src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.bin.Cache;
  24 import jalview.io.FileLoader;
  25 import jalview.io.FormatAdapter;
  26 import jalview.io.IdentifyFile;
  27 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  28 import jalview.io.JalviewFileView;
  29 import jalview.util.ImageMaker;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31 import jalview.ws.params.ParamManager;
  32
  33 import java.awt.BorderLayout;
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.Point;
  40 import java.awt.Rectangle;
  41 import java.awt.Toolkit;
  42 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  43 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  44 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  45 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  46 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  47 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  48 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  49 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  50 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  51 import java.awt.event.ActionEvent;
  52 import java.awt.event.ActionListener;
  53 import java.awt.event.FocusEvent;
  54 import java.awt.event.FocusListener;
  55 import java.awt.event.MouseAdapter;
  56 import java.awt.event.MouseEvent;
  57 import java.awt.event.MouseListener;
  58 import java.awt.event.WindowAdapter;
  59 import java.awt.event.WindowEvent;
  60 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  61 import java.beans.PropertyChangeListener;
  62 import java.beans.PropertyVetoException;
  63 import java.io.BufferedInputStream;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileOutputStream;
  66 import java.lang.reflect.Constructor;
  67 import java.net.URL;
  68 import java.util.ArrayList;
  69 import java.util.Hashtable;
  70 import java.util.StringTokenizer;
  71 import java.util.Vector;
  72 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  73 import java.util.concurrent.Executors;
  74 import java.util.concurrent.Semaphore;
  75
  76 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  77 import javax.swing.DesktopManager;
  78 import javax.swing.JButton;
  79 import javax.swing.JComboBox;
  80 import javax.swing.JComponent;
  81 import javax.swing.JDesktopPane;
  82 import javax.swing.JFrame;
  83 import javax.swing.JInternalFrame;
  84 import javax.swing.JLabel;
  85 import javax.swing.JMenuItem;
  86 import javax.swing.JOptionPane;
  87 import javax.swing.JPanel;
  88 import javax.swing.JPopupMenu;
  89 import javax.swing.JProgressBar;
  90 import javax.swing.SwingUtilities;
  91 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  92 import javax.swing.event.MenuEvent;
  93 import javax.swing.event.MenuListener;
  94 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  95
  96 /**
  97  * Jalview Desktop
  98  *
  99  *
 100  * @author $author$
 101  * @version $Revision: 1.155 $
 102  */
 103 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop implements
 104         DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 105         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 106 {
 107
 108   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 109
 110   /**
 111    * news reader - null if it was never started.
 112    */
 113   private BlogReader jvnews = null;
 114
 115   /**
 116    * @param listener
 117    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 118    */
 119   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 120           PropertyChangeListener listener)
 121   {
 122     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 123   }
 124
 125   /**
 126    * @param propertyName
 127    * @param listener
 128    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 129    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 130    */
 131   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 132           PropertyChangeListener listener)
 133   {
 134     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 135   }
 136
 137   /**
 138    * @param propertyName
 139    * @param listener
 140    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 141    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 142    */
 143   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 144           PropertyChangeListener listener)
 145   {
 146     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 147             listener);
 148   }
 149
 150   /** Singleton Desktop instance */
 151   public static Desktop instance;
 152
 153   public static MyDesktopPane desktop;
 154
 155   static int openFrameCount = 0;
 156
 157   static final int xOffset = 30;
 158
 159   static final int yOffset = 30;
 160
 161   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 162
 163   public static Object[] jalviewClipboard;
 164
 165   public static boolean internalCopy = false;
 166
 167   static int fileLoadingCount = 0;
 168
 169   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 170   {
 171
 172     private DesktopManager delegate;
 173
 174     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 175     {
 176       this.delegate = delegate;
 177     }
 178
 179     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 180     {
 181       try
 182       {
 183         delegate.activateFrame(f);
 184       } catch (NullPointerException npe)
 185       {
 186         Point p = getMousePosition();
 187         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 188       }
 189     }
 190
 191     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 192     {
 193       delegate.beginDraggingFrame(f);
 194     }
 195
 196     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 197     {
 198       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 199     }
 200
 201     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 202     {
 203       delegate.closeFrame(f);
 204     }
 205
 206     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 207     {
 208       delegate.deactivateFrame(f);
 209     }
 210
 211     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 212     {
 213       delegate.deiconifyFrame(f);
 214     }
 215
 216     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 217     {
 218       if (newY < 0)
 219       {
 220         newY = 0;
 221       }
 222       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 223     }
 224
 225     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 226     {
 227       delegate.endDraggingFrame(f);
 228     }
 229
 230     public void endResizingFrame(JComponent f)
 231     {
 232       delegate.endResizingFrame(f);
 233     }
 234
 235     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 236     {
 237       delegate.iconifyFrame(f);
 238     }
 239
 240     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 241     {
 242       delegate.maximizeFrame(f);
 243     }
 244
 245     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 246     {
 247       delegate.minimizeFrame(f);
 248     }
 249
 250     public void openFrame(JInternalFrame f)
 251     {
 252       delegate.openFrame(f);
 253     }
 254
 255     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 256             int newHeight)
 257     {
 258       Rectangle b = desktop.getBounds();
 259       if (newY < 0)
 260       {
 261         newY = 0;
 262       }
 263       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 264     }
 265
 266     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 267             int newWidth, int newHeight)
 268     {
 269       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 270     }
 271
 272     // All other methods, simply delegate
 273
 274   }
 275
 276   /**
 277    * Creates a new Desktop object.
 278    */
 279   public Desktop()
 280   {
 281     /**
 282      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 283      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 284      * constructor.
 285      */
 286     instance = this;
 287     doVamsasClientCheck();
 288     doGroovyCheck();
 289
 290     setTitle("Jalview " + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION"));
 291     setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);
 292     boolean selmemusage = jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE",
 293             false);
 294     boolean showjconsole = jalview.bin.Cache.getDefault(
 295             "SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 296     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 297     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 298     desktop.setBackground(Color.white);
 299     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 300     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 301     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 302     // sp.getViewport().setView(desktop);
 303     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 304     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 305     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 306
 307     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 308     // if previous window was maximised
 309     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 310             new DefaultDesktopManager()));
 311
 312     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 313     if (dims != null)
 314     {
 315       setBounds(dims);
 316     }
 317     else
 318     {
 319       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 320       setBounds((int) (screenSize.width - 900) / 2,
 321               (int) (screenSize.height - 650) / 2, 900, 650);
 322     }
 323     jconsole = new Console(this, showjconsole);
 324     // add essential build information
 325     jconsole.setHeader("Jalview Desktop "
 326             + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION") + "\n"
 327             + "Build Date: "
 328             + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown") + "\n"
 329             + "Java version: " + System.getProperty("java.version") + "\n"
 330             + System.getProperty("os.arch") + " "
 331             + System.getProperty("os.name") + " "
 332             + System.getProperty("os.version"));
 333
 334     showConsole(showjconsole);
 335
 336     showNews.setVisible(false);
 337
 338     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 339     {
 340       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 341       {
 342         quit();
 343       }
 344     });
 345
 346     MouseAdapter ma;
 347     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 348     {
 349       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 350       {
 351         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
 352         {
 353           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 354         }
 355       }
 356     });
 357     desktop.addMouseListener(ma);
 358
 359     this.addFocusListener(new FocusListener()
 360     {
 361
 362       @Override
 363       public void focusLost(FocusEvent e)
 364       {
 365         // TODO Auto-generated method stub
 366
 367       }
 368
 369       @Override
 370       public void focusGained(FocusEvent e)
 371       {
 372         Cache.log.debug("Relaying windows after focus gain");
 373         // make sure that we sort windows properly after we gain focus
 374         instance.relayerWindows();
 375       }
 376     });
 377     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 378     // Spawn a thread that shows the splashscreen
 379     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 380     {
 381       public void run()
 382       {
 383         new SplashScreen();
 384       }
 385     });
 386
 387     // displayed.
 388     // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time it
 389     // takes to open it later on.
 390     new Thread(new Runnable()
 391     {
 392       public void run()
 393       {
 394         Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 395         JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 396                 jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 397                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 398                 jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 399                 jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 400         Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 401       }
 402     }).start();
 403     // Add the service change listener
 404     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 405             new PropertyChangeListener()
 406             {
 407
 408               @Override
 409               public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 410               {
 411                 Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 412                         + evt.getNewValue());
 413                 JalviewServicesChanged(evt);
 414               }
 415
 416             });
 417   }
 418
 419   public void checkForNews()
 420   {
 421     final Desktop me = this;
 422     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 423     addDialogThread(new Runnable()
 424     {
 425       @Override
 426       public void run()
 427       {
 428         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 429
 430         jvnews = new BlogReader(me);
 431         showNews.setVisible(true);
 432         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 433       }
 434     });
 435   }
 436
 437   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 438   {
 439     showNews(showNews.isSelected());
 440   }
 441
 442   void showNews(boolean visible)
 443   {
 444     {
 445       Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 446       showNews.setSelected(visible);
 447       if (visible && !jvnews.isVisible())
 448       {
 449         new Thread(new Runnable()
 450         {
 451           @Override
 452           public void run()
 453           {
 454             long instance = System.currentTimeMillis();
 455             Desktop.instance.setProgressBar(MessageManager.getString("status.refreshing_news"), instance);
 456             jvnews.refreshNews();
 457             Desktop.instance.setProgressBar(null, instance);
 458             jvnews.showNews();
 459           }
 460         }).start();
 461       }
 462     }
 463   }
 464
 465   /**
 466    * recover the last known dimensions for a jalview window
 467    *
 468    * @param windowName
 469    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 470    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 471    *         window geom was known)
 472    */
 473   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 474   {
 475     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 476     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 477     String x = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 478     String y = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 479     String width = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 480             + "SCREEN_WIDTH");
 481     String height = jalview.bin.Cache.getProperty(windowName
 482             + "SCREEN_HEIGHT");
 483     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 484     {
 485       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y), iw = Integer
 486               .parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 487       if (jalview.bin.Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 488       {
 489         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 490         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 491         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 492         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 493                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 494                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 495         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 496                 .parseInt(jalview.bin.Cache
 497                         .getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 498         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 499         ix = (int) (ix * sw);
 500         iw = (int) (iw * sw);
 501         iy = (int) (iy * sh);
 502         ih = (int) (ih * sh);
 503         while (ix >= screenSize.width)
 504         {
 505           jalview.bin.Cache.log
 506                   .debug("Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 507           ix -= screenSize.width;
 508         }
 509         while (iy >= screenSize.height)
 510         {
 511           jalview.bin.Cache.log
 512                   .debug("Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 513           iy -= screenSize.height;
 514         }
 515         jalview.bin.Cache.log.debug("Got last known dimensions for "
 516                 + windowName + ": x:" + ix + " y:" + iy + " width:" + iw
 517                 + " height:" + ih);
 518       }
 519       // return dimensions for new instance
 520       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 521     }
 522     return null;
 523   }
 524
 525   private void doVamsasClientCheck()
 526   {
 527     if (jalview.bin.Cache.vamsasJarsPresent())
 528     {
 529       setupVamsasDisconnectedGui();
 530       VamsasMenu.setVisible(true);
 531       final Desktop us = this;
 532       VamsasMenu.addMenuListener(new MenuListener()
 533       {
 534         // this listener remembers when the menu was first selected, and
 535         // doesn't rebuild the session list until it has been cleared and
 536         // reselected again.
 537         boolean refresh = true;
 538
 539         public void menuCanceled(MenuEvent e)
 540         {
 541           refresh = true;
 542         }
 543
 544         public void menuDeselected(MenuEvent e)
 545         {
 546           refresh = true;
 547         }
 548
 549         public void menuSelected(MenuEvent e)
 550         {
 551           if (refresh)
 552           {
 553             us.buildVamsasStMenu();
 554             refresh = false;
 555           }
 556         }
 557       });
 558       vamsasStart.setVisible(true);
 559     }
 560   }
 561
 562   void showPasteMenu(int x, int y)
 563   {
 564     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 565     JMenuItem item = new JMenuItem(
 566             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 567     item.addActionListener(new ActionListener()
 568     {
 569       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 570       {
 571         paste();
 572       }
 573     });
 574
 575     popup.add(item);
 576     popup.show(this, x, y);
 577   }
 578
 579   public void paste()
 580   {
 581     try
 582     {
 583       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 584       Transferable contents = c.getContents(this);
 585
 586       if (contents != null)
 587       {
 588         String file = (String) contents
 589                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 590
 591         String format = new IdentifyFile().Identify(file,
 592                 FormatAdapter.PASTE);
 593
 594         new FileLoader().LoadFile(file, FormatAdapter.PASTE, format);
 595
 596       }
 597     } catch (Exception ex)
 598     {
 599       System.out
 600               .println("Unable to paste alignment from system clipboard:\n"
 601                       + ex);
 602     }
 603   }
 604
 605   /**
 606    * Adds and opens the given frame to the desktop
 607    *
 608    * @param frame
 609    *          DOCUMENT ME!
 610    * @param title
 611    *          DOCUMENT ME!
 612    * @param w
 613    *          DOCUMENT ME!
 614    * @param h
 615    *          DOCUMENT ME!
 616    */
 617   public static synchronized void addInternalFrame(
 618           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 619   {
 620     addInternalFrame(frame, title, w, h, true);
 621   }
 622
 623   /**
 624    * DOCUMENT ME!
 625    *
 626    * @param frame
 627    *          DOCUMENT ME!
 628    * @param title
 629    *          DOCUMENT ME!
 630    * @param w
 631    *          DOCUMENT ME!
 632    * @param h
 633    *          DOCUMENT ME!
 634    * @param resizable
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    */
 637   public static synchronized void addInternalFrame(
 638           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 639           boolean resizable)
 640   {
 641
 642     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 643     // bounds object).
 644     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 645     // the current window title
 646
 647     frame.setTitle(title);
 648     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 649     {
 650       frame.setSize(w, h);
 651     }
 652     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 653     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 654     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 655     // ///////////////////////////////////////////////
 656     if (instance == null
 657             || (System.getProperty("java.awt.headless") != null && System
 658                     .getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 659     {
 660       return;
 661     }
 662
 663     openFrameCount++;
 664
 665     frame.setVisible(true);
 666     frame.setClosable(true);
 667     frame.setResizable(resizable);
 668     frame.setMaximizable(resizable);
 669     frame.setIconifiable(resizable);
 670     frame.setFrameIcon(null);
 671
 672     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 673     {
 674       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount, yOffset
 675               * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 676     }
 677
 678     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 679     frame.addInternalFrameListener(new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 680     {
 681       public void internalFrameActivated(
 682               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 683       {
 684         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 685         if (itf != null)
 686         {
 687           itf.requestFocus();
 688         }
 689
 690       }
 691
 692       public void internalFrameClosed(
 693               javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 694       {
 695         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 696         openFrameCount--;
 697         windowMenu.remove(menuItem);
 698         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 699         if (itf != null)
 700         {
 701           itf.requestFocus();
 702         }
 703         System.gc();
 704       };
 705     });
 706
 707     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 708     {
 709       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 710       {
 711         try
 712         {
 713           frame.setSelected(true);
 714           frame.setIcon(false);
 715         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 716         {
 717
 718         }
 719       }
 720     });
 721     menuItem.addMouseListener(new MouseListener()
 722     {
 723
 724       @Override
 725       public void mouseReleased(MouseEvent e)
 726       {
 727       }
 728
 729       @Override
 730       public void mousePressed(MouseEvent e)
 731       {
 732       }
 733
 734       @Override
 735       public void mouseExited(MouseEvent e)
 736       {
 737         try
 738         {
 739           frame.setSelected(false);
 740         } catch (PropertyVetoException e1)
 741         {
 742         }
 743       }
 744
 745       @Override
 746       public void mouseEntered(MouseEvent e)
 747       {
 748         try
 749         {
 750           frame.setSelected(true);
 751         } catch (PropertyVetoException e1)
 752         {
 753         }
 754       }
 755
 756       @Override
 757       public void mouseClicked(MouseEvent e)
 758       {
 759
 760       }
 761     });
 762
 763     windowMenu.add(menuItem);
 764
 765     desktop.add(frame);
 766     frame.toFront();
 767     try
 768     {
 769       frame.setSelected(true);
 770       frame.requestFocus();
 771     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 772     {
 773     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 774     {
 775       Cache.log
 776               .warn("Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 777                       cex);
 778     }
 779   }
 780
 781   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
 782   {
 783     if (!internalCopy)
 784     {
 785       Desktop.jalviewClipboard = null;
 786     }
 787
 788     internalCopy = false;
 789   }
 790
 791   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
 792   {
 793   }
 794
 795   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
 796   {
 797   }
 798
 799   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
 800   {
 801   }
 802
 803   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
 804   {
 805   }
 806
 807   /**
 808    * DOCUMENT ME!
 809    *
 810    * @param evt
 811    *          DOCUMENT ME!
 812    */
 813   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
 814   {
 815     boolean success = true;
 816     Transferable t = evt.getTransferable();
 817     java.util.List files = null;
 818     java.util.List protocols = null;
 819
 820     try
 821     {
 822       DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
 823               "text/uri-list;class=java.lang.String");
 824       if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
 825       {
 826         // Works on Windows and MacOSX
 827         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 828         files = (java.util.List) t
 829                 .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor);
 830       }
 831       else if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
 832       {
 833         // This is used by Unix drag system
 834         evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
 835         String data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
 836         files = new java.util.ArrayList(1);
 837         protocols = new java.util.ArrayList(1);
 838         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
 839                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
 840         {
 841           String s = st.nextToken();
 842           if (s.startsWith("#"))
 843           {
 844             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
 845             continue;
 846           }
 847           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
 848           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
 849           {
 850             protocols.add(FormatAdapter.URL);
 851             files.add(uri.toString());
 852           }
 853           else
 854           {
 855             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
 856             java.io.File file = new java.io.File(uri);
 857             protocols.add(FormatAdapter.FILE);
 858             files.add(file.toString());
 859           }
 860         }
 861       }
 862     } catch (Exception e)
 863     {
 864       success = false;
 865     }
 866
 867     if (files != null)
 868     {
 869       try
 870       {
 871         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
 872         {
 873           String file = files.get(i).toString();
 874           String protocol = (protocols == null) ? FormatAdapter.FILE
 875                   : (String) protocols.get(i);
 876           String format = null;
 877
 878           if (file.endsWith(".jar"))
 879           {
 880             format = "Jalview";
 881
 882           }
 883           else
 884           {
 885             format = new IdentifyFile().Identify(file, protocol);
 886           }
 887
 888           new FileLoader().LoadFile(file, protocol, format);
 889
 890         }
 891       } catch (Exception ex)
 892       {
 893         success = false;
 894       }
 895     }
 896     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
 897                                // transfered to any new windows created
 898   }
 899
 900   /**
 901    * DOCUMENT ME!
 902    *
 903    * @param e
 904    *          DOCUMENT ME!
 905    */
 906   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 907   {
 908     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
 909             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 910             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_EXTENSIONS,
 911             jalview.io.AppletFormatAdapter.READABLE_FNAMES,
 912             jalview.bin.Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT"));
 913
 914     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 915     chooser.setDialogTitle(MessageManager
 916             .getString("label.open_local_file"));
 917     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
 918
 919     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 920
 921     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 922     {
 923       String choice = chooser.getSelectedFile().getPath();
 924       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
 925               .getSelectedFile().getParent());
 926
 927       String format = null;
 928       if (chooser.getSelectedFormat() != null
 929               && chooser.getSelectedFormat().equals("Jalview"))
 930       {
 931         format = "Jalview";
 932       }
 933       else
 934       {
 935         format = new IdentifyFile().Identify(choice, FormatAdapter.FILE);
 936       }
 937
 938       if (viewport != null)
 939       {
 940         new FileLoader().LoadFile(viewport, choice, FormatAdapter.FILE,
 941                 format);
 942       }
 943       else
 944       {
 945         new FileLoader().LoadFile(choice, FormatAdapter.FILE, format);
 946       }
 947     }
 948   }
 949
 950   /**
 951    * DOCUMENT ME!
 952    *
 953    * @param e
 954    *          DOCUMENT ME!
 955    */
 956   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
 957   {
 958     // This construct allows us to have a wider textfield
 959     // for viewing
 960     JLabel label = new JLabel(
 961             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
 962     final JComboBox history = new JComboBox();
 963
 964     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
 965     panel.add(label);
 966     panel.add(history);
 967     history.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
 968     history.setEditable(true);
 969     history.addItem("http://www.");
 970
 971     String historyItems = jalview.bin.Cache.getProperty("RECENT_URL");
 972
 973     StringTokenizer st;
 974
 975     if (historyItems != null)
 976     {
 977       st = new StringTokenizer(historyItems, "\t");
 978
 979       while (st.hasMoreTokens())
 980       {
 981         history.addItem(st.nextElement());
 982       }
 983     }
 984
 985     int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(desktop, panel,
 986             MessageManager.getString("label.input_alignment_from_url"),
 987             JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION);
 988
 989     if (reply != JOptionPane.OK_OPTION)
 990     {
 991       return;
 992     }
 993
 994     String url = history.getSelectedItem().toString();
 995
 996     if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
 997     {
 998       if (viewport != null)
 999       {
1000         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL,
1001                 "Jalview");
1002       }
1003       else
1004       {
1005         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, "Jalview");
1006       }
1007     }
1008     else
1009     {
1010       String format = new IdentifyFile().Identify(url, FormatAdapter.URL);
1011
1012       if (format.equals("URL NOT FOUND"))
1013       {
1014         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1015                 MessageManager.formatMessage("label.couldnt_locate", new String[]{url}), MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1016                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1017
1018         return;
1019       }
1020
1021       if (viewport != null)
1022       {
1023         new FileLoader().LoadFile(viewport, url, FormatAdapter.URL, format);
1024       }
1025       else
1026       {
1027         new FileLoader().LoadFile(url, FormatAdapter.URL, format);
1028       }
1029     }
1030   }
1031
1032   /**
1033    * DOCUMENT ME!
1034    *
1035    * @param e
1036    *          DOCUMENT ME!
1037    */
1038   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1039   {
1040     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1041     cap.setForInput(viewport);
1042     Desktop.addInternalFrame(cap, "Cut & Paste Alignment File", 600, 500);
1043   }
1044
1045   /*
1046    * Exit the program
1047    */
1048   public void quit()
1049   {
1050     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1051     jalview.bin.Cache
1052             .setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1053     jalview.bin.Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height
1054             + "");
1055     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x,
1056             getBounds().y, getWidth(), getHeight()));
1057
1058     if (jconsole != null)
1059     {
1060       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1061       jconsole.stopConsole();
1062     }
1063     if (jvnews != null)
1064     {
1065       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1066
1067     }
1068     if (dialogExecutor != null)
1069     {
1070       dialogExecutor.shutdownNow();
1071     }
1072
1073     System.exit(0);
1074   }
1075
1076   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1077   {
1078     jalview.bin.Cache.log.debug("Storing last known dimensions for "
1079             + string + ": x:" + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width
1080             + " height:" + jc.height);
1081
1082     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1083     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1084     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1085     jalview.bin.Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1086   }
1087
1088   /**
1089    * DOCUMENT ME!
1090    *
1091    * @param e
1092    *          DOCUMENT ME!
1093    */
1094   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1095   {
1096     // StringBuffer message = getAboutMessage(false);
1097     // JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1098     //
1099     // message.toString(), "About Jalview", JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1100     new Thread(new Runnable()
1101     {
1102       public void run()
1103       {
1104         new SplashScreen(true);
1105       }
1106     }).start();
1107   }
1108
1109   public StringBuffer getAboutMessage(boolean shortv)
1110   {
1111     StringBuffer message = new StringBuffer();
1112     message.append("<html>");
1113     if (shortv)
1114     {
1115       message.append("<h1><strong>Version: "
1116               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1117               + "</strong></h1>");
1118       message.append("<strong>Last Updated: <em>"
1119               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown")
1120               + "</em></strong>");
1121
1122     }
1123     else
1124     {
1125
1126       message.append("<strong>Version "
1127               + jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")
1128               + "; last updated: "
1129               + jalview.bin.Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"));
1130     }
1131
1132     if (jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking").equals(
1133             "Checking"))
1134     {
1135       message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1136     }
1137     else if (!jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking")
1138             .equals(jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION")))
1139     {
1140       boolean red = false;
1141       if (jalview.bin.Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1142               .indexOf("automated build") == -1)
1143       {
1144         red = true;
1145         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1146         // version is not a development build
1147         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1148       }
1149
1150       message.append("<br>!! Version "
1151               + jalview.bin.Cache.getDefault("LATEST_VERSION",
1152                       "..Checking..")
1153               + " is available for download from "
1154               + jalview.bin.Cache.getDefault("www.jalview.org",
1155                       "http://www.jalview.org") + " !!");
1156       if (red)
1157       {
1158         message.append("</div>");
1159       }
1160     }
1161     message.append("<br>Authors:  "
1162             + jalview.bin.Cache
1163                     .getDefault(
1164                             "AUTHORFNAMES",
1165                             "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)")
1166             + "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
1167             + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
1168             + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
1169             + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
1170             + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
1171             + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033"
1172             + "</html>");
1173     return message;
1174   }
1175
1176   /**
1177    * DOCUMENT ME!
1178    *
1179    * @param e
1180    *          DOCUMENT ME!
1181    */
1182   public void documentationMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1183   {
1184     try
1185     {
1186       ClassLoader cl = jalview.gui.Desktop.class.getClassLoader();
1187       java.net.URL url = javax.help.HelpSet.findHelpSet(cl, "help/help");
1188       javax.help.HelpSet hs = new javax.help.HelpSet(cl, url);
1189
1190       javax.help.HelpBroker hb = hs.createHelpBroker();
1191       hb.setCurrentID("home");
1192       hb.setDisplayed(true);
1193     } catch (Exception ex)
1194     {
1195     }
1196   }
1197
1198   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1199   {
1200     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1201     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1202     {
1203       try
1204       {
1205         frames[i].setClosed(true);
1206       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1207       {
1208       }
1209     }
1210     System.out.println("ALL CLOSED");
1211     if (v_client != null)
1212     {
1213       // TODO clear binding to vamsas document objects on close_all
1214
1215     }
1216   }
1217
1218   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1219   {
1220     reorderAssociatedWindows(false, false);
1221   }
1222
1223   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1224   {
1225     reorderAssociatedWindows(true, false);
1226   }
1227
1228   void closeAssociatedWindows()
1229   {
1230     reorderAssociatedWindows(false, true);
1231   }
1232
1233   /*
1234    * (non-Javadoc)
1235    *
1236    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1237    * ActionEvent)
1238    */
1239   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1240   {
1241     // We simply collect the garbage
1242     jalview.bin.Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1243     System.gc();
1244     jalview.bin.Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1245   }
1246
1247   /*
1248    * (non-Javadoc)
1249    *
1250    * @see
1251    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1252    * )
1253    */
1254   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1255   {
1256     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1257   }
1258
1259   /*
1260    * (non-Javadoc)
1261    *
1262    * @see
1263    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1264    * )
1265    */
1266   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1267   {
1268     showConsole(showConsole.isSelected());
1269   }
1270
1271   Console jconsole = null;
1272
1273   /**
1274    * control whether the java console is visible or not
1275    *
1276    * @param selected
1277    */
1278   void showConsole(boolean selected)
1279   {
1280     showConsole.setSelected(selected);
1281     // TODO: decide if we should update properties file
1282     Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE", Boolean.valueOf(selected)
1283             .toString());
1284     jconsole.setVisible(selected);
1285   }
1286
1287   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1288   {
1289     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1290     if (frames == null || frames.length < 1)
1291     {
1292       return;
1293     }
1294
1295     AlignViewport source = null, target = null;
1296     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1297     {
1298       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1299     }
1300     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1301     {
1302       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1303     }
1304     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1305     {
1306       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1307     }
1308     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1309     {
1310       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1311     }
1312
1313     if (source != null)
1314     {
1315       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1316       {
1317         target = null;
1318         if (frames[i] == null)
1319         {
1320           continue;
1321         }
1322         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1323         {
1324           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1325         }
1326         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1327         {
1328           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1329         }
1330         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1331         {
1332           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1333         }
1334         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1335         {
1336           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1337         }
1338
1339         if (source == target)
1340         {
1341           try
1342           {
1343             if (close)
1344             {
1345               frames[i].setClosed(true);
1346             }
1347             else
1348             {
1349               frames[i].setIcon(minimize);
1350               if (!minimize)
1351               {
1352                 frames[i].toFront();
1353               }
1354             }
1355
1356           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1357           {
1358           }
1359         }
1360       }
1361     }
1362   }
1363
1364   /**
1365    * DOCUMENT ME!
1366    *
1367    * @param e
1368    *          DOCUMENT ME!
1369    */
1370   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1371   {
1372     new Preferences();
1373   }
1374
1375   /**
1376    * DOCUMENT ME!
1377    *
1378    * @param e
1379    *          DOCUMENT ME!
1380    */
1381   public void saveState_actionPerformed(ActionEvent e)
1382   {
1383     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1384             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1385             { "jvp" }, new String[]
1386             { "Jalview Project" }, "Jalview Project");
1387
1388     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1389     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1390
1391     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1392
1393     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1394     {
1395       final Desktop me = this;
1396       final java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
1397       new Thread(new Runnable()
1398       {
1399         public void run()
1400         {
1401
1402           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.saving_jalview_project", new String[]{choice.getName()}),
1403                   choice.hashCode());
1404           jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY",
1405                   choice.getParent());
1406           // TODO catch and handle errors for savestate
1407           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1408           try
1409           {
1410             new Jalview2XML().SaveState(choice);
1411           } catch (OutOfMemoryError oom)
1412           {
1413             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1414                     + choice.getName(), oom);
1415           } catch (Exception ex)
1416           {
1417             Cache.log.error(
1418                     "Problems whilst trying to save to " + choice.getName(),
1419                     ex);
1420             JOptionPane.showMessageDialog(
1421                     me,
1422                     MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_saving_current_state_to", new String[]{ choice.getName()}),
1423                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1424                     JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1425           }
1426           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1427         }
1428       }).start();
1429     }
1430   }
1431
1432   /**
1433    * DOCUMENT ME!
1434    *
1435    * @param e
1436    *          DOCUMENT ME!
1437    */
1438   public void loadState_actionPerformed(ActionEvent e)
1439   {
1440     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1441             jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1442             { "jvp", "jar" }, new String[]
1443             { "Jalview Project", "Jalview Project (old)" },
1444             "Jalview Project");
1445     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1446     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1447
1448     int value = chooser.showOpenDialog(this);
1449
1450     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1451     {
1452       final String choice = chooser.getSelectedFile().getAbsolutePath();
1453       jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chooser
1454               .getSelectedFile().getParent());
1455       new Thread(new Runnable()
1456       {
1457         public void run()
1458         {
1459           setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.loading_jalview_project", new String[]{choice}),
1460                   choice.hashCode());
1461           try
1462           {
1463             new Jalview2XML().LoadJalviewAlign(choice);
1464           } catch (OutOfMemoryError oom)
1465           {
1466             new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1467           } catch (Exception ex)
1468           {
1469             Cache.log.error("Problems whilst loading project from "
1470                     + choice, ex);
1471             JOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1472                         MessageManager.formatMessage("label.error_whilst_loading_project_from", new String[]{choice}),
1473                     MessageManager.getString("label.couldnt_load_project"), JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1474           }
1475           setProgressBar(null, choice.hashCode());
1476         }
1477       }).start();
1478     }
1479   }
1480
1481   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1482   {
1483     new SequenceFetcher(this);
1484   }
1485
1486   JPanel progressPanel;
1487
1488   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<JPanel>();
1489
1490   public void startLoading(final String fileName)
1491   {
1492     if (fileLoadingCount == 0)
1493     {
1494       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.loading_file", new String[]{fileName})));
1495     }
1496     fileLoadingCount++;
1497   }
1498
1499   private JPanel addProgressPanel(String string)
1500   {
1501     if (progressPanel == null)
1502     {
1503       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1504       totalProgressCount = 0;
1505       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1506     }
1507     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1508     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1509     progressBar.setIndeterminate(true);
1510
1511     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1512
1513     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1514     progressPanel.add(thisprogress);
1515     ((GridLayout) progressPanel.getLayout())
1516             .setRows(((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1517     ++totalProgressCount;
1518     instance.validate();
1519     return thisprogress;
1520   }
1521
1522   int totalProgressCount = 0;
1523
1524   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1525   {
1526     if (progressPanel != null)
1527     {
1528       synchronized (progressPanel)
1529       {
1530         progressPanel.remove(progbar);
1531         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1532         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1533         if (--totalProgressCount < 1)
1534         {
1535           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1536           progressPanel = null;
1537         }
1538       }
1539     }
1540     validate();
1541   }
1542
1543   public void stopLoading()
1544   {
1545     fileLoadingCount--;
1546     if (fileLoadingCount < 1)
1547     {
1548       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1549       {
1550         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1551       }
1552       fileLoadingPanels.clear();
1553       fileLoadingCount = 0;
1554     }
1555     validate();
1556   }
1557
1558   public static int getViewCount(String alignmentId)
1559   {
1560     AlignViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1561     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1562   }
1563
1564   /**
1565    *
1566    * @param alignmentId
1567    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1568    */
1569   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1570   {
1571     int count = 0;
1572     if (Desktop.desktop == null)
1573     {
1574       // no frames created and in headless mode
1575       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1576       return null;
1577     }
1578     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
1579     ArrayList aps = new ArrayList();
1580     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1581     {
1582       if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1583       {
1584         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1585         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1586         {
1587           if (alignmentId.equals(((AlignmentPanel) af.alignPanels
1588                   .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1589           {
1590             aps.add(af.alignPanels.elementAt(a));
1591           }
1592         }
1593       }
1594     }
1595     if (aps.size() == 0)
1596     {
1597       return null;
1598     }
1599     AlignmentPanel[] vap = new AlignmentPanel[aps.size()];
1600     for (int t = 0; t < vap.length; t++)
1601     {
1602       vap[t] = (AlignmentPanel) aps.get(t);
1603     }
1604     return vap;
1605   }
1606
1607   /**
1608    * get all the viewports on an alignment.
1609    *
1610    * @param sequenceSetId
1611    *          unique alignment id
1612    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1613    */
1614   public static AlignViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1615   {
1616     Vector viewp = new Vector();
1617     if (desktop != null)
1618     {
1619       javax.swing.JInternalFrame[] frames = instance.getAllFrames();
1620
1621       for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1622       {
1623         if (frames[t] instanceof AlignFrame)
1624         {
1625           AlignFrame afr = ((AlignFrame) frames[t]);
1626           if (afr.getViewport().getSequenceSetId().equals(sequenceSetId))
1627           {
1628             if (afr.alignPanels != null)
1629             {
1630               for (int a = 0; a < afr.alignPanels.size(); a++)
1631               {
1632                 if (sequenceSetId.equals(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1633                         .elementAt(a)).av.getSequenceSetId()))
1634                 {
1635                   viewp.addElement(((AlignmentPanel) afr.alignPanels
1636                           .elementAt(a)).av);
1637                 }
1638               }
1639             }
1640             else
1641             {
1642               viewp.addElement(((AlignFrame) frames[t]).getViewport());
1643             }
1644           }
1645         }
1646       }
1647       if (viewp.size() > 0)
1648       {
1649         AlignViewport[] vp = new AlignViewport[viewp.size()];
1650         viewp.copyInto(vp);
1651         return vp;
1652       }
1653     }
1654     return null;
1655   }
1656
1657   public void explodeViews(AlignFrame af)
1658   {
1659     int size = af.alignPanels.size();
1660     if (size < 2)
1661     {
1662       return;
1663     }
1664
1665     for (int i = 0; i < size; i++)
1666     {
1667       AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(i);
1668       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1669       if (ap.av.explodedPosition != null
1670               && !ap.av.explodedPosition.equals(af.getBounds()))
1671       {
1672         newaf.setBounds(ap.av.explodedPosition);
1673       }
1674
1675       ap.av.gatherViewsHere = false;
1676
1677       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1678               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1679     }
1680
1681     af.alignPanels.clear();
1682     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1683
1684   }
1685
1686   public void gatherViews(AlignFrame source)
1687   {
1688     source.viewport.gatherViewsHere = true;
1689     source.viewport.explodedPosition = source.getBounds();
1690     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1691     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
1692
1693     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
1694     {
1695       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
1696       {
1697         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
1698         boolean gatherThis = false;
1699         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
1700         {
1701           AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) af.alignPanels.elementAt(a);
1702           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1703           {
1704             gatherThis = true;
1705             ap.av.gatherViewsHere = false;
1706             ap.av.explodedPosition = af.getBounds();
1707             source.addAlignmentPanel(ap, false);
1708           }
1709         }
1710
1711         if (gatherThis)
1712         {
1713           af.alignPanels.clear();
1714           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
1715         }
1716       }
1717     }
1718
1719   }
1720
1721   jalview.gui.VamsasApplication v_client = null;
1722
1723   public void vamsasImport_actionPerformed(ActionEvent e)
1724   {
1725     if (v_client == null)
1726     {
1727       // Load and try to start a session.
1728       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1729               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1730
1731       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1732       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.open_saved_vamsas_session"));
1733       chooser.setToolTipText(MessageManager
1734               .getString("label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session"));
1735
1736       int value = chooser.showOpenDialog(this);
1737
1738       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1739       {
1740         String fle = chooser.getSelectedFile().toString();
1741         if (!vamsasImport(chooser.getSelectedFile()))
1742         {
1743           JOptionPane
1744                   .showInternalMessageDialog(
1745                           Desktop.desktop,
1746                           MessageManager.formatMessage(
1747                                   "label.couldnt_import_as_vamsas_session",
1748                                   new String[]
1749                                   { fle }),
1750                           MessageManager
1751                                   .getString("label.vamsas_document_import_failed"),
1752                           JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
1753         }
1754       }
1755     }
1756     else
1757     {
1758       jalview.bin.Cache.log
1759               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1760     }
1761   }
1762
1763   /**
1764    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1765    *
1766    * @param file
1767    * @return true if import was a success and a session was started.
1768    */
1769   public boolean vamsasImport(URL url)
1770   {
1771     // TODO: create progress bar
1772     if (v_client != null)
1773     {
1774
1775       jalview.bin.Cache.log
1776               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1777       return false;
1778     }
1779
1780     try
1781     {
1782       // copy the URL content to a temporary local file
1783       // TODO: be a bit cleverer here with nio (?!)
1784       File file = File.createTempFile("vdocfromurl", ".vdj");
1785       FileOutputStream fos = new FileOutputStream(file);
1786       BufferedInputStream bis = new BufferedInputStream(url.openStream());
1787       byte[] buffer = new byte[2048];
1788       int ln;
1789       while ((ln = bis.read(buffer)) > -1)
1790       {
1791         fos.write(buffer, 0, ln);
1792       }
1793       bis.close();
1794       fos.close();
1795       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file,
1796               url.toExternalForm());
1797     } catch (Exception ex)
1798     {
1799       jalview.bin.Cache.log.error(
1800               "Failed to create new vamsas session from contents of URL "
1801                       + url, ex);
1802       return false;
1803     }
1804     setupVamsasConnectedGui();
1805     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1806     return v_client.inSession();
1807   }
1808
1809   /**
1810    * import file into a new vamsas session (uses jalview.gui.VamsasApplication)
1811    *
1812    * @param file
1813    * @return true if import was a success and a session was started.
1814    */
1815   public boolean vamsasImport(File file)
1816   {
1817     if (v_client != null)
1818     {
1819
1820       jalview.bin.Cache.log
1821               .error("Implementation error - load session from a running session is not supported.");
1822       return false;
1823     }
1824
1825     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1826             file.hashCode());
1827     try
1828     {
1829       v_client = new jalview.gui.VamsasApplication(this, file, null);
1830     } catch (Exception ex)
1831     {
1832         setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1833                 file.hashCode());
1834       jalview.bin.Cache.log.error(
1835               "New vamsas session from existing session file failed:", ex);
1836       return false;
1837     }
1838     setupVamsasConnectedGui();
1839     v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1840     setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.importing_vamsas_session_from", new String[]{file.getName()}),
1841             file.hashCode());
1842     return v_client.inSession();
1843   }
1844
1845   public boolean joinVamsasSession(String mysesid)
1846   {
1847     if (v_client != null)
1848     {
1849       throw new Error(MessageManager.getString("error.try_join_vamsas_session_another"));
1850     }
1851     if (mysesid == null)
1852     {
1853       throw new Error(MessageManager.getString("error.invalid_vamsas_session_id"));
1854     }
1855     v_client = new VamsasApplication(this, mysesid);
1856     setupVamsasConnectedGui();
1857     v_client.initial_update();
1858     return (v_client.inSession());
1859   }
1860
1861   public void vamsasStart_actionPerformed(ActionEvent e)
1862   {
1863     if (v_client == null)
1864     {
1865       // Start a session.
1866       // we just start a default session for moment.
1867       /*
1868        * JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(jalview.bin.Cache.
1869        * getProperty("LAST_DIRECTORY"));
1870        *
1871        * chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1872        * chooser.setDialogTitle("Load Vamsas file");
1873        * chooser.setToolTipText("Import");
1874        *
1875        * int value = chooser.showOpenDialog(this);
1876        *
1877        * if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION) { v_client = new
1878        * jalview.gui.VamsasApplication(this, chooser.getSelectedFile());
1879        */
1880       v_client = new VamsasApplication(this);
1881       setupVamsasConnectedGui();
1882       v_client.initial_update(); // TODO: thread ?
1883     }
1884     else
1885     {
1886       // store current data in session.
1887       v_client.push_update(); // TODO: thread
1888     }
1889   }
1890
1891   protected void setupVamsasConnectedGui()
1892   {
1893     vamsasStart.setText(MessageManager.getString("label.session_update"));
1894     vamsasSave.setVisible(true);
1895     vamsasStop.setVisible(true);
1896     vamsasImport.setVisible(false); // Document import to existing session is
1897     // not possible for vamsas-client-1.0.
1898   }
1899
1900   protected void setupVamsasDisconnectedGui()
1901   {
1902     vamsasSave.setVisible(false);
1903     vamsasStop.setVisible(false);
1904     vamsasImport.setVisible(true);
1905     vamsasStart.setText(MessageManager
1906             .getString("label.new_vamsas_session"));
1907   }
1908
1909   public void vamsasStop_actionPerformed(ActionEvent e)
1910   {
1911     if (v_client != null)
1912     {
1913       v_client.end_session();
1914       v_client = null;
1915       setupVamsasDisconnectedGui();
1916     }
1917   }
1918
1919   protected void buildVamsasStMenu()
1920   {
1921     if (v_client == null)
1922     {
1923       String[] sess = null;
1924       try
1925       {
1926         sess = VamsasApplication.getSessionList();
1927       } catch (Exception e)
1928       {
1929         jalview.bin.Cache.log.warn(
1930                 "Problem getting current sessions list.", e);
1931         sess = null;
1932       }
1933       if (sess != null)
1934       {
1935         jalview.bin.Cache.log.debug("Got current sessions list: "
1936                 + sess.length + " entries.");
1937         VamsasStMenu.removeAll();
1938         for (int i = 0; i < sess.length; i++)
1939         {
1940           JMenuItem sessit = new JMenuItem();
1941           sessit.setText(sess[i]);
1942           sessit.setToolTipText(MessageManager.formatMessage(
1943                   "label.connect_to_session", new String[]
1944                   { sess[i] }));
1945           final Desktop dsktp = this;
1946           final String mysesid = sess[i];
1947           sessit.addActionListener(new ActionListener()
1948           {
1949
1950             public void actionPerformed(ActionEvent e)
1951             {
1952               if (dsktp.v_client == null)
1953               {
1954                 Thread rthr = new Thread(new Runnable()
1955                 {
1956
1957                   public void run()
1958                   {
1959                     dsktp.v_client = new VamsasApplication(dsktp, mysesid);
1960                     dsktp.setupVamsasConnectedGui();
1961                     dsktp.v_client.initial_update();
1962                   }
1963
1964                 });
1965                 rthr.start();
1966               }
1967             };
1968           });
1969           VamsasStMenu.add(sessit);
1970         }
1971         // don't show an empty menu.
1972         VamsasStMenu.setVisible(sess.length > 0);
1973
1974       }
1975       else
1976       {
1977         jalview.bin.Cache.log.debug("No current vamsas sessions.");
1978         VamsasStMenu.removeAll();
1979         VamsasStMenu.setVisible(false);
1980       }
1981     }
1982     else
1983     {
1984       // Not interested in the content. Just hide ourselves.
1985       VamsasStMenu.setVisible(false);
1986     }
1987   }
1988
1989   public void vamsasSave_actionPerformed(ActionEvent e)
1990   {
1991     if (v_client != null)
1992     {
1993       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1994               jalview.bin.Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), new String[]
1995               { "vdj" }, // TODO: VAMSAS DOCUMENT EXTENSION is VDJ
1996               new String[]
1997               { "Vamsas Document" }, "Vamsas Document");
1998
1999       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
2000       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_vamsas_document_archive"));
2001
2002       int value = chooser.showSaveDialog(this);
2003
2004       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
2005       {
2006         java.io.File choice = chooser.getSelectedFile();
2007         JPanel progpanel = addProgressPanel(MessageManager.formatMessage("label.saving_vamsas_doc", new String[]{choice.getName()}));
2008         jalview.bin.Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", choice.getParent());
2009         String warnmsg = null;
2010         String warnttl = null;
2011         try
2012         {
2013           v_client.vclient.storeDocument(choice);
2014         } catch (Error ex)
2015         {
2016           warnttl = "Serious Problem saving Vamsas Document";
2017           warnmsg = ex.toString();
2018           jalview.bin.Cache.log.error("Error Whilst saving document to "
2019                   + choice, ex);
2020
2021         } catch (Exception ex)
2022         {
2023           warnttl = "Problem saving Vamsas Document.";
2024           warnmsg = ex.toString();
2025           jalview.bin.Cache.log.warn("Exception Whilst saving document to "
2026                   + choice, ex);
2027
2028         }
2029         removeProgressPanel(progpanel);
2030         if (warnmsg != null)
2031         {
2032           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2033
2034           warnmsg, warnttl, JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2035         }
2036       }
2037     }
2038   }
2039
2040   JPanel vamUpdate = null;
2041
2042   /**
2043    * hide vamsas user gui bits when a vamsas document event is being handled.
2044    *
2045    * @param b
2046    *          true to hide gui, false to reveal gui
2047    */
2048   public void setVamsasUpdate(boolean b)
2049   {
2050     jalview.bin.Cache.log.debug("Setting gui for Vamsas update "
2051             + (b ? "in progress" : "finished"));
2052
2053     if (vamUpdate != null)
2054     {
2055       this.removeProgressPanel(vamUpdate);
2056     }
2057     if (b)
2058     {
2059       vamUpdate = this.addProgressPanel(MessageManager.getString("label.updating_vamsas_session"));
2060     }
2061     vamsasStart.setVisible(!b);
2062     vamsasStop.setVisible(!b);
2063     vamsasSave.setVisible(!b);
2064   }
2065
2066   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2067   {
2068     return desktop.getAllFrames();
2069   }
2070
2071   /**
2072    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2073    * should be informed of a new questionnaire.
2074    *
2075    * @param url
2076    */
2077   public void checkForQuestionnaire(String url)
2078   {
2079     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2080     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2081     new Thread(jvq).start();
2082   }
2083
2084   /**
2085    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2086    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2087    * low.
2088    *
2089    * @author AMW
2090    */
2091   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2092   {
2093
2094     boolean showMemoryUsage = false;
2095
2096     Runtime runtime;
2097
2098     java.text.NumberFormat df;
2099
2100     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2101             percentUsage;
2102
2103     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2104     {
2105       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2106     }
2107
2108     public void showMemoryUsage(boolean showMemoryUsage)
2109     {
2110       this.showMemoryUsage = showMemoryUsage;
2111       if (showMemoryUsage)
2112       {
2113         Thread worker = new Thread(this);
2114         worker.start();
2115       }
2116     }
2117
2118     public boolean isShowMemoryUsage()
2119     {
2120       return showMemoryUsage;
2121     }
2122
2123     public void run()
2124     {
2125       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2126       df.setMaximumFractionDigits(2);
2127       runtime = Runtime.getRuntime();
2128
2129       while (showMemoryUsage)
2130       {
2131         try
2132         {
2133           maxMemory = runtime.maxMemory() / 1048576f;
2134           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / 1048576f;
2135           freeMemory = runtime.freeMemory() / 1048576f;
2136           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2137
2138           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2139
2140           // if (percentUsage < 20)
2141           {
2142             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2143             // Color.red);
2144             // instance.set.setBorder(border1);
2145           }
2146           repaint();
2147           // sleep after showing usage
2148           Thread.sleep(3000);
2149         } catch (Exception ex)
2150         {
2151           ex.printStackTrace();
2152         }
2153       }
2154     }
2155
2156     public void paintComponent(Graphics g)
2157     {
2158       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2159       {
2160         if (percentUsage < 20)
2161           g.setColor(Color.red);
2162         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2163         if (fm != null)
2164         {
2165           g.drawString(MessageManager.formatMessage(
2166                   "label.memory_stats",
2167                   new String[]
2168                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2169                       df.format(percentUsage) }), 10,
2170                   getHeight() - fm.getHeight());
2171         }
2172       }
2173     }
2174   }
2175
2176   /**
2177    * fixes stacking order after a modal dialog to ensure windows that should be
2178    * on top actually are
2179    */
2180   public void relayerWindows()
2181   {
2182
2183   }
2184
2185   protected JMenuItem groovyShell;
2186
2187   public void doGroovyCheck()
2188   {
2189     if (jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2190     {
2191       groovyShell = new JMenuItem();
2192       groovyShell.setText(MessageManager.getString("label.groovy_console"));
2193       groovyShell.addActionListener(new ActionListener()
2194       {
2195         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2196         {
2197           groovyShell_actionPerformed(e);
2198         }
2199       });
2200       toolsMenu.add(groovyShell);
2201       groovyShell.setVisible(true);
2202     }
2203   }
2204
2205   /**
2206    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2207    */
2208   public static AlignFrame[] getAlignframes()
2209   {
2210     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2211
2212     if (frames == null)
2213     {
2214       return null;
2215     }
2216     Vector avp = new Vector();
2217     try
2218     {
2219       // REVERSE ORDER
2220       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2221       {
2222         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2223         {
2224           AlignFrame af = (AlignFrame) frames[i];
2225           avp.addElement(af);
2226         }
2227       }
2228     } catch (Exception ex)
2229     {
2230       ex.printStackTrace();
2231     }
2232     if (avp.size() == 0)
2233     {
2234       return null;
2235     }
2236     AlignFrame afs[] = new AlignFrame[avp.size()];
2237     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2238     {
2239       afs[i] = (AlignFrame) avp.elementAt(i);
2240     }
2241     avp.clear();
2242     return afs;
2243   }
2244
2245   public AppJmol[] getJmols()
2246   {
2247     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2248
2249     if (frames == null)
2250     {
2251       return null;
2252     }
2253     Vector avp = new Vector();
2254     try
2255     {
2256       // REVERSE ORDER
2257       for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2258       {
2259         if (frames[i] instanceof AppJmol)
2260         {
2261           AppJmol af = (AppJmol) frames[i];
2262           avp.addElement(af);
2263         }
2264       }
2265     } catch (Exception ex)
2266     {
2267       ex.printStackTrace();
2268     }
2269     if (avp.size() == 0)
2270     {
2271       return null;
2272     }
2273     AppJmol afs[] = new AppJmol[avp.size()];
2274     for (int i = 0, j = avp.size(); i < j; i++)
2275     {
2276       afs[i] = (AppJmol) avp.elementAt(i);
2277     }
2278     avp.clear();
2279     return afs;
2280   }
2281
2282   /**
2283    * Add Groovy Support to Jalview
2284    */
2285   public void groovyShell_actionPerformed(ActionEvent e)
2286   {
2287     // use reflection to avoid creating compilation dependency.
2288     if (!jalview.bin.Cache.groovyJarsPresent())
2289     {
2290       throw new Error(MessageManager.getString("error.implementation_error_cannot_create_groovyshell"));
2291     }
2292     try
2293     {
2294       Class gcClass = Desktop.class.getClassLoader().loadClass(
2295               "groovy.ui.Console");
2296       Constructor gccons = gcClass.getConstructor(null);
2297       java.lang.reflect.Method setvar = gcClass.getMethod("setVariable",
2298               new Class[]
2299               { String.class, Object.class });
2300       java.lang.reflect.Method run = gcClass.getMethod("run", null);
2301       Object gc = gccons.newInstance(null);
2302       setvar.invoke(gc, new Object[]
2303       { "Jalview", this });
2304       run.invoke(gc, null);
2305     } catch (Exception ex)
2306     {
2307       jalview.bin.Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2308       JOptionPane
2309               .showInternalMessageDialog(
2310                       Desktop.desktop,
2311
2312                       MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2313                       MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2314                       JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2315     }
2316   }
2317
2318   /**
2319    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2320    */
2321   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2322
2323   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2324
2325   /*
2326    * (non-Javadoc)
2327    *
2328    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2329    */
2330   public void setProgressBar(String message, long id)
2331   {
2332     if (progressBars == null)
2333     {
2334       progressBars = new Hashtable<Long, JPanel>();
2335       progressBarHandlers = new Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler>();
2336     }
2337
2338     if (progressBars.get(new Long(id)) != null)
2339     {
2340       JPanel progressPanel = progressBars.remove(new Long(id));
2341       if (progressBarHandlers.contains(new Long(id)))
2342       {
2343         progressBarHandlers.remove(new Long(id));
2344       }
2345       removeProgressPanel(progressPanel);
2346     }
2347     else
2348     {
2349       progressBars.put(new Long(id), addProgressPanel(message));
2350     }
2351   }
2352
2353   /*
2354    * (non-Javadoc)
2355    *
2356    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2357    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2358    */
2359   public void registerHandler(final long id,
2360           final IProgressIndicatorHandler handler)
2361   {
2362     if (progressBarHandlers == null || !progressBars.contains(new Long(id)))
2363     {
2364       throw new Error(MessageManager.getString("error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2365     }
2366     progressBarHandlers.put(new Long(id), handler);
2367     final JPanel progressPanel = (JPanel) progressBars.get(new Long(id));
2368     if (handler.canCancel())
2369     {
2370       JButton cancel = new JButton(
2371               MessageManager.getString("action.cancel"));
2372       final IProgressIndicator us = this;
2373       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2374       {
2375
2376         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2377         {
2378           handler.cancelActivity(id);
2379           us.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("label.cancelled_params", new String[]{((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText()}), id);
2380         }
2381       });
2382       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2383     }
2384   }
2385
2386   /**
2387    *
2388    * @return true if any progress bars are still active
2389    */
2390   @Override
2391   public boolean operationInProgress()
2392   {
2393     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2394     {
2395       return true;
2396     }
2397     return false;
2398   }
2399
2400   /**
2401    * This will return the first AlignFrame viewing AlignViewport av. It will
2402    * break if there are more than one AlignFrames viewing a particular av. This
2403    *
2404    * @param av
2405    * @return alignFrame for av
2406    */
2407   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewport av)
2408   {
2409     if (desktop != null)
2410     {
2411       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(av.getSequenceSetId());
2412       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2413       {
2414         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == av)
2415         {
2416           return aps[panel].alignFrame;
2417         }
2418       }
2419     }
2420     return null;
2421   }
2422
2423   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2424   {
2425     return v_client;
2426
2427   }
2428
2429   /**
2430    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2431    */
2432   private boolean inBatchMode = false;
2433
2434   /**
2435    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2436    *
2437    * @return inBatchMode
2438    */
2439   public boolean isInBatchMode()
2440   {
2441     return inBatchMode;
2442   }
2443
2444   /**
2445    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2446    *
2447    * @param inBatchMode
2448    */
2449   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2450   {
2451     this.inBatchMode = inBatchMode;
2452   }
2453
2454   public void startServiceDiscovery()
2455   {
2456     startServiceDiscovery(false);
2457   }
2458
2459   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2460   {
2461     boolean alive = true;
2462     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2463     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2464     if (true)
2465     {
2466       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2467       if (discoverer == null)
2468       {
2469         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2470         // register PCS handler for desktop.
2471         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2472       }
2473       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2474       // until we phase out completely
2475       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2476     }
2477
2478     // ENFIN services are EOLed as of Jalview 2.8.1 release
2479     if (false)
2480     {
2481       try
2482       {
2483         if (Cache.getDefault("SHOW_ENFIN_SERVICES", true))
2484         {
2485           // EnfinEnvision web service menu entries are rebuild every time the
2486           // menu is shown, so no changeSupport events are needed.
2487           jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance();
2488           (t1 = new Thread(jalview.ws.EnfinEnvision2OneWay.getInstance()))
2489                   .start();
2490         }
2491       } catch (Exception e)
2492       {
2493         Cache.log
2494                 .info("Exception when trying to launch Envision2 workflow discovery.",
2495                         e);
2496         Cache.log.info(e.getStackTrace());
2497       }
2498     }
2499
2500     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2501     {
2502       if (jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().isRunning())
2503       {
2504         jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().setAborted(true);
2505       }
2506       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer().startDiscoverer(
2507               changeSupport);
2508
2509     }
2510     Thread t3 = null;
2511     {
2512       // TODO: do rest service discovery
2513     }
2514     if (blocking)
2515     {
2516       while (alive)
2517       {
2518         try
2519         {
2520           Thread.sleep(15);
2521         } catch (Exception e)
2522         {
2523         }
2524         alive = (t1 != null && t1.isAlive())
2525                 || (t2 != null && t2.isAlive())
2526                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2527                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2528       }
2529     }
2530   }
2531
2532   /**
2533    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2534    *
2535    * @param evt
2536    */
2537   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2538   {
2539     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2540     {
2541       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2542               .getErrorMessages();
2543       if (ermsg != null)
2544       {
2545         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2546         {
2547           if (serviceChangedDialog == null)
2548           {
2549             // only run if we aren't already displaying one of these.
2550             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2551             {
2552               public void run()
2553               {
2554
2555                 /*
2556                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2557                  *
2558                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2559                  * Auto-generated method stub
2560                  *
2561                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2562                  * Auto-generated method stub
2563                  *
2564                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2565                  * Auto-generated method stub
2566                  *
2567                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2568                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2569                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2570                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2571                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2572                  * +
2573                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2574                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2575                  * 400);
2576                  *
2577                  * jd.waitForInput();
2578                  */
2579                 JOptionPane
2580                         .showConfirmDialog(
2581                                 Desktop.desktop,
2582                                 new JLabel(
2583                                         "<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2584                                                 + ermsg
2585                                                 + "</td></tr></table>"
2586                                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2587                                                 + " or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2588                                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2589                                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2590                                 "Web Service Configuration Problem",
2591                                 JOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2592                                 JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2593                 serviceChangedDialog = null;
2594
2595               }
2596             });
2597           }
2598         }
2599         else
2600         {
2601           Cache.log
2602                   .error("Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2603                           + ermsg);
2604         }
2605       }
2606     }
2607   }
2608
2609   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2610
2611   /**
2612    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2613    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2614    * to open the URL.
2615    *
2616    * @param url
2617    */
2618   public static void showUrl(final String url)
2619   {
2620     showUrl(url, Desktop.instance);
2621   }
2622
2623   /**
2624    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2625    *
2626    * @param url
2627    * @param progress
2628    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2629    */
2630   public static void showUrl(final String url,
2631           final IProgressIndicator progress)
2632   {
2633     new Thread(new Runnable()
2634     {
2635       public void run()
2636       {
2637         try
2638         {
2639           if (progress != null)
2640           {
2641             progress.setProgressBar(MessageManager.formatMessage("status.opening_params", new String[]{url}), this.hashCode());
2642           }
2643           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2644         } catch (Exception ex)
2645         {
2646           JOptionPane
2647                   .showInternalMessageDialog(
2648                           Desktop.desktop,
2649                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2650                           MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2651                           JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2652
2653           ex.printStackTrace();
2654         }
2655         if (progress != null)
2656         {
2657           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2658         }
2659       }
2660     }).start();
2661   }
2662
2663   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2664
2665   public static ParamManager getUserParameterStore()
2666   {
2667     if (wsparamManager == null)
2668     {
2669       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2670     }
2671     return wsparamManager;
2672   }
2673
2674   /**
2675    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2676    *
2677    * @param e
2678    */
2679   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2680   {
2681     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2682     {
2683       String url = null;
2684       try
2685       {
2686         url = e.getURL().toString();
2687         Desktop.showUrl(url);
2688       } catch (Exception x)
2689       {
2690         if (url != null)
2691         {
2692           if (Cache.log != null)
2693           {
2694             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2695           }
2696           else
2697           {
2698             System.err.println("Couldn't handle string " + url
2699                     + " as a URL.");
2700           }
2701         }
2702         // ignore any exceptions due to dud links.
2703       }
2704
2705     }
2706   }
2707
2708   /**
2709    * single thread that handles display of dialogs to user.
2710    */
2711   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2712
2713   /**
2714    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2715    */
2716   private volatile boolean dialogPause = true;
2717
2718   /**
2719    * pause the queue
2720    */
2721   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2722
2723   /**
2724    * add another dialog thread to the queue
2725    *
2726    * @param prompter
2727    */
2728   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2729   {
2730     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2731     {
2732       public void run()
2733       {
2734         if (dialogPause)
2735         {
2736           try
2737           {
2738             block.acquire();
2739           } catch (InterruptedException x)
2740           {
2741           }
2742           ;
2743         }
2744         if (instance == null)
2745         {
2746           return;
2747         }
2748         try
2749         {
2750           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2751         } catch (Exception q)
2752         {
2753           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2754         }
2755       }
2756     });
2757   }
2758
2759   public void startDialogQueue()
2760   {
2761     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2762     // the current task to begin
2763     dialogPause = false;
2764     block.release();
2765   }
2766   @Override
2767   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2768   {
2769     invalidate();
2770     File of;
2771     ImageMaker im = new jalview.util.ImageMaker(this, ImageMaker.EPS, "View of Desktop", getWidth(), getHeight(), of=new File("Jalview_snapshot"+System.currentTimeMillis()+".eps"), "View of desktop");
2772     try {
2773       paintAll(im.getGraphics());
2774       im.writeImage();
2775     } catch (Exception q)
2776     {
2777       Cache.log.error("Couldn't write snapshot to "+of.getAbsolutePath(),q);
2778       return;
2779     }
2780     Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "+of.getAbsolutePath());
2781   }
2782 }