src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46
  47     public static Object [] jalviewClipboard;
  48
  49
  50     /**
  51      * Creates a new Desktop object.
  52      */
  53     public Desktop()
  54     {
  55         Image image = null;
  56
  57
  58         try
  59         {
  60             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  61
  62             if (url != null)
  63             {
  64                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  65
  66                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  67                 mt.addImage(image, 0);
  68                 mt.waitForID(0);
  69                 setIconImage(image);
  70             }
  71         }
  72         catch (Exception ex)
  73         {
  74         }
  75
  76         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  77         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  78         desktop = new JDesktopPane();
  79         desktop.setBackground(Color.white);
  80         setContentPane(desktop);
  81         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  82
  83         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  84         // if previous window was maximised
  85         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  86
  87         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  88         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  89         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  90         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  91         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  92
  93         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  94         {
  95             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  96                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  97         }
  98         else
  99         {
 100             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 101                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 102         }
 103
 104         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 105             {
 106                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 107                 {
 108                     quit();
 109                 }
 110             });
 111
 112         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 113
 114         /////////Add a splashscreen on startup
 115         /////////Add a splashscreen on startup
 116         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 117
 118         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 119         frame.setContentPane(splash);
 120         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 121         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 122             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 123
 124         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 125
 126         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 127
 128     }
 129
 130     /**
 131      * DOCUMENT ME!
 132      *
 133      * @param frame DOCUMENT ME!
 134      * @param title DOCUMENT ME!
 135      * @param w DOCUMENT ME!
 136      * @param h DOCUMENT ME!
 137      */
 138     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 139         String title, int w, int h)
 140     {
 141         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 142     }
 143
 144     /**
 145      * DOCUMENT ME!
 146      *
 147      * @param frame DOCUMENT ME!
 148      * @param title DOCUMENT ME!
 149      * @param w DOCUMENT ME!
 150      * @param h DOCUMENT ME!
 151      * @param resizable DOCUMENT ME!
 152      */
 153     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 154         String title, int w, int h, boolean resizable)
 155     {
 156
 157       frame.setTitle(title);
 158       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 159       {
 160         frame.setSize(w, h);
 161       }
 162       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 163       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 164       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 165       /////////////////////////////////////////////////
 166       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 167           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 168       {
 169         return;
 170       }
 171
 172
 173         openFrameCount++;
 174
 175         frame.setVisible(true);
 176         frame.setClosable(true);
 177         frame.setResizable(resizable);
 178         frame.setMaximizable(resizable);
 179         frame.setIconifiable(resizable);
 180         frame.setFrameIcon(null);
 181
 182         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 183        {
 184          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 185        }
 186
 187         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 188         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 189             {
 190                 public void internalFrameClosed(
 191                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 192                 {
 193                     openFrameCount--;
 194                     windowMenu.remove(menuItem);
 195                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 196                        if (itf != null)
 197                         itf.requestFocus();
 198                 }
 199                 ;
 200             });
 201
 202         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 203             {
 204                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 205                 {
 206                     try
 207                     {
 208                         frame.setSelected(true);
 209                         frame.setIcon(false);
 210                     }
 211                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 212                     {
 213
 214                     }
 215                 }
 216             });
 217
 218         windowMenu.add(menuItem);
 219
 220         desktop.add(frame);
 221         frame.toFront();
 222         try{
 223           frame.setSelected(true);
 224           frame.requestFocus();
 225         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 226         {}
 227     }
 228
 229
 230     /**
 231      * DOCUMENT ME!
 232      *
 233      * @param evt DOCUMENT ME!
 234      */
 235     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 236     {
 237     }
 238
 239     /**
 240      * DOCUMENT ME!
 241      *
 242      * @param evt DOCUMENT ME!
 243      */
 244     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 245     {
 246     }
 247
 248     /**
 249      * DOCUMENT ME!
 250      *
 251      * @param evt DOCUMENT ME!
 252      */
 253     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 254     {
 255     }
 256
 257     /**
 258      * DOCUMENT ME!
 259      *
 260      * @param evt DOCUMENT ME!
 261      */
 262     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 263     {
 264     }
 265
 266     /**
 267      * DOCUMENT ME!
 268      *
 269      * @param evt DOCUMENT ME!
 270      */
 271     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 272     {
 273         Transferable t = evt.getTransferable();
 274
 275         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 276         {
 277             return;
 278         }
 279
 280         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 281
 282         try
 283         {
 284             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 285
 286             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 287             {
 288                 String file = files.get(i).toString();
 289                 String protocol = "File";
 290                 String format = null;
 291
 292                 if (file.endsWith(".jar"))
 293                 {
 294                   format = "Jalview";
 295
 296                 }
 297                 else
 298                 {
 299                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 300                             protocol);
 301                 }
 302                 LoadFile(file, protocol, format);
 303             }
 304         }
 305         catch (Exception ex)
 306         {
 307             ex.printStackTrace();
 308         }
 309     }
 310
 311     /**
 312      * DOCUMENT ME!
 313      *
 314      * @param e DOCUMENT ME!
 315      */
 316     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 317     {
 318         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 319                     "LAST_DIRECTORY"),
 320                 new String[]
 321                 {
 322                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 323                     "jar"
 324                 },
 325                 new String[]
 326                 {
 327                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 328                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 329
 330         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 331         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 332         chooser.setToolTipText("Open");
 333
 334         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 335
 336         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 337         {
 338             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 339             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 340                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 341
 342             String format = null;
 343             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 344             {
 345               format = "Jalview";
 346             }
 347             else
 348             {
 349                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 350             }
 351
 352             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 353             LoadFile(choice, "File", format);
 354         }
 355     }
 356
 357     /**
 358      * DOCUMENT ME!
 359      *
 360      * @param file DOCUMENT ME!
 361      * @param protocol DOCUMENT ME!
 362      * @param format DOCUMENT ME!
 363      */
 364     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 365     {
 366       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 367       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 368     }
 369
 370     /**
 371      * DOCUMENT ME!
 372      *
 373      * @param e DOCUMENT ME!
 374      */
 375     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 376     {
 377         Object reply = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 378                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 379                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.");
 380
 381         if (reply == null)
 382         {
 383             return;
 384         }
 385
 386         String url = reply.toString().trim();
 387
 388         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 389         {
 390                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 391                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 392         }
 393         else
 394         {
 395
 396           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 397
 398           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 399           {
 400             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 401                                                   "Couldn't locate " + url,
 402                                                   "URL not found",
 403                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 404
 405             return;
 406           }
 407
 408           LoadFile(url, "URL", format);
 409         }
 410     }
 411
 412     /**
 413      * DOCUMENT ME!
 414      *
 415      * @param e DOCUMENT ME!
 416      */
 417     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 418     {
 419         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 420         cap.setForInput();
 421         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 422     }
 423
 424     /*
 425      * Exit the program
 426      */
 427     public void quit()
 428     {
 429         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 430         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 431         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 432         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 433         System.exit(0);
 434     }
 435
 436     /**
 437      * DOCUMENT ME!
 438      *
 439      * @param e DOCUMENT ME!
 440      */
 441     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 442     {
 443       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 444                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 445           "VERSION") +
 446                                               "; last updated: " +
 447                                               jalview.bin.
 448                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 449
 450       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 451           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 452       {
 453         message.append("\n\n!! Jalview version "
 454                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 455                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 456
 457       }
 458
 459       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 460             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 461             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 462             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 463             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 464             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 465
 466         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 467
 468            message.toString(), "About Jalview",
 469             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 470     }
 471
 472     /**
 473      * DOCUMENT ME!
 474      *
 475      * @param e DOCUMENT ME!
 476      */
 477     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 478     {
 479         try
 480         {
 481             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 482             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 483             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 484
 485             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 486             hb.setCurrentID("home");
 487             hb.setDisplayed(true);
 488         }
 489         catch (Exception ex)
 490         {
 491             ex.printStackTrace();
 492         }
 493     }
 494
 495     /**
 496      * DOCUMENT ME!
 497      *
 498      * @param e DOCUMENT ME!
 499      */
 500     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 501     {
 502         new Preferences();
 503     }
 504
 505     /**
 506      * DOCUMENT ME!
 507      *
 508      * @param e DOCUMENT ME!
 509      */
 510     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 511     {
 512         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 513                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 514                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 515
 516         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 517         chooser.setDialogTitle("Save State");
 518
 519         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 520
 521         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 522         {
 523             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 524             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 525             Jalview2XML.SaveState(choice);
 526         }
 527     }
 528
 529     /**
 530      * DOCUMENT ME!
 531      *
 532      * @param e DOCUMENT ME!
 533      */
 534     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 535     {
 536         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 537                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 538                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 539         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 540         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 541
 542         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 543
 544         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 545         {
 546             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 547             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 548                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 549             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 550         }
 551     }
 552
 553     public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 554     {
 555       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 556           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 557
 558       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 559       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 560       chooser.setToolTipText("Import");
 561
 562       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 563
 564       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 565       {
 566         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 567         vs.load(
 568             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 569             );
 570       }
 571
 572     }
 573
 574
 575     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 576     {
 577       SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(null);
 578     }
 579 }
 580