src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27 import java.util.*;
  28
  29 import javax.swing.*;
  30
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  39     implements DropTargetListener, ClipboardOwner
  40 {
  41     /** DOCUMENT ME!! */
  42     public static Desktop instance;
  43     public static JDesktopPane desktop;
  44     static int openFrameCount = 0;
  45     static final int xOffset = 30;
  46     static final int yOffset = 30;
  47     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  48
  49     public static Object [] jalviewClipboard;
  50
  51     static int fileLoadingCount= 0;
  52
  53     /**
  54      * Creates a new Desktop object.
  55      */
  56     public Desktop()
  57     {
  58         instance = this;
  59         doVamsasClientCheck();
  60         Image image = null;
  61
  62         try
  63         {
  64             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  65
  66             if (url != null)
  67             {
  68                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  69
  70                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  71                 mt.addImage(image, 0);
  72                 mt.waitForID(0);
  73                 setIconImage(image);
  74             }
  75         }
  76         catch (Exception ex)
  77         {
  78         }
  79
  80         setTitle("Jalview "+jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
  81         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  82         desktop = new JDesktopPane();
  83         desktop.setBackground(Color.white);
  84         getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
  85         getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
  86         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  87
  88         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  89         // if previous window was maximised
  90         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  91
  92         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  93         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  94         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  95         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  96         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  97
  98         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  99         {
 100             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
 101                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
 102         }
 103         else
 104         {
 105             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 106                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 107         }
 108
 109         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 110             {
 111                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 112                 {
 113                     quit();
 114                 }
 115             });
 116
 117         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 118
 119         /////////Add a splashscreen on startup
 120         /////////Add a splashscreen on startup
 121         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 122
 123         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 124         frame.setContentPane(splash);
 125         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 126         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 127             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 128
 129         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 130
 131         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 132     }
 133
 134     private void doVamsasClientCheck() {
 135       if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent()) {
 136         VamsasMenu.setVisible(true);
 137         vamsasLoad.setVisible(true);
 138       }
 139
 140     }
 141
 142     /**
 143      * DOCUMENT ME!
 144      *
 145      * @param frame DOCUMENT ME!
 146      * @param title DOCUMENT ME!
 147      * @param w DOCUMENT ME!
 148      * @param h DOCUMENT ME!
 149      */
 150     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 151         String title, int w, int h)
 152     {
 153         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 154     }
 155
 156     /**
 157      * DOCUMENT ME!
 158      *
 159      * @param frame DOCUMENT ME!
 160      * @param title DOCUMENT ME!
 161      * @param w DOCUMENT ME!
 162      * @param h DOCUMENT ME!
 163      * @param resizable DOCUMENT ME!
 164      */
 165     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 166         String title, int w, int h, boolean resizable)
 167     {
 168
 169       frame.setTitle(title);
 170       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 171       {
 172         frame.setSize(w, h);
 173       }
 174       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 175       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 176       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 177       /////////////////////////////////////////////////
 178       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 179           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 180       {
 181         return;
 182       }
 183
 184
 185         openFrameCount++;
 186
 187         frame.setVisible(true);
 188         frame.setClosable(true);
 189         frame.setResizable(resizable);
 190         frame.setMaximizable(resizable);
 191         frame.setIconifiable(resizable);
 192         frame.setFrameIcon(null);
 193
 194         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 195        {
 196          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 197        }
 198
 199         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 200         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 201             {
 202               public void internalFrameActivated(javax.swing.event.
 203                                                  InternalFrameEvent evt)
 204               {
 205                 JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 206                 if (itf != null)
 207                   itf.requestFocus();
 208
 209               }
 210
 211
 212                 public void internalFrameClosed(
 213                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 214                 {
 215                     openFrameCount--;
 216                     windowMenu.remove(menuItem);
 217                     JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 218                        if (itf != null)
 219                         itf.requestFocus();
 220                 }
 221                 ;
 222             });
 223
 224         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 225             {
 226                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 227                 {
 228                     try
 229                     {
 230                         frame.setSelected(true);
 231                         frame.setIcon(false);
 232                     }
 233                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 234                     {
 235
 236                     }
 237                 }
 238             });
 239
 240         windowMenu.add(menuItem);
 241
 242         desktop.add(frame);
 243         frame.toFront();
 244         try{
 245           frame.setSelected(true);
 246           frame.requestFocus();
 247         }catch(java.beans.PropertyVetoException ve)
 248         {   }
 249     }
 250
 251     public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 252     {
 253       Desktop.jalviewClipboard = null;
 254     }
 255
 256     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 257     {}
 258
 259     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 260     {}
 261
 262     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 263     {}
 264
 265     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 266     {}
 267
 268     /**
 269      * DOCUMENT ME!
 270      *
 271      * @param evt DOCUMENT ME!
 272      */
 273     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 274     {
 275         Transferable t = evt.getTransferable();
 276         java.util.List files = null;
 277
 278         try
 279         {
 280           DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor("text/uri-list;class=java.lang.String");
 281           if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 282           {
 283             //Works on Windows and MacOSX
 284             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 285             files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 286           }
 287           else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 288           {
 289             // This is used by Unix drag system
 290             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 291             String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 292             files = new java.util.ArrayList(1);
 293             for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 294                 data,
 295                 "\r\n");
 296                  st.hasMoreTokens(); )
 297             {
 298               String s = st.nextToken();
 299               if (s.startsWith("#"))
 300               {
 301                 // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 302                 continue;
 303               }
 304
 305               java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 306               java.io.File file = new java.io.File(uri);
 307               files.add(file);
 308             }
 309           }
 310         }
 311         catch (Exception e)
 312         {      }
 313
 314         if (files != null)
 315         {
 316           try
 317           {
 318             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 319             {
 320               String file = files.get(i).toString();
 321               String protocol = FormatAdapter.FILE;
 322               String format = null;
 323
 324               if (file.endsWith(".jar"))
 325               {
 326                 format = "Jalview";
 327
 328               }
 329               else
 330               {
 331                 format = new IdentifyFile().Identify(file,
 332                                                           protocol);
 333               }
 334
 335
 336               new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 337
 338             }
 339           }
 340           catch (Exception ex)
 341           {      }
 342         }
 343     }
 344
 345     /**
 346      * DOCUMENT ME!
 347      *
 348      * @param e DOCUMENT ME!
 349      */
 350     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 351     {
 352         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 353                     "LAST_DIRECTORY"),
 354                 new String[]
 355                 {
 356                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 357                     "jar"
 358                 },
 359                 new String[]
 360                 {
 361                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 362                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 363
 364         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 365         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 366         chooser.setToolTipText("Open");
 367
 368         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 369
 370         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 371         {
 372             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 373             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 374                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 375
 376             String format = null;
 377             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 378             {
 379                 format = "Jalview";
 380             }
 381             else
 382             {
 383                 format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 384             }
 385
 386             if (viewport != null)
 387               new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE, format);
 388             else
 389               new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 390         }
 391     }
 392
 393
 394
 395     /**
 396      * DOCUMENT ME!
 397      *
 398      * @param e DOCUMENT ME!
 399      */
 400     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 401     {
 402       // This construct allows us to have a wider textfield
 403       // for viewing
 404       JLabel label = new JLabel("Enter URL of Input File");
 405       final JComboBox history = new JComboBox();
 406
 407       JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2,1));
 408       panel.add(label);
 409       panel.add(history);
 410       history.setPreferredSize(new Dimension(400,20));
 411       history.setEditable(true);
 412       history.addItem("http://www.");
 413
 414       String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 415
 416       StringTokenizer st;
 417
 418       if (historyItems != null)
 419       {
 420         st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 421
 422         while (st.hasMoreTokens())
 423         {
 424           history.addItem(st.nextElement());
 425         }
 426       }
 427
 428        int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop,
 429           panel, "Input Alignment From URL",
 430           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );
 431
 432
 433         if (reply != JOptionPane.OK_OPTION )
 434         {
 435             return;
 436         }
 437
 438         String url = history.getSelectedItem().toString();
 439
 440         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 441         {
 442           if (viewport != null)
 443             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 444           else
 445             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
 446         }
 447         else
 448         {
 449           String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
 450
 451           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 452           {
 453             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 454                                                   "Couldn't locate " + url,
 455                                                   "URL not found",
 456                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 457
 458             return;
 459           }
 460
 461           if (viewport != null)
 462             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
 463           else
 464             new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
 465         }
 466     }
 467
 468     /**
 469      * DOCUMENT ME!
 470      *
 471      * @param e DOCUMENT ME!
 472      */
 473     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 474     {
 475         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 476         cap.setForInput(viewport);
 477         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 478     }
 479
 480     /*
 481      * Exit the program
 482      */
 483     public void quit()
 484     {
 485         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 486         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 487         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 488         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 489         System.exit(0);
 490     }
 491
 492     /**
 493      * DOCUMENT ME!
 494      *
 495      * @param e DOCUMENT ME!
 496      */
 497     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 498     {
 499       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView version " +
 500                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 501           "VERSION") +
 502                                               "; last updated: " +
 503                                               jalview.bin.
 504                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 505
 506       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 507           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 508       {
 509         message.append("\n\n!! Jalview version "
 510                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 511                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 512
 513       }
 514
 515       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 516             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 517             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 518             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 519             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 520             "\nBioinformatics,  2004 20;426-7.");
 521
 522         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 523
 524            message.toString(), "About Jalview",
 525             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 526     }
 527
 528     /**
 529      * DOCUMENT ME!
 530      *
 531      * @param e DOCUMENT ME!
 532      */
 533     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 534     {
 535         try
 536         {
 537             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 538             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 539             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 540
 541             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 542             hb.setCurrentID("home");
 543             hb.setDisplayed(true);
 544         }
 545         catch (Exception ex)
 546         {     }
 547     }
 548
 549     public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 550     {
 551       JInternalFrame [] frames = desktop.getAllFrames();
 552       for(int i=0; i<frames.length; i++)
 553       {
 554         try{
 555         frames[i].setClosed(true);
 556       }catch(java.beans.PropertyVetoException ex){}
 557       }
 558     }
 559
 560     public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
 561     {
 562       reorderAssociatedWindows(false, false);
 563     }
 564
 565     public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
 566     {
 567       reorderAssociatedWindows(true, false);
 568     }
 569
 570     void closeAssociatedWindows()
 571     {
 572       reorderAssociatedWindows(false, true);
 573     }
 574
 575     void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
 576     {
 577       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 578       if (frames == null || frames.length<1)
 579         return;
 580
 581       AlignViewport source = null, target = null;
 582       if (frames[0] instanceof AlignFrame)
 583         source = ( (AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
 584       else if (frames[0] instanceof TreePanel)
 585         source = ( (TreePanel) frames[0]).getViewPort();
 586       else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
 587         source = ( (PCAPanel) frames[0]).av;
 588       else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 589         source = ((PairwiseAlignPanel)frames[0].getContentPane()).av;
 590
 591
 592       if (source != null)
 593         for (int i = 0; i < frames.length; i++)
 594         {
 595           target = null;
 596           if(frames[i]==null)
 597           {
 598             continue;
 599           }
 600           if (frames[i] instanceof AlignFrame)
 601             target = ( (AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
 602           else if (frames[i] instanceof TreePanel)
 603             target = ( (TreePanel) frames[i]).getViewPort();
 604           else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
 605             target = ( (PCAPanel) frames[i]).av;
 606           else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
 607             target = ( (PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
 608
 609           if (source == target)
 610           {
 611             try
 612             {
 613               if (close)
 614                 frames[i].setClosed(true);
 615               else
 616               {
 617                 frames[i].setIcon(minimize);
 618                 if (!minimize)
 619                 {
 620                   frames[i].toFront();
 621                 }
 622               }
 623
 624             }
 625             catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 626             {       }
 627           }
 628         }
 629     }
 630
 631
 632
 633     /**
 634      * DOCUMENT ME!
 635      *
 636      * @param e DOCUMENT ME!
 637      */
 638     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 639     {
 640         new Preferences();
 641     }
 642
 643     /**
 644      * DOCUMENT ME!
 645      *
 646      * @param e DOCUMENT ME!
 647      */
 648     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 649     {
 650         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 651                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 652                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 653
 654         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 655         chooser.setDialogTitle("Save State");
 656
 657         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 658
 659         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 660         {
 661             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 662             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 663             new Jalview2XML().SaveState(choice);
 664         }
 665     }
 666
 667     /**
 668      * DOCUMENT ME!
 669      *
 670      * @param e DOCUMENT ME!
 671      */
 672     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 673     {
 674         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 675                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 676                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 677         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 678         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 679
 680         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 681
 682         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 683         {
 684             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 685             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 686                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 687             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
 688         }
 689     }
 690
 691   /*  public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 692     {
 693       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 694           getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 695
 696       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 697       chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 698       chooser.setToolTipText("Import");
 699
 700       int value = chooser.showOpenDialog(this);
 701
 702       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 703       {
 704         jalview.io.VamsasDatastore vs = new jalview.io.VamsasDatastore(null);
 705         vs.load(
 706             chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath()
 707             );
 708       }
 709
 710     }*/
 711
 712
 713     public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
 714     {
 715       new SequenceFetcher(null);
 716     }
 717
 718     JPanel progressPanel;
 719
 720     public void startLoading(final String fileName)
 721     {
 722       if (fileLoadingCount == 0)
 723       {
 724         progressPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 725         JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
 726         progressBar.setIndeterminate(true);
 727
 728         progressPanel.add(new JLabel("Loading File: " + fileName + "   "),
 729                           BorderLayout.WEST);
 730
 731         progressPanel.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
 732
 733         instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
 734       }
 735       fileLoadingCount++;
 736       validate();
 737     }
 738
 739     public void stopLoading()
 740     {
 741       fileLoadingCount--;
 742       if (fileLoadingCount < 1)
 743       {
 744         if(progressPanel!=null)
 745         {
 746           this.getContentPane().remove(progressPanel);
 747           progressPanel = null;
 748         }
 749         fileLoadingCount = 0;
 750       }
 751       validate();
 752     }
 753
 754     public static int getViewCount(String viewId)
 755     {
 756       int count = 0;
 757       JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 758       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 759       {
 760         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
 761         {
 762           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 763           for(int a=0; a<af.alignPanels.size(); a++)
 764           {
 765             if(viewId.equals(
 766                 ((AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(a)).av.getSequenceSetId() )
 767                 )
 768             count ++;
 769           }
 770         }
 771       }
 772
 773       return count;
 774     }
 775
 776     public void explodeViews(AlignFrame af)
 777     {
 778       int size = af.alignPanels.size();
 779       if(size<2)
 780         return;
 781
 782       for(int i=0; i<size; i++)
 783       {
 784         AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel)af.alignPanels.elementAt(i);
 785         AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
 786         if(ap.av.explodedPosition!=null)
 787           newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
 788
 789         ap.av.gatherViewsHere = false;
 790
 791         addInternalFrame(newaf, af.getTitle(),
 792                          AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 793                          AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 794       }
 795
 796       af.alignPanels.clear();
 797       af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 798
 799     }
 800
 801     public void gatherViews(AlignFrame source)
 802     {
 803       source.viewport.gatherViewsHere = true;
 804       source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
 805       JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
 806       String viewId = source.viewport.sequenceSetID;
 807
 808       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
 809       {
 810         if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
 811         {
 812           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
 813           boolean gatherThis = false;
 814           for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
 815           {
 816             AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
 817             if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
 818             {
 819               gatherThis = true;
 820               ap.av.gatherViewsHere = false;
 821               ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
 822               source.addAlignmentPanel(ap, false);
 823             }
 824           }
 825
 826           if (gatherThis)
 827           {
 828             af.alignPanels.clear();
 829             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 830           }
 831         }
 832       }
 833
 834     }
 835
 836     jalview.gui.VamsasClient v_client=null;
 837     public void vamsasLoad_actionPerformed(ActionEvent e)
 838     {
 839       if (v_client==null) {
 840         // Start a session.
 841         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
 842             getProperty("LAST_DIRECTORY"));
 843
 844         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 845         chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
 846         chooser.setToolTipText("Import");
 847
 848         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 849
 850         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 851         {
 852           v_client = new jalview.gui.VamsasClient(this,
 853               chooser.getSelectedFile());
 854           this.vamsasLoad.setText("Session Update");
 855           this.vamsasStop.setVisible(true);
 856           v_client.initial_update();
 857           v_client.startWatcher();
 858         }
 859       } else {
 860         // store current data in session.
 861         v_client.push_update();
 862       }
 863     }
 864     public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e) {
 865       if (v_client!=null) {
 866         v_client.end_session();
 867         v_client=null;
 868         this.vamsasStop.setVisible(false);
 869         this.vamsasLoad.setText("Start Vamsas Session...");
 870       }
 871     }
 872     /**
 873      * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
 874      * @param b true to hide gui, false to reveal gui
 875      */
 876     public void setVamsasUpdate(boolean b) {
 877       jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "+(b ? "in progress" : "finished"));
 878       vamsasLoad.setVisible(!b);
 879       vamsasStop.setVisible(!b);
 880
 881     }
 882 }
 883