src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118
 119         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 120
 121         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 122     }
 123
 124     /**
 125      * DOCUMENT ME!
 126      *
 127      * @param frame DOCUMENT ME!
 128      * @param title DOCUMENT ME!
 129      * @param w DOCUMENT ME!
 130      * @param h DOCUMENT ME!
 131      */
 132     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 133         String title, int w, int h)
 134     {
 135         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 136     }
 137
 138     /**
 139      * DOCUMENT ME!
 140      *
 141      * @param frame DOCUMENT ME!
 142      * @param title DOCUMENT ME!
 143      * @param w DOCUMENT ME!
 144      * @param h DOCUMENT ME!
 145      * @param resizable DOCUMENT ME!
 146      */
 147     public static synchronized void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 148         String title, int w, int h, boolean resizable)
 149     {
 150
 151       frame.setTitle(title);
 152       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 153       {
 154         frame.setSize(w, h);
 155       }
 156       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 157       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 158       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 159       /////////////////////////////////////////////////
 160       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 161           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 162       {
 163         return;
 164       }
 165
 166
 167         openFrameCount++;
 168
 169         frame.setVisible(true);
 170         frame.setClosable(true);
 171         frame.setResizable(resizable);
 172         frame.setMaximizable(resizable);
 173         frame.setIconifiable(resizable);
 174         frame.setFrameIcon(null);
 175
 176         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 177        {
 178          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * ((openFrameCount-1)%10)+yOffset);
 179        }
 180
 181        desktop.add(frame);
 182        frame.toFront();
 183
 184
 185         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 186         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 187             {
 188                 public void internalFrameClosed(
 189                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 190                 {
 191                     openFrameCount--;
 192                     windowMenu.remove(menuItem);
 193                 }
 194                 ;
 195             });
 196
 197         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 198             {
 199                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 200                 {
 201                     try
 202                     {
 203                         frame.setSelected(true);
 204                         frame.setIcon(false);
 205                     }
 206                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 207                     {
 208
 209                     }
 210                 }
 211             });
 212
 213         windowMenu.add(menuItem);
 214     }
 215
 216     /**
 217      * DOCUMENT ME!
 218      *
 219      * @param evt DOCUMENT ME!
 220      */
 221     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 222     {
 223     }
 224
 225     /**
 226      * DOCUMENT ME!
 227      *
 228      * @param evt DOCUMENT ME!
 229      */
 230     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 231     {
 232     }
 233
 234     /**
 235      * DOCUMENT ME!
 236      *
 237      * @param evt DOCUMENT ME!
 238      */
 239     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 240     {
 241     }
 242
 243     /**
 244      * DOCUMENT ME!
 245      *
 246      * @param evt DOCUMENT ME!
 247      */
 248     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 249     {
 250     }
 251
 252     /**
 253      * DOCUMENT ME!
 254      *
 255      * @param evt DOCUMENT ME!
 256      */
 257     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 258     {
 259         Transferable t = evt.getTransferable();
 260
 261         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 262         {
 263             return;
 264         }
 265
 266         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 267
 268         try
 269         {
 270             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 271
 272             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 273             {
 274                 String file = files.get(i).toString();
 275                 String protocol = "File";
 276                 String format = null;
 277
 278                 if (file.endsWith(".jar"))
 279                 {
 280                   format = "Jalview";
 281
 282                 }
 283                 else
 284                 {
 285                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 286                             protocol);
 287                 }
 288                 LoadFile(file, protocol, format);
 289             }
 290         }
 291         catch (Exception ex)
 292         {
 293             ex.printStackTrace();
 294         }
 295     }
 296
 297     /**
 298      * DOCUMENT ME!
 299      *
 300      * @param e DOCUMENT ME!
 301      */
 302     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 303     {
 304         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 305                     "LAST_DIRECTORY"),
 306                 new String[]
 307                 {
 308                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 309                     "jar"
 310                 },
 311                 new String[]
 312                 {
 313                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 314                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 315
 316         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 317         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 318         chooser.setToolTipText("Open");
 319
 320         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 321
 322         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 323         {
 324             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 325             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 326                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 327
 328             String format = null;
 329             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 330             {
 331               format = "Jalview";
 332             }
 333             else
 334             {
 335                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 336             }
 337
 338             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 339             LoadFile(choice, "File", format);
 340         }
 341     }
 342
 343     /**
 344      * DOCUMENT ME!
 345      *
 346      * @param file DOCUMENT ME!
 347      * @param protocol DOCUMENT ME!
 348      * @param format DOCUMENT ME!
 349      */
 350     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 351     {
 352       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 353       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 354     }
 355
 356     /**
 357      * DOCUMENT ME!
 358      *
 359      * @param e DOCUMENT ME!
 360      */
 361     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 362     {
 363         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 364                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 365                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 366                                 .toString();
 367
 368         if (url == null)
 369         {
 370             return;
 371         }
 372
 373         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 374         {
 375                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 376                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 377         }
 378         else
 379         {
 380
 381           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 382
 383           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 384           {
 385             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 386                                                   "Couldn't locate " + url,
 387                                                   "URL not found",
 388                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 389
 390             return;
 391           }
 392
 393           LoadFile(url, "URL", format);
 394         }
 395     }
 396
 397     /**
 398      * DOCUMENT ME!
 399      *
 400      * @param e DOCUMENT ME!
 401      */
 402     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 403     {
 404         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 405         cap.setForInput();
 406         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 407     }
 408
 409     /*
 410      * Exit the program
 411      */
 412     public void quit()
 413     {
 414         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 415         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 416         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 417         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 418         System.exit(0);
 419     }
 420
 421     /**
 422      * DOCUMENT ME!
 423      *
 424      * @param e DOCUMENT ME!
 425      */
 426     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 427     {
 428       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 429                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 430           "VERSION") +
 431                                               "; last updated: " +
 432                                               jalview.bin.
 433                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 434
 435       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 436           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 437       {
 438         message.append("\n\n!! Jalview version "
 439                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 440                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 441
 442       }
 443
 444       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 445             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 446             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 447             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 448             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 449             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 450
 451         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 452
 453            message.toString(), "About Jalview",
 454             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 455     }
 456
 457     /**
 458      * DOCUMENT ME!
 459      *
 460      * @param e DOCUMENT ME!
 461      */
 462     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 463     {
 464         try
 465         {
 466             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 467             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 468             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 469
 470             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 471             hb.setLocation(new Point(200, 50));
 472             hb.setSize(new Dimension(800, 700));
 473             hb.setCurrentID("home");
 474             hb.setDisplayed(true);
 475         }
 476         catch (Exception ex)
 477         {
 478             ex.printStackTrace();
 479         }
 480     }
 481
 482     /**
 483      * DOCUMENT ME!
 484      *
 485      * @param e DOCUMENT ME!
 486      */
 487     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 488     {
 489         new Preferences();
 490     }
 491
 492     /**
 493      * DOCUMENT ME!
 494      *
 495      * @param e DOCUMENT ME!
 496      */
 497     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 498     {
 499         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 500                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 501                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 502
 503         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 504         chooser.setDialogTitle("Save State");
 505
 506         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 507
 508         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 509         {
 510             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 511             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 512             Jalview2XML.SaveState(choice);
 513         }
 514     }
 515
 516     /**
 517      * DOCUMENT ME!
 518      *
 519      * @param e DOCUMENT ME!
 520      */
 521     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 522     {
 523         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 524                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 525                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 526         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 527         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 528
 529         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 530
 531         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 532         {
 533             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 534             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 535                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 536             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 537         }
 538     }
 539
 540 }
 541