src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
  28 import jalview.io.BackupFiles;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.FileFormat;
  31 import jalview.io.FileFormatException;
  32 import jalview.io.FileFormatI;
  33 import jalview.io.FileFormats;
  34 import jalview.io.FileLoader;
  35 import jalview.io.FormatAdapter;
  36 import jalview.io.IdentifyFile;
  37 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  38 import jalview.io.JalviewFileView;
  39 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  40 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  41 import jalview.project.Jalview2XML;
  42 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  43 import jalview.urls.IdOrgSettings;
  44 import jalview.util.BrowserLauncher;
  45 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.Platform;
  48 import jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper;
  49 import jalview.util.UrlConstants;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51 import jalview.ws.params.ParamManager;
  52 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
  53
  54 import java.awt.BorderLayout;
  55 import java.awt.Color;
  56 import java.awt.Dimension;
  57 import java.awt.FontMetrics;
  58 import java.awt.Graphics;
  59 import java.awt.GridLayout;
  60 import java.awt.Point;
  61 import java.awt.Rectangle;
  62 import java.awt.Toolkit;
  63 import java.awt.Window;
  64 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  65 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  66 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  67 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  68 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  69 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  70 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  71 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  72 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  73 import java.awt.event.ActionEvent;
  74 import java.awt.event.ActionListener;
  75 import java.awt.event.InputEvent;
  76 import java.awt.event.KeyEvent;
  77 import java.awt.event.MouseAdapter;
  78 import java.awt.event.MouseEvent;
  79 import java.awt.event.WindowAdapter;
  80 import java.awt.event.WindowEvent;
  81 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  82 import java.beans.PropertyChangeListener;
  83 import java.io.File;
  84 import java.io.FileWriter;
  85 import java.io.IOException;
  86 import java.net.URL;
  87 import java.util.ArrayList;
  88 import java.util.HashMap;
  89 import java.util.Hashtable;
  90 import java.util.List;
  91 import java.util.ListIterator;
  92 import java.util.Vector;
  93 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  94 import java.util.concurrent.Executors;
  95 import java.util.concurrent.Semaphore;
  96
  97 import javax.swing.AbstractAction;
  98 import javax.swing.Action;
  99 import javax.swing.ActionMap;
 100 import javax.swing.Box;
 101 import javax.swing.BoxLayout;
 102 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
 103 import javax.swing.DesktopManager;
 104 import javax.swing.InputMap;
 105 import javax.swing.JButton;
 106 import javax.swing.JCheckBox;
 107 import javax.swing.JComboBox;
 108 import javax.swing.JComponent;
 109 import javax.swing.JDesktopPane;
 110 import javax.swing.JInternalFrame;
 111 import javax.swing.JLabel;
 112 import javax.swing.JMenuItem;
 113 import javax.swing.JPanel;
 114 import javax.swing.JPopupMenu;
 115 import javax.swing.JProgressBar;
 116 import javax.swing.JTextField;
 117 import javax.swing.KeyStroke;
 118 import javax.swing.SwingUtilities;
 119 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 120 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 121 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
 122 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
 123
 124 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 125
 126 /**
 127  * Jalview Desktop
 128  *
 129  *
 130  * @author $author$
 131  * @version $Revision: 1.155 $
 132  */
 133 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 134         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 135         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 136 {
 137   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 138
 139   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 140
 141   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 142
 143   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 144
 145   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 146
 147   protected static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 148
 149   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<>();
 150
 151   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 152
 153   /**
 154    * news reader - null if it was never started.
 155    */
 156   private BlogReader jvnews = null;
 157
 158   private File projectFile;
 159
 160   /**
 161    * @param listener
 162    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 163    */
 164   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 165           PropertyChangeListener listener)
 166   {
 167     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 168   }
 169
 170   /**
 171    * @param propertyName
 172    * @param listener
 173    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 174    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 175    */
 176   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 177           PropertyChangeListener listener)
 178   {
 179     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 180   }
 181
 182   /**
 183    * @param propertyName
 184    * @param listener
 185    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 186    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 187    */
 188   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 189           PropertyChangeListener listener)
 190   {
 191     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 192             listener);
 193   }
 194
 195   /** Singleton Desktop instance */
 196   public static Desktop instance;
 197
 198   public static MyDesktopPane desktop;
 199
 200   public static MyDesktopPane getDesktop()
 201   {
 202     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 203     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 204     return desktop;
 205   }
 206
 207   static int openFrameCount = 0;
 208
 209   static final int xOffset = 30;
 210
 211   static final int yOffset = 30;
 212
 213   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 214
 215   public static Object[] jalviewClipboard;
 216
 217   public static boolean internalCopy = false;
 218
 219   static int fileLoadingCount = 0;
 220
 221   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 222   {
 223
 224     private DesktopManager delegate;
 225
 226     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 227     {
 228       this.delegate = delegate;
 229     }
 230
 231     @Override
 232     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 233     {
 234       try
 235       {
 236         delegate.activateFrame(f);
 237       } catch (NullPointerException npe)
 238       {
 239         Point p = getMousePosition();
 240         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 241       }
 242     }
 243
 244     @Override
 245     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 246     {
 247       delegate.beginDraggingFrame(f);
 248     }
 249
 250     @Override
 251     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 252     {
 253       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 254     }
 255
 256     @Override
 257     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 258     {
 259       delegate.closeFrame(f);
 260     }
 261
 262     @Override
 263     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 264     {
 265       delegate.deactivateFrame(f);
 266     }
 267
 268     @Override
 269     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 270     {
 271       delegate.deiconifyFrame(f);
 272     }
 273
 274     @Override
 275     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 276     {
 277       if (newY < 0)
 278       {
 279         newY = 0;
 280       }
 281       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 282     }
 283
 284     @Override
 285     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 286     {
 287       delegate.endDraggingFrame(f);
 288       desktop.repaint();
 289     }
 290
 291     @Override
 292     public void endResizingFrame(JComponent f)
 293     {
 294       delegate.endResizingFrame(f);
 295       desktop.repaint();
 296     }
 297
 298     @Override
 299     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 300     {
 301       delegate.iconifyFrame(f);
 302     }
 303
 304     @Override
 305     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 306     {
 307       delegate.maximizeFrame(f);
 308     }
 309
 310     @Override
 311     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 312     {
 313       delegate.minimizeFrame(f);
 314     }
 315
 316     @Override
 317     public void openFrame(JInternalFrame f)
 318     {
 319       delegate.openFrame(f);
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 324             int newHeight)
 325     {
 326       if (newY < 0)
 327       {
 328         newY = 0;
 329       }
 330       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 331     }
 332
 333     @Override
 334     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 335             int newWidth, int newHeight)
 336     {
 337       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 338     }
 339
 340     // All other methods, simply delegate
 341
 342   }
 343
 344   /**
 345    * Creates a new Desktop object.
 346    */
 347   public Desktop()
 348   {
 349     super();
 350     /**
 351      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 352      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 353      * constructor.
 354      */
 355     instance = this;
 356
 357     doConfigureStructurePrefs();
 358     setTitle("Jalview " + Cache.getProperty("VERSION"));
 359     /*
 360     if (!Platform.isAMac())
 361     {
 362       // this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
 363     }
 364     else
 365     {
 366      this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 367     }
 368     */
 369
 370     try
 371     {
 372       APQHandlers.setAPQHandlers(this);
 373     } catch (Exception e)
 374     {
 375       System.out.println("Cannot set APQHandlers");
 376       // e.printStackTrace();
 377     } catch (Throwable t)
 378     {
 379       System.out.println("Cannot set APQHandlers");
 380       // t.printStackTrace();
 381     }
 382
 383
 384     addWindowListener(new WindowAdapter()
 385     {
 386
 387       @Override
 388       public void windowClosing(WindowEvent ev)
 389       {
 390         quit();
 391       }
 392     });
 393
 394     boolean selmemusage = Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 395             false);
 396
 397     boolean showjconsole = Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE",
 398             false);
 399     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 400
 401     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 402     desktop.setBackground(Color.white);
 403
 404     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 405     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 406     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 407     // sp.getViewport().setView(desktop);
 408     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 409
 410     // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 411     if (Platform.isJS())
 412     {
 413       getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 414     }
 415
 416     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 417     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 418
 419     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 420     // if previous window was maximised
 421     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 422             (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 423                     : Platform.isAMacAndNotJS()
 424                             ? new AquaInternalFrameManager(
 425                                     desktop.getDesktopManager())
 426                             : desktop.getDesktopManager())));
 427
 428     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 429     if (dims != null)
 430     {
 431       setBounds(dims);
 432     }
 433     else
 434     {
 435       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 436       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 437       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 438       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 439     }
 440
 441     if (!Platform.isJS())
 442     /**
 443      * Java only
 444      *
 445      * @j2sIgnore
 446      */
 447     {
 448
 449       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 450       // add essential build information
 451       jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 452               + Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 453               + "Jalview Installation: "
 454               + Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 455               + "\n" + "Build Date: "
 456               + Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 457               + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 458               + System.getProperty("os.arch") + " "
 459               + System.getProperty("os.name") + " "
 460               + System.getProperty("os.version"));
 461
 462       showConsole(showjconsole);
 463
 464       showNews.setVisible(false);
 465
 466       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 467
 468       getIdentifiersOrgData();
 469
 470       checkURLLinks();
 471
 472       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 473
 474       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 475       {
 476         @Override
 477         public void run()
 478         {
 479           new SplashScreen();
 480         }
 481       });
 482
 483       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
 484       // it
 485       // takes to open it later on.
 486       new Thread(new Runnable()
 487       {
 488         @Override
 489         public void run()
 490         {
 491           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 492           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 493           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 494                   fileFormat);
 495           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 496         }
 497       }).start();
 498       // Add the service change listener
 499       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 500               new PropertyChangeListener()
 501               {
 502
 503                 @Override
 504                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 505                 {
 506                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 507                           + evt.getNewValue());
 508                   JalviewServicesChanged(evt);
 509                 }
 510               });
 511     }
 512
 513     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 514
 515     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 516     {
 517       @Override
 518       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 519       {
 520         quit();
 521       }
 522     });
 523
 524     MouseAdapter ma;
 525     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 526     {
 527       @Override
 528       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 529       {
 530         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 531         {
 532           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 533         }
 534       }
 535
 536       @Override
 537       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 538       {
 539         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 540         {
 541           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 542         }
 543       }
 544     });
 545     desktop.addMouseListener(ma);
 546
 547   }
 548
 549   /**
 550    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 551    * (on), else false
 552    *
 553    * @return
 554    */
 555   public boolean showExperimental()
 556   {
 557     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 558             Boolean.FALSE.toString());
 559     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 560   }
 561
 562   public void doConfigureStructurePrefs()
 563   {
 564     // configure services
 565     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 566             .getStructureSelectionManager(this);
 567     if (Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 568     {
 569       ssm.setAddTempFacAnnot(Cache
 570               .getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 571       ssm.setProcessSecondaryStructure(Cache
 572               .getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 573       ssm.setSecStructServices(
 574               Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 575     }
 576     else
 577     {
 578       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 579       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 580       ssm.setSecStructServices(false);
 581     }
 582   }
 583
 584   public void checkForNews()
 585   {
 586     final Desktop me = this;
 587     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 588     new Thread(new Runnable()
 589     {
 590       @Override
 591       public void run()
 592       {
 593         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 594         jvnews = new BlogReader(me);
 595         showNews.setVisible(true);
 596         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 597       }
 598     }).start();
 599   }
 600
 601   public void getIdentifiersOrgData()
 602   {
 603     // Thread off the identifiers fetcher
 604     new Thread(new Runnable()
 605     {
 606       @Override
 607       public void run()
 608       {
 609         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 610         try
 611         {
 612           UrlDownloadClient.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 613                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 614         } catch (IOException e)
 615         {
 616           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 617                   + e.getMessage());
 618         }
 619       }
 620     }).start();
 621
 622   }
 623
 624   @Override
 625   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 626   {
 627     showNews(showNews.isSelected());
 628   }
 629
 630   void showNews(boolean visible)
 631   {
 632     Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 633     showNews.setSelected(visible);
 634     if (visible && !jvnews.isVisible())
 635     {
 636       new Thread(new Runnable()
 637       {
 638         @Override
 639         public void run()
 640         {
 641           long now = System.currentTimeMillis();
 642           Desktop.instance.setProgressBar(
 643                   MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 644           jvnews.refreshNews();
 645           Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 646           jvnews.showNews();
 647         }
 648       }).start();
 649     }
 650   }
 651
 652   /**
 653    * recover the last known dimensions for a jalview window
 654    *
 655    * @param windowName
 656    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 657    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 658    *         window geom was known)
 659    */
 660   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 661   {
 662     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 663     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 664     String x = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 665     String y = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 666     String width = Cache
 667             .getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 668     String height = Cache
 669             .getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 670     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 671     {
 672       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 673               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 674       if (Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 675       {
 676         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 677         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 678         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 679         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer.parseInt(
 680                 Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 681         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer.parseInt(
 682                 Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 683         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 684         ix = (int) (ix * sw);
 685         iw = (int) (iw * sw);
 686         iy = (int) (iy * sh);
 687         ih = (int) (ih * sh);
 688         while (ix >= screenSize.width)
 689         {
 690           Cache.log.debug(
 691                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 692           ix -= screenSize.width;
 693         }
 694         while (iy >= screenSize.height)
 695         {
 696           Cache.log.debug(
 697                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 698           iy -= screenSize.height;
 699         }
 700         Cache.log.debug(
 701                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 702                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 703       }
 704       // return dimensions for new instance
 705       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 706     }
 707     return null;
 708   }
 709
 710   void showPasteMenu(int x, int y)
 711   {
 712     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 713     JMenuItem item = new JMenuItem(
 714             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 715     item.addActionListener(new ActionListener()
 716     {
 717       @Override
 718       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 719       {
 720         paste();
 721       }
 722     });
 723
 724     popup.add(item);
 725     popup.show(this, x, y);
 726   }
 727
 728   public void paste()
 729   {
 730     try
 731     {
 732       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 733       Transferable contents = c.getContents(this);
 734
 735       if (contents != null)
 736       {
 737         String file = (String) contents
 738                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 739
 740         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 741                 DataSourceType.PASTE);
 742
 743         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 744
 745       }
 746     } catch (Exception ex)
 747     {
 748       System.out.println(
 749               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 750     }
 751   }
 752
 753   /**
 754    * Adds and opens the given frame to the desktop
 755    *
 756    * @param frame
 757    *          Frame to show
 758    * @param title
 759    *          Visible Title
 760    * @param w
 761    *          width
 762    * @param h
 763    *          height
 764    */
 765   public static synchronized void addInternalFrame(
 766           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 767   {
 768     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 769   }
 770
 771   /**
 772    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 773    *
 774    * @param frame
 775    *          Frame to show
 776    * @param title
 777    *          Visible Title
 778    * @param makeVisible
 779    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 780    *          setVisible themselves.
 781    * @param w
 782    *          width
 783    * @param h
 784    *          height
 785    */
 786   public static synchronized void addInternalFrame(
 787           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 788           int w, int h)
 789   {
 790     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 791   }
 792
 793   /**
 794    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 795    *
 796    * @param frame
 797    *          Frame to show
 798    * @param title
 799    *          Visible Title
 800    * @param w
 801    *          width
 802    * @param h
 803    *          height
 804    * @param resizable
 805    *          Allow resize
 806    */
 807   public static synchronized void addInternalFrame(
 808           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 809           boolean resizable)
 810   {
 811     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 812   }
 813
 814   /**
 815    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 816    *
 817    * @param frame
 818    *          Frame to show
 819    * @param title
 820    *          Visible Title
 821    * @param makeVisible
 822    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 823    *          setVisible themselves.
 824    * @param w
 825    *          width
 826    * @param h
 827    *          height
 828    * @param resizable
 829    *          Allow resize
 830    * @param ignoreMinSize
 831    *          Do not set the default minimum size for frame
 832    */
 833   public static synchronized void addInternalFrame(
 834           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 835           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 836   {
 837
 838     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 839     // bounds object).
 840     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 841     // the current window title
 842
 843     frame.setTitle(title);
 844     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 845     {
 846       frame.setSize(w, h);
 847     }
 848     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 849     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 850     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 851     // ///////////////////////////////////////////////
 852     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 853             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 854     {
 855       return;
 856     }
 857
 858     openFrameCount++;
 859
 860     if (!ignoreMinSize)
 861     {
 862       frame.setMinimumSize(
 863               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 864
 865       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 866       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 867       // hence,
 868       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 869       if (frame instanceof AlignFrame)
 870       {
 871         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 872                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 873       }
 874     }
 875
 876     frame.setVisible(makeVisible);
 877     frame.setClosable(true);
 878     frame.setResizable(resizable);
 879     frame.setMaximizable(resizable);
 880     frame.setIconifiable(resizable);
 881     frame.setOpaque(Platform.isJS());
 882
 883     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 884     {
 885       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 886               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 887     }
 888
 889     /*
 890      * add an entry for the new frame in the Window menu
 891      * (and remove it when the frame is closed)
 892      */
 893     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 894     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 895     {
 896       @Override
 897       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 898       {
 899         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 900         if (itf != null)
 901         {
 902           if (itf instanceof AlignFrame)
 903           {
 904             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 905           }
 906           itf.requestFocus();
 907         }
 908       }
 909
 910       @Override
 911       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 912       {
 913         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 914
 915         /*
 916          * defensive check to prevent frames being
 917          * added half off the window
 918          */
 919         if (openFrameCount > 0)
 920         {
 921           openFrameCount--;
 922         }
 923
 924         /*
 925          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 926          */
 927         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 928         {
 929           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 930         }
 931         windowMenu.remove(menuItem);
 932       }
 933     });
 934
 935     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 936     {
 937       @Override
 938       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 939       {
 940         try
 941         {
 942           frame.setSelected(true);
 943           frame.setIcon(false);
 944         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 945         {
 946           // System.err.println(ex.toString());
 947         }
 948       }
 949     });
 950
 951     setKeyBindings(frame);
 952
 953     desktop.add(frame);
 954
 955     windowMenu.add(menuItem);
 956
 957     frame.toFront();
 958     try
 959     {
 960       frame.setSelected(true);
 961       frame.requestFocus();
 962     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 963     {
 964     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 965     {
 966       Cache.log.warn(
 967               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 968               cex);
 969     }
 970   }
 971
 972   /**
 973    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close the
 974    * window
 975    *
 976    * @param frame
 977    */
 978   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 979   {
 980     @SuppressWarnings("serial")
 981     final Action closeAction = new AbstractAction()
 982     {
 983       @Override
 984       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 985       {
 986         frame.dispose();
 987       }
 988     };
 989
 990     /*
 991      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
 992      */
 993     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 994             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
 995     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 996             ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx());
 997
 998     InputMap inputMap = frame
 999             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1000     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1001     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1002     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1003
1004     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1005     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1006   }
1007
1008   @Override
1009   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1010   {
1011     if (!internalCopy)
1012     {
1013       Desktop.jalviewClipboard = null;
1014     }
1015
1016     internalCopy = false;
1017   }
1018
1019   @Override
1020   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1021   {
1022   }
1023
1024   @Override
1025   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1026   {
1027   }
1028
1029   @Override
1030   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1031   {
1032   }
1033
1034   @Override
1035   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1036   {
1037   }
1038
1039   /**
1040    * DOCUMENT ME!
1041    *
1042    * @param evt
1043    *          DOCUMENT ME!
1044    */
1045   @Override
1046   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1047   {
1048     boolean success = true;
1049     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1050     // Java's Transferable for native dnd
1051     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1052     Transferable t = evt.getTransferable();
1053     List<Object> files = new ArrayList<>();
1054     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1055
1056     try
1057     {
1058       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1059     } catch (Exception e)
1060     {
1061       e.printStackTrace();
1062       success = false;
1063     }
1064
1065     if (files != null)
1066     {
1067       try
1068       {
1069         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1070         {
1071           // BH 2018 File or String
1072           Object file = files.get(i);
1073           String fileName = file.toString();
1074           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1075                   ? DataSourceType.FILE
1076                   : protocols.get(i);
1077           FileFormatI format = null;
1078
1079           if (fileName.endsWith(".jar"))
1080           {
1081             format = FileFormat.Jalview;
1082
1083           }
1084           else
1085           {
1086             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1087           }
1088           if (file instanceof File)
1089           {
1090             Platform.cacheFileData((File) file);
1091           }
1092           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1093
1094         }
1095       } catch (Exception ex)
1096       {
1097         success = false;
1098       }
1099     }
1100     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1101                                // transfered to any new windows created
1102   }
1103
1104   /**
1105    * DOCUMENT ME!
1106    *
1107    * @param e
1108    *          DOCUMENT ME!
1109    */
1110   @Override
1111   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1112   {
1113     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1114     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser
1115             .forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat, BackupFiles.getEnabled());
1116
1117     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1118     chooser.setDialogTitle(
1119             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1120     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1121
1122     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1123     {
1124       @Override
1125       public void run()
1126       {
1127         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1128         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1129
1130         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1131
1132         /*
1133          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1134          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1135          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1136          */
1137         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1138         {
1139           try
1140           {
1141             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1142                     DataSourceType.FILE);
1143           } catch (FileFormatException e)
1144           {
1145             // format = null; //??
1146           }
1147         }
1148
1149         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1150                 DataSourceType.FILE, format);
1151       }
1152     });
1153     chooser.showOpenDialog(this);
1154   }
1155
1156   /**
1157    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1158    *
1159    * @param viewport
1160    */
1161   @Override
1162   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1163   {
1164     // This construct allows us to have a wider textfield
1165     // for viewing
1166     JLabel label = new JLabel(
1167             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1168
1169     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1170     panel.add(label);
1171
1172     /*
1173      * the URL to fetch is
1174      * Java: an editable combobox with history
1175      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
1176      */
1177     JComponent history;
1178     String urlBase = "http://www.";
1179     if (Platform.isJS())
1180     {
1181       history = new JTextField(urlBase, 35);
1182     }
1183     else
1184     /**
1185      * Java only
1186      *
1187      * @j2sIgnore
1188      */
1189     {
1190       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1191       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1192       asCombo.setEditable(true);
1193       asCombo.addItem(urlBase);
1194       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1195       if (historyItems != null)
1196       {
1197         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1198         {
1199           asCombo.addItem(token);
1200         }
1201       }
1202       history = asCombo;
1203     }
1204     panel.add(history);
1205
1206     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1207         MessageManager.getString("action.cancel") };
1208     Runnable action = new Runnable()
1209     {
1210       @Override
1211       public void run()
1212       {
1213         @SuppressWarnings("unchecked")
1214         String url = (history instanceof JTextField
1215                 ? ((JTextField) history).getText()
1216                 : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
1217                         .toString());
1218
1219         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1220         {
1221           if (viewport != null)
1222           {
1223             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1224                     FileFormat.Jalview);
1225           }
1226           else
1227           {
1228             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1229                     FileFormat.Jalview);
1230           }
1231         }
1232         else
1233         {
1234           FileFormatI format = null;
1235           try
1236           {
1237             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1238           } catch (FileFormatException e)
1239           {
1240             // TODO revise error handling, distinguish between
1241             // URL not found and response not valid
1242           }
1243
1244           if (format == null)
1245           {
1246             String msg = MessageManager
1247                     .formatMessage("label.couldnt_locate", url);
1248             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, msg,
1249                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1250                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1251
1252             return;
1253           }
1254
1255           if (viewport != null)
1256           {
1257             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1258                     format);
1259           }
1260           else
1261           {
1262             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1263           }
1264         }
1265       }
1266     };
1267     String dialogOption = MessageManager
1268             .getString("label.input_alignment_from_url");
1269     JvOptionPane.newOptionDialog(desktop).setResponseHandler(0, action)
1270             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1271                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1272                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1273                     MessageManager.getString("action.ok"));
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1278    *
1279    * @param viewPanel
1280    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1281    *          alignment; if null, to a new alignment window
1282    */
1283   @Override
1284   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1285           AlignmentViewPanel viewPanel)
1286   {
1287     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1288     cap.setForInput(viewPanel);
1289     Desktop.addInternalFrame(cap,
1290             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1291             600, 500);
1292   }
1293
1294   /*
1295    * Exit the program
1296    */
1297   @Override
1298   public void quit()
1299   {
1300     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1301     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH",
1302             screen.width + "");
1303     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT",
1304             screen.height + "");
1305     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1306             getWidth(), getHeight()));
1307
1308     if (jconsole != null)
1309     {
1310       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1311       jconsole.stopConsole();
1312     }
1313     if (jvnews != null)
1314     {
1315       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1316
1317     }
1318     if (dialogExecutor != null)
1319     {
1320       dialogExecutor.shutdownNow();
1321     }
1322     closeAll_actionPerformed(null);
1323
1324     if (groovyConsole != null)
1325     {
1326       // suppress a possible repeat prompt to save script
1327       groovyConsole.setDirty(false);
1328       groovyConsole.exit();
1329     }
1330     System.exit(0);
1331   }
1332
1333   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1334   {
1335     Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1336             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1337             + " height:" + jc.height);
1338
1339     Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1340     Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1341     Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1342     Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1343   }
1344
1345   /**
1346    * DOCUMENT ME!
1347    *
1348    * @param e
1349    *          DOCUMENT ME!
1350    */
1351   @Override
1352   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1353   {
1354     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1355     // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1356     //
1357     // message.toString(), "About Jalview", JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1358     new Thread(new Runnable()
1359     {
1360       @Override
1361       public void run()
1362       {
1363         new SplashScreen(true);
1364       }
1365     }).start();
1366   }
1367
1368   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1369   {
1370     StringBuffer message = new StringBuffer();
1371     message.append("<html>");
1372     if (shortv)
1373     {
1374       message.append("<h1><strong>Version: "
1375               + Cache.getProperty("VERSION")
1376               + "</strong></h1>");
1377       message.append("<strong>Built: <em>"
1378               + Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "</em> from "
1379               + Cache.getBuildDetailsForSplash()
1380               + "</strong>");
1381
1382     }
1383     else
1384     {
1385
1386       message.append("<strong>Version "
1387               + Cache.getProperty("VERSION")
1388               + "; last updated: "
1389               + Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1390     }
1391
1392     if (Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1393             .equals("Checking"))
1394     {
1395       // JBP removed this message for 2.11: May be reinstated in future version
1396       // message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1397     }
1398     else if (!Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1399             .equals(Cache.getProperty("VERSION")))
1400     {
1401       boolean red = false;
1402       if (Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1403               .indexOf("automated build") == -1)
1404       {
1405         red = true;
1406         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1407         // version is not a development build
1408         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1409       }
1410
1411       message.append("<br>!! Version "
1412               + Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1413                       "..Checking..")
1414               + " is available for download from "
1415               + Cache.getDefault("www.jalview.org",
1416                       "http://www.jalview.org")
1417               + " !!");
1418       if (red)
1419       {
1420         message.append("</div>");
1421       }
1422     }
1423     message.append("<br>Authors:  " + Cache.getDefault(
1424             "AUTHORFNAMES",
1425             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1426             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1427             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1428             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1429             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1430             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1431             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1432             + "</html>");
1433     return message;
1434   }
1435
1436   /**
1437    * Action on requesting Help documentation
1438    */
1439   @Override
1440   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1441   {
1442     try
1443     {
1444       if (Platform.isJS())
1445       {
1446         BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
1447       }
1448       else
1449       /**
1450        * Java only
1451        *
1452        * @j2sIgnore
1453        */
1454       {
1455         Help.showHelpWindow();
1456       }
1457     } catch (Exception ex)
1458     {
1459       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1460     }
1461   }
1462
1463   @Override
1464   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1465   {
1466     // TODO show a progress bar while closing?
1467     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1468     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1469     {
1470       try
1471       {
1472         frames[i].setClosed(true);
1473       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1474       {
1475       }
1476     }
1477     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1478     System.out.println("ALL CLOSED");
1479
1480     /*
1481      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1482      * when all windows are closed)
1483      */
1484     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1485             .getStructureSelectionManager(this);
1486     if (ssm != null)
1487     {
1488       ssm.resetAll();
1489     }
1490   }
1491
1492   @Override
1493   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1494   {
1495     reorderAssociatedWindows(false, false);
1496   }
1497
1498   @Override
1499   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1500   {
1501     reorderAssociatedWindows(true, false);
1502   }
1503
1504   void closeAssociatedWindows()
1505   {
1506     reorderAssociatedWindows(false, true);
1507   }
1508
1509   /*
1510    * (non-Javadoc)
1511    *
1512    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1513    * ActionEvent)
1514    */
1515   @Override
1516   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1517   {
1518     // We simply collect the garbage
1519     Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1520     System.gc();
1521     Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1522   }
1523
1524   /*
1525    * (non-Javadoc)
1526    *
1527    * @see
1528    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1529    * )
1530    */
1531   @Override
1532   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1533   {
1534     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1535   }
1536
1537   /*
1538    * (non-Javadoc)
1539    *
1540    * @see
1541    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1542    * )
1543    */
1544   @Override
1545   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1546   {
1547     showConsole(showConsole.isSelected());
1548   }
1549
1550   Console jconsole = null;
1551
1552   /**
1553    * control whether the java console is visible or not
1554    *
1555    * @param selected
1556    */
1557   void showConsole(boolean selected)
1558   {
1559     // TODO: decide if we should update properties file
1560     if (jconsole != null) // BH 2018
1561     {
1562       showConsole.setSelected(selected);
1563       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1564               Boolean.valueOf(selected).toString());
1565       jconsole.setVisible(selected);
1566     }
1567   }
1568
1569   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1570   {
1571     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1572     if (frames == null || frames.length < 1)
1573     {
1574       return;
1575     }
1576
1577     AlignmentViewport source = null, target = null;
1578     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1579     {
1580       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1581     }
1582     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1583     {
1584       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1585     }
1586     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1587     {
1588       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1589     }
1590     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1591     {
1592       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1593     }
1594
1595     if (source != null)
1596     {
1597       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1598       {
1599         target = null;
1600         if (frames[i] == null)
1601         {
1602           continue;
1603         }
1604         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1605         {
1606           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1607         }
1608         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1609         {
1610           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1611         }
1612         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1613         {
1614           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1615         }
1616         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1617         {
1618           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1619         }
1620
1621         if (source == target)
1622         {
1623           try
1624           {
1625             if (close)
1626             {
1627               frames[i].setClosed(true);
1628             }
1629             else
1630             {
1631               frames[i].setIcon(minimize);
1632               if (!minimize)
1633               {
1634                 frames[i].toFront();
1635               }
1636             }
1637
1638           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1639           {
1640           }
1641         }
1642       }
1643     }
1644   }
1645
1646   /**
1647    * DOCUMENT ME!
1648    *
1649    * @param e
1650    *          DOCUMENT ME!
1651    */
1652   @Override
1653   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1654   {
1655     new Preferences();
1656   }
1657
1658   /**
1659    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1660    * Jalview project file
1661    */
1662   @Override
1663   public void saveState_actionPerformed()
1664   {
1665     saveState_actionPerformed(false);
1666   }
1667
1668   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1669   {
1670     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1671     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1672     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1673             && BackupFiles.getEnabled();
1674
1675     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1676     // saveAs="+saveAs+", Backups
1677     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1678
1679     boolean approveSave = false;
1680     if (!autoSave)
1681     {
1682       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1683               "Jalview Project");
1684
1685       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1686       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1687
1688       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1689
1690       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1691       {
1692         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1693         setProjectFile(projectFile);
1694         approveSave = true;
1695       }
1696     }
1697
1698     if (approveSave || autoSave)
1699     {
1700       final Desktop me = this;
1701       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1702       new Thread(new Runnable()
1703       {
1704         @Override
1705         public void run()
1706         {
1707           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1708           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1709                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1710                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1711           Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1712                   chosenFile.getParent());
1713           // TODO catch and handle errors for savestate
1714           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1715           try
1716           {
1717                 boolean doBackup = BackupFiles.getEnabled();
1718             BackupFiles backupfiles = doBackup ? new BackupFiles(chosenFile) : null;
1719
1720             new Jalview2XML().saveState(doBackup ? backupfiles.getTempFile() : chosenFile);
1721
1722             if (doBackup)
1723             {
1724               backupfiles.setWriteSuccess(true);
1725               backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1726             }
1727           } catch (OutOfMemoryError oom)
1728           {
1729             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1730                     + chosenFile.getName(), oom);
1731           } catch (Exception ex)
1732           {
1733             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1734                     + chosenFile.getName(), ex);
1735             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1736                     MessageManager.formatMessage(
1737                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1738                             new Object[]
1739                             { chosenFile.getName() }),
1740                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1741                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1742           }
1743           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1744         }
1745       }).start();
1746       }
1747   }
1748
1749   @Override
1750   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1751   {
1752     saveState_actionPerformed(true);
1753   }
1754
1755   private void setProjectFile(File choice)
1756   {
1757     this.projectFile = choice;
1758   }
1759
1760   public File getProjectFile()
1761   {
1762     return this.projectFile;
1763   }
1764
1765   /**
1766    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1767    * Jalview project
1768    */
1769   @Override
1770   public void loadState_actionPerformed()
1771   {
1772     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1773     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1774         "Jalview Project (old)" };
1775     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1776             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1777             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two booleans: allFiles,
1778                                             // allowBackupFiles
1779     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1780     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1781     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1782     {
1783       @Override
1784       public void run()
1785       {
1786         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1787         setProjectFile(selectedFile);
1788         String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1789         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1790         new Thread(new Runnable()
1791         {
1792           @Override
1793           public void run()
1794           {
1795                 try
1796             {
1797               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1798             } catch (OutOfMemoryError oom)
1799                 {
1800                   new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1801                 } catch (Exception ex)
1802                 {
1803                   Cache.log.error(
1804                           "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1805                   JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1806                           MessageManager.formatMessage(
1807                                   "label.error_whilst_loading_project_from",
1808                                 new Object[]
1809                                     { choice }),
1810                           MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1811                           JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1812                 }
1813           }
1814         }).start();
1815       }
1816     });
1817
1818     chooser.showOpenDialog(this);
1819   }
1820
1821   @Override
1822   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1823   {
1824     new SequenceFetcher(this);
1825   }
1826
1827   JPanel progressPanel;
1828
1829   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1830
1831   public void startLoading(final Object fileName)
1832   {
1833     if (fileLoadingCount == 0)
1834     {
1835       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1836               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1837               { fileName })));
1838     }
1839     fileLoadingCount++;
1840   }
1841
1842   private JPanel addProgressPanel(String string)
1843   {
1844     if (progressPanel == null)
1845     {
1846       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1847       totalProgressCount = 0;
1848       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1849     }
1850     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1851     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1852     progressBar.setIndeterminate(true);
1853
1854     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1855
1856     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1857     progressPanel.add(thisprogress);
1858     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1859             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1860     ++totalProgressCount;
1861     instance.validate();
1862     return thisprogress;
1863   }
1864
1865   int totalProgressCount = 0;
1866
1867   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1868   {
1869     if (progressPanel != null)
1870     {
1871       synchronized (progressPanel)
1872       {
1873         progressPanel.remove(progbar);
1874         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1875         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1876         if (--totalProgressCount < 1)
1877         {
1878           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1879           progressPanel = null;
1880         }
1881       }
1882     }
1883     validate();
1884   }
1885
1886   public void stopLoading()
1887   {
1888     fileLoadingCount--;
1889     if (fileLoadingCount < 1)
1890     {
1891       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1892       {
1893         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1894       }
1895       fileLoadingPanels.clear();
1896       fileLoadingCount = 0;
1897     }
1898     validate();
1899   }
1900
1901   public static int getViewCount(String alignmentId)
1902   {
1903     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1904     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1905   }
1906
1907   /**
1908    *
1909    * @param alignmentId
1910    *          - if null, all sets are returned
1911    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1912    */
1913   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1914   {
1915     if (Desktop.desktop == null)
1916     {
1917       // no frames created and in headless mode
1918       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1919       return null;
1920     }
1921     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1922     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1923     if (frames == null)
1924     {
1925       return null;
1926     }
1927     for (AlignFrame af : frames)
1928     {
1929       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1930       {
1931         if (alignmentId == null
1932                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1933         {
1934           aps.add(ap);
1935         }
1936       }
1937     }
1938     if (aps.size() == 0)
1939     {
1940       return null;
1941     }
1942     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1943     return vap;
1944   }
1945
1946   /**
1947    * get all the viewports on an alignment.
1948    *
1949    * @param sequenceSetId
1950    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1951    *          case)
1952    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1953    */
1954   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1955   {
1956     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1957     if (desktop != null)
1958     {
1959       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1960
1961       for (AlignFrame afr : frames)
1962       {
1963         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1964                 .equals(sequenceSetId))
1965         {
1966           if (afr.alignPanels != null)
1967           {
1968             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1969             {
1970               if (sequenceSetId == null
1971                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1972               {
1973                 viewp.add(ap.av);
1974               }
1975             }
1976           }
1977           else
1978           {
1979             viewp.add(afr.getViewport());
1980           }
1981         }
1982       }
1983       if (viewp.size() > 0)
1984       {
1985         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1986       }
1987     }
1988     return null;
1989   }
1990
1991   /**
1992    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1993    *
1994    * @param af
1995    */
1996   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1997   {
1998     int size = af.alignPanels.size();
1999     if (size < 2)
2000     {
2001       return;
2002     }
2003
2004     for (int i = 0; i < size; i++)
2005     {
2006       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
2007       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
2008
2009       /*
2010        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2011        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2012        * position and size.
2013        */
2014       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2015       if (geometry != null)
2016       {
2017         newaf.setBounds(geometry);
2018       }
2019
2020       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2021
2022       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2023               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2024     }
2025
2026     af.alignPanels.clear();
2027     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2028
2029   }
2030
2031   /**
2032    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2033    * identifier back in to this frame as additional views, and close the expanded
2034    * views. Note the expanded frames may themselves have multiple views. We take
2035    * the lot.
2036    *
2037    * @param source
2038    */
2039   public void gatherViews(AlignFrame source)
2040   {
2041     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2042     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2043     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2044     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2045
2046     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2047     {
2048       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2049       {
2050         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2051         boolean gatherThis = false;
2052         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2053         {
2054           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2055           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2056           {
2057             gatherThis = true;
2058             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2059             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2060             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2061           }
2062         }
2063
2064         if (gatherThis)
2065         {
2066           af.alignPanels.clear();
2067           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2068         }
2069       }
2070     }
2071   }
2072
2073   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2074   {
2075     return desktop.getAllFrames();
2076   }
2077
2078   /**
2079    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2080    * should be informed of a new questionnaire.
2081    *
2082    * @param url
2083    */
2084   public void checkForQuestionnaire(String url)
2085   {
2086     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2087     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2088     new Thread(jvq).start();
2089   }
2090
2091   public void checkURLLinks()
2092   {
2093     // Thread off the URL link checker
2094     addDialogThread(new Runnable()
2095     {
2096       @Override
2097       public void run()
2098       {
2099         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2100         {
2101           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2102           // bother with the warning
2103           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2104                   .getLinksForMenu();
2105
2106           // only need to check links if there is one with a
2107           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2108           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2109           boolean check = false;
2110           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2111           while (li.hasNext())
2112           {
2113             String link = li.next();
2114             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2115                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2116             {
2117               check = true;
2118               int barPos = link.indexOf("|");
2119               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2120                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2121                               + link.substring(barPos + 1);
2122               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2123             }
2124           }
2125           if (!check)
2126           {
2127             return;
2128           }
2129
2130           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2131           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2132           JPanel msgPanel = new JPanel();
2133           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2134           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2135           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2136                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2137           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2138                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2139           msgPanel.add(msg);
2140           for (JLabel url : urls)
2141           {
2142             msgPanel.add(url);
2143           }
2144           msgPanel.add(msg2);
2145
2146           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2147                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2148           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2149           {
2150             @Override
2151             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2152             {
2153               // update Cache settings for "don't show this again"
2154               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2155               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2156                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2157             }
2158           });
2159           msgPanel.add(jcb);
2160
2161           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2162                   MessageManager
2163                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2164                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2165         }
2166       }
2167     });
2168   }
2169
2170   /**
2171    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2172    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs low.
2173    *
2174    * @author AMW
2175    */
2176   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane
2177           implements Runnable
2178   {
2179     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2180
2181     boolean showMemoryUsage = false;
2182
2183     Runtime runtime;
2184
2185     java.text.NumberFormat df;
2186
2187     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2188             percentUsage;
2189
2190     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2191     {
2192       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2193     }
2194
2195     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2196     {
2197       this.showMemoryUsage = showMemory;
2198       if (showMemory)
2199       {
2200         Thread worker = new Thread(this);
2201         worker.start();
2202       }
2203       repaint();
2204     }
2205
2206     public boolean isShowMemoryUsage()
2207     {
2208       return showMemoryUsage;
2209     }
2210
2211     @Override
2212     public void run()
2213     {
2214       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2215       df.setMaximumFractionDigits(2);
2216       runtime = Runtime.getRuntime();
2217
2218       while (showMemoryUsage)
2219       {
2220         try
2221         {
2222           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2223           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2224           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2225           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2226
2227           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2228
2229           // if (percentUsage < 20)
2230           {
2231             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2232             // Color.red);
2233             // instance.set.setBorder(border1);
2234           }
2235           repaint();
2236           // sleep after showing usage
2237           Thread.sleep(3000);
2238         } catch (Exception ex)
2239         {
2240           ex.printStackTrace();
2241         }
2242       }
2243     }
2244
2245     @Override
2246     public void paintComponent(Graphics g)
2247     {
2248       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2249       {
2250         if (percentUsage < 20)
2251         {
2252           g.setColor(Color.red);
2253         }
2254         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2255         if (fm != null)
2256         {
2257           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2258                   new Object[]
2259                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2260                       df.format(percentUsage) }),
2261                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2262         }
2263       }
2264     }
2265   }
2266
2267   /**
2268    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2269    *
2270    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2271    */
2272   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2273   {
2274     if (Jalview.isHeadlessMode())
2275     {
2276       // Desktop.desktop is null in headless mode
2277       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2278     }
2279
2280     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2281
2282     if (frames == null)
2283     {
2284       return null;
2285     }
2286     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2287     // REVERSE ORDER
2288     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2289     {
2290       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2291       {
2292         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2293       }
2294       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2295       {
2296         /*
2297          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2298          */
2299         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2300         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2301         {
2302           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2303         }
2304         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2305         {
2306           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2307         }
2308       }
2309     }
2310     if (avp.size() == 0)
2311     {
2312       return null;
2313     }
2314     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2315     return afs;
2316   }
2317
2318   /**
2319    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2320    *
2321    * @return
2322    */
2323   public GStructureViewer[] getJmols()
2324   {
2325     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2326
2327     if (frames == null)
2328     {
2329       return null;
2330     }
2331     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2332     // REVERSE ORDER
2333     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2334     {
2335       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2336       {
2337         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2338         avp.add(af);
2339       }
2340     }
2341     if (avp.size() == 0)
2342     {
2343       return null;
2344     }
2345     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2346     return afs;
2347   }
2348
2349   /**
2350    * Add Groovy Support to Jalview
2351    */
2352   @Override
2353   public void groovyShell_actionPerformed()
2354   {
2355     try
2356     {
2357       openGroovyConsole();
2358     } catch (Exception ex)
2359     {
2360       Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2361       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2362
2363               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2364               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2365               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2366     }
2367   }
2368
2369   /**
2370    * Open the Groovy console
2371    */
2372   void openGroovyConsole()
2373   {
2374     if (groovyConsole == null)
2375     {
2376       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2377       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2378       groovyConsole.run();
2379
2380       /*
2381        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2382        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2383        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2384        * opened, and the reverse when it is closed
2385        */
2386       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2387       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2388       {
2389         @Override
2390         public void windowClosed(WindowEvent e)
2391         {
2392           /*
2393            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2394            */
2395           addQuitHandler();
2396           enableExecuteGroovy(false);
2397         }
2398       });
2399     }
2400
2401     /*
2402      * show Groovy console window (after close and reopen)
2403      */
2404     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2405
2406     /*
2407      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2408      * and disable opening a second console
2409      */
2410     enableExecuteGroovy(true);
2411   }
2412
2413   /**
2414    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this binding
2415    * when opened
2416    */
2417   protected void addQuitHandler()
2418   {
2419     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW)
2420             .put(KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2421                     jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx()),
2422                     "Quit");
2423     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2424     {
2425       @Override
2426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2427       {
2428         quit();
2429       }
2430     });
2431   }
2432
2433   /**
2434    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2435    *
2436    * @param enabled
2437    *          true if Groovy console is open
2438    */
2439   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2440   {
2441     /*
2442      * disable opening a second Groovy console
2443      * (or re-enable when the console is closed)
2444      */
2445     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2446
2447     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2448     if (alignFrames != null)
2449     {
2450       for (AlignFrame af : alignFrames)
2451       {
2452         af.setGroovyEnabled(enabled);
2453       }
2454     }
2455   }
2456
2457   /**
2458    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2459    */
2460   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2461
2462   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2463
2464   /*
2465    * (non-Javadoc)
2466    *
2467    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2468    */
2469   @Override
2470   public void setProgressBar(String message, long id)
2471   {
2472             Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);
2473
2474     if (progressBars == null)
2475     {
2476       progressBars = new Hashtable<>();
2477       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2478     }
2479
2480     if (progressBars.get(Long.valueOf(id)) != null)
2481     {
2482       JPanel panel = progressBars.remove(Long.valueOf(id));
2483       if (progressBarHandlers.contains(Long.valueOf(id)))
2484       {
2485         progressBarHandlers.remove(Long.valueOf(id));
2486       }
2487       removeProgressPanel(panel);
2488     }
2489     else
2490     {
2491       progressBars.put(Long.valueOf(id), addProgressPanel(message));
2492     }
2493   }
2494
2495   /*
2496    * (non-Javadoc)
2497    *
2498    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2499    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2500    */
2501   @Override
2502   public void registerHandler(final long id,
2503           final IProgressIndicatorHandler handler)
2504   {
2505     if (progressBarHandlers == null
2506             || !progressBars.containsKey(Long.valueOf(id)))
2507     {
2508       throw new Error(MessageManager.getString(
2509               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2510     }
2511     progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
2512     final JPanel progressPanel = progressBars.get(Long.valueOf(id));
2513     if (handler.canCancel())
2514     {
2515       JButton cancel = new JButton(
2516               MessageManager.getString("action.cancel"));
2517       final IProgressIndicator us = this;
2518       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2519       {
2520
2521         @Override
2522         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2523         {
2524           handler.cancelActivity(id);
2525           us.setProgressBar(MessageManager
2526                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2527                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2528                   id);
2529         }
2530       });
2531       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2532     }
2533   }
2534
2535   /**
2536    *
2537    * @return true if any progress bars are still active
2538    */
2539   @Override
2540   public boolean operationInProgress()
2541   {
2542     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2543     {
2544       return true;
2545     }
2546     return false;
2547   }
2548
2549   /**
2550    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance. It
2551    * will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av.
2552    *
2553    * @param viewport
2554    * @return alignFrame for viewport
2555    */
2556   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2557   {
2558     if (desktop != null)
2559     {
2560       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2561               viewport.getSequenceSetId());
2562       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2563       {
2564         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2565         {
2566           return aps[panel].alignFrame;
2567         }
2568       }
2569     }
2570     return null;
2571   }
2572
2573   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2574   {
2575     // TODO: JAL-3311 remove remaining code from Jalview relating to VAMSAS
2576     return null;
2577
2578   }
2579
2580   /**
2581    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2582    */
2583   private boolean inBatchMode = false;
2584
2585   /**
2586    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2587    *
2588    * @return inBatchMode
2589    */
2590   public boolean isInBatchMode()
2591   {
2592     return inBatchMode;
2593   }
2594
2595   /**
2596    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2597    *
2598    * @param inBatchMode
2599    */
2600   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2601   {
2602     this.inBatchMode = inBatchMode;
2603   }
2604
2605   public void startServiceDiscovery()
2606   {
2607     startServiceDiscovery(false);
2608   }
2609
2610   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2611   {
2612     boolean alive = true;
2613     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2614     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2615     if (true)
2616     {
2617       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2618       if (discoverer == null)
2619       {
2620         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2621         // register PCS handler for desktop.
2622         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2623       }
2624       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2625       // until we phase out completely
2626       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2627     }
2628
2629     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2630     {
2631       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2632               .startDiscoverer(changeSupport);
2633     }
2634     Thread t3 = null;
2635     {
2636       // TODO: do rest service discovery
2637     }
2638     if (blocking)
2639     {
2640       while (alive)
2641       {
2642         try
2643         {
2644           Thread.sleep(15);
2645         } catch (Exception e)
2646         {
2647         }
2648         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2649                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2650                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2651       }
2652     }
2653   }
2654
2655   /**
2656    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2657    *
2658    * @param evt
2659    */
2660   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2661   {
2662     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2663     {
2664       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2665               .getErrorMessages();
2666       if (ermsg != null)
2667       {
2668         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2669         {
2670           if (serviceChangedDialog == null)
2671           {
2672             // only run if we aren't already displaying one of these.
2673             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2674             {
2675               @Override
2676               public void run()
2677               {
2678
2679                 /*
2680                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2681                  *
2682                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2683                  * Auto-generated method stub
2684                  *
2685                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2686                  * Auto-generated method stub
2687                  *
2688                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2689                  * Auto-generated method stub
2690                  *
2691                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2692                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2693                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2694                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2695                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2696                  * +
2697                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2698                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2699                  * 400);
2700                  *
2701                  * jd.waitForInput();
2702                  */
2703                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
2704                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2705                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2706                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2707                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2708                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2709                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2710                         "Web Service Configuration Problem",
2711                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2712                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2713                 serviceChangedDialog = null;
2714
2715               }
2716             });
2717           }
2718         }
2719         else
2720         {
2721           Cache.log.error(
2722                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2723                           + ermsg);
2724         }
2725       }
2726     }
2727   }
2728
2729   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2730
2731   /**
2732    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2733    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2734    * to open the URL.
2735    *
2736    * @param url
2737    */
2738   public static void showUrl(final String url)
2739   {
2740     showUrl(url, Desktop.instance);
2741   }
2742
2743   /**
2744    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2745    *
2746    * @param url
2747    * @param progress
2748    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2749    */
2750   public static void showUrl(final String url,
2751           final IProgressIndicator progress)
2752   {
2753     new Thread(new Runnable()
2754     {
2755       @Override
2756       public void run()
2757       {
2758         try
2759         {
2760           if (progress != null)
2761           {
2762             progress.setProgressBar(MessageManager
2763                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
2764                     { url }), this.hashCode());
2765           }
2766           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2767         } catch (Exception ex)
2768         {
2769           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2770                   MessageManager
2771                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2772                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2773                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2774
2775           ex.printStackTrace();
2776         }
2777         if (progress != null)
2778         {
2779           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2780         }
2781       }
2782     }).start();
2783   }
2784
2785   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2786
2787   public static ParamManager getUserParameterStore()
2788   {
2789     if (wsparamManager == null)
2790     {
2791       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2792     }
2793     return wsparamManager;
2794   }
2795
2796   /**
2797    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2798    *
2799    * @param e
2800    */
2801   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2802   {
2803     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2804     {
2805       String url = null;
2806       try
2807       {
2808         url = e.getURL().toString();
2809         Desktop.showUrl(url);
2810       } catch (Exception x)
2811       {
2812         if (url != null)
2813         {
2814           if (Cache.log != null)
2815           {
2816             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2817           }
2818           else
2819           {
2820             System.err.println(
2821                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2822           }
2823         }
2824         // ignore any exceptions due to dud links.
2825       }
2826
2827     }
2828   }
2829
2830   /**
2831    * single thread that handles display of dialogs to user.
2832    */
2833   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2834
2835   /**
2836    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2837    */
2838   private volatile boolean dialogPause = true;
2839
2840   /**
2841    * pause the queue
2842    */
2843   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2844
2845   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2846
2847   /**
2848    * add another dialog thread to the queue
2849    *
2850    * @param prompter
2851    */
2852   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2853   {
2854     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2855     {
2856       @Override
2857       public void run()
2858       {
2859         if (dialogPause)
2860         {
2861           try
2862           {
2863             block.acquire();
2864           } catch (InterruptedException x)
2865           {
2866           }
2867         }
2868         if (instance == null)
2869         {
2870           return;
2871         }
2872         try
2873         {
2874           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2875         } catch (Exception q)
2876         {
2877           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2878         }
2879       }
2880     });
2881   }
2882
2883   public void startDialogQueue()
2884   {
2885     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2886     // the current task to begin
2887     dialogPause = false;
2888     block.release();
2889   }
2890
2891   /**
2892    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
2893    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
2894    * has been set). The file name is generated as
2895    *
2896    * <pre>
2897    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
2898    * </pre>
2899    */
2900   @Override
2901   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2902   {
2903     // currently the menu option to do this is not shown
2904     invalidate();
2905
2906     int width = getWidth();
2907     int height = getHeight();
2908     File of = new File(
2909             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
2910     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
2911     {
2912       @Override
2913       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
2914       {
2915         paintAll(g);
2916         Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2917                 + of.getAbsolutePath());
2918       }
2919     };
2920     String title = "View of desktop";
2921     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
2922             title);
2923     exporter.doExport(of, this, width, height, title);
2924   }
2925
2926   /**
2927    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
2928    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size and
2929    * location last time the view was expanded (if any). However it does not
2930    * remember the split pane divider location - this is set to match the
2931    * 'exploding' frame.
2932    *
2933    * @param sf
2934    */
2935   public void explodeViews(SplitFrame sf)
2936   {
2937     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
2938     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
2939     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
2940             .getAlignPanels();
2941     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
2942             .getAlignPanels();
2943     int viewCount = topPanels.size();
2944     if (viewCount < 2)
2945     {
2946       return;
2947     }
2948
2949     /*
2950      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
2951      * not visible. I don't know why!
2952      */
2953     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
2954     {
2955       /*
2956        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
2957        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
2958        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
2959        * new split frames.
2960        *
2961        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
2962        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
2963        */
2964       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
2965       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
2966       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
2967       newTopFrame.setVisible(true);
2968       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
2969               .getExplodedGeometry();
2970       if (geometry != null)
2971       {
2972         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
2973       }
2974
2975       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
2976       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
2977       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
2978       newBottomFrame.setVisible(true);
2979       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
2980               .getExplodedGeometry();
2981       if (geometry != null)
2982       {
2983         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
2984       }
2985
2986       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2987       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
2988       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
2989               newBottomFrame);
2990       if (geometry != null)
2991       {
2992         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
2993       }
2994       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
2995     }
2996
2997     /*
2998      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
2999      * before closing the old SplitFrame.
3000      */
3001     topPanels.clear();
3002     bottomPanels.clear();
3003     sf.close();
3004   }
3005
3006   /**
3007    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3008    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3009    * frames may themselves have multiple views.
3010    *
3011    * @param source
3012    */
3013   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3014   {
3015     /*
3016      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3017      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3018      * height) of the AlignFrame component
3019      */
3020     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3021     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3022     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3023             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3024     myBottomFrame.viewport
3025             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3026                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3027     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3028     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3029     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3030     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3031
3032     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3033     for (JInternalFrame frame : frames)
3034     {
3035       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3036       {
3037         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3038         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3039         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3040         boolean gatherThis = false;
3041         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3042         {
3043           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3044           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3045           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3046                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3047           {
3048             gatherThis = true;
3049             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3050             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3051             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3052                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3053             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3054                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3055             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3056             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3057           }
3058         }
3059
3060         if (gatherThis)
3061         {
3062           topFrame.getAlignPanels().clear();
3063           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3064           sf.close();
3065         }
3066       }
3067     }
3068
3069     /*
3070      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3071      */
3072     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3073   }
3074
3075   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3076   {
3077     return groovyConsole;
3078   }
3079
3080   /**
3081    * handles the payload of a drag and drop event.
3082    *
3083    * TODO refactor to desktop utilities class
3084    *
3085    * @param files
3086    *          - Data source strings extracted from the drop event
3087    * @param protocols
3088    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3089    * @param evt
3090    *          - the drop event
3091    * @param t
3092    *          - the payload from the drop event
3093    * @throws Exception
3094    */
3095   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3096           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3097           Transferable t) throws Exception
3098   {
3099
3100     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from SwingJS
3101
3102     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3103     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3104     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3105     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3106     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3107     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3108     // File file = (File) list.get(j);
3109     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3110     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3111     // evt.getLocation());
3112     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget) evt.getSource()).getComponent();
3113     // target.setText(new String(data));
3114     // }
3115     // dtde.dropComplete(true);
3116     // return;
3117     // }
3118     //
3119
3120     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3121             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3122     try
3123     {
3124       urlFlavour = new DataFlavor(
3125               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3126     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3127     {
3128       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3129     }
3130
3131     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3132     {
3133
3134       try
3135       {
3136         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3137         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3138         // means url may be null.
3139         if (url != null)
3140         {
3141           protocols.add(DataSourceType.URL);
3142           files.add(url.toString());
3143           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3144                   + files.get(files.size() - 1));
3145           return;
3146         }
3147         else
3148         {
3149           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3150           {
3151             System.err.println(
3152                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3153           }
3154         }
3155       } catch (Throwable ex)
3156       {
3157         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3158       }
3159     }
3160     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3161     {
3162       // Works on Windows and MacOSX
3163       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3164       for (Object file : (List) t
3165               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3166       {
3167         files.add(file);
3168         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3169       }
3170     }
3171     else
3172     {
3173       // Unix like behaviour
3174       boolean added = false;
3175       String data = null;
3176       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3177       {
3178         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3179         // This is used by Unix drag system
3180         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3181       }
3182       if (data == null)
3183       {
3184         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3185         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3186         // try text fallback
3187         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3188                 "text/plain;class=java.lang.String");
3189         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3190         {
3191           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3192         }
3193
3194         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3195                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3196
3197       }
3198       if (data != null)
3199       {
3200         while (protocols.size() < files.size())
3201         {
3202           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3203                   + files.get(protocols.size()));
3204           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3205         }
3206         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3207                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3208         {
3209           added = true;
3210           String s = st.nextToken();
3211           if (s.startsWith("#"))
3212           {
3213             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3214             continue;
3215           }
3216           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3217           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3218           {
3219             protocols.add(DataSourceType.URL);
3220             files.add(uri.toString());
3221           }
3222           else
3223           {
3224             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3225             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3226             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3227             files.add(file.toString());
3228           }
3229         }
3230       }
3231
3232       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3233       {
3234         if (data == null || !added)
3235         {
3236
3237           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3238                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3239           {
3240             Cache.log.debug(
3241                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3242             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3243             {
3244               Cache.log.debug(
3245                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3246               Object df = t.getTransferData(fl);
3247               if (df != null)
3248               {
3249                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3250               }
3251               else
3252               {
3253                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3254               }
3255             }
3256           }
3257           else
3258           {
3259             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3260                     + t.toString());
3261           }
3262         }
3263       }
3264     }
3265     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3266     {
3267       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3268
3269       // resolve any .lnk files in the file drop
3270       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3271       {
3272         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3273         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3274                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3275                         || source.endsWith(".site")))
3276         {
3277           try
3278           {
3279             Object obj = files.get(f);
3280             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3281                     : new File((String) obj));
3282             // process link file to get a URL
3283             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3284             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3285             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3286             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3287             files.set(f, fullname);
3288             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3289                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3290           } catch (Exception ex)
3291           {
3292             Cache.log.error(
3293                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3294                     ex);
3295           }
3296         }
3297       }
3298     }
3299   }
3300
3301   /**
3302    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3303    * depending on the state of the controlling menu item
3304    */
3305   @Override
3306   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3307   {
3308     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3309   }
3310
3311   /**
3312    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently for
3313    * either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally be
3314    * restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a specified
3315    * alignment panel.
3316    *
3317    * @param apanel
3318    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3319    * @param structureViewerClass
3320    *          if not null, only return viewers of this class
3321    * @return
3322    */
3323   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3324           AlignmentPanel apanel,
3325           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3326   {
3327     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3328     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3329
3330     for (JInternalFrame frame : frames)
3331     {
3332       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3333       {
3334         if (structureViewerClass == null
3335                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3336         {
3337           if (apanel == null
3338                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3339           {
3340             result.add((StructureViewerBase) frame);
3341           }
3342         }
3343       }
3344     }
3345     return result;
3346   }
3347 }