src/jalview/gui/FeatureRenderer.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 import java.awt.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 \r
  27 public class FeatureRenderer\r
  28 {\r
  29   AlignViewport av;\r
  30 \r
  31   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  32   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  33   Color resBoxColour;\r
  34   Graphics graphics;\r
  35 \r
  36   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  37   {\r
  38     this.av = av;\r
  39   }\r
  40 \r
  41 \r
  42   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  43   {\r
  44     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  45     Enumeration e = features.elements();\r
  46     while( e.hasMoreElements() )\r
  47     {\r
  48       SequenceFeature sf = (SequenceFeature)e.nextElement();\r
  49       if(sf.getStart()>seq.getEnd())\r
  50         continue;\r
  51 \r
  52       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart())-1;\r
  53       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd())-1;\r
  54 \r
  55       if(   (fstart<=end && fend>=start)  )\r
  56       {\r
  57         if(fstart<0) // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  58           fstart = 0;// but the feature end is still valid!!\r
  59 \r
  60         if(fstart==fend)\r
  61         {\r
  62           g.setColor(Color.red);\r
  63           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width, height, 4,4);\r
  64           g.setColor(Color.white);\r
  65 \r
  66           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  67           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  68           int charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
  69           int pady = height/5;\r
  70           g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (fstart - start), y1 + height - pady);\r
  71 \r
  72         }\r
  73         else\r
  74         {\r
  75           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  76           {\r
  77             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  78             if( jalview.util.Comparison.isGap(s) )\r
  79               continue;\r
  80 \r
  81             g.setColor(Color.blue);\r
  82             g.fillRect( (i-start) * width, y1, width, height);\r
  83 \r
  84             g.setColor(Color.white);\r
  85 \r
  86             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  87             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  88             int pady = height / 5;\r
  89             g.drawString(String.valueOf(s),\r
  90                          charOffset + x1 + width * (i-start),\r
  91                          y1 + height - pady);\r
  92           }\r
  93         }\r
  94       }\r
  95 \r
  96     }\r
  97    }\r
  98 \r
  99 }\r