src/jalview/gui/Desktop.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Dimension;
  26 import java.awt.FontMetrics;
  27 import java.awt.Graphics;
  28 import java.awt.GridLayout;
  29 import java.awt.Point;
  30 import java.awt.Rectangle;
  31 import java.awt.Toolkit;
  32 import java.awt.Window;
  33 import java.awt.datatransfer.Clipboard;
  34 import java.awt.datatransfer.ClipboardOwner;
  35 import java.awt.datatransfer.DataFlavor;
  36 import java.awt.datatransfer.Transferable;
  37 import java.awt.dnd.DnDConstants;
  38 import java.awt.dnd.DropTargetDragEvent;
  39 import java.awt.dnd.DropTargetDropEvent;
  40 import java.awt.dnd.DropTargetEvent;
  41 import java.awt.dnd.DropTargetListener;
  42 import java.awt.event.ActionEvent;
  43 import java.awt.event.ActionListener;
  44 import java.awt.event.InputEvent;
  45 import java.awt.event.KeyEvent;
  46 import java.awt.event.MouseAdapter;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.WindowAdapter;
  49 import java.awt.event.WindowEvent;
  50 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  51 import java.beans.PropertyChangeListener;
  52 import java.io.File;
  53 import java.io.FileWriter;
  54 import java.io.IOException;
  55 import java.net.URL;
  56 import java.util.ArrayList;
  57 import java.util.HashMap;
  58 import java.util.Hashtable;
  59 import java.util.List;
  60 import java.util.ListIterator;
  61 import java.util.Vector;
  62 import java.util.concurrent.ExecutorService;
  63 import java.util.concurrent.Executors;
  64 import java.util.concurrent.Semaphore;
  65
  66 import javax.swing.AbstractAction;
  67 import javax.swing.Action;
  68 import javax.swing.ActionMap;
  69 import javax.swing.Box;
  70 import javax.swing.BoxLayout;
  71 import javax.swing.DefaultDesktopManager;
  72 import javax.swing.DesktopManager;
  73 import javax.swing.InputMap;
  74 import javax.swing.JButton;
  75 import javax.swing.JCheckBox;
  76 import javax.swing.JComboBox;
  77 import javax.swing.JComponent;
  78 import javax.swing.JDesktopPane;
  79 import javax.swing.JInternalFrame;
  80 import javax.swing.JLabel;
  81 import javax.swing.JMenuItem;
  82 import javax.swing.JPanel;
  83 import javax.swing.JPopupMenu;
  84 import javax.swing.JProgressBar;
  85 import javax.swing.JTextField;
  86 import javax.swing.KeyStroke;
  87 import javax.swing.SwingUtilities;
  88 import javax.swing.event.HyperlinkEvent;
  89 import javax.swing.event.HyperlinkEvent.EventType;
  90 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  91 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  92
  93 import org.stackoverflowusers.file.WindowsShortcut;
  94
  95 import jalview.api.AlignViewportI;
  96 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  97 import jalview.bin.Cache;
  98 import jalview.bin.Jalview;
  99 import jalview.gui.ImageExporter.ImageWriterI;
 100 import jalview.io.BackupFiles;
 101 import jalview.io.DataSourceType;
 102 import jalview.io.FileFormat;
 103 import jalview.io.FileFormatException;
 104 import jalview.io.FileFormatI;
 105 import jalview.io.FileFormats;
 106 import jalview.io.FileLoader;
 107 import jalview.io.FormatAdapter;
 108 import jalview.io.IdentifyFile;
 109 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 110 import jalview.io.JalviewFileView;
 111 import jalview.jbgui.GSplitFrame;
 112 import jalview.jbgui.GStructureViewer;
 113 import jalview.project.Jalview2XML;
 114 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
 115 import jalview.urls.IdOrgSettings;
 116 import jalview.util.BrowserLauncher;
 117 import jalview.util.ChannelProperties;
 118 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
 119 import jalview.util.MessageManager;
 120 import jalview.util.Platform;
 121 import jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper;
 122 import jalview.util.UrlConstants;
 123 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
 124 import jalview.ws.params.ParamManager;
 125 import jalview.ws.utils.UrlDownloadClient;
 126
 127 /**
 128  * Jalview Desktop
 129  *
 130  *
 131  * @author $author$
 132  * @version $Revision: 1.155 $
 133  */
 134 public class Desktop extends jalview.jbgui.GDesktop
 135         implements DropTargetListener, ClipboardOwner, IProgressIndicator,
 136         jalview.api.StructureSelectionManagerProvider
 137 {
 138   private static final String CITATION = "<br><br>Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.<br>"
 139           + "<br><br>For help, see the FAQ at <a href=\"http://www.jalview.org/faq\">www.jalview.org/faq</a> and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list"
 140           + "<br><br>If  you use Jalview, please cite:"
 141           + "<br>Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)"
 142           + "<br>Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench"
 143           + "<br>Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033";
 144
 145   private static final String DEFAULT_AUTHORS = "The Jalview Authors (See AUTHORS file for current list)";
 146
 147   private static int DEFAULT_MIN_WIDTH = 300;
 148
 149   private static int DEFAULT_MIN_HEIGHT = 250;
 150
 151   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH = 600;
 152
 153   private static int ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT = 70;
 154
 155   private static final String EXPERIMENTAL_FEATURES = "EXPERIMENTAL_FEATURES";
 156
 157   protected static final String CONFIRM_KEYBOARD_QUIT = "CONFIRM_KEYBOARD_QUIT";
 158
 159   public static HashMap<String, FileWriter> savingFiles = new HashMap<String, FileWriter>();
 160
 161   private JalviewChangeSupport changeSupport = new JalviewChangeSupport();
 162
 163   /**
 164    * news reader - null if it was never started.
 165    */
 166   private BlogReader jvnews = null;
 167
 168   private File projectFile;
 169
 170   /**
 171    * @param listener
 172    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.beans.PropertyChangeListener)
 173    */
 174   public void addJalviewPropertyChangeListener(
 175           PropertyChangeListener listener)
 176   {
 177     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(listener);
 178   }
 179
 180   /**
 181    * @param propertyName
 182    * @param listener
 183    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#addJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 184    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 185    */
 186   public void addJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 187           PropertyChangeListener listener)
 188   {
 189     changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener(propertyName, listener);
 190   }
 191
 192   /**
 193    * @param propertyName
 194    * @param listener
 195    * @see jalview.gui.JalviewChangeSupport#removeJalviewPropertyChangeListener(java.lang.String,
 196    *      java.beans.PropertyChangeListener)
 197    */
 198   public void removeJalviewPropertyChangeListener(String propertyName,
 199           PropertyChangeListener listener)
 200   {
 201     changeSupport.removeJalviewPropertyChangeListener(propertyName,
 202             listener);
 203   }
 204
 205   /** Singleton Desktop instance */
 206   public static Desktop instance;
 207
 208   public static MyDesktopPane desktop;
 209
 210   public static MyDesktopPane getDesktop()
 211   {
 212     // BH 2018 could use currentThread() here as a reference to a
 213     // Hashtable<Thread, MyDesktopPane> in JavaScript
 214     return desktop;
 215   }
 216
 217   static int openFrameCount = 0;
 218
 219   static final int xOffset = 30;
 220
 221   static final int yOffset = 30;
 222
 223   public static jalview.ws.jws1.Discoverer discoverer;
 224
 225   public static Object[] jalviewClipboard;
 226
 227   public static boolean internalCopy = false;
 228
 229   static int fileLoadingCount = 0;
 230
 231   class MyDesktopManager implements DesktopManager
 232   {
 233
 234     private DesktopManager delegate;
 235
 236     public MyDesktopManager(DesktopManager delegate)
 237     {
 238       this.delegate = delegate;
 239     }
 240
 241     @Override
 242     public void activateFrame(JInternalFrame f)
 243     {
 244       try
 245       {
 246         delegate.activateFrame(f);
 247       } catch (NullPointerException npe)
 248       {
 249         Point p = getMousePosition();
 250         instance.showPasteMenu(p.x, p.y);
 251       }
 252     }
 253
 254     @Override
 255     public void beginDraggingFrame(JComponent f)
 256     {
 257       delegate.beginDraggingFrame(f);
 258     }
 259
 260     @Override
 261     public void beginResizingFrame(JComponent f, int direction)
 262     {
 263       delegate.beginResizingFrame(f, direction);
 264     }
 265
 266     @Override
 267     public void closeFrame(JInternalFrame f)
 268     {
 269       delegate.closeFrame(f);
 270     }
 271
 272     @Override
 273     public void deactivateFrame(JInternalFrame f)
 274     {
 275       delegate.deactivateFrame(f);
 276     }
 277
 278     @Override
 279     public void deiconifyFrame(JInternalFrame f)
 280     {
 281       delegate.deiconifyFrame(f);
 282     }
 283
 284     @Override
 285     public void dragFrame(JComponent f, int newX, int newY)
 286     {
 287       if (newY < 0)
 288       {
 289         newY = 0;
 290       }
 291       delegate.dragFrame(f, newX, newY);
 292     }
 293
 294     @Override
 295     public void endDraggingFrame(JComponent f)
 296     {
 297       delegate.endDraggingFrame(f);
 298       desktop.repaint();
 299     }
 300
 301     @Override
 302     public void endResizingFrame(JComponent f)
 303     {
 304       delegate.endResizingFrame(f);
 305       desktop.repaint();
 306     }
 307
 308     @Override
 309     public void iconifyFrame(JInternalFrame f)
 310     {
 311       delegate.iconifyFrame(f);
 312     }
 313
 314     @Override
 315     public void maximizeFrame(JInternalFrame f)
 316     {
 317       delegate.maximizeFrame(f);
 318     }
 319
 320     @Override
 321     public void minimizeFrame(JInternalFrame f)
 322     {
 323       delegate.minimizeFrame(f);
 324     }
 325
 326     @Override
 327     public void openFrame(JInternalFrame f)
 328     {
 329       delegate.openFrame(f);
 330     }
 331
 332     @Override
 333     public void resizeFrame(JComponent f, int newX, int newY, int newWidth,
 334             int newHeight)
 335     {
 336       if (newY < 0)
 337       {
 338         newY = 0;
 339       }
 340       delegate.resizeFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 341     }
 342
 343     @Override
 344     public void setBoundsForFrame(JComponent f, int newX, int newY,
 345             int newWidth, int newHeight)
 346     {
 347       delegate.setBoundsForFrame(f, newX, newY, newWidth, newHeight);
 348     }
 349
 350     // All other methods, simply delegate
 351
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Creates a new Desktop object.
 356    */
 357   public Desktop()
 358   {
 359     super();
 360     /**
 361      * A note to implementors. It is ESSENTIAL that any activities that might
 362      * block are spawned off as threads rather than waited for during this
 363      * constructor.
 364      */
 365     instance = this;
 366
 367     doConfigureStructurePrefs();
 368     setTitle(ChannelProperties.getProperty("app_name") + " "
 369             + Cache.getProperty("VERSION"));
 370     /*
 371     if (!Platform.isAMac())
 372     {
 373       // this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.EXIT_ON_CLOSE);
 374     }
 375     else
 376     {
 377      this.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DO_NOTHING_ON_CLOSE);
 378     }
 379     */
 380
 381     try
 382     {
 383       APQHandlers.setAPQHandlers(this);
 384     } catch (Throwable t)
 385     {
 386       System.out.println("Error setting APQHandlers: " + t.toString());
 387       // t.printStackTrace();
 388     }
 389
 390     addWindowListener(new WindowAdapter()
 391     {
 392
 393       @Override
 394       public void windowClosing(WindowEvent ev)
 395       {
 396         quit();
 397       }
 398     });
 399
 400     boolean selmemusage = Cache.getDefault("SHOW_MEMUSAGE", false);
 401
 402     boolean showjconsole = Cache.getDefault("SHOW_JAVA_CONSOLE", false);
 403     desktop = new MyDesktopPane(selmemusage);
 404
 405     showMemusage.setSelected(selmemusage);
 406     desktop.setBackground(Color.white);
 407
 408     getContentPane().setLayout(new BorderLayout());
 409     // alternate config - have scrollbars - see notes in JAL-153
 410     // JScrollPane sp = new JScrollPane();
 411     // sp.getViewport().setView(desktop);
 412     // getContentPane().add(sp, BorderLayout.CENTER);
 413
 414     // BH 2018 - just an experiment to try unclipped JInternalFrames.
 415     if (Platform.isJS())
 416     {
 417       getRootPane().putClientProperty("swingjs.overflow.hidden", "false");
 418     }
 419
 420     getContentPane().add(desktop, BorderLayout.CENTER);
 421     desktop.setDragMode(JDesktopPane.OUTLINE_DRAG_MODE);
 422
 423     // This line prevents Windows Look&Feel resizing all new windows to maximum
 424     // if previous window was maximised
 425     desktop.setDesktopManager(new MyDesktopManager(
 426             (Platform.isWindowsAndNotJS() ? new DefaultDesktopManager()
 427                     : Platform.isAMacAndNotJS()
 428                             ? new AquaInternalFrameManager(
 429                                     desktop.getDesktopManager())
 430                             : desktop.getDesktopManager())));
 431
 432     Rectangle dims = getLastKnownDimensions("");
 433     if (dims != null)
 434     {
 435       setBounds(dims);
 436     }
 437     else
 438     {
 439       Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 440       int xPos = Math.max(5, (screenSize.width - 900) / 2);
 441       int yPos = Math.max(5, (screenSize.height - 650) / 2);
 442       setBounds(xPos, yPos, 900, 650);
 443     }
 444
 445     if (!Platform.isJS())
 446     /**
 447      * Java only
 448      *
 449      * @j2sIgnore
 450      */
 451     {
 452       jconsole = new Console(this, showjconsole);
 453       jconsole.setHeader(Cache.getVersionDetailsForConsole());
 454       showConsole(showjconsole);
 455
 456       showNews.setVisible(false);
 457
 458       experimentalFeatures.setSelected(showExperimental());
 459
 460       getIdentifiersOrgData();
 461
 462       checkURLLinks();
 463
 464       // Spawn a thread that shows the splashscreen
 465
 466       SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 467       {
 468         @Override
 469         public void run()
 470         {
 471           new SplashScreen(true);
 472         }
 473       });
 474
 475       // Thread off a new instance of the file chooser - this reduces the time
 476       // it
 477       // takes to open it later on.
 478       new Thread(new Runnable()
 479       {
 480         @Override
 481         public void run()
 482         {
 483           Cache.log.debug("Filechooser init thread started.");
 484           String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
 485           JalviewFileChooser.forRead(Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"),
 486                   fileFormat);
 487           Cache.log.debug("Filechooser init thread finished.");
 488         }
 489       }).start();
 490       // Add the service change listener
 491       changeSupport.addJalviewPropertyChangeListener("services",
 492               new PropertyChangeListener()
 493               {
 494
 495                 @Override
 496                 public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 497                 {
 498                   Cache.log.debug("Firing service changed event for "
 499                           + evt.getNewValue());
 500                   JalviewServicesChanged(evt);
 501                 }
 502               });
 503     }
 504
 505     this.setDropTarget(new java.awt.dnd.DropTarget(desktop, this));
 506
 507     this.addWindowListener(new WindowAdapter()
 508     {
 509       @Override
 510       public void windowClosing(WindowEvent evt)
 511       {
 512         quit();
 513       }
 514     });
 515
 516     MouseAdapter ma;
 517     this.addMouseListener(ma = new MouseAdapter()
 518     {
 519       @Override
 520       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 521       {
 522         if (evt.isPopupTrigger()) // Mac
 523         {
 524           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 525         }
 526       }
 527
 528       @Override
 529       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 530       {
 531         if (evt.isPopupTrigger()) // Windows
 532         {
 533           showPasteMenu(evt.getX(), evt.getY());
 534         }
 535       }
 536     });
 537     desktop.addMouseListener(ma);
 538
 539   }
 540
 541   /**
 542    * Answers true if user preferences to enable experimental features is True
 543    * (on), else false
 544    *
 545    * @return
 546    */
 547   public boolean showExperimental()
 548   {
 549     String experimental = Cache.getDefault(EXPERIMENTAL_FEATURES,
 550             Boolean.FALSE.toString());
 551     return Boolean.valueOf(experimental).booleanValue();
 552   }
 553
 554   public void doConfigureStructurePrefs()
 555   {
 556     // configure services
 557     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 558             .getStructureSelectionManager(this);
 559     if (Cache.getDefault(Preferences.ADD_SS_ANN, true))
 560     {
 561       ssm.setAddTempFacAnnot(
 562               Cache.getDefault(Preferences.ADD_TEMPFACT_ANN, true));
 563       ssm.setProcessSecondaryStructure(
 564               Cache.getDefault(Preferences.STRUCT_FROM_PDB, true));
 565       ssm.setSecStructServices(
 566               Cache.getDefault(Preferences.USE_RNAVIEW, true));
 567     }
 568     else
 569     {
 570       ssm.setAddTempFacAnnot(false);
 571       ssm.setProcessSecondaryStructure(false);
 572       ssm.setSecStructServices(false);
 573     }
 574   }
 575
 576   public void checkForNews()
 577   {
 578     final Desktop me = this;
 579     // Thread off the news reader, in case there are connection problems.
 580     new Thread(new Runnable()
 581     {
 582       @Override
 583       public void run()
 584       {
 585         Cache.log.debug("Starting news thread.");
 586         jvnews = new BlogReader(me);
 587         showNews.setVisible(true);
 588         Cache.log.debug("Completed news thread.");
 589       }
 590     }).start();
 591   }
 592
 593   public void getIdentifiersOrgData()
 594   {
 595     // Thread off the identifiers fetcher
 596     new Thread(new Runnable()
 597     {
 598       @Override
 599       public void run()
 600       {
 601         Cache.log.debug("Downloading data from identifiers.org");
 602         try
 603         {
 604           UrlDownloadClient.download(IdOrgSettings.getUrl(),
 605                   IdOrgSettings.getDownloadLocation());
 606         } catch (IOException e)
 607         {
 608           Cache.log.debug("Exception downloading identifiers.org data"
 609                   + e.getMessage());
 610         }
 611       }
 612     }).start();
 613
 614   }
 615
 616   @Override
 617   protected void showNews_actionPerformed(ActionEvent e)
 618   {
 619     showNews(showNews.isSelected());
 620   }
 621
 622   void showNews(boolean visible)
 623   {
 624     Cache.log.debug((visible ? "Showing" : "Hiding") + " news.");
 625     showNews.setSelected(visible);
 626     if (visible && !jvnews.isVisible())
 627     {
 628       new Thread(new Runnable()
 629       {
 630         @Override
 631         public void run()
 632         {
 633           long now = System.currentTimeMillis();
 634           Desktop.instance.setProgressBar(
 635                   MessageManager.getString("status.refreshing_news"), now);
 636           jvnews.refreshNews();
 637           Desktop.instance.setProgressBar(null, now);
 638           jvnews.showNews();
 639         }
 640       }).start();
 641     }
 642   }
 643
 644   /**
 645    * recover the last known dimensions for a jalview window
 646    *
 647    * @param windowName
 648    *          - empty string is desktop, all other windows have unique prefix
 649    * @return null or last known dimensions scaled to current geometry (if last
 650    *         window geom was known)
 651    */
 652   Rectangle getLastKnownDimensions(String windowName)
 653   {
 654     // TODO: lock aspect ratio for scaling desktop Bug #0058199
 655     Dimension screenSize = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
 656     String x = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_X");
 657     String y = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_Y");
 658     String width = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_WIDTH");
 659     String height = Cache.getProperty(windowName + "SCREEN_HEIGHT");
 660     if ((x != null) && (y != null) && (width != null) && (height != null))
 661     {
 662       int ix = Integer.parseInt(x), iy = Integer.parseInt(y),
 663               iw = Integer.parseInt(width), ih = Integer.parseInt(height);
 664       if (Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH") != null)
 665       {
 666         // attempt #1 - try to cope with change in screen geometry - this
 667         // version doesn't preserve original jv aspect ratio.
 668         // take ratio of current screen size vs original screen size.
 669         double sw = ((1f * screenSize.width) / (1f * Integer
 670                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH"))));
 671         double sh = ((1f * screenSize.height) / (1f * Integer
 672                 .parseInt(Cache.getProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT"))));
 673         // rescale the bounds depending upon the current screen geometry.
 674         ix = (int) (ix * sw);
 675         iw = (int) (iw * sw);
 676         iy = (int) (iy * sh);
 677         ih = (int) (ih * sh);
 678         while (ix >= screenSize.width)
 679         {
 680           Cache.log.debug(
 681                   "Window geometry location recall error: shifting horizontal to within screenbounds.");
 682           ix -= screenSize.width;
 683         }
 684         while (iy >= screenSize.height)
 685         {
 686           Cache.log.debug(
 687                   "Window geometry location recall error: shifting vertical to within screenbounds.");
 688           iy -= screenSize.height;
 689         }
 690         Cache.log.debug(
 691                 "Got last known dimensions for " + windowName + ": x:" + ix
 692                         + " y:" + iy + " width:" + iw + " height:" + ih);
 693       }
 694       // return dimensions for new instance
 695       return new Rectangle(ix, iy, iw, ih);
 696     }
 697     return null;
 698   }
 699
 700   void showPasteMenu(int x, int y)
 701   {
 702     JPopupMenu popup = new JPopupMenu();
 703     JMenuItem item = new JMenuItem(
 704             MessageManager.getString("label.paste_new_window"));
 705     item.addActionListener(new ActionListener()
 706     {
 707       @Override
 708       public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 709       {
 710         paste();
 711       }
 712     });
 713
 714     popup.add(item);
 715     popup.show(this, x, y);
 716   }
 717
 718   public void paste()
 719   {
 720     try
 721     {
 722       Clipboard c = Toolkit.getDefaultToolkit().getSystemClipboard();
 723       Transferable contents = c.getContents(this);
 724
 725       if (contents != null)
 726       {
 727         String file = (String) contents
 728                 .getTransferData(DataFlavor.stringFlavor);
 729
 730         FileFormatI format = new IdentifyFile().identify(file,
 731                 DataSourceType.PASTE);
 732
 733         new FileLoader().LoadFile(file, DataSourceType.PASTE, format);
 734
 735       }
 736     } catch (Exception ex)
 737     {
 738       System.out.println(
 739               "Unable to paste alignment from system clipboard:\n" + ex);
 740     }
 741   }
 742
 743   /**
 744    * Adds and opens the given frame to the desktop
 745    *
 746    * @param frame
 747    *          Frame to show
 748    * @param title
 749    *          Visible Title
 750    * @param w
 751    *          width
 752    * @param h
 753    *          height
 754    */
 755   public static synchronized void addInternalFrame(
 756           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h)
 757   {
 758     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, true, false);
 759   }
 760
 761   /**
 762    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 763    *
 764    * @param frame
 765    *          Frame to show
 766    * @param title
 767    *          Visible Title
 768    * @param makeVisible
 769    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 770    *          setVisible themselves.
 771    * @param w
 772    *          width
 773    * @param h
 774    *          height
 775    */
 776   public static synchronized void addInternalFrame(
 777           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 778           int w, int h)
 779   {
 780     addInternalFrame(frame, title, makeVisible, w, h, true, false);
 781   }
 782
 783   /**
 784    * Add an internal frame to the Jalview desktop and make it visible
 785    *
 786    * @param frame
 787    *          Frame to show
 788    * @param title
 789    *          Visible Title
 790    * @param w
 791    *          width
 792    * @param h
 793    *          height
 794    * @param resizable
 795    *          Allow resize
 796    */
 797   public static synchronized void addInternalFrame(
 798           final JInternalFrame frame, String title, int w, int h,
 799           boolean resizable)
 800   {
 801     addInternalFrame(frame, title, true, w, h, resizable, false);
 802   }
 803
 804   /**
 805    * Add an internal frame to the Jalview desktop
 806    *
 807    * @param frame
 808    *          Frame to show
 809    * @param title
 810    *          Visible Title
 811    * @param makeVisible
 812    *          When true, display frame immediately, otherwise, caller must call
 813    *          setVisible themselves.
 814    * @param w
 815    *          width
 816    * @param h
 817    *          height
 818    * @param resizable
 819    *          Allow resize
 820    * @param ignoreMinSize
 821    *          Do not set the default minimum size for frame
 822    */
 823   public static synchronized void addInternalFrame(
 824           final JInternalFrame frame, String title, boolean makeVisible,
 825           int w, int h, boolean resizable, boolean ignoreMinSize)
 826   {
 827
 828     // TODO: allow callers to determine X and Y position of frame (eg. via
 829     // bounds object).
 830     // TODO: consider fixing method to update entries in the window submenu with
 831     // the current window title
 832
 833     frame.setTitle(title);
 834     if (frame.getWidth() < 1 || frame.getHeight() < 1)
 835     {
 836       frame.setSize(w, h);
 837     }
 838     // THIS IS A PUBLIC STATIC METHOD, SO IT MAY BE CALLED EVEN IN
 839     // A HEADLESS STATE WHEN NO DESKTOP EXISTS. MUST RETURN
 840     // IF JALVIEW IS RUNNING HEADLESS
 841     // ///////////////////////////////////////////////
 842     if (instance == null || (System.getProperty("java.awt.headless") != null
 843             && System.getProperty("java.awt.headless").equals("true")))
 844     {
 845       return;
 846     }
 847
 848     openFrameCount++;
 849
 850     if (!ignoreMinSize)
 851     {
 852       frame.setMinimumSize(
 853               new Dimension(DEFAULT_MIN_WIDTH, DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 854
 855       // Set default dimension for Alignment Frame window.
 856       // The Alignment Frame window could be added from a number of places,
 857       // hence,
 858       // I did this here in order not to miss out on any Alignment frame.
 859       if (frame instanceof AlignFrame)
 860       {
 861         frame.setMinimumSize(new Dimension(ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_WIDTH,
 862                 ALIGN_FRAME_DEFAULT_MIN_HEIGHT));
 863       }
 864     }
 865
 866     frame.setVisible(makeVisible);
 867     frame.setClosable(true);
 868     frame.setResizable(resizable);
 869     frame.setMaximizable(resizable);
 870     frame.setIconifiable(resizable);
 871     frame.setOpaque(Platform.isJS());
 872
 873     if (frame.getX() < 1 && frame.getY() < 1)
 874     {
 875       frame.setLocation(xOffset * openFrameCount,
 876               yOffset * ((openFrameCount - 1) % 10) + yOffset);
 877     }
 878
 879     /*
 880      * add an entry for the new frame in the Window menu
 881      * (and remove it when the frame is closed)
 882      */
 883     final JMenuItem menuItem = new JMenuItem(title);
 884     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 885     {
 886       @Override
 887       public void internalFrameActivated(InternalFrameEvent evt)
 888       {
 889         JInternalFrame itf = desktop.getSelectedFrame();
 890         if (itf != null)
 891         {
 892           if (itf instanceof AlignFrame)
 893           {
 894             Jalview.setCurrentAlignFrame((AlignFrame) itf);
 895           }
 896           itf.requestFocus();
 897         }
 898       }
 899
 900       @Override
 901       public void internalFrameClosed(InternalFrameEvent evt)
 902       {
 903         PaintRefresher.RemoveComponent(frame);
 904
 905         /*
 906          * defensive check to prevent frames being
 907          * added half off the window
 908          */
 909         if (openFrameCount > 0)
 910         {
 911           openFrameCount--;
 912         }
 913
 914         /*
 915          * ensure no reference to alignFrame retained by menu item listener
 916          */
 917         if (menuItem.getActionListeners().length > 0)
 918         {
 919           menuItem.removeActionListener(menuItem.getActionListeners()[0]);
 920         }
 921         windowMenu.remove(menuItem);
 922       }
 923     });
 924
 925     menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 926     {
 927       @Override
 928       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 929       {
 930         try
 931         {
 932           frame.setSelected(true);
 933           frame.setIcon(false);
 934         } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
 935         {
 936           // System.err.println(ex.toString());
 937         }
 938       }
 939     });
 940
 941     setKeyBindings(frame);
 942
 943     desktop.add(frame);
 944
 945     windowMenu.add(menuItem);
 946
 947     frame.toFront();
 948     try
 949     {
 950       frame.setSelected(true);
 951       frame.requestFocus();
 952     } catch (java.beans.PropertyVetoException ve)
 953     {
 954     } catch (java.lang.ClassCastException cex)
 955     {
 956       Cache.log.warn(
 957               "Squashed a possible GUI implementation error. If you can recreate this, please look at http://issues.jalview.org/browse/JAL-869",
 958               cex);
 959     }
 960   }
 961
 962   /**
 963    * Add key bindings to a JInternalFrame so that Ctrl-W and Cmd-W will close
 964    * the window
 965    *
 966    * @param frame
 967    */
 968   private static void setKeyBindings(JInternalFrame frame)
 969   {
 970     @SuppressWarnings("serial")
 971     final Action closeAction = new AbstractAction()
 972     {
 973       @Override
 974       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 975       {
 976         frame.dispose();
 977       }
 978     };
 979
 980     /*
 981      * set up key bindings for Ctrl-W and Cmd-W, with the same (Close) action
 982      */
 983     KeyStroke ctrlWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 984             InputEvent.CTRL_DOWN_MASK);
 985     KeyStroke cmdWKey = KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_W,
 986             ShortcutKeyMaskExWrapper.getMenuShortcutKeyMaskEx());
 987
 988     InputMap inputMap = frame
 989             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW);
 990     String ctrlW = ctrlWKey.toString();
 991     inputMap.put(ctrlWKey, ctrlW);
 992     inputMap.put(cmdWKey, ctrlW);
 993
 994     ActionMap actionMap = frame.getActionMap();
 995     actionMap.put(ctrlW, closeAction);
 996   }
 997
 998   @Override
 999   public void lostOwnership(Clipboard clipboard, Transferable contents)
1000   {
1001     if (!internalCopy)
1002     {
1003       Desktop.jalviewClipboard = null;
1004     }
1005
1006     internalCopy = false;
1007   }
1008
1009   @Override
1010   public void dragEnter(DropTargetDragEvent evt)
1011   {
1012   }
1013
1014   @Override
1015   public void dragExit(DropTargetEvent evt)
1016   {
1017   }
1018
1019   @Override
1020   public void dragOver(DropTargetDragEvent evt)
1021   {
1022   }
1023
1024   @Override
1025   public void dropActionChanged(DropTargetDragEvent evt)
1026   {
1027   }
1028
1029   /**
1030    * DOCUMENT ME!
1031    *
1032    * @param evt
1033    *          DOCUMENT ME!
1034    */
1035   @Override
1036   public void drop(DropTargetDropEvent evt)
1037   {
1038     boolean success = true;
1039     // JAL-1552 - acceptDrop required before getTransferable call for
1040     // Java's Transferable for native dnd
1041     evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
1042     Transferable t = evt.getTransferable();
1043     List<Object> files = new ArrayList<>();
1044     List<DataSourceType> protocols = new ArrayList<>();
1045
1046     try
1047     {
1048       Desktop.transferFromDropTarget(files, protocols, evt, t);
1049     } catch (Exception e)
1050     {
1051       e.printStackTrace();
1052       success = false;
1053     }
1054
1055     if (files != null)
1056     {
1057       try
1058       {
1059         for (int i = 0; i < files.size(); i++)
1060         {
1061           // BH 2018 File or String
1062           Object file = files.get(i);
1063           String fileName = file.toString();
1064           DataSourceType protocol = (protocols == null)
1065                   ? DataSourceType.FILE
1066                   : protocols.get(i);
1067           FileFormatI format = null;
1068
1069           if (fileName.endsWith(".jar"))
1070           {
1071             format = FileFormat.Jalview;
1072
1073           }
1074           else
1075           {
1076             format = new IdentifyFile().identify(file, protocol);
1077           }
1078           if (file instanceof File)
1079           {
1080             Platform.cacheFileData((File) file);
1081           }
1082           new FileLoader().LoadFile(null, file, protocol, format);
1083
1084         }
1085       } catch (Exception ex)
1086       {
1087         success = false;
1088       }
1089     }
1090     evt.dropComplete(success); // need this to ensure input focus is properly
1091                                // transfered to any new windows created
1092   }
1093
1094   /**
1095    * DOCUMENT ME!
1096    *
1097    * @param e
1098    *          DOCUMENT ME!
1099    */
1100   @Override
1101   public void inputLocalFileMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1102   {
1103     String fileFormat = Cache.getProperty("DEFAULT_FILE_FORMAT");
1104     JalviewFileChooser chooser = JalviewFileChooser.forRead(
1105             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), fileFormat,
1106             BackupFiles.getEnabled());
1107
1108     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1109     chooser.setDialogTitle(
1110             MessageManager.getString("label.open_local_file"));
1111     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.open"));
1112
1113     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1114     {
1115       @Override
1116       public void run()
1117       {
1118         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1119         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1120
1121         FileFormatI format = chooser.getSelectedFormat();
1122
1123         /*
1124          * Call IdentifyFile to verify the file contains what its extension implies.
1125          * Skip this step for dynamically added file formats, because
1126          * IdentifyFile does not know how to recognise them.
1127          */
1128         if (FileFormats.getInstance().isIdentifiable(format))
1129         {
1130           try
1131           {
1132             format = new IdentifyFile().identify(selectedFile,
1133                     DataSourceType.FILE);
1134           } catch (FileFormatException e)
1135           {
1136             // format = null; //??
1137           }
1138         }
1139
1140         new FileLoader().LoadFile(viewport, selectedFile,
1141                 DataSourceType.FILE, format);
1142       }
1143     });
1144     chooser.showOpenDialog(this);
1145   }
1146
1147   /**
1148    * Shows a dialog for input of a URL at which to retrieve alignment data
1149    *
1150    * @param viewport
1151    */
1152   @Override
1153   public void inputURLMenuItem_actionPerformed(AlignViewport viewport)
1154   {
1155     // This construct allows us to have a wider textfield
1156     // for viewing
1157     JLabel label = new JLabel(
1158             MessageManager.getString("label.input_file_url"));
1159
1160     JPanel panel = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
1161     panel.add(label);
1162
1163     /*
1164      * the URL to fetch is
1165      * Java: an editable combobox with history
1166      * JS: (pending JAL-3038) a plain text field
1167      */
1168     JComponent history;
1169     String urlBase = "http://www.";
1170     if (Platform.isJS())
1171     {
1172       history = new JTextField(urlBase, 35);
1173     }
1174     else
1175     /**
1176      * Java only
1177      *
1178      * @j2sIgnore
1179      */
1180     {
1181       JComboBox<String> asCombo = new JComboBox<>();
1182       asCombo.setPreferredSize(new Dimension(400, 20));
1183       asCombo.setEditable(true);
1184       asCombo.addItem(urlBase);
1185       String historyItems = Cache.getProperty("RECENT_URL");
1186       if (historyItems != null)
1187       {
1188         for (String token : historyItems.split("\\t"))
1189         {
1190           asCombo.addItem(token);
1191         }
1192       }
1193       history = asCombo;
1194     }
1195     panel.add(history);
1196
1197     Object[] options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
1198         MessageManager.getString("action.cancel") };
1199     Runnable action = new Runnable()
1200     {
1201       @Override
1202       public void run()
1203       {
1204         @SuppressWarnings("unchecked")
1205         String url = (history instanceof JTextField
1206                 ? ((JTextField) history).getText()
1207                 : ((JComboBox<String>) history).getSelectedItem()
1208                         .toString());
1209
1210         if (url.toLowerCase().endsWith(".jar"))
1211         {
1212           if (viewport != null)
1213           {
1214             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1215                     FileFormat.Jalview);
1216           }
1217           else
1218           {
1219             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL,
1220                     FileFormat.Jalview);
1221           }
1222         }
1223         else
1224         {
1225           FileFormatI format = null;
1226           try
1227           {
1228             format = new IdentifyFile().identify(url, DataSourceType.URL);
1229           } catch (FileFormatException e)
1230           {
1231             // TODO revise error handling, distinguish between
1232             // URL not found and response not valid
1233           }
1234
1235           if (format == null)
1236           {
1237             String msg = MessageManager
1238                     .formatMessage("label.couldnt_locate", url);
1239             JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, msg,
1240                     MessageManager.getString("label.url_not_found"),
1241                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1242
1243             return;
1244           }
1245
1246           if (viewport != null)
1247           {
1248             new FileLoader().LoadFile(viewport, url, DataSourceType.URL,
1249                     format);
1250           }
1251           else
1252           {
1253             new FileLoader().LoadFile(url, DataSourceType.URL, format);
1254           }
1255         }
1256       }
1257     };
1258     String dialogOption = MessageManager
1259             .getString("label.input_alignment_from_url");
1260     JvOptionPane.newOptionDialog(desktop).setResponseHandler(0, action)
1261             .showInternalDialog(panel, dialogOption,
1262                     JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
1263                     JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
1264                     MessageManager.getString("action.ok"));
1265   }
1266
1267   /**
1268    * Opens the CutAndPaste window for the user to paste an alignment in to
1269    *
1270    * @param viewPanel
1271    *          - if not null, the pasted alignment is added to the current
1272    *          alignment; if null, to a new alignment window
1273    */
1274   @Override
1275   public void inputTextboxMenuItem_actionPerformed(
1276           AlignmentViewPanel viewPanel)
1277   {
1278     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer();
1279     cap.setForInput(viewPanel);
1280     Desktop.addInternalFrame(cap,
1281             MessageManager.getString("label.cut_paste_alignmen_file"), true,
1282             600, 500);
1283   }
1284
1285   /*
1286    * Exit the program
1287    */
1288   @Override
1289   public void quit()
1290   {
1291     Dimension screen = Toolkit.getDefaultToolkit().getScreenSize();
1292     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_WIDTH", screen.width + "");
1293     Cache.setProperty("SCREENGEOMETRY_HEIGHT", screen.height + "");
1294     storeLastKnownDimensions("", new Rectangle(getBounds().x, getBounds().y,
1295             getWidth(), getHeight()));
1296
1297     if (jconsole != null)
1298     {
1299       storeLastKnownDimensions("JAVA_CONSOLE_", jconsole.getBounds());
1300       jconsole.stopConsole();
1301     }
1302     if (jvnews != null)
1303     {
1304       storeLastKnownDimensions("JALVIEW_RSS_WINDOW_", jvnews.getBounds());
1305
1306     }
1307     if (dialogExecutor != null)
1308     {
1309       dialogExecutor.shutdownNow();
1310     }
1311     closeAll_actionPerformed(null);
1312
1313     if (groovyConsole != null)
1314     {
1315       // suppress a possible repeat prompt to save script
1316       groovyConsole.setDirty(false);
1317       groovyConsole.exit();
1318     }
1319     System.exit(0);
1320   }
1321
1322   private void storeLastKnownDimensions(String string, Rectangle jc)
1323   {
1324     Cache.log.debug("Storing last known dimensions for " + string + ": x:"
1325             + jc.x + " y:" + jc.y + " width:" + jc.width + " height:"
1326             + jc.height);
1327
1328     Cache.setProperty(string + "SCREEN_X", jc.x + "");
1329     Cache.setProperty(string + "SCREEN_Y", jc.y + "");
1330     Cache.setProperty(string + "SCREEN_WIDTH", jc.width + "");
1331     Cache.setProperty(string + "SCREEN_HEIGHT", jc.height + "");
1332   }
1333
1334   /**
1335    * DOCUMENT ME!
1336    *
1337    * @param e
1338    *          DOCUMENT ME!
1339    */
1340   @Override
1341   public void aboutMenuItem_actionPerformed(ActionEvent e)
1342   {
1343     new Thread(new Runnable()
1344     {
1345       @Override
1346       public void run()
1347       {
1348         new SplashScreen(false);
1349       }
1350     }).start();
1351   }
1352
1353   /**
1354    * Returns the html text for the About screen, including any available version
1355    * number, build details, author details and citation reference, but without
1356    * the enclosing {@code html} tags
1357    *
1358    * @return
1359    */
1360   public String getAboutMessage()
1361   {
1362     StringBuilder message = new StringBuilder(1024);
1363     message.append("<h1><strong>Version: ")
1364             .append(Cache.getProperty("VERSION")).append("</strong></h1>")
1365             .append("<strong>Built: <em>")
1366             .append(Cache.getDefault("BUILD_DATE", "unknown"))
1367             .append("</em> from ").append(Cache.getBuildDetailsForSplash())
1368             .append("</strong>");
1369
1370     String latestVersion = Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "Checking");
1371     if (latestVersion.equals("Checking"))
1372     {
1373       // JBP removed this message for 2.11: May be reinstated in future version
1374       // message.append("<br>...Checking latest version...</br>");
1375     }
1376     else if (!latestVersion.equals(Cache.getProperty("VERSION")))
1377     {
1378       boolean red = false;
1379       if (Cache.getProperty("VERSION").toLowerCase()
1380               .indexOf("automated build") == -1)
1381       {
1382         red = true;
1383         // Displayed when code version and jnlp version do not match and code
1384         // version is not a development build
1385         message.append("<div style=\"color: #FF0000;font-style: bold;\">");
1386       }
1387
1388       message.append("<br>!! Version ")
1389               .append(Cache.getDefault("LATEST_VERSION", "..Checking.."))
1390               .append(" is available for download from ")
1391               .append(Cache.getDefault("www.jalview.org",
1392                       "http://www.jalview.org"))
1393               .append(" !!");
1394       if (red)
1395       {
1396         message.append("</div>");
1397       }
1398     }
1399     message.append("<br>Authors:  ");
1400     message.append(Cache.getDefault("AUTHORFNAMES", DEFAULT_AUTHORS));
1401     message.append(CITATION);
1402
1403     return message.toString();
1404   }
1405
1406   /**
1407    * Action on requesting Help documentation
1408    */
1409   @Override
1410   public void documentationMenuItem_actionPerformed()
1411   {
1412     try
1413     {
1414       if (Platform.isJS())
1415       {
1416         BrowserLauncher.openURL("http://www.jalview.org/help.html");
1417       }
1418       else
1419       /**
1420        * Java only
1421        *
1422        * @j2sIgnore
1423        */
1424       {
1425         Help.showHelpWindow();
1426       }
1427     } catch (Exception ex)
1428     {
1429       System.err.println("Error opening help: " + ex.getMessage());
1430     }
1431   }
1432
1433   @Override
1434   public void closeAll_actionPerformed(ActionEvent e)
1435   {
1436     // TODO show a progress bar while closing?
1437     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1438     for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1439     {
1440       try
1441       {
1442         frames[i].setClosed(true);
1443       } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1444       {
1445       }
1446     }
1447     Jalview.setCurrentAlignFrame(null);
1448     System.out.println("ALL CLOSED");
1449
1450     /*
1451      * reset state of singleton objects as appropriate (clear down session state
1452      * when all windows are closed)
1453      */
1454     StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
1455             .getStructureSelectionManager(this);
1456     if (ssm != null)
1457     {
1458       ssm.resetAll();
1459     }
1460   }
1461
1462   @Override
1463   public void raiseRelated_actionPerformed(ActionEvent e)
1464   {
1465     reorderAssociatedWindows(false, false);
1466   }
1467
1468   @Override
1469   public void minimizeAssociated_actionPerformed(ActionEvent e)
1470   {
1471     reorderAssociatedWindows(true, false);
1472   }
1473
1474   void closeAssociatedWindows()
1475   {
1476     reorderAssociatedWindows(false, true);
1477   }
1478
1479   /*
1480    * (non-Javadoc)
1481    *
1482    * @seejalview.jbgui.GDesktop#garbageCollect_actionPerformed(java.awt.event.
1483    * ActionEvent)
1484    */
1485   @Override
1486   protected void garbageCollect_actionPerformed(ActionEvent e)
1487   {
1488     // We simply collect the garbage
1489     Cache.log.debug("Collecting garbage...");
1490     System.gc();
1491     Cache.log.debug("Finished garbage collection.");
1492   }
1493
1494   /*
1495    * (non-Javadoc)
1496    *
1497    * @see
1498    * jalview.jbgui.GDesktop#showMemusage_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1499    * )
1500    */
1501   @Override
1502   protected void showMemusage_actionPerformed(ActionEvent e)
1503   {
1504     desktop.showMemoryUsage(showMemusage.isSelected());
1505   }
1506
1507   /*
1508    * (non-Javadoc)
1509    *
1510    * @see
1511    * jalview.jbgui.GDesktop#showConsole_actionPerformed(java.awt.event.ActionEvent
1512    * )
1513    */
1514   @Override
1515   protected void showConsole_actionPerformed(ActionEvent e)
1516   {
1517     showConsole(showConsole.isSelected());
1518   }
1519
1520   Console jconsole = null;
1521
1522   /**
1523    * control whether the java console is visible or not
1524    *
1525    * @param selected
1526    */
1527   void showConsole(boolean selected)
1528   {
1529     // TODO: decide if we should update properties file
1530     if (jconsole != null) // BH 2018
1531     {
1532       showConsole.setSelected(selected);
1533       Cache.setProperty("SHOW_JAVA_CONSOLE",
1534               Boolean.valueOf(selected).toString());
1535       jconsole.setVisible(selected);
1536     }
1537   }
1538
1539   void reorderAssociatedWindows(boolean minimize, boolean close)
1540   {
1541     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
1542     if (frames == null || frames.length < 1)
1543     {
1544       return;
1545     }
1546
1547     AlignmentViewport source = null, target = null;
1548     if (frames[0] instanceof AlignFrame)
1549     {
1550       source = ((AlignFrame) frames[0]).getCurrentView();
1551     }
1552     else if (frames[0] instanceof TreePanel)
1553     {
1554       source = ((TreePanel) frames[0]).getViewPort();
1555     }
1556     else if (frames[0] instanceof PCAPanel)
1557     {
1558       source = ((PCAPanel) frames[0]).av;
1559     }
1560     else if (frames[0].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1561     {
1562       source = ((PairwiseAlignPanel) frames[0].getContentPane()).av;
1563     }
1564
1565     if (source != null)
1566     {
1567       for (int i = 0; i < frames.length; i++)
1568       {
1569         target = null;
1570         if (frames[i] == null)
1571         {
1572           continue;
1573         }
1574         if (frames[i] instanceof AlignFrame)
1575         {
1576           target = ((AlignFrame) frames[i]).getCurrentView();
1577         }
1578         else if (frames[i] instanceof TreePanel)
1579         {
1580           target = ((TreePanel) frames[i]).getViewPort();
1581         }
1582         else if (frames[i] instanceof PCAPanel)
1583         {
1584           target = ((PCAPanel) frames[i]).av;
1585         }
1586         else if (frames[i].getContentPane() instanceof PairwiseAlignPanel)
1587         {
1588           target = ((PairwiseAlignPanel) frames[i].getContentPane()).av;
1589         }
1590
1591         if (source == target)
1592         {
1593           try
1594           {
1595             if (close)
1596             {
1597               frames[i].setClosed(true);
1598             }
1599             else
1600             {
1601               frames[i].setIcon(minimize);
1602               if (!minimize)
1603               {
1604                 frames[i].toFront();
1605               }
1606             }
1607
1608           } catch (java.beans.PropertyVetoException ex)
1609           {
1610           }
1611         }
1612       }
1613     }
1614   }
1615
1616   /**
1617    * DOCUMENT ME!
1618    *
1619    * @param e
1620    *          DOCUMENT ME!
1621    */
1622   @Override
1623   protected void preferences_actionPerformed(ActionEvent e)
1624   {
1625     new Preferences();
1626   }
1627
1628   /**
1629    * Prompts the user to choose a file and then saves the Jalview state as a
1630    * Jalview project file
1631    */
1632   @Override
1633   public void saveState_actionPerformed()
1634   {
1635     saveState_actionPerformed(false);
1636   }
1637
1638   public void saveState_actionPerformed(boolean saveAs)
1639   {
1640     java.io.File projectFile = getProjectFile();
1641     // autoSave indicates we already have a file and don't need to ask
1642     boolean autoSave = projectFile != null && !saveAs
1643             && BackupFiles.getEnabled();
1644
1645     // System.out.println("autoSave="+autoSave+", projectFile='"+projectFile+"',
1646     // saveAs="+saveAs+", Backups
1647     // "+(BackupFiles.getEnabled()?"enabled":"disabled"));
1648
1649     boolean approveSave = false;
1650     if (!autoSave)
1651     {
1652       JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("jvp",
1653               "Jalview Project");
1654
1655       chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1656       chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.save_state"));
1657
1658       int value = chooser.showSaveDialog(this);
1659
1660       if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1661       {
1662         projectFile = chooser.getSelectedFile();
1663         setProjectFile(projectFile);
1664         approveSave = true;
1665       }
1666     }
1667
1668     if (approveSave || autoSave)
1669     {
1670       final Desktop me = this;
1671       final java.io.File chosenFile = projectFile;
1672       new Thread(new Runnable()
1673       {
1674         @Override
1675         public void run()
1676         {
1677           // TODO: refactor to Jalview desktop session controller action.
1678           setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
1679                   "label.saving_jalview_project", new Object[]
1680                   { chosenFile.getName() }), chosenFile.hashCode());
1681           Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", chosenFile.getParent());
1682           // TODO catch and handle errors for savestate
1683           // TODO prevent user from messing with the Desktop whilst we're saving
1684           try
1685           {
1686             boolean doBackup = BackupFiles.getEnabled();
1687             BackupFiles backupfiles = doBackup ? new BackupFiles(chosenFile)
1688                     : null;
1689
1690             new Jalview2XML().saveState(
1691                     doBackup ? backupfiles.getTempFile() : chosenFile);
1692
1693             if (doBackup)
1694             {
1695               backupfiles.setWriteSuccess(true);
1696               backupfiles.rollBackupsAndRenameTempFile();
1697             }
1698           } catch (OutOfMemoryError oom)
1699           {
1700             new OOMWarning("Whilst saving current state to "
1701                     + chosenFile.getName(), oom);
1702           } catch (Exception ex)
1703           {
1704             Cache.log.error("Problems whilst trying to save to "
1705                     + chosenFile.getName(), ex);
1706             JvOptionPane.showMessageDialog(me,
1707                     MessageManager.formatMessage(
1708                             "label.error_whilst_saving_current_state_to",
1709                             new Object[]
1710                             { chosenFile.getName() }),
1711                     MessageManager.getString("label.couldnt_save_project"),
1712                     JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1713           }
1714           setProgressBar(null, chosenFile.hashCode());
1715         }
1716       }).start();
1717     }
1718   }
1719
1720   @Override
1721   public void saveAsState_actionPerformed(ActionEvent e)
1722   {
1723     saveState_actionPerformed(true);
1724   }
1725
1726   private void setProjectFile(File choice)
1727   {
1728     this.projectFile = choice;
1729   }
1730
1731   public File getProjectFile()
1732   {
1733     return this.projectFile;
1734   }
1735
1736   /**
1737    * Shows a file chooser dialog and tries to read in the selected file as a
1738    * Jalview project
1739    */
1740   @Override
1741   public void loadState_actionPerformed()
1742   {
1743     final String[] suffix = new String[] { "jvp", "jar" };
1744     final String[] desc = new String[] { "Jalview Project",
1745         "Jalview Project (old)" };
1746     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser(
1747             Cache.getProperty("LAST_DIRECTORY"), suffix, desc,
1748             "Jalview Project", true, BackupFiles.getEnabled()); // last two
1749                                                                 // booleans:
1750                                                                 // allFiles,
1751     // allowBackupFiles
1752     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1753     chooser.setDialogTitle(MessageManager.getString("label.restore_state"));
1754     chooser.setResponseHandler(0, new Runnable()
1755     {
1756       @Override
1757       public void run()
1758       {
1759         File selectedFile = chooser.getSelectedFile();
1760         setProjectFile(selectedFile);
1761         String choice = selectedFile.getAbsolutePath();
1762         Cache.setProperty("LAST_DIRECTORY", selectedFile.getParent());
1763         new Thread(new Runnable()
1764         {
1765           @Override
1766           public void run()
1767           {
1768             try
1769             {
1770               new Jalview2XML().loadJalviewAlign(selectedFile);
1771             } catch (OutOfMemoryError oom)
1772             {
1773               new OOMWarning("Whilst loading project from " + choice, oom);
1774             } catch (Exception ex)
1775             {
1776               Cache.log.error(
1777                       "Problems whilst loading project from " + choice, ex);
1778               JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop,
1779                       MessageManager.formatMessage(
1780                               "label.error_whilst_loading_project_from",
1781                               new Object[]
1782                               { choice }),
1783                       MessageManager
1784                               .getString("label.couldnt_load_project"),
1785                       JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1786             }
1787           }
1788         }, "Project Loader").start();
1789       }
1790     });
1791
1792     chooser.showOpenDialog(this);
1793   }
1794
1795   @Override
1796   public void inputSequence_actionPerformed(ActionEvent e)
1797   {
1798     new SequenceFetcher(this);
1799   }
1800
1801   JPanel progressPanel;
1802
1803   ArrayList<JPanel> fileLoadingPanels = new ArrayList<>();
1804
1805   public void startLoading(final Object fileName)
1806   {
1807     if (fileLoadingCount == 0)
1808     {
1809       fileLoadingPanels.add(addProgressPanel(MessageManager
1810               .formatMessage("label.loading_file", new Object[]
1811               { fileName })));
1812     }
1813     fileLoadingCount++;
1814   }
1815
1816   private JPanel addProgressPanel(String string)
1817   {
1818     if (progressPanel == null)
1819     {
1820       progressPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 1));
1821       totalProgressCount = 0;
1822       instance.getContentPane().add(progressPanel, BorderLayout.SOUTH);
1823     }
1824     JPanel thisprogress = new JPanel(new BorderLayout(10, 5));
1825     JProgressBar progressBar = new JProgressBar();
1826     progressBar.setIndeterminate(true);
1827
1828     thisprogress.add(new JLabel(string), BorderLayout.WEST);
1829
1830     thisprogress.add(progressBar, BorderLayout.CENTER);
1831     progressPanel.add(thisprogress);
1832     ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).setRows(
1833             ((GridLayout) progressPanel.getLayout()).getRows() + 1);
1834     ++totalProgressCount;
1835     instance.validate();
1836     return thisprogress;
1837   }
1838
1839   int totalProgressCount = 0;
1840
1841   private void removeProgressPanel(JPanel progbar)
1842   {
1843     if (progressPanel != null)
1844     {
1845       synchronized (progressPanel)
1846       {
1847         progressPanel.remove(progbar);
1848         GridLayout gl = (GridLayout) progressPanel.getLayout();
1849         gl.setRows(gl.getRows() - 1);
1850         if (--totalProgressCount < 1)
1851         {
1852           this.getContentPane().remove(progressPanel);
1853           progressPanel = null;
1854         }
1855       }
1856     }
1857     validate();
1858   }
1859
1860   public void stopLoading()
1861   {
1862     fileLoadingCount--;
1863     if (fileLoadingCount < 1)
1864     {
1865       while (fileLoadingPanels.size() > 0)
1866       {
1867         removeProgressPanel(fileLoadingPanels.remove(0));
1868       }
1869       fileLoadingPanels.clear();
1870       fileLoadingCount = 0;
1871     }
1872     validate();
1873   }
1874
1875   public static int getViewCount(String alignmentId)
1876   {
1877     AlignmentViewport[] aps = getViewports(alignmentId);
1878     return (aps == null) ? 0 : aps.length;
1879   }
1880
1881   /**
1882    *
1883    * @param alignmentId
1884    *          - if null, all sets are returned
1885    * @return all AlignmentPanels concerning the alignmentId sequence set
1886    */
1887   public static AlignmentPanel[] getAlignmentPanels(String alignmentId)
1888   {
1889     if (Desktop.desktop == null)
1890     {
1891       // no frames created and in headless mode
1892       // TODO: verify that frames are recoverable when in headless mode
1893       return null;
1894     }
1895     List<AlignmentPanel> aps = new ArrayList<>();
1896     AlignFrame[] frames = getAlignFrames();
1897     if (frames == null)
1898     {
1899       return null;
1900     }
1901     for (AlignFrame af : frames)
1902     {
1903       for (AlignmentPanel ap : af.alignPanels)
1904       {
1905         if (alignmentId == null
1906                 || alignmentId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1907         {
1908           aps.add(ap);
1909         }
1910       }
1911     }
1912     if (aps.size() == 0)
1913     {
1914       return null;
1915     }
1916     AlignmentPanel[] vap = aps.toArray(new AlignmentPanel[aps.size()]);
1917     return vap;
1918   }
1919
1920   /**
1921    * get all the viewports on an alignment.
1922    *
1923    * @param sequenceSetId
1924    *          unique alignment id (may be null - all viewports returned in that
1925    *          case)
1926    * @return all viewports on the alignment bound to sequenceSetId
1927    */
1928   public static AlignmentViewport[] getViewports(String sequenceSetId)
1929   {
1930     List<AlignmentViewport> viewp = new ArrayList<>();
1931     if (desktop != null)
1932     {
1933       AlignFrame[] frames = Desktop.getAlignFrames();
1934
1935       for (AlignFrame afr : frames)
1936       {
1937         if (sequenceSetId == null || afr.getViewport().getSequenceSetId()
1938                 .equals(sequenceSetId))
1939         {
1940           if (afr.alignPanels != null)
1941           {
1942             for (AlignmentPanel ap : afr.alignPanels)
1943             {
1944               if (sequenceSetId == null
1945                       || sequenceSetId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
1946               {
1947                 viewp.add(ap.av);
1948               }
1949             }
1950           }
1951           else
1952           {
1953             viewp.add(afr.getViewport());
1954           }
1955         }
1956       }
1957       if (viewp.size() > 0)
1958       {
1959         return viewp.toArray(new AlignmentViewport[viewp.size()]);
1960       }
1961     }
1962     return null;
1963   }
1964
1965   /**
1966    * Explode the views in the given frame into separate AlignFrame
1967    *
1968    * @param af
1969    */
1970   public static void explodeViews(AlignFrame af)
1971   {
1972     int size = af.alignPanels.size();
1973     if (size < 2)
1974     {
1975       return;
1976     }
1977
1978     // FIXME: ideally should use UI interface API
1979     FeatureSettings viewFeatureSettings = (af.featureSettings != null
1980             && af.featureSettings.isOpen()) ? af.featureSettings : null;
1981     Rectangle fsBounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
1982     for (int i = 0; i < size; i++)
1983     {
1984       AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(i);
1985
1986       AlignFrame newaf = new AlignFrame(ap);
1987
1988       // transfer reference for existing feature settings to new alignFrame
1989       if (ap == af.alignPanel)
1990       {
1991         if (viewFeatureSettings != null && viewFeatureSettings.fr.ap == ap)
1992         {
1993           newaf.featureSettings = viewFeatureSettings;
1994         }
1995         newaf.setFeatureSettingsGeometry(fsBounds);
1996       }
1997
1998       /*
1999        * Restore the view's last exploded frame geometry if known. Multiple
2000        * views from one exploded frame share and restore the same (frame)
2001        * position and size.
2002        */
2003       Rectangle geometry = ap.av.getExplodedGeometry();
2004       if (geometry != null)
2005       {
2006         newaf.setBounds(geometry);
2007       }
2008
2009       ap.av.setGatherViewsHere(false);
2010
2011       addInternalFrame(newaf, af.getTitle(), AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
2012               AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
2013       // and materialise a new feature settings dialog instance for the new
2014       // alignframe
2015       // (closes the old as if 'OK' was pressed)
2016       if (ap == af.alignPanel && newaf.featureSettings != null
2017               && newaf.featureSettings.isOpen()
2018               && af.alignPanel.getAlignViewport().isShowSequenceFeatures())
2019       {
2020         newaf.showFeatureSettingsUI();
2021       }
2022     }
2023
2024     af.featureSettings = null;
2025     af.alignPanels.clear();
2026     af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2027
2028   }
2029
2030   /**
2031    * Gather expanded views (separate AlignFrame's) with the same sequence set
2032    * identifier back in to this frame as additional views, and close the
2033    * expanded views. Note the expanded frames may themselves have multiple
2034    * views. We take the lot.
2035    *
2036    * @param source
2037    */
2038   public void gatherViews(AlignFrame source)
2039   {
2040     source.viewport.setGatherViewsHere(true);
2041     source.viewport.setExplodedGeometry(source.getBounds());
2042     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
2043     String viewId = source.viewport.getSequenceSetId();
2044     for (int t = 0; t < frames.length; t++)
2045     {
2046       if (frames[t] instanceof AlignFrame && frames[t] != source)
2047       {
2048         AlignFrame af = (AlignFrame) frames[t];
2049         boolean gatherThis = false;
2050         for (int a = 0; a < af.alignPanels.size(); a++)
2051         {
2052           AlignmentPanel ap = af.alignPanels.get(a);
2053           if (viewId.equals(ap.av.getSequenceSetId()))
2054           {
2055             gatherThis = true;
2056             ap.av.setGatherViewsHere(false);
2057             ap.av.setExplodedGeometry(af.getBounds());
2058             source.addAlignmentPanel(ap, false);
2059           }
2060         }
2061
2062         if (gatherThis)
2063         {
2064           if (af.featureSettings != null && af.featureSettings.isOpen())
2065           {
2066             if (source.featureSettings == null)
2067             {
2068               // preserve the feature settings geometry for this frame
2069               source.featureSettings = af.featureSettings;
2070               source.setFeatureSettingsGeometry(
2071                       af.getFeatureSettingsGeometry());
2072             }
2073             else
2074             {
2075               // close it and forget
2076               af.featureSettings.close();
2077             }
2078           }
2079           af.alignPanels.clear();
2080           af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
2081         }
2082       }
2083     }
2084
2085     // refresh the feature setting UI for the source frame if it exists
2086     if (source.featureSettings != null && source.featureSettings.isOpen())
2087     {
2088       source.showFeatureSettingsUI();
2089     }
2090   }
2091
2092   public JInternalFrame[] getAllFrames()
2093   {
2094     return desktop.getAllFrames();
2095   }
2096
2097   /**
2098    * Checks the given url to see if it gives a response indicating that the user
2099    * should be informed of a new questionnaire.
2100    *
2101    * @param url
2102    */
2103   public void checkForQuestionnaire(String url)
2104   {
2105     UserQuestionnaireCheck jvq = new UserQuestionnaireCheck(url);
2106     // javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(jvq);
2107     new Thread(jvq).start();
2108   }
2109
2110   public void checkURLLinks()
2111   {
2112     // Thread off the URL link checker
2113     addDialogThread(new Runnable()
2114     {
2115       @Override
2116       public void run()
2117       {
2118         if (Cache.getDefault("CHECKURLLINKS", true))
2119         {
2120           // check what the actual links are - if it's just the default don't
2121           // bother with the warning
2122           List<String> links = Preferences.sequenceUrlLinks
2123                   .getLinksForMenu();
2124
2125           // only need to check links if there is one with a
2126           // SEQUENCE_ID which is not the default EMBL_EBI link
2127           ListIterator<String> li = links.listIterator();
2128           boolean check = false;
2129           List<JLabel> urls = new ArrayList<>();
2130           while (li.hasNext())
2131           {
2132             String link = li.next();
2133             if (link.contains(jalview.util.UrlConstants.SEQUENCE_ID)
2134                     && !UrlConstants.isDefaultString(link))
2135             {
2136               check = true;
2137               int barPos = link.indexOf("|");
2138               String urlMsg = barPos == -1 ? link
2139                       : link.substring(0, barPos) + ": "
2140                               + link.substring(barPos + 1);
2141               urls.add(new JLabel(urlMsg));
2142             }
2143           }
2144           if (!check)
2145           {
2146             return;
2147           }
2148
2149           // ask user to check in case URL links use old style tokens
2150           // ($SEQUENCE_ID$ for sequence id _or_ accession id)
2151           JPanel msgPanel = new JPanel();
2152           msgPanel.setLayout(new BoxLayout(msgPanel, BoxLayout.PAGE_AXIS));
2153           msgPanel.add(Box.createVerticalGlue());
2154           JLabel msg = new JLabel(MessageManager
2155                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1"));
2156           JLabel msg2 = new JLabel(MessageManager
2157                   .getString("label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2"));
2158           msgPanel.add(msg);
2159           for (JLabel url : urls)
2160           {
2161             msgPanel.add(url);
2162           }
2163           msgPanel.add(msg2);
2164
2165           final JCheckBox jcb = new JCheckBox(
2166                   MessageManager.getString("label.do_not_display_again"));
2167           jcb.addActionListener(new ActionListener()
2168           {
2169             @Override
2170             public void actionPerformed(ActionEvent e)
2171             {
2172               // update Cache settings for "don't show this again"
2173               boolean showWarningAgain = !jcb.isSelected();
2174               Cache.setProperty("CHECKURLLINKS",
2175                       Boolean.valueOf(showWarningAgain).toString());
2176             }
2177           });
2178           msgPanel.add(jcb);
2179
2180           JvOptionPane.showMessageDialog(Desktop.desktop, msgPanel,
2181                   MessageManager
2182                           .getString("label.SEQUENCE_ID_no_longer_used"),
2183                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2184         }
2185       }
2186     });
2187   }
2188
2189   /**
2190    * Proxy class for JDesktopPane which optionally displays the current memory
2191    * usage and highlights the desktop area with a red bar if free memory runs
2192    * low.
2193    *
2194    * @author AMW
2195    */
2196   public class MyDesktopPane extends JDesktopPane implements Runnable
2197   {
2198     private static final float ONE_MB = 1048576f;
2199
2200     boolean showMemoryUsage = false;
2201
2202     Runtime runtime;
2203
2204     java.text.NumberFormat df;
2205
2206     float maxMemory, allocatedMemory, freeMemory, totalFreeMemory,
2207             percentUsage;
2208
2209     public MyDesktopPane(boolean showMemoryUsage)
2210     {
2211       showMemoryUsage(showMemoryUsage);
2212     }
2213
2214     public void showMemoryUsage(boolean showMemory)
2215     {
2216       this.showMemoryUsage = showMemory;
2217       if (showMemory)
2218       {
2219         Thread worker = new Thread(this);
2220         worker.start();
2221       }
2222       repaint();
2223     }
2224
2225     public boolean isShowMemoryUsage()
2226     {
2227       return showMemoryUsage;
2228     }
2229
2230     @Override
2231     public void run()
2232     {
2233       df = java.text.NumberFormat.getNumberInstance();
2234       df.setMaximumFractionDigits(2);
2235       runtime = Runtime.getRuntime();
2236
2237       while (showMemoryUsage)
2238       {
2239         try
2240         {
2241           maxMemory = runtime.maxMemory() / ONE_MB;
2242           allocatedMemory = runtime.totalMemory() / ONE_MB;
2243           freeMemory = runtime.freeMemory() / ONE_MB;
2244           totalFreeMemory = freeMemory + (maxMemory - allocatedMemory);
2245
2246           percentUsage = (totalFreeMemory / maxMemory) * 100;
2247
2248           // if (percentUsage < 20)
2249           {
2250             // border1 = BorderFactory.createMatteBorder(12, 12, 12, 12,
2251             // Color.red);
2252             // instance.set.setBorder(border1);
2253           }
2254           repaint();
2255           // sleep after showing usage
2256           Thread.sleep(3000);
2257         } catch (Exception ex)
2258         {
2259           ex.printStackTrace();
2260         }
2261       }
2262     }
2263
2264     @Override
2265     public void paintComponent(Graphics g)
2266     {
2267       if (showMemoryUsage && g != null && df != null)
2268       {
2269         if (percentUsage < 20)
2270         {
2271           g.setColor(Color.red);
2272         }
2273         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();
2274         if (fm != null)
2275         {
2276           g.drawString(MessageManager.formatMessage("label.memory_stats",
2277                   new Object[]
2278                   { df.format(totalFreeMemory), df.format(maxMemory),
2279                       df.format(percentUsage) }),
2280                   10, getHeight() - fm.getHeight());
2281         }
2282       }
2283     }
2284   }
2285
2286   /**
2287    * Accessor method to quickly get all the AlignmentFrames loaded.
2288    *
2289    * @return an array of AlignFrame, or null if none found
2290    */
2291   public static AlignFrame[] getAlignFrames()
2292   {
2293     if (Jalview.isHeadlessMode())
2294     {
2295       // Desktop.desktop is null in headless mode
2296       return new AlignFrame[] { Jalview.currentAlignFrame };
2297     }
2298
2299     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2300
2301     if (frames == null)
2302     {
2303       return null;
2304     }
2305     List<AlignFrame> avp = new ArrayList<>();
2306     // REVERSE ORDER
2307     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2308     {
2309       if (frames[i] instanceof AlignFrame)
2310       {
2311         avp.add((AlignFrame) frames[i]);
2312       }
2313       else if (frames[i] instanceof SplitFrame)
2314       {
2315         /*
2316          * Also check for a split frame containing an AlignFrame
2317          */
2318         GSplitFrame sf = (GSplitFrame) frames[i];
2319         if (sf.getTopFrame() instanceof AlignFrame)
2320         {
2321           avp.add((AlignFrame) sf.getTopFrame());
2322         }
2323         if (sf.getBottomFrame() instanceof AlignFrame)
2324         {
2325           avp.add((AlignFrame) sf.getBottomFrame());
2326         }
2327       }
2328     }
2329     if (avp.size() == 0)
2330     {
2331       return null;
2332     }
2333     AlignFrame afs[] = avp.toArray(new AlignFrame[avp.size()]);
2334     return afs;
2335   }
2336
2337   /**
2338    * Returns an array of any AppJmol frames in the Desktop (or null if none).
2339    *
2340    * @return
2341    */
2342   public GStructureViewer[] getJmols()
2343   {
2344     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
2345
2346     if (frames == null)
2347     {
2348       return null;
2349     }
2350     List<GStructureViewer> avp = new ArrayList<>();
2351     // REVERSE ORDER
2352     for (int i = frames.length - 1; i > -1; i--)
2353     {
2354       if (frames[i] instanceof AppJmol)
2355       {
2356         GStructureViewer af = (GStructureViewer) frames[i];
2357         avp.add(af);
2358       }
2359     }
2360     if (avp.size() == 0)
2361     {
2362       return null;
2363     }
2364     GStructureViewer afs[] = avp.toArray(new GStructureViewer[avp.size()]);
2365     return afs;
2366   }
2367
2368   /**
2369    * Add Groovy Support to Jalview
2370    */
2371   @Override
2372   public void groovyShell_actionPerformed()
2373   {
2374     try
2375     {
2376       openGroovyConsole();
2377     } catch (Exception ex)
2378     {
2379       Cache.log.error("Groovy Shell Creation failed.", ex);
2380       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2381
2382               MessageManager.getString("label.couldnt_create_groovy_shell"),
2383               MessageManager.getString("label.groovy_support_failed"),
2384               JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2385     }
2386   }
2387
2388   /**
2389    * Open the Groovy console
2390    */
2391   void openGroovyConsole()
2392   {
2393     if (groovyConsole == null)
2394     {
2395       groovyConsole = new groovy.ui.Console();
2396       groovyConsole.setVariable("Jalview", this);
2397       groovyConsole.run();
2398
2399       /*
2400        * We allow only one console at a time, so that AlignFrame menu option
2401        * 'Calculate | Run Groovy script' is unambiguous.
2402        * Disable 'Groovy Console', and enable 'Run script', when the console is
2403        * opened, and the reverse when it is closed
2404        */
2405       Window window = (Window) groovyConsole.getFrame();
2406       window.addWindowListener(new WindowAdapter()
2407       {
2408         @Override
2409         public void windowClosed(WindowEvent e)
2410         {
2411           /*
2412            * rebind CMD-Q from Groovy Console to Jalview Quit
2413            */
2414           addQuitHandler();
2415           enableExecuteGroovy(false);
2416         }
2417       });
2418     }
2419
2420     /*
2421      * show Groovy console window (after close and reopen)
2422      */
2423     ((Window) groovyConsole.getFrame()).setVisible(true);
2424
2425     /*
2426      * if we got this far, enable 'Run Groovy' in AlignFrame menus
2427      * and disable opening a second console
2428      */
2429     enableExecuteGroovy(true);
2430   }
2431
2432   /**
2433    * Bind Ctrl/Cmd-Q to Quit - for reset as Groovy Console takes over this
2434    * binding when opened
2435    */
2436   protected void addQuitHandler()
2437   {
2438     getRootPane()
2439             .getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
2440                     KeyStroke
2441                             .getKeyStroke(KeyEvent.VK_Q,
2442                                     jalview.util.ShortcutKeyMaskExWrapper
2443                                             .getMenuShortcutKeyMaskEx()),
2444                     "Quit");
2445     getRootPane().getActionMap().put("Quit", new AbstractAction()
2446     {
2447       @Override
2448       public void actionPerformed(ActionEvent e)
2449       {
2450         quit();
2451       }
2452     });
2453   }
2454
2455   /**
2456    * Enable or disable 'Run Groovy script' in AlignFrame calculate menus
2457    *
2458    * @param enabled
2459    *          true if Groovy console is open
2460    */
2461   public void enableExecuteGroovy(boolean enabled)
2462   {
2463     /*
2464      * disable opening a second Groovy console
2465      * (or re-enable when the console is closed)
2466      */
2467     groovyShell.setEnabled(!enabled);
2468
2469     AlignFrame[] alignFrames = getAlignFrames();
2470     if (alignFrames != null)
2471     {
2472       for (AlignFrame af : alignFrames)
2473       {
2474         af.setGroovyEnabled(enabled);
2475       }
2476     }
2477   }
2478
2479   /**
2480    * Progress bars managed by the IProgressIndicator method.
2481    */
2482   private Hashtable<Long, JPanel> progressBars;
2483
2484   private Hashtable<Long, IProgressIndicatorHandler> progressBarHandlers;
2485
2486   /*
2487    * (non-Javadoc)
2488    *
2489    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#setProgressBar(java.lang.String, long)
2490    */
2491   @Override
2492   public void setProgressBar(String message, long id)
2493   {
2494     // Platform.timeCheck("Desktop " + message, Platform.TIME_MARK);
2495
2496     if (progressBars == null)
2497     {
2498       progressBars = new Hashtable<>();
2499       progressBarHandlers = new Hashtable<>();
2500     }
2501
2502     if (progressBars.get(Long.valueOf(id)) != null)
2503     {
2504       JPanel panel = progressBars.remove(Long.valueOf(id));
2505       if (progressBarHandlers.contains(Long.valueOf(id)))
2506       {
2507         progressBarHandlers.remove(Long.valueOf(id));
2508       }
2509       removeProgressPanel(panel);
2510     }
2511     else
2512     {
2513       progressBars.put(Long.valueOf(id), addProgressPanel(message));
2514     }
2515   }
2516
2517   /*
2518    * (non-Javadoc)
2519    *
2520    * @see jalview.gui.IProgressIndicator#registerHandler(long,
2521    * jalview.gui.IProgressIndicatorHandler)
2522    */
2523   @Override
2524   public void registerHandler(final long id,
2525           final IProgressIndicatorHandler handler)
2526   {
2527     if (progressBarHandlers == null
2528             || !progressBars.containsKey(Long.valueOf(id)))
2529     {
2530       throw new Error(MessageManager.getString(
2531               "error.call_setprogressbar_before_registering_handler"));
2532     }
2533     progressBarHandlers.put(Long.valueOf(id), handler);
2534     final JPanel progressPanel = progressBars.get(Long.valueOf(id));
2535     if (handler.canCancel())
2536     {
2537       JButton cancel = new JButton(
2538               MessageManager.getString("action.cancel"));
2539       final IProgressIndicator us = this;
2540       cancel.addActionListener(new ActionListener()
2541       {
2542
2543         @Override
2544         public void actionPerformed(ActionEvent e)
2545         {
2546           handler.cancelActivity(id);
2547           us.setProgressBar(MessageManager
2548                   .formatMessage("label.cancelled_params", new Object[]
2549                   { ((JLabel) progressPanel.getComponent(0)).getText() }),
2550                   id);
2551         }
2552       });
2553       progressPanel.add(cancel, BorderLayout.EAST);
2554     }
2555   }
2556
2557   /**
2558    *
2559    * @return true if any progress bars are still active
2560    */
2561   @Override
2562   public boolean operationInProgress()
2563   {
2564     if (progressBars != null && progressBars.size() > 0)
2565     {
2566       return true;
2567     }
2568     return false;
2569   }
2570
2571   /**
2572    * This will return the first AlignFrame holding the given viewport instance.
2573    * It will break if there are more than one AlignFrames viewing a particular
2574    * av.
2575    *
2576    * @param viewport
2577    * @return alignFrame for viewport
2578    */
2579   public static AlignFrame getAlignFrameFor(AlignViewportI viewport)
2580   {
2581     if (desktop != null)
2582     {
2583       AlignmentPanel[] aps = getAlignmentPanels(
2584               viewport.getSequenceSetId());
2585       for (int panel = 0; aps != null && panel < aps.length; panel++)
2586       {
2587         if (aps[panel] != null && aps[panel].av == viewport)
2588         {
2589           return aps[panel].alignFrame;
2590         }
2591       }
2592     }
2593     return null;
2594   }
2595
2596   public VamsasApplication getVamsasApplication()
2597   {
2598     // TODO: JAL-3311 remove remaining code from Jalview relating to VAMSAS
2599     return null;
2600
2601   }
2602
2603   /**
2604    * flag set if jalview GUI is being operated programmatically
2605    */
2606   private boolean inBatchMode = false;
2607
2608   /**
2609    * check if jalview GUI is being operated programmatically
2610    *
2611    * @return inBatchMode
2612    */
2613   public boolean isInBatchMode()
2614   {
2615     return inBatchMode;
2616   }
2617
2618   /**
2619    * set flag if jalview GUI is being operated programmatically
2620    *
2621    * @param inBatchMode
2622    */
2623   public void setInBatchMode(boolean inBatchMode)
2624   {
2625     this.inBatchMode = inBatchMode;
2626   }
2627
2628   public void startServiceDiscovery()
2629   {
2630     startServiceDiscovery(false);
2631   }
2632
2633   public void startServiceDiscovery(boolean blocking)
2634   {
2635     boolean alive = true;
2636     Thread t0 = null, t1 = null, t2 = null;
2637     // JAL-940 - JALVIEW 1 services are now being EOLed as of JABA 2.1 release
2638     if (true)
2639     {
2640       // todo: changesupport handlers need to be transferred
2641       if (discoverer == null)
2642       {
2643         discoverer = new jalview.ws.jws1.Discoverer();
2644         // register PCS handler for desktop.
2645         discoverer.addPropertyChangeListener(changeSupport);
2646       }
2647       // JAL-940 - disabled JWS1 service configuration - always start discoverer
2648       // until we phase out completely
2649       (t0 = new Thread(discoverer)).start();
2650     }
2651
2652     if (Cache.getDefault("SHOW_JWS2_SERVICES", true))
2653     {
2654       t2 = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2655               .startDiscoverer(changeSupport);
2656     }
2657     Thread t3 = null;
2658     {
2659       // TODO: do rest service discovery
2660     }
2661     if (blocking)
2662     {
2663       while (alive)
2664       {
2665         try
2666         {
2667           Thread.sleep(15);
2668         } catch (Exception e)
2669         {
2670         }
2671         alive = (t1 != null && t1.isAlive()) || (t2 != null && t2.isAlive())
2672                 || (t3 != null && t3.isAlive())
2673                 || (t0 != null && t0.isAlive());
2674       }
2675     }
2676   }
2677
2678   /**
2679    * called to check if the service discovery process completed successfully.
2680    *
2681    * @param evt
2682    */
2683   protected void JalviewServicesChanged(PropertyChangeEvent evt)
2684   {
2685     if (evt.getNewValue() == null || evt.getNewValue() instanceof Vector)
2686     {
2687       final String ermsg = jalview.ws.jws2.Jws2Discoverer.getDiscoverer()
2688               .getErrorMessages();
2689       if (ermsg != null)
2690       {
2691         if (Cache.getDefault("SHOW_WSDISCOVERY_ERRORS", true))
2692         {
2693           if (serviceChangedDialog == null)
2694           {
2695             // only run if we aren't already displaying one of these.
2696             addDialogThread(serviceChangedDialog = new Runnable()
2697             {
2698               @Override
2699               public void run()
2700               {
2701
2702                 /*
2703                  * JalviewDialog jd =new JalviewDialog() {
2704                  *
2705                  * @Override protected void cancelPressed() { // TODO
2706                  * Auto-generated method stub
2707                  *
2708                  * }@Override protected void okPressed() { // TODO
2709                  * Auto-generated method stub
2710                  *
2711                  * }@Override protected void raiseClosed() { // TODO
2712                  * Auto-generated method stub
2713                  *
2714                  * } }; jd.initDialogFrame(new
2715                  * JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>" + ermsg +
2716                  * "<br/>It may be that you have invalid JABA URLs in your web service preferences,"
2717                  * + " or mis-configured HTTP proxy settings.<br/>" +
2718                  * "Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab of the"
2719                  * +
2720                  * " Tools->Preferences dialog box to change them.</td></tr></table></html>"
2721                  * ), true, true, "Web Service Configuration Problem", 450,
2722                  * 400);
2723                  *
2724                  * jd.waitForInput();
2725                  */
2726                 JvOptionPane.showConfirmDialog(Desktop.desktop,
2727                         new JLabel("<html><table width=\"450\"><tr><td>"
2728                                 + ermsg + "</td></tr></table>"
2729                                 + "<p>It may be that you have invalid JABA URLs<br/>in your web service preferences,"
2730                                 + "<br>or as a command-line argument, or mis-configured HTTP proxy settings.</p>"
2731                                 + "<p>Check the <em>Connections</em> and <em>Web services</em> tab<br/>of the"
2732                                 + " Tools->Preferences dialog box to change them.</p></html>"),
2733                         "Web Service Configuration Problem",
2734                         JvOptionPane.DEFAULT_OPTION,
2735                         JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
2736                 serviceChangedDialog = null;
2737
2738               }
2739             });
2740           }
2741         }
2742         else
2743         {
2744           Cache.log.error(
2745                   "Errors reported by JABA discovery service. Check web services preferences.\n"
2746                           + ermsg);
2747         }
2748       }
2749     }
2750   }
2751
2752   private Runnable serviceChangedDialog = null;
2753
2754   /**
2755    * start a thread to open a URL in the configured browser. Pops up a warning
2756    * dialog to the user if there is an exception when calling out to the browser
2757    * to open the URL.
2758    *
2759    * @param url
2760    */
2761   public static void showUrl(final String url)
2762   {
2763     showUrl(url, Desktop.instance);
2764   }
2765
2766   /**
2767    * Like showUrl but allows progress handler to be specified
2768    *
2769    * @param url
2770    * @param progress
2771    *          (null) or object implementing IProgressIndicator
2772    */
2773   public static void showUrl(final String url,
2774           final IProgressIndicator progress)
2775   {
2776     new Thread(new Runnable()
2777     {
2778       @Override
2779       public void run()
2780       {
2781         try
2782         {
2783           if (progress != null)
2784           {
2785             progress.setProgressBar(MessageManager
2786                     .formatMessage("status.opening_params", new Object[]
2787                     { url }), this.hashCode());
2788           }
2789           jalview.util.BrowserLauncher.openURL(url);
2790         } catch (Exception ex)
2791         {
2792           JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
2793                   MessageManager
2794                           .getString("label.web_browser_not_found_unix"),
2795                   MessageManager.getString("label.web_browser_not_found"),
2796                   JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
2797
2798           ex.printStackTrace();
2799         }
2800         if (progress != null)
2801         {
2802           progress.setProgressBar(null, this.hashCode());
2803         }
2804       }
2805     }).start();
2806   }
2807
2808   public static WsParamSetManager wsparamManager = null;
2809
2810   public static ParamManager getUserParameterStore()
2811   {
2812     if (wsparamManager == null)
2813     {
2814       wsparamManager = new WsParamSetManager();
2815     }
2816     return wsparamManager;
2817   }
2818
2819   /**
2820    * static hyperlink handler proxy method for use by Jalview's internal windows
2821    *
2822    * @param e
2823    */
2824   public static void hyperlinkUpdate(HyperlinkEvent e)
2825   {
2826     if (e.getEventType() == EventType.ACTIVATED)
2827     {
2828       String url = null;
2829       try
2830       {
2831         url = e.getURL().toString();
2832         Desktop.showUrl(url);
2833       } catch (Exception x)
2834       {
2835         if (url != null)
2836         {
2837           if (Cache.log != null)
2838           {
2839             Cache.log.error("Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2840           }
2841           else
2842           {
2843             System.err.println(
2844                     "Couldn't handle string " + url + " as a URL.");
2845           }
2846         }
2847         // ignore any exceptions due to dud links.
2848       }
2849
2850     }
2851   }
2852
2853   /**
2854    * single thread that handles display of dialogs to user.
2855    */
2856   ExecutorService dialogExecutor = Executors.newSingleThreadExecutor();
2857
2858   /**
2859    * flag indicating if dialogExecutor should try to acquire a permit
2860    */
2861   private volatile boolean dialogPause = true;
2862
2863   /**
2864    * pause the queue
2865    */
2866   private java.util.concurrent.Semaphore block = new Semaphore(0);
2867
2868   private static groovy.ui.Console groovyConsole;
2869
2870   /**
2871    * add another dialog thread to the queue
2872    *
2873    * @param prompter
2874    */
2875   public void addDialogThread(final Runnable prompter)
2876   {
2877     dialogExecutor.submit(new Runnable()
2878     {
2879       @Override
2880       public void run()
2881       {
2882         if (dialogPause)
2883         {
2884           try
2885           {
2886             block.acquire();
2887           } catch (InterruptedException x)
2888           {
2889           }
2890         }
2891         if (instance == null)
2892         {
2893           return;
2894         }
2895         try
2896         {
2897           SwingUtilities.invokeAndWait(prompter);
2898         } catch (Exception q)
2899         {
2900           Cache.log.warn("Unexpected Exception in dialog thread.", q);
2901         }
2902       }
2903     });
2904   }
2905
2906   public void startDialogQueue()
2907   {
2908     // set the flag so we don't pause waiting for another permit and semaphore
2909     // the current task to begin
2910     dialogPause = false;
2911     block.release();
2912   }
2913
2914   /**
2915    * Outputs an image of the desktop to file in EPS format, after prompting the
2916    * user for choice of Text or Lineart character rendering (unless a preference
2917    * has been set). The file name is generated as
2918    *
2919    * <pre>
2920    * Jalview_snapshot_nnnnn.eps where nnnnn is the current timestamp in milliseconds
2921    * </pre>
2922    */
2923   @Override
2924   protected void snapShotWindow_actionPerformed(ActionEvent e)
2925   {
2926     // currently the menu option to do this is not shown
2927     invalidate();
2928
2929     int width = getWidth();
2930     int height = getHeight();
2931     File of = new File(
2932             "Jalview_snapshot_" + System.currentTimeMillis() + ".eps");
2933     ImageWriterI writer = new ImageWriterI()
2934     {
2935       @Override
2936       public void exportImage(Graphics g) throws Exception
2937       {
2938         paintAll(g);
2939         Cache.log.info("Successfully written snapshot to file "
2940                 + of.getAbsolutePath());
2941       }
2942     };
2943     String title = "View of desktop";
2944     ImageExporter exporter = new ImageExporter(writer, null, TYPE.EPS,
2945             title);
2946     exporter.doExport(of, this, width, height, title);
2947   }
2948
2949   /**
2950    * Explode the views in the given SplitFrame into separate SplitFrame windows.
2951    * This respects (remembers) any previous 'exploded geometry' i.e. the size
2952    * and location last time the view was expanded (if any). However it does not
2953    * remember the split pane divider location - this is set to match the
2954    * 'exploding' frame.
2955    *
2956    * @param sf
2957    */
2958   public void explodeViews(SplitFrame sf)
2959   {
2960     AlignFrame oldTopFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
2961     AlignFrame oldBottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
2962     List<? extends AlignmentViewPanel> topPanels = oldTopFrame
2963             .getAlignPanels();
2964     List<? extends AlignmentViewPanel> bottomPanels = oldBottomFrame
2965             .getAlignPanels();
2966     int viewCount = topPanels.size();
2967     if (viewCount < 2)
2968     {
2969       return;
2970     }
2971
2972     /*
2973      * Processing in reverse order works, forwards order leaves the first panels
2974      * not visible. I don't know why!
2975      */
2976     for (int i = viewCount - 1; i >= 0; i--)
2977     {
2978       /*
2979        * Make new top and bottom frames. These take over the respective
2980        * AlignmentPanel objects, including their AlignmentViewports, so the
2981        * cdna/protein relationships between the viewports is carried over to the
2982        * new split frames.
2983        *
2984        * explodedGeometry holds the (x, y) position of the previously exploded
2985        * SplitFrame, and the (width, height) of the AlignFrame component
2986        */
2987       AlignmentPanel topPanel = (AlignmentPanel) topPanels.get(i);
2988       AlignFrame newTopFrame = new AlignFrame(topPanel);
2989       newTopFrame.setSize(oldTopFrame.getSize());
2990       newTopFrame.setVisible(true);
2991       Rectangle geometry = ((AlignViewport) topPanel.getAlignViewport())
2992               .getExplodedGeometry();
2993       if (geometry != null)
2994       {
2995         newTopFrame.setSize(geometry.getSize());
2996       }
2997
2998       AlignmentPanel bottomPanel = (AlignmentPanel) bottomPanels.get(i);
2999       AlignFrame newBottomFrame = new AlignFrame(bottomPanel);
3000       newBottomFrame.setSize(oldBottomFrame.getSize());
3001       newBottomFrame.setVisible(true);
3002       geometry = ((AlignViewport) bottomPanel.getAlignViewport())
3003               .getExplodedGeometry();
3004       if (geometry != null)
3005       {
3006         newBottomFrame.setSize(geometry.getSize());
3007       }
3008
3009       topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3010       bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3011       JInternalFrame splitFrame = new SplitFrame(newTopFrame,
3012               newBottomFrame);
3013       if (geometry != null)
3014       {
3015         splitFrame.setLocation(geometry.getLocation());
3016       }
3017       Desktop.addInternalFrame(splitFrame, sf.getTitle(), -1, -1);
3018     }
3019
3020     /*
3021      * Clear references to the panels (now relocated in the new SplitFrames)
3022      * before closing the old SplitFrame.
3023      */
3024     topPanels.clear();
3025     bottomPanels.clear();
3026     sf.close();
3027   }
3028
3029   /**
3030    * Gather expanded split frames, sharing the same pairs of sequence set ids,
3031    * back into the given SplitFrame as additional views. Note that the gathered
3032    * frames may themselves have multiple views.
3033    *
3034    * @param source
3035    */
3036   public void gatherViews(GSplitFrame source)
3037   {
3038     /*
3039      * special handling of explodedGeometry for a view within a SplitFrame: - it
3040      * holds the (x, y) position of the enclosing SplitFrame, and the (width,
3041      * height) of the AlignFrame component
3042      */
3043     AlignFrame myTopFrame = (AlignFrame) source.getTopFrame();
3044     AlignFrame myBottomFrame = (AlignFrame) source.getBottomFrame();
3045     myTopFrame.viewport.setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(),
3046             source.getY(), myTopFrame.getWidth(), myTopFrame.getHeight()));
3047     myBottomFrame.viewport
3048             .setExplodedGeometry(new Rectangle(source.getX(), source.getY(),
3049                     myBottomFrame.getWidth(), myBottomFrame.getHeight()));
3050     myTopFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3051     myBottomFrame.viewport.setGatherViewsHere(true);
3052     String topViewId = myTopFrame.viewport.getSequenceSetId();
3053     String bottomViewId = myBottomFrame.viewport.getSequenceSetId();
3054
3055     JInternalFrame[] frames = desktop.getAllFrames();
3056     for (JInternalFrame frame : frames)
3057     {
3058       if (frame instanceof SplitFrame && frame != source)
3059       {
3060         SplitFrame sf = (SplitFrame) frame;
3061         AlignFrame topFrame = (AlignFrame) sf.getTopFrame();
3062         AlignFrame bottomFrame = (AlignFrame) sf.getBottomFrame();
3063         boolean gatherThis = false;
3064         for (int a = 0; a < topFrame.alignPanels.size(); a++)
3065         {
3066           AlignmentPanel topPanel = topFrame.alignPanels.get(a);
3067           AlignmentPanel bottomPanel = bottomFrame.alignPanels.get(a);
3068           if (topViewId.equals(topPanel.av.getSequenceSetId())
3069                   && bottomViewId.equals(bottomPanel.av.getSequenceSetId()))
3070           {
3071             gatherThis = true;
3072             topPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3073             bottomPanel.av.setGatherViewsHere(false);
3074             topPanel.av.setExplodedGeometry(
3075                     new Rectangle(sf.getLocation(), topFrame.getSize()));
3076             bottomPanel.av.setExplodedGeometry(
3077                     new Rectangle(sf.getLocation(), bottomFrame.getSize()));
3078             myTopFrame.addAlignmentPanel(topPanel, false);
3079             myBottomFrame.addAlignmentPanel(bottomPanel, false);
3080           }
3081         }
3082
3083         if (gatherThis)
3084         {
3085           topFrame.getAlignPanels().clear();
3086           bottomFrame.getAlignPanels().clear();
3087           sf.close();
3088         }
3089       }
3090     }
3091
3092     /*
3093      * The dust settles...give focus to the tab we did this from.
3094      */
3095     myTopFrame.setDisplayedView(myTopFrame.alignPanel);
3096   }
3097
3098   public static groovy.ui.Console getGroovyConsole()
3099   {
3100     return groovyConsole;
3101   }
3102
3103   /**
3104    * handles the payload of a drag and drop event.
3105    *
3106    * TODO refactor to desktop utilities class
3107    *
3108    * @param files
3109    *          - Data source strings extracted from the drop event
3110    * @param protocols
3111    *          - protocol for each data source extracted from the drop event
3112    * @param evt
3113    *          - the drop event
3114    * @param t
3115    *          - the payload from the drop event
3116    * @throws Exception
3117    */
3118   public static void transferFromDropTarget(List<Object> files,
3119           List<DataSourceType> protocols, DropTargetDropEvent evt,
3120           Transferable t) throws Exception
3121   {
3122
3123     // BH 2018 changed List<String> to List<Object> to allow for File from
3124     // SwingJS
3125
3126     // DataFlavor[] flavors = t.getTransferDataFlavors();
3127     // for (int i = 0; i < flavors.length; i++) {
3128     // if (flavors[i].isFlavorJavaFileListType()) {
3129     // evt.acceptDrop(DnDConstants.ACTION_COPY_OR_MOVE);
3130     // List<File> list = (List<File>) t.getTransferData(flavors[i]);
3131     // for (int j = 0; j < list.size(); j++) {
3132     // File file = (File) list.get(j);
3133     // byte[] data = getDroppedFileBytes(file);
3134     // fileName.setText(file.getName() + " - " + data.length + " " +
3135     // evt.getLocation());
3136     // JTextArea target = (JTextArea) ((DropTarget)
3137     // evt.getSource()).getComponent();
3138     // target.setText(new String(data));
3139     // }
3140     // dtde.dropComplete(true);
3141     // return;
3142     // }
3143     //
3144
3145     DataFlavor uriListFlavor = new DataFlavor(
3146             "text/uri-list;class=java.lang.String"), urlFlavour = null;
3147     try
3148     {
3149       urlFlavour = new DataFlavor(
3150               "application/x-java-url; class=java.net.URL");
3151     } catch (ClassNotFoundException cfe)
3152     {
3153       Cache.log.debug("Couldn't instantiate the URL dataflavor.", cfe);
3154     }
3155
3156     if (urlFlavour != null && t.isDataFlavorSupported(urlFlavour))
3157     {
3158
3159       try
3160       {
3161         java.net.URL url = (URL) t.getTransferData(urlFlavour);
3162         // nb: java 8 osx bug https://bugs.openjdk.java.net/browse/JDK-8156099
3163         // means url may be null.
3164         if (url != null)
3165         {
3166           protocols.add(DataSourceType.URL);
3167           files.add(url.toString());
3168           Cache.log.debug("Drop handled as URL dataflavor "
3169                   + files.get(files.size() - 1));
3170           return;
3171         }
3172         else
3173         {
3174           if (Platform.isAMacAndNotJS())
3175           {
3176             System.err.println(
3177                     "Please ignore plist error - occurs due to problem with java 8 on OSX");
3178           }
3179         }
3180       } catch (Throwable ex)
3181       {
3182         Cache.log.debug("URL drop handler failed.", ex);
3183       }
3184     }
3185     if (t.isDataFlavorSupported(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3186     {
3187       // Works on Windows and MacOSX
3188       Cache.log.debug("Drop handled as javaFileListFlavor");
3189       for (Object file : (List) t
3190               .getTransferData(DataFlavor.javaFileListFlavor))
3191       {
3192         files.add(file);
3193         protocols.add(DataSourceType.FILE);
3194       }
3195     }
3196     else
3197     {
3198       // Unix like behaviour
3199       boolean added = false;
3200       String data = null;
3201       if (t.isDataFlavorSupported(uriListFlavor))
3202       {
3203         Cache.log.debug("Drop handled as uriListFlavor");
3204         // This is used by Unix drag system
3205         data = (String) t.getTransferData(uriListFlavor);
3206       }
3207       if (data == null)
3208       {
3209         // fallback to text: workaround - on OSX where there's a JVM bug
3210         Cache.log.debug("standard URIListFlavor failed. Trying text");
3211         // try text fallback
3212         DataFlavor textDf = new DataFlavor(
3213                 "text/plain;class=java.lang.String");
3214         if (t.isDataFlavorSupported(textDf))
3215         {
3216           data = (String) t.getTransferData(textDf);
3217         }
3218
3219         Cache.log.debug("Plain text drop content returned "
3220                 + (data == null ? "Null - failed" : data));
3221
3222       }
3223       if (data != null)
3224       {
3225         while (protocols.size() < files.size())
3226         {
3227           Cache.log.debug("Adding missing FILE protocol for "
3228                   + files.get(protocols.size()));
3229           protocols.add(DataSourceType.FILE);
3230         }
3231         for (java.util.StringTokenizer st = new java.util.StringTokenizer(
3232                 data, "\r\n"); st.hasMoreTokens();)
3233         {
3234           added = true;
3235           String s = st.nextToken();
3236           if (s.startsWith("#"))
3237           {
3238             // the line is a comment (as per the RFC 2483)
3239             continue;
3240           }
3241           java.net.URI uri = new java.net.URI(s);
3242           if (uri.getScheme().toLowerCase().startsWith("http"))
3243           {
3244             protocols.add(DataSourceType.URL);
3245             files.add(uri.toString());
3246           }
3247           else
3248           {
3249             // otherwise preserve old behaviour: catch all for file objects
3250             java.io.File file = new java.io.File(uri);
3251             protocols.add(DataSourceType.FILE);
3252             files.add(file.toString());
3253           }
3254         }
3255       }
3256
3257       if (Cache.log.isDebugEnabled())
3258       {
3259         if (data == null || !added)
3260         {
3261
3262           if (t.getTransferDataFlavors() != null
3263                   && t.getTransferDataFlavors().length > 0)
3264           {
3265             Cache.log.debug(
3266                     "Couldn't resolve drop data. Here are the supported flavors:");
3267             for (DataFlavor fl : t.getTransferDataFlavors())
3268             {
3269               Cache.log.debug(
3270                       "Supported transfer dataflavor: " + fl.toString());
3271               Object df = t.getTransferData(fl);
3272               if (df != null)
3273               {
3274                 Cache.log.debug("Retrieves: " + df);
3275               }
3276               else
3277               {
3278                 Cache.log.debug("Retrieved nothing");
3279               }
3280             }
3281           }
3282           else
3283           {
3284             Cache.log.debug("Couldn't resolve dataflavor for drop: "
3285                     + t.toString());
3286           }
3287         }
3288       }
3289     }
3290     if (Platform.isWindowsAndNotJS())
3291     {
3292       Cache.log.debug("Scanning dropped content for Windows Link Files");
3293
3294       // resolve any .lnk files in the file drop
3295       for (int f = 0; f < files.size(); f++)
3296       {
3297         String source = files.get(f).toString().toLowerCase();
3298         if (protocols.get(f).equals(DataSourceType.FILE)
3299                 && (source.endsWith(".lnk") || source.endsWith(".url")
3300                         || source.endsWith(".site")))
3301         {
3302           try
3303           {
3304             Object obj = files.get(f);
3305             File lf = (obj instanceof File ? (File) obj
3306                     : new File((String) obj));
3307             // process link file to get a URL
3308             Cache.log.debug("Found potential link file: " + lf);
3309             WindowsShortcut wscfile = new WindowsShortcut(lf);
3310             String fullname = wscfile.getRealFilename();
3311             protocols.set(f, FormatAdapter.checkProtocol(fullname));
3312             files.set(f, fullname);
3313             Cache.log.debug("Parsed real filename " + fullname
3314                     + " to extract protocol: " + protocols.get(f));
3315           } catch (Exception ex)
3316           {
3317             Cache.log.error(
3318                     "Couldn't parse " + files.get(f) + " as a link file.",
3319                     ex);
3320           }
3321         }
3322       }
3323     }
3324   }
3325
3326   /**
3327    * Sets the Preferences property for experimental features to True or False
3328    * depending on the state of the controlling menu item
3329    */
3330   @Override
3331   protected void showExperimental_actionPerformed(boolean selected)
3332   {
3333     Cache.setProperty(EXPERIMENTAL_FEATURES, Boolean.toString(selected));
3334   }
3335
3336   /**
3337    * Answers a (possibly empty) list of any structure viewer frames (currently
3338    * for either Jmol or Chimera) which are currently open. This may optionally
3339    * be restricted to viewers of a specified class, or viewers linked to a
3340    * specified alignment panel.
3341    *
3342    * @param apanel
3343    *          if not null, only return viewers linked to this panel
3344    * @param structureViewerClass
3345    *          if not null, only return viewers of this class
3346    * @return
3347    */
3348   public List<StructureViewerBase> getStructureViewers(
3349           AlignmentPanel apanel,
3350           Class<? extends StructureViewerBase> structureViewerClass)
3351   {
3352     List<StructureViewerBase> result = new ArrayList<>();
3353     JInternalFrame[] frames = Desktop.instance.getAllFrames();
3354
3355     for (JInternalFrame frame : frames)
3356     {
3357       if (frame instanceof StructureViewerBase)
3358       {
3359         if (structureViewerClass == null
3360                 || structureViewerClass.isInstance(frame))
3361         {
3362           if (apanel == null
3363                   || ((StructureViewerBase) frame).isLinkedWith(apanel))
3364           {
3365             result.add((StructureViewerBase) frame);
3366           }
3367         }
3368       }
3369     }
3370     return result;
3371   }
3372 }