src/jalview/gui/FeatureColourChooser.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25 import javax.swing.*;
  26 import javax.swing.event.*;
  27
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import java.awt.Dimension;
  31
  32 public class FeatureColourChooser extends JPanel
  33 {
  34   JInternalFrame frame;
  35
  36   FeatureRenderer fr;
  37
  38   FeatureSettings fs;
  39
  40   GraduatedColor cs;
  41   Object oldcs;
  42
  43   Hashtable oldgroupColours;
  44
  45   AlignmentPanel ap;
  46
  47
  48   boolean adjusting = false;
  49
  50   private float min;
  51
  52   private float max;
  53   String type = null;
  54   public FeatureColourChooser(FeatureSettings fsettings, String type)
  55   {
  56     this.fs = fsettings;
  57     this.type = type;
  58     fr = fsettings.fr;
  59     ap = fr.ap;
  60     frame = new JInternalFrame();
  61     frame.setContentPane(this);
  62     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  63     Desktop.addInternalFrame(frame, "Graduated Feature Colour for "+type, 480, 145);
  64
  65     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  66     {
  67       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  68       {
  69         if (!adjusting)
  70         {
  71           thresholdValue.setText(((float) slider.getValue() / 1000f) + "");
  72           valueChanged();
  73         }
  74       }
  75     });
  76     slider.addMouseListener(new MouseAdapter()
  77     {
  78       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
  79       {
  80         if (fr.ap!=null) { fr.ap.paintAlignment(true); };
  81       }
  82     });
  83
  84     float mm[] = ((float[][]) fr.minmax.get(type))[0];
  85     min = mm[0];
  86     max = mm[1];
  87     oldcs = fr.featureColours.get(type);
  88     if (oldcs instanceof GraduatedColor)
  89     {
  90       cs = new GraduatedColor((GraduatedColor) oldcs, min, max);
  91     } else {
  92       // promote original color to a graduated color
  93       Color bl = Color.black;
  94       if (oldcs instanceof Color)
  95       {
  96         bl = (Color) oldcs;
  97       }
  98       // original colour becomes the maximum colour
  99       cs = new GraduatedColor(Color.white,bl,mm[0],mm[1]);
 100     }
 101     minColour.setBackground(cs.getMinColor());
 102     maxColour.setBackground(cs.getMaxColor());
 103     adjusting = true;
 104
 105     try
 106     {
 107       jbInit();
 108     } catch (Exception ex)
 109     {
 110     }
 111
 112     adjusting = false;
 113
 114     changeColour();
 115
 116   }
 117
 118   public FeatureColourChooser()
 119   {
 120     try
 121     {
 122       jbInit();
 123     } catch (Exception ex)
 124     {
 125       ex.printStackTrace();
 126     }
 127   }
 128
 129   private void jbInit() throws Exception
 130   {
 131     minColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 132     minColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 133     minColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 134     minColour.setToolTipText("Minimum Colour");
 135     minColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 136     {
 137       public void mousePressed(MouseEvent e)
 138       {
 139         if (minColour.isEnabled())
 140         {
 141           minColour_actionPerformed();
 142         }
 143       }
 144     });
 145     maxColour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 146     maxColour.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
 147     maxColour.setPreferredSize(new Dimension(40, 20));
 148     maxColour.setToolTipText("Maximum Colour");
 149     maxColour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 150     {
 151       public void mousePressed(MouseEvent e)
 152       {
 153         if (maxColour.isEnabled())
 154         {
 155           maxColour_actionPerformed();
 156         }
 157       }
 158     });
 159     ok.setOpaque(false);
 160     ok.setText("OK");
 161     ok.addActionListener(new ActionListener()
 162     {
 163       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 164       {
 165         ok_actionPerformed(e);
 166       }
 167     });
 168     cancel.setOpaque(false);
 169     cancel.setText("Cancel");
 170     cancel.addActionListener(new ActionListener()
 171     {
 172       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 173       {
 174         cancel_actionPerformed(e);
 175       }
 176     });
 177     this.setLayout(borderLayout1);
 178     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 179     jPanel1.setBackground(Color.white);
 180     jPanel2.setBackground(Color.white);
 181     threshold.addActionListener(new ActionListener()
 182     {
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184       {
 185         threshold_actionPerformed(e);
 186       }
 187     });
 188     threshold.addItem("No Threshold");
 189     threshold.addItem("Above Threshold");
 190     threshold.addItem("Below Threshold");
 191     jPanel3.setLayout(flowLayout2);
 192     thresholdValue.addActionListener(new ActionListener()
 193     {
 194       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 195       {
 196         thresholdValue_actionPerformed(e);
 197       }
 198     });
 199     slider.setPaintLabels(false);
 200     slider.setPaintTicks(true);
 201     slider.setBackground(Color.white);
 202     slider.setEnabled(false);
 203     slider.setOpaque(false);
 204     slider.setPreferredSize(new Dimension(100, 32));
 205     thresholdValue.setEnabled(false);
 206     thresholdValue.setColumns(7);
 207     jPanel3.setBackground(Color.white);
 208     currentColours.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 209     currentColours.setOpaque(false);
 210     currentColours.setText("Use Original Colours");
 211     currentColours.addActionListener(new ActionListener()
 212     {
 213       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 214       {
 215         currentColours_actionPerformed(e);
 216       }
 217     });
 218     thresholdIsMin.setBackground(Color.white);
 219     thresholdIsMin.setText("Threshold is Min/Max");
 220     thresholdIsMin.addActionListener(new ActionListener()
 221     {
 222       public void actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 223       {
 224         thresholdIsMin_actionPerformed(actionEvent);
 225       }
 226     });
 227     jPanel1.add(ok);
 228     jPanel1.add(cancel);
 229     // jPanel2.add(currentColours);
 230     jPanel2.add(minColour);
 231     jPanel2.add(maxColour);
 232     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 233     jPanel3.add(threshold);
 234     jPanel3.add(slider);
 235     jPanel3.add(thresholdValue);
 236     jPanel3.add(thresholdIsMin);
 237     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 238     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 239   }
 240
 241
 242   JPanel minColour = new JPanel();
 243
 244   JPanel maxColour = new JPanel();
 245
 246   JButton ok = new JButton();
 247
 248   JButton cancel = new JButton();
 249
 250   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 251
 252   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 253
 254   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 255
 256   JComboBox threshold = new JComboBox();
 257
 258   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 259
 260   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 261
 262   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 263
 264   JSlider slider = new JSlider();
 265
 266   JTextField thresholdValue = new JTextField(20);
 267   // TODO refactor to tolower flag
 268   JCheckBox currentColours = new JCheckBox();
 269
 270   JCheckBox thresholdIsMin = new JCheckBox();
 271
 272   private GraphLine threshline;
 273
 274   public void minColour_actionPerformed()
 275   {
 276     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 277             "Select Colour for Minimum Value", minColour.getBackground());
 278     if (col != null)
 279     {
 280       minColour.setBackground(col);
 281     }
 282     minColour.repaint();
 283     changeColour();
 284   }
 285
 286   public void maxColour_actionPerformed()
 287   {
 288     Color col = JColorChooser.showDialog(this,
 289             "Select Colour for Maximum Value", maxColour.getBackground());
 290     if (col != null)
 291     {
 292       maxColour.setBackground(col);
 293     }
 294     maxColour.repaint();
 295     changeColour();
 296   }
 297
 298   void changeColour()
 299   {
 300     // Check if combobox is still adjusting
 301     if (adjusting)
 302     {
 303       return;
 304     }
 305
 306
 307     int aboveThreshold = AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD;
 308     if (threshold.getSelectedItem().equals("Above Threshold"))
 309     {
 310       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 311     }
 312     else if (threshold.getSelectedItem().equals("Below Threshold"))
 313     {
 314       aboveThreshold = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 315     }
 316
 317     slider.setEnabled(true);
 318     thresholdValue.setEnabled(true);
 319     GraduatedColor acg = new GraduatedColor(minColour.getBackground(), maxColour.getBackground(), min, max);
 320
 321     if (aboveThreshold == AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 322     {
 323       slider.setEnabled(false);
 324       thresholdValue.setEnabled(false);
 325       thresholdValue.setText("");
 326     }
 327     else if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD
 328             && threshline == null)
 329     {
 330       // todo visual indication of feature threshold
 331       threshline = new jalview.datamodel.GraphLine(
 332                       (max - min) / 2f,
 333                       "Threshold", Color.black);
 334     }
 335
 336     if (aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 337     {
 338       adjusting = true;
 339       acg.setThresh(threshline.value);
 340
 341       float range = max * 1000f
 342               - min * 1000f;
 343
 344       slider.setMinimum((int) (min * 1000));
 345       slider.setMaximum((int) (max * 1000));
 346       slider.setValue((int) (threshline.value * 1000));
 347       thresholdValue.setText(threshline.value + "");
 348       slider.setMajorTickSpacing((int) (range / 10f));
 349       slider.setEnabled(true);
 350       thresholdValue.setEnabled(true);
 351       adjusting = false;
 352     }
 353
 354     acg.setThreshType(aboveThreshold);
 355     if (thresholdIsMin.isSelected() && aboveThreshold != AnnotationColourGradient.NO_THRESHOLD)
 356     {
 357       if (aboveThreshold==AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD)
 358       {
 359         acg = new GraduatedColor(acg, threshline.value, max);
 360       } else {
 361         acg = new GraduatedColor(acg, min,threshline.value);
 362       }
 363     }
 364
 365     fr.featureColours.put(type,acg);
 366     cs = acg;
 367     ap.paintAlignment(false);
 368   }
 369
 370   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 371   {
 372     changeColour();
 373     try
 374     {
 375       frame.setClosed(true);
 376     } catch (Exception ex)
 377     {
 378     }
 379   }
 380
 381   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 382   {
 383     reset();
 384     try
 385     {
 386       frame.setClosed(true);
 387     } catch (Exception ex)
 388     {
 389     }
 390   }
 391
 392   void reset()
 393   {
 394     fr.featureColours.put(type, oldcs);
 395   }
 396
 397   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 398   {
 399     changeColour();
 400   }
 401
 402   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 403   {
 404     changeColour();
 405   }
 406
 407   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 408   {
 409     changeColour();
 410   }
 411
 412   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 413   {
 414     try
 415     {
 416       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 417       slider.setValue((int) (f * 1000));
 418       threshline.value = f;
 419     } catch (NumberFormatException ex)
 420     {
 421     }
 422   }
 423
 424   public void valueChanged()
 425   {
 426     threshline.value = (float) slider.getValue() / 1000f;
 427     cs.setThresh(threshline.value);
 428     changeColour();
 429     ap.paintAlignment(false);
 430   }
 431
 432   public void currentColours_actionPerformed(ActionEvent e)
 433   {
 434     if (currentColours.isSelected())
 435     {
 436       reset();
 437     }
 438
 439     maxColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());
 440     minColour.setEnabled(!currentColours.isSelected());
 441
 442     changeColour();
 443   }
 444
 445   public void thresholdIsMin_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)
 446   {
 447     changeColour();
 448   }
 449
 450 }