src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.io.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.datatransfer.*;
  25 import java.awt.dnd.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import javax.swing.*;
  29
  30
  31 /**
  32  * DOCUMENT ME!
  33  *
  34  * @author $author$
  35  * @version $Revision$
  36  */
  37 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
  38     implements DropTargetListener
  39 {
  40     /** DOCUMENT ME!! */
  41     public static JDesktopPane desktop;
  42     static int openFrameCount = 0;
  43     static final int xOffset = 30;
  44     static final int yOffset = 30;
  45     public static jalview.ws.Discoverer discoverer;
  46     /**
  47      * Creates a new Desktop object.
  48      */
  49     public Desktop()
  50     {
  51         Image image = null;
  52
  53         try
  54         {
  55             java.net.URL url = getClass().getResource("/images/logo.gif");
  56
  57             if (url != null)
  58             {
  59                 image = java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url);
  60
  61                 MediaTracker mt = new MediaTracker(this);
  62                 mt.addImage(image, 0);
  63                 mt.waitForID(0);
  64                 setIconImage(image);
  65             }
  66         }
  67         catch (Exception ex)
  68         {
  69         }
  70
  71         setTitle("Jalview 2005");
  72         setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
  73         desktop = new JDesktopPane();
  74         desktop.setBackground(Color.white);
  75         setContentPane(desktop);
  76         desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
  77
  78         // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
  79         // if previous window was maximised
  80         desktop.setDesktopManager(new DefaultDesktopManager());
  81
  82         Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
  83         String x = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_X");
  84         String y = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_Y");
  85         String width = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_WIDTH");
  86         String height = jalview.bin.Cache.getProperty("SCREEN_HEIGHT");
  87
  88         if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
  89         {
  90             setBounds(Integer.parseInt(x), Integer.parseInt(y),
  91                 Integer.parseInt(width), Integer.parseInt(height));
  92         }
  93         else
  94         {
  95             setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
  96                 (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
  97         }
  98
  99         this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 100             {
 101                 public void windowClosing(WindowEvent evt)
 102                 {
 103                     quit();
 104                 }
 105             });
 106
 107         this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 108
 109         /////////Add a splashscreen on startup
 110         /////////Add a splashscreen on startup
 111         JInternalFrame frame = new JInternalFrame();
 112
 113         SplashScreen splash = new SplashScreen(frame, image);
 114         frame.setContentPane(splash);
 115         frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 116         frame.setLocation((int) ((getWidth() - 750) / 2),
 117             (int) ((getHeight() - 160) / 2));
 118         addInternalFrame(frame, "", 750, 160, false);
 119
 120         discoverer=new jalview.ws.Discoverer(); // Only gets started if gui is displayed.
 121     }
 122
 123     /**
 124      * DOCUMENT ME!
 125      *
 126      * @param frame DOCUMENT ME!
 127      * @param title DOCUMENT ME!
 128      * @param w DOCUMENT ME!
 129      * @param h DOCUMENT ME!
 130      */
 131     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 132         String title, int w, int h)
 133     {
 134         addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 135     }
 136
 137     /**
 138      * DOCUMENT ME!
 139      *
 140      * @param frame DOCUMENT ME!
 141      * @param title DOCUMENT ME!
 142      * @param w DOCUMENT ME!
 143      * @param h DOCUMENT ME!
 144      * @param resizable DOCUMENT ME!
 145      */
 146     public static void addInternalFrame(final JInternalFrame frame,
 147         String title, int w, int h, boolean resizable)
 148     {
 149
 150       frame.setTitle(title);
 151       if(frame.getWidth()<1 || frame.getHeight()<1)
 152       {
 153         frame.setSize(w, h);
 154       }
 155       // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 156       // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 157       // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 158       /////////////////////////////////////////////////
 159       if (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 160           && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true"))
 161       {
 162         return;
 163       }
 164
 165
 166         desktop.add(frame);
 167         openFrameCount++;
 168
 169         try
 170         {
 171             frame.setSelected(true);
 172         }
 173         catch (java.beans.PropertyVetoException e)
 174         {
 175         }
 176
 177         frame.setClosable(true);
 178         frame.setResizable(resizable);
 179         frame.setMaximizable(resizable);
 180         frame.setIconifiable(resizable);
 181         frame.setFrameIcon(null);
 182
 183         if (frame.getX()<1 && frame.getY()<1)
 184        {
 185          frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset * (openFrameCount%10)+yOffset);
 186        }
 187
 188         frame.toFront();
 189         final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 190         frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 191             {
 192                 public void internalFrameClosed(
 193                     javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 194                 {
 195                     openFrameCount--;
 196                     windowMenu.remove(menuItem);
 197                 }
 198                 ;
 199             });
 200
 201         menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 202             {
 203                 public void actionPerformed(ActionEvent e)
 204                 {
 205                     try
 206                     {
 207                         frame.setSelected(true);
 208                         frame.setIcon(false);
 209                     }
 210                     catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 211                     {
 212                     }
 213
 214                     ;
 215                 }
 216             });
 217
 218         frame.setVisible(true);
 219         windowMenu.add(menuItem);
 220     }
 221
 222     /**
 223      * DOCUMENT ME!
 224      *
 225      * @param evt DOCUMENT ME!
 226      */
 227     public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 228     {
 229     }
 230
 231     /**
 232      * DOCUMENT ME!
 233      *
 234      * @param evt DOCUMENT ME!
 235      */
 236     public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 237     {
 238     }
 239
 240     /**
 241      * DOCUMENT ME!
 242      *
 243      * @param evt DOCUMENT ME!
 244      */
 245     public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 246     {
 247     }
 248
 249     /**
 250      * DOCUMENT ME!
 251      *
 252      * @param evt DOCUMENT ME!
 253      */
 254     public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 255     {
 256     }
 257
 258     /**
 259      * DOCUMENT ME!
 260      *
 261      * @param evt DOCUMENT ME!
 262      */
 263     public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 264     {
 265         Transferable t = evt.getTransferable();
 266
 267         if (!t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 268         {
 269             return;
 270         }
 271
 272         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 273
 274         try
 275         {
 276             java.util.List files = (java.util.List) t.getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 277
 278             for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 279             {
 280                 String file = files.get(i).toString();
 281                 String protocol = "File";
 282                 String format = null;
 283
 284                 if (file.endsWith(".jar"))
 285                 {
 286                   format = "Jalview";
 287
 288                 }
 289                 else
 290                 {
 291                     format = jalview.io.IdentifyFile.Identify(file,
 292                             protocol);
 293                 }
 294                 LoadFile(file, protocol, format);
 295             }
 296         }
 297         catch (Exception ex)
 298         {
 299             ex.printStackTrace();
 300         }
 301     }
 302
 303     /**
 304      * DOCUMENT ME!
 305      *
 306      * @param e DOCUMENT ME!
 307      */
 308     public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 309     {
 310         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 311                     "LAST_DIRECTORY"),
 312                 new String[]
 313                 {
 314                     "fa, fasta, fastq", "aln", "pfam", "msf", "pir", "blc",
 315                     "jar"
 316                 },
 317                 new String[]
 318                 {
 319                     "Fasta", "Clustal", "PFAM", "MSF", "PIR", "BLC", "Jalview"
 320                 }, jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 321
 322         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 323         chooser.setDialogTitle("Open local file");
 324         chooser.setToolTipText("Open");
 325
 326         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 327
 328         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 329         {
 330             String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 331             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 332                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 333
 334             String format = null;
 335             if (chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 336             {
 337               format = "Jalview";
 338             }
 339             else
 340             {
 341                 format = IdentifyFile.Identify(choice, "File");
 342             }
 343
 344             jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", format);
 345             LoadFile(choice, "File", format);
 346         }
 347     }
 348
 349     /**
 350      * DOCUMENT ME!
 351      *
 352      * @param file DOCUMENT ME!
 353      * @param protocol DOCUMENT ME!
 354      * @param format DOCUMENT ME!
 355      */
 356     public void LoadFile(String file, String protocol, String format)
 357     {
 358       FileLoader fileLoader = new FileLoader();
 359       fileLoader.LoadFile(file, protocol, format);
 360     }
 361
 362     /**
 363      * DOCUMENT ME!
 364      *
 365      * @param e DOCUMENT ME!
 366      */
 367     public void inputURLMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 368     {
 369         String url = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,
 370                 "Enter url of input file", "Input alignment from URL",
 371                 JOptionPane.QUESTION_MESSAGE, null, null, "http://www.")
 372                                 .toString();
 373
 374         if (url == null)
 375         {
 376             return;
 377         }
 378
 379         if (url.trim().toLowerCase().endsWith(".jar"))
 380         {
 381                jalview.bin.Cache.setProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT", "Jalview");
 382                Jalview2XML.LoadJalviewAlign(url);
 383         }
 384         else
 385         {
 386
 387           String format = IdentifyFile.Identify(url, "URL");
 388
 389           if (format.equals("URL NOT FOUND"))
 390           {
 391             JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 392                                                   "Couldn't locate " + url,
 393                                                   "URL not found",
 394                                                   JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 395
 396             return;
 397           }
 398
 399           LoadFile(url, "URL", format);
 400         }
 401     }
 402
 403     /**
 404      * DOCUMENT ME!
 405      *
 406      * @param e DOCUMENT ME!
 407      */
 408     public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 409     {
 410         CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
 411         cap.setForInput();
 412         Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
 413     }
 414
 415     /*
 416      * Exit the program
 417      */
 418     public void quit()
 419     {
 420         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_X", getBounds().x + "");
 421         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_Y", getBounds().y + "");
 422         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_WIDTH", getWidth() + "");
 423         jalview.bin.Cache.setProperty("SCREEN_HEIGHT", getHeight() + "");
 424         System.exit(0);
 425     }
 426
 427     /**
 428      * DOCUMENT ME!
 429      *
 430      * @param e DOCUMENT ME!
 431      */
 432     public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 433     {
 434       StringBuffer message = new StringBuffer("JalView 2005 version " +
 435                                               jalview.bin.Cache.getProperty(
 436           "VERSION") +
 437                                               "; last updated: " +
 438                                               jalview.bin.
 439                                               Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
 440
 441       if (!jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION").equals(
 442           jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
 443       {
 444         message.append("\n\n!! Jalview version "
 445                        + jalview.bin.Cache.getProperty("LATEST_VERSION")
 446                        + " is available for download from http://www.jalview.org !!\n");
 447
 448       }
 449
 450       message.append( "\nAuthors:  Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, Andrew Waterhouse, Jim Procter & Geoff Barton." +
 451             "\nCurrent development managed by Andrew Waterhouse; Barton Group, University of Dundee." +
 452             "\nFor all issues relating to Jalview, email help@jalview.org" +
 453             "\n\nIf  you use JalView, please cite:" +
 454             "\n\"Clamp, M., Cuff, J., Searle, S. M. and Barton, G. J. (2004), The Jalview Java Alignment Editor\"" +
 455             "\nBioinformatics,  2004 12;426-7.");
 456
 457         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 458
 459            message.toString(), "About Jalview",
 460             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 461     }
 462
 463     /**
 464      * DOCUMENT ME!
 465      *
 466      * @param e DOCUMENT ME!
 467      */
 468     public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
 469     {
 470         try
 471         {
 472             ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
 473             java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
 474             javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
 475
 476             javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
 477             hb.setLocation(new Point(200, 50));
 478             hb.setSize(new Dimension(800, 700));
 479             hb.setCurrentID("home");
 480             hb.setDisplayed(true);
 481         }
 482         catch (Exception ex)
 483         {
 484             ex.printStackTrace();
 485         }
 486     }
 487
 488     /**
 489      * DOCUMENT ME!
 490      *
 491      * @param e DOCUMENT ME!
 492      */
 493     protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
 494     {
 495         new Preferences();
 496     }
 497
 498     /**
 499      * DOCUMENT ME!
 500      *
 501      * @param e DOCUMENT ME!
 502      */
 503     public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
 504     {
 505         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 506                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 507                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 508
 509         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 510         chooser.setDialogTitle("Save State");
 511
 512         int value = chooser.showSaveDialog(this);
 513
 514         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 515         {
 516             java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
 517             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
 518             Jalview2XML.SaveState(choice);
 519         }
 520     }
 521
 522     /**
 523      * DOCUMENT ME!
 524      *
 525      * @param e DOCUMENT ME!
 526      */
 527     public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
 528     {
 529         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.getProperty(
 530                     "LAST_DIRECTORY"), new String[] { "jar" },
 531                 new String[] { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
 532         chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 533         chooser.setDialogTitle("Restore state");
 534
 535         int value = chooser.showOpenDialog(this);
 536
 537         if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 538         {
 539             String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
 540             jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
 541                 chooser.getSelectedFile().getParent());
 542             Jalview2XML.LoadJalviewAlign(choice);
 543         }
 544     }
 545
 546 }
 547