src/jalview/gui/FeatureEditor.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  29 import jalview.io.FeaturesFile;
  30 import jalview.schemes.FeatureColour;
  31 import jalview.util.ColorUtils;
  32 import jalview.util.MessageManager;
  33
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.Dimension;
  37 import java.awt.Font;
  38 import java.awt.GridLayout;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.ItemEvent;
  42 import java.awt.event.ItemListener;
  43 import java.awt.event.MouseAdapter;
  44 import java.awt.event.MouseEvent;
  45 import java.util.ArrayList;
  46 import java.util.List;
  47
  48 import javax.swing.JComboBox;
  49 import javax.swing.JLabel;
  50 import javax.swing.JPanel;
  51 import javax.swing.JScrollPane;
  52 import javax.swing.JSpinner;
  53 import javax.swing.JTextArea;
  54 import javax.swing.JTextField;
  55 import javax.swing.SpinnerNumberModel;
  56 import javax.swing.SwingConstants;
  57 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  58 import javax.swing.event.ChangeListener;
  59 import javax.swing.event.DocumentEvent;
  60 import javax.swing.event.DocumentListener;
  61
  62 /**
  63  * Provides a dialog allowing the user to add new features, or amend or delete
  64  * existing features
  65  */
  66 public class FeatureEditor
  67 {
  68   /*
  69    * defaults for creating a new feature are the last created
  70    * feature type and group
  71    */
  72   static String lastFeatureAdded = "feature_1";
  73
  74   static String lastFeatureGroupAdded = "Jalview";
  75
  76   /*
  77    * the sequence(s) with features to be created / amended
  78    */
  79   final List<SequenceI> sequences;
  80
  81   /*
  82    * the features (or template features) to be created / amended
  83    */
  84   final List<SequenceFeature> features;
  85
  86   /*
  87    * true if the dialog is to create a new feature, false if
  88    * for amend or delete of existing feature(s)
  89    */
  90   final boolean forCreate;
  91
  92   /*
  93    * index into the list of features
  94    */
  95   int featureIndex;
  96
  97   FeatureColourI oldColour;
  98
  99   FeatureColourI featureColour;
 100
 101   FeatureRenderer fr;
 102
 103   AlignmentPanel ap;
 104
 105   JTextField name;
 106
 107   JTextField group;
 108
 109   JTextArea description;
 110
 111   JSpinner start;
 112
 113   JSpinner end;
 114
 115   JPanel mainPanel;
 116
 117   /**
 118    * Constructor
 119    *
 120    * @param alignPanel
 121    * @param seqs
 122    * @param feats
 123    * @param create
 124    *          if true create a new feature, else amend or delete an existing
 125    *          feature
 126    */
 127   public FeatureEditor(AlignmentPanel alignPanel, List<SequenceI> seqs,
 128           List<SequenceFeature> feats, boolean create)
 129   {
 130     ap = alignPanel;
 131     fr = alignPanel.getSeqPanel().seqCanvas.fr;
 132     sequences = seqs;
 133     features = feats;
 134     this.forCreate = create;
 135
 136     init();
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Initialise the layout and controls
 141    */
 142   protected void init()
 143   {
 144     featureIndex = 0;
 145
 146     mainPanel = new JPanel(new BorderLayout());
 147
 148     name = new JTextField(25);
 149     name.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 150     {
 151       @Override
 152       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 153       {
 154         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 155       }
 156
 157       @Override
 158       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 159       {
 160         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 161       }
 162
 163       @Override
 164       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 165       {
 166         warnIfTypeHidden(mainPanel, name.getText());
 167       }
 168     });
 169
 170     group = new JTextField(25);
 171     group.getDocument().addDocumentListener(new DocumentListener()
 172     {
 173       @Override
 174       public void insertUpdate(DocumentEvent e)
 175       {
 176         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 177       }
 178
 179       @Override
 180       public void removeUpdate(DocumentEvent e)
 181       {
 182         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 183       }
 184
 185       @Override
 186       public void changedUpdate(DocumentEvent e)
 187       {
 188         warnIfGroupHidden(mainPanel, group.getText());
 189       }
 190     });
 191
 192     description = new JTextArea(3, 25);
 193
 194     start = new JSpinner();
 195     end = new JSpinner();
 196     start.setPreferredSize(new Dimension(80, 20));
 197     end.setPreferredSize(new Dimension(80, 20));
 198
 199     /*
 200      * ensure that start can never be more than end
 201      */
 202     start.addChangeListener(new ChangeListener()
 203     {
 204       @Override
 205       public void stateChanged(ChangeEvent e)
 206       {
 207         Integer startVal = (Integer) start.getValue();
 208         ((SpinnerNumberModel) end.getModel()).setMinimum(startVal);
 209       }
 210     });
 211     end.addChangeListener(new ChangeListener()
 212     {
 213       @Override
 214       public void stateChanged(ChangeEvent e)
 215       {
 216         Integer endVal = (Integer) end.getValue();
 217         ((SpinnerNumberModel) start.getModel()).setMaximum(endVal);
 218       }
 219     });
 220
 221     final JLabel colour = new JLabel();
 222     colour.setOpaque(true);
 223     colour.setMaximumSize(new Dimension(30, 16));
 224     colour.addMouseListener(new MouseAdapter()
 225     {
 226       @Override
 227       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 228       {
 229         if (featureColour.isSimpleColour())
 230         {
 231           /*
 232            * open colour chooser on click in colour panel
 233            */
 234           String title = MessageManager
 235                   .getString("label.select_feature_colour");
 236           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 237           {
 238             @Override
 239             public void colourSelected(Color c)
 240             {
 241               featureColour = new FeatureColour(c);
 242               updateColourButton(mainPanel, colour, featureColour);
 243             };
 244           };
 245           JalviewColourChooser.showColourChooser(Desktop.getDesktopPane(),
 246                   title, featureColour.getColour(), listener);
 247         }
 248         else
 249         {
 250           /*
 251            * variable colour dialog - on OK, refetch the updated
 252            * feature colour and update this display
 253            */
 254           final String ft = features.get(featureIndex).getType();
 255           final String type = ft == null ? lastFeatureAdded : ft;
 256           FeatureTypeSettings fcc = new FeatureTypeSettings(fr, type);
 257           fcc.setRequestFocusEnabled(true);
 258           fcc.requestFocus();
 259           fcc.addActionListener(new ActionListener()
 260           {
 261             @Override
 262             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 263             {
 264               featureColour = fr.getFeatureStyle(ft);
 265               fr.setColour(type, featureColour);
 266               updateColourButton(mainPanel, colour, featureColour);
 267             }
 268           });
 269         }
 270       }
 271     });
 272     JPanel gridPanel = new JPanel(new GridLayout(3, 1));
 273
 274     if (!forCreate && features.size() > 1)
 275     {
 276       /*
 277        * more than one feature at selected position -
 278        * add a drop-down to choose the feature to amend
 279        * space pad text if necessary to make entries distinct
 280        */
 281       gridPanel = new JPanel(new GridLayout(4, 1));
 282       JPanel choosePanel = new JPanel();
 283       choosePanel.add(new JLabel(
 284               MessageManager.getString("label.select_feature") + ":"));
 285       final JComboBox<String> overlaps = new JComboBox<>();
 286       List<String> added = new ArrayList<>();
 287       for (SequenceFeature sf : features)
 288       {
 289         String text = String.format("%s/%d-%d (%s)", sf.getType(),
 290                 sf.getBegin(), sf.getEnd(), sf.getFeatureGroup());
 291         while (added.contains(text))
 292         {
 293           text += " ";
 294         }
 295         overlaps.addItem(text);
 296         added.add(text);
 297       }
 298       choosePanel.add(overlaps);
 299
 300       overlaps.addItemListener(new ItemListener()
 301       {
 302         @Override
 303         public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 304         {
 305           int index = overlaps.getSelectedIndex();
 306           if (index != -1)
 307           {
 308             featureIndex = index;
 309             SequenceFeature sf = features.get(index);
 310             name.setText(sf.getType());
 311             description.setText(sf.getDescription());
 312             group.setText(sf.getFeatureGroup());
 313             start.setValue(new Integer(sf.getBegin()));
 314             end.setValue(new Integer(sf.getEnd()));
 315             ((SpinnerNumberModel) start.getModel()).setMaximum(sf.getEnd());
 316             ((SpinnerNumberModel) end.getModel()).setMinimum(sf.getBegin());
 317
 318             SearchResultsI highlight = new SearchResults();
 319             highlight.addResult(sequences.get(0), sf.getBegin(),
 320                     sf.getEnd());
 321
 322             ap.getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 323           }
 324           FeatureColourI col = fr.getFeatureStyle(name.getText());
 325           if (col == null)
 326           {
 327             col = new FeatureColour(
 328                     ColorUtils.createColourFromName(name.getText()));
 329           }
 330           oldColour = featureColour = col;
 331           updateColourButton(mainPanel, colour, col);
 332         }
 333       });
 334
 335       gridPanel.add(choosePanel);
 336     }
 337
 338     JPanel namePanel = new JPanel();
 339     gridPanel.add(namePanel);
 340     namePanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.name:"),
 341             JLabel.RIGHT));
 342     namePanel.add(name);
 343
 344     JPanel groupPanel = new JPanel();
 345     gridPanel.add(groupPanel);
 346     groupPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.group:"),
 347             JLabel.RIGHT));
 348     groupPanel.add(group);
 349
 350     JPanel colourPanel = new JPanel();
 351     gridPanel.add(colourPanel);
 352     colourPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.colour"),
 353             JLabel.RIGHT));
 354     colourPanel.add(colour);
 355     colour.setPreferredSize(new Dimension(150, 15));
 356     colour.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
 357     colour.setForeground(Color.black);
 358     colour.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 359     colour.setVerticalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 360     colour.setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
 361     colour.setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
 362     mainPanel.add(gridPanel, BorderLayout.NORTH);
 363
 364     JPanel descriptionPanel = new JPanel();
 365     descriptionPanel.add(new JLabel(
 366             MessageManager.getString("label.description:"), JLabel.RIGHT));
 367     description.setFont(JvSwingUtils.getTextAreaFont());
 368     description.setLineWrap(true);
 369     descriptionPanel.add(new JScrollPane(description));
 370
 371     if (!forCreate)
 372     {
 373       mainPanel.add(descriptionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 374
 375       JPanel startEndPanel = new JPanel();
 376       startEndPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.start"),
 377               JLabel.RIGHT));
 378       startEndPanel.add(start);
 379       startEndPanel.add(new JLabel(MessageManager.getString("label.end"),
 380               JLabel.RIGHT));
 381       startEndPanel.add(end);
 382       mainPanel.add(startEndPanel, BorderLayout.CENTER);
 383     }
 384     else
 385     {
 386       mainPanel.add(descriptionPanel, BorderLayout.CENTER);
 387     }
 388
 389     /*
 390      * default feature type and group to that of the first feature supplied,
 391      * or to the last feature created if not supplied (null value)
 392      */
 393     SequenceFeature firstFeature = features.get(0);
 394     boolean useLastDefaults = firstFeature.getType() == null;
 395     final String featureType = useLastDefaults ? lastFeatureAdded
 396             : firstFeature.getType();
 397     final String featureGroup = useLastDefaults ? lastFeatureGroupAdded
 398             : firstFeature.getFeatureGroup();
 399     name.setText(featureType);
 400     group.setText(featureGroup);
 401
 402     start.setValue(new Integer(firstFeature.getBegin()));
 403     end.setValue(new Integer(firstFeature.getEnd()));
 404     ((SpinnerNumberModel) start.getModel()).setMaximum(firstFeature.getEnd());
 405     ((SpinnerNumberModel) end.getModel()).setMinimum(firstFeature.getBegin());
 406
 407     description.setText(firstFeature.getDescription());
 408     featureColour = fr.getFeatureStyle(featureType);
 409     oldColour = featureColour;
 410     updateColourButton(mainPanel, colour, oldColour);
 411   }
 412
 413   /**
 414    * Presents a dialog allowing the user to add new features, or amend or delete
 415    * an existing feature. Currently this can be on
 416    * <ul>
 417    * <li>double-click on a sequence - Amend/Delete a selected feature at the
 418    * position</li>
 419    * <li>Create sequence feature(s) from pop-up menu on selected region</li>
 420    * <li>Create features for pattern matches from Find</li>
 421    * </ul>
 422    * If the supplied feature type is null, show (and update on confirm) the type
 423    * and group of the last new feature created (with initial defaults of
 424    * "feature_1" and "Jalview").
 425    */
 426   public void showDialog()
 427   {
 428           Runnable okAction = forCreate ? getCreateAction() : getAmendAction();
 429           Runnable cancelAction = getCancelAction();
 430
 431     /*
 432      * set dialog action handlers for OK (create/Amend) and Cancel options
 433      * also for Delete if applicable (when amending features)
 434      */
 435     JvOptionPane dialog = JvOptionPane.newOptionDialog(ap.alignFrame)
 436             .setResponseHandler(0, okAction)
 437             .setResponseHandler(2, cancelAction);
 438     if (!forCreate)
 439     {
 440       dialog.setResponseHandler(1, getDeleteAction());
 441     }
 442
 443     String title = null;
 444     Object[] options = null;
 445     if (forCreate)
 446     {
 447       title = MessageManager
 448               .getString("label.create_new_sequence_features");
 449       options = new Object[] { MessageManager.getString("action.ok"),
 450           MessageManager.getString("action.cancel") };
 451     }
 452     else
 453     {
 454       title = MessageManager.formatMessage("label.amend_delete_features",
 455               new String[]
 456               { sequences.get(0).getName() });
 457       options = new Object[] { MessageManager.getString("label.amend"),
 458           MessageManager.getString("action.delete"),
 459           MessageManager.getString("action.cancel") };
 460     }
 461
 462     dialog.showInternalDialog(mainPanel, title,
 463             JvOptionPane.YES_NO_CANCEL_OPTION,
 464             JvOptionPane.PLAIN_MESSAGE, null, options,
 465             MessageManager.getString("action.ok"));
 466   }
 467
 468   /**
 469    * Answers an action to run on Cancel in the dialog. This is just to remove
 470    * any feature highlighting from the display. Changes in the dialog are not
 471    * applied until it is dismissed with OK, Amend or Delete, so there are no
 472    * updates to reset on Cancel.
 473    *
 474    * @return
 475    */
 476   protected Runnable getCancelAction()
 477   {
 478         Runnable okAction = new Runnable()
 479     {
 480       @Override
 481       public void run()
 482       {
 483         ap.highlightSearchResults(null);
 484         ap.paintAlignment(false, false);
 485       }
 486     };
 487     return okAction;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Returns the action to be run on OK in the dialog when creating one or more
 492    * sequence features. Note these may have a pre-supplied feature type (such as
 493    * a Find pattern), or none, in which case the feature type and group default
 494    * to those last added through this dialog. The action includes refreshing the
 495    * Feature Settings panel (if it is open), to show any new feature type, or
 496    * amended colour for an existing type.
 497    *
 498    * @return
 499    */
 500   protected Runnable getCreateAction()
 501   {
 502         Runnable okAction = new Runnable()
 503     {
 504       boolean useLastDefaults = features.get(0).getType() == null;
 505
 506       @Override
 507       public void run()
 508       {
 509         final String enteredType = name.getText().trim();
 510         final String enteredGroup = group.getText().trim();
 511         final String enteredDescription = description.getText()
 512                 .replaceAll("\n", " ");
 513         if (enteredType.length() > 0)
 514         {
 515           /*
 516            * update default values only if creating using default values
 517            */
 518           if (useLastDefaults)
 519           {
 520             lastFeatureAdded = enteredType;
 521             lastFeatureGroupAdded = enteredGroup;
 522             // TODO: determine if the null feature group is valid
 523             if (lastFeatureGroupAdded.length() < 1)
 524             {
 525               lastFeatureGroupAdded = null;
 526             }
 527           }
 528         }
 529
 530         if (enteredType.length() > 0)
 531         {
 532           for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 533           {
 534             SequenceFeature sf = features.get(i);
 535             SequenceFeature sf2 = new SequenceFeature(enteredType,
 536                     enteredDescription, sf.getBegin(), sf.getEnd(),
 537                     enteredGroup);
 538             new FeaturesFile().parseDescriptionHTML(sf2, false);
 539             sequences.get(i).addSequenceFeature(sf2);
 540           }
 541
 542           fr.setColour(enteredType, featureColour);
 543           fr.featuresAdded();
 544
 545           repaintPanel();
 546         }
 547       }
 548     };
 549     return okAction;
 550   }
 551
 552   /**
 553    * Answers the action to run on Delete in the dialog. Note this includes
 554    * refreshing the Feature Settings (if open) in case the only instance of a
 555    * feature type or group has been deleted.
 556    *
 557    * @return
 558    */
 559   protected Runnable getDeleteAction()
 560   {
 561           Runnable deleteAction = new Runnable()
 562     {
 563       @Override
 564       public void run()
 565       {
 566         SequenceFeature sf = features.get(featureIndex);
 567         sequences.get(0).getDatasetSequence().deleteFeature(sf);
 568         fr.featuresAdded();
 569         ap.getSeqPanel().seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 570         ap.paintAlignment(true, true);
 571       }
 572     };
 573     return deleteAction;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * update the amend feature button dependent on the given style
 578    *
 579    * @param bigPanel
 580    * @param col
 581    * @param col
 582    */
 583   protected void updateColourButton(JPanel bigPanel, JLabel colour,
 584           FeatureColourI col)
 585   {
 586     colour.removeAll();
 587     colour.setIcon(null);
 588     colour.setText("");
 589
 590     if (col.isSimpleColour())
 591     {
 592       colour.setToolTipText(null);
 593       colour.setBackground(col.getColour());
 594     }
 595     else
 596     {
 597       colour.setBackground(bigPanel.getBackground());
 598       colour.setForeground(Color.black);
 599       colour.setToolTipText(FeatureSettings.getColorTooltip(col, false));
 600       FeatureSettings.renderGraduatedColor(colour, col);
 601     }
 602   }
 603
 604   /**
 605    * Show a warning message if the entered group is one that is currently hidden
 606    *
 607    * @param panel
 608    * @param group
 609    */
 610   protected void warnIfGroupHidden(JPanel panel, String group)
 611   {
 612     if (!fr.isGroupVisible(group))
 613     {
 614       String msg = MessageManager.formatMessage("label.warning_hidden",
 615               MessageManager.getString("label.group"), group);
 616       JvOptionPane.showMessageDialog(panel, msg, "",
 617               JvOptionPane.OK_OPTION);
 618     }
 619   }
 620
 621   /**
 622    * Show a warning message if the entered type is one that is currently hidden
 623    *
 624    * @param panel
 625    * @param type
 626    */
 627   protected void warnIfTypeHidden(JPanel panel, String type)
 628   {
 629     if (fr.getRenderOrder().contains(type))
 630     {
 631       if (!fr.showFeatureOfType(type))
 632       {
 633         String msg = MessageManager.formatMessage("label.warning_hidden",
 634                 MessageManager.getString("label.feature_type"), type);
 635         JvOptionPane.showMessageDialog(panel, msg, "",
 636                 JvOptionPane.OK_OPTION);
 637       }
 638     }
 639   }
 640
 641   /**
 642    * On closing the dialog - ensure feature display is turned on, to show any
 643    * new features - remove highlighting of the last selected feature - repaint
 644    * the panel to show any changes
 645    */
 646   protected void repaintPanel()
 647   {
 648     ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 649     ap.av.setShowSequenceFeatures(true);
 650     ap.av.setSearchResults(null);
 651     ap.paintAlignment(true, true);
 652   }
 653
 654   /**
 655    * Returns the action to be run on OK in the dialog when amending a feature.
 656    * Note this may include refreshing the Feature Settings panel (if it is
 657    * open), if feature type, group or colour has changed (but not for
 658    * description or extent).
 659    *
 660    * @return
 661    */
 662   protected Runnable getAmendAction()
 663   {
 664         Runnable okAction = new Runnable()
 665     {
 666       boolean useLastDefaults = features.get(0).getType() == null;
 667
 668       String featureType = name.getText();
 669
 670       String featureGroup = group.getText();
 671       @Override
 672       public void run()
 673       {
 674         final String enteredType = name.getText().trim();
 675         final String enteredGroup = group.getText().trim();
 676         final String enteredDescription = description.getText()
 677                 .replaceAll("\n", " ");
 678         if (enteredType.length() > 0)
 679
 680         {
 681           /*
 682            * update default values only if creating using default values
 683            */
 684           if (useLastDefaults)
 685           {
 686             lastFeatureAdded = enteredType;
 687             lastFeatureGroupAdded = enteredGroup;
 688             // TODO: determine if the null feature group is valid
 689             if (lastFeatureGroupAdded.length() < 1)
 690             {
 691               lastFeatureGroupAdded = null;
 692             }
 693           }
 694         }
 695
 696         SequenceFeature sf = features.get(featureIndex);
 697
 698         /*
 699          * Need to refresh Feature Settings if type, group or colour changed;
 700          * note we don't force the feature to be visible - the user has been
 701          * warned if a hidden feature type or group was entered
 702          */
 703         boolean refreshSettings = (!featureType.equals(enteredType)
 704                 || !featureGroup.equals(enteredGroup));
 705         refreshSettings |= (featureColour != oldColour);
 706         fr.setColour(enteredType, featureColour);
 707         int newBegin = sf.begin;
 708         int newEnd = sf.end;
 709         try
 710         {
 711           newBegin = ((Integer) start.getValue()).intValue();
 712           newEnd = ((Integer) end.getValue()).intValue();
 713         } catch (NumberFormatException ex)
 714         {
 715           // JSpinner doesn't accept invalid format data :-)
 716         }
 717
 718         /*
 719          * 'amend' the feature by deleting it and adding a new one
 720          * (to ensure integrity of SequenceFeatures data store)
 721          * note this dialog only updates one sequence at a time
 722          */
 723         sequences.get(0).deleteFeature(sf);
 724         SequenceFeature newSf = new SequenceFeature(sf, enteredType,
 725                 newBegin, newEnd, enteredGroup, sf.getScore());
 726         newSf.setDescription(enteredDescription);
 727         new FeaturesFile().parseDescriptionHTML(newSf, false);
 728         sequences.get(0).addSequenceFeature(newSf);
 729
 730         if (refreshSettings)
 731         {
 732           fr.featuresAdded();
 733         }
 734         repaintPanel();
 735       }
 736     };
 737     return okAction;
 738   }
 739
 740 }