src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.datatransfer.*;\r
  23 import java.awt.dnd.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.io.*;\r
  29 \r
  30 public class Desktop\r
  31     extends jalview.jbgui.GDesktop implements DropTargetListener\r
  32 {\r
  33   public static JDesktopPane desktop;\r
  34   static int openFrameCount = 0;\r
  35   static final int xOffset = 30;\r
  36   static final int yOffset = 30;\r
  37 \r
  38   public Desktop()\r
  39   {\r
  40     Image image = null;\r
  41 \r
  42     try\r
  43     {\r
  44       java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  45 \r
  46       if (url != null)\r
  47       {\r
  48         image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  49 \r
  50         MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  51         mt.addImage(image, 0);\r
  52         mt.waitForID(0);\r
  53         setIconImage(image);\r
  54       }\r
  55     }\r
  56     catch (Exception ex)\r
  57     {\r
  58     }\r
  59 \r
  60     setTitle("Jalview 2005");\r
  61     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  62     desktop = new JDesktopPane();\r
  63     desktop.setBackground(Color.white);\r
  64     setContentPane(desktop);\r
  65     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  66 \r
  67     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  68     // if previous window was maximised\r
  69     desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  70 \r
  71     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  72     String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  73     String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  74     String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  75     String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  76 \r
  77     if ( (x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  78     {\r
  79       setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  80                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  81     }\r
  82     else\r
  83     {\r
  84       setBounds( (int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
  85                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
  86     }\r
  87 \r
  88     this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  89     {\r
  90       public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  91       {\r
  92         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x +\r
  93                                       "");\r
  94         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y +\r
  95                                       "");\r
  96         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH",\r
  97                                       getWidth() + "");\r
  98         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT",\r
  99                                       getHeight() + "");\r
 100       }\r
 101     });\r
 102     setVisible(true);\r
 103 \r
 104     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 105 \r
 106     /////////Add a splashscreen on startup\r
 107     /////////Add a splashscreen on startup\r
 108     JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 109 \r
 110     SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 111     frame.setContentPane(splash);\r
 112     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 113     addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 114     frame.setLocation( (int) ( (getWidth() - 750) / 2),\r
 115                       (int) ( (getHeight() - 160) / 2));\r
 116   }\r
 117 \r
 118   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 119                                       String title, int w, int h)\r
 120   {\r
 121     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 122   }\r
 123 \r
 124   public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 125                                       String title, int w, int h,\r
 126                                       boolean resizable)\r
 127   {\r
 128     desktop.add(frame);\r
 129     openFrameCount++;\r
 130 \r
 131     try\r
 132     {\r
 133       frame.setSelected(true);\r
 134     }\r
 135     catch (java.beans.PropertyVetoException e)\r
 136     {\r
 137     }\r
 138 \r
 139     frame.setTitle(title);\r
 140     frame.setSize(w, h);\r
 141     frame.setClosable(true);\r
 142     frame.setResizable(resizable);\r
 143     frame.setMaximizable(resizable);\r
 144     frame.setIconifiable(resizable);\r
 145     frame.setFrameIcon(null);\r
 146     frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * openFrameCount);\r
 147     frame.toFront();\r
 148 \r
 149     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 150     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 151     {\r
 152       public void internalFrameClosed(\r
 153           javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 154       {\r
 155         openFrameCount--;\r
 156         windowMenu.remove(menuItem);\r
 157       }\r
 158       ;\r
 159     });\r
 160 \r
 161     menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 162     {\r
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 164       {\r
 165         try\r
 166         {\r
 167           frame.setSelected(true);\r
 168           frame.setIcon(false);\r
 169         }\r
 170         catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 171         {\r
 172         }\r
 173 \r
 174         ;\r
 175       }\r
 176     });\r
 177 \r
 178     frame.setVisible(true);\r
 179     windowMenu.add(menuItem);\r
 180   }\r
 181 \r
 182   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 183   {\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 187   {\r
 188   }\r
 189 \r
 190   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 191   {\r
 192   }\r
 193 \r
 194   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 195   {\r
 196   }\r
 197 \r
 198   public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 199   {\r
 200     Transferable t = evt.getTransferable();\r
 201 \r
 202     if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 203     {\r
 204       return;\r
 205     }\r
 206 \r
 207     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 208 \r
 209     try\r
 210     {\r
 211       java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.\r
 212           javaFileListFlavor);\r
 213 \r
 214       for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 215       {\r
 216         String file = files.get(i).toString();\r
 217         String protocol = "File";\r
 218 \r
 219         if (file.endsWith(".jar"))\r
 220         {\r
 221           Jalview2XML.LoadJalviewAlign(file);\r
 222         }\r
 223         else\r
 224         {\r
 225           String format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 226               protocol);\r
 227           LoadFile(file, protocol, format);\r
 228         }\r
 229       }\r
 230     }\r
 231     catch (Exception ex)\r
 232     {\r
 233       ex.printStackTrace();\r
 234     }\r
 235   }\r
 236 \r
 237   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 238   {\r
 239     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 240         getProperty(\r
 241             "LAST_DIRECTORY"),\r
 242         new String[]\r
 243         {\r
 244         "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 245         "jar"\r
 246     },\r
 247         new String[]\r
 248         {\r
 249         "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 250     }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 251 \r
 252     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 253     chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 254     chooser.setToolTipText("Open");\r
 255 \r
 256     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 257 \r
 258     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 259     {\r
 260       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 261       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 262                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 263 \r
 264       if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 265       {\r
 266         jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalivew");\r
 267         Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 268       }\r
 269       else\r
 270       {\r
 271         String format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");\r
 272         jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 273         LoadFile(choice, "File", format);\r
 274       }\r
 275     }\r
 276   }\r
 277 \r
 278   public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 279   {\r
 280     LoadingThread loader = new LoadingThread(file, protocol, format);\r
 281     loader.start();\r
 282   }\r
 283 \r
 284   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 285   {\r
 286     String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 287         "Enter url of input file", "Input alignment from URL",\r
 288         JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")\r
 289         .toString();\r
 290 \r
 291     if (url == null)\r
 292     {\r
 293       return;\r
 294     }\r
 295 \r
 296     String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");\r
 297 \r
 298     if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 299     {\r
 300       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 301                                             "Couldn't locate " + url,\r
 302                                             "URL not found",\r
 303                                             JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 304 \r
 305       return;\r
 306     }\r
 307 \r
 308     LoadFile(url, "URL", format);\r
 309   }\r
 310 \r
 311   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 312   {\r
 313     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 314     cap.setForInput();\r
 315     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 316   }\r
 317 \r
 318   /*\r
 319    * Exit the program\r
 320    */\r
 321   public void quit_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 322   {\r
 323     if (jalview.bin.Jalview.applet != null)\r
 324     {\r
 325       jalview.bin.Jalview.applet.destroy();\r
 326     }\r
 327     else\r
 328     {\r
 329       System.exit(0);\r
 330     }\r
 331   }\r
 332 \r
 333   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 334   {\r
 335     JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 336                                           "JalView 2005 version " +\r
 337                                           jalview.bin.Cache.VERSION +\r
 338                                           "; last updated: " +\r
 339                                           jalview.bin.Cache.BUILD_DATE +\r
 340                                           "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 341                                           "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 342                                           "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 343                                           "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 344                                           "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 345                                           "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.",\r
 346                                           "About Jalview",\r
 347                                           JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 348   }\r
 349 \r
 350   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 351   {\r
 352     try\r
 353     {\r
 354       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 355       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 356       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 357 \r
 358       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 359       hb.setLocation(new Point(200, 50));\r
 360       hb.setSize(new Dimension(800, 700));\r
 361       hb.setCurrentID("home");\r
 362       hb.setDisplayed(true);\r
 363     }\r
 364     catch (Exception ex)\r
 365     {\r
 366       ex.printStackTrace();\r
 367     }\r
 368   }\r
 369 \r
 370   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 371   {\r
 372     Preferences pref = new Preferences();\r
 373   }\r
 374 \r
 375   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 376   {\r
 377     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 378         getProperty(\r
 379             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 380         {"jar"},\r
 381         new String[]\r
 382         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 383 \r
 384     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 385     chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 386 \r
 387     int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 388 \r
 389     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 390     {\r
 391       java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 392       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 393       Jalview2XML.SaveState(choice);\r
 394     }\r
 395   }\r
 396 \r
 397   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 398   {\r
 399     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.\r
 400         getProperty(\r
 401             "LAST_DIRECTORY"), new String[]\r
 402         {"jar"},\r
 403         new String[]\r
 404         {"Jalview Project"}, "Jalview Project");\r
 405     chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 406     chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 407 \r
 408     int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 409 \r
 410     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 411     {\r
 412       String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 413       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 414                                     chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 415       Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 416     }\r
 417   }\r
 418 \r
 419   class LoadingThread\r
 420       extends Thread\r
 421   {\r
 422     String file;\r
 423     String protocol;\r
 424     String format;\r
 425 \r
 426     public LoadingThread(String file, String protocol, String format)\r
 427     {\r
 428       this.file = file;\r
 429       this.protocol = protocol;\r
 430       this.format = format;\r
 431     }\r
 432 \r
 433     public void run()\r
 434     {\r
 435       SequenceI[] sequences = null;\r
 436 \r
 437       if (FormatAdapter.formats.contains(format))\r
 438       {\r
 439         sequences = FormatAdapter.readFile(file, protocol, format);\r
 440       }\r
 441 \r
 442       if ( (sequences != null) && (sequences.length > 0))\r
 443       {\r
 444         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(sequences));\r
 445         addInternalFrame(af, file, AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
 446                          AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
 447         af.currentFileFormat = format;\r
 448         af.statusBar.setText("Successfully loaded file " + file);\r
 449 \r
 450         try\r
 451         {\r
 452           af.setMaximum(Preferences.showFullscreen);\r
 453         }\r
 454         catch (Exception ex)\r
 455         {\r
 456         }\r
 457       }\r
 458       else\r
 459       {\r
 460         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 461                                               "Couldn't open file.\n" +\r
 462                                               "Formats currently supported are\n" +\r
 463                                               "Fasta, MSF, Clustal, BLC, PIR, MSP, and PFAM" // JBPNote - message should be generated through FormatAdapter!\r
 464                                               , "Error loading file",\r
 465                                               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 466       }\r
 467     }\r
 468   }\r
 469 }\r