src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  30 import jalview.datamodel.ontology.OntologyI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  35 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  36 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  37 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  38 import jalview.schemes.FeatureColour;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40 import jalview.util.Platform;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  43 import jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher;
  44 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.Graphics;
  52 import java.awt.GridLayout;
  53 import java.awt.Point;
  54 import java.awt.Rectangle;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.awt.event.MouseAdapter;
  60 import java.awt.event.MouseEvent;
  61 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  62 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  63 import java.beans.PropertyChangeListener;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileInputStream;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.io.InputStreamReader;
  68 import java.io.OutputStreamWriter;
  69 import java.io.PrintWriter;
  70 import java.util.ArrayList;
  71 import java.util.Arrays;
  72 import java.util.Comparator;
  73 import java.util.HashMap;
  74 import java.util.HashSet;
  75 import java.util.Hashtable;
  76 import java.util.Iterator;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Map;
  79 import java.util.Set;
  80 import java.util.Vector;
  81
  82 import javax.help.HelpSetException;
  83 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  84 import javax.swing.BorderFactory;
  85 import javax.swing.Icon;
  86 import javax.swing.JButton;
  87 import javax.swing.JCheckBox;
  88 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  89 import javax.swing.JColorChooser;
  90 import javax.swing.JDialog;
  91 import javax.swing.JInternalFrame;
  92 import javax.swing.JLabel;
  93 import javax.swing.JLayeredPane;
  94 import javax.swing.JMenuItem;
  95 import javax.swing.JPanel;
  96 import javax.swing.JPopupMenu;
  97 import javax.swing.JScrollPane;
  98 import javax.swing.JSlider;
  99 import javax.swing.JTable;
 100 import javax.swing.ListSelectionModel;
 101 import javax.swing.RowFilter;
 102 import javax.swing.SwingConstants;
 103 import javax.swing.SwingUtilities;
 104 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 105 import javax.swing.event.ChangeListener;
 106 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 107 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 108 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 109 import javax.swing.table.TableColumn;
 110 import javax.swing.table.TableRowSorter;
 111
 112 public class FeatureSettings extends JPanel
 113         implements FeatureSettingsControllerI
 114 {
 115   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12);
 116
 117   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 118           .getString("label.sequence_feature_colours");
 119
 120   /*
 121    * column indices of fields in Feature Settings table
 122    */
 123   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 124
 125   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 126
 127   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 128
 129   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 130
 131   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 132
 133   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 134
 135   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 136
 137   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 138
 139   DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 140
 141   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 142
 143   final FeatureRenderer fr;
 144
 145   public final AlignFrame af;
 146
 147   /*
 148    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 149    */
 150   Object[][] originalData;
 151
 152   private float originalTransparency;
 153
 154   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 155
 156   final JInternalFrame frame;
 157
 158   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 159
 160   JTable table;
 161
 162   JPanel groupPanel;
 163
 164   JSlider transparency = new JSlider();
 165
 166   /*
 167    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 168    */
 169   protected volatile boolean inConstruction = true;
 170
 171   int selectedRow = -1;
 172
 173   JButton fetchDAS = new JButton();
 174
 175   JButton saveDAS = new JButton();
 176
 177   JButton cancelDAS = new JButton();
 178
 179   boolean resettingTable = false;
 180
 181   /*
 182    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 183    */
 184   private boolean handlingUpdate = false;
 185
 186   /*
 187    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 188    */
 189   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 190
 191   /*
 192    * if true, 'child' feature types are not displayed
 193    */
 194   JCheckBox summaryView;
 195
 196   /*
 197    * those feature types that do not have a parent feature type present
 198    * (as determined by an Ontology relationship)
 199    */
 200   List<String> topLevelTypes;
 201
 202   /**
 203    * Constructor
 204    *
 205    * @param af
 206    */
 207   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 208   {
 209     this.af = alignFrame;
 210     fr = af.getFeatureRenderer();
 211
 212     // save transparency for restore on Cancel
 213     originalTransparency = fr.getTransparency();
 214     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 215     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 216
 217     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 218
 219     topLevelTypes = new ArrayList<>();
 220
 221     try
 222     {
 223       jbInit();
 224     } catch (Exception ex)
 225     {
 226       ex.printStackTrace();
 227     }
 228
 229     initTable();
 230
 231     scrollPane.setViewportView(table);
 232
 233     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 234     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 235
 236     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 237     {
 238       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 239     }
 240
 241     discoverAllFeatureData();
 242     final PropertyChangeListener change;
 243     final FeatureSettings fs = this;
 244     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 245     {
 246       @Override
 247       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 248       {
 249         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 250         {
 251           fs.handlingUpdate = true;
 252           fs.resetTable(null);
 253           // new groups may be added with new sequence feature types only
 254           fs.handlingUpdate = false;
 255         }
 256       }
 257     });
 258
 259     frame = new JInternalFrame();
 260     frame.setContentPane(this);
 261     if (Platform.isAMac())
 262     {
 263       Desktop.addInternalFrame(frame,
 264               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 265               600, 480);
 266     }
 267     else
 268     {
 269       Desktop.addInternalFrame(frame,
 270               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 271               600, 450);
 272     }
 273     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 274
 275     frame.addInternalFrameListener(
 276             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 277             {
 278               @Override
 279               public void internalFrameClosed(
 280                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 281               {
 282                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 283                 dassourceBrowser.fs = null;
 284               };
 285             });
 286     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 287     inConstruction = false;
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Constructs and configures the JTable which displays columns of data for
 292    * each feature type
 293    */
 294   protected void initTable()
 295   {
 296     table = new JTable()
 297     {
 298       @Override
 299       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 300       {
 301         String tip = null;
 302         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 303         switch (column)
 304         {
 305         case TYPE_COLUMN:
 306           /*
 307            * drag to reorder not enabled in Summary View
 308            */
 309           tip = summaryView.isSelected()
 310                   ? MessageManager.getString(
 311                           "label.feature_settings_select_columns")
 312                   : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 313                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 314           break;
 315         case FILTER_COLUMN:
 316           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 317           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 318                   column);
 319           tip = o.isEmpty()
 320                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 321                   : o.toString();
 322           break;
 323         default:
 324           break;
 325         }
 326         return tip;
 327       }
 328     };
 329     table.getTableHeader().setFont(VERDANA_12);
 330     table.setFont(VERDANA_12);
 331
 332     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 333     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 334
 335     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 336     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 337
 338     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 339             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 340     table.addColumn(colourColumn);
 341
 342     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 343             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 344     table.addColumn(filterColumn);
 345
 346     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 347
 348     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 352       {
 353         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 354         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 355         if (evt.isPopupTrigger())
 356         {
 357           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 358           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 359         }
 360         else if (evt.getClickCount() == 2)
 361         {
 362           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 363           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 364           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 365           String[] terms = getTermsInScope(type);
 366           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 367                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, terms);
 368         }
 369       }
 370
 371       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 372       @Override
 373       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 374       {
 375         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 376         if (evt.isPopupTrigger())
 377         {
 378           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 379           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 380           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 381         }
 382       }
 383     });
 384
 385     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 386     {
 387       @Override
 388       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 389       {
 390         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 391         dragRow(newRow);
 392       }
 393     });
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Answers an array consisting of the given type, and also (if 'Summary View'
 398    * is selected), any child terms in the sequence ontology
 399    *
 400    * @param type
 401    * @return
 402    */
 403   protected String[] getTermsInScope(String type)
 404   {
 405     if (!summaryView.isSelected())
 406     {
 407       return new String[] { type };
 408     }
 409
 410     List<String> terms = new ArrayList<>();
 411     terms.add(type);
 412
 413     OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
 414
 415     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 416     for (Object[] row : data)
 417     {
 418       String type2 = (String) row[TYPE_COLUMN];
 419       if (!type2.equals(type) && so.isA(type2, type))
 420       {
 421         terms.add(type2);
 422       }
 423     }
 424     return terms.toArray(new String[terms.size()]);
 425   }
 426
 427   protected void popupMenu(final int rowSelected, final String type,
 428           final Object typeCol, int x, int y)
 429   {
 430     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 431
 432     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 433             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 434             { type }));
 435     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 436             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 437     men.add(scr);
 438     final FeatureSettings me = this;
 439     scr.addActionListener(new ActionListener()
 440     {
 441       @Override
 442       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 443       {
 444         String[] types = getTermsInScope(type);
 445         me.af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(types));
 446       }
 447     });
 448     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 449             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 450     dens.addActionListener(new ActionListener()
 451     {
 452       @Override
 453       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 454       {
 455         String[] types = getTermsInScope(type);
 456         me.af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(types));
 457       }
 458     });
 459     men.add(dens);
 460
 461     /*
 462      * variable colour options include colour by label, by score,
 463      * by selected attribute text, or attribute value
 464      */
 465     final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 466             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 467     mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 468     men.add(mxcol);
 469     mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 470     {
 471       JColorChooser colorChooser;
 472
 473       @Override
 474       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 475       {
 476         if (e.getSource() == mxcol)
 477         {
 478           if (featureColour.isSimpleColour())
 479           {
 480             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 481             fc.addActionListener(this);
 482           }
 483           else
 484           {
 485             // bring up simple color chooser
 486             colorChooser = new JColorChooser();
 487             String title = MessageManager
 488                     .getString("label.select_colour");
 489             JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 490                     title, true, // modal
 491                     colorChooser, this, // OK button handler
 492                     null); // no CANCEL button handler
 493             colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 494             dialog.setVisible(true);
 495           }
 496         }
 497         else
 498         {
 499           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 500           {
 501             /*
 502              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 503              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 504              */
 505             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 506             table.setValueAt(fci, rowSelected, 1);
 507             table.validate();
 508           }
 509           else
 510           {
 511             // probably the color chooser!
 512             table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 513                     rowSelected, 1);
 514             table.validate();
 515             me.updateFeatureRenderer(
 516                     ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 517                     false);
 518           }
 519         }
 520       }
 521     });
 522
 523     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 524             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 525     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 526     {
 527       @Override
 528       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 529       {
 530         String[] types = getTermsInScope(type);
 531         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 532                 false, types);
 533       }
 534     });
 535     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 536             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 537     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 538     {
 539       @Override
 540       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 541       {
 542         String[] types = getTermsInScope(type);
 543         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 544                 false, types);
 545       }
 546     });
 547     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 548             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 549     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 550     {
 551       @Override
 552       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 553       {
 554         String[] types = getTermsInScope(type);
 555         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(true, types);
 556       }
 557     });
 558     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 559             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 560     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 561     {
 562       @Override
 563       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 564       {
 565         String[] types = getTermsInScope(type);
 566         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(false, types);
 567       }
 568     });
 569     men.add(selCols);
 570     men.add(clearCols);
 571     men.add(hideCols);
 572     men.add(hideOtherCols);
 573     men.show(table, x, y);
 574   }
 575
 576   @Override
 577   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 578   {
 579     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 580     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 581
 582     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 583     {
 584       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 585       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 586       {
 587         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 588         {
 589           allGroups.add(group);
 590           checkGroupState(group);
 591         }
 592       }
 593     }
 594
 595     resetTable(null);
 596
 597     validate();
 598   }
 599
 600   /**
 601    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 602    *
 603    * @param group
 604    * @return true if group is visible
 605    */
 606   private boolean checkGroupState(String group)
 607   {
 608     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 609
 610     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 611     {
 612       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 613       {
 614         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 615         return visible;
 616       }
 617     }
 618
 619     final String grp = group;
 620     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 621     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 622     check.setToolTipText(group);
 623     check.addItemListener(new ItemListener()
 624     {
 625       @Override
 626       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 627       {
 628         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 629         resetTable(new String[] { grp });
 630         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 631       }
 632     });
 633     groupPanel.add(check);
 634     return visible;
 635   }
 636
 637   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 638   {
 639     if (resettingTable)
 640     {
 641       return;
 642     }
 643     resettingTable = true;
 644     typeWidth = new Hashtable<>();
 645     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 646     // rather than float
 647
 648     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 649     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 650
 651     /*
 652      * determine which feature types may be visible depending on
 653      * which groups are selected, and recompute average width data
 654      */
 655     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 656     {
 657
 658       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 659
 660       /*
 661        * get the sequence's groups for positional features
 662        * and keep track of which groups are visible
 663        */
 664       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 665       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 666       for (String group : groups)
 667       {
 668         if (group == null || checkGroupState(group))
 669         {
 670           visibleGroups.add(group);
 671         }
 672       }
 673       foundGroups.addAll(groups);
 674
 675       /*
 676        * get distinct feature types for visible groups
 677        * record distinct visible types, and their count and total length
 678        */
 679       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 680               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 681
 682       for (String type : types)
 683       {
 684         displayableTypes.add(type);
 685         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 686         if (avWidth == null)
 687         {
 688           avWidth = new float[2];
 689           typeWidth.put(type, avWidth);
 690         }
 691         // todo this could include features with a non-visible group
 692         // - do we greatly care?
 693         // todo should we include non-displayable features here, and only
 694         // update when features are added?
 695         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 696         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 697       }
 698     }
 699
 700     /*
 701      * enable 'Summary View' if some types are sub-types of others
 702      */
 703     Set<String> parents = SequenceOntologyFactory.getInstance()
 704             .getParentTerms(displayableTypes);
 705     summaryView.setEnabled(parents.size() < displayableTypes.size());
 706
 707     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 708     int dataIndex = 0;
 709
 710     if (fr.hasRenderOrder())
 711     {
 712       if (!handlingUpdate)
 713       {
 714         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 715         // colourschemes. but don't
 716         // affect display
 717         // First add the checks in the previous render order,
 718         // in case the window has been closed and reopened
 719       }
 720       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 721       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 722       {
 723         String type = frl.get(ro);
 724
 725         if (!displayableTypes.contains(type))
 726         {
 727           continue;
 728         }
 729         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 730         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 731         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 732         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 733                 ? new FeatureMatcherSet()
 734                 : featureFilter;
 735         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 736                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 737         dataIndex++;
 738         displayableTypes.remove(type);
 739       }
 740     }
 741
 742     /*
 743      * process any extra features belonging only to
 744      * a group which was just selected
 745      */
 746     while (!displayableTypes.isEmpty())
 747     {
 748       String type = displayableTypes.iterator().next();
 749       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 750
 751       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 752       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 753       {
 754         // "Colour has been updated in another view!!"
 755         fr.clearRenderOrder();
 756         return;
 757       }
 758       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 759       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 760               ? new FeatureMatcherSet()
 761               : featureFilter;
 762       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 763       dataIndex++;
 764       displayableTypes.remove(type);
 765     }
 766
 767     if (originalData == null)
 768     {
 769       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 770       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 771       {
 772         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 773       }
 774     }
 775     else
 776     {
 777       updateOriginalData(data);
 778     }
 779
 780     /*
 781      * recreate the table model
 782      */
 783     FeatureTableModel dataModel = new FeatureTableModel(data);
 784     table.setModel(dataModel);
 785
 786     /*
 787      * we want to be able to filter out rows for sub-types, but not to sort
 788      * rows, so have to add a RowFilter to a disabled TableRowSorter (!)
 789      */
 790     final TableRowSorter<FeatureTableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 791             dataModel);
 792     for (int i = 0; i < table.getColumnCount(); i++)
 793     {
 794       sorter.setSortable(i, false);
 795     }
 796
 797     /*
 798      * filter rows to only top-level Ontology types if requested
 799      */
 800     sorter.setRowFilter(new RowFilter<FeatureTableModel, Integer>()
 801     {
 802       @Override
 803       public boolean include(
 804               Entry<? extends FeatureTableModel, ? extends Integer> entry)
 805       {
 806         if (!summaryView.isSelected())
 807         {
 808           return true;
 809         }
 810         int row = entry.getIdentifier(); // this is model, not view, row number
 811         String featureType = (String) entry.getModel().getData()[row][TYPE_COLUMN];
 812         return parents.contains(featureType);
 813       }
 814     });
 815     table.setRowSorter(sorter);
 816
 817     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 818
 819     groupPanel.setLayout(
 820             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 821     pruneGroups(foundGroups);
 822     groupPanel.validate();
 823
 824     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 825     resettingTable = false;
 826   }
 827
 828   /**
 829    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 830    * have been made outwith this dialog
 831    * <ul>
 832    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 833    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 834    * </ul>
 835    *
 836    * @param foundData
 837    */
 838   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 839   {
 840     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 841
 842     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 843             .getData();
 844     for (Object[] row : foundData)
 845     {
 846       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 847       boolean found = false;
 848       for (Object[] current : currentData)
 849       {
 850         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 851         {
 852           found = true;
 853           /*
 854            * currently dependent on object equality here;
 855            * really need an equals method on FeatureColour
 856            */
 857           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 858           {
 859             /*
 860              * feature colour has changed externally - update originalData
 861              */
 862             for (Object[] original : originalData)
 863             {
 864               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 865               {
 866                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 867                 break;
 868               }
 869             }
 870           }
 871           break;
 872         }
 873       }
 874       if (!found)
 875       {
 876         /*
 877          * new feature detected - add to original data (on top)
 878          */
 879         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 880                 + 1][COLUMN_COUNT];
 881         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 882         {
 883           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 884                   COLUMN_COUNT);
 885         }
 886         newData[0] = row;
 887         originalData = newData;
 888       }
 889     }
 890   }
 891
 892   /**
 893    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 894    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 895    * feature in that group is deleted.
 896    *
 897    * @param foundGroups
 898    */
 899   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 900   {
 901     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 902     {
 903       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 904       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 905       {
 906         groupPanel.remove(checkbox);
 907       }
 908     }
 909   }
 910
 911   /**
 912    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 913    *
 914    * @param data
 915    */
 916   private void ensureOrder(Object[][] data)
 917   {
 918     boolean sort = false;
 919     float[] order = new float[data.length];
 920     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 921     {
 922       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 923       if (order[i] < 0)
 924       {
 925         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 926       }
 927       if (i > 1)
 928       {
 929         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 930       }
 931     }
 932     if (sort)
 933     {
 934       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 935     }
 936   }
 937
 938   /**
 939    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 940    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 941    */
 942   void load()
 943   {
 944     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 945             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 946     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 947     chooser.setDialogTitle(
 948             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 949     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 950
 951     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 952
 953     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 954     {
 955       File file = chooser.getSelectedFile();
 956       load(file);
 957     }
 958   }
 959
 960   /**
 961    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 962    *
 963    * @param file
 964    */
 965   void load(File file)
 966   {
 967     try
 968     {
 969       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 970               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 971
 972       JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 973
 974       /*
 975        * load feature colours
 976        */
 977       for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 978       {
 979         jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 980         FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 981         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 982         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 983       }
 984
 985       /*
 986        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 987        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 988        */
 989       for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 990       {
 991         jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 992                 .getFilter(i);
 993         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 994         FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
 995                 filterModel.getMatcherSet());
 996         if (!filter.isEmpty())
 997         {
 998           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 999         }
1000       }
1001
1002       /*
1003        * update feature settings table
1004        */
1005       if (table != null)
1006       {
1007         resetTable(null);
1008         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1009                 .getData();
1010         ensureOrder(data);
1011         updateFeatureRenderer(data, false);
1012         table.repaint();
1013       }
1014     } catch (Exception ex)
1015     {
1016       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
1017     }
1018   }
1019
1020   /**
1021    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1022    * and any filters to the selected file in XML format
1023    */
1024   void save()
1025   {
1026     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1027             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1028     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1029     chooser.setDialogTitle(
1030             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1031     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1032
1033     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1034
1035     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1036     {
1037       save(chooser.getSelectedFile());
1038     }
1039   }
1040
1041   /**
1042    * Saves feature colours and filters to the given file
1043    *
1044    * @param file
1045    */
1046   void save(File file)
1047   {
1048     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1049     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1050     try
1051     {
1052       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1053               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1054
1055       /*
1056        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1057        * to 1 (lowest)
1058        */
1059       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1060       String[] sortedTypes = fr_colours
1061               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1062       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1063       {
1064         @Override
1065         public int compare(String type1, String type2)
1066         {
1067           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1068         }
1069       });
1070
1071       /*
1072        * save feature colours
1073        */
1074       for (String featureType : sortedTypes)
1075       {
1076         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1077         jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
1078                 featureType, fcol);
1079         ucs.addColour(col);
1080       }
1081
1082       /*
1083        * save any feature filters
1084        */
1085       for (String featureType : sortedTypes)
1086       {
1087         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1088         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1089         {
1090           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1091           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1092           MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1093                   filter.isAnded());
1094           Filter filterModel = new Filter();
1095           filterModel.setFeatureType(featureType);
1096           filterModel.setMatcherSet(ms);
1097           ucs.addFilter(filterModel);
1098         }
1099       }
1100
1101       ucs.marshal(out);
1102       out.close();
1103     } catch (Exception ex)
1104     {
1105       ex.printStackTrace();
1106     }
1107   }
1108
1109   public void invertSelection()
1110   {
1111     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1112     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1113     {
1114       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1115     }
1116     updateFeatureRenderer(data, true);
1117     table.repaint();
1118   }
1119
1120   public void orderByAvWidth()
1121   {
1122     if (table == null || table.getModel() == null)
1123     {
1124       return;
1125     }
1126     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1127     float[] width = new float[data.length];
1128     float[] awidth;
1129     float max = 0;
1130
1131     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1132     {
1133       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1134       if (awidth[0] > 0)
1135       {
1136         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1137         // weight - but have to make per
1138         // sequence, too (awidth[2])
1139         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1140       }
1141       else
1142       {
1143         width[i] = 0;
1144       }
1145       if (max < width[i])
1146       {
1147         max = width[i];
1148       }
1149     }
1150     boolean sort = false;
1151     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1152     {
1153       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1154       if (width[i] == 0)
1155       {
1156         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1157         if (width[i] < 0)
1158         {
1159           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1160                   i / data.length);
1161         }
1162       }
1163       else
1164       {
1165         width[i] /= max; // normalize
1166         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1167       }
1168       if (i > 0)
1169       {
1170         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1171       }
1172     }
1173     if (sort)
1174     {
1175       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1176       // update global priority order
1177     }
1178
1179     updateFeatureRenderer(data, false);
1180     table.repaint();
1181   }
1182
1183   public void close()
1184   {
1185     try
1186     {
1187       frame.setClosed(true);
1188     } catch (Exception exe)
1189     {
1190     }
1191
1192   }
1193
1194   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1195   {
1196     updateFeatureRenderer(data, true);
1197   }
1198
1199   /**
1200    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1201    * of visible features
1202    *
1203    * @param data
1204    * @param visibleNew
1205    */
1206   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1207   {
1208     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1209
1210     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1211     {
1212       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1213     }
1214   }
1215
1216   /**
1217    * Converts table data into an array of data beans
1218    */
1219   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1220   {
1221     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1222     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1223     {
1224       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1225       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1226       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1227       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1228       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1229               isShown);
1230     }
1231     return rowData;
1232   }
1233
1234   private void jbInit() throws Exception
1235   {
1236     this.setLayout(new BorderLayout());
1237
1238     JPanel settingsPane = new JPanel();
1239     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1240
1241     dasSettingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1242
1243     JPanel bigPanel = new JPanel();
1244     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1245
1246     groupPanel = new JPanel();
1247     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1248
1249     JButton invert = new JButton(
1250             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1251     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1252     invert.addActionListener(new ActionListener()
1253     {
1254       @Override
1255       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1256       {
1257         invertSelection();
1258       }
1259     });
1260
1261     JButton optimizeOrder = new JButton(
1262             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1263     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1264     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1265     {
1266       @Override
1267       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1268       {
1269         orderByAvWidth();
1270       }
1271     });
1272
1273     JButton sortByScore = new JButton(
1274             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1275     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1276     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1277     {
1278       @Override
1279       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1280       {
1281         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1282       }
1283     });
1284     JButton sortByDens = new JButton(
1285             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1286     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1287     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1288     {
1289       @Override
1290       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1291       {
1292         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1293       }
1294     });
1295
1296     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1297     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1298     help.addActionListener(new ActionListener()
1299     {
1300       @Override
1301       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1302       {
1303         try
1304         {
1305           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1306         } catch (HelpSetException e1)
1307         {
1308           e1.printStackTrace();
1309         }
1310       }
1311     });
1312     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1313     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1314     help.addActionListener(new ActionListener()
1315     {
1316       @Override
1317       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1318       {
1319         try
1320         {
1321           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1322         } catch (HelpSetException e1)
1323         {
1324           e1.printStackTrace();
1325         }
1326       }
1327     });
1328
1329     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1330     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1331     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1332     {
1333       @Override
1334       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1335       {
1336         fr.setTransparency(originalTransparency);
1337         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1338         updateFeatureRenderer(originalData);
1339         close();
1340       }
1341     });
1342
1343     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1344     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1345     ok.addActionListener(new ActionListener()
1346     {
1347       @Override
1348       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1349       {
1350         close();
1351       }
1352     });
1353
1354     JButton loadColours = new JButton(
1355             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1356     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1357     loadColours.setToolTipText(
1358             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1359     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1360     {
1361       @Override
1362       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1363       {
1364         load();
1365       }
1366     });
1367
1368     JButton saveColours = new JButton(
1369             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1370     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1371     saveColours.setToolTipText(
1372             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1373     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1374     {
1375       @Override
1376       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1377       {
1378         save();
1379       }
1380     });
1381     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1382     {
1383       @Override
1384       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1385       {
1386         if (!inConstruction)
1387         {
1388           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1389           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1390         }
1391       }
1392     });
1393
1394     summaryView = new JCheckBox(
1395             MessageManager.getString("label.summary_view"));
1396     summaryView
1397             .setToolTipText(
1398                     MessageManager.getString("label.summary_view_tip"));
1399     summaryView.addActionListener(new ActionListener()
1400     {
1401       @Override
1402       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1403       {
1404         resetTable(null);
1405       }
1406     });
1407
1408     transparency.setMaximum(70);
1409     transparency.setToolTipText(
1410             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1411     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1412     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1413     {
1414       @Override
1415       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1416       {
1417         fetchDAS_actionPerformed(e);
1418       }
1419     });
1420     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1421     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1422     {
1423       @Override
1424       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1425       {
1426         saveDAS_actionPerformed(e);
1427       }
1428     });
1429
1430     JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1431     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1432     dasSettingsPane.setBorder(null);
1433     cancelDAS.setEnabled(false);
1434     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1435     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1436     {
1437       @Override
1438       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1439       {
1440         cancelDAS_actionPerformed(e);
1441       }
1442     });
1443
1444     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1445     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1446
1447     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1448     transbuttons.add(optimizeOrder);
1449     transbuttons.add(invert);
1450     transbuttons.add(sortByScore);
1451     transbuttons.add(sortByDens);
1452     transbuttons.add(help);
1453     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(3, 1));
1454     transPanel.add(summaryView);
1455     transPanel.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1456     transPanel.add(transparency);
1457     lowerPanel.add(transPanel);
1458     lowerPanel.add(transbuttons);
1459
1460     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1461     buttonPanel.add(ok);
1462     buttonPanel.add(cancel);
1463     buttonPanel.add(loadColours);
1464     buttonPanel.add(saveColours);
1465     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1466     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1467     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1468     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1469     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1470     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1471     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1472     this.add(settingsPane);
1473   }
1474
1475   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1476   {
1477     fetchDAS.setEnabled(false);
1478     cancelDAS.setEnabled(true);
1479     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1480     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1481             .getSelectedSources();
1482     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1483   }
1484
1485   /**
1486    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1487    *
1488    * @param selectedSources
1489    * @param checkDbRefs
1490    * @param promptFetchDbRefs
1491    */
1492   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1493           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1494   {
1495     SequenceI[] dataset, seqs;
1496     int iSize;
1497     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1498     if (vp.getSelectionGroup() != null
1499             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1500     {
1501       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1502       dataset = new SequenceI[iSize];
1503       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1504     }
1505     else
1506     {
1507       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1508       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1509     }
1510
1511     dataset = new SequenceI[iSize];
1512     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1513     {
1514       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1515     }
1516
1517     cancelDAS.setEnabled(true);
1518     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1519             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1520     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1521     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1522   }
1523
1524   /**
1525    * blocking call to initialise the das source browser
1526    */
1527   public void initDasSources()
1528   {
1529     dassourceBrowser.initDasSources();
1530   }
1531
1532   /**
1533    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1534    * nicknames in sources
1535    *
1536    * @param sources
1537    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1538    * @return sources that are present in source list.
1539    */
1540   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1541   {
1542     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1543   }
1544
1545   /**
1546    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1547    * before calling this.
1548    *
1549    * @return vector of selected das source nicknames
1550    */
1551   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1552   {
1553     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1554   }
1555
1556   /**
1557    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1558    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1559    *
1560    * @param sources
1561    * @param block
1562    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1563    *          executor
1564    */
1565   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1566   {
1567     initDasSources();
1568     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1569             .resolveSourceNicknames(sources);
1570     if (resolved.size() == 0)
1571     {
1572       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1573     }
1574     if (resolved.size() > 0)
1575     {
1576       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1577       fetchDAS.setEnabled(false);
1578       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1579       Runnable fetcher = new Runnable()
1580       {
1581
1582         @Override
1583         public void run()
1584         {
1585           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1586
1587         }
1588       };
1589       if (block)
1590       {
1591         fetcher.run();
1592       }
1593       else
1594       {
1595         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1596       }
1597     }
1598   }
1599
1600   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1601   {
1602     dassourceBrowser
1603             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1604   }
1605
1606   public void complete()
1607   {
1608     fetchDAS.setEnabled(true);
1609     cancelDAS.setEnabled(false);
1610     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1611
1612   }
1613
1614   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1615   {
1616     if (dasFeatureFetcher != null)
1617     {
1618       dasFeatureFetcher.cancel();
1619     }
1620     complete();
1621   }
1622
1623   public void noDasSourceActive()
1624   {
1625     complete();
1626     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1627             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1628             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1629             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1630   }
1631
1632   /**
1633    * Reorders features by 'dragging' selectedRow to 'newRow'
1634    *
1635    * @param newRow
1636    */
1637   protected void dragRow(int newRow)
1638   {
1639     if (summaryView.isSelected())
1640     {
1641       // no drag while in summary view
1642       return;
1643     }
1644
1645     if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
1646     {
1647       /*
1648        * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
1649        * this could be more than one row away for a very fast drag action
1650        * so just swap it with adjacent rows until we get it there
1651        */
1652       Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1653               .getData();
1654       int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
1655       for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
1656       {
1657         Object[] temp = data[i];
1658         data[i] = data[i + direction];
1659         data[i + direction] = temp;
1660       }
1661       updateFeatureRenderer(data);
1662       table.repaint();
1663       selectedRow = newRow;
1664     }
1665   }
1666
1667   protected void refreshTable()
1668   {
1669     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1670     for (Object[] row : data)
1671     {
1672       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
1673       FeatureColourI colour = fr.getFeatureColours().get(type);
1674       FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(type);
1675       if (filter == null)
1676       {
1677         filter = new FeatureMatcherSet();
1678       }
1679       row[COLOUR_COLUMN] = colour;
1680       row[FILTER_COLUMN] = filter;
1681     }
1682     repaint();
1683   }
1684
1685   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1686   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1687   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1688   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1689   {
1690     private String[] columnNames = {
1691         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1692         MessageManager.getString("action.colour"),
1693         MessageManager.getString("label.filter"),
1694         MessageManager.getString("label.show") };
1695
1696     private Object[][] data;
1697
1698     FeatureTableModel(Object[][] data)
1699     {
1700       this.data = data;
1701     }
1702
1703     public Object[][] getData()
1704     {
1705       return data;
1706     }
1707
1708     public void setData(Object[][] data)
1709     {
1710       this.data = data;
1711     }
1712
1713     @Override
1714     public int getColumnCount()
1715     {
1716       return columnNames.length;
1717     }
1718
1719     public Object[] getRow(int row)
1720     {
1721       return data[row];
1722     }
1723
1724     @Override
1725     public int getRowCount()
1726     {
1727       return data.length;
1728     }
1729
1730     @Override
1731     public String getColumnName(int col)
1732     {
1733       return columnNames[col];
1734     }
1735
1736     @Override
1737     public Object getValueAt(int row, int col)
1738     {
1739       return data[row][col];
1740     }
1741
1742     /**
1743      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1744      */
1745     @Override
1746     public Class<?> getColumnClass(int c)
1747     {
1748       Object v = getValueAt(0, c);
1749       return v == null ? null : v.getClass();
1750     }
1751
1752     /**
1753      * Answers true for all columns except Feature Type
1754      */
1755     @Override
1756     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1757     {
1758       return col != TYPE_COLUMN;
1759     }
1760
1761     /**
1762      * Sets the value in the model for a given row and column. If Visibility
1763      * (Show/Hide) is being set, and the table is in Summary View, then it is
1764      * set also on any sub-types of the row's feature type.
1765      */
1766     @Override
1767     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1768     {
1769       data[row][col] = value;
1770       fireTableCellUpdated(row, col);
1771       if (summaryView.isSelected() && col == SHOW_COLUMN)
1772       {
1773         setSubtypesVisibility(row, (Boolean) value);
1774       }
1775       updateFeatureRenderer(data);
1776     }
1777
1778     /**
1779      * Sets the visibility of any feature types which are sub-types of the type
1780      * in the given row of the table
1781      *
1782      * @param row
1783      * @param value
1784      */
1785     protected void setSubtypesVisibility(int row, Boolean value)
1786     {
1787       String type = (String) data[row][TYPE_COLUMN];
1788       OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
1789
1790       for (int r = 0; r < data.length; r++)
1791       {
1792         if (r != row)
1793         {
1794           String type2 = (String) data[r][TYPE_COLUMN];
1795           if (so.isA(type2, type))
1796           {
1797             data[r][SHOW_COLUMN] = value;
1798             fireTableCellUpdated(r, SHOW_COLUMN);
1799           }
1800         }
1801       }
1802     }
1803
1804   }
1805
1806   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1807   {
1808     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1809
1810     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1811
1812     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1813
1814     public ColorRenderer()
1815     {
1816       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1817       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1818       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1819     }
1820
1821     @Override
1822     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1823             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1824     {
1825       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1826       setOpaque(true);
1827       setToolTipText(baseTT);
1828       setBackground(tbl.getBackground());
1829       if (!cellColour.isSimpleColour())
1830       {
1831         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1832         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1833                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1834       }
1835       else
1836       {
1837         this.setText("");
1838         this.setIcon(null);
1839         setBackground(cellColour.getColour());
1840       }
1841       if (isSelected)
1842       {
1843         if (selectedBorder == null)
1844         {
1845           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1846                   tbl.getSelectionBackground());
1847         }
1848         setBorder(selectedBorder);
1849       }
1850       else
1851       {
1852         if (unselectedBorder == null)
1853         {
1854           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1855                   tbl.getBackground());
1856         }
1857         setBorder(unselectedBorder);
1858       }
1859
1860       return this;
1861     }
1862   }
1863
1864   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1865   {
1866     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1867
1868     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1869
1870     public FilterRenderer()
1871     {
1872       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1873       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1874       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1875     }
1876
1877     @Override
1878     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1879             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1880             int column)
1881     {
1882       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1883       setOpaque(true);
1884       String asText = theFilter.toString();
1885       setBackground(tbl.getBackground());
1886       this.setText(asText);
1887       this.setIcon(null);
1888
1889       if (isSelected)
1890       {
1891         if (selectedBorder == null)
1892         {
1893           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1894                   tbl.getSelectionBackground());
1895         }
1896         setBorder(selectedBorder);
1897       }
1898       else
1899       {
1900         if (unselectedBorder == null)
1901         {
1902           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1903                   tbl.getBackground());
1904         }
1905         setBorder(unselectedBorder);
1906       }
1907
1908       return this;
1909     }
1910   }
1911
1912   /**
1913    * update comp using rendering settings from gcol
1914    *
1915    * @param comp
1916    * @param gcol
1917    */
1918   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1919   {
1920     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1921     if (w < 20)
1922     {
1923       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1924       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1925       if (w < 20)
1926       {
1927         w = 80;
1928         h = 12;
1929       }
1930     }
1931     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1932   }
1933
1934   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1935           int w, int h)
1936   {
1937     boolean thr = false;
1938     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1939     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1940
1941     if (gcol.isColourByAttribute())
1942     {
1943       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1944     }
1945     else if (!gcol.isColourByLabel())
1946     {
1947       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1948     }
1949     tx.append(" ");
1950     if (gcol.isAboveThreshold())
1951     {
1952       thr = true;
1953       tx.append(">");
1954       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1955               .append(") ");
1956     }
1957     if (gcol.isBelowThreshold())
1958     {
1959       thr = true;
1960       tx.append("<");
1961       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1962               .append(") ");
1963     }
1964     if (gcol.isColourByLabel())
1965     {
1966       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1967       if (thr)
1968       {
1969         tx.append(" ");
1970       }
1971       if (!gcol.isColourByAttribute())
1972       {
1973         tx.append("Label");
1974       }
1975       comp.setIcon(null);
1976     }
1977     else
1978     {
1979       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1980       comp.setBackground(newColor);
1981       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1982       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1983       comp.setIcon(ficon);
1984       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1985       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1986       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1987       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1988     }
1989     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1990     comp.setText(tx.toString());
1991     if (tt.length() > 0)
1992     {
1993       if (comp.getToolTipText() == null)
1994       {
1995         comp.setToolTipText(tt.toString());
1996       }
1997       else
1998       {
1999         comp.setToolTipText(
2000                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
2001       }
2002     }
2003   }
2004
2005   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
2006           implements TableCellEditor, ActionListener
2007   {
2008     FeatureSettings me;
2009
2010     FeatureColourI currentColor;
2011
2012     FeatureTypeSettings chooser;
2013
2014     String type;
2015
2016     JButton colourButton;
2017
2018     JColorChooser colorChooser;
2019
2020     JDialog dialog;
2021
2022     protected static final String EDIT = "edit";
2023
2024     int rowSelected = 0;
2025
2026     public ColorEditor(FeatureSettings me)
2027     {
2028       this.me = me;
2029       // Set up the editor (from the table's point of view),
2030       // which is a button.
2031       // This button brings up the color chooser dialog,
2032       // which is the editor from the user's point of view.
2033       colourButton = new JButton();
2034       colourButton.setActionCommand(EDIT);
2035       colourButton.addActionListener(this);
2036       colourButton.setBorderPainted(false);
2037       // Set up the dialog that the button brings up.
2038       colorChooser = new JColorChooser();
2039       dialog = JColorChooser.createDialog(colourButton,
2040               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
2041               colorChooser, this, // OK button handler
2042               null); // no CANCEL button handler
2043     }
2044
2045     /**
2046      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
2047      */
2048     @Override
2049     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2050     {
2051       // todo test e.getSource() instead here
2052       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
2053       {
2054         // The user has clicked the cell, so
2055         // bring up the dialog.
2056         if (currentColor.isSimpleColour())
2057         {
2058           // bring up simple color chooser
2059           colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2060           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
2061           dialog.setVisible(true);
2062         }
2063         else
2064         {
2065           // bring up graduated chooser.
2066           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2067           chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2068           chooser.requestFocus();
2069           chooser.addActionListener(this);
2070           chooser.showTab(true);
2071         }
2072         // Make the renderer reappear.
2073         fireEditingStopped();
2074       }
2075       else
2076       {
2077         if (currentColor.isSimpleColour())
2078         {
2079           /*
2080            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
2081            */
2082           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
2083           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
2084         }
2085         else
2086         {
2087           /*
2088            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
2089            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
2090            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2091            */
2092           refreshTable();
2093         }
2094         fireEditingStopped();
2095         me.table.validate();
2096       }
2097     }
2098
2099     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2100     @Override
2101     public Object getCellEditorValue()
2102     {
2103       return currentColor;
2104     }
2105
2106     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2107     @Override
2108     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2109             boolean isSelected, int row, int column)
2110     {
2111       currentColor = (FeatureColourI) value;
2112       this.rowSelected = row;
2113       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2114       colourButton.setOpaque(true);
2115       colourButton.setBackground(me.getBackground());
2116       if (!currentColor.isSimpleColour())
2117       {
2118         JLabel btn = new JLabel();
2119         btn.setSize(colourButton.getSize());
2120         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2121         colourButton.setBackground(btn.getBackground());
2122         colourButton.setIcon(btn.getIcon());
2123         colourButton.setText(btn.getText());
2124       }
2125       else
2126       {
2127         colourButton.setText("");
2128         colourButton.setIcon(null);
2129         colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2130       }
2131       return colourButton;
2132     }
2133   }
2134
2135   /**
2136    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2137    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
2138    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
2139    * dialog at the Filters tab.
2140    */
2141   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2142           implements TableCellEditor, ActionListener
2143   {
2144     FeatureSettings me;
2145
2146     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2147
2148     Point lastLocation;
2149
2150     String type;
2151
2152     JButton filterButton;
2153
2154     protected static final String EDIT = "edit";
2155
2156     int rowSelected = 0;
2157
2158     public FilterEditor(FeatureSettings me)
2159     {
2160       this.me = me;
2161       filterButton = new JButton();
2162       filterButton.setActionCommand(EDIT);
2163       filterButton.addActionListener(this);
2164       filterButton.setBorderPainted(false);
2165     }
2166
2167     /**
2168      * Handles events from the editor button
2169      */
2170     @Override
2171     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2172     {
2173       if (filterButton == e.getSource())
2174       {
2175         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2176         chooser.addActionListener(this);
2177         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2178         chooser.requestFocus();
2179         if (lastLocation != null)
2180         {
2181           // todo open at its last position on screen
2182           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2183                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2184           chooser.validate();
2185         }
2186         chooser.showTab(false);
2187         fireEditingStopped();
2188       }
2189       else if (e.getSource() instanceof Component)
2190       {
2191         /*
2192          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2193          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2194          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2195          */
2196         refreshTable();
2197         fireEditingStopped();
2198         me.table.validate();
2199       }
2200     }
2201
2202     @Override
2203     public Object getCellEditorValue()
2204     {
2205       return currentFilter;
2206     }
2207
2208     @Override
2209     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2210             boolean isSelected, int row, int column)
2211     {
2212       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2213       this.rowSelected = row;
2214       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2215       filterButton.setOpaque(true);
2216       filterButton.setBackground(me.getBackground());
2217       filterButton.setText(currentFilter.toString());
2218       filterButton.setToolTipText(currentFilter.toString());
2219       filterButton.setIcon(null);
2220       return filterButton;
2221     }
2222   }
2223 }
2224
2225 class FeatureIcon implements Icon
2226 {
2227   private static final Font VERDANA_9 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9);
2228
2229   FeatureColourI gcol;
2230
2231   Color backg;
2232
2233   boolean midspace = false;
2234
2235   int width = 50, height = 20;
2236
2237   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2238
2239   Color mpcolour = Color.white;
2240
2241   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2242   {
2243     gcol = gfc;
2244     backg = bg;
2245     width = w;
2246     height = h;
2247     midspace = mspace;
2248     if (midspace)
2249     {
2250       s1 = width / 3;
2251       e1 = s1 * 2;
2252     }
2253     else
2254     {
2255       s1 = width / 2;
2256       e1 = s1;
2257     }
2258   }
2259
2260   @Override
2261   public int getIconWidth()
2262   {
2263     return width;
2264   }
2265
2266   @Override
2267   public int getIconHeight()
2268   {
2269     return height;
2270   }
2271
2272   @Override
2273   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2274   {
2275
2276     if (gcol.isColourByLabel())
2277     {
2278       g.setColor(backg);
2279       g.fillRect(0, 0, width, height);
2280       // need an icon here.
2281       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2282
2283       g.setFont(VERDANA_9);
2284
2285       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2286       // AffineTransform.getScaleInstance(
2287       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2288       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2289
2290       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2291
2292     }
2293     else
2294     {
2295       Color minCol = gcol.getMinColour();
2296       g.setColor(minCol);
2297       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2298       if (midspace)
2299       {
2300         g.setColor(Color.white);
2301         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2302       }
2303       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2304       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2305     }
2306   }
2307 }