src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.io.FileLoader;
  27 import jalview.io.FormatAdapter;
  28 import jalview.io.IdentifyFile;
  29 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  30 import jalview.io.JalviewFileView;
  31 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  32 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.ImageMaker;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  37 import jalview.ws.params.ParamManager;
  38
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Color;
  41 import java.awt.Dimension;
  42 import java.awt.FontMetrics;
  43 import java.awt.Graphics;
  44 import java.awt.GridLayout;
  45 import java.awt.Point;
  46 import java.awt.Rectangle;
  47 import java.awt.Toolkit;
  48 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  49 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  50 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  51 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  52 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  53 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  54 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  55 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  56 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  57 import java.awt.event.ActionEvent;
  58 import java.awt.event.ActionListener;
  59 import java.awt.event.FocusEvent;
  60 import java.awt.event.FocusListener;
  61 import java.awt.event.MouseAdapter;
  62 import java.awt.event.MouseEvent;
  63 import java.awt.event.MouseListener;
  64 import java.awt.event.WindowAdapter;
  65 import java.awt.event.WindowEvent;
  66 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  67 import java.beans.PropertyChangeListener;
  68 import java.beans.PropertyVetoException;
  69 import java.io.BufferedInputStream;
  70 import java.io.File;
  71 import java.io.FileOutputStream;
  72 import java.lang.reflect.Constructor;
  73 import java.net.URL;
  74 import java.util.ArrayList;
  75 import java.util.Hashtable;
  76 import java.util.List;
  77 import java.util.StringTokenizer;
  78 import java.util.Vector;
  79 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  80 import java.util.concurrent.Executors;
  81 import java.util.concurrent.Semaphore;
  82
  83 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  84 import javax.swing.DesktopManager;
  85 import javax.swing.JButton;
  86 import javax.swing.JComboBox;
  87 import javax.swing.JComponent;
  88 import javax.swing.JDesktopPane;
  89 import javax.swing.JFrame;
  90 import javax.swing.JInternalFrame;
  91 import javax.swing.JLabel;
  92 import javax.swing.JMenuItem;
  93 import javax.swing.JOptionPane;
  94 import javax.swing.JPanel;
  95 import javax.swing.JPopupMenu;
  96 import javax.swing.JProgressBar;
  97 import javax.swing.SwingUtilities;
  98 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  99 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 100 import javax.swing.event.MenuEvent;
 101 import javax.swing.event.MenuListener;
 102
 103 /**
 104  * Jalview Desktop
 105  *
 106  *
 107  * @author $author$
 108  * @version $Revision: 1.155 $
 109  */
 110 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 111         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 112         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 113 {
 114
 115   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 116
 117   /**
 118    * news reader - null if it was never started.
 119    */
 120   private BlogReader jvnews = null;
 121
 122   private File projectFile;
 123
 124   /**
 125    * @param listener
 126    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 127    */
 128   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 129           PropertyChangeListener listener)
 130   {
 131     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 132   }
 133
 134   /**
 135    * @param propertyName
 136    * @param listener
 137    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 138    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 139    */
 140   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 141           PropertyChangeListener listener)
 142   {
 143     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 144   }
 145
 146   /**
 147    * @param propertyName
 148    * @param listener
 149    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 150    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 151    */
 152   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 153           PropertyChangeListener listener)
 154   {
 155     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 156             listener);
 157   }
 158
 159   /** Singleton Desktop instance */
 160   public static Desktop instance;
 161
 162   public static MyDesktopPane desktop;
 163
 164   static int openFrameCount = 0;
 165
 166   static final int xOffset = 30;
 167
 168   static final int yOffset = 30;
 169
 170   private static AlignFrame currentAlignFrame;
 171
 172   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 173
 174   public static Object[] jalviewClipboard;
 175
 176   public static boolean internalCopy = false;
 177
 178   static int fileLoadingCount = 0;
 179
 180   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 181   {
 182
 183     private DesktopManager delegate;
 184
 185     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 186     {
 187       this.delegate = delegate;
 188     }
 189
 190     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 191     {
 192       try
 193       {
 194         delegate.activateFrame(f);
 195       } catch (NullPointerException npe)
 196       {
 197         Point p = getMousePosition();
 198         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 199       }
 200     }
 201
 202     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 203     {
 204       delegate.beginDraggingFrame(f);
 205     }
 206
 207     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 208     {
 209       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 210     }
 211
 212     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 213     {
 214       delegate.closeFrame(f);
 215     }
 216
 217     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 218     {
 219       delegate.deactivateFrame(f);
 220     }
 221
 222     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 223     {
 224       delegate.deiconifyFrame(f);
 225     }
 226
 227     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 228     {
 229       if (newY < 0)
 230       {
 231         newY = 0;
 232       }
 233       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 234     }
 235
 236     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 237     {
 238       delegate.endDraggingFrame(f);
 239     }
 240
 241     public void endResizingFrame(JComponent f)
 242     {
 243       delegate.endResizingFrame(f);
 244     }
 245
 246     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 247     {
 248       delegate.iconifyFrame(f);
 249     }
 250
 251     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 252     {
 253       delegate.maximizeFrame(f);
 254     }
 255
 256     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 257     {
 258       delegate.minimizeFrame(f);
 259     }
 260
 261     public void openFrame(JInternalFrame f)
 262     {
 263       delegate.openFrame(f);
 264     }
 265
 266     @Override
 267     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 268             int newHeight)
 269     {
 270       if (newY < 0)
 271       {
 272         newY = 0;
 273       }
 274       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 275     }
 276
 277     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 278             int newWidth, int newHeight)
 279     {
 280       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 281     }
 282
 283     // All other methods, simply delegate
 284
 285   }
 286
 287   /**
 288    * Creates a new Desktop object.
 289    */
 290   public Desktop()
 291   {
 292     /**
 293      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 294      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 295      * constructor.
 296      */
 297     instance = this;
 298     doVamsasClientCheck();
 299     doGroovyCheck();
 300     doConfigureStructurePrefs();
 301     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 302     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 303     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 304             false);
 305     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 306             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 307     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 308     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 309     desktop.setBackground(Color.white);
 310     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 311     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 312     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 313     // sp.getViewport().setView(desktop);
 314     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 315     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 316     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 317
 318     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 319     // if previous window was maximised
 320     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 321             new DefaultDesktopManager()));
 322
 323     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 324     if (dims != null)
 325     {
 326       setBounds(dims);
 327     }
 328     else
 329     {
 330       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 331       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 332               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 333     }
 334     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 335     // add essential build information
 336     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 337             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 338             + "Jalview Installation: "
 339             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 340             + "\n" + "Build Date: "
 341             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 342             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 343             + System.getProperty("os.arch") + " "
 344             + System.getProperty("os.name") + " "
 345             + System.getProperty("os.version"));
 346
 347     showConsole(showjconsole);
 348
 349     showNews.setVisible(false);
 350
 351     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 352     {
 353       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 354       {
 355         quit();
 356       }
 357     });
 358
 359     MouseAdapter ma;
 360     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 361     {
 362       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 363       {
 364         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 365         {
 366           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 367         }
 368       }
 369     });
 370     desktop.addMouseListener(ma);
 371
 372     this.addFocusListener(new FocusListener()
 373     {
 374
 375       @Override
 376       public void focusLost(FocusEvent e)
 377       {
 378         // TODO Auto-generated method stub
 379
 380       }
 381
 382       @Override
 383       public void focusGained(FocusEvent e)
 384       {
 385         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 386         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 387         instance.relayerWindows();
 388       }
 389     });
 390     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 391     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 392     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 393     {
 394       public void run()
 395       {
 396         new SplashScreen();
 397       }
 398     });
 399
 400     // displayed.
 401     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 402     // takes to open it later on.
 403     new Thread(new Runnable()
 404     {
 405       public void run()
 406       {
 407         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 408         new JalviewFileChooser(
 409                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 410                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 411                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 412                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 413         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 414       }
 415     }).start();
 416     // Add the service change listener
 417     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 418             new PropertyChangeListener()
 419             {
 420
 421               @Override
 422               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 423               {
 424                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 425                         + evt.getNewValue());
 426                 JalviewServicesChanged(evt);
 427               }
 428
 429             });
 430   }
 431
 432   public void doConfigureStructurePrefs()
 433   {
 434     // configure services
 435     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 436             .getStructureSelectionManager(this);
 437     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 438     {
 439       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 440               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 441       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 442               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 443       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 444               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 445     }
 446     else
 447     {
 448       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 449       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 450       ssm.setSecStructServices(false);
 451     }
 452   }
 453
 454   public void checkForNews()
 455   {
 456     final Desktop me = this;
 457     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 458     addDialogThread(new Runnable()
 459     {
 460       @Override
 461       public void run()
 462       {
 463         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 464
 465         jvnews = new BlogReader(me);
 466         showNews.setVisible(true);
 467         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 468       }
 469     });
 470   }
 471
 472   @Override
 473   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 474   {
 475     showNews(showNews.isSelected());
 476   }
 477
 478   void showNews(boolean visible)
 479   {
 480     {
 481       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 482       showNews.setSelected(visible);
 483       if (visible && !jvnews.isVisible())
 484       {
 485         new Thread(new Runnable()
 486         {
 487           @Override
 488           public void run()
 489           {
 490             long now = System.currentTimeMillis();
 491             Desktop.instance.setProgressBar(
 492                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 493             jvnews.refreshNews();
 494             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 495             jvnews.showNews();
 496           }
 497         }).start();
 498       }
 499     }
 500   }
 501
 502   /**
 503    * recover the last known dimensions for a jalview window
 504    *
 505    * @param windowName
 506    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 507    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 508    *         window geom was known)
 509    */
 510   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 511   {
 512     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 513     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 514     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 515     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 516     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 517             + "SCREEN_WIDTH");
 518     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 519             + "SCREEN_HEIGHT");
 520     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 521     {
 522       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 523               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 524       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 525       {
 526         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 527         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 528         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 529         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 530                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 531                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 532         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 533                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 534                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 535         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 536         ix = (int) (ix * sw);
 537         iw = (int) (iw * sw);
 538         iy = (int) (iy * sh);
 539         ih = (int) (ih * sh);
 540         while (ix >= screenSize.width)
 541         {
 542           jalview.bin.Cache.log
 543                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 544           ix -= screenSize.width;
 545         }
 546         while (iy >= screenSize.height)
 547         {
 548           jalview.bin.Cache.log
 549                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 550           iy -= screenSize.height;
 551         }
 552         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 553                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 554                 + " height:" + ih);
 555       }
 556       // return dimensions for new instance
 557       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 558     }
 559     return null;
 560   }
 561
 562   private void doVamsasClientCheck()
 563   {
 564     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 565     {
 566       setupVamsasDisconnectedGui();
 567       VamsasMenu.setVisible(true);
 568       final Desktop us = this;
 569       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 570       {
 571         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 572         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 573         // reselected again.
 574         boolean refresh = true;
 575
 576         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 577         {
 578           refresh = true;
 579         }
 580
 581         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 582         {
 583           refresh = true;
 584         }
 585
 586         public void menuSelected(MenuEvent e)
 587         {
 588           if (refresh)
 589           {
 590             us.buildVamsasStMenu();
 591             refresh = false;
 592           }
 593         }
 594       });
 595       vamsasStart.setVisible(true);
 596     }
 597   }
 598
 599   void showPasteMenu(int x, int y)
 600   {
 601     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 602     JMenuItem item = new JMenuItem(
 603             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 604     item.addActionListener(new ActionListener()
 605     {
 606       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 607       {
 608         paste();
 609       }
 610     });
 611
 612     popup.add(item);
 613     popup.show(this, x, y);
 614   }
 615
 616   public void paste()
 617   {
 618     try
 619     {
 620       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 621       Transferable contents = c.getContents(this);
 622
 623       if (contents != null)
 624       {
 625         String file = (String) contents
 626                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 627
 628         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 629                 FormatAdapter.PASTE);
 630
 631         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 632
 633       }
 634     } catch (Exception ex)
 635     {
 636       System.out
 637               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 638                       + ex);
 639     }
 640   }
 641
 642   /**
 643    * Adds and opens the given frame to the desktop
 644    *
 645    * @param frame
 646    *          Frame to show
 647    * @param title
 648    *          Visible Title
 649    * @param w
 650    *          width
 651    * @param h
 652    *          height
 653    */
 654   public static synchronized void addInternalFrame(
 655           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 656   {
 657     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 658   }
 659
 660   /**
 661    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 662    *
 663    * @param frame
 664    *          Frame to show
 665    * @param title
 666    *          Visible Title
 667    * @param makeVisible
 668    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 669    *          setVisible themselves.
 670    * @param w
 671    *          width
 672    * @param h
 673    *          height
 674    */
 675   public static synchronized void addInternalFrame(
 676           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 677           int w, int h)
 678   {
 679     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 680   }
 681
 682   /**
 683    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 684    *
 685    * @param frame
 686    *          Frame to show
 687    * @param title
 688    *          Visible Title
 689    * @param w
 690    *          width
 691    * @param h
 692    *          height
 693    * @param resizable
 694    *          Allow resize
 695    */
 696   public static synchronized void addInternalFrame(
 697           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 698           boolean resizable)
 699   {
 700     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 701   }
 702
 703   /**
 704    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 705    *
 706    * @param frame
 707    *          Frame to show
 708    * @param title
 709    *          Visible Title
 710    * @param makeVisible
 711    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 712    *          setVisible themselves.
 713    * @param w
 714    *          width
 715    * @param h
 716    *          height
 717    * @param resizable
 718    *          Allow resize
 719    */
 720   public static synchronized void addInternalFrame(
 721           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 722           int w, int h, boolean resizable)
 723   {
 724
 725     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 726     // bounds object).
 727     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 728     // the current window title
 729
 730     frame.setTitle(title);
 731     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 732     {
 733       frame.setSize(w, h);
 734     }
 735     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 736     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 737     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 738     // ///////////////////////////////////////////////
 739     if (instance == null
 740             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 741                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 742     {
 743       return;
 744     }
 745
 746     openFrameCount++;
 747
 748     frame.setVisible(makeVisible);
 749     frame.setClosable(true);
 750     frame.setResizable(resizable);
 751     frame.setMaximizable(resizable);
 752     frame.setIconifiable(resizable);
 753     frame.setFrameIcon(null);
 754
 755     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 756     {
 757       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 758               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 759     }
 760
 761     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 762     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 763     {
 764       public void internalFrameActivated(
 765               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 766       {
 767         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 768         if (itf != null)
 769         {
 770           itf.requestFocus();
 771         }
 772
 773       }
 774
 775       public void internalFrameClosed(
 776               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 777       {
 778         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 779         openFrameCount--;
 780         windowMenu.remove(menuItem);
 781         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 782         if (itf != null)
 783         {
 784           itf.requestFocus();
 785         }
 786         System.gc();
 787       };
 788     });
 789
 790     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 791     {
 792       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 793       {
 794         try
 795         {
 796           frame.setSelected(true);
 797           frame.setIcon(false);
 798         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 799         {
 800
 801         }
 802       }
 803     });
 804     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 805     {
 806
 807       @Override
 808       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 809       {
 810       }
 811
 812       @Override
 813       public void mousePressed(MouseEvent e)
 814       {
 815       }
 816
 817       @Override
 818       public void mouseExited(MouseEvent e)
 819       {
 820         try
 821         {
 822           frame.setSelected(false);
 823         } catch (PropertyVetoException e1)
 824         {
 825         }
 826       }
 827
 828       @Override
 829       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 830       {
 831         try
 832         {
 833           frame.setSelected(true);
 834         } catch (PropertyVetoException e1)
 835         {
 836         }
 837       }
 838
 839       @Override
 840       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 841       {
 842
 843       }
 844     });
 845
 846     windowMenu.add(menuItem);
 847
 848     desktop.add(frame);
 849     frame.toFront();
 850     try
 851     {
 852       frame.setSelected(true);
 853       frame.requestFocus();
 854     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 855     {
 856     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 857     {
 858       Cache.log
 859               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 860                       cex);
 861     }
 862   }
 863
 864   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 865   {
 866     if (!internalCopy)
 867     {
 868       Desktop.jalviewClipboard = null;
 869     }
 870
 871     internalCopy = false;
 872   }
 873
 874   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 875   {
 876   }
 877
 878   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 879   {
 880   }
 881
 882   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 883   {
 884   }
 885
 886   @Override
 887   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 888   {
 889   }
 890
 891   /**
 892    * DOCUMENT ME!
 893    *
 894    * @param evt
 895    *          DOCUMENT ME!
 896    */
 897   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 898   {
 899     boolean success = true;
 900     Transferable t = evt.getTransferable();
 901     java.util.List files = null;
 902     java.util.List protocols = null;
 903
 904     try
 905     {
 906       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 907               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 908       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 909       {
 910         // Works on Windows and MacOSX
 911         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 912         files = (java.util.List) t
 913                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 914       }
 915       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 916       {
 917         // This is used by Unix drag system
 918         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 919         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 920         files = new java.util.ArrayList(1);
 921         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 922         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 923                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 924         {
 925           String s = st.nextToken();
 926           if (s.startsWith("#"))
 927           {
 928             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 929             continue;
 930           }
 931           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 932           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 933           {
 934             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 935             files.add(uri.toString());
 936           }
 937           else
 938           {
 939             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 940             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 941             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 942             files.add(file.toString());
 943           }
 944         }
 945       }
 946     } catch (Exception e)
 947     {
 948       success = false;
 949     }
 950
 951     if (files != null)
 952     {
 953       try
 954       {
 955         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 956         {
 957           String file = files.get(i).toString();
 958           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 959                   : (String) protocols.get(i);
 960           String format = null;
 961
 962           if (file.endsWith(".jar"))
 963           {
 964             format = "Jalview";
 965
 966           }
 967           else
 968           {
 969             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 970           }
 971
 972           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 973
 974         }
 975       } catch (Exception ex)
 976       {
 977         success = false;
 978       }
 979     }
 980     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 981                                // transfered to any new windows created
 982   }
 983
 984   /**
 985    * DOCUMENT ME!
 986    *
 987    * @param e
 988    *          DOCUMENT ME!
 989    */
 990   @Override
 991   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 992   {
 993     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 994             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 995             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 996             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 997             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 998
 999     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1000     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1001             .getString("label.open_local_file"));
1002     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1003
1004     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1005
1006     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1007     {
1008       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1009       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1010               .getSelectedFile().getParent());
1011
1012       String format = null;
1013       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1014               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
1015       {
1016         format = "Jalview";
1017       }
1018       else
1019       {
1020         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
1021       }
1022
1023       if (viewport != null)
1024       {
1025         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
1026                 format);
1027         // viewport.setShowSequenceFeatures(JSONFile.isSeqFeaturesEnabled());
1028         // AlignFrame af = viewport.getAlignPanel().alignFrame;
1029         // if (af != null)
1030         // {
1031         // af.changeColour(JSONFile.getColourScheme());
1032         // af.setMenusForViewport();
1033         // }
1034       }
1035       else
1036       {
1037         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
1038       }
1039     }
1040   }
1041
1042   /**
1043    * DOCUMENT ME!
1044    *
1045    * @param e
1046    *          DOCUMENT ME!
1047    */
1048   @Override
1049   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1050   {
1051     // This construct allows us to have a wider textfield
1052     // for viewing
1053     JLabel label = new JLabel(
1054             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1055     final JComboBox history = new JComboBox();
1056
1057     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1058     panel.add(label);
1059     panel.add(history);
1060     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1061     history.setEditable(true);
1062     history.addItem("http://www.");
1063
1064     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1065
1066     StringTokenizer st;
1067
1068     if (historyItems != null)
1069     {
1070       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1071
1072       while (st.hasMoreTokens())
1073       {
1074         history.addItem(st.nextElement());
1075       }
1076     }
1077
1078     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1079             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1080             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1081
1082     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1083     {
1084       return;
1085     }
1086
1087     String url = history.getSelectedItem().toString();
1088
1089     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1090     {
1091       if (viewport != null)
1092       {
1093         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1094                 "Jalview");
1095       }
1096       else
1097       {
1098         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1099       }
1100     }
1101     else
1102     {
1103       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1104
1105       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1106       {
1107         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1108                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1109                         new Object[]
1110                         { url }), MessageManager
1111                         .getString("label.url_not_found"),
1112                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1113
1114         return;
1115       }
1116
1117       if (viewport != null)
1118       {
1119         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1120       }
1121       else
1122       {
1123         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1124       }
1125     }
1126   }
1127
1128   /**
1129    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1130    *
1131    * @param viewPanel
1132    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1133    *          alignment; if null, to a new alignment window
1134    */
1135   @Override
1136   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1137           AlignmentViewPanel viewPanel)
1138   {
1139     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1140     cap.setForInput(viewPanel);
1141     Desktop.addInternalFrame(cap,
1142             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1143             true, 600, 500);
1144   }
1145
1146   /*
1147    * Exit the program
1148    */
1149   @Override
1150   public void quit()
1151   {
1152     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1153     jalview.bin.Cache
1154             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1155     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1156             + "");
1157     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1158             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1159
1160     if (jconsole != null)
1161     {
1162       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1163       jconsole.stopConsole();
1164     }
1165     if (jvnews != null)
1166     {
1167       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1168
1169     }
1170     if (dialogExecutor != null)
1171     {
1172       dialogExecutor.shutdownNow();
1173     }
1174     closeAll_actionPerformed(null);
1175     System.exit(0);
1176   }
1177
1178   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1179   {
1180     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1181             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1182             + " height:" + jc.height);
1183
1184     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1185     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1186     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1187     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1188   }
1189
1190   /**
1191    * DOCUMENT ME!
1192    *
1193    * @param e
1194    *          DOCUMENT ME!
1195    */
1196   @Override
1197   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1198   {
1199     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1200     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1201     //
1202     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1203     new Thread(new Runnable()
1204     {
1205       public void run()
1206       {
1207         new SplashScreen(true);
1208       }
1209     }).start();
1210   }
1211
1212   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1213   {
1214     StringBuffer message = new StringBuffer();
1215     message.append("<html>");
1216     if (shortv)
1217     {
1218       message.append("<h1><strong>Version: "
1219               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1220       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1221               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1222               + "</em></strong>");
1223
1224     }
1225     else
1226     {
1227
1228       message.append("<strong>Version "
1229               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1230               + "; last updated: "
1231               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1232     }
1233
1234     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1235             "Checking"))
1236     {
1237       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1238     }
1239     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1240             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1241     {
1242       boolean red = false;
1243       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1244               .indexOf("automated build") == -1)
1245       {
1246         red = true;
1247         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1248         // version is not a development build
1249         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1250       }
1251
1252       message.append("<br>!! Version "
1253               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1254                       "..Checking..")
1255               + " is available for download from "
1256               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1257                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1258       if (red)
1259       {
1260         message.append("</div>");
1261       }
1262     }
1263     message.append("<br>Authors:  "
1264             + jalview.bin.Cache
1265                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1266                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1267             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1268             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1269             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1270             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1271             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1272             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1273             + "</html>");
1274     return message;
1275   }
1276
1277   /**
1278    * DOCUMENT ME!
1279    *
1280    * @param e
1281    *          DOCUMENT ME!
1282    */
1283   @Override
1284   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1285   {
1286     try
1287     {
1288       Help.showHelpWindow();
1289     } catch (Exception ex)
1290     {
1291     }
1292   }
1293
1294   @Override
1295   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1296   {
1297     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1298     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1299     {
1300       try
1301       {
1302         frames[i].setClosed(true);
1303       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1304       {
1305       }
1306     }
1307     System.out.println("ALL CLOSED");
1308     if (v_client != null)
1309     {
1310       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1311     }
1312
1313     /*
1314      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1315      * when all windows are closed)
1316      */
1317     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1318             .getStructureSelectionManager(this);
1319     if (ssm != null)
1320     {
1321       ssm.resetAll();
1322     }
1323   }
1324
1325   @Override
1326   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1327   {
1328     reorderAssociatedWindows(false, false);
1329   }
1330
1331   @Override
1332   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1333   {
1334     reorderAssociatedWindows(true, false);
1335   }
1336
1337   void closeAssociatedWindows()
1338   {
1339     reorderAssociatedWindows(false, true);
1340   }
1341
1342   /*
1343    * (non-Javadoc)
1344    *
1345    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1346    * ActionEvent)
1347    */
1348   @Override
1349   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1350   {
1351     // We simply collect the garbage
1352     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1353     System.gc();
1354     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1355   }
1356
1357   /*
1358    * (non-Javadoc)
1359    *
1360    * @see
1361    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1362    * )
1363    */
1364   @Override
1365   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1366   {
1367     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1368   }
1369
1370   /*
1371    * (non-Javadoc)
1372    *
1373    * @see
1374    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1375    * )
1376    */
1377   @Override
1378   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1379   {
1380     showConsole(showConsole.isSelected());
1381   }
1382
1383   Console jconsole = null;
1384
1385   /**
1386    * control whether the java console is visible or not
1387    *
1388    * @param selected
1389    */
1390   void showConsole(boolean selected)
1391   {
1392     showConsole.setSelected(selected);
1393     // TODO: decide if we should update properties file
1394     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1395             .toString());
1396     jconsole.setVisible(selected);
1397   }
1398
1399   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1400   {
1401     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1402     if (frames == null || frames.length < 1)
1403     {
1404       return;
1405     }
1406
1407     AlignmentViewport source = null, target = null;
1408     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1409     {
1410       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1411     }
1412     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1413     {
1414       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1415     }
1416     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1417     {
1418       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1419     }
1420     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1421     {
1422       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1423     }
1424
1425     if (source != null)
1426     {
1427       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1428       {
1429         target = null;
1430         if (frames[i] == null)
1431         {
1432           continue;
1433         }
1434         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1435         {
1436           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1437         }
1438         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1439         {
1440           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1441         }
1442         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1443         {
1444           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1445         }
1446         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1447         {
1448           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1449         }
1450
1451         if (source == target)
1452         {
1453           try
1454           {
1455             if (close)
1456             {
1457               frames[i].setClosed(true);
1458             }
1459             else
1460             {
1461               frames[i].setIcon(minimize);
1462               if (!minimize)
1463               {
1464                 frames[i].toFront();
1465               }
1466             }
1467
1468           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1469           {
1470           }
1471         }
1472       }
1473     }
1474   }
1475
1476   /**
1477    * DOCUMENT ME!
1478    *
1479    * @param e
1480    *          DOCUMENT ME!
1481    */
1482   @Override
1483   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1484   {
1485     new Preferences();
1486   }
1487
1488   /**
1489    * DOCUMENT ME!
1490    *
1491    * @param e
1492    *          DOCUMENT ME!
1493    */
1494   @Override
1495   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1496   {
1497     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1498             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1499             { "jvp" }, new String[]
1500             { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
1501
1502     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1503     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1504
1505     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1506
1507     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1508     {
1509       final Desktop me = this;
1510       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1511       setProjectFile(choice);
1512
1513       new Thread(new Runnable()
1514       {
1515         public void run()
1516         {
1517           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1518           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1519                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1520                   { choice.getName() }), choice.hashCode());
1521           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1522                   choice.getParent());
1523           // TODO catch and handle errors for savestate
1524           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1525           try
1526           {
1527             new Jalview2XML().saveState(choice);
1528           } catch (OutOfMemoryError oom)
1529           {
1530             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1531                     + choice.getName(), oom);
1532           } catch (Exception ex)
1533           {
1534             Cache.log.error(
1535                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1536                     ex);
1537             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1538                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1539                     new Object[]
1540                     { choice.getName() }), MessageManager
1541                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1542                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1543           }
1544           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1545         }
1546       }).start();
1547     }
1548   }
1549
1550   private void setProjectFile(File choice)
1551   {
1552     this.projectFile = choice;
1553   }
1554
1555   public File getProjectFile()
1556   {
1557     return this.projectFile;
1558   }
1559
1560   /**
1561    * DOCUMENT ME!
1562    *
1563    * @param e
1564    *          DOCUMENT ME!
1565    */
1566   @Override
1567   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1568   {
1569     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1570             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1571             { "jvp", "jar" }, new String[]
1572             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1573             "Jalview Project");
1574     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1575     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1576
1577     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1578
1579     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1580     {
1581       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1582       setProjectFile(selectedFile);
1583       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1584       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1585               selectedFile.getParent());
1586       new Thread(new Runnable()
1587       {
1588         public void run()
1589         {
1590           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1591                   "label.loading_jalview_project", new Object[]
1592                   { choice }), choice.hashCode());
1593           try
1594           {
1595             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1596           } catch (OutOfMemoryError oom)
1597           {
1598             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1599           } catch (Exception ex)
1600           {
1601             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1602                     + choice, ex);
1603             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1604                     .formatMessage(
1605                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1606                             new Object[]
1607                             { choice }), MessageManager
1608                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1609                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1610           }
1611           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1612         }
1613       }).start();
1614     }
1615   }
1616
1617   @Override
1618   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1619   {
1620     new SequenceFetcher(this);
1621   }
1622
1623   JPanel progressPanel;
1624
1625   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1626
1627   public void startLoading(final String fileName)
1628   {
1629     if (fileLoadingCount == 0)
1630     {
1631       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1632               "label.loading_file", new Object[]
1633               { fileName })));
1634     }
1635     fileLoadingCount++;
1636   }
1637
1638   private JPanel addProgressPanel(String string)
1639   {
1640     if (progressPanel == null)
1641     {
1642       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1643       totalProgressCount = 0;
1644       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1645     }
1646     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1647     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1648     progressBar.setIndeterminate(true);
1649
1650     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1651
1652     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1653     progressPanel.add(thisprogress);
1654     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1655             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1656     ++totalProgressCount;
1657     instance.validate();
1658     return thisprogress;
1659   }
1660
1661   int totalProgressCount = 0;
1662
1663   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1664   {
1665     if (progressPanel != null)
1666     {
1667       synchronized (progressPanel)
1668       {
1669         progressPanel.remove(progbar);
1670         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1671         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1672         if (--totalProgressCount < 1)
1673         {
1674           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1675           progressPanel = null;
1676         }
1677       }
1678     }
1679     validate();
1680   }
1681
1682   public void stopLoading()
1683   {
1684     fileLoadingCount--;
1685     if (fileLoadingCount < 1)
1686     {
1687       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1688       {
1689         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1690       }
1691       fileLoadingPanels.clear();
1692       fileLoadingCount = 0;
1693     }
1694     validate();
1695   }
1696
1697   public static int getViewCount(String alignmentId)
1698   {
1699     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1700     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1701   }
1702
1703   /**
1704    *
1705    * @param alignmentId
1706    *          - if null, all sets are returned
1707    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1708    */
1709   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1710   {
1711     if (Desktop.desktop == null)
1712     {
1713       // no frames created and in headless mode
1714       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1715       return null;
1716     }
1717     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1718     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1719     if (frames == null)
1720     {
1721       return null;
1722     }
1723     for (AlignFrame af : frames)
1724     {
1725       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1726       {
1727         if (alignmentId==null || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1728         {
1729           aps.add(ap);
1730         }
1731       }
1732     }
1733     if (aps.size() == 0)
1734     {
1735       return null;
1736     }
1737     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1738     return vap;
1739   }
1740
1741   /**
1742    * get all the viewports on an alignment.
1743    *
1744    * @param sequenceSetId
1745    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1746    *          case)
1747    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1748    */
1749   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1750   {
1751     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1752     if (desktop != null)
1753     {
1754       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1755
1756       for (AlignFrame afr : frames)
1757       {
1758         if (sequenceSetId==null || afr.getViewport().getSequenceSetId().equals(sequenceSetId))
1759         {
1760           if (afr.alignPanels != null)
1761           {
1762             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1763             {
1764               if (sequenceSetId == null
1765                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1766               {
1767                 viewp.add(ap.av);
1768               }
1769             }
1770           }
1771           else
1772           {
1773             viewp.add(afr.getViewport());
1774           }
1775         }
1776       }
1777       if (viewp.size() > 0)
1778       {
1779         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1780       }
1781     }
1782     return null;
1783   }
1784
1785   /**
1786    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1787    *
1788    * @param af
1789    */
1790   public void explodeViews(AlignFrame af)
1791   {
1792     int size = af.alignPanels.size();
1793     if (size < 2)
1794     {
1795       return;
1796     }
1797
1798     for (int i = 0; i < size; i++)
1799     {
1800       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1801       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1802
1803       /*
1804        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1805        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1806        * position and size.
1807        */
1808       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1809       if (geometry != null)
1810       {
1811         newaf.setBounds(geometry);
1812       }
1813
1814       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1815
1816       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1817               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1818     }
1819
1820     af.alignPanels.clear();
1821     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1822
1823   }
1824
1825   /**
1826    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1827    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1828    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1829    * views. We take the lot.
1830    *
1831    * @param source
1832    */
1833   public void gatherViews(AlignFrame source)
1834   {
1835     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1836     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1837     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1838     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1839
1840     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1841     {
1842       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1843       {
1844         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1845         boolean gatherThis = false;
1846         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1847         {
1848           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1849           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1850           {
1851             gatherThis = true;
1852             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1853             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1854             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1855           }
1856         }
1857
1858         if (gatherThis)
1859         {
1860           af.alignPanels.clear();
1861           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1862         }
1863       }
1864     }
1865
1866   }
1867
1868   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1869
1870   @Override
1871   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1872   {
1873     if (v_client == null)
1874     {
1875       // Load and try to start a session.
1876       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1877               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1878
1879       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1880       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1881               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1882       chooser.setToolTipText(MessageManager
1883               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1884
1885       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1886
1887       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1888       {
1889         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1890         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1891         {
1892           JOptionPane
1893                   .showInternalMessageDialog(
1894                           Desktop.desktop,
1895                           MessageManager.formatMessage(
1896                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1897                                   new Object[]
1898                                   { fle }),
1899                           MessageManager
1900                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1901                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1902         }
1903       }
1904     }
1905     else
1906     {
1907       jalview.bin.Cache.log
1908               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1909     }
1910   }
1911
1912   /**
1913    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1914    *
1915    * @param file
1916    * @return true if import was a success and a session was started.
1917    */
1918   public boolean vamsasImport(URL url)
1919   {
1920     // TODO: create progress bar
1921     if (v_client != null)
1922     {
1923
1924       jalview.bin.Cache.log
1925               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1926       return false;
1927     }
1928
1929     try
1930     {
1931       // copy the URL content to a temporary local file
1932       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1933       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1934       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1935       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1936       byte[] buffer = new byte[2048];
1937       int ln;
1938       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1939       {
1940         fos.write(buffer, 0, ln);
1941       }
1942       bis.close();
1943       fos.close();
1944       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1945               url.toExternalForm());
1946     } catch (Exception ex)
1947     {
1948       jalview.bin.Cache.log.error(
1949               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1950                       + url, ex);
1951       return false;
1952     }
1953     setupVamsasConnectedGui();
1954     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1955     return v_client.inSession();
1956   }
1957
1958   /**
1959    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1960    *
1961    * @param file
1962    * @return true if import was a success and a session was started.
1963    */
1964   public boolean vamsasImport(File file)
1965   {
1966     if (v_client != null)
1967     {
1968
1969       jalview.bin.Cache.log
1970               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1971       return false;
1972     }
1973
1974     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1975             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
1976             { file.getName() }), file.hashCode());
1977     try
1978     {
1979       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1980     } catch (Exception ex)
1981     {
1982       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1983               "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
1984               { file.getName() }), file.hashCode());
1985       jalview.bin.Cache.log.error(
1986               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1987       return false;
1988     }
1989     setupVamsasConnectedGui();
1990     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1991     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1992             "status.importing_vamsas_session_from", new Object[]
1993             { file.getName() }), file.hashCode());
1994     return v_client.inSession();
1995   }
1996
1997   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
1998   {
1999     if (v_client != null)
2000     {
2001       throw new Error(
2002               MessageManager
2003                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2004     }
2005     if (mysesid == null)
2006     {
2007       throw new Error(
2008               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2009     }
2010     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2011     setupVamsasConnectedGui();
2012     v_client.initial_update();
2013     return (v_client.inSession());
2014   }
2015
2016   @Override
2017   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2018   {
2019     if (v_client == null)
2020     {
2021       // Start a session.
2022       // we just start a default session for moment.
2023       /*
2024        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2025        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2026        *
2027        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2028        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2029        * chooser.setToolTipText("Import");
2030        *
2031        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2032        *
2033        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2034        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2035        */
2036       v_client = new VamsasApplication(this);
2037       setupVamsasConnectedGui();
2038       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2039     }
2040     else
2041     {
2042       // store current data in session.
2043       v_client.push_update(); // TODO: thread
2044     }
2045   }
2046
2047   protected void setupVamsasConnectedGui()
2048   {
2049     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2050     vamsasSave.setVisible(true);
2051     vamsasStop.setVisible(true);
2052     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2053     // not possible for vamsas-client-1.0.
2054   }
2055
2056   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2057   {
2058     vamsasSave.setVisible(false);
2059     vamsasStop.setVisible(false);
2060     vamsasImport.setVisible(true);
2061     vamsasStart.setText(MessageManager
2062             .getString("label.new_vamsas_session"));
2063   }
2064
2065   @Override
2066   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2067   {
2068     if (v_client != null)
2069     {
2070       v_client.end_session();
2071       v_client = null;
2072       setupVamsasDisconnectedGui();
2073     }
2074   }
2075
2076   protected void buildVamsasStMenu()
2077   {
2078     if (v_client == null)
2079     {
2080       String[] sess = null;
2081       try
2082       {
2083         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2084       } catch (Exception e)
2085       {
2086         jalview.bin.Cache.log.warn(
2087                 "Problem getting current sessions list.", e);
2088         sess = null;
2089       }
2090       if (sess != null)
2091       {
2092         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2093                 + sess.length + " entries.");
2094         VamsasStMenu.removeAll();
2095         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2096         {
2097           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2098           sessit.setText(sess[i]);
2099           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2100                   "label.connect_to_session", new Object[]
2101                   { sess[i] }));
2102           final Desktop dsktp = this;
2103           final String mysesid = sess[i];
2104           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2105           {
2106
2107             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2108             {
2109               if (dsktp.v_client == null)
2110               {
2111                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2112                 {
2113
2114                   public void run()
2115                   {
2116                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2117                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2118                     dsktp.v_client.initial_update();
2119                   }
2120
2121                 });
2122                 rthr.start();
2123               }
2124             };
2125           });
2126           VamsasStMenu.add(sessit);
2127         }
2128         // don't show an empty menu.
2129         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2130
2131       }
2132       else
2133       {
2134         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2135         VamsasStMenu.removeAll();
2136         VamsasStMenu.setVisible(false);
2137       }
2138     }
2139     else
2140     {
2141       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2142       VamsasStMenu.setVisible(false);
2143     }
2144   }
2145
2146   @Override
2147   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2148   {
2149     if (v_client != null)
2150     {
2151       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2152               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2153               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2154               new String[]
2155               { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2156
2157       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2158       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2159               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2160
2161       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2162
2163       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2164       {
2165         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2166         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2167                 "label.saving_vamsas_doc", new Object[]
2168                 { choice.getName() }));
2169         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2170         String warnmsg = null;
2171         String warnttl = null;
2172         try
2173         {
2174           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2175         } catch (Error ex)
2176         {
2177           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2178           warnmsg = ex.toString();
2179           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2180                   + choice, ex);
2181
2182         } catch (Exception ex)
2183         {
2184           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2185           warnmsg = ex.toString();
2186           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2187                   + choice, ex);
2188
2189         }
2190         removeProgressPanel(progpanel);
2191         if (warnmsg != null)
2192         {
2193           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2194
2195           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2196         }
2197       }
2198     }
2199   }
2200
2201   JPanel vamUpdate = null;
2202
2203   /**
2204    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2205    *
2206    * @param b
2207    *          true to hide gui, false to reveal gui
2208    */
2209   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2210   {
2211     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2212             + (b ? "in progress" : "finished"));
2213
2214     if (vamUpdate != null)
2215     {
2216       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2217     }
2218     if (b)
2219     {
2220       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2221               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2222     }
2223     vamsasStart.setVisible(!b);
2224     vamsasStop.setVisible(!b);
2225     vamsasSave.setVisible(!b);
2226   }
2227
2228   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2229   {
2230     return desktop.getAllFrames();
2231   }
2232
2233   /**
2234    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2235    * should be informed of a new questionnaire.
2236    *
2237    * @param url
2238    */
2239   public void checkForQuestionnaire(String url)
2240   {
2241     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2242     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2243     new Thread(jvq).start();
2244   }
2245
2246   /**
2247    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2248    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2249    * low.
2250    *
2251    * @author AMW
2252    */
2253   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2254   {
2255
2256     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2257
2258     boolean showMemoryUsage = false;
2259
2260     Runtime runtime;
2261
2262     java.text.NumberFormat df;
2263
2264     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2265             percentUsage;
2266
2267     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2268     {
2269       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2270     }
2271
2272     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2273     {
2274       this.showMemoryUsage = showMemory;
2275       if (showMemory)
2276       {
2277         Thread worker = new Thread(this);
2278         worker.start();
2279       }
2280     }
2281
2282     public boolean isShowMemoryUsage()
2283     {
2284       return showMemoryUsage;
2285     }
2286
2287     public void run()
2288     {
2289       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2290       df.setMaximumFractionDigits(2);
2291       runtime = Runtime.getRuntime();
2292
2293       while (showMemoryUsage)
2294       {
2295         try
2296         {
2297           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2298           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2299           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2300           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2301
2302           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2303
2304           // if (percentUsage < 20)
2305           {
2306             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2307             // Color.red);
2308             // instance.set.setBorder(border1);
2309           }
2310           repaint();
2311           // sleep after showing usage
2312           Thread.sleep(3000);
2313         } catch (Exception ex)
2314         {
2315           ex.printStackTrace();
2316         }
2317       }
2318     }
2319
2320     @Override
2321     public void paintComponent(Graphics g)
2322     {
2323       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2324       {
2325         if (percentUsage < 20)
2326         {
2327           g.setColor(Color.red);
2328         }
2329         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2330         if (fm != null)
2331         {
2332           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2333                   "label.memory_stats",
2334                   new Object[]
2335                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2336                       df.format(percentUsage) }), 10,
2337                   getHeight() - fm.getHeight());
2338         }
2339       }
2340     }
2341   }
2342
2343   /**
2344    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2345    * on top actually are
2346    */
2347   public void relayerWindows()
2348   {
2349
2350   }
2351
2352   protected JMenuItem groovyShell;
2353
2354   public void doGroovyCheck()
2355   {
2356     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2357     {
2358       groovyShell = new JMenuItem();
2359       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2360       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2361       {
2362         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2363         {
2364           groovyShell_actionPerformed();
2365         }
2366       });
2367       toolsMenu.add(groovyShell);
2368       groovyShell.setVisible(true);
2369     }
2370   }
2371
2372   /**
2373    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2374    *
2375    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2376    */
2377   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2378   {
2379     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2380
2381     if (frames == null)
2382     {
2383       return null;
2384     }
2385     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2386     // REVERSE ORDER
2387     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2388     {
2389       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2390       {
2391         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2392       }
2393       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2394       {
2395         /*
2396          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2397          */
2398         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2399         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2400         {
2401           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2402         }
2403         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2404         {
2405           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2406         }
2407       }
2408     }
2409     if (avp.size() == 0)
2410     {
2411       return null;
2412     }
2413     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2414     return afs;
2415   }
2416
2417   /**
2418    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2419    *
2420    * @return
2421    */
2422   public GStructureViewer[] getJmols()
2423   {
2424     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2425
2426     if (frames == null)
2427     {
2428       return null;
2429     }
2430     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2431     // REVERSE ORDER
2432     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2433     {
2434       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2435       {
2436         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2437         avp.add(af);
2438       }
2439     }
2440     if (avp.size() == 0)
2441     {
2442       return null;
2443     }
2444     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2445     return afs;
2446   }
2447
2448   /**
2449    * Add Groovy Support to Jalview
2450    */
2451   public void groovyShell_actionPerformed()
2452   {
2453     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2454     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2455     {
2456       throw new Error(
2457               MessageManager
2458                       .getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2459     }
2460     try
2461     {
2462       Class<?> gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2463               "groovy.ui.Console");
2464       Constructor<?> gccons = gcClass.getConstructor();
2465       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2466               new Class[]
2467               { String.class, Object.class });
2468       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run");
2469       Object gc = gccons.newInstance();
2470       setvar.invoke(gc, new Object[]
2471       { "Jalview", this });
2472       run.invoke(gc);
2473     } catch (Exception ex)
2474     {
2475       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2476       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2477
2478       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2479               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2480               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2481     }
2482   }
2483
2484   /**
2485    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2486    */
2487   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2488
2489   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2490
2491   /*
2492    * (non-Javadoc)
2493    *
2494    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2495    */
2496   public void setProgressBar(String message, long id)
2497   {
2498     if (progressBars == null)
2499     {
2500       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2501       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2502     }
2503
2504     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2505     {
2506       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2507       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2508       {
2509         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2510       }
2511       removeProgressPanel(panel);
2512     }
2513     else
2514     {
2515       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2516     }
2517   }
2518
2519   /*
2520    * (non-Javadoc)
2521    *
2522    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2523    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2524    */
2525   public void registerHandler(final long id,
2526           final IProgressIndicatorHandler handler)
2527   {
2528     if (progressBarHandlers == null
2529             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2530     {
2531       throw new Error(
2532               MessageManager
2533                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2534     }
2535     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2536     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2537     if (handler.canCancel())
2538     {
2539       JButton cancel = new JButton(
2540               MessageManager.getString("action.cancel"));
2541       final IProgressIndicator us = this;
2542       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2543       {
2544
2545         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2546         {
2547           handler.cancelActivity(id);
2548           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2549                   "label.cancelled_params", new Object[]
2550                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2551                   id);
2552         }
2553       });
2554       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2555     }
2556   }
2557
2558   /**
2559    *
2560    * @return true if any progress bars are still active
2561    */
2562   @Override
2563   public boolean operationInProgress()
2564   {
2565     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2566     {
2567       return true;
2568     }
2569     return false;
2570   }
2571
2572   /**
2573    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
2574    * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
2575    *
2576    * @param viewport
2577    * @return alignFrame for viewport
2578    */
2579   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2580   {
2581     if (desktop != null)
2582     {
2583       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport
2584               .getSequenceSetId());
2585       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2586       {
2587         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2588         {
2589           return aps[panel].alignFrame;
2590         }
2591       }
2592     }
2593     return null;
2594   }
2595
2596   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2597   {
2598     return v_client;
2599
2600   }
2601
2602   /**
2603    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2604    */
2605   private boolean inBatchMode = false;
2606
2607   /**
2608    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2609    *
2610    * @return inBatchMode
2611    */
2612   public boolean isInBatchMode()
2613   {
2614     return inBatchMode;
2615   }
2616
2617   /**
2618    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2619    *
2620    * @param inBatchMode
2621    */
2622   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2623   {
2624     this.inBatchMode = inBatchMode;
2625   }
2626
2627   public void startServiceDiscovery()
2628   {
2629     startServiceDiscovery(false);
2630   }
2631
2632   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2633   {
2634     boolean alive = true;
2635     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2636     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2637     if (true)
2638     {
2639       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2640       if (discoverer == null)
2641       {
2642         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2643         // register PCS handler for desktop.
2644         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2645       }
2646       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2647       // until we phase out completely
2648       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2649     }
2650
2651     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2652     {
2653       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2654       {
2655         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2656       }
2657       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2658               changeSupport);
2659
2660     }
2661     Thread t3 = null;
2662     {
2663       // TODO: do rest service discovery
2664     }
2665     if (blocking)
2666     {
2667       while (alive)
2668       {
2669         try
2670         {
2671           Thread.sleep(15);
2672         } catch (Exception e)
2673         {
2674         }
2675         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2676                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2677                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2678                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2679       }
2680     }
2681   }
2682
2683   /**
2684    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2685    *
2686    * @param evt
2687    */
2688   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2689   {
2690     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2691     {
2692       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2693               .getErrorMessages();
2694       if (ermsg != null)
2695       {
2696         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2697         {
2698           if (serviceChangedDialog == null)
2699           {
2700             // only run if we aren't already displaying one of these.
2701             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2702             {
2703               public void run()
2704               {
2705
2706                 /*
2707                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2708                  *
2709                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2710                  * Auto-generated method stub
2711                  *
2712                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2713                  * Auto-generated method stub
2714                  *
2715                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2716                  * Auto-generated method stub
2717                  *
2718                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2719                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2720                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2721                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2722                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2723                  * +
2724                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2725                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2726                  * 400);
2727                  *
2728                  * jd.waitForInput();
2729                  */
2730                 JOptionPane
2731                         .showConfirmDialog(
2732                                 Desktop.desktop,
2733                                 new JLabel(
2734                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2735                                                 + ermsg
2736                                                 + "</td></tr></table>"
2737                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2738                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2739                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2740                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2741                                 "Web Service Configuration Problem",
2742                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2743                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2744                 serviceChangedDialog = null;
2745
2746               }
2747             });
2748           }
2749         }
2750         else
2751         {
2752           Cache.log
2753                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2754                           + ermsg);
2755         }
2756       }
2757     }
2758   }
2759
2760   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2761
2762   /**
2763    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2764    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2765    * to open the URL.
2766    *
2767    * @param url
2768    */
2769   public static void showUrl(final String url)
2770   {
2771     showUrl(url, Desktop.instance);
2772   }
2773
2774   /**
2775    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2776    *
2777    * @param url
2778    * @param progress
2779    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2780    */
2781   public static void showUrl(final String url,
2782           final IProgressIndicator progress)
2783   {
2784     new Thread(new Runnable()
2785     {
2786       public void run()
2787       {
2788         try
2789         {
2790           if (progress != null)
2791           {
2792             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2793                     "status.opening_params", new Object[]
2794                     { url }), this.hashCode());
2795           }
2796           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2797         } catch (Exception ex)
2798         {
2799           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2800                   MessageManager
2801                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2802                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2803                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2804
2805           ex.printStackTrace();
2806         }
2807         if (progress != null)
2808         {
2809           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2810         }
2811       }
2812     }).start();
2813   }
2814
2815   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2816
2817   public static ParamManager getUserParameterStore()
2818   {
2819     if (wsparamManager == null)
2820     {
2821       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2822     }
2823     return wsparamManager;
2824   }
2825
2826   /**
2827    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2828    *
2829    * @param e
2830    */
2831   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2832   {
2833     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2834     {
2835       String url = null;
2836       try
2837       {
2838         url = e.getURL().toString();
2839         Desktop.showUrl(url);
2840       } catch (Exception x)
2841       {
2842         if (url != null)
2843         {
2844           if (Cache.log != null)
2845           {
2846             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2847           }
2848           else
2849           {
2850             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2851                     + " as a URL.");
2852           }
2853         }
2854         // ignore any exceptions due to dud links.
2855       }
2856
2857     }
2858   }
2859
2860   /**
2861    * single thread that handles display of dialogs to user.
2862    */
2863   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2864
2865   /**
2866    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2867    */
2868   private volatile boolean dialogPause = true;
2869
2870   /**
2871    * pause the queue
2872    */
2873   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2874
2875   /**
2876    * add another dialog thread to the queue
2877    *
2878    * @param prompter
2879    */
2880   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2881   {
2882     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2883     {
2884       public void run()
2885       {
2886         if (dialogPause)
2887         {
2888           try
2889           {
2890             block.acquire();
2891           } catch (InterruptedException x)
2892           {
2893           }
2894           ;
2895         }
2896         if (instance == null)
2897         {
2898           return;
2899         }
2900         try
2901         {
2902           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2903         } catch (Exception q)
2904         {
2905           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2906         }
2907       }
2908     });
2909   }
2910
2911   public void startDialogQueue()
2912   {
2913     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2914     // the current task to begin
2915     dialogPause = false;
2916     block.release();
2917   }
2918
2919   @Override
2920   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2921   {
2922     invalidate();
2923     File of;
2924     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
2925             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
2926                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
2927                             + ".eps"), "View of desktop");
2928     try
2929     {
2930       paintAll(im.getGraphics());
2931       im.writeImage();
2932     } catch (Exception q)
2933     {
2934       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
2935               q);
2936       return;
2937     }
2938     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2939             + of.getAbsolutePath());
2940   }
2941
2942   /**
2943    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame windows.
2944    *
2945    * @param sf
2946    */
2947   public void explodeViews(SplitFrame sf)
2948   {
2949     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
2950     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
2951     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
2952             .getAlignPanels();
2953     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
2954             .getAlignPanels();
2955     int viewCount = topPanels.size();
2956     if (viewCount < 2)
2957     {
2958       return;
2959     }
2960
2961     /*
2962      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
2963      * not visible. I don't know why!
2964      */
2965     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
2966     {
2967       /*
2968        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
2969        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
2970        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
2971        * new split frames.
2972        */
2973       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
2974       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
2975       newTopFrame.setSize(new Dimension(AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2976               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT));
2977       newTopFrame.setVisible(true);
2978       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
2979       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
2980       newBottomFrame.setSize(new Dimension(AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2981               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT));
2982       newBottomFrame.setVisible(true);
2983       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2984       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2985       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
2986               newBottomFrame);
2987       // either panel may hold previous exploded frame geometry
2988       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
2989               .getExplodedGeometry();
2990       if (geometry != null)
2991       {
2992         splitFrame.setBounds(geometry);
2993       }
2994       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
2995     }
2996
2997     /*
2998      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
2999      * before closing the old SplitFrame.
3000      */
3001     topPanels.clear();
3002     bottomPanels.clear();
3003     sf.close();
3004   }
3005
3006   /**
3007    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3008    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3009    * frames may themselves have multiple views.
3010    *
3011    * @param source
3012    */
3013   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3014   {
3015     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3016     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3017     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
3018     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
3019     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3020     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3021     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3022     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3023
3024     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3025     for (JInternalFrame frame : frames)
3026     {
3027       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3028       {
3029         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3030         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3031         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3032         boolean gatherThis = false;
3033         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3034         {
3035           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3036           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3037           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3038                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3039           {
3040             gatherThis = true;
3041             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3042             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3043             // both panels refer to the same split frame geometry
3044             Rectangle position = sf.getBounds();
3045             topPanel.av.setExplodedGeometry(position);
3046             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(position);
3047             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3048             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3049           }
3050         }
3051
3052         if (gatherThis)
3053         {
3054           topFrame.getAlignPanels().clear();
3055           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3056           sf.close();
3057         }
3058       }
3059     }
3060
3061     /*
3062      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3063      */
3064     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3065
3066   }
3067
3068   public static AlignFrame getCurrentAlignFrame()
3069   {
3070     return currentAlignFrame;
3071   }
3072
3073   public static void setCurrentAlignFrame(AlignFrame currentAlignFrame)
3074   {
3075     Desktop.currentAlignFrame = currentAlignFrame;
3076   }
3077
3078
3079 }