src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 public class FeatureRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  31   SequenceGroup[] allGroups = null;\r
  32   Color resBoxColour;\r
  33   Graphics graphics;\r
  34 \r
  35   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  36   {\r
  37     this.av = av;\r
  38   }\r
  39 \r
  40   public void drawSequence(Graphics g, SequenceI seq, SequenceGroup[] sg,\r
  41                            int start, int end, int x1, int y1, int width,\r
  42                            int height)\r
  43   {\r
  44     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  45     Enumeration e = features.elements();\r
  46 \r
  47     while (e.hasMoreElements())\r
  48     {\r
  49       SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
  50 \r
  51       if (sf.getStart() > seq.getEnd())\r
  52       {\r
  53         continue;\r
  54       }\r
  55 \r
  56       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart()) - 1;\r
  57       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd()) - 1;\r
  58 \r
  59       if ( ( (fstart <= end) && (fend >= start)))\r
  60       {\r
  61         if (fstart < 0)\r
  62         { // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  63           fstart = 0; // but the feature end is still valid!!\r
  64         }\r
  65 \r
  66         if (fstart == fend)\r
  67         {\r
  68           g.setColor(Color.red);\r
  69           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width,\r
  70                           height, 4, 4);\r
  71           g.setColor(Color.white);\r
  72 \r
  73           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  74           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  75           int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  76           int pady = height / 5;\r
  77           g.drawString(String.valueOf(s),\r
  78                        charOffset + x1 + (width * (fstart - start)),\r
  79                        (y1 + height) - pady);\r
  80         }\r
  81         else\r
  82         {\r
  83           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  84           {\r
  85             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  86 \r
  87             if (jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
  88             {\r
  89               continue;\r
  90             }\r
  91 \r
  92             g.setColor(Color.blue);\r
  93             g.fillRect( (i - start) * width, y1, width, height);\r
  94 \r
  95             g.setColor(Color.white);\r
  96 \r
  97             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  98             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  99             int pady = height / 5;\r
 100             g.drawString(String.valueOf(s),\r
 101                          charOffset + x1 + (width * (i - start)),\r
 102                          (y1 + height) - pady);\r
 103           }\r
 104         }\r
 105       }\r
 106     }\r
 107   }\r
 108 }\r