src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122     }
 123
 124     /**
 125      * DOCUMENT ME!
 126      *
 127      * @param frame DOCUMENT ME!
 128      * @param title DOCUMENT ME!
 129      * @param w DOCUMENT ME!
 130      * @param h DOCUMENT ME!
 131      */
 132     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 133         String title, int w, int h)
 134     {
 135         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 136     }
 137
 138     /**
 139      * DOCUMENT ME!
 140      *
 141      * @param frame DOCUMENT ME!
 142      * @param title DOCUMENT ME!
 143      * @param w DOCUMENT ME!
 144      * @param h DOCUMENT ME!
 145      * @param resizable DOCUMENT ME!
 146      */
 147     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 148         String title, int w, int h, boolean resizable)
 149     {
 150
 151       frame.setTitle(title);
 152       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 153       {
 154         frame.setSize(w, h);
 155       }
 156       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 157       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 158       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 159       /////////////////////////////////////////////////
 160       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 161           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 162       {
 163         return;
 164       }
 165
 166
 167         openFrameCount++;
 168
 169         frame.setVisible(true);
 170         frame.setClosable(true);
 171         frame.setResizable(resizable);
 172         frame.setMaximizable(resizable);
 173         frame.setIconifiable(resizable);
 174         frame.setFrameIcon(null);
 175
 176         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 177        {
 178          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 179        }
 180
 181        desktop.add(frame);
 182        try
 183        {
 184          frame.setSelected(true);
 185          frame.toFront();
 186        }
 187        catch (Exception e)
 188        {
 189          System.out.println("got it " + e);
 190        }
 191
 192
 193         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 194         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 195             {
 196                 public void internalFrameClosed(
 197                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 198                 {
 199                     openFrameCount--;
 200                     windowMenu.remove(menuItem);
 201                 }
 202                 ;
 203             });
 204
 205         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 206             {
 207                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 208                 {
 209                     try
 210                     {
 211                         frame.setSelected(true);
 212                         frame.setIcon(false);
 213                     }
 214                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 215                     {
 216
 217                     }
 218                 }
 219             });
 220
 221         windowMenu.add(menuItem);
 222     }
 223
 224     /**
 225      * DOCUMENT ME!
 226      *
 227      * @param evt DOCUMENT ME!
 228      */
 229     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 230     {
 231     }
 232
 233     /**
 234      * DOCUMENT ME!
 235      *
 236      * @param evt DOCUMENT ME!
 237      */
 238     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 239     {
 240     }
 241
 242     /**
 243      * DOCUMENT ME!
 244      *
 245      * @param evt DOCUMENT ME!
 246      */
 247     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 248     {
 249     }
 250
 251     /**
 252      * DOCUMENT ME!
 253      *
 254      * @param evt DOCUMENT ME!
 255      */
 256     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 257     {
 258     }
 259
 260     /**
 261      * DOCUMENT ME!
 262      *
 263      * @param evt DOCUMENT ME!
 264      */
 265     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 266     {
 267         Transferable t = evt.getTransferable();
 268
 269         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 270         {
 271             return;
 272         }
 273
 274         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 275
 276         try
 277         {
 278             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 279
 280             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 281             {
 282                 String file = files.get(i).toString();
 283                 String protocol = "File";
 284                 String format = null;
 285
 286                 if (file.endsWith(".jar"))
 287                 {
 288                   format = "Jalview";
 289
 290                 }
 291                 else
 292                 {
 293                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 294                             protocol);
 295                 }
 296                 LoadFile(file, protocol, format);
 297             }
 298         }
 299         catch (Exception ex)
 300         {
 301             ex.printStackTrace();
 302         }
 303     }
 304
 305     /**
 306      * DOCUMENT ME!
 307      *
 308      * @param e DOCUMENT ME!
 309      */
 310     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 311     {
 312         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 313                     "LAST_DIRECTORY"),
 314                 new String[]
 315                 {
 316                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 317                     "jar"
 318                 },
 319                 new String[]
 320                 {
 321                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 322                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 323
 324         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 325         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 326         chooser.setToolTipText("Open");
 327
 328         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 329
 330         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 331         {
 332             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 333             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 334                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 335
 336             String format = null;
 337             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 338             {
 339               format = "Jalview";
 340             }
 341             else
 342             {
 343                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 344             }
 345
 346             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 347             LoadFile(choice, "File", format);
 348         }
 349     }
 350
 351     /**
 352      * DOCUMENT ME!
 353      *
 354      * @param file DOCUMENT ME!
 355      * @param protocol DOCUMENT ME!
 356      * @param format DOCUMENT ME!
 357      */
 358     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 359     {
 360       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 361       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 362     }
 363
 364     /**
 365      * DOCUMENT ME!
 366      *
 367      * @param e DOCUMENT ME!
 368      */
 369     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 370     {
 371         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 372                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 373                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 374                                 .toString();
 375
 376         if (url == null)
 377         {
 378             return;
 379         }
 380
 381         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 382         {
 383                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 384                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 385         }
 386         else
 387         {
 388
 389           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 390
 391           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 392           {
 393             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 394                                                   "Couldn't locate " + url,
 395                                                   "URL not found",
 396                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 397
 398             return;
 399           }
 400
 401           LoadFile(url, "URL", format);
 402         }
 403     }
 404
 405     /**
 406      * DOCUMENT ME!
 407      *
 408      * @param e DOCUMENT ME!
 409      */
 410     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 411     {
 412         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 413         cap.setForInput();
 414         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 415     }
 416
 417     /*
 418      * Exit the program
 419      */
 420     public void quit()
 421     {
 422         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 423         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 424         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 425         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 426         System.exit(0);
 427     }
 428
 429     /**
 430      * DOCUMENT ME!
 431      *
 432      * @param e DOCUMENT ME!
 433      */
 434     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 435     {
 436       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 437                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 438           "VERSION") +
 439                                               "; last updated: " +
 440                                               jalview.bin.
 441                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 442
 443       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 444           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 445       {
 446         message.append("\n\n!! Jalview version "
 447                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 448                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 449
 450       }
 451
 452       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 453             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 454             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 455             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 456             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 457             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 458
 459         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 460
 461            message.toString(), "About Jalview",
 462             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 463     }
 464
 465     /**
 466      * DOCUMENT ME!
 467      *
 468      * @param e DOCUMENT ME!
 469      */
 470     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 471     {
 472         try
 473         {
 474             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 475             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 476             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 477
 478             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 479             hb.setLocation(new Point(200, 50));
 480             hb.setSize(new Dimension(800, 700));
 481             hb.setCurrentID("home");
 482             hb.setDisplayed(true);
 483         }
 484         catch (Exception ex)
 485         {
 486             ex.printStackTrace();
 487         }
 488     }
 489
 490     /**
 491      * DOCUMENT ME!
 492      *
 493      * @param e DOCUMENT ME!
 494      */
 495     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 496     {
 497         new Preferences();
 498     }
 499
 500     /**
 501      * DOCUMENT ME!
 502      *
 503      * @param e DOCUMENT ME!
 504      */
 505     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 506     {
 507         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 508                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 509                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 510
 511         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 512         chooser.setDialogTitle("Save State");
 513
 514         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 515
 516         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 517         {
 518             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 519             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 520             Jalview2XML.SaveState(choice);
 521         }
 522     }
 523
 524     /**
 525      * DOCUMENT ME!
 526      *
 527      * @param e DOCUMENT ME!
 528      */
 529     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 530     {
 531         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 532                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 533                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 534         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 535         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 536
 537         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 538
 539         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 540         {
 541             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 542             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 543                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 544             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 545         }
 546     }
 547
 548 }
 549