src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.io.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.datatransfer.*;\r
  25 import java.awt.dnd.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop\r
  38     implements DropTargetListener\r
  39 {\r
  40     /** DOCUMENT ME!! */\r
  41     public static JDesktopPane desktop;\r
  42     static int openFrameCount = 0;\r
  43     static final int xOffset = 30;\r
  44     static final int yOffset = 30;\r
  45 \r
  46     /**\r
  47      * Creates a new Desktop object.\r
  48      */\r
  49     public Desktop()\r
  50     {\r
  51         Image image = null;\r
  52 \r
  53         try\r
  54         {\r
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");\r
  56 \r
  57             if (url != null)\r
  58             {\r
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);\r
  60 \r
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);\r
  62                 mt.addImage(image, 0);\r
  63                 mt.waitForID(0);\r
  64                 setIconImage(image);\r
  65             }\r
  66         }\r
  67         catch (Exception ex)\r
  68         {\r
  69         }\r
  70 \r
  71         setTitle("Jalview 2005");\r
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);\r
  73         desktop = new JDesktopPane();\r
  74         desktop.setBackground(Color.white);\r
  75         setContentPane(desktop);\r
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);\r
  77 \r
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum\r
  79         // if previous window was maximised\r
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());\r
  81 \r
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();\r
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");\r
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");\r
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");\r
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");\r
  87 \r
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))\r
  89         {\r
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),\r
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));\r
  92         }\r
  93         else\r
  94         {\r
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,\r
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);\r
  97         }\r
  98 \r
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
 100             {\r
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
 102                 {\r
 103                     quit();\r
 104                 }\r
 105             });\r
 106 \r
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));\r
 108 \r
 109         /////////Add a splashscreen on startup\r
 110         /////////Add a splashscreen on startup\r
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();\r
 112 \r
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);\r
 114         frame.setContentPane(splash);\r
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
 116         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);\r
 117         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),\r
 118             (int) ((getHeight() - 160) / 2));\r
 119     }\r
 120 \r
 121     /**\r
 122      * DOCUMENT ME!\r
 123      *\r
 124      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 125      * @param title DOCUMENT ME!\r
 126      * @param w DOCUMENT ME!\r
 127      * @param h DOCUMENT ME!\r
 128      */\r
 129     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 130         String title, int w, int h)\r
 131     {\r
 132         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);\r
 133     }\r
 134 \r
 135     /**\r
 136      * DOCUMENT ME!\r
 137      *\r
 138      * @param frame DOCUMENT ME!\r
 139      * @param title DOCUMENT ME!\r
 140      * @param w DOCUMENT ME!\r
 141      * @param h DOCUMENT ME!\r
 142      * @param resizable DOCUMENT ME!\r
 143      */\r
 144     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,\r
 145         String title, int w, int h, boolean resizable)\r
 146     {\r
 147 \r
 148       frame.setTitle(title);\r
 149       frame.setSize(w, h);\r
 150 \r
 151       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN\r
 152       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN\r
 153       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS\r
 154       /////////////////////////////////////////////////\r
 155       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null\r
 156           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))\r
 157       {\r
 158         return;\r
 159       }\r
 160 \r
 161 \r
 162         desktop.add(frame);\r
 163         openFrameCount++;\r
 164 \r
 165         try\r
 166         {\r
 167             frame.setSelected(true);\r
 168         }\r
 169         catch (java.beans.PropertyVetoException e)\r
 170         {\r
 171         }\r
 172 \r
 173         frame.setClosable(true);\r
 174         frame.setResizable(resizable);\r
 175         frame.setMaximizable(resizable);\r
 176         frame.setIconifiable(resizable);\r
 177         frame.setFrameIcon(null);\r
 178         frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * openFrameCount);\r
 179         frame.toFront();\r
 180 \r
 181         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);\r
 182         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()\r
 183             {\r
 184                 public void internalFrameClosed(\r
 185                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)\r
 186                 {\r
 187                     openFrameCount--;\r
 188                     windowMenu.remove(menuItem);\r
 189                 }\r
 190                 ;\r
 191             });\r
 192 \r
 193         menuItem.addActionListener(new ActionListener()\r
 194             {\r
 195                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 196                 {\r
 197                     try\r
 198                     {\r
 199                         frame.setSelected(true);\r
 200                         frame.setIcon(false);\r
 201                     }\r
 202                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)\r
 203                     {\r
 204                     }\r
 205 \r
 206                     ;\r
 207                 }\r
 208             });\r
 209 \r
 210         frame.setVisible(true);\r
 211         windowMenu.add(menuItem);\r
 212     }\r
 213 \r
 214     /**\r
 215      * DOCUMENT ME!\r
 216      *\r
 217      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 218      */\r
 219     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)\r
 220     {\r
 221     }\r
 222 \r
 223     /**\r
 224      * DOCUMENT ME!\r
 225      *\r
 226      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 227      */\r
 228     public void dragExit(DropTargetEvent evt)\r
 229     {\r
 230     }\r
 231 \r
 232     /**\r
 233      * DOCUMENT ME!\r
 234      *\r
 235      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 236      */\r
 237     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)\r
 238     {\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * DOCUMENT ME!\r
 243      *\r
 244      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 245      */\r
 246     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)\r
 247     {\r
 248     }\r
 249 \r
 250     /**\r
 251      * DOCUMENT ME!\r
 252      *\r
 253      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 254      */\r
 255     public void drop(DropTargetDropEvent evt)\r
 256     {\r
 257         Transferable t = evt.getTransferable();\r
 258 \r
 259         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))\r
 260         {\r
 261             return;\r
 262         }\r
 263 \r
 264         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);\r
 265 \r
 266         try\r
 267         {\r
 268             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);\r
 269 \r
 270             for (int i = 0; i < files.size(); i++)\r
 271             {\r
 272                 String file = files.get(i).toString();\r
 273                 String protocol = "File";\r
 274                 String format = null;\r
 275 \r
 276                 if (file.endsWith(".jar"))\r
 277                 {\r
 278                   format = "Jalview";\r
 279 \r
 280                 }\r
 281                 else\r
 282                 {\r
 283                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,\r
 284                             protocol);\r
 285                 }\r
 286                 LoadFile(file, protocol, format);\r
 287             }\r
 288         }\r
 289         catch (Exception ex)\r
 290         {\r
 291             ex.printStackTrace();\r
 292         }\r
 293     }\r
 294 \r
 295     /**\r
 296      * DOCUMENT ME!\r
 297      *\r
 298      * @param e DOCUMENT ME!\r
 299      */\r
 300     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 301     {\r
 302         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 303                     "LAST_DIRECTORY"),\r
 304                 new String[]\r
 305                 {\r
 306                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",\r
 307                     "jar"\r
 308                 },\r
 309                 new String[]\r
 310                 {\r
 311                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"\r
 312                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));\r
 313 \r
 314         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 315         chooser.setDialogTitle("Open local file");\r
 316         chooser.setToolTipText("Open");\r
 317 \r
 318         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 319 \r
 320         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 321         {\r
 322             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();\r
 323             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 324                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 325 \r
 326             String format = null;\r
 327             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))\r
 328             {\r
 329               format = "Jalview";\r
 330             }\r
 331             else\r
 332             {\r
 333                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");\r
 334             }\r
 335 \r
 336             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);\r
 337             LoadFile(choice, "File", format);\r
 338         }\r
 339     }\r
 340 \r
 341     /**\r
 342      * DOCUMENT ME!\r
 343      *\r
 344      * @param file DOCUMENT ME!\r
 345      * @param protocol DOCUMENT ME!\r
 346      * @param format DOCUMENT ME!\r
 347      */\r
 348     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)\r
 349     {\r
 350       FileLoader fileLoader = new FileLoader();\r
 351       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param e DOCUMENT ME!\r
 358      */\r
 359     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 360     {\r
 361         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 362                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",\r
 363                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")\r
 364                                 .toString();\r
 365 \r
 366         if (url == null)\r
 367         {\r
 368             return;\r
 369         }\r
 370 \r
 371         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))\r
 372         {\r
 373                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");\r
 374                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);\r
 375         }\r
 376         else\r
 377         {\r
 378 \r
 379           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");\r
 380 \r
 381           if (format.equals("URL NOT FOUND"))\r
 382           {\r
 383             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 384                                                   "Couldn't locate " + url,\r
 385                                                   "URL not found",\r
 386                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 387 \r
 388             return;\r
 389           }\r
 390 \r
 391           LoadFile(url, "URL", format);\r
 392         }\r
 393     }\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      * DOCUMENT ME!\r
 397      *\r
 398      * @param e DOCUMENT ME!\r
 399      */\r
 400     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 401     {\r
 402         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();\r
 403         cap.setForInput();\r
 404         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);\r
 405     }\r
 406 \r
 407     /*\r
 408      * Exit the program\r
 409      */\r
 410     public void quit()\r
 411     {\r
 412         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");\r
 413         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");\r
 414         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");\r
 415         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");\r
 416         System.exit(0);\r
 417     }\r
 418 \r
 419     /**\r
 420      * DOCUMENT ME!\r
 421      *\r
 422      * @param e DOCUMENT ME!\r
 423      */\r
 424     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 425     {\r
 426       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +\r
 427                                               jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 428           "VERSION") +\r
 429                                               "; last updated: " +\r
 430                                               jalview.bin.\r
 431                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));\r
 432 \r
 433       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(\r
 434           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))\r
 435       {\r
 436         message.append("\n\n!! Jalview version "\r
 437                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")\r
 438                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");\r
 439 \r
 440       }\r
 441 \r
 442       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +\r
 443             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +\r
 444             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +\r
 445             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +\r
 446             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +\r
 447             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");\r
 448 \r
 449         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 450 \r
 451            message.toString(), "About Jalview",\r
 452             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 453     }\r
 454 \r
 455     /**\r
 456      * DOCUMENT ME!\r
 457      *\r
 458      * @param e DOCUMENT ME!\r
 459      */\r
 460     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 461     {\r
 462         try\r
 463         {\r
 464             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();\r
 465             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");\r
 466             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);\r
 467 \r
 468             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();\r
 469             hb.setLocation(new Point(200, 50));\r
 470             hb.setSize(new Dimension(800, 700));\r
 471             hb.setCurrentID("home");\r
 472             hb.setDisplayed(true);\r
 473         }\r
 474         catch (Exception ex)\r
 475         {\r
 476             ex.printStackTrace();\r
 477         }\r
 478     }\r
 479 \r
 480     /**\r
 481      * DOCUMENT ME!\r
 482      *\r
 483      * @param e DOCUMENT ME!\r
 484      */\r
 485     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 486     {\r
 487         new Preferences();\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * DOCUMENT ME!\r
 492      *\r
 493      * @param e DOCUMENT ME!\r
 494      */\r
 495     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 496     {\r
 497         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 498                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 499                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 500 \r
 501         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 502         chooser.setDialogTitle("Save State");\r
 503 \r
 504         int value = chooser.showSaveDialog(this);\r
 505 \r
 506         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 507         {\r
 508             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();\r
 509             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());\r
 510             Jalview2XML.SaveState(choice);\r
 511         }\r
 512     }\r
 513 \r
 514     /**\r
 515      * DOCUMENT ME!\r
 516      *\r
 517      * @param e DOCUMENT ME!\r
 518      */\r
 519     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 520     {\r
 521         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(\r
 522                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },\r
 523                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");\r
 524         chooser.setFileView(new JalviewFileView());\r
 525         chooser.setDialogTitle("Restore state");\r
 526 \r
 527         int value = chooser.showOpenDialog(this);\r
 528 \r
 529         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)\r
 530         {\r
 531             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();\r
 532             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",\r
 533                 chooser.getSelectedFile().getParent());\r
 534             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);\r
 535         }\r
 536     }\r
 537 \r
 538 }\r