src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  25 import jalview.bin.Cache;
  26 import jalview.bin.Jalview;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.io.FileFormat;
  29 import jalview.io.FileFormatException;
  30 import jalview.io.FileFormatI;
  31 import jalview.io.FileLoader;
  32 import jalview.io.IdentifyFile;
  33 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  34 import jalview.io.JalviewFileView;
  35 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
  36 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.util.ImageMaker;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40 import jalview.util.Platform;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42 import jalview.ws.params.ParamManager;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Color;
  46 import java.awt.Dimension;
  47 import java.awt.FontMetrics;
  48 import java.awt.Graphics;
  49 import java.awt.GridLayout;
  50 import java.awt.Point;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.Toolkit;
  53 import java.awt.Window;
  54 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  55 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  56 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  57 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  58 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  59 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  60 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  61 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  62 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  63 import java.awt.event.ActionEvent;
  64 import java.awt.event.ActionListener;
  65 import java.awt.event.FocusEvent;
  66 import java.awt.event.FocusListener;
  67 import java.awt.event.KeyEvent;
  68 import java.awt.event.MouseAdapter;
  69 import java.awt.event.MouseEvent;
  70 import java.awt.event.MouseListener;
  71 import java.awt.event.WindowAdapter;
  72 import java.awt.event.WindowEvent;
  73 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  74 import java.beans.PropertyChangeListener;
  75 import java.beans.PropertyVetoException;
  76 import java.io.BufferedInputStream;
  77 import java.io.File;
  78 import java.io.FileOutputStream;
  79 import java.net.URL;
  80 import java.util.ArrayList;
  81 import java.util.Hashtable;
  82 import java.util.List;
  83 import java.util.StringTokenizer;
  84 import java.util.Vector;
  85 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  86 import java.util.concurrent.Executors;
  87 import java.util.concurrent.Semaphore;
  88
  89 import javax.swing.AbstractAction;
  90 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  91 import javax.swing.DesktopManager;
  92 import javax.swing.JButton;
  93 import javax.swing.JComboBox;
  94 import javax.swing.JComponent;
  95 import javax.swing.JDesktopPane;
  96 import javax.swing.JFrame;
  97 import javax.swing.JInternalFrame;
  98 import javax.swing.JLabel;
  99 import javax.swing.JMenuItem;
 100 import javax.swing.JOptionPane;
 101 import javax.swing.JPanel;
 102 import javax.swing.JPopupMenu;
 103 import javax.swing.JProgressBar;
 104 import javax.swing.KeyStroke;
 105 import javax.swing.SwingUtilities;
 106 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
 107 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
 108 import javax.swing.event.MenuEvent;
 109 import javax.swing.event.MenuListener;
 110
 111 /**
 112  * Jalview Desktop
 113  *
 114  *
 115  * @author $author$
 116  * @version $Revision: 1.155 $
 117  */
 118 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 119         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 120         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 121 {
 122
 123   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 124
 125   /**
 126    * news reader - null if it was never started.
 127    */
 128   private BlogReader jvnews = null;
 129
 130   private File projectFile;
 131
 132   /**
 133    * @param listener
 134    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 135    */
 136   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 137           PropertyChangeListener listener)
 138   {
 139     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 140   }
 141
 142   /**
 143    * @param propertyName
 144    * @param listener
 145    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 146    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 147    */
 148   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 149           PropertyChangeListener listener)
 150   {
 151     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 152   }
 153
 154   /**
 155    * @param propertyName
 156    * @param listener
 157    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 158    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 159    */
 160   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 161           PropertyChangeListener listener)
 162   {
 163     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 164             listener);
 165   }
 166
 167   /** Singleton Desktop instance */
 168   public static Desktop instance;
 169
 170   public static MyDesktopPane desktop;
 171
 172   static int openFrameCount = 0;
 173
 174   static final int xOffset = 30;
 175
 176   static final int yOffset = 30;
 177
 178   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 179
 180   public static Object[] jalviewClipboard;
 181
 182   public static boolean internalCopy = false;
 183
 184   static int fileLoadingCount = 0;
 185
 186   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 187   {
 188
 189     private DesktopManager delegate;
 190
 191     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 192     {
 193       this.delegate = delegate;
 194     }
 195
 196     @Override
 197     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 198     {
 199       try
 200       {
 201         delegate.activateFrame(f);
 202       } catch (NullPointerException npe)
 203       {
 204         Point p = getMousePosition();
 205         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 206       }
 207     }
 208
 209     @Override
 210     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 211     {
 212       delegate.beginDraggingFrame(f);
 213     }
 214
 215     @Override
 216     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 217     {
 218       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 219     }
 220
 221     @Override
 222     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 223     {
 224       delegate.closeFrame(f);
 225     }
 226
 227     @Override
 228     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 229     {
 230       delegate.deactivateFrame(f);
 231     }
 232
 233     @Override
 234     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 235     {
 236       delegate.deiconifyFrame(f);
 237     }
 238
 239     @Override
 240     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 241     {
 242       if (newY < 0)
 243       {
 244         newY = 0;
 245       }
 246       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 247     }
 248
 249     @Override
 250     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 251     {
 252       delegate.endDraggingFrame(f);
 253     }
 254
 255     @Override
 256     public void endResizingFrame(JComponent f)
 257     {
 258       delegate.endResizingFrame(f);
 259     }
 260
 261     @Override
 262     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 263     {
 264       delegate.iconifyFrame(f);
 265     }
 266
 267     @Override
 268     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 269     {
 270       delegate.maximizeFrame(f);
 271     }
 272
 273     @Override
 274     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 275     {
 276       delegate.minimizeFrame(f);
 277     }
 278
 279     @Override
 280     public void openFrame(JInternalFrame f)
 281     {
 282       delegate.openFrame(f);
 283     }
 284
 285     @Override
 286     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 287             int newHeight)
 288     {
 289       if (newY < 0)
 290       {
 291         newY = 0;
 292       }
 293       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 294     }
 295
 296     @Override
 297     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 298             int newWidth, int newHeight)
 299     {
 300       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 301     }
 302
 303     // All other methods, simply delegate
 304
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Creates a new Desktop object.
 309    */
 310   public Desktop()
 311   {
 312     /**
 313      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 314      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 315      * constructor.
 316      */
 317     instance = this;
 318     doVamsasClientCheck();
 319
 320     groovyShell = new JMenuItem();
 321     groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
 322     groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
 323     {
 324       @Override
 325       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 326       {
 327         groovyShell_actionPerformed();
 328       }
 329     });
 330     toolsMenu.add(groovyShell);
 331     groovyShell.setVisible(true);
 332
 333     doConfigureStructurePrefs();
 334     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 335     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 336     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 337             false);
 338     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 339             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 340     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 341     if (Platform.isAMac())
 342     {
 343       desktop.setDoubleBuffered(false);
 344     }
 345     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 346     desktop.setBackground(Color.white);
 347     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 348     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 349     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 350     // sp.getViewport().setView(desktop);
 351     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 352     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 353     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 354
 355     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 356     // if previous window was maximised
 357     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 358             new DefaultDesktopManager()));
 359
 360     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 361     if (dims != null)
 362     {
 363       setBounds(dims);
 364     }
 365     else
 366     {
 367       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 368       setBounds((screenSize.width - 900) / 2,
 369               (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 370     }
 371     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 372     // add essential build information
 373     jconsole.setHeader("Jalview Version: "
 374             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 375             + "Jalview Installation: "
 376             + jalview.bin.Cache.getDefault("INSTALLATION", "unknown")
 377             + "\n" + "Build Date: "
 378             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 379             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 380             + System.getProperty("os.arch") + " "
 381             + System.getProperty("os.name") + " "
 382             + System.getProperty("os.version"));
 383
 384     showConsole(showjconsole);
 385
 386     showNews.setVisible(false);
 387
 388     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 389     {
 390       @Override
 391       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 392       {
 393         quit();
 394       }
 395     });
 396
 397     MouseAdapter ma;
 398     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 399     {
 400       @Override
 401       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 402       {
 403         if (evt.isPopupTrigger())
 404         {
 405           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 406         }
 407       }
 408     });
 409     desktop.addMouseListener(ma);
 410
 411     this.addFocusListener(new FocusListener()
 412     {
 413
 414       @Override
 415       public void focusLost(FocusEvent e)
 416       {
 417         // TODO Auto-generated method stub
 418
 419       }
 420
 421       @Override
 422       public void focusGained(FocusEvent e)
 423       {
 424         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 425         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 426         instance.relayerWindows();
 427       }
 428     });
 429     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 430     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 431     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 432     {
 433       @Override
 434       public void run()
 435       {
 436         new SplashScreen();
 437       }
 438     });
 439
 440     // displayed.
 441     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 442     // takes to open it later on.
 443     new Thread(new Runnable()
 444     {
 445       @Override
 446       public void run()
 447       {
 448         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 449         FileFormat fileFormat = FileFormat.valueOf(Cache
 450                 .getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 451         new JalviewFileChooser(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 452         // jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 453         // jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 454                 fileFormat);
 455         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 456       }
 457     }).start();
 458     // Add the service change listener
 459     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 460             new PropertyChangeListener()
 461             {
 462
 463               @Override
 464               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 465               {
 466                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 467                         + evt.getNewValue());
 468                 JalviewServicesChanged(evt);
 469               }
 470
 471             });
 472   }
 473
 474   public void doConfigureStructurePrefs()
 475   {
 476     // configure services
 477     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 478             .getStructureSelectionManager(this);
 479     if (jalview.bin.Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 480     {
 481       ssm.setAddTempFacAnnot(jalview.bin.Cache.getDefault(
 482               Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 483       ssm.setProcessSecondaryStructure(jalview.bin.Cache.getDefault(
 484               Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 485       ssm.setSecStructServices(jalview.bin.Cache.getDefault(
 486               Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 487     }
 488     else
 489     {
 490       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 491       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 492       ssm.setSecStructServices(false);
 493     }
 494   }
 495
 496   public void checkForNews()
 497   {
 498     final Desktop me = this;
 499     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 500     addDialogThread(new Runnable()
 501     {
 502       @Override
 503       public void run()
 504       {
 505         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 506
 507         jvnews = new BlogReader(me);
 508         showNews.setVisible(true);
 509         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 510       }
 511     });
 512   }
 513
 514   @Override
 515   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 516   {
 517     showNews(showNews.isSelected());
 518   }
 519
 520   void showNews(boolean visible)
 521   {
 522     {
 523       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 524       showNews.setSelected(visible);
 525       if (visible && !jvnews.isVisible())
 526       {
 527         new Thread(new Runnable()
 528         {
 529           @Override
 530           public void run()
 531           {
 532             long now = System.currentTimeMillis();
 533             Desktop.instance.setProgressBar(
 534                     MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 535             jvnews.refreshNews();
 536             Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 537             jvnews.showNews();
 538           }
 539         }).start();
 540       }
 541     }
 542   }
 543
 544   /**
 545    * recover the last known dimensions for a jalview window
 546    *
 547    * @param windowName
 548    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 549    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 550    *         window geom was known)
 551    */
 552   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 553   {
 554     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 555     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 556     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 557     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 558     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 559             + "SCREEN_WIDTH");
 560     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 561             + "SCREEN_HEIGHT");
 562     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 563     {
 564       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 565               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 566       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 567       {
 568         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 569         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 570         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 571         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 572                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 573                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 574         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 575                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 576                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 577         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 578         ix = (int) (ix * sw);
 579         iw = (int) (iw * sw);
 580         iy = (int) (iy * sh);
 581         ih = (int) (ih * sh);
 582         while (ix >= screenSize.width)
 583         {
 584           jalview.bin.Cache.log
 585                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 586           ix -= screenSize.width;
 587         }
 588         while (iy >= screenSize.height)
 589         {
 590           jalview.bin.Cache.log
 591                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 592           iy -= screenSize.height;
 593         }
 594         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 595                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 596                 + " height:" + ih);
 597       }
 598       // return dimensions for new instance
 599       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 600     }
 601     return null;
 602   }
 603
 604   private void doVamsasClientCheck()
 605   {
 606     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 607     {
 608       setupVamsasDisconnectedGui();
 609       VamsasMenu.setVisible(true);
 610       final Desktop us = this;
 611       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 612       {
 613         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 614         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 615         // reselected again.
 616         boolean refresh = true;
 617
 618         @Override
 619         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 620         {
 621           refresh = true;
 622         }
 623
 624         @Override
 625         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 626         {
 627           refresh = true;
 628         }
 629
 630         @Override
 631         public void menuSelected(MenuEvent e)
 632         {
 633           if (refresh)
 634           {
 635             us.buildVamsasStMenu();
 636             refresh = false;
 637           }
 638         }
 639       });
 640       vamsasStart.setVisible(true);
 641     }
 642   }
 643
 644   void showPasteMenu(int x, int y)
 645   {
 646     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 647     JMenuItem item = new JMenuItem(
 648             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 649     item.addActionListener(new ActionListener()
 650     {
 651       @Override
 652       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 653       {
 654         paste();
 655       }
 656     });
 657
 658     popup.add(item);
 659     popup.show(this, x, y);
 660   }
 661
 662   public void paste()
 663   {
 664     try
 665     {
 666       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 667       Transferable contents = c.getContents(this);
 668
 669       if (contents != null)
 670       {
 671         String file = (String) contents
 672                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 673
 674         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 675                 DataSourceType.PASTE);
 676
 677         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 678
 679       }
 680     } catch (Exception ex)
 681     {
 682       System.out
 683               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 684                       + ex);
 685     }
 686   }
 687
 688   /**
 689    * Adds and opens the given frame to the desktop
 690    *
 691    * @param frame
 692    *          Frame to show
 693    * @param title
 694    *          Visible Title
 695    * @param w
 696    *          width
 697    * @param h
 698    *          height
 699    */
 700   public static synchronized void addInternalFrame(
 701           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 702   {
 703     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true);
 704   }
 705
 706   /**
 707    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 708    *
 709    * @param frame
 710    *          Frame to show
 711    * @param title
 712    *          Visible Title
 713    * @param makeVisible
 714    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 715    *          setVisible themselves.
 716    * @param w
 717    *          width
 718    * @param h
 719    *          height
 720    */
 721   public static synchronized void addInternalFrame(
 722           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 723           int w, int h)
 724   {
 725     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true);
 726   }
 727
 728   /**
 729    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 730    *
 731    * @param frame
 732    *          Frame to show
 733    * @param title
 734    *          Visible Title
 735    * @param w
 736    *          width
 737    * @param h
 738    *          height
 739    * @param resizable
 740    *          Allow resize
 741    */
 742   public static synchronized void addInternalFrame(
 743           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 744           boolean resizable)
 745   {
 746     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable);
 747   }
 748
 749   /**
 750    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 751    *
 752    * @param frame
 753    *          Frame to show
 754    * @param title
 755    *          Visible Title
 756    * @param makeVisible
 757    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 758    *          setVisible themselves.
 759    * @param w
 760    *          width
 761    * @param h
 762    *          height
 763    * @param resizable
 764    *          Allow resize
 765    */
 766   public static synchronized void addInternalFrame(
 767           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 768           int w, int h, boolean resizable)
 769   {
 770
 771     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 772     // bounds object).
 773     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 774     // the current window title
 775
 776     frame.setTitle(title);
 777     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 778     {
 779       frame.setSize(w, h);
 780     }
 781     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 782     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 783     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 784     // ///////////////////////////////////////////////
 785     if (instance == null
 786             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 787                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 788     {
 789       return;
 790     }
 791
 792     openFrameCount++;
 793
 794     frame.setVisible(makeVisible);
 795     frame.setClosable(true);
 796     frame.setResizable(resizable);
 797     frame.setMaximizable(resizable);
 798     frame.setIconifiable(resizable);
 799     if (Platform.isAMac())
 800     {
 801       frame.setIconifiable(false);
 802       frame.setFrameIcon(null);
 803       // frame.setDesktopIcon(null);
 804       frame.setDoubleBuffered(false);
 805     }
 806     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 807     {
 808       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 809               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 810     }
 811
 812     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 813     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 814     {
 815       @Override
 816       public void internalFrameActivated(
 817               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 818       {
 819         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 820         if (itf != null)
 821         {
 822           itf.requestFocus();
 823         }
 824
 825       }
 826
 827       @Override
 828       public void internalFrameClosed(
 829               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 830       {
 831         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 832         openFrameCount--;
 833         windowMenu.remove(menuItem);
 834         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 835         if (itf != null)
 836         {
 837           itf.requestFocus();
 838         }
 839         System.gc();
 840       };
 841     });
 842
 843     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 844     {
 845       @Override
 846       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 847       {
 848         try
 849         {
 850           frame.setSelected(true);
 851           frame.setIcon(false);
 852         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 853         {
 854
 855         }
 856       }
 857     });
 858     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 859     {
 860
 861       @Override
 862       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 863       {
 864       }
 865
 866       @Override
 867       public void mousePressed(MouseEvent e)
 868       {
 869       }
 870
 871       @Override
 872       public void mouseExited(MouseEvent e)
 873       {
 874         try
 875         {
 876           frame.setSelected(false);
 877         } catch (PropertyVetoException e1)
 878         {
 879         }
 880       }
 881
 882       @Override
 883       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 884       {
 885         try
 886         {
 887           frame.setSelected(true);
 888         } catch (PropertyVetoException e1)
 889         {
 890         }
 891       }
 892
 893       @Override
 894       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 895       {
 896
 897       }
 898     });
 899
 900     windowMenu.add(menuItem);
 901
 902     desktop.add(frame);
 903     frame.toFront();
 904     try
 905     {
 906       frame.setSelected(true);
 907       frame.requestFocus();
 908     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 909     {
 910     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 911     {
 912       Cache.log
 913               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 914                       cex);
 915     }
 916   }
 917
 918   @Override
 919   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 920   {
 921     if (!internalCopy)
 922     {
 923       Desktop.jalviewClipboard = null;
 924     }
 925
 926     internalCopy = false;
 927   }
 928
 929   @Override
 930   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 931   {
 932   }
 933
 934   @Override
 935   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 936   {
 937   }
 938
 939   @Override
 940   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 941   {
 942   }
 943
 944   @Override
 945   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 946   {
 947   }
 948
 949   /**
 950    * DOCUMENT ME!
 951    *
 952    * @param evt
 953    *          DOCUMENT ME!
 954    */
 955   @Override
 956   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 957   {
 958     boolean success = true;
 959     Transferable t = evt.getTransferable();
 960     List<String> files = new ArrayList<String>();
 961     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<DataSourceType>();
 962
 963     try
 964     {
 965       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
 966     } catch (Exception e)
 967     {
 968       e.printStackTrace();
 969       success = false;
 970     }
 971
 972     if (files != null)
 973     {
 974       try
 975       {
 976         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 977         {
 978           String file = files.get(i).toString();
 979           DataSourceType protocol = (protocols == null) ? DataSourceType.FILE
 980                   : protocols.get(i);
 981           FileFormatI format = null;
 982
 983           if (file.endsWith(".jar"))
 984           {
 985             format = FileFormat.Jalview;
 986
 987           }
 988           else
 989           {
 990             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
 991           }
 992
 993           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 994
 995         }
 996       } catch (Exception ex)
 997       {
 998         success = false;
 999       }
1000     }
1001     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1002                                // transfered to any new windows created
1003   }
1004
1005   /**
1006    * DOCUMENT ME!
1007    *
1008    * @param e
1009    *          DOCUMENT ME!
1010    */
1011   @Override
1012   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1013   {
1014     FileFormat fileFormat = FileFormat.valueOf(Cache
1015             .getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
1016     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1017             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1018             // AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
1019             // AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
1020             fileFormat);
1021
1022     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1023     chooser.setDialogTitle(MessageManager
1024             .getString("label.open_local_file"));
1025     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1026
1027     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1028
1029     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1030     {
1031       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
1032       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1033               .getSelectedFile().getParent());
1034
1035       FileFormatI format = null;
1036       if (chooser.getSelectedFormat() != null
1037               && chooser.getSelectedFormat() == FileFormat.Jalview)
1038       {
1039         format = FileFormat.Jalview;
1040       }
1041       else
1042       {
1043         try
1044         {
1045           format = new IdentifyFile().identify(choice, DataSourceType.FILE);
1046         } catch (FileFormatException e)
1047         {
1048           // format is null
1049         }
1050       }
1051
1052       if (viewport != null)
1053       {
1054         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, DataSourceType.FILE,
1055                 format);
1056       }
1057       else
1058       {
1059         new FileLoader().LoadFile(choice, DataSourceType.FILE, format);
1060       }
1061     }
1062   }
1063
1064   /**
1065    * DOCUMENT ME!
1066    *
1067    * @param e
1068    *          DOCUMENT ME!
1069    * @throws FileFormatException
1070    */
1071   @Override
1072   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1073           throws FileFormatException
1074   {
1075     // This construct allows us to have a wider textfield
1076     // for viewing
1077     JLabel label = new JLabel(
1078             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1079     final JComboBox history = new JComboBox();
1080
1081     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1082     panel.add(label);
1083     panel.add(history);
1084     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1085     history.setEditable(true);
1086     history.addItem("http://www.");
1087
1088     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
1089
1090     StringTokenizer st;
1091
1092     if (historyItems != null)
1093     {
1094       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
1095
1096       while (st.hasMoreTokens())
1097       {
1098         history.addItem(st.nextElement());
1099       }
1100     }
1101
1102     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
1103             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
1104             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
1105
1106     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
1107     {
1108       return;
1109     }
1110
1111     String url = history.getSelectedItem().toString();
1112
1113     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1114     {
1115       if (viewport != null)
1116       {
1117         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1118                 FileFormat.Jalview);
1119       }
1120       else
1121       {
1122         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1123                 FileFormat.Jalview);
1124       }
1125     }
1126     else
1127     {
1128       FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(url,
1129               DataSourceType.URL);
1130
1131       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1132       {
1133         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1134                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1135                         new Object[] { url }), MessageManager
1136                         .getString("label.url_not_found"),
1137                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1138
1139         return;
1140       }
1141
1142       if (viewport != null)
1143       {
1144         new FileLoader()
1145                 .LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL, format);
1146       }
1147       else
1148       {
1149         new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1150       }
1151     }
1152   }
1153
1154   /**
1155    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1156    *
1157    * @param viewPanel
1158    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1159    *          alignment; if null, to a new alignment window
1160    */
1161   @Override
1162   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1163           AlignmentViewPanel viewPanel)
1164   {
1165     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1166     cap.setForInput(viewPanel);
1167     Desktop.addInternalFrame(cap,
1168             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"),
1169             true, 600, 500);
1170   }
1171
1172   /*
1173    * Exit the program
1174    */
1175   @Override
1176   public void quit()
1177   {
1178     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1179     jalview.bin.Cache
1180             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1181     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1182             + "");
1183     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1184             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1185
1186     if (jconsole != null)
1187     {
1188       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1189       jconsole.stopConsole();
1190     }
1191     if (jvnews != null)
1192     {
1193       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1194
1195     }
1196     if (dialogExecutor != null)
1197     {
1198       dialogExecutor.shutdownNow();
1199     }
1200     closeAll_actionPerformed(null);
1201
1202     if (groovyConsole != null)
1203     {
1204       // suppress a possible repeat prompt to save script
1205       groovyConsole.setDirty(false);
1206       groovyConsole.exit();
1207     }
1208     System.exit(0);
1209   }
1210
1211   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1212   {
1213     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1214             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1215             + " height:" + jc.height);
1216
1217     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1218     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1219     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1220     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1221   }
1222
1223   /**
1224    * DOCUMENT ME!
1225    *
1226    * @param e
1227    *          DOCUMENT ME!
1228    */
1229   @Override
1230   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1231   {
1232     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1233     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1234     //
1235     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1236     new Thread(new Runnable()
1237     {
1238       @Override
1239       public void run()
1240       {
1241         new SplashScreen(true);
1242       }
1243     }).start();
1244   }
1245
1246   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1247   {
1248     StringBuffer message = new StringBuffer();
1249     message.append("<html>");
1250     if (shortv)
1251     {
1252       message.append("<h1><strong>Version: "
1253               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "</strong></h1>");
1254       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1255               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1256               + "</em></strong>");
1257
1258     }
1259     else
1260     {
1261
1262       message.append("<strong>Version "
1263               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1264               + "; last updated: "
1265               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1266     }
1267
1268     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1269             "Checking"))
1270     {
1271       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1272     }
1273     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1274             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1275     {
1276       boolean red = false;
1277       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1278               .indexOf("automated build") == -1)
1279       {
1280         red = true;
1281         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1282         // version is not a development build
1283         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1284       }
1285
1286       message.append("<br>!! Version "
1287               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1288                       "..Checking..")
1289               + " is available for download from "
1290               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1291                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1292       if (red)
1293       {
1294         message.append("</div>");
1295       }
1296     }
1297     message.append("<br>Authors:  "
1298             + jalview.bin.Cache
1299                     .getDefault("AUTHORFNAMES",
1300                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1301             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1302             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1303             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1304             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1305             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1306             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1307             + "</html>");
1308     return message;
1309   }
1310
1311   /**
1312    * DOCUMENT ME!
1313    *
1314    * @param e
1315    *          DOCUMENT ME!
1316    */
1317   @Override
1318   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1319   {
1320     try
1321     {
1322       Help.showHelpWindow();
1323     } catch (Exception ex)
1324     {
1325     }
1326   }
1327
1328   @Override
1329   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1330   {
1331     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1332     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1333     {
1334       try
1335       {
1336         frames[i].setClosed(true);
1337       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1338       {
1339       }
1340     }
1341     System.out.println("ALL CLOSED");
1342     if (v_client != null)
1343     {
1344       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1345     }
1346
1347     /*
1348      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1349      * when all windows are closed)
1350      */
1351     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1352             .getStructureSelectionManager(this);
1353     if (ssm != null)
1354     {
1355       ssm.resetAll();
1356     }
1357   }
1358
1359   @Override
1360   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1361   {
1362     reorderAssociatedWindows(false, false);
1363   }
1364
1365   @Override
1366   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1367   {
1368     reorderAssociatedWindows(true, false);
1369   }
1370
1371   void closeAssociatedWindows()
1372   {
1373     reorderAssociatedWindows(false, true);
1374   }
1375
1376   /*
1377    * (non-Javadoc)
1378    *
1379    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1380    * ActionEvent)
1381    */
1382   @Override
1383   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1384   {
1385     // We simply collect the garbage
1386     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1387     System.gc();
1388     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1389   }
1390
1391   /*
1392    * (non-Javadoc)
1393    *
1394    * @see
1395    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1396    * )
1397    */
1398   @Override
1399   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1400   {
1401     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1402   }
1403
1404   /*
1405    * (non-Javadoc)
1406    *
1407    * @see
1408    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1409    * )
1410    */
1411   @Override
1412   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1413   {
1414     showConsole(showConsole.isSelected());
1415   }
1416
1417   Console jconsole = null;
1418
1419   /**
1420    * control whether the java console is visible or not
1421    *
1422    * @param selected
1423    */
1424   void showConsole(boolean selected)
1425   {
1426     showConsole.setSelected(selected);
1427     // TODO: decide if we should update properties file
1428     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1429             .toString());
1430     jconsole.setVisible(selected);
1431   }
1432
1433   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1434   {
1435     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1436     if (frames == null || frames.length < 1)
1437     {
1438       return;
1439     }
1440
1441     AlignmentViewport source = null, target = null;
1442     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1443     {
1444       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1445     }
1446     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1447     {
1448       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1449     }
1450     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1451     {
1452       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1453     }
1454     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1455     {
1456       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1457     }
1458
1459     if (source != null)
1460     {
1461       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1462       {
1463         target = null;
1464         if (frames[i] == null)
1465         {
1466           continue;
1467         }
1468         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1469         {
1470           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1471         }
1472         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1473         {
1474           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1475         }
1476         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1477         {
1478           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1479         }
1480         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1481         {
1482           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1483         }
1484
1485         if (source == target)
1486         {
1487           try
1488           {
1489             if (close)
1490             {
1491               frames[i].setClosed(true);
1492             }
1493             else
1494             {
1495               frames[i].setIcon(minimize);
1496               if (!minimize)
1497               {
1498                 frames[i].toFront();
1499               }
1500             }
1501
1502           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1503           {
1504           }
1505         }
1506       }
1507     }
1508   }
1509
1510   /**
1511    * DOCUMENT ME!
1512    *
1513    * @param e
1514    *          DOCUMENT ME!
1515    */
1516   @Override
1517   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1518   {
1519     new Preferences();
1520   }
1521
1522   /**
1523    * DOCUMENT ME!
1524    *
1525    * @param e
1526    *          DOCUMENT ME!
1527    */
1528   @Override
1529   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1530   {
1531     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1532             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
1533             new String[] { "jvp" }, new String[] { "Jalview Project" },
1534             "Jalview Project");
1535
1536     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1537     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1538
1539     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1540
1541     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1542     {
1543       final Desktop me = this;
1544       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1545       setProjectFile(choice);
1546
1547       new Thread(new Runnable()
1548       {
1549         @Override
1550         public void run()
1551         {
1552           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1553           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1554                   "label.saving_jalview_project",
1555                   new Object[] { choice.getName() }), choice.hashCode());
1556           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1557                   choice.getParent());
1558           // TODO catch and handle errors for savestate
1559           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1560           try
1561           {
1562             new Jalview2XML().saveState(choice);
1563           } catch (OutOfMemoryError oom)
1564           {
1565             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1566                     + choice.getName(), oom);
1567           } catch (Exception ex)
1568           {
1569             Cache.log.error(
1570                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1571                     ex);
1572             JOptionPane.showMessageDialog(me, MessageManager.formatMessage(
1573                     "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1574                     new Object[] { choice.getName() }), MessageManager
1575                     .getString("label.couldnt_save_project"),
1576                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1577           }
1578           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1579         }
1580       }).start();
1581     }
1582   }
1583
1584   private void setProjectFile(File choice)
1585   {
1586     this.projectFile = choice;
1587   }
1588
1589   public File getProjectFile()
1590   {
1591     return this.projectFile;
1592   }
1593
1594   /**
1595    * DOCUMENT ME!
1596    *
1597    * @param e
1598    *          DOCUMENT ME!
1599    */
1600   @Override
1601   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1602   {
1603     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1604             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[] {
1605                 "jvp", "jar" }, new String[] { "Jalview Project",
1606                 "Jalview Project (old)" }, "Jalview Project");
1607     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1608     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1609
1610     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1611
1612     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1613     {
1614       final File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1615       setProjectFile(selectedFile);
1616       final String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1617       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1618               selectedFile.getParent());
1619       new Thread(new Runnable()
1620       {
1621         @Override
1622         public void run()
1623         {
1624           setProgressBar(
1625                   MessageManager.formatMessage(
1626                           "label.loading_jalview_project",
1627                           new Object[] { choice }), choice.hashCode());
1628           try
1629           {
1630             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(choice);
1631           } catch (OutOfMemoryError oom)
1632           {
1633             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1634           } catch (Exception ex)
1635           {
1636             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1637                     + choice, ex);
1638             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1639                     .formatMessage(
1640                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1641                             new Object[] { choice }), MessageManager
1642                     .getString("label.couldnt_load_project"),
1643                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1644           }
1645           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1646         }
1647       }).start();
1648     }
1649   }
1650
1651   @Override
1652   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1653   {
1654     new SequenceFetcher(this);
1655   }
1656
1657   JPanel progressPanel;
1658
1659   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1660
1661   public void startLoading(final String fileName)
1662   {
1663     if (fileLoadingCount == 0)
1664     {
1665       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
1666               "label.loading_file", new Object[] { fileName })));
1667     }
1668     fileLoadingCount++;
1669   }
1670
1671   private JPanel addProgressPanel(String string)
1672   {
1673     if (progressPanel == null)
1674     {
1675       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1676       totalProgressCount = 0;
1677       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1678     }
1679     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1680     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1681     progressBar.setIndeterminate(true);
1682
1683     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1684
1685     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1686     progressPanel.add(thisprogress);
1687     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1688             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1689     ++totalProgressCount;
1690     instance.validate();
1691     return thisprogress;
1692   }
1693
1694   int totalProgressCount = 0;
1695
1696   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1697   {
1698     if (progressPanel != null)
1699     {
1700       synchronized (progressPanel)
1701       {
1702         progressPanel.remove(progbar);
1703         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1704         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1705         if (--totalProgressCount < 1)
1706         {
1707           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1708           progressPanel = null;
1709         }
1710       }
1711     }
1712     validate();
1713   }
1714
1715   public void stopLoading()
1716   {
1717     fileLoadingCount--;
1718     if (fileLoadingCount < 1)
1719     {
1720       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1721       {
1722         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1723       }
1724       fileLoadingPanels.clear();
1725       fileLoadingCount = 0;
1726     }
1727     validate();
1728   }
1729
1730   public static int getViewCount(String alignmentId)
1731   {
1732     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1733     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1734   }
1735
1736   /**
1737    *
1738    * @param alignmentId
1739    *          - if null, all sets are returned
1740    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1741    */
1742   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1743   {
1744     if (Desktop.desktop == null)
1745     {
1746       // no frames created and in headless mode
1747       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1748       return null;
1749     }
1750     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<AlignmentPanel>();
1751     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1752     if (frames == null)
1753     {
1754       return null;
1755     }
1756     for (AlignFrame af : frames)
1757     {
1758       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1759       {
1760         if (alignmentId == null
1761                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1762         {
1763           aps.add(ap);
1764         }
1765       }
1766     }
1767     if (aps.size() == 0)
1768     {
1769       return null;
1770     }
1771     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1772     return vap;
1773   }
1774
1775   /**
1776    * get all the viewports on an alignment.
1777    *
1778    * @param sequenceSetId
1779    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1780    *          case)
1781    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1782    */
1783   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1784   {
1785     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<AlignmentViewport>();
1786     if (desktop != null)
1787     {
1788       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1789
1790       for (AlignFrame afr : frames)
1791       {
1792         if (sequenceSetId == null
1793                 || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1794                         .equals(sequenceSetId))
1795         {
1796           if (afr.alignPanels != null)
1797           {
1798             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1799             {
1800               if (sequenceSetId == null
1801                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1802               {
1803                 viewp.add(ap.av);
1804               }
1805             }
1806           }
1807           else
1808           {
1809             viewp.add(afr.getViewport());
1810           }
1811         }
1812       }
1813       if (viewp.size() > 0)
1814       {
1815         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1816       }
1817     }
1818     return null;
1819   }
1820
1821   /**
1822    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1823    *
1824    * @param af
1825    */
1826   public void explodeViews(AlignFrame af)
1827   {
1828     int size = af.alignPanels.size();
1829     if (size < 2)
1830     {
1831       return;
1832     }
1833
1834     for (int i = 0; i < size; i++)
1835     {
1836       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1837       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1838
1839       /*
1840        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
1841        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
1842        * position and size.
1843        */
1844       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
1845       if (geometry != null)
1846       {
1847         newaf.setBounds(geometry);
1848       }
1849
1850       ap.av.setGatherViewsHere(false);
1851
1852       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1853               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1854     }
1855
1856     af.alignPanels.clear();
1857     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1858
1859   }
1860
1861   /**
1862    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
1863    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
1864    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
1865    * views. We take the lot.
1866    *
1867    * @param source
1868    */
1869   public void gatherViews(AlignFrame source)
1870   {
1871     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
1872     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
1873     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1874     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1875
1876     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1877     {
1878       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1879       {
1880         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1881         boolean gatherThis = false;
1882         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1883         {
1884           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
1885           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1886           {
1887             gatherThis = true;
1888             ap.av.setGatherViewsHere(false);
1889             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
1890             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1891           }
1892         }
1893
1894         if (gatherThis)
1895         {
1896           af.alignPanels.clear();
1897           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1898         }
1899       }
1900     }
1901
1902   }
1903
1904   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1905
1906   @Override
1907   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1908   {
1909     if (v_client == null)
1910     {
1911       // Load and try to start a session.
1912       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1913               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1914
1915       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1916       chooser.setDialogTitle(MessageManager
1917               .getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1918       chooser.setToolTipText(MessageManager
1919               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1920
1921       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1922
1923       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1924       {
1925         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1926         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1927         {
1928           JOptionPane
1929                   .showInternalMessageDialog(
1930                           Desktop.desktop,
1931                           MessageManager.formatMessage(
1932                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1933                                   new Object[] { fle }),
1934                           MessageManager
1935                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1936                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1937         }
1938       }
1939     }
1940     else
1941     {
1942       jalview.bin.Cache.log
1943               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1944     }
1945   }
1946
1947   /**
1948    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1949    *
1950    * @param file
1951    * @return true if import was a success and a session was started.
1952    */
1953   public boolean vamsasImport(URL url)
1954   {
1955     // TODO: create progress bar
1956     if (v_client != null)
1957     {
1958
1959       jalview.bin.Cache.log
1960               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1961       return false;
1962     }
1963
1964     try
1965     {
1966       // copy the URL content to a temporary local file
1967       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1968       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1969       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1970       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1971       byte[] buffer = new byte[2048];
1972       int ln;
1973       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1974       {
1975         fos.write(buffer, 0, ln);
1976       }
1977       bis.close();
1978       fos.close();
1979       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1980               url.toExternalForm());
1981     } catch (Exception ex)
1982     {
1983       jalview.bin.Cache.log.error(
1984               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1985                       + url, ex);
1986       return false;
1987     }
1988     setupVamsasConnectedGui();
1989     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1990     return v_client.inSession();
1991   }
1992
1993   /**
1994    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1995    *
1996    * @param file
1997    * @return true if import was a success and a session was started.
1998    */
1999   public boolean vamsasImport(File file)
2000   {
2001     if (v_client != null)
2002     {
2003
2004       jalview.bin.Cache.log
2005               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
2006       return false;
2007     }
2008
2009     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2010             "status.importing_vamsas_session_from",
2011             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2012     try
2013     {
2014       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
2015     } catch (Exception ex)
2016     {
2017       setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2018               "status.importing_vamsas_session_from",
2019               new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2020       jalview.bin.Cache.log.error(
2021               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
2022       return false;
2023     }
2024     setupVamsasConnectedGui();
2025     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2026     setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2027             "status.importing_vamsas_session_from",
2028             new Object[] { file.getName() }), file.hashCode());
2029     return v_client.inSession();
2030   }
2031
2032   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
2033   {
2034     if (v_client != null)
2035     {
2036       throw new Error(
2037               MessageManager
2038                       .getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
2039     }
2040     if (mysesid == null)
2041     {
2042       throw new Error(
2043               MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
2044     }
2045     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
2046     setupVamsasConnectedGui();
2047     v_client.initial_update();
2048     return (v_client.inSession());
2049   }
2050
2051   @Override
2052   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
2053   {
2054     if (v_client == null)
2055     {
2056       // Start a session.
2057       // we just start a default session for moment.
2058       /*
2059        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
2060        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
2061        *
2062        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2063        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
2064        * chooser.setToolTipText("Import");
2065        *
2066        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
2067        *
2068        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
2069        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
2070        */
2071       v_client = new VamsasApplication(this);
2072       setupVamsasConnectedGui();
2073       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
2074     }
2075     else
2076     {
2077       // store current data in session.
2078       v_client.push_update(); // TODO: thread
2079     }
2080   }
2081
2082   protected void setupVamsasConnectedGui()
2083   {
2084     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
2085     vamsasSave.setVisible(true);
2086     vamsasStop.setVisible(true);
2087     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
2088     // not possible for vamsas-client-1.0.
2089   }
2090
2091   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
2092   {
2093     vamsasSave.setVisible(false);
2094     vamsasStop.setVisible(false);
2095     vamsasImport.setVisible(true);
2096     vamsasStart.setText(MessageManager
2097             .getString("label.new_vamsas_session"));
2098   }
2099
2100   @Override
2101   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
2102   {
2103     if (v_client != null)
2104     {
2105       v_client.end_session();
2106       v_client = null;
2107       setupVamsasDisconnectedGui();
2108     }
2109   }
2110
2111   protected void buildVamsasStMenu()
2112   {
2113     if (v_client == null)
2114     {
2115       String[] sess = null;
2116       try
2117       {
2118         sess = VamsasApplication.getSessionList();
2119       } catch (Exception e)
2120       {
2121         jalview.bin.Cache.log.warn(
2122                 "Problem getting current sessions list.", e);
2123         sess = null;
2124       }
2125       if (sess != null)
2126       {
2127         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
2128                 + sess.length + " entries.");
2129         VamsasStMenu.removeAll();
2130         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
2131         {
2132           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
2133           sessit.setText(sess[i]);
2134           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
2135                   "label.connect_to_session", new Object[] { sess[i] }));
2136           final Desktop dsktp = this;
2137           final String mysesid = sess[i];
2138           sessit.addActionListener(new ActionListener()
2139           {
2140
2141             @Override
2142             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2143             {
2144               if (dsktp.v_client == null)
2145               {
2146                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
2147                 {
2148
2149                   @Override
2150                   public void run()
2151                   {
2152                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
2153                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
2154                     dsktp.v_client.initial_update();
2155                   }
2156
2157                 });
2158                 rthr.start();
2159               }
2160             };
2161           });
2162           VamsasStMenu.add(sessit);
2163         }
2164         // don't show an empty menu.
2165         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
2166
2167       }
2168       else
2169       {
2170         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
2171         VamsasStMenu.removeAll();
2172         VamsasStMenu.setVisible(false);
2173       }
2174     }
2175     else
2176     {
2177       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
2178       VamsasStMenu.setVisible(false);
2179     }
2180   }
2181
2182   @Override
2183   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
2184   {
2185     if (v_client != null)
2186     {
2187       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
2188               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
2189               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
2190               new String[] { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
2191
2192       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2193       chooser.setDialogTitle(MessageManager
2194               .getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2195
2196       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2197
2198       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2199       {
2200         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2201         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage(
2202                 "label.saving_vamsas_doc",
2203                 new Object[] { choice.getName() }));
2204         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2205         String warnmsg = null;
2206         String warnttl = null;
2207         try
2208         {
2209           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2210         } catch (Error ex)
2211         {
2212           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2213           warnmsg = ex.toString();
2214           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2215                   + choice, ex);
2216
2217         } catch (Exception ex)
2218         {
2219           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2220           warnmsg = ex.toString();
2221           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2222                   + choice, ex);
2223
2224         }
2225         removeProgressPanel(progpanel);
2226         if (warnmsg != null)
2227         {
2228           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2229
2230           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2231         }
2232       }
2233     }
2234   }
2235
2236   JPanel vamUpdate = null;
2237
2238   /**
2239    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2240    *
2241    * @param b
2242    *          true to hide gui, false to reveal gui
2243    */
2244   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2245   {
2246     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2247             + (b ? "in progress" : "finished"));
2248
2249     if (vamUpdate != null)
2250     {
2251       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2252     }
2253     if (b)
2254     {
2255       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager
2256               .getString("label.updating_vamsas_session"));
2257     }
2258     vamsasStart.setVisible(!b);
2259     vamsasStop.setVisible(!b);
2260     vamsasSave.setVisible(!b);
2261   }
2262
2263   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2264   {
2265     return desktop.getAllFrames();
2266   }
2267
2268   /**
2269    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2270    * should be informed of a new questionnaire.
2271    *
2272    * @param url
2273    */
2274   public void checkForQuestionnaire(String url)
2275   {
2276     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2277     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2278     new Thread(jvq).start();
2279   }
2280
2281   /**
2282    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2283    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2284    * low.
2285    *
2286    * @author AMW
2287    */
2288   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2289   {
2290
2291     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2292
2293     boolean showMemoryUsage = false;
2294
2295     Runtime runtime;
2296
2297     java.text.NumberFormat df;
2298
2299     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2300             percentUsage;
2301
2302     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2303     {
2304       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2305     }
2306
2307     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2308     {
2309       this.showMemoryUsage = showMemory;
2310       if (showMemory)
2311       {
2312         Thread worker = new Thread(this);
2313         worker.start();
2314       }
2315     }
2316
2317     public boolean isShowMemoryUsage()
2318     {
2319       return showMemoryUsage;
2320     }
2321
2322     @Override
2323     public void run()
2324     {
2325       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2326       df.setMaximumFractionDigits(2);
2327       runtime = Runtime.getRuntime();
2328
2329       while (showMemoryUsage)
2330       {
2331         try
2332         {
2333           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2334           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2335           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2336           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2337
2338           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2339
2340           // if (percentUsage < 20)
2341           {
2342             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2343             // Color.red);
2344             // instance.set.setBorder(border1);
2345           }
2346           repaint();
2347           // sleep after showing usage
2348           Thread.sleep(3000);
2349         } catch (Exception ex)
2350         {
2351           ex.printStackTrace();
2352         }
2353       }
2354     }
2355
2356     @Override
2357     public void paintComponent(Graphics g)
2358     {
2359       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2360       {
2361         if (percentUsage < 20)
2362         {
2363           g.setColor(Color.red);
2364         }
2365         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2366         if (fm != null)
2367         {
2368           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2369                   "label.memory_stats",
2370                   new Object[] { df.format(totalFreeMemory),
2371                       df.format(maxMemory), df.format(percentUsage) }), 10,
2372                   getHeight() - fm.getHeight());
2373         }
2374       }
2375     }
2376   }
2377
2378   /**
2379    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2380    * on top actually are
2381    */
2382   public void relayerWindows()
2383   {
2384
2385   }
2386
2387   protected JMenuItem groovyShell;
2388
2389   /**
2390    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2391    *
2392    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2393    */
2394   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2395   {
2396     if (Jalview.isHeadlessMode())
2397     {
2398       // Desktop.desktop is null in headless mode
2399       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2400     }
2401
2402     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2403
2404     if (frames == null)
2405     {
2406       return null;
2407     }
2408     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<AlignFrame>();
2409     // REVERSE ORDER
2410     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2411     {
2412       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2413       {
2414         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2415       }
2416       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2417       {
2418         /*
2419          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2420          */
2421         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2422         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2423         {
2424           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2425         }
2426         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2427         {
2428           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2429         }
2430       }
2431     }
2432     if (avp.size() == 0)
2433     {
2434       return null;
2435     }
2436     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2437     return afs;
2438   }
2439
2440   /**
2441    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2442    *
2443    * @return
2444    */
2445   public GStructureViewer[] getJmols()
2446   {
2447     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2448
2449     if (frames == null)
2450     {
2451       return null;
2452     }
2453     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<GStructureViewer>();
2454     // REVERSE ORDER
2455     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2456     {
2457       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2458       {
2459         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2460         avp.add(af);
2461       }
2462     }
2463     if (avp.size() == 0)
2464     {
2465       return null;
2466     }
2467     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2468     return afs;
2469   }
2470
2471   /**
2472    * Add Groovy Support to Jalview
2473    */
2474   public void groovyShell_actionPerformed()
2475   {
2476     try
2477     {
2478       openGroovyConsole();
2479     } catch (Exception ex)
2480     {
2481       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2482       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2483
2484       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2485               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2486               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2487     }
2488   }
2489
2490   /**
2491    * Open the Groovy console
2492    */
2493   void openGroovyConsole()
2494   {
2495     if (groovyConsole == null)
2496     {
2497       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2498       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2499       groovyConsole.run();
2500
2501       /*
2502        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2503        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2504        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2505        * opened, and the reverse when it is closed
2506        */
2507       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2508       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2509       {
2510         @Override
2511         public void windowClosed(WindowEvent e)
2512         {
2513           /*
2514            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2515            */
2516           addQuitHandler();
2517           enableExecuteGroovy(false);
2518         }
2519       });
2520     }
2521
2522     /*
2523      * show Groovy console window (after close and reopen)
2524      */
2525     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2526
2527     /*
2528      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2529      * and disable opening a second console
2530      */
2531     enableExecuteGroovy(true);
2532   }
2533
2534   /**
2535    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2536    * binding when opened
2537    */
2538   protected void addQuitHandler()
2539   {
2540     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2541             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q, Toolkit
2542                     .getDefaultToolkit().getMenuShortcutKeyMask()),
2543             "Quit");
2544     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2545     {
2546       @Override
2547       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2548       {
2549         quit();
2550       }
2551     });
2552   }
2553
2554   /**
2555    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2556    *
2557    * @param enabled
2558    *          true if Groovy console is open
2559    */
2560   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2561   {
2562     /*
2563      * disable opening a second Groovy console
2564      * (or re-enable when the console is closed)
2565      */
2566     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2567
2568     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2569     if (alignFrames != null)
2570     {
2571       for (AlignFrame af : alignFrames)
2572       {
2573         af.setGroovyEnabled(enabled);
2574       }
2575     }
2576   }
2577
2578   /**
2579    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2580    */
2581   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2582
2583   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2584
2585   /*
2586    * (non-Javadoc)
2587    *
2588    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2589    */
2590   @Override
2591   public void setProgressBar(String message, long id)
2592   {
2593     if (progressBars == null)
2594     {
2595       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2596       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2597     }
2598
2599     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2600     {
2601       JPanel panel = progressBars.remove(new Long(id));
2602       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2603       {
2604         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2605       }
2606       removeProgressPanel(panel);
2607     }
2608     else
2609     {
2610       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2611     }
2612   }
2613
2614   /*
2615    * (non-Javadoc)
2616    *
2617    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2618    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2619    */
2620   @Override
2621   public void registerHandler(final long id,
2622           final IProgressIndicatorHandler handler)
2623   {
2624     if (progressBarHandlers == null
2625             || !progressBars.containsKey(new Long(id)))
2626     {
2627       throw new Error(
2628               MessageManager
2629                       .getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2630     }
2631     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2632     final JPanel progressPanel = progressBars.get(new Long(id));
2633     if (handler.canCancel())
2634     {
2635       JButton cancel = new JButton(
2636               MessageManager.getString("action.cancel"));
2637       final IProgressIndicator us = this;
2638       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2639       {
2640
2641         @Override
2642         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2643         {
2644           handler.cancelActivity(id);
2645           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2646                   "label.cancelled_params",
2647                   new Object[] { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0))
2648                           .getText() }), id);
2649         }
2650       });
2651       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2652     }
2653   }
2654
2655   /**
2656    *
2657    * @return true if any progress bars are still active
2658    */
2659   @Override
2660   public boolean operationInProgress()
2661   {
2662     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2663     {
2664       return true;
2665     }
2666     return false;
2667   }
2668
2669   /**
2670    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2671    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2672    * av.
2673    *
2674    * @param viewport
2675    * @return alignFrame for viewport
2676    */
2677   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2678   {
2679     if (desktop != null)
2680     {
2681       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(viewport.getSequenceSetId());
2682       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2683       {
2684         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2685         {
2686           return aps[panel].alignFrame;
2687         }
2688       }
2689     }
2690     return null;
2691   }
2692
2693   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2694   {
2695     return v_client;
2696
2697   }
2698
2699   /**
2700    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2701    */
2702   private boolean inBatchMode = false;
2703
2704   /**
2705    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2706    *
2707    * @return inBatchMode
2708    */
2709   public boolean isInBatchMode()
2710   {
2711     return inBatchMode;
2712   }
2713
2714   /**
2715    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2716    *
2717    * @param inBatchMode
2718    */
2719   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2720   {
2721     this.inBatchMode = inBatchMode;
2722   }
2723
2724   public void startServiceDiscovery()
2725   {
2726     startServiceDiscovery(false);
2727   }
2728
2729   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2730   {
2731     boolean alive = true;
2732     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2733     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2734     if (true)
2735     {
2736       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2737       if (discoverer == null)
2738       {
2739         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2740         // register PCS handler for desktop.
2741         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2742       }
2743       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2744       // until we phase out completely
2745       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2746     }
2747
2748     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2749     {
2750       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2751       {
2752         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2753       }
2754       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2755               changeSupport);
2756
2757     }
2758     Thread t3 = null;
2759     {
2760       // TODO: do rest service discovery
2761     }
2762     if (blocking)
2763     {
2764       while (alive)
2765       {
2766         try
2767         {
2768           Thread.sleep(15);
2769         } catch (Exception e)
2770         {
2771         }
2772         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2773                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2774                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2775                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2776       }
2777     }
2778   }
2779
2780   /**
2781    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2782    *
2783    * @param evt
2784    */
2785   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2786   {
2787     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2788     {
2789       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2790               .getErrorMessages();
2791       if (ermsg != null)
2792       {
2793         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2794         {
2795           if (serviceChangedDialog == null)
2796           {
2797             // only run if we aren't already displaying one of these.
2798             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2799             {
2800               @Override
2801               public void run()
2802               {
2803
2804                 /*
2805                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2806                  *
2807                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2808                  * Auto-generated method stub
2809                  *
2810                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2811                  * Auto-generated method stub
2812                  *
2813                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2814                  * Auto-generated method stub
2815                  *
2816                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2817                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2818                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2819                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2820                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2821                  * +
2822                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2823                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2824                  * 400);
2825                  *
2826                  * jd.waitForInput();
2827                  */
2828                 JOptionPane
2829                         .showConfirmDialog(
2830                                 Desktop.desktop,
2831                                 new JLabel(
2832                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2833                                                 + ermsg
2834                                                 + "</td></tr></table>"
2835                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2836                                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2837                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2838                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2839                                 "Web Service Configuration Problem",
2840                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2841                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2842                 serviceChangedDialog = null;
2843
2844               }
2845             });
2846           }
2847         }
2848         else
2849         {
2850           Cache.log
2851                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2852                           + ermsg);
2853         }
2854       }
2855     }
2856   }
2857
2858   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2859
2860   /**
2861    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2862    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2863    * to open the URL.
2864    *
2865    * @param url
2866    */
2867   public static void showUrl(final String url)
2868   {
2869     showUrl(url, Desktop.instance);
2870   }
2871
2872   /**
2873    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2874    *
2875    * @param url
2876    * @param progress
2877    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2878    */
2879   public static void showUrl(final String url,
2880           final IProgressIndicator progress)
2881   {
2882     new Thread(new Runnable()
2883     {
2884       @Override
2885       public void run()
2886       {
2887         try
2888         {
2889           if (progress != null)
2890           {
2891             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
2892                     "status.opening_params", new Object[] { url }), this
2893                     .hashCode());
2894           }
2895           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2896         } catch (Exception ex)
2897         {
2898           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2899                   MessageManager
2900                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2901                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2902                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2903
2904           ex.printStackTrace();
2905         }
2906         if (progress != null)
2907         {
2908           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2909         }
2910       }
2911     }).start();
2912   }
2913
2914   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2915
2916   public static ParamManager getUserParameterStore()
2917   {
2918     if (wsparamManager == null)
2919     {
2920       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2921     }
2922     return wsparamManager;
2923   }
2924
2925   /**
2926    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2927    *
2928    * @param e
2929    */
2930   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2931   {
2932     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2933     {
2934       String url = null;
2935       try
2936       {
2937         url = e.getURL().toString();
2938         Desktop.showUrl(url);
2939       } catch (Exception x)
2940       {
2941         if (url != null)
2942         {
2943           if (Cache.log != null)
2944           {
2945             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2946           }
2947           else
2948           {
2949             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2950                     + " as a URL.");
2951           }
2952         }
2953         // ignore any exceptions due to dud links.
2954       }
2955
2956     }
2957   }
2958
2959   /**
2960    * single thread that handles display of dialogs to user.
2961    */
2962   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2963
2964   /**
2965    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2966    */
2967   private volatile boolean dialogPause = true;
2968
2969   /**
2970    * pause the queue
2971    */
2972   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2973
2974   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2975
2976   /**
2977    * add another dialog thread to the queue
2978    *
2979    * @param prompter
2980    */
2981   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2982   {
2983     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2984     {
2985       @Override
2986       public void run()
2987       {
2988         if (dialogPause)
2989         {
2990           try
2991           {
2992             block.acquire();
2993           } catch (InterruptedException x)
2994           {
2995           }
2996           ;
2997         }
2998         if (instance == null)
2999         {
3000           return;
3001         }
3002         try
3003         {
3004           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3005         } catch (Exception q)
3006         {
3007           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
3008         }
3009       }
3010     });
3011   }
3012
3013   public void startDialogQueue()
3014   {
3015     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3016     // the current task to begin
3017     dialogPause = false;
3018     block.release();
3019   }
3020
3021   @Override
3022   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3023   {
3024     invalidate();
3025     File of;
3026     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.TYPE.EPS,
3027             "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of = new File(
3028                     "Jalview_snapshot" + System.currentTimeMillis()
3029                             + ".eps"), "View of desktop", null, 0, false);
3030     try
3031     {
3032       paintAll(im.getGraphics());
3033       im.writeImage();
3034     } catch (Exception q)
3035     {
3036       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to " + of.getAbsolutePath(),
3037               q);
3038       return;
3039     }
3040     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
3041             + of.getAbsolutePath());
3042   }
3043
3044   /**
3045    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3046    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3047    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3048    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3049    * 'exploding' frame.
3050    *
3051    * @param sf
3052    */
3053   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3054   {
3055     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3056     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3057     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3058             .getAlignPanels();
3059     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3060             .getAlignPanels();
3061     int viewCount = topPanels.size();
3062     if (viewCount < 2)
3063     {
3064       return;
3065     }
3066
3067     /*
3068      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
3069      * not visible. I don't know why!
3070      */
3071     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3072     {
3073       /*
3074        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
3075        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
3076        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
3077        * new split frames.
3078        *
3079        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3080        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3081        */
3082       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3083       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3084       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3085       newTopFrame.setVisible(true);
3086       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3087               .getExplodedGeometry();
3088       if (geometry != null)
3089       {
3090         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3091       }
3092
3093       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3094       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3095       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3096       newBottomFrame.setVisible(true);
3097       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3098               .getExplodedGeometry();
3099       if (geometry != null)
3100       {
3101         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3102       }
3103
3104       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3105       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3106       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3107               newBottomFrame);
3108       if (geometry != null)
3109       {
3110         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3111       }
3112       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3113     }
3114
3115     /*
3116      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3117      * before closing the old SplitFrame.
3118      */
3119     topPanels.clear();
3120     bottomPanels.clear();
3121     sf.close();
3122   }
3123
3124   /**
3125    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3126    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3127    * frames may themselves have multiple views.
3128    *
3129    * @param source
3130    */
3131   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3132   {
3133     /*
3134      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3135      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3136      * height) of the AlignFrame component
3137      */
3138     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3139     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3140     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3141             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3142     myBottomFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3143             source.getY(), myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame
3144                     .getHeight()));
3145     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3146     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3147     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3148     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3149
3150     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3151     for (JInternalFrame frame : frames)
3152     {
3153       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3154       {
3155         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3156         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3157         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3158         boolean gatherThis = false;
3159         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3160         {
3161           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3162           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3163           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3164                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3165           {
3166             gatherThis = true;
3167             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3168             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3169             topPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf.getLocation(),
3170                     topFrame.getSize()));
3171             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(new Rectangle(sf
3172                     .getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3173             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3174             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3175           }
3176         }
3177
3178         if (gatherThis)
3179         {
3180           topFrame.getAlignPanels().clear();
3181           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3182           sf.close();
3183         }
3184       }
3185     }
3186
3187     /*
3188      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3189      */
3190     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3191   }
3192
3193   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3194   {
3195     return groovyConsole;
3196   }
3197
3198   public static void transferFromDropTarget(List<String> files,
3199           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3200           Transferable t)
3201           throws Exception
3202   {
3203
3204     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3205             "text/uri-list;class=java.lang.String");
3206     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3207     {
3208       // Works on Windows and MacOSX
3209       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3210       evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3211       for (Object file : (List) t
3212               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3213       {
3214         files.add(((File)file).toString());
3215         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3216       }
3217     }
3218     else
3219     {
3220       // Unix like behaviour
3221       boolean added = false;
3222       String data = null;
3223       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3224       {
3225         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3226         // This is used by Unix drag system
3227         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3228         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3229       }
3230       if (data == null)
3231       {
3232         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3233         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3234         // try text fallback
3235         data = (String) t.getTransferData(new DataFlavor(
3236                 "text/plain;class=java.lang.String"));
3237         if (Cache.log.isDebugEnabled())
3238         {
3239           Cache.log.debug("fallback returned " + data);
3240         }
3241       }
3242       while (protocols.size() < files.size())
3243       {
3244         Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3245                 + files.get(protocols.size()));
3246         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3247       }
3248       for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3249               data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3250       {
3251         added = true;
3252         String s = st.nextToken();
3253         if (s.startsWith("#"))
3254         {
3255           // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3256           continue;
3257         }
3258         java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3259         if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3260         {
3261           protocols.add(DataSourceType.URL);
3262           files.add(uri.toString());
3263         }
3264         else
3265         {
3266           // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3267           java.io.File file = new java.io.File(uri);
3268           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3269           files.add(file.toString());
3270         }
3271       }
3272       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3273       {
3274         if (data == null || !added)
3275         {
3276           Cache.log
3277                   .debug("Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3278           for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3279           {
3280             Cache.log.debug("Supported transfer dataflavor: "
3281                     + fl.toString());
3282             evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3283             Object df = t.getTransferData(fl);
3284             if (df != null)
3285             {
3286               Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3287             }
3288             else
3289             {
3290               Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3291             }
3292           }
3293         }
3294       }
3295     }
3296   }
3297 }