src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.Graphics2D;
  29 import java.awt.GridLayout;
  30 import java.awt.Point;
  31 import java.awt.Rectangle;
  32 import java.awt.Toolkit;
  33 import java.awt.Window;
  34 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  35 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  36 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  37 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  38 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  39 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  40 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  41 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  42 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  43 import java.awt.event.ActionEvent;
  44 import java.awt.event.ActionListener;
  45 import java.awt.event.InputEvent;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseAdapter;
  48 import java.awt.event.MouseEvent;
  49 import java.awt.event.WindowAdapter;
  50 import java.awt.event.WindowEvent;
  51 import java.awt.geom.AffineTransform;
  52 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  53 import java.beans.PropertyChangeListener;
  54 import java.io.File;
  55 import java.io.FileWriter;
  56 import java.io.IOException;
  57 import java.lang.reflect.Field;
  58 import java.net.URL;
  59 import java.util.ArrayList;
  60 import java.util.Arrays;
  61 import java.util.HashMap;
  62 import java.util.Hashtable;
  63 import java.util.List;
  64 import java.util.ListIterator;
  65 import java.util.Locale;
  66 import java.util.Vector;
  67 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  68 import java.util.concurrent.Executors;
  69 import java.util.concurrent.Semaphore;
  70
  71 import javax.swing.AbstractAction;
  72 import javax.swing.Action;
  73 import javax.swing.ActionMap;
  74 import javax.swing.Box;
  75 import javax.swing.BoxLayout;
  76 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  77 import javax.swing.DesktopManager;
  78 import javax.swing.InputMap;
  79 import javax.swing.JButton;
  80 import javax.swing.JCheckBox;
  81 import javax.swing.JComboBox;
  82 import javax.swing.JComponent;
  83 import javax.swing.JDesktopPane;
  84 import javax.swing.JFrame;
  85 import javax.swing.JInternalFrame;
  86 import javax.swing.JLabel;
  87 import javax.swing.JMenuItem;
  88 import javax.swing.JPanel;
  89 import javax.swing.JPopupMenu;
  90 import javax.swing.JProgressBar;
  91 import javax.swing.JTextField;
  92 import javax.swing.KeyStroke;
  93 import javax.swing.SwingUtilities;
  94 import javax.swing.WindowConstants;
  95 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  96 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  97 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  98 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  99
 100 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
 101
 102 import jalview.api.AlignViewportI;
 103 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
 104 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
 105 import jalview.bin.Cache;
 106 import jalview.bin.Jalview;
 107 import jalview.datamodel.Alignment;
 108 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
 109 import jalview.datamodel.Sequence;
 110 import jalview.datamodel.SequenceI;
 111 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
 112 import jalview.gui.QuitHandler.QResponse;
 113 import jalview.io.BackupFiles;
 114 import jalview.io.DataSourceType;
 115 import jalview.io.FileFormat;
 116 import jalview.io.FileFormatException;
 117 import jalview.io.FileFormatI;
 118 import jalview.io.FileFormats;
 119 import jalview.io.FileLoader;
 120 import jalview.io.FormatAdapter;
 121 import jalview.io.IdentifyFile;
 122 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 123 import jalview.io.JalviewFileView;
 124 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
 125 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
 126 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
 127 import jalview.project.Jalview2XML;
 128 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 129 import jalview.urls.IdOrgSettings;
 130 import jalview.util.BrowserLauncher;
 131 import jalview.util.ChannelProperties;
 132 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 133 import jalview.util.LaunchUtils;
 134 import jalview.util.MessageManager;
 135 import jalview.util.Platform;
 136 import jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper;
 137 import jalview.util.UrlConstants;
 138 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 139 import jalview.ws.params.ParamManager;
 140 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
 141
 142 /**
 143  * Jalview Desktop
 144  *
 145  *
 146  * @author $author$
 147  * @version $Revision: 1.155 $
 148  */
 149 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 150         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 151         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 152 {
 153   private static final String CITATION;
 154   static
 155   {
 156     URL bg_logo_url = ChannelProperties.getImageURL(
 157             "bg_logo." + String.valueOf(SplashScreen.logoSize));
 158     URL uod_logo_url = ChannelProperties.getImageURL(
 159             "uod_banner." + String.valueOf(SplashScreen.logoSize));
 160     boolean logo = (bg_logo_url != null || uod_logo_url != null);
 161     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 162     sb.append(
 163             "<br><br>Jalview is free software released under GPLv3.<br><br>Development is managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.");
 164     if (logo)
 165     {
 166       sb.append("<br>");
 167     }
 168     sb.append(bg_logo_url == null ? ""
 169             : "<img alt=\"Barton Group logo\" src=\""
 170                     + bg_logo_url.toString() + "\">");
 171     sb.append(uod_logo_url == null ? ""
 172             : "&nbsp;<img alt=\"University of Dundee shield\" src=\""
 173                     + uod_logo_url.toString() + "\">");
 174     sb.append(
 175             "<br><br>For help, see <a href=\"https://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and join <a href=\"https://discourse.jalview.org\">discourse.jalview.org</a>");
 176     sb.append("<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
 177             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
 178             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 179             + "<br>Bioinformatics <a href=\"https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btp033\">doi: 10.1093/bioinformatics/btp033</a>");
 180     CITATION = sb.toString();
 181   }
 182
 183   private static final String DEFAULT_AUTHORS = "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)";
 184
 185   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 186
 187   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 188
 189   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 190
 191   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 192
 193   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 194
 195   public static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 196
 197   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<String, FileWriter>();
 198
 199   private static int DRAG_MODE = JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE;
 200
 201   public static void setLiveDragMode(boolean b)
 202   {
 203     DRAG_MODE = b ? JDesktopPane.LIVE_DRAG_MODE
 204             : JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE;
 205     if (desktop != null)
 206       desktop.setDragMode(DRAG_MODE);
 207   }
 208
 209   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 210
 211   public static boolean nosplash = false;
 212
 213   /**
 214    * news reader - null if it was never started.
 215    */
 216   private BlogReader jvnews = null;
 217
 218   private File projectFile;
 219
 220   /**
 221    * @param listener
 222    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 223    */
 224   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 225           PropertyChangeListener listener)
 226   {
 227     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 228   }
 229
 230   /**
 231    * @param propertyName
 232    * @param listener
 233    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 234    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 235    */
 236   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 237           PropertyChangeListener listener)
 238   {
 239     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 240   }
 241
 242   /**
 243    * @param propertyName
 244    * @param listener
 245    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 246    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 247    */
 248   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 249           PropertyChangeListener listener)
 250   {
 251     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 252             listener);
 253   }
 254
 255   /** Singleton Desktop instance */
 256   public static Desktop instance;
 257
 258   public static MyDesktopPane desktop;
 259
 260   public static MyDesktopPane getDesktop()
 261   {
 262     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 263     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 264     return desktop;
 265   }
 266
 267   static int openFrameCount = 0;
 268
 269   static final int xOffset = 30;
 270
 271   static final int yOffset = 30;
 272
 273   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 274
 275   public static Object[] jalviewClipboard;
 276
 277   public static boolean internalCopy = false;
 278
 279   static int fileLoadingCount = 0;
 280
 281   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 282   {
 283
 284     private DesktopManager delegate;
 285
 286     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 287     {
 288       this.delegate = delegate;
 289     }
 290
 291     @Override
 292     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 293     {
 294       try
 295       {
 296         delegate.activateFrame(f);
 297       } catch (NullPointerException npe)
 298       {
 299         Point p = getMousePosition();
 300         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 301       }
 302     }
 303
 304     @Override
 305     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 306     {
 307       delegate.beginDraggingFrame(f);
 308     }
 309
 310     @Override
 311     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 312     {
 313       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 314     }
 315
 316     @Override
 317     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 318     {
 319       delegate.closeFrame(f);
 320     }
 321
 322     @Override
 323     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 324     {
 325       delegate.deactivateFrame(f);
 326     }
 327
 328     @Override
 329     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 330     {
 331       delegate.deiconifyFrame(f);
 332     }
 333
 334     @Override
 335     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 336     {
 337       if (newY < 0)
 338       {
 339         newY = 0;
 340       }
 341       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 342     }
 343
 344     @Override
 345     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 346     {
 347       delegate.endDraggingFrame(f);
 348       desktop.repaint();
 349     }
 350
 351     @Override
 352     public void endResizingFrame(JComponent f)
 353     {
 354       delegate.endResizingFrame(f);
 355       desktop.repaint();
 356     }
 357
 358     @Override
 359     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 360     {
 361       delegate.iconifyFrame(f);
 362     }
 363
 364     @Override
 365     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 366     {
 367       delegate.maximizeFrame(f);
 368     }
 369
 370     @Override
 371     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 372     {
 373       delegate.minimizeFrame(f);
 374     }
 375
 376     @Override
 377     public void openFrame(JInternalFrame f)
 378     {
 379       delegate.openFrame(f);
 380     }
 381
 382     @Override
 383     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 384             int newHeight)
 385     {
 386       if (newY < 0)
 387       {
 388         newY = 0;
 389       }
 390       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 391     }
 392
 393     @Override
 394     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 395             int newWidth, int newHeight)
 396     {
 397       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 398     }
 399
 400     // All other methods, simply delegate
 401
 402   }
 403
 404   /**
 405    * Creates a new Desktop object.
 406    */
 407   public Desktop()
 408   {
 409     super();
 410     /**
 411      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 412      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 413      * constructor.
 414      */
 415     instance = this;
 416
 417     doConfigureStructurePrefs();
 418     setTitle(ChannelProperties.getProperty("app_name") + " "
 419             + Cache.getProperty("VERSION"));
 420
 421     /**
 422      * Set taskbar "grouped windows" name for linux desktops (works in GNOME and
 423      * KDE). This uses sun.awt.X11.XToolkit.awtAppClassName which is not
 424      * officially documented or guaranteed to exist, so we access it via
 425      * reflection. There appear to be unfathomable criteria about what this
 426      * string can contain, and it if doesn't meet those criteria then "java"
 427      * (KDE) or "jalview-bin-Jalview" (GNOME) is used. "Jalview", "Jalview
 428      * Develop" and "Jalview Test" seem okay, but "Jalview non-release" does
 429      * not. The reflection access may generate a warning: WARNING: An illegal
 430      * reflective access operation has occurred WARNING: Illegal reflective
 431      * access by jalview.gui.Desktop () to field
 432      * sun.awt.X11.XToolkit.awtAppClassName which I don't think can be avoided.
 433      */
 434     if (Platform.isLinux())
 435     {
 436       if (LaunchUtils.getJavaVersion() >= 11)
 437       {
 438         /*
 439          * Send this message to stderr as the warning that follows (due to
 440          * reflection) also goes to stderr.
 441          */
 442         System.err.println(
 443                 "Linux platform only! You may have the following warning next: \"WARNING: An illegal reflective access operation has occurred\"\nThis is expected and cannot be avoided, sorry about that.");
 444       }
 445       final String awtAppClassName = "awtAppClassName";
 446       try
 447       {
 448         Toolkit xToolkit = Toolkit.getDefaultToolkit();
 449         Field[] declaredFields = xToolkit.getClass().getDeclaredFields();
 450         Field awtAppClassNameField = null;
 451
 452         if (Arrays.stream(declaredFields)
 453                 .anyMatch(f -> f.getName().equals(awtAppClassName)))
 454         {
 455           awtAppClassNameField = xToolkit.getClass()
 456                   .getDeclaredField(awtAppClassName);
 457         }
 458
 459         String title = ChannelProperties.getProperty("app_name");
 460         if (awtAppClassNameField != null)
 461         {
 462           awtAppClassNameField.setAccessible(true);
 463           awtAppClassNameField.set(xToolkit, title);
 464         }
 465         else
 466         {
 467           jalview.bin.Console
 468                   .debug("XToolkit: " + awtAppClassName + " not found");
 469         }
 470       } catch (Exception e)
 471       {
 472         jalview.bin.Console.debug("Error setting " + awtAppClassName);
 473         jalview.bin.Console.trace(Cache.getStackTraceString(e));
 474       }
 475     }
 476
 477     setIconImages(ChannelProperties.getIconList());
 478
 479     // override quit handling when GUI OS close [X] button pressed
 480     this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 481     addWindowListener(new WindowAdapter()
 482     {
 483       @Override
 484       public void windowClosing(WindowEvent ev)
 485       {
 486         QuitHandler.QResponse ret = desktopQuit(true, true); // ui, disposeFlag
 487       }
 488     });
 489
 490     boolean selmemusage = Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE", false);
 491
 492     boolean showjconsole = Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 493     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 494
 495     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 496     desktop.setBackground(Color.white);
 497
 498     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 499     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 500     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 501     // sp.getViewport().setView(desktop);
 502     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 503
 504     // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 505     if (Platform.isJS())
 506     {
 507       getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 508     }
 509
 510     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 511     desktop.setDragMode(DRAG_MODE);
 512
 513     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 514     // if previous window was maximised
 515     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 516             Platform.isJS() ? desktop.getDesktopManager()
 517                     : new DefaultDesktopManager()));
 518     /*
 519     (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 520             : Platform.isAMacAndNotJS()
 521                     ? new AquaInternalFrameManager(
 522                             desktop.getDesktopManager())
 523                     : desktop.getDesktopManager())));
 524                     */
 525
 526     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 527     if (dims != null)
 528     {
 529       setBounds(dims);
 530     }
 531     else
 532     {
 533       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 534       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 535       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 536       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 537     }
 538
 539     if (!Platform.isJS())
 540     /**
 541      * Java only
 542      *
 543      * @j2sIgnore
 544      */
 545     {
 546       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 547       jconsole.setHeader(Cache.getVersionDetailsForConsole());
 548       showConsole(showjconsole);
 549
 550       showNews.setVisible(false);
 551
 552       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 553
 554       getIdentifiersOrgData();
 555
 556       checkURLLinks();
 557
 558       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 559       if (!nosplash)
 560       {
 561         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 562         {
 563           @Override
 564           public void run()
 565           {
 566             new SplashScreen(true);
 567           }
 568         });
 569       }
 570
 571       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
 572       // it takes to open it later on.
 573       new Thread(new Runnable()
 574       {
 575         @Override
 576         public void run()
 577         {
 578           jalview.bin.Console.debug("Filechooser init thread started.");
 579           String fileFormat = FileLoader.getUseDefaultFileFormat()
 580                   ? Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT")
 581                   : null;
 582           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 583                   fileFormat);
 584           jalview.bin.Console.debug("Filechooser init thread finished.");
 585         }
 586       }).start();
 587       // Add the service change listener
 588       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 589               new PropertyChangeListener()
 590               {
 591
 592                 @Override
 593                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 594                 {
 595                   jalview.bin.Console
 596                           .debug("Firing service changed event for "
 597                                   + evt.getNewValue());
 598                   JalviewServicesChanged(evt);
 599                 }
 600               });
 601     }
 602
 603     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 604
 605     MouseAdapter ma;
 606     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 607     {
 608       @Override
 609       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 610       {
 611         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 612         {
 613           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 614         }
 615       }
 616
 617       @Override
 618       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 619       {
 620         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 621         {
 622           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 623         }
 624       }
 625     });
 626     desktop.addMouseListener(ma);
 627
 628     if (Platform.isJS())
 629     {
 630       // used for jalviewjsTest
 631       jalview.bin.Console.info("JALVIEWJS: CREATED DESKTOP");
 632     }
 633   }
 634
 635   /**
 636    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 637    * (on), else false
 638    *
 639    * @return
 640    */
 641   public boolean showExperimental()
 642   {
 643     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 644             Boolean.FALSE.toString());
 645     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 646   }
 647
 648   public void doConfigureStructurePrefs()
 649   {
 650     // configure services
 651     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 652             .getStructureSelectionManager(this);
 653     if (Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 654     {
 655       ssm.setAddTempFacAnnot(
 656               Cache.getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 657       ssm.setProcessSecondaryStructure(
 658               Cache.getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 659       // JAL-3915 - RNAView is no longer an option so this has no effect
 660       ssm.setSecStructServices(
 661               Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, false));
 662     }
 663     else
 664     {
 665       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 666       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 667       ssm.setSecStructServices(false);
 668     }
 669   }
 670
 671   public void checkForNews()
 672   {
 673     final Desktop me = this;
 674     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 675     new Thread(new Runnable()
 676     {
 677       @Override
 678       public void run()
 679       {
 680         jalview.bin.Console.debug("Starting news thread.");
 681         jvnews = new BlogReader(me);
 682         showNews.setVisible(true);
 683         jalview.bin.Console.debug("Completed news thread.");
 684       }
 685     }).start();
 686   }
 687
 688   public void getIdentifiersOrgData()
 689   {
 690     if (Cache.getProperty("NOIDENTIFIERSSERVICE") == null)
 691     {// Thread off the identifiers fetcher
 692       new Thread(new Runnable()
 693       {
 694         @Override
 695         public void run()
 696         {
 697           jalview.bin.Console
 698                   .debug("Downloading data from identifiers.org");
 699           try
 700           {
 701             UrlDownloadClient.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 702                     IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 703           } catch (IOException e)
 704           {
 705             jalview.bin.Console
 706                     .debug("Exception downloading identifiers.org data"
 707                             + e.getMessage());
 708           }
 709         }
 710       }).start();
 711       ;
 712     }
 713   }
 714
 715   @Override
 716   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 717   {
 718     showNews(showNews.isSelected());
 719   }
 720
 721   void showNews(boolean visible)
 722   {
 723     jalview.bin.Console.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 724     showNews.setSelected(visible);
 725     if (visible && !jvnews.isVisible())
 726     {
 727       new Thread(new Runnable()
 728       {
 729         @Override
 730         public void run()
 731         {
 732           long now = System.currentTimeMillis();
 733           Desktop.instance.setProgressBar(
 734                   MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 735           jvnews.refreshNews();
 736           Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 737           jvnews.showNews();
 738         }
 739       }).start();
 740     }
 741   }
 742
 743   /**
 744    * recover the last known dimensions for a jalview window
 745    *
 746    * @param windowName
 747    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 748    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 749    *         window geom was known)
 750    */
 751   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 752   {
 753     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 754     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 755     String x = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 756     String y = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 757     String width = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 758     String height = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 759     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 760     {
 761       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 762               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 763       if (Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 764       {
 765         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 766         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 767         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 768         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 769                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 770         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 771                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 772         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 773         ix = (int) (ix * sw);
 774         iw = (int) (iw * sw);
 775         iy = (int) (iy * sh);
 776         ih = (int) (ih * sh);
 777         while (ix >= screenSize.width)
 778         {
 779           jalview.bin.Console.debug(
 780                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 781           ix -= screenSize.width;
 782         }
 783         while (iy >= screenSize.height)
 784         {
 785           jalview.bin.Console.debug(
 786                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 787           iy -= screenSize.height;
 788         }
 789         jalview.bin.Console.debug(
 790                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 791                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 792       }
 793       // return dimensions for new instance
 794       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 795     }
 796     return null;
 797   }
 798
 799   void showPasteMenu(int x, int y)
 800   {
 801     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 802     JMenuItem item = new JMenuItem(
 803             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 804     item.addActionListener(new ActionListener()
 805     {
 806       @Override
 807       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 808       {
 809         paste();
 810       }
 811     });
 812
 813     popup.add(item);
 814     popup.show(this, x, y);
 815   }
 816
 817   public void paste()
 818   {
 819     // quick patch for JAL-4150 - needs some more work and test coverage
 820     // TODO - unify below and AlignFrame.paste()
 821     // TODO - write tests and fix AlignFrame.paste() which doesn't track if
 822     // clipboard has come from a different alignment window than the one where
 823     // paste has been called! JAL-4151
 824
 825     if (Desktop.jalviewClipboard != null)
 826     {
 827       // The clipboard was filled from within Jalview, we must use the
 828       // sequences
 829       // And dataset from the copied alignment
 830       SequenceI[] newseq = (SequenceI[]) Desktop.jalviewClipboard[0];
 831       // be doubly sure that we create *new* sequence objects.
 832       SequenceI[] sequences = new SequenceI[newseq.length];
 833       for (int i = 0; i < newseq.length; i++)
 834       {
 835         sequences[i] = new Sequence(newseq[i]);
 836       }
 837       Alignment alignment = new Alignment(sequences);
 838       // dataset is inherited
 839       alignment.setDataset((Alignment) Desktop.jalviewClipboard[1]);
 840       AlignFrame af = new AlignFrame(alignment, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 841               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 842       String newtitle = new String("Copied sequences");
 843
 844       if (Desktop.jalviewClipboard[2] != null)
 845       {
 846         HiddenColumns hc = (HiddenColumns) Desktop.jalviewClipboard[2];
 847         af.viewport.setHiddenColumns(hc);
 848       }
 849
 850       Desktop.addInternalFrame(af, newtitle, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 851               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 852
 853     }
 854     else
 855     {
 856       try
 857       {
 858         Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 859         Transferable contents = c.getContents(this);
 860
 861         if (contents != null)
 862         {
 863           String file = (String) contents
 864                   .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 865
 866           FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 867                   DataSourceType.PASTE);
 868
 869           new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 870
 871         }
 872       } catch (Exception ex)
 873       {
 874         System.out.println(
 875                 "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 876       }
 877     }
 878   }
 879
 880   /**
 881    * Adds and opens the given frame to the desktop
 882    *
 883    * @param frame
 884    *          Frame to show
 885    * @param title
 886    *          Visible Title
 887    * @param w
 888    *          width
 889    * @param h
 890    *          height
 891    */
 892   public static synchronized void addInternalFrame(
 893           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 894   {
 895     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 896   }
 897
 898   /**
 899    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 900    *
 901    * @param frame
 902    *          Frame to show
 903    * @param title
 904    *          Visible Title
 905    * @param makeVisible
 906    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 907    *          setVisible themselves.
 908    * @param w
 909    *          width
 910    * @param h
 911    *          height
 912    */
 913   public static synchronized void addInternalFrame(
 914           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 915           int w, int h)
 916   {
 917     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 918   }
 919
 920   /**
 921    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 922    *
 923    * @param frame
 924    *          Frame to show
 925    * @param title
 926    *          Visible Title
 927    * @param w
 928    *          width
 929    * @param h
 930    *          height
 931    * @param resizable
 932    *          Allow resize
 933    */
 934   public static synchronized void addInternalFrame(
 935           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 936           boolean resizable)
 937   {
 938     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 939   }
 940
 941   /**
 942    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 943    *
 944    * @param frame
 945    *          Frame to show
 946    * @param title
 947    *          Visible Title
 948    * @param makeVisible
 949    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 950    *          setVisible themselves.
 951    * @param w
 952    *          width
 953    * @param h
 954    *          height
 955    * @param resizable
 956    *          Allow resize
 957    * @param ignoreMinSize
 958    *          Do not set the default minimum size for frame
 959    */
 960   public static synchronized void addInternalFrame(
 961           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 962           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 963   {
 964
 965     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 966     // bounds object).
 967     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 968     // the current window title
 969
 970     frame.setTitle(title);
 971     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 972     {
 973       frame.setSize(w, h);
 974     }
 975     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 976     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 977     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 978     // ///////////////////////////////////////////////
 979     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 980             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 981     {
 982       return;
 983     }
 984
 985     openFrameCount++;
 986
 987     if (!ignoreMinSize)
 988     {
 989       frame.setMinimumSize(
 990               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 991
 992       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 993       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 994       // hence,
 995       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 996       if (frame instanceof AlignFrame)
 997       {
 998         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 999                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
1000       }
1001     }
1002
1003     frame.setVisible(makeVisible);
1004     frame.setClosable(true);
1005     frame.setResizable(resizable);
1006     frame.setMaximizable(resizable);
1007     frame.setIconifiable(resizable);
1008     frame.setOpaque(Platform.isJS());
1009
1010     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
1011     {
1012       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
1013               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
1014     }
1015
1016     /*
1017      * add an entry for the new frame in the Window menu (and remove it when the
1018      * frame is closed)
1019      */
1020     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
1021     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
1022     {
1023       @Override
1024       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
1025       {
1026         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
1027         if (itf != null)
1028         {
1029           if (itf instanceof AlignFrame)
1030           {
1031             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
1032           }
1033           itf.requestFocus();
1034         }
1035       }
1036
1037       @Override
1038       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
1039       {
1040         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
1041
1042         /*
1043          * defensive check to prevent frames being added half off the window
1044          */
1045         if (openFrameCount > 0)
1046         {
1047           openFrameCount--;
1048         }
1049
1050         /*
1051          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
1052          */
1053         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
1054         {
1055           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
1056         }
1057         windowMenu.remove(menuItem);
1058       }
1059     });
1060
1061     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
1062     {
1063       @Override
1064       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1065       {
1066         try
1067         {
1068           frame.setSelected(true);
1069           frame.setIcon(false);
1070         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1071         {
1072
1073         }
1074       }
1075     });
1076
1077     setKeyBindings(frame);
1078
1079     desktop.add(frame);
1080
1081     windowMenu.add(menuItem);
1082
1083     frame.toFront();
1084     try
1085     {
1086       frame.setSelected(true);
1087       frame.requestFocus();
1088     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
1089     {
1090     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
1091     {
1092       jalview.bin.Console.warn(
1093               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at https://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
1094               cex);
1095     }
1096   }
1097
1098   /**
1099    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
1100    * the window
1101    *
1102    * @param frame
1103    */
1104   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
1105   {
1106     @SuppressWarnings("serial")
1107     final Action closeAction = new AbstractAction()
1108     {
1109       @Override
1110       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1111       {
1112         frame.dispose();
1113       }
1114     };
1115
1116     /*
1117      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
1118      */
1119     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1120             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
1121     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
1122             ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx());
1123
1124     InputMap inputMap = frame
1125             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
1126     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
1127     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
1128     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
1129
1130     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
1131     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
1132   }
1133
1134   @Override
1135   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1136   {
1137     if (!internalCopy)
1138     {
1139       Desktop.jalviewClipboard = null;
1140     }
1141
1142     internalCopy = false;
1143   }
1144
1145   @Override
1146   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1147   {
1148   }
1149
1150   @Override
1151   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1152   {
1153   }
1154
1155   @Override
1156   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1157   {
1158   }
1159
1160   @Override
1161   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1162   {
1163   }
1164
1165   /**
1166    * DOCUMENT ME!
1167    *
1168    * @param evt
1169    *          DOCUMENT ME!
1170    */
1171   @Override
1172   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1173   {
1174     boolean success = true;
1175     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1176     // Java's Transferable for native dnd
1177     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1178     Transferable t = evt.getTransferable();
1179     List<Object> files = new ArrayList<>();
1180     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1181
1182     try
1183     {
1184       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1185     } catch (Exception e)
1186     {
1187       e.printStackTrace();
1188       success = false;
1189     }
1190
1191     if (files != null)
1192     {
1193       try
1194       {
1195         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1196         {
1197           // BH 2018 File or String
1198           Object file = files.get(i);
1199           String fileName = file.toString();
1200           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1201                   ? DataSourceType.FILE
1202                   : protocols.get(i);
1203           FileFormatI format = null;
1204
1205           if (fileName.endsWith(".jar"))
1206           {
1207             format = FileFormat.Jalview;
1208
1209           }
1210           else
1211           {
1212             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1213           }
1214           if (file instanceof File)
1215           {
1216             Platform.cacheFileData((File) file);
1217           }
1218           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1219
1220         }
1221       } catch (Exception ex)
1222       {
1223         success = false;
1224       }
1225     }
1226     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1227                                // transfered to any new windows created
1228   }
1229
1230   /**
1231    * DOCUMENT ME!
1232    *
1233    * @param e
1234    *          DOCUMENT ME!
1235    */
1236   @Override
1237   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1238   {
1239     String fileFormat = FileLoader.getUseDefaultFileFormat()
1240             ? Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT")
1241             : null;
1242     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser.forRead(
1243             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat,
1244             BackupFiles.getEnabled());
1245
1246     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1247     chooser.setDialogTitle(
1248             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1249     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1250
1251     chooser.setResponseHandler(0, () -> {
1252       File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1253       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1254
1255       FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1256
1257       /*
1258        * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1259        * Skip this step for dynamically added file formats, because IdentifyFile does
1260        * not know how to recognise them.
1261        */
1262       if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1263       {
1264         try
1265         {
1266           format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1267                   DataSourceType.FILE);
1268         } catch (FileFormatException e)
1269         {
1270           // format = null; //??
1271         }
1272       }
1273
1274       new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile, DataSourceType.FILE,
1275               format);
1276     });
1277     chooser.showOpenDialog(this);
1278   }
1279
1280   /**
1281    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1282    *
1283    * @param viewport
1284    */
1285   @Override
1286   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1287   {
1288     // This construct allows us to have a wider textfield
1289     // for viewing
1290     JLabel label = new JLabel(
1291             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1292
1293     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1294     panel.add(label);
1295
1296     /*
1297      * the URL to fetch is input in Java: an editable combobox with history JS:
1298      * (pending JAL-3038) a plain text field
1299      */
1300     JComponent history;
1301     String urlBase = "https://www.";
1302     if (Platform.isJS())
1303     {
1304       history = new JTextField(urlBase, 35);
1305     }
1306     else
1307     /**
1308      * Java only
1309      *
1310      * @j2sIgnore
1311      */
1312     {
1313       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1314       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1315       asCombo.setEditable(true);
1316       asCombo.addItem(urlBase);
1317       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1318       if (historyItems != null)
1319       {
1320         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1321         {
1322           asCombo.addItem(token);
1323         }
1324       }
1325       history = asCombo;
1326     }
1327     panel.add(history);
1328
1329     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1330         MessageManager.getString("action.cancel") };
1331     Runnable action = () -> {
1332       @SuppressWarnings("unchecked")
1333       String url = (history instanceof JTextField
1334               ? ((JTextField) history).getText()
1335               : ((JComboBox<String>) history).getEditor().getItem()
1336                       .toString().trim());
1337
1338       if (url.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith(".jar"))
1339       {
1340         if (viewport != null)
1341         {
1342           new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1343                   FileFormat.Jalview);
1344         }
1345         else
1346         {
1347           new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1348                   FileFormat.Jalview);
1349         }
1350       }
1351       else
1352       {
1353         FileFormatI format = null;
1354         try
1355         {
1356           format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1357         } catch (FileFormatException e)
1358         {
1359           // TODO revise error handling, distinguish between
1360           // URL not found and response not valid
1361         }
1362
1363         if (format == null)
1364         {
1365           String msg = MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate",
1366                   url);
1367           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, msg,
1368                   MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1369                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1370           return;
1371         }
1372
1373         if (viewport != null)
1374         {
1375           new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1376                   format);
1377         }
1378         else
1379         {
1380           new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1381         }
1382       }
1383     };
1384     String dialogOption = MessageManager
1385             .getString("label.input_alignment_from_url");
1386     JvOptionPane.newOptionDialog(desktop).setResponseHandler(0, action)
1387             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1388                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1389                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1390                     MessageManager.getString("action.ok"));
1391   }
1392
1393   /**
1394    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1395    *
1396    * @param viewPanel
1397    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1398    *          alignment; if null, to a new alignment window
1399    */
1400   @Override
1401   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1402           AlignmentViewPanel viewPanel)
1403   {
1404     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1405     cap.setForInput(viewPanel);
1406     Desktop.addInternalFrame(cap,
1407             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1408             600, 500);
1409   }
1410
1411   /*
1412    * Check with user and saving files before actually quitting
1413    */
1414   public void desktopQuit()
1415   {
1416     desktopQuit(true, false);
1417   }
1418
1419   public QuitHandler.QResponse desktopQuit(boolean ui, boolean disposeFlag)
1420   {
1421     final Runnable doDesktopQuit = () -> {
1422       Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1423       Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1424       Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height + "");
1425       storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1426               getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1427
1428       if (jconsole != null)
1429       {
1430         storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1431         jconsole.stopConsole();
1432       }
1433
1434       if (jvnews != null)
1435       {
1436         storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1437       }
1438
1439       // Frames should all close automatically. Keeping external
1440       // viewers open should already be decided by user.
1441       closeAll_actionPerformed(null);
1442
1443       // check for aborted quit
1444       if (QuitHandler.quitCancelled())
1445       {
1446         jalview.bin.Console.debug("Desktop aborting quit");
1447         return;
1448       }
1449
1450       if (dialogExecutor != null)
1451       {
1452         dialogExecutor.shutdownNow();
1453       }
1454
1455       if (groovyConsole != null)
1456       {
1457         // suppress a possible repeat prompt to save script
1458         groovyConsole.setDirty(false);
1459         groovyConsole.exit();
1460       }
1461
1462       if (QuitHandler.gotQuitResponse() == QResponse.FORCE_QUIT)
1463       {
1464         // note that shutdown hook will not be run
1465         jalview.bin.Console.debug("Force Quit selected by user");
1466         Runtime.getRuntime().halt(0);
1467       }
1468
1469       jalview.bin.Console.debug("Quit selected by user");
1470       if (disposeFlag)
1471       {
1472         instance.setDefaultCloseOperation(JFrame.DISPOSE_ON_CLOSE);
1473         // instance.dispose();
1474       }
1475       instance.quit();
1476     };
1477
1478     return QuitHandler.getQuitResponse(ui, doDesktopQuit, doDesktopQuit,
1479             QuitHandler.defaultCancelQuit);
1480   }
1481
1482   /**
1483    * Don't call this directly, use desktopQuit() above. Exits the program.
1484    */
1485   @Override
1486   public void quit()
1487   {
1488     // this will run the shutdownHook but QuitHandler.getQuitResponse() should
1489     // not run a second time if gotQuitResponse flag has been set (i.e. user
1490     // confirmed quit of some kind).
1491     Jalview.exit("Desktop exiting.", 0);
1492   }
1493
1494   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1495   {
1496     jalview.bin.Console.debug("Storing last known dimensions for " + string
1497             + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1498             + " height:" + jc.height);
1499
1500     Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1501     Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1502     Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1503     Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1504   }
1505
1506   /**
1507    * DOCUMENT ME!
1508    *
1509    * @param e
1510    *          DOCUMENT ME!
1511    */
1512   @Override
1513   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1514   {
1515     new Thread(new Runnable()
1516     {
1517       @Override
1518       public void run()
1519       {
1520         new SplashScreen(false);
1521       }
1522     }).start();
1523   }
1524
1525   /**
1526    * Returns the html text for the About screen, including any available version
1527    * number, build details, author details and citation reference, but without
1528    * the enclosing {@code html} tags
1529    *
1530    * @return
1531    */
1532   public String getAboutMessage()
1533   {
1534     StringBuilder message = new StringBuilder(1024);
1535     message.append("<div style=\"font-family: sans-serif;\">")
1536             .append("<h1><strong>Version: ")
1537             .append(Cache.getProperty("VERSION")).append("</strong></h1>")
1538             .append("<strong>Built: <em>")
1539             .append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"))
1540             .append("</em> from ").append(Cache.getBuildDetailsForSplash())
1541             .append("</strong>");
1542
1543     String latestVersion = Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking");
1544     if (latestVersion.equals("Checking"))
1545     {
1546       // JBP removed this message for 2.11: May be reinstated in future version
1547       // message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1548     }
1549     else if (!latestVersion.equals(Cache.getProperty("VERSION")))
1550     {
1551       boolean red = false;
1552       if (Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase(Locale.ROOT)
1553               .indexOf("automated build") == -1)
1554       {
1555         red = true;
1556         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1557         // version is not a development build
1558         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1559       }
1560
1561       message.append("<br>!! Version ")
1562               .append(Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "..Checking.."))
1563               .append(" is available for download from ")
1564               .append(Cache.getDefault("www.jalview.org",
1565                       "https://www.jalview.org"))
1566               .append(" !!");
1567       if (red)
1568       {
1569         message.append("</div>");
1570       }
1571     }
1572     message.append("<br>Authors:  ");
1573     message.append(Cache.getDefault("AUTHORFNAMES", DEFAULT_AUTHORS));
1574     message.append(CITATION);
1575
1576     message.append("</div>");
1577
1578     return message.toString();
1579   }
1580
1581   /**
1582    * Action on requesting Help documentation
1583    */
1584   @Override
1585   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1586   {
1587     try
1588     {
1589       if (Platform.isJS())
1590       {
1591         BrowserLauncher.openURL("https://www.jalview.org/help.html");
1592       }
1593       else
1594       /**
1595        * Java only
1596        *
1597        * @j2sIgnore
1598        */
1599       {
1600         Help.showHelpWindow();
1601       }
1602     } catch (Exception ex)
1603     {
1604       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1605     }
1606   }
1607
1608   @Override
1609   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1610   {
1611     // TODO show a progress bar while closing?
1612     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1613     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1614     {
1615       try
1616       {
1617         frames[i].setClosed(true);
1618       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1619       {
1620       }
1621     }
1622     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1623     jalview.bin.Console.info("ALL CLOSED");
1624
1625     /*
1626      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1627      * when all windows are closed)
1628      */
1629     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1630             .getStructureSelectionManager(this);
1631     if (ssm != null)
1632     {
1633       ssm.resetAll();
1634     }
1635   }
1636
1637   public int structureViewersStillRunningCount()
1638   {
1639     int count = 0;
1640     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1641     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1642     {
1643       if (frames[i] != null
1644               && frames[i] instanceof JalviewStructureDisplayI)
1645       {
1646         if (((JalviewStructureDisplayI) frames[i]).stillRunning())
1647           count++;
1648       }
1649     }
1650     return count;
1651   }
1652
1653   @Override
1654   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1655   {
1656     reorderAssociatedWindows(false, false);
1657   }
1658
1659   @Override
1660   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1661   {
1662     reorderAssociatedWindows(true, false);
1663   }
1664
1665   void closeAssociatedWindows()
1666   {
1667     reorderAssociatedWindows(false, true);
1668   }
1669
1670   /*
1671    * (non-Javadoc)
1672    *
1673    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1674    * ActionEvent)
1675    */
1676   @Override
1677   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1678   {
1679     // We simply collect the garbage
1680     jalview.bin.Console.debug("Collecting garbage...");
1681     System.gc();
1682     jalview.bin.Console.debug("Finished garbage collection.");
1683   }
1684
1685   /*
1686    * (non-Javadoc)
1687    *
1688    * @see jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.
1689    * ActionEvent )
1690    */
1691   @Override
1692   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1693   {
1694     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1695   }
1696
1697   /*
1698    * (non-Javadoc)
1699    *
1700    * @see
1701    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1702    * )
1703    */
1704   @Override
1705   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1706   {
1707     showConsole(showConsole.isSelected());
1708   }
1709
1710   Console jconsole = null;
1711
1712   /**
1713    * control whether the java console is visible or not
1714    *
1715    * @param selected
1716    */
1717   void showConsole(boolean selected)
1718   {
1719     // TODO: decide if we should update properties file
1720     if (jconsole != null) // BH 2018
1721     {
1722       showConsole.setSelected(selected);
1723       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1724               Boolean.valueOf(selected).toString());
1725       jconsole.setVisible(selected);
1726     }
1727   }
1728
1729   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1730   {
1731     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1732     if (frames == null || frames.length < 1)
1733     {
1734       return;
1735     }
1736
1737     AlignmentViewport source = null, target = null;
1738     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1739     {
1740       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1741     }
1742     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1743     {
1744       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1745     }
1746     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1747     {
1748       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1749     }
1750     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1751     {
1752       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1753     }
1754
1755     if (source != null)
1756     {
1757       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1758       {
1759         target = null;
1760         if (frames[i] == null)
1761         {
1762           continue;
1763         }
1764         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1765         {
1766           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1767         }
1768         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1769         {
1770           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1771         }
1772         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1773         {
1774           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1775         }
1776         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1777         {
1778           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1779         }
1780
1781         if (source == target)
1782         {
1783           try
1784           {
1785             if (close)
1786             {
1787               frames[i].setClosed(true);
1788             }
1789             else
1790             {
1791               frames[i].setIcon(minimize);
1792               if (!minimize)
1793               {
1794                 frames[i].toFront();
1795               }
1796             }
1797
1798           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1799           {
1800           }
1801         }
1802       }
1803     }
1804   }
1805
1806   /**
1807    * DOCUMENT ME!
1808    *
1809    * @param e
1810    *          DOCUMENT ME!
1811    */
1812   @Override
1813   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1814   {
1815     Preferences.openPreferences();
1816   }
1817
1818   /**
1819    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1820    * Jalview project file
1821    */
1822   @Override
1823   public void saveState_actionPerformed()
1824   {
1825     saveState_actionPerformed(false);
1826   }
1827
1828   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1829   {
1830     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1831     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1832     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1833             && BackupFiles.getEnabled();
1834
1835     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1836     // saveAs="+saveAs+", Backups
1837     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1838
1839     boolean approveSave = false;
1840     if (!autoSave)
1841     {
1842       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1843               "Jalview Project");
1844
1845       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1846       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1847
1848       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1849
1850       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1851       {
1852         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1853         setProjectFile(projectFile);
1854         approveSave = true;
1855       }
1856     }
1857
1858     if (approveSave || autoSave)
1859     {
1860       final Desktop me = this;
1861       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1862       new Thread(new Runnable()
1863       {
1864         @Override
1865         public void run()
1866         {
1867           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1868           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1869                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1870                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1871           Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chosenFile.getParent());
1872           // TODO catch and handle errors for savestate
1873           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1874           try
1875           {
1876             boolean doBackup = BackupFiles.getEnabled();
1877             BackupFiles backupfiles = doBackup ? new BackupFiles(chosenFile)
1878                     : null;
1879
1880             new Jalview2XML().saveState(
1881                     doBackup ? backupfiles.getTempFile() : chosenFile);
1882
1883             if (doBackup)
1884             {
1885               backupfiles.setWriteSuccess(true);
1886               backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1887             }
1888           } catch (OutOfMemoryError oom)
1889           {
1890             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1891                     + chosenFile.getName(), oom);
1892           } catch (Exception ex)
1893           {
1894             jalview.bin.Console.error("Problems whilst trying to save to "
1895                     + chosenFile.getName(), ex);
1896             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1897                     MessageManager.formatMessage(
1898                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1899                             new Object[]
1900                             { chosenFile.getName() }),
1901                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1902                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1903           }
1904           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1905         }
1906       }).start();
1907     }
1908   }
1909
1910   @Override
1911   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1912   {
1913     saveState_actionPerformed(true);
1914   }
1915
1916   protected void setProjectFile(File choice)
1917   {
1918     this.projectFile = choice;
1919   }
1920
1921   public File getProjectFile()
1922   {
1923     return this.projectFile;
1924   }
1925
1926   /**
1927    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1928    * Jalview project
1929    */
1930   @Override
1931   public void loadState_actionPerformed()
1932   {
1933     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1934     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1935         "Jalview Project (old)" };
1936     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1937             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1938             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two
1939                                                                 // booleans:
1940                                                                 // allFiles,
1941     // allowBackupFiles
1942     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1943     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1944     chooser.setResponseHandler(0, () -> {
1945       File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1946       setProjectFile(selectedFile);
1947       String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1948       Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1949       new Thread(new Runnable()
1950       {
1951         @Override
1952         public void run()
1953         {
1954           try
1955           {
1956             new Jalview2XML().loadJalviewAlign(selectedFile);
1957           } catch (OutOfMemoryError oom)
1958           {
1959             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1960           } catch (Exception ex)
1961           {
1962             jalview.bin.Console.error(
1963                     "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1964             JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1965                     MessageManager.formatMessage(
1966                             "label.error_whilst_loading_project_from",
1967                             new Object[]
1968                             { choice }),
1969                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"),
1970                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1971           }
1972         }
1973       }, "Project Loader").start();
1974     });
1975
1976     chooser.showOpenDialog(this);
1977   }
1978
1979   @Override
1980   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1981   {
1982     new SequenceFetcher(this);
1983   }
1984
1985   JPanel progressPanel;
1986
1987   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1988
1989   public void startLoading(final Object fileName)
1990   {
1991     if (fileLoadingCount == 0)
1992     {
1993       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1994               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1995               { fileName })));
1996     }
1997     fileLoadingCount++;
1998   }
1999
2000   private JPanel addProgressPanel(String string)
2001   {
2002     if (progressPanel == null)
2003     {
2004       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
2005       totalProgressCount = 0;
2006       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
2007     }
2008     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
2009     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
2010     progressBar.setIndeterminate(true);
2011
2012     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
2013
2014     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
2015     progressPanel.add(thisprogress);
2016     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
2017             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
2018     ++totalProgressCount;
2019     instance.validate();
2020     return thisprogress;
2021   }
2022
2023   int totalProgressCount = 0;
2024
2025   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
2026   {
2027     if (progressPanel != null)
2028     {
2029       synchronized (progressPanel)
2030       {
2031         progressPanel.remove(progbar);
2032         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
2033         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
2034         if (--totalProgressCount < 1)
2035         {
2036           this.getContentPane().remove(progressPanel);
2037           progressPanel = null;
2038         }
2039       }
2040     }
2041     validate();
2042   }
2043
2044   public void stopLoading()
2045   {
2046     fileLoadingCount--;
2047     if (fileLoadingCount < 1)
2048     {
2049       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
2050       {
2051         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
2052       }
2053       fileLoadingPanels.clear();
2054       fileLoadingCount = 0;
2055     }
2056     validate();
2057   }
2058
2059   public static int getViewCount(String alignmentId)
2060   {
2061     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
2062     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
2063   }
2064
2065   /**
2066    *
2067    * @param alignmentId
2068    *          - if null, all sets are returned
2069    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
2070    */
2071   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
2072   {
2073     if (Desktop.desktop == null)
2074     {
2075       // no frames created and in headless mode
2076       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
2077       return null;
2078     }
2079     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
2080     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
2081     if (frames == null)
2082     {
2083       return null;
2084     }
2085     for (AlignFrame af : frames)
2086     {
2087       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
2088       {
2089         if (alignmentId == null
2090                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2091         {
2092           aps.add(ap);
2093         }
2094       }
2095     }
2096     if (aps.size() == 0)
2097     {
2098       return null;
2099     }
2100     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
2101     return vap;
2102   }
2103
2104   /**
2105    * get all the viewports on an alignment.
2106    *
2107    * @param sequenceSetId
2108    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
2109    *          case)
2110    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
2111    */
2112   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
2113   {
2114     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
2115     if (desktop != null)
2116     {
2117       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
2118
2119       for (AlignFrame afr : frames)
2120       {
2121         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
2122                 .equals(sequenceSetId))
2123         {
2124           if (afr.alignPanels != null)
2125           {
2126             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
2127             {
2128               if (sequenceSetId == null
2129                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2130               {
2131                 viewp.add(ap.av);
2132               }
2133             }
2134           }
2135           else
2136           {
2137             viewp.add(afr.getViewport());
2138           }
2139         }
2140       }
2141       if (viewp.size() > 0)
2142       {
2143         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
2144       }
2145     }
2146     return null;
2147   }
2148
2149   /**
2150    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
2151    *
2152    * @param af
2153    */
2154   public static void explodeViews(AlignFrame af)
2155   {
2156     int size = af.alignPanels.size();
2157     if (size < 2)
2158     {
2159       return;
2160     }
2161
2162     // FIXME: ideally should use UI interface API
2163     FeatureSettings viewFeatureSettings = (af.featureSettings != null
2164             && af.featureSettings.isOpen()) ? af.featureSettings : null;
2165     Rectangle fsBounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
2166     for (int i = 0; i < size; i++)
2167     {
2168       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
2169
2170       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
2171
2172       // transfer reference for existing feature settings to new alignFrame
2173       if (ap == af.alignPanel)
2174       {
2175         if (viewFeatureSettings != null && viewFeatureSettings.fr.ap == ap)
2176         {
2177           newaf.featureSettings = viewFeatureSettings;
2178         }
2179         newaf.setFeatureSettingsGeometry(fsBounds);
2180       }
2181
2182       /*
2183        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple views from
2184        * one exploded frame share and restore the same (frame) position and size.
2185        */
2186       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2187       if (geometry != null)
2188       {
2189         newaf.setBounds(geometry);
2190       }
2191
2192       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2193
2194       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2195               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2196       // and materialise a new feature settings dialog instance for the new
2197       // alignframe
2198       // (closes the old as if 'OK' was pressed)
2199       if (ap == af.alignPanel && newaf.featureSettings != null
2200               && newaf.featureSettings.isOpen()
2201               && af.alignPanel.getAlignViewport().isShowSequenceFeatures())
2202       {
2203         newaf.showFeatureSettingsUI();
2204       }
2205     }
2206
2207     af.featureSettings = null;
2208     af.alignPanels.clear();
2209     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2210
2211   }
2212
2213   /**
2214    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2215    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
2216    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
2217    * views. We take the lot.
2218    *
2219    * @param source
2220    */
2221   public void gatherViews(AlignFrame source)
2222   {
2223     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2224     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2225     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2226     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2227     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2228     {
2229       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2230       {
2231         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2232         boolean gatherThis = false;
2233         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2234         {
2235           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2236           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2237           {
2238             gatherThis = true;
2239             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2240             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2241             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2242           }
2243         }
2244
2245         if (gatherThis)
2246         {
2247           if (af.featureSettings != null && af.featureSettings.isOpen())
2248           {
2249             if (source.featureSettings == null)
2250             {
2251               // preserve the feature settings geometry for this frame
2252               source.featureSettings = af.featureSettings;
2253               source.setFeatureSettingsGeometry(
2254                       af.getFeatureSettingsGeometry());
2255             }
2256             else
2257             {
2258               // close it and forget
2259               af.featureSettings.close();
2260             }
2261           }
2262           af.alignPanels.clear();
2263           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2264         }
2265       }
2266     }
2267
2268     // refresh the feature setting UI for the source frame if it exists
2269     if (source.featureSettings != null && source.featureSettings.isOpen())
2270     {
2271       source.showFeatureSettingsUI();
2272     }
2273
2274   }
2275
2276   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2277   {
2278     return desktop.getAllFrames();
2279   }
2280
2281   /**
2282    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2283    * should be informed of a new questionnaire.
2284    *
2285    * @param url
2286    */
2287   public void checkForQuestionnaire(String url)
2288   {
2289     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2290     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2291     new Thread(jvq).start();
2292   }
2293
2294   public void checkURLLinks()
2295   {
2296     // Thread off the URL link checker
2297     addDialogThread(new Runnable()
2298     {
2299       @Override
2300       public void run()
2301       {
2302         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2303         {
2304           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2305           // bother with the warning
2306           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2307                   .getLinksForMenu();
2308
2309           // only need to check links if there is one with a
2310           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2311           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2312           boolean check = false;
2313           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2314           while (li.hasNext())
2315           {
2316             String link = li.next();
2317             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2318                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2319             {
2320               check = true;
2321               int barPos = link.indexOf("|");
2322               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2323                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2324                               + link.substring(barPos + 1);
2325               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2326             }
2327           }
2328           if (!check)
2329           {
2330             return;
2331           }
2332
2333           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2334           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2335           JPanel msgPanel = new JPanel();
2336           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2337           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2338           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2339                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2340           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2341                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2342           msgPanel.add(msg);
2343           for (JLabel url : urls)
2344           {
2345             msgPanel.add(url);
2346           }
2347           msgPanel.add(msg2);
2348
2349           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2350                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2351           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2352           {
2353             @Override
2354             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2355             {
2356               // update Cache settings for "don't show this again"
2357               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2358               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2359                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2360             }
2361           });
2362           msgPanel.add(jcb);
2363
2364           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2365                   MessageManager
2366                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2367                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2368         }
2369       }
2370     });
2371   }
2372
2373   /**
2374    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2375    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2376    * low.
2377    *
2378    * @author AMW
2379    */
2380   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2381   {
2382     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2383
2384     boolean showMemoryUsage = false;
2385
2386     Runtime runtime;
2387
2388     java.text.NumberFormat df;
2389
2390     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2391             percentUsage;
2392
2393     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2394     {
2395       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2396     }
2397
2398     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2399     {
2400       this.showMemoryUsage = showMemory;
2401       if (showMemory)
2402       {
2403         Thread worker = new Thread(this);
2404         worker.start();
2405       }
2406       repaint();
2407     }
2408
2409     public boolean isShowMemoryUsage()
2410     {
2411       return showMemoryUsage;
2412     }
2413
2414     @Override
2415     public void run()
2416     {
2417       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2418       df.setMaximumFractionDigits(2);
2419       runtime = Runtime.getRuntime();
2420
2421       while (showMemoryUsage)
2422       {
2423         try
2424         {
2425           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2426           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2427           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2428           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2429
2430           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2431
2432           // if (percentUsage < 20)
2433           {
2434             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2435             // Color.red);
2436             // instance.set.setBorder(border1);
2437           }
2438           repaint();
2439           // sleep after showing usage
2440           Thread.sleep(3000);
2441         } catch (Exception ex)
2442         {
2443           ex.printStackTrace();
2444         }
2445       }
2446     }
2447
2448     @Override
2449     public void paintComponent(Graphics g)
2450     {
2451       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2452       {
2453         if (percentUsage < 20)
2454         {
2455           g.setColor(Color.red);
2456         }
2457         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2458         if (fm != null)
2459         {
2460           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2461                   new Object[]
2462                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2463                       df.format(percentUsage) }),
2464                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2465         }
2466       }
2467
2468       // output debug scale message. Important for jalview.bin.HiDPISettingTest2
2469       Desktop.debugScaleMessage(Desktop.getDesktop().getGraphics());
2470     }
2471   }
2472
2473   /**
2474    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2475    *
2476    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2477    */
2478   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2479   {
2480     if (Jalview.isHeadlessMode())
2481     {
2482       // Desktop.desktop is null in headless mode
2483       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2484     }
2485
2486     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2487
2488     if (frames == null)
2489     {
2490       return null;
2491     }
2492     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2493     // REVERSE ORDER
2494     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2495     {
2496       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2497       {
2498         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2499       }
2500       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2501       {
2502         /*
2503          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2504          */
2505         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2506         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2507         {
2508           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2509         }
2510         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2511         {
2512           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2513         }
2514       }
2515     }
2516     if (avp.size() == 0)
2517     {
2518       return null;
2519     }
2520     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2521     return afs;
2522   }
2523
2524   /**
2525    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2526    *
2527    * @return
2528    */
2529   public GStructureViewer[] getJmols()
2530   {
2531     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2532
2533     if (frames == null)
2534     {
2535       return null;
2536     }
2537     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2538     // REVERSE ORDER
2539     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2540     {
2541       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2542       {
2543         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2544         avp.add(af);
2545       }
2546     }
2547     if (avp.size() == 0)
2548     {
2549       return null;
2550     }
2551     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2552     return afs;
2553   }
2554
2555   /**
2556    * Add Groovy Support to Jalview
2557    */
2558   @Override
2559   public void groovyShell_actionPerformed()
2560   {
2561     try
2562     {
2563       openGroovyConsole();
2564     } catch (Exception ex)
2565     {
2566       jalview.bin.Console.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2567       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2568
2569               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2570               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2571               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2572     }
2573   }
2574
2575   /**
2576    * Open the Groovy console
2577    */
2578   void openGroovyConsole()
2579   {
2580     if (groovyConsole == null)
2581     {
2582       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2583       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2584       groovyConsole.run();
2585
2586       /*
2587        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2588        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous. Disable 'Groovy Console', and
2589        * enable 'Run script', when the console is opened, and the reverse when it is
2590        * closed
2591        */
2592       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2593       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2594       {
2595         @Override
2596         public void windowClosed(WindowEvent e)
2597         {
2598           /*
2599            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2600            */
2601           addQuitHandler();
2602           enableExecuteGroovy(false);
2603         }
2604       });
2605     }
2606
2607     /*
2608      * show Groovy console window (after close and reopen)
2609      */
2610     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2611
2612     /*
2613      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus and disable
2614      * opening a second console
2615      */
2616     enableExecuteGroovy(true);
2617   }
2618
2619   /**
2620    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2621    * binding when opened
2622    */
2623   protected void addQuitHandler()
2624   {
2625     getRootPane()
2626             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2627                     KeyStroke
2628                             .getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2629                                     jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
2630                                             .getMenuShortcutKeyMaskEx()),
2631                     "Quit");
2632     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2633     {
2634       @Override
2635       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2636       {
2637         desktopQuit();
2638       }
2639     });
2640   }
2641
2642   /**
2643    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2644    *
2645    * @param enabled
2646    *          true if Groovy console is open
2647    */
2648   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2649   {
2650     /*
2651      * disable opening a second Groovy console (or re-enable when the console is
2652      * closed)
2653      */
2654     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2655
2656     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2657     if (alignFrames != null)
2658     {
2659       for (AlignFrame af : alignFrames)
2660       {
2661         af.setGroovyEnabled(enabled);
2662       }
2663     }
2664   }
2665
2666   /**
2667    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2668    */
2669   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2670
2671   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2672
2673   /*
2674    * (non-Javadoc)
2675    *
2676    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2677    */
2678   @Override
2679   public void setProgressBar(String message, long id)
2680   {
2681     if (progressBars == null)
2682     {
2683       progressBars = new Hashtable<>();
2684       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2685     }
2686
2687     if (progressBars.get(Long.valueOf(id)) != null)
2688     {
2689       JPanel panel = progressBars.remove(Long.valueOf(id));
2690       if (progressBarHandlers.contains(Long.valueOf(id)))
2691       {
2692         progressBarHandlers.remove(Long.valueOf(id));
2693       }
2694       removeProgressPanel(panel);
2695     }
2696     else
2697     {
2698       progressBars.put(Long.valueOf(id), addProgressPanel(message));
2699     }
2700   }
2701
2702   /*
2703    * (non-Javadoc)
2704    *
2705    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2706    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2707    */
2708   @Override
2709   public void registerHandler(final long id,
2710           final IProgressIndicatorHandler handler)
2711   {
2712     if (progressBarHandlers == null
2713             || !progressBars.containsKey(Long.valueOf(id)))
2714     {
2715       throw new Error(MessageManager.getString(
2716               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2717     }
2718     progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
2719     final JPanel progressPanel = progressBars.get(Long.valueOf(id));
2720     if (handler.canCancel())
2721     {
2722       JButton cancel = new JButton(
2723               MessageManager.getString("action.cancel"));
2724       final IProgressIndicator us = this;
2725       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2726       {
2727
2728         @Override
2729         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2730         {
2731           handler.cancelActivity(id);
2732           us.setProgressBar(MessageManager
2733                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2734                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2735                   id);
2736         }
2737       });
2738       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2739     }
2740   }
2741
2742   /**
2743    *
2744    * @return true if any progress bars are still active
2745    */
2746   @Override
2747   public boolean operationInProgress()
2748   {
2749     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2750     {
2751       return true;
2752     }
2753     return false;
2754   }
2755
2756   /**
2757    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2758    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2759    * av.
2760    *
2761    * @param viewport
2762    * @return alignFrame for viewport
2763    */
2764   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2765   {
2766     if (desktop != null)
2767     {
2768       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2769               viewport.getSequenceSetId());
2770       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2771       {
2772         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2773         {
2774           return aps[panel].alignFrame;
2775         }
2776       }
2777     }
2778     return null;
2779   }
2780
2781   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2782   {
2783     // TODO: JAL-3311 remove remaining code from Jalview relating to VAMSAS
2784     return null;
2785
2786   }
2787
2788   /**
2789    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2790    */
2791   private boolean inBatchMode = false;
2792
2793   /**
2794    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2795    *
2796    * @return inBatchMode
2797    */
2798   public boolean isInBatchMode()
2799   {
2800     return inBatchMode;
2801   }
2802
2803   /**
2804    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2805    *
2806    * @param inBatchMode
2807    */
2808   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2809   {
2810     this.inBatchMode = inBatchMode;
2811   }
2812
2813   /**
2814    * start service discovery and wait till it is done
2815    */
2816   public void startServiceDiscovery()
2817   {
2818     startServiceDiscovery(false);
2819   }
2820
2821   /**
2822    * start service discovery threads - blocking or non-blocking
2823    *
2824    * @param blocking
2825    */
2826   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2827   {
2828     startServiceDiscovery(blocking, false);
2829   }
2830
2831   /**
2832    * start service discovery threads
2833    *
2834    * @param blocking
2835    *          - false means call returns immediately
2836    * @param ignore_SHOW_JWS2_SERVICES_preference
2837    *          - when true JABA services are discovered regardless of user's JWS2
2838    *          discovery preference setting
2839    */
2840   public void startServiceDiscovery(boolean blocking,
2841           boolean ignore_SHOW_JWS2_SERVICES_preference)
2842   {
2843     boolean alive = true;
2844     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2845     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2846     if (true)
2847     {
2848       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2849       if (discoverer == null)
2850       {
2851         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2852         // register PCS handler for desktop.
2853         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2854       }
2855       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2856       // until we phase out completely
2857       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2858     }
2859
2860     if (ignore_SHOW_JWS2_SERVICES_preference
2861             || Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2862     {
2863       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2864               .startDiscoverer(changeSupport);
2865     }
2866     Thread t3 = null;
2867     {
2868       // TODO: do rest service discovery
2869     }
2870     if (blocking)
2871     {
2872       while (alive)
2873       {
2874         try
2875         {
2876           Thread.sleep(15);
2877         } catch (Exception e)
2878         {
2879         }
2880         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2881                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2882                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2883       }
2884     }
2885   }
2886
2887   /**
2888    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2889    *
2890    * @param evt
2891    */
2892   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2893   {
2894     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2895     {
2896       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2897               .getErrorMessages();
2898       if (ermsg != null)
2899       {
2900         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2901         {
2902           if (serviceChangedDialog == null)
2903           {
2904             // only run if we aren't already displaying one of these.
2905             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2906             {
2907               @Override
2908               public void run()
2909               {
2910
2911                 /*
2912                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2913                  *
2914                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO Auto-generated method stub
2915                  *
2916                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO Auto-generated method stub
2917                  *
2918                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO Auto-generated method stub
2919                  *
2920                  * } }; jd.initDialogFrame(new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" +
2921                  * ermsg +
2922                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2923                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2924                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the" +
2925                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>" ),
2926                  * true, true, "Web Service Configuration Problem", 450, 400);
2927                  *
2928                  * jd.waitForInput();
2929                  */
2930                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
2931                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2932                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2933                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2934                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2935                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2936                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2937                         "Web Service Configuration Problem",
2938                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2939                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2940                 serviceChangedDialog = null;
2941
2942               }
2943             });
2944           }
2945         }
2946         else
2947         {
2948           jalview.bin.Console.error(
2949                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2950                           + ermsg);
2951         }
2952       }
2953     }
2954   }
2955
2956   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2957
2958   /**
2959    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2960    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2961    * to open the URL.
2962    *
2963    * @param url
2964    */
2965   public static void showUrl(final String url)
2966   {
2967     showUrl(url, Desktop.instance);
2968   }
2969
2970   /**
2971    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2972    *
2973    * @param url
2974    * @param progress
2975    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2976    */
2977   public static void showUrl(final String url,
2978           final IProgressIndicator progress)
2979   {
2980     new Thread(new Runnable()
2981     {
2982       @Override
2983       public void run()
2984       {
2985         try
2986         {
2987           if (progress != null)
2988           {
2989             progress.setProgressBar(MessageManager
2990                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
2991                     { url }), this.hashCode());
2992           }
2993           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2994         } catch (Exception ex)
2995         {
2996           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2997                   MessageManager
2998                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2999                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
3000                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
3001
3002           ex.printStackTrace();
3003         }
3004         if (progress != null)
3005         {
3006           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
3007         }
3008       }
3009     }).start();
3010   }
3011
3012   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
3013
3014   public static ParamManager getUserParameterStore()
3015   {
3016     if (wsparamManager == null)
3017     {
3018       wsparamManager = new WsParamSetManager();
3019     }
3020     return wsparamManager;
3021   }
3022
3023   /**
3024    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
3025    *
3026    * @param e
3027    */
3028   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
3029   {
3030     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
3031     {
3032       String url = null;
3033       try
3034       {
3035         url = e.getURL().toString();
3036         Desktop.showUrl(url);
3037       } catch (Exception x)
3038       {
3039         if (url != null)
3040         {
3041           jalview.bin.Console
3042                   .error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
3043         }
3044         // ignore any exceptions due to dud links.
3045       }
3046
3047     }
3048   }
3049
3050   /**
3051    * single thread that handles display of dialogs to user.
3052    */
3053   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newFixedThreadPool(3);
3054
3055   /**
3056    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
3057    */
3058   private volatile boolean dialogPause = true;
3059
3060   /**
3061    * pause the queue
3062    */
3063   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
3064
3065   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
3066
3067   /**
3068    * add another dialog thread to the queue
3069    *
3070    * @param prompter
3071    */
3072   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
3073   {
3074     dialogExecutor.submit(new Runnable()
3075     {
3076       @Override
3077       public void run()
3078       {
3079         if (dialogPause)
3080         {
3081           try
3082           {
3083             block.acquire();
3084           } catch (InterruptedException x)
3085           {
3086           }
3087         }
3088         if (instance == null)
3089         {
3090           return;
3091         }
3092         try
3093         {
3094           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
3095         } catch (Exception q)
3096         {
3097           jalview.bin.Console.warn("Unexpected Exception in dialog thread.",
3098                   q);
3099         }
3100       }
3101     });
3102   }
3103
3104   public void startDialogQueue()
3105   {
3106     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
3107     // the current task to begin
3108     dialogPause = false;
3109     block.release();
3110   }
3111
3112   /**
3113    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
3114    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
3115    * has been set). The file name is generated as
3116    *
3117    * <pre>
3118    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
3119    * </pre>
3120    */
3121   @Override
3122   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
3123   {
3124     // currently the menu option to do this is not shown
3125     invalidate();
3126
3127     int width = getWidth();
3128     int height = getHeight();
3129     File of = new File(
3130             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
3131     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
3132     {
3133       @Override
3134       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
3135       {
3136         paintAll(g);
3137         jalview.bin.Console.info("Successfully written snapshot to file "
3138                 + of.getAbsolutePath());
3139       }
3140     };
3141     String title = "View of desktop";
3142     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
3143             title);
3144     try
3145     {
3146       exporter.doExport(of, this, width, height, title);
3147     } catch (ImageOutputException ioex)
3148     {
3149       jalview.bin.Console.error(
3150               "Unexpected error whilst writing Jalview desktop snapshot as EPS",
3151               ioex);
3152     }
3153   }
3154
3155   /**
3156    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
3157    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
3158    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
3159    * remember the split pane divider location - this is set to match the
3160    * 'exploding' frame.
3161    *
3162    * @param sf
3163    */
3164   public void explodeViews(SplitFrame sf)
3165   {
3166     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3167     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3168     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
3169             .getAlignPanels();
3170     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
3171             .getAlignPanels();
3172     int viewCount = topPanels.size();
3173     if (viewCount < 2)
3174     {
3175       return;
3176     }
3177
3178     /*
3179      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels not
3180      * visible. I don't know why!
3181      */
3182     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
3183     {
3184       /*
3185        * Make new top and bottom frames. These take over the respective AlignmentPanel
3186        * objects, including their AlignmentViewports, so the cdna/protein
3187        * relationships between the viewports is carried over to the new split frames.
3188        *
3189        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
3190        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
3191        */
3192       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
3193       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
3194       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
3195       newTopFrame.setVisible(true);
3196       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
3197               .getExplodedGeometry();
3198       if (geometry != null)
3199       {
3200         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
3201       }
3202
3203       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
3204       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3205       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3206       newBottomFrame.setVisible(true);
3207       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3208               .getExplodedGeometry();
3209       if (geometry != null)
3210       {
3211         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3212       }
3213
3214       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3215       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3216       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3217               newBottomFrame);
3218       if (geometry != null)
3219       {
3220         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3221       }
3222       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3223     }
3224
3225     /*
3226      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames) before
3227      * closing the old SplitFrame.
3228      */
3229     topPanels.clear();
3230     bottomPanels.clear();
3231     sf.close();
3232   }
3233
3234   /**
3235    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3236    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3237    * frames may themselves have multiple views.
3238    *
3239    * @param source
3240    */
3241   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3242   {
3243     /*
3244      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3245      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3246      * height) of the AlignFrame component
3247      */
3248     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3249     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3250     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3251             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3252     myBottomFrame.viewport
3253             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3254                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3255     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3256     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3257     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3258     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3259
3260     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3261     for (JInternalFrame frame : frames)
3262     {
3263       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3264       {
3265         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3266         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3267         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3268         boolean gatherThis = false;
3269         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3270         {
3271           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3272           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3273           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3274                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3275           {
3276             gatherThis = true;
3277             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3278             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3279             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3280                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3281             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3282                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3283             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3284             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3285           }
3286         }
3287
3288         if (gatherThis)
3289         {
3290           topFrame.getAlignPanels().clear();
3291           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3292           sf.close();
3293         }
3294       }
3295     }
3296
3297     /*
3298      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3299      */
3300     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3301   }
3302
3303   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3304   {
3305     return groovyConsole;
3306   }
3307
3308   /**
3309    * handles the payload of a drag and drop event.
3310    *
3311    * TODO refactor to desktop utilities class
3312    *
3313    * @param files
3314    *          - Data source strings extracted from the drop event
3315    * @param protocols
3316    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3317    * @param evt
3318    *          - the drop event
3319    * @param t
3320    *          - the payload from the drop event
3321    * @throws Exception
3322    */
3323   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3324           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3325           Transferable t) throws Exception
3326   {
3327
3328     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3329             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3330     try
3331     {
3332       urlFlavour = new DataFlavor(
3333               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3334     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3335     {
3336       jalview.bin.Console.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.",
3337               cfe);
3338     }
3339
3340     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3341     {
3342
3343       try
3344       {
3345         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3346         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3347         // means url may be null.
3348         if (url != null)
3349         {
3350           protocols.add(DataSourceType.URL);
3351           files.add(url.toString());
3352           jalview.bin.Console.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3353                   + files.get(files.size() - 1));
3354           return;
3355         }
3356         else
3357         {
3358           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3359           {
3360             System.err.println(
3361                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3362           }
3363         }
3364       } catch (Throwable ex)
3365       {
3366         jalview.bin.Console.debug("URL drop handler failed.", ex);
3367       }
3368     }
3369     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3370     {
3371       // Works on Windows and MacOSX
3372       jalview.bin.Console.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3373       for (Object file : (List) t
3374               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3375       {
3376         files.add(file);
3377         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3378       }
3379     }
3380     else
3381     {
3382       // Unix like behaviour
3383       boolean added = false;
3384       String data = null;
3385       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3386       {
3387         jalview.bin.Console.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3388         // This is used by Unix drag system
3389         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3390       }
3391       if (data == null)
3392       {
3393         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3394         jalview.bin.Console
3395                 .debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3396         // try text fallback
3397         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3398                 "text/plain;class=java.lang.String");
3399         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3400         {
3401           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3402         }
3403
3404         jalview.bin.Console.debug("Plain text drop content returned "
3405                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3406
3407       }
3408       if (data != null)
3409       {
3410         while (protocols.size() < files.size())
3411         {
3412           jalview.bin.Console.debug("Adding missing FILE protocol for "
3413                   + files.get(protocols.size()));
3414           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3415         }
3416         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3417                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3418         {
3419           added = true;
3420           String s = st.nextToken();
3421           if (s.startsWith("#"))
3422           {
3423             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3424             continue;
3425           }
3426           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3427           if (uri.getScheme().toLowerCase(Locale.ROOT).startsWith("http"))
3428           {
3429             protocols.add(DataSourceType.URL);
3430             files.add(uri.toString());
3431           }
3432           else
3433           {
3434             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3435             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3436             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3437             files.add(file.toString());
3438           }
3439         }
3440       }
3441
3442       if (jalview.bin.Console.isDebugEnabled())
3443       {
3444         if (data == null || !added)
3445         {
3446
3447           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3448                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3449           {
3450             jalview.bin.Console.debug(
3451                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3452             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3453             {
3454               jalview.bin.Console.debug(
3455                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3456               Object df = t.getTransferData(fl);
3457               if (df != null)
3458               {
3459                 jalview.bin.Console.debug("Retrieves: " + df);
3460               }
3461               else
3462               {
3463                 jalview.bin.Console.debug("Retrieved nothing");
3464               }
3465             }
3466           }
3467           else
3468           {
3469             jalview.bin.Console
3470                     .debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3471                             + t.toString());
3472           }
3473         }
3474       }
3475     }
3476     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3477     {
3478       jalview.bin.Console
3479               .debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3480
3481       // resolve any .lnk files in the file drop
3482       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3483       {
3484         String source = files.get(f).toString().toLowerCase(Locale.ROOT);
3485         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3486                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3487                         || source.endsWith(".site")))
3488         {
3489           try
3490           {
3491             Object obj = files.get(f);
3492             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3493                     : new File((String) obj));
3494             // process link file to get a URL
3495             jalview.bin.Console.debug("Found potential link file: " + lf);
3496             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3497             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3498             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3499             files.set(f, fullname);
3500             jalview.bin.Console.debug("Parsed real filename " + fullname
3501                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3502           } catch (Exception ex)
3503           {
3504             jalview.bin.Console.error(
3505                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3506                     ex);
3507           }
3508         }
3509       }
3510     }
3511   }
3512
3513   /**
3514    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3515    * depending on the state of the controlling menu item
3516    */
3517   @Override
3518   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3519   {
3520     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3521   }
3522
3523   /**
3524    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3525    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3526    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3527    * specified alignment panel.
3528    *
3529    * @param apanel
3530    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3531    * @param structureViewerClass
3532    *          if not null, only return viewers of this class
3533    * @return
3534    */
3535   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3536           AlignmentPanel apanel,
3537           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3538   {
3539     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3540     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3541
3542     for (JInternalFrame frame : frames)
3543     {
3544       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3545       {
3546         if (structureViewerClass == null
3547                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3548         {
3549           if (apanel == null
3550                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3551           {
3552             result.add((StructureViewerBase) frame);
3553           }
3554         }
3555       }
3556     }
3557     return result;
3558   }
3559
3560   public static final String debugScaleMessage = "Desktop graphics transform scale=";
3561
3562   private static boolean debugScaleMessageDone = false;
3563
3564   public static void debugScaleMessage(Graphics g)
3565   {
3566     if (debugScaleMessageDone)
3567     {
3568       return;
3569     }
3570     // output used by tests to check HiDPI scaling settings in action
3571     try
3572     {
3573       Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
3574       if (gg != null)
3575       {
3576         AffineTransform t = gg.getTransform();
3577         double scaleX = t.getScaleX();
3578         double scaleY = t.getScaleY();
3579         jalview.bin.Console.debug(debugScaleMessage + scaleX + " (X)");
3580         jalview.bin.Console.debug(debugScaleMessage + scaleY + " (Y)");
3581         debugScaleMessageDone = true;
3582       }
3583       else
3584       {
3585         jalview.bin.Console.debug("Desktop graphics null");
3586       }
3587     } catch (Exception e)
3588     {
3589       jalview.bin.Console.debug(Cache.getStackTraceString(e));
3590     }
3591   }
3592
3593   /**
3594    * closes the current instance window, disposes and forgets about it.
3595    */
3596   public static void closeDesktop()
3597   {
3598     if (Desktop.instance != null)
3599     {
3600       Desktop.instance.closeAll_actionPerformed(null);
3601       Desktop.instance.setVisible(false);
3602       Desktop.instance.dispose();
3603       Desktop.instance = null;
3604     }
3605   }
3606 }