src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner
  40 {
  41     /** DOCUMENT ME!! */
  42     public static Desktop instance;
  43     public static JDesktopPane desktop;
  44     static int openFrameCount = 0;
  45     static final int xOffset = 30;
  46     static final int yOffset = 30;
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  48
  49     public static Object [] jalviewClipboard;
  50     public static boolean internalCopy = false;
  51
  52     static int fileLoadingCount= 0;
  53
  54     /**
  55      * Creates a new Desktop object.
  56      */
  57     public Desktop()
  58     {
  59         instance = this;
  60         doVamsasClientCheck();
  61         Image image = null;
  62
  63         try
  64         {
  65             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  66
  67             if (url != null)
  68             {
  69                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  70
  71                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  72                 mt.addImage(image, 0);
  73                 mt.waitForID(0);
  74                 setIconImage(image);
  75             }
  76         }
  77         catch (Exception ex)
  78         {
  79         }
  80
  81         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  82         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  83         desktop = new JDesktopPane();
  84         desktop.setBackground(Color.white);
  85         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  86         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  87         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  88
  89         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  90         // if previous window was maximised
  91         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  92
  93         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  94         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  95         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  96         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  97         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  98
  99         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 100         {
 101             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 102                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 103         }
 104         else
 105         {
 106             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 107                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 108         }
 109
 110         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 111             {
 112                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 113                 {
 114                     quit();
 115                 }
 116             });
 117
 118         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 119
 120         /////////Add a splashscreen on startup
 121         /////////Add a splashscreen on startup
 122         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 123
 124         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 125         frame.setContentPane(splash);
 126         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 127         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 128             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 129
 130         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 131
 132         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 133     }
 134
 135     private void doVamsasClientCheck() {
 136       if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent()) {
 137         VamsasMenu.setVisible(true);
 138         vamsasLoad.setVisible(true);
 139       }
 140
 141     }
 142
 143     /**
 144      * DOCUMENT ME!
 145      *
 146      * @param frame DOCUMENT ME!
 147      * @param title DOCUMENT ME!
 148      * @param w DOCUMENT ME!
 149      * @param h DOCUMENT ME!
 150      */
 151     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 152         String title, int w, int h)
 153     {
 154         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 155     }
 156
 157     /**
 158      * DOCUMENT ME!
 159      *
 160      * @param frame DOCUMENT ME!
 161      * @param title DOCUMENT ME!
 162      * @param w DOCUMENT ME!
 163      * @param h DOCUMENT ME!
 164      * @param resizable DOCUMENT ME!
 165      */
 166     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 167         String title, int w, int h, boolean resizable)
 168     {
 169
 170       frame.setTitle(title);
 171       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 172       {
 173         frame.setSize(w, h);
 174       }
 175       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 176       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 177       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 178       /////////////////////////////////////////////////
 179       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 180           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 181       {
 182         return;
 183       }
 184
 185
 186         openFrameCount++;
 187
 188         frame.setVisible(true);
 189         frame.setClosable(true);
 190         frame.setResizable(resizable);
 191         frame.setMaximizable(resizable);
 192         frame.setIconifiable(resizable);
 193         frame.setFrameIcon(null);
 194
 195         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 196        {
 197          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 198        }
 199
 200         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 201         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 202             {
 203               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 204                                                  InternalFrameEvent evt)
 205               {
 206                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 207                 if (itf != null)
 208                   itf.requestFocus();
 209
 210               }
 211
 212
 213                 public void internalFrameClosed(
 214                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 215                 {
 216                     PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 217                     openFrameCount--;
 218                     windowMenu.remove(menuItem);
 219                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 220                        if (itf != null)
 221                         itf.requestFocus();
 222                 }
 223                 ;
 224             });
 225
 226         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 227             {
 228                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 229                 {
 230                     try
 231                     {
 232                         frame.setSelected(true);
 233                         frame.setIcon(false);
 234                     }
 235                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 236                     {
 237
 238                     }
 239                 }
 240             });
 241
 242         windowMenu.add(menuItem);
 243
 244         desktop.add(frame);
 245         frame.toFront();
 246         try{
 247           frame.setSelected(true);
 248           frame.requestFocus();
 249         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 250         {   }
 251     }
 252
 253     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 254     {
 255       if (!internalCopy)
 256         Desktop.jalviewClipboard = null;
 257
 258       internalCopy = false;
 259     }
 260
 261     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 262     {}
 263
 264     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 265     {}
 266
 267     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 268     {}
 269
 270     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 271     {}
 272
 273     /**
 274      * DOCUMENT ME!
 275      *
 276      * @param evt DOCUMENT ME!
 277      */
 278     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 279     {
 280         Transferable t = evt.getTransferable();
 281         java.util.List files = null;
 282
 283         try
 284         {
 285           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 286           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 287           {
 288             //Works on Windows and MacOSX
 289             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 290             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 291           }
 292           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 293           {
 294             // This is used by Unix drag system
 295             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 296             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 297             files = new java.util.ArrayList(1);
 298             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 299                 data,
 300                 "\r\n");
 301                  st.hasMoreTokens(); )
 302             {
 303               String s = st.nextToken();
 304               if (s.startsWith("#"))
 305               {
 306                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 307                 continue;
 308               }
 309
 310               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 311               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 312               files.add(file);
 313             }
 314           }
 315         }
 316         catch (Exception e)
 317         {      }
 318
 319         if (files != null)
 320         {
 321           try
 322           {
 323             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 324             {
 325               String file = files.get(i).toString();
 326               String protocol = FormatAdapter.FILE;
 327               String format = null;
 328
 329               if (file.endsWith(".jar"))
 330               {
 331                 format = "Jalview";
 332
 333               }
 334               else
 335               {
 336                 format = new IdentifyFile().Identify(file,
 337                                                           protocol);
 338               }
 339
 340
 341               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 342
 343             }
 344           }
 345           catch (Exception ex)
 346           {      }
 347         }
 348     }
 349
 350     /**
 351      * DOCUMENT ME!
 352      *
 353      * @param e DOCUMENT ME!
 354      */
 355     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 356     {
 357         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 358                     "LAST_DIRECTORY"),
 359                 new String[]
 360                 {
 361                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 362                     "jar"
 363                 },
 364                 new String[]
 365                 {
 366                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 367                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 368
 369         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 370         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 371         chooser.setToolTipText("Open");
 372
 373         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 374
 375         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 376         {
 377             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 378             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 379                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 380
 381             String format = null;
 382             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 383             {
 384                 format = "Jalview";
 385             }
 386             else
 387             {
 388                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 389             }
 390
 391             if (viewport != null)
 392               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 393             else
 394               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 395         }
 396     }
 397
 398
 399
 400     /**
 401      * DOCUMENT ME!
 402      *
 403      * @param e DOCUMENT ME!
 404      */
 405     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 406     {
 407       // This construct allows us to have a wider textfield
 408       // for viewing
 409       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 410       final JComboBox history = new JComboBox();
 411
 412       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));
 413       panel.add(label);
 414       panel.add(history);
 415       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));
 416       history.setEditable(true);
 417       history.addItem("http://www.");
 418
 419       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 420
 421       StringTokenizer st;
 422
 423       if (historyItems != null)
 424       {
 425         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 426
 427         while (st.hasMoreTokens())
 428         {
 429           history.addItem(st.nextElement());
 430         }
 431       }
 432
 433        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 434           panel, "Input Alignment From URL",
 435           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 436
 437
 438         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 439         {
 440             return;
 441         }
 442
 443         String url = history.getSelectedItem().toString();
 444
 445         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 446         {
 447           if (viewport != null)
 448             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 449           else
 450             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 451         }
 452         else
 453         {
 454           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 455
 456           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 457           {
 458             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 459                                                   "Couldn't locate " + url,
 460                                                   "URL not found",
 461                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 462
 463             return;
 464           }
 465
 466           if (viewport != null)
 467             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 468           else
 469             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 470         }
 471     }
 472
 473     /**
 474      * DOCUMENT ME!
 475      *
 476      * @param e DOCUMENT ME!
 477      */
 478     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 479     {
 480         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 481         cap.setForInput(viewport);
 482         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 483     }
 484
 485     /*
 486      * Exit the program
 487      */
 488     public void quit()
 489     {
 490         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 491         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 492         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 493         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 494         System.exit(0);
 495     }
 496
 497     /**
 498      * DOCUMENT ME!
 499      *
 500      * @param e DOCUMENT ME!
 501      */
 502     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 503     {
 504       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 505                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 506           "VERSION") +
 507                                               "; last updated: " +
 508                                               jalview.bin.
 509                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 510
 511       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 512           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 513       {
 514         message.append("\n\n!! Jalview version "
 515                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 516                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 517
 518       }
 519
 520       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 521             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 522             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 523             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 524             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 525             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 526
 527         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 528
 529            message.toString(), "About Jalview",
 530             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 531     }
 532
 533     /**
 534      * DOCUMENT ME!
 535      *
 536      * @param e DOCUMENT ME!
 537      */
 538     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 539     {
 540         try
 541         {
 542             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 543             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 544             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 545
 546             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 547             hb.setCurrentID("home");
 548             hb.setDisplayed(true);
 549         }
 550         catch (Exception ex)
 551         {     }
 552     }
 553
 554     public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 555     {
 556       JInternalFrame [] frames = desktop.getAllFrames();
 557       for(int i=0; i<frames.length; i++)
 558       {
 559         try{
 560         frames[i].setClosed(true);
 561       }catch(java.beans.PropertyVetoException ex){}
 562       }
 563     }
 564
 565     public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 566     {
 567       reorderAssociatedWindows(false, false);
 568     }
 569
 570     public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 571     {
 572       reorderAssociatedWindows(true, false);
 573     }
 574
 575     void closeAssociatedWindows()
 576     {
 577       reorderAssociatedWindows(false, true);
 578     }
 579
 580     void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 581     {
 582       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 583       if (frames == null || frames.length<1)
 584         return;
 585
 586       AlignViewport source = null, target = null;
 587       if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 588         source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 589       else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 590         source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 591       else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 592         source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 593       else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 594         source = ((PairwiseAlignPanel)frames[0].getContentPane()).av;
 595
 596
 597       if (source != null)
 598         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 599         {
 600           target = null;
 601           if(frames[i]==null)
 602           {
 603             continue;
 604           }
 605           if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 606             target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 607           else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 608             target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 609           else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 610             target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 611           else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 612             target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 613
 614           if (source == target)
 615           {
 616             try
 617             {
 618               if (close)
 619                 frames[i].setClosed(true);
 620               else
 621               {
 622                 frames[i].setIcon(minimize);
 623                 if (!minimize)
 624                 {
 625                   frames[i].toFront();
 626                 }
 627               }
 628
 629             }
 630             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 631             {       }
 632           }
 633         }
 634     }
 635
 636
 637
 638     /**
 639      * DOCUMENT ME!
 640      *
 641      * @param e DOCUMENT ME!
 642      */
 643     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 644     {
 645         new Preferences();
 646     }
 647
 648     /**
 649      * DOCUMENT ME!
 650      *
 651      * @param e DOCUMENT ME!
 652      */
 653     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 654     {
 655         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 656                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 657                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 658
 659         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 660         chooser.setDialogTitle("Save State");
 661
 662         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 663
 664         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 665         {
 666             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 667             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 668             new Jalview2XML().SaveState(choice);
 669         }
 670     }
 671
 672     /**
 673      * DOCUMENT ME!
 674      *
 675      * @param e DOCUMENT ME!
 676      */
 677     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 678     {
 679         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 680                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 681                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 682         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 683         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 684
 685         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 686
 687         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 688         {
 689             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 690             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 691                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 692             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 693         }
 694     }
 695
 696   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 697     {
 698       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 699           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 700
 701       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 702       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 703       chooser.setToolTipText("Import");
 704
 705       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 706
 707       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 708       {
 709         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 710         vs.load(
 711             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 712             );
 713       }
 714
 715     }*/
 716
 717
 718     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 719     {
 720       new SequenceFetcher(null);
 721     }
 722
 723     JPanel progressPanel;
 724
 725     public void startLoading(final String fileName)
 726     {
 727       if (fileLoadingCount == 0)
 728       {
 729         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 730         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 731         progressBar.setIndeterminate(true);
 732
 733         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 734                           BorderLayout.WEST);
 735
 736         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 737
 738         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 739       }
 740       fileLoadingCount++;
 741       validate();
 742     }
 743
 744     public void stopLoading()
 745     {
 746       fileLoadingCount--;
 747       if (fileLoadingCount < 1)
 748       {
 749         if(progressPanel!=null)
 750         {
 751           this.getContentPane().remove(progressPanel);
 752           progressPanel = null;
 753         }
 754         fileLoadingCount = 0;
 755       }
 756       validate();
 757     }
 758
 759     public static int getViewCount(String viewId)
 760     {
 761       int count = 0;
 762       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 763       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 764       {
 765         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 766         {
 767           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 768           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)
 769           {
 770             if(viewId.equals(
 771                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )
 772                 )
 773             count ++;
 774           }
 775         }
 776       }
 777
 778       return count;
 779     }
 780
 781     public void explodeViews(AlignFrame af)
 782     {
 783       int size = af.alignPanels.size();
 784       if(size<2)
 785         return;
 786
 787       for(int i=0; i<size; i++)
 788       {
 789         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);
 790         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 791         if(ap.av.explodedPosition!=null)
 792           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 793
 794         ap.av.gatherViewsHere = false;
 795
 796         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 797                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 798                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 799       }
 800
 801       af.alignPanels.clear();
 802       af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 803
 804     }
 805
 806     public void gatherViews(AlignFrame source)
 807     {
 808       source.viewport.gatherViewsHere = true;
 809       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 810       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 811       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 812
 813       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 814       {
 815         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 816         {
 817           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 818           boolean gatherThis = false;
 819           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 820           {
 821             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 822             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 823             {
 824               gatherThis = true;
 825               ap.av.gatherViewsHere = false;
 826               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 827               source.addAlignmentPanel(ap, false);
 828             }
 829           }
 830
 831           if (gatherThis)
 832           {
 833             af.alignPanels.clear();
 834             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 835           }
 836         }
 837       }
 838
 839     }
 840
 841     jalview.gui.VamsasClient v_client=null;
 842     public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 843     {
 844       if (v_client==null) {
 845         // Start a session.
 846         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 847             getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 848
 849         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 850         chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 851         chooser.setToolTipText("Import");
 852
 853         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 854
 855         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 856         {
 857           v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 858               chooser.getSelectedFile());
 859           this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 860           this.vamsasStop.setVisible(true);
 861           v_client.initial_update();
 862           v_client.startWatcher();
 863         }
 864       } else {
 865         // store current data in session.
 866         v_client.push_update();
 867       }
 868     }
 869     public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e) {
 870       if (v_client!=null) {
 871         v_client.end_session();
 872         v_client=null;
 873         this.vamsasStop.setVisible(false);
 874         this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 875       }
 876     }
 877     /**
 878      * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 879      * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 880      */
 881     public void setVamsasUpdate(boolean b) {
 882       jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "+(b ? "in progress" : "finished"));
 883       vamsasLoad.setVisible(!b);
 884       vamsasStop.setVisible(!b);
 885
 886     }
 887
 888 }
 889