\r
 620   {\r
 621     // Called when the MainTable selection changes\r
 622     if (evt.getValueIsAdjusting())\r
 623     {\r
 624       return;\r
 625     }\r
 626 \r
 627     displayFullDetails(null);\r
 628 \r
 629     // Filter the displayed data sources\r
 630     int dSize = dasSources.length;\r
 631 \r
 632     ArrayList names = new ArrayList();\r
 633     ArrayList selected = new ArrayList();\r
 634     DasSource ds;\r
 635 \r
 636     // The features filter is not visible, but we must still\r
 637     // filter the das source list here.\r
 638     // July 2006 - only 6 sources fo not serve features\r
 639     Object[] dummyFeatureList = new Object[]\r
 640     { "features" };\r
 641 \r
 642     for (int i = 0; i < dSize; i++)\r
 643     {\r
 644       ds = dasSources[i];\r
 645       DasCoordinateSystem[] dcs = ds.getCoordinateSystem();\r
 646 \r
 647       if (dcs.length == 0 && ds.getCapabilities().length == 0\r
 648               && filter1.getSelectedIndex() == 0\r
 649               && filter2.getSelectedIndex() == 0\r
 650               && filter3.getSelectedIndex() == 0)\r
 651       {\r
 652         // THIS IS A FIX FOR LOCAL SOURCES WHICH DO NOT\r
 653         // HAVE COORDINATE SYSTEMS, INFO WHICH AT PRESENT\r
 654         // IS ADDED FROM THE REGISTRY\r
 655         names.add(ds.getNickname());\r
 656         selected\r
 657                 .add(new Boolean(selectedSources.contains(ds.getNickname())));\r
 658         continue;\r
 659       }\r
 660 \r
 661       if (!selectedInList(dummyFeatureList, ds.getCapabilities())\r
 662               || !selectedInList(filter3.getSelectedValues(), ds\r
 663                       .getLabels()))\r
 664       {\r
 665         continue;\r
 666       }\r
 667 \r
 668       for (int j = 0; j < dcs.length; j++)\r
 669       {\r
 670         if (selectedInList(filter1.getSelectedValues(), new String[]\r
 671         { dcs[j].getName() })\r
 672                 && selectedInList(filter2.getSelectedValues(), new String[]\r
 673                 { dcs[j].getCategory() }))\r
 674         {\r
 675           names.add(ds.getNickname());\r
 676           selected.add(new Boolean(selectedSources.contains(ds\r
 677                   .getNickname())));\r
 678           break;\r
 679         }\r
 680       }\r
 681     }\r
 682 \r
 683     dSize = names.size();\r
 684     Object[][] data = new Object[dSize][2];\r
 685     for (int d = 0; d < dSize; d++)\r
 686     {\r
 687       data[d][0] = names.get(d);\r
 688       data[d][1] = selected.get(d);\r
 689     }\r
 690 \r
 691     refreshTableData(data);\r
 692   }\r
 693 \r
 694   boolean selectedInList(Object[] selection, String[] items)\r
 695   {\r
 696     for (int i = 0; i < selection.length; i++)\r
 697     {\r
 698       if (selection[i].equals("Any"))\r
 699       {\r
 700         return true;\r
 701       }\r
 702 \r
 703       for (int j = 0; j < items.length; j++)\r
 704       {\r
 705         if (selection[i].equals(items[j]))\r
 706         {\r
 707           return true;\r
 708         }\r
 709       }\r
 710     }\r
 711 \r
 712     return false;\r
 713   }\r
 714 \r
 715   void setSelectedFromProperties()\r
 716   {\r
 717     String active = jalview.bin.Cache.getDefault("DAS_ACTIVE_SOURCE",\r
 718             "uniprot");\r
 719     StringTokenizer st = new StringTokenizer(active, "\t");\r
 720     selectedSources = new Vector();\r
 721     while (st.hasMoreTokens())\r
 722     {\r
 723       selectedSources.addElement(st.nextToken());\r
 724     }\r
 725     \r
 726     Vector _localSources = jalview.bin.Cache.getLocalDasSources();\r
 727     if (_localSources!=null)\r
 728     {\r
 729       if (localSources==null)\r
 730       {\r
 731         localSources = new Hashtable();\r
 732       }\r
 733       Enumeration sources = _localSources.elements();\r
 734       while (sources.hasMoreElements())\r
 735       {\r
 736         Das1Source source = (Das1Source) sources.nextElement();\r
 737         localSources.put(source.getNickname(), source);\r
 738       }\r
 739     }\r
 740   }\r
 741 \r
 742   public void reset_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 743   {\r
 744     registryURL.setText(DEFAULT_REGISTRY);\r
 745   }\r
 746 \r
 747   /**\r
 748    * set the DAS source settings in the given jalview properties.\r
 749    * @param properties\r
 750    */\r
 751   public void saveProperties(Properties properties)\r
 752   {\r
 753     if (registryURL.getText() == null || registryURL.getText().length() < 1)\r
 754     {\r
 755       properties.remove(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL);\r
 756     }\r
 757     else\r
 758     {\r
 759       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_REGISTRY_URL, registryURL.getText());\r
 760     }\r
 761 \r
 762     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 763     for (int r = 0; r < table.getModel().getRowCount(); r++)\r
 764     {\r
 765       if (((Boolean) table.getValueAt(r, 1)).booleanValue())\r
 766       {\r
 767         sb.append(table.getValueAt(r, 0) + "\t");\r
 768       }\r
 769     }\r
 770 \r
 771     properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_ACTIVE_SOURCE, sb.toString());\r
 772 \r
 773     if (localSources != null)\r
 774     {\r
 775       sb = new StringBuffer();\r
 776       Enumeration en = localSources.keys();\r
 777       while (en.hasMoreElements())\r
 778       {\r
 779         String token = en.nextElement().toString();\r
 780         sb.append(token + "|"\r
 781                 +(((DasSource) localSources.get(token)).hasCapability("sequence") ? "sequence:" : "")\r
 782                 + ((DasSource) localSources.get(token)).getUrl() + "\t");\r
 783       }\r
 784 \r
 785       properties.setProperty(jalview.bin.Cache.DAS_LOCAL_SOURCE, sb.toString());\r
 786     }\r
 787 \r
 788   }\r
 789 \r
 790   class DASTableModel extends AbstractTableModel\r
 791   {\r
 792 \r
 793     public DASTableModel(Object[][] data)\r
 794     {\r
 795       this.data = data;\r
 796     }\r
 797 \r
 798     private String[] columnNames = new String[]\r
 799     { "Nickname", "Use Source" };\r
 800 \r
 801     private Object[][] data;\r
 802 \r
 803     public int getColumnCount()\r
 804     {\r
 805       return columnNames.length;\r
 806     }\r
 807 \r
 808     public int getRowCount()\r
 809     {\r
 810       return data.length;\r
 811     }\r
 812 \r
 813     public String getColumnName(int col)\r
 814     {\r
 815       return columnNames[col];\r
 816     }\r
 817 \r
 818     public Object getValueAt(int row, int col)\r
 819     {\r
 820       return data[row][col];\r
 821     }\r
 822 \r
 823     /*\r
 824      * JTable uses this method to determine the default renderer/ editor for\r
 825      * each cell. If we didn't implement this method, then the last column would\r
 826      * contain text ("true"/"false"), rather than a check box.\r
 827      */\r
 828     public Class getColumnClass(int c)\r
 829     {\r
 830       return getValueAt(0, c).getClass();\r
 831     }\r
 832 \r
 833     /*\r
 834      * Don't need to implement this method unless your table's editable.\r
 835      */\r
 836     public boolean isCellEditable(int row, int col)\r
 837     {\r
 838       // Note that the data/cell address is constant,\r
 839       // no matter where the cell appears onscreen.\r
 840       return col == 1;\r
 841 \r
 842     }\r
 843 \r
 844     /*\r
 845      * Don't need to implement this method unless your table's data can change.\r
 846      */\r
 847     public void setValueAt(Object value, int row, int col)\r
 848     {\r
 849       data[row][col] = value;\r
 850       fireTableCellUpdated(row, col);\r
 851 \r
 852       String name = getValueAt(row, 0).toString();\r
 853       boolean selected = ((Boolean) value).booleanValue();\r
 854 \r
 855       if (selectedSources.contains(name) && !selected)\r
 856       {\r
 857         selectedSources.remove(name);\r
 858       }\r
 859 \r
 860       if (!selectedSources.contains(name) && selected)\r
 861       {\r
 862         selectedSources.add(name);\r
 863       }\r
 864     }\r
 865   }\r
 866 \r
 867   public void initDasSources()\r
 868   {\r
 869 \r
 870     Thread thr = new Thread(new Runnable()\r
 871     {\r
 872       public void run()\r
 873       {\r
 874         // this actually initialises the das source list\r
 875         paintComponent(null); // yuk\r
 876       }\r
 877     });\r
 878     thr.start();\r
 879     while (loadingDasSources\r
 880             || dasSources == null)\r
 881     {\r
 882       try\r
 883       {\r
 884         Thread.sleep(10);\r
 885       } catch (Exception e)\r
 886       {\r
 887       }\r
 888       ;\r
 889     }\r
 890   }\r
 891 \r
 892   public Vector resolveSourceNicknames(Vector sources)\r
 893   {\r
 894 \r
 895     Vector resolved = new Vector();\r
 896     if (sources != null)\r
 897     {\r
 898       for (int i = 0; i < dasSources.length; i++)\r
 899       {\r
 900         if (sources.contains(dasSources[i].getNickname()))\r
 901         {\r
 902           if (!resolved.contains(dasSources[i]))\r
 903           {\r
 904             resolved.addElement(dasSources[i]);\r
 905           }\r
 906         }\r
 907       }\r
 908     }\r
 909     return resolved;\r
 910   }\r
 911 }\r