src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Color;
  25 import java.awt.Component;
  26 import java.awt.Dimension;
  27 import java.awt.FlowLayout;
  28 import java.awt.Font;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.GridLayout;
  31 import java.awt.Point;
  32 import java.awt.Rectangle;
  33 import java.awt.event.ActionEvent;
  34 import java.awt.event.ActionListener;
  35 import java.awt.event.ItemEvent;
  36 import java.awt.event.ItemListener;
  37 import java.awt.event.MouseAdapter;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  40 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  41 import java.beans.PropertyChangeListener;
  42 import java.io.File;
  43 import java.io.FileInputStream;
  44 import java.io.FileOutputStream;
  45 import java.io.InputStreamReader;
  46 import java.io.OutputStreamWriter;
  47 import java.io.PrintWriter;
  48 import java.io.Reader;
  49 import java.util.Arrays;
  50 import java.util.Comparator;
  51 import java.util.HashMap;
  52 import java.util.HashSet;
  53 import java.util.Hashtable;
  54 import java.util.Iterator;
  55 import java.util.List;
  56 import java.util.Locale;
  57 import java.util.Map;
  58 import java.util.Set;
  59
  60 import javax.help.HelpSetException;
  61 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  62 import javax.swing.BorderFactory;
  63 import javax.swing.Icon;
  64 import javax.swing.JButton;
  65 import javax.swing.JCheckBox;
  66 import javax.swing.JInternalFrame;
  67 import javax.swing.JLabel;
  68 import javax.swing.JLayeredPane;
  69 import javax.swing.JMenuItem;
  70 import javax.swing.JPanel;
  71 import javax.swing.JPopupMenu;
  72 import javax.swing.JScrollPane;
  73 import javax.swing.JSlider;
  74 import javax.swing.JTable;
  75 import javax.swing.ListSelectionModel;
  76 import javax.swing.SwingConstants;
  77 import javax.swing.ToolTipManager;
  78 import javax.swing.border.Border;
  79 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  80 import javax.swing.event.ChangeListener;
  81 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
  82 import javax.swing.table.JTableHeader;
  83 import javax.swing.table.TableCellEditor;
  84 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
  85 import javax.swing.table.TableColumn;
  86 import javax.xml.bind.JAXBContext;
  87 import javax.xml.bind.JAXBElement;
  88 import javax.xml.bind.Marshaller;
  89 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
  90 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
  91
  92 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  93 import jalview.api.AlignViewportI;
  94 import jalview.api.FeatureColourI;
  95 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  96 import jalview.api.SplitContainerI;
  97 import jalview.api.ViewStyleI;
  98 import jalview.controller.FeatureSettingsControllerGuiI;
  99 import jalview.datamodel.AlignmentI;
 100 import jalview.datamodel.SequenceI;
 101 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
 102 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
 103 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
 104 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
 105 import jalview.gui.Help.HelpId;
 106 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
 107 import jalview.io.DataSourceType;
 108 import jalview.io.FileParse;
 109 import jalview.io.JalviewFileChooser;
 110 import jalview.io.JalviewFileView;
 111 import jalview.schemes.FeatureColour;
 112 import jalview.util.MessageManager;
 113 import jalview.util.Platform;
 114 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
 115 import jalview.viewmodel.styles.ViewStyle;
 116 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
 117 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
 118 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
 119 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
 120
 121 public class FeatureSettings extends JPanel
 122         implements FeatureSettingsControllerI, FeatureSettingsControllerGuiI
 123 {
 124   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 125           .getString("label.sequence_feature_colours");
 126
 127   /*
 128    * column indices of fields in Feature Settings table
 129    */
 130   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 131
 132   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 133
 134   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 135
 136   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 137
 138   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 139
 140   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 141
 142   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 143
 144   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager
 145           .getString("label.click_to_edit");
 146
 147   final FeatureRenderer fr;
 148
 149   public final AlignFrame af;
 150
 151   /*
 152    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 153    */
 154   Object[][] originalData;
 155
 156   private float originalTransparency;
 157
 158   private ViewStyleI originalViewStyle;
 159
 160   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 161
 162   final JInternalFrame frame;
 163
 164   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 165
 166   JTable table;
 167
 168   JPanel groupPanel;
 169
 170   JSlider transparency = new JSlider();
 171
 172   private JCheckBox showComplementOnTop;
 173
 174   private JCheckBox showComplement;
 175
 176   /*
 177    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 178    */
 179   protected volatile boolean inConstruction = true;
 180
 181   int selectedRow = -1;
 182
 183   boolean resettingTable = false;
 184
 185   /*
 186    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 187    */
 188   private boolean handlingUpdate = false;
 189
 190   /*
 191    * a change listener to ensure the dialog is updated if
 192    * FeatureRenderer discovers new features
 193    */
 194   private PropertyChangeListener change;
 195
 196   /*
 197    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 198    */
 199   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 200
 201   private void storeOriginalSettings()
 202   {
 203     // save transparency for restore on Cancel
 204     originalTransparency = fr.getTransparency();
 205
 206     updateTransparencySliderFromFR();
 207
 208     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 209     originalViewStyle = new ViewStyle(af.viewport.getViewStyle());
 210   }
 211
 212   private void updateTransparencySliderFromFR()
 213   {
 214     boolean incon = inConstruction;
 215     inConstruction = true;
 216
 217     int transparencyAsPercent = (int) (fr.getTransparency() * 100);
 218     transparency.setValue(100 - transparencyAsPercent);
 219     inConstruction = incon;
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Constructor
 224    *
 225    * @param af
 226    */
 227   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 228   {
 229     this.af = alignFrame;
 230     fr = af.getFeatureRenderer();
 231
 232     storeOriginalSettings();
 233
 234     try
 235     {
 236       jbInit();
 237     } catch (Exception ex)
 238     {
 239       ex.printStackTrace();
 240     }
 241
 242     table = new JTable()
 243     {
 244       @Override
 245       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 246       {
 247         String tip = null;
 248         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 249         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 250
 251         switch (column)
 252         {
 253         case TYPE_COLUMN:
 254           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 255                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 256           break;
 257         case COLOUR_COLUMN:
 258           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 259                   column);
 260           tip = getColorTooltip(colour, true);
 261           break;
 262         case FILTER_COLUMN:
 263           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 264                   column);
 265           tip = o.isEmpty()
 266                   ? MessageManager
 267                           .getString("label.configure_feature_tooltip")
 268                   : o.toString();
 269           break;
 270         default:
 271           break;
 272         }
 273
 274         return tip;
 275       }
 276
 277       /**
 278        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 279        * current cell
 280        */
 281       @Override
 282       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 283       {
 284         Point point = e.getPoint();
 285         int column = table.columnAtPoint(point);
 286         int row = table.rowAtPoint(point);
 287         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 288         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 289         return loc;
 290       }
 291     };
 292     JTableHeader tableHeader = table.getTableHeader();
 293     tableHeader.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 294     tableHeader.setReorderingAllowed(false);
 295     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 296     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 297     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor());
 298     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 299
 300     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor());
 301     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 302
 303     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 304             new ColorRenderer(), new ColorEditor());
 305     table.addColumn(colourColumn);
 306
 307     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 308             new FilterRenderer(), new FilterEditor());
 309     table.addColumn(filterColumn);
 310
 311     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 312
 313     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 314     {
 315       @Override
 316       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 317       {
 318         Point pt = evt.getPoint();
 319         selectedRow = table.rowAtPoint(pt);
 320         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 321         if (evt.isPopupTrigger())
 322         {
 323           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 324           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 325         }
 326         else if (evt.getClickCount() == 2
 327                 && table.columnAtPoint(pt) == TYPE_COLUMN)
 328         {
 329           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 330           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 331           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 332           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 333                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 334           fr.ap.av.sendSelection();
 335         }
 336       }
 337
 338       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 339       @Override
 340       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 341       {
 342         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 343         if (evt.isPopupTrigger())
 344         {
 345           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 346           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 347           showPopupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getPoint());
 348         }
 349       }
 350     });
 351
 352     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 353     {
 354       @Override
 355       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 356       {
 357         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 358         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 359         {
 360           /*
 361            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 362            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 363            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 364            */
 365           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 366                   .getData();
 367           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 368           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 369           {
 370             Object[] temp = data[i];
 371             data[i] = data[i + direction];
 372             data[i + direction] = temp;
 373           }
 374           updateFeatureRenderer(data);
 375           table.repaint();
 376           selectedRow = newRow;
 377         }
 378       }
 379     });
 380     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 381     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 382     scrollPane.setViewportView(table);
 383
 384     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 385     {
 386       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 387     }
 388
 389     discoverAllFeatureData();
 390     final FeatureSettings fs = this;
 391     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 392     {
 393       @Override
 394       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 395       {
 396         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 397         {
 398           fs.handlingUpdate = true;
 399           fs.resetTable(null);
 400           // new groups may be added with new sequence feature types only
 401           fs.handlingUpdate = false;
 402         }
 403       }
 404
 405     });
 406
 407     SplitContainerI splitframe = af.getSplitViewContainer();
 408     if (splitframe != null)
 409     {
 410       frame = null; // keeps eclipse happy
 411       splitframe.addFeatureSettingsUI(this);
 412     }
 413     else
 414     {
 415       frame = new JInternalFrame();
 416       frame.setContentPane(this);
 417       frame.setFrameIcon(null);
 418       Rectangle bounds = af.getFeatureSettingsGeometry();
 419       String title;
 420       if (af.getAlignPanels().size() > 1 || Desktop.getAlignmentPanels(
 421               af.alignPanel.av.getSequenceSetId()).length > 1)
 422       {
 423         title = MessageManager.formatMessage(
 424                 "label.sequence_feature_settings_for_view",
 425                 af.alignPanel.getViewName());
 426       }
 427       else
 428       {
 429         title = MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings");
 430       }
 431       if (bounds == null)
 432       {
 433         if (Platform.isAMacAndNotJS())
 434         {
 435           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 480);
 436         }
 437         else
 438         {
 439           Desktop.addInternalFrame(frame, title, 600, 450);
 440         }
 441       }
 442       else
 443       {
 444         Desktop.addInternalFrame(frame, title, false, bounds.width,
 445                 bounds.height);
 446         frame.setBounds(bounds);
 447         frame.setVisible(true);
 448       }
 449       frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 450
 451       frame.addInternalFrameListener(
 452               new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 453               {
 454                 @Override
 455                 public void internalFrameClosed(
 456                         javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 457                 {
 458                   featureSettings_isClosed();
 459                 };
 460               });
 461       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 462     }
 463     inConstruction = false;
 464   }
 465
 466   /**
 467    * Sets the state of buttons to show complement features from viewport
 468    * settings
 469    */
 470   private void updateComplementButtons()
 471   {
 472     showComplement.setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeatures());
 473     showComplementOnTop
 474             .setSelected(af.getViewport().isShowComplementFeaturesOnTop());
 475   }
 476
 477   @Override
 478   public AlignViewControllerGuiI getAlignframe()
 479   {
 480     return af;
 481   }
 482
 483   @Override
 484   public void featureSettings_isClosed()
 485   {
 486     fr.removePropertyChangeListener(change);
 487     change = null;
 488   }
 489
 490   /**
 491    * Constructs and shows a popup menu of possible actions on the selected row
 492    * and feature type
 493    *
 494    * @param rowSelected
 495    * @param type
 496    * @param typeCol
 497    * @param pt
 498    */
 499   protected void showPopupMenu(final int rowSelected, final String type,
 500           final Object typeCol, final Point pt)
 501   {
 502     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 503             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 504             { type }));
 505
 506     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 507             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 508     men.add(scr);
 509     scr.addActionListener(new ActionListener()
 510     {
 511       @Override
 512       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 513       {
 514         sortByScore(Arrays.asList(new String[] { type }));
 515       }
 516     });
 517     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 518             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 519     dens.addActionListener(new ActionListener()
 520     {
 521       @Override
 522       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 523       {
 524         sortByDensity(Arrays.asList(new String[] { type }));
 525       }
 526     });
 527     men.add(dens);
 528
 529     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 530             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 531     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 532     {
 533       @Override
 534       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 535       {
 536         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 537                 false, type);
 538         fr.ap.av.sendSelection();
 539       }
 540     });
 541     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 542             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 543     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 544     {
 545       @Override
 546       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 547       {
 548         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 549                 false, type);
 550         fr.ap.av.sendSelection();
 551       }
 552     });
 553     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 554             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 555     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 556     {
 557       @Override
 558       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 559       {
 560         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 561         fr.ap.av.sendSelection();
 562       }
 563     });
 564     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 565             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 566     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 567     {
 568       @Override
 569       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 570       {
 571         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 572         fr.ap.av.sendSelection();
 573       }
 574     });
 575     men.add(selCols);
 576     men.add(clearCols);
 577     men.add(hideCols);
 578     men.add(hideOtherCols);
 579     men.show(table, pt.x, pt.y);
 580   }
 581
 582   /**
 583    * Sort the sequences in the alignment by the number of features for the given
 584    * feature types (or all features if null)
 585    *
 586    * @param featureTypes
 587    */
 588   protected void sortByDensity(List<String> featureTypes)
 589   {
 590     af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(featureTypes);
 591   }
 592
 593   /**
 594    * Sort the sequences in the alignment by average score for the given feature
 595    * types (or all features if null)
 596    *
 597    * @param featureTypes
 598    */
 599   protected void sortByScore(List<String> featureTypes)
 600   {
 601     af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(featureTypes);
 602   }
 603
 604   /**
 605    * Returns true if at least one feature type is visible. Else shows a warning
 606    * dialog and returns false.
 607    *
 608    * @param title
 609    * @return
 610    */
 611   private boolean canSortBy(String title)
 612   {
 613     if (fr.getDisplayedFeatureTypes().isEmpty())
 614     {
 615       JvOptionPane.showMessageDialog(this,
 616               MessageManager.getString("label.no_features_to_sort_by"),
 617               title, JvOptionPane.OK_OPTION);
 618       return false;
 619     }
 620     return true;
 621   }
 622
 623   @Override
 624   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 625   {
 626     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 627     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 628
 629     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 630     {
 631       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 632       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 633       {
 634         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 635         {
 636           allGroups.add(group);
 637           checkGroupState(group);
 638         }
 639       }
 640     }
 641
 642     resetTable(null);
 643
 644     validate();
 645   }
 646
 647   /**
 648    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 649    *
 650    * @param group
 651    * @return true if group is visible
 652    */
 653   private boolean checkGroupState(String group)
 654   {
 655     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 656
 657     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 658     {
 659       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 660       {
 661         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 662         return visible;
 663       }
 664     }
 665
 666     final String grp = group;
 667     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 668     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 669     check.setToolTipText(group);
 670     check.addItemListener(new ItemListener()
 671     {
 672       @Override
 673       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 674       {
 675         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 676         resetTable(new String[] { grp });
 677         refreshDisplay();
 678       }
 679     });
 680     groupPanel.add(check);
 681     return visible;
 682   }
 683
 684   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 685   {
 686     if (resettingTable)
 687     {
 688       return;
 689     }
 690     resettingTable = true;
 691     typeWidth = new Hashtable<>();
 692     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 693     // rather than float
 694
 695     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 696     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 697
 698     /*
 699      * determine which feature types may be visible depending on
 700      * which groups are selected, and recompute average width data
 701      */
 702     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 703     {
 704
 705       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 706
 707       /*
 708        * get the sequence's groups for positional features
 709        * and keep track of which groups are visible
 710        */
 711       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 712       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 713       for (String group : groups)
 714       {
 715         if (group == null || checkGroupState(group))
 716         {
 717           visibleGroups.add(group);
 718         }
 719       }
 720       foundGroups.addAll(groups);
 721
 722       /*
 723        * get distinct feature types for visible groups
 724        * record distinct visible types, and their count and total length
 725        */
 726       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 727               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 728       for (String type : types)
 729       {
 730         displayableTypes.add(type);
 731         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 732         if (avWidth == null)
 733         {
 734           avWidth = new float[2];
 735           typeWidth.put(type, avWidth);
 736         }
 737         // todo this could include features with a non-visible group
 738         // - do we greatly care?
 739         // todo should we include non-displayable features here, and only
 740         // update when features are added?
 741         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 742         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 743       }
 744     }
 745
 746     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 747     int dataIndex = 0;
 748
 749     if (fr.hasRenderOrder())
 750     {
 751       if (!handlingUpdate)
 752       {
 753         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 754         // colourschemes. but don't
 755         // affect display
 756         // First add the checks in the previous render order,
 757         // in case the window has been closed and reopened
 758       }
 759       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 760       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 761       {
 762         String type = frl.get(ro);
 763
 764         if (!displayableTypes.contains(type))
 765         {
 766           continue;
 767         }
 768
 769         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 770         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 771         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 772         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 773                 ? new FeatureMatcherSet()
 774                 : featureFilter;
 775         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(
 776                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 777         dataIndex++;
 778         displayableTypes.remove(type);
 779       }
 780     }
 781
 782     /*
 783      * process any extra features belonging only to
 784      * a group which was just selected
 785      */
 786     while (!displayableTypes.isEmpty())
 787     {
 788       String type = displayableTypes.iterator().next();
 789       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 790
 791       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 792       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 793       {
 794         // "Colour has been updated in another view!!"
 795         fr.clearRenderOrder();
 796         return;
 797       }
 798       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 799       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 800               ? new FeatureMatcherSet()
 801               : featureFilter;
 802       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = Boolean.valueOf(true);
 803       dataIndex++;
 804       displayableTypes.remove(type);
 805     }
 806
 807     if (originalData == null)
 808     {
 809       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 810       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 811       {
 812         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 813       }
 814     }
 815     else
 816     {
 817       updateOriginalData(data);
 818     }
 819
 820     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 821     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 822
 823     groupPanel.setLayout(
 824             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 825     pruneGroups(foundGroups);
 826     groupPanel.validate();
 827
 828     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 829     resettingTable = false;
 830   }
 831
 832   /**
 833    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that
 834    * changes have been made outwith this dialog
 835    * <ul>
 836    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 837    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 838    * </ul>
 839    *
 840    * @param foundData
 841    */
 842   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 843   {
 844     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 845
 846     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 847             .getData();
 848     for (Object[] row : foundData)
 849     {
 850       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 851       boolean found = false;
 852       for (Object[] current : currentData)
 853       {
 854         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 855         {
 856           found = true;
 857           /*
 858            * currently dependent on object equality here;
 859            * really need an equals method on FeatureColour
 860            */
 861           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 862           {
 863             /*
 864              * feature colour has changed externally - update originalData
 865              */
 866             for (Object[] original : originalData)
 867             {
 868               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 869               {
 870                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 871                 break;
 872               }
 873             }
 874           }
 875           break;
 876         }
 877       }
 878       if (!found)
 879       {
 880         /*
 881          * new feature detected - add to original data (on top)
 882          */
 883         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 884                 + 1][COLUMN_COUNT];
 885         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 886         {
 887           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 888                   COLUMN_COUNT);
 889         }
 890         newData[0] = row;
 891         originalData = newData;
 892       }
 893     }
 894   }
 895
 896   /**
 897    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 898    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the
 899    * last feature in that group is deleted.
 900    *
 901    * @param foundGroups
 902    */
 903   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 904   {
 905     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 906     {
 907       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 908       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 909       {
 910         groupPanel.remove(checkbox);
 911       }
 912     }
 913   }
 914
 915   /**
 916    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 917    *
 918    * @param data
 919    */
 920   private void ensureOrder(Object[][] data)
 921   {
 922     boolean sort = false;
 923     float[] order = new float[data.length];
 924     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 925     {
 926       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 927       if (order[i] < 0)
 928       {
 929         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 930       }
 931       if (i > 1)
 932       {
 933         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 934       }
 935     }
 936     if (sort)
 937     {
 938       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 939     }
 940   }
 941
 942   /**
 943    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 944    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 945    */
 946   void load()
 947   {
 948     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 949             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 950     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 951     chooser.setDialogTitle(
 952             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 953     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 954     chooser.setResponseHandler(0, () -> {
 955       File file = chooser.getSelectedFile();
 956       load(file);
 957     });
 958     chooser.showOpenDialog(this);
 959   }
 960
 961   public static boolean loadFeatureSettingsFile(FeatureRenderer fr,
 962           File file) throws Exception
 963   {
 964     InputStreamReader in = new InputStreamReader(new FileInputStream(file),
 965             "UTF-8");
 966     return loadFeatureSettingsFile(fr, in);
 967   }
 968
 969   public static void loadFeatureSettingsFile(
 970           FeatureRenderer featureRenderer, Object fileObject,
 971           DataSourceType sourceType) throws Exception
 972   {
 973     FileParse fp = new FileParse(fileObject, sourceType);
 974     loadFeatureSettingsFile(featureRenderer, fp.getReader());
 975   }
 976
 977   private static boolean loadFeatureSettingsFile(FeatureRenderer fr,
 978           Reader in) throws Exception
 979   {
 980     JAXBContext jc = JAXBContext.newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 981     javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 982     XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 983             .createXMLStreamReader(in);
 984     JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 985             JalviewUserColours.class);
 986     JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 987
 988     // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 989
 990     /*
 991      * load feature colours
 992      */
 993     for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 994     {
 995       Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 996       FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 997               .parseColour(newcol);
 998       fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 999       fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
1000     }
1001
1002     /*
1003      * load feature filters; loaded filters will replace any that are
1004      * currently defined, other defined filters are left unchanged
1005      */
1006     for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
1007     {
1008       Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
1009       String featureType = filterModel.getFeatureType();
1010       FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
1011               .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
1012       if (!filter.isEmpty())
1013       {
1014         fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1015       }
1016     }
1017     return true;
1018   }
1019
1020   /**
1021    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
1022    *
1023    * @param file
1024    */
1025   void load(File file)
1026   {
1027     load(file, DataSourceType.FILE);
1028   }
1029
1030   /**
1031    * Loads feature colours and filters from XML at a specified source
1032    *
1033    * @param file
1034    *          - string or file or other object that allows FileParse to be
1035    *          created
1036    */
1037   void load(Object file, DataSourceType sourceType)
1038   {
1039     try
1040     {
1041       loadFeatureSettingsFile(fr, file, sourceType);
1042       /*
1043        * update feature settings table
1044        */
1045       if (table != null)
1046       {
1047         resetTable(null);
1048         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1049         ensureOrder(data);
1050         updateFeatureRenderer(data, false);
1051         table.repaint();
1052       }
1053     } catch (Exception ex)
1054     {
1055       jalview.bin.Console
1056               .outPrintln("Error loading User Colour File\n" + ex);
1057     }
1058   }
1059
1060   /**
1061    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1062    * and any filters to the selected file in XML format
1063    */
1064   void save()
1065   {
1066     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1067             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1068     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1069     chooser.setDialogTitle(
1070             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1071     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1072     int option = chooser.showSaveDialog(this);
1073     if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1074     {
1075       File file = chooser.getSelectedFile();
1076       save(file);
1077     }
1078   }
1079
1080   /**
1081    * Saves feature colours and filters to the given file
1082    *
1083    * @param file
1084    */
1085   void save(File file)
1086   {
1087     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1088     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1089     try
1090     {
1091       PrintWriter out = new PrintWriter(
1092               new OutputStreamWriter(new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1093
1094       /*
1095        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1096        * to 1 (lowest)
1097        */
1098       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1099       String[] sortedTypes = fr_colours
1100               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1101       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1102       {
1103         @Override
1104         public int compare(String type1, String type2)
1105         {
1106           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1107         }
1108       });
1109
1110       /*
1111        * save feature colours
1112        */
1113       for (String featureType : sortedTypes)
1114       {
1115         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1116         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1117                 fcol);
1118         ucs.getColour().add(col);
1119       }
1120
1121       /*
1122        * save any feature filters
1123        */
1124       for (String featureType : sortedTypes)
1125       {
1126         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1127         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1128         {
1129           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers()
1130                   .iterator();
1131           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1132           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1133                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator, filter.isAnded());
1134           Filter filterModel = new Filter();
1135           filterModel.setFeatureType(featureType);
1136           filterModel.setMatcherSet(ms);
1137           ucs.getFilter().add(filterModel);
1138         }
1139       }
1140       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1141               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1142       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1143       jaxbMarshaller.marshal(
1144               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1145
1146       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1147       // marshaller.marshal(object);
1148       out.flush();
1149
1150       // ucs.marshal(out);
1151       out.close();
1152     } catch (Exception ex)
1153     {
1154       ex.printStackTrace();
1155     }
1156   }
1157
1158   public void invertSelection()
1159   {
1160     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1161     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1162     {
1163       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1164     }
1165     updateFeatureRenderer(data, true);
1166     table.repaint();
1167   }
1168
1169   public void orderByAvWidth()
1170   {
1171     if (table == null || table.getModel() == null)
1172     {
1173       return;
1174     }
1175     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1176     float[] width = new float[data.length];
1177     float[] awidth;
1178     float max = 0;
1179
1180     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1181     {
1182       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1183       if (awidth[0] > 0)
1184       {
1185         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1186         // weight - but have to make per
1187         // sequence, too (awidth[2])
1188         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1189       }
1190       else
1191       {
1192         width[i] = 0;
1193       }
1194       if (max < width[i])
1195       {
1196         max = width[i];
1197       }
1198     }
1199     boolean sort = false;
1200     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1201     {
1202       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1203       if (width[i] == 0)
1204       {
1205         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1206         if (width[i] < 0)
1207         {
1208           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1209                   i / data.length);
1210         }
1211       }
1212       else
1213       {
1214         width[i] /= max; // normalize
1215         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for
1216                                                                 // later
1217       }
1218       if (i > 0)
1219       {
1220         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1221       }
1222     }
1223     if (sort)
1224     {
1225       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1226       // update global priority order
1227     }
1228
1229     updateFeatureRenderer(data, false);
1230     table.repaint();
1231   }
1232
1233   /**
1234    * close ourselves but leave any existing UI handlers (e.g a CDS/Protein
1235    * tabbed feature settings dialog) intact
1236    */
1237   public void closeOldSettings()
1238   {
1239     closeDialog(false);
1240   }
1241
1242   /**
1243    * close the feature settings dialog (and any containing frame)
1244    */
1245   public void close()
1246   {
1247     closeDialog(true);
1248   }
1249
1250   private void closeDialog(boolean closeContainingFrame)
1251   {
1252     try
1253     {
1254       if (frame != null)
1255       {
1256         af.setFeatureSettingsGeometry(frame.getBounds());
1257         frame.setClosed(true);
1258       }
1259       else
1260       {
1261         SplitContainerI sc = af.getSplitViewContainer();
1262         sc.closeFeatureSettings(this, closeContainingFrame);
1263         af.featureSettings = null;
1264       }
1265     } catch (Exception exe)
1266     {
1267     }
1268
1269   }
1270
1271   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1272   {
1273     updateFeatureRenderer(data, true);
1274   }
1275
1276   /**
1277    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the
1278    * order of visible features
1279    *
1280    * @param data
1281    * @param visibleNew
1282    */
1283   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1284   {
1285     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1286
1287     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1288     {
1289       refreshDisplay();
1290     }
1291   }
1292
1293   /**
1294    * Converts table data into an array of data beans
1295    */
1296   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1297   {
1298     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1299     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1300     {
1301       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1302       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1303       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1304       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1305       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1306               isShown);
1307     }
1308     return rowData;
1309   }
1310
1311   private void jbInit() throws Exception
1312   {
1313     this.setLayout(new BorderLayout());
1314
1315     final boolean hasComplement = af.getViewport()
1316             .getCodingComplement() != null;
1317
1318     JPanel settingsPane = new JPanel();
1319     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1320
1321     JPanel bigPanel = new JPanel();
1322     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1323
1324     groupPanel = new JPanel();
1325     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1326
1327     JButton invert = new JButton(
1328             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1329     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1330     invert.addActionListener(new ActionListener()
1331     {
1332       @Override
1333       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1334       {
1335         invertSelection();
1336       }
1337     });
1338
1339     JButton optimizeOrder = new JButton(
1340             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1341     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1342     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1343     {
1344       @Override
1345       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1346       {
1347         orderByAvWidth();
1348       }
1349     });
1350
1351     final String byScoreLabel = MessageManager
1352             .getString("label.seq_sort_by_score");
1353     JButton sortByScore = new JButton(byScoreLabel);
1354     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1355     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1356     {
1357       @Override
1358       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1359       {
1360         if (canSortBy(byScoreLabel))
1361         {
1362           sortByScore(null);
1363         }
1364       }
1365     });
1366     final String byDensityLabel = MessageManager
1367             .getString("label.sequence_sort_by_density");
1368     JButton sortByDens = new JButton(byDensityLabel);
1369     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1370     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1371     {
1372       @Override
1373       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1374       {
1375         if (canSortBy(byDensityLabel))
1376         {
1377           sortByDensity(null);
1378         }
1379       }
1380     });
1381
1382     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1383     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1384     help.addActionListener(new ActionListener()
1385     {
1386       @Override
1387       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1388       {
1389         try
1390         {
1391           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1392         } catch (HelpSetException e1)
1393         {
1394           e1.printStackTrace();
1395         }
1396       }
1397     });
1398     // Cancel for a SplitFrame should just revert changes to the currently
1399     // displayed
1400     // settings. May want to do this for either or both - so need a splitview
1401     // feature settings cancel/OK.
1402     JButton cancel = new JButton(MessageManager
1403             .getString(hasComplement ? "action.revert" : "action.cancel"));
1404     cancel.setToolTipText(MessageManager.getString(hasComplement
1405             ? "action.undo_changes_to_feature_settings"
1406             : "action.undo_changes_to_feature_settings_and_close_the_dialog"));
1407     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1408     // TODO: disable cancel (and apply!) until current settings are different
1409     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1410     {
1411       @Override
1412       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1413       {
1414         revert();
1415         refreshDisplay();
1416         if (!hasComplement)
1417         {
1418           close();
1419         }
1420       }
1421     });
1422     // Cancel for the whole dialog should cancel both CDS and Protein.
1423     // OK for an individual feature settings just applies changes, but dialog
1424     // remains open
1425     JButton ok = new JButton(MessageManager
1426             .getString(hasComplement ? "action.apply" : "action.ok"));
1427     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1428     ok.addActionListener(new ActionListener()
1429     {
1430       @Override
1431       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1432       {
1433         if (!hasComplement)
1434         {
1435           close();
1436         }
1437         else
1438         {
1439           storeOriginalSettings();
1440         }
1441       }
1442     });
1443
1444     JButton loadColours = new JButton(
1445             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1446     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1447     loadColours.setToolTipText(
1448             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1449     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1450     {
1451       @Override
1452       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1453       {
1454         load();
1455       }
1456     });
1457
1458     JButton saveColours = new JButton(
1459             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1460     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1461     saveColours.setToolTipText(
1462             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1463     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1464     {
1465       @Override
1466       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1467       {
1468         save();
1469       }
1470     });
1471     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1472     {
1473       @Override
1474       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1475       {
1476         if (!inConstruction)
1477         {
1478           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1479           refreshDisplay();
1480         }
1481       }
1482     });
1483
1484     transparency.setMaximum(70);
1485     transparency.setToolTipText(
1486             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1487
1488     boolean nucleotide = af.getViewport().getAlignment().isNucleotide();
1489     String text = MessageManager
1490             .formatMessage("label.show_linked_features",
1491                     nucleotide
1492                             ? MessageManager.getString("label.protein")
1493                                     .toLowerCase(Locale.ROOT)
1494                             : "CDS");
1495     showComplement = new JCheckBox(text);
1496     showComplement.addActionListener(new ActionListener()
1497     {
1498       @Override
1499       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1500       {
1501         af.getViewport()
1502                 .setShowComplementFeatures(showComplement.isSelected());
1503         refreshDisplay();
1504       }
1505     });
1506
1507     showComplementOnTop = new JCheckBox(
1508             MessageManager.getString("label.on_top"));
1509     showComplementOnTop.addActionListener(new ActionListener()
1510     {
1511       @Override
1512       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1513       {
1514         af.getViewport().setShowComplementFeaturesOnTop(
1515                 showComplementOnTop.isSelected());
1516         refreshDisplay();
1517       }
1518     });
1519
1520     updateComplementButtons();
1521
1522     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1523     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1524
1525     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1526     transbuttons.add(optimizeOrder);
1527     transbuttons.add(invert);
1528     transbuttons.add(sortByScore);
1529     transbuttons.add(sortByDens);
1530     transbuttons.add(help);
1531
1532     JPanel transPanelLeft = new JPanel(
1533             new GridLayout(hasComplement ? 4 : 2, 1));
1534     transPanelLeft.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1535     transPanelLeft.add(transparency);
1536     if (hasComplement)
1537     {
1538       JPanel cp = new JPanel(new FlowLayout(FlowLayout.LEFT));
1539       cp.add(showComplement);
1540       cp.add(showComplementOnTop);
1541       transPanelLeft.add(cp);
1542     }
1543     lowerPanel.add(transPanelLeft);
1544     lowerPanel.add(transbuttons);
1545
1546     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1547     buttonPanel.add(ok);
1548     buttonPanel.add(cancel);
1549     buttonPanel.add(loadColours);
1550     buttonPanel.add(saveColours);
1551     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1552     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1553     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1554     this.add(settingsPane);
1555   }
1556
1557   /**
1558    * Repaints alignment, structure and overview (if shown). If there is a
1559    * complementary view which is showing this view's features, then also
1560    * repaints that.
1561    */
1562   void refreshDisplay()
1563   {
1564     af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1565     AlignViewportI complement = af.getViewport().getCodingComplement();
1566     if (complement != null && complement.isShowComplementFeatures())
1567     {
1568       AlignFrame af2 = Desktop.getAlignFrameFor(complement);
1569       af2.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1570     }
1571   }
1572
1573   /**
1574    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1575    *
1576    * @param fcol
1577    * @param withHint
1578    *          if true include 'click to edit' and similar text
1579    * @return
1580    */
1581   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1582           boolean withHint)
1583   {
1584     if (fcol == null)
1585     {
1586       return null;
1587     }
1588     if (fcol.isSimpleColour())
1589     {
1590       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1591     }
1592     String description = fcol.getDescription();
1593     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1594     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1595     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1596     if (withHint)
1597     {
1598       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1599     }
1600     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1601   }
1602
1603   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1604           int w, int h)
1605   {
1606     boolean thr = false;
1607     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1608
1609     if (gcol.isColourByAttribute())
1610     {
1611       tx.append(FeatureMatcher
1612               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1613     }
1614     else if (!gcol.isColourByLabel())
1615     {
1616       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1617     }
1618     tx.append(" ");
1619     if (gcol.isAboveThreshold())
1620     {
1621       thr = true;
1622       tx.append(">");
1623     }
1624     if (gcol.isBelowThreshold())
1625     {
1626       thr = true;
1627       tx.append("<");
1628     }
1629     if (gcol.isColourByLabel())
1630     {
1631       if (thr)
1632       {
1633         tx.append(" ");
1634       }
1635       if (!gcol.isColourByAttribute())
1636       {
1637         tx.append("Label");
1638       }
1639       comp.setIcon(null);
1640     }
1641     else
1642     {
1643       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1644       comp.setBackground(newColor);
1645       // jalview.bin.Console.errPrintln("Width is " + w / 2);
1646       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1647       comp.setIcon(ficon);
1648       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1649       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1650       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1651       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1652     }
1653     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1654     comp.setText(tx.toString());
1655   }
1656
1657   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1658   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1659   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1660   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1661   {
1662     private String[] columnNames = {
1663         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1664         MessageManager.getString("action.colour"),
1665         MessageManager.getString("label.configuration"),
1666         MessageManager.getString("label.show") };
1667
1668     private Object[][] data;
1669
1670     FeatureTableModel(Object[][] data)
1671     {
1672       this.data = data;
1673     }
1674
1675     public Object[][] getData()
1676     {
1677       return data;
1678     }
1679
1680     public void setData(Object[][] data)
1681     {
1682       this.data = data;
1683     }
1684
1685     @Override
1686     public int getColumnCount()
1687     {
1688       return columnNames.length;
1689     }
1690
1691     public Object[] getRow(int row)
1692     {
1693       return data[row];
1694     }
1695
1696     @Override
1697     public int getRowCount()
1698     {
1699       return data.length;
1700     }
1701
1702     @Override
1703     public String getColumnName(int col)
1704     {
1705       return columnNames[col];
1706     }
1707
1708     @Override
1709     public Object getValueAt(int row, int col)
1710     {
1711       return data[row][col];
1712     }
1713
1714     /**
1715      * Answers the class of column c of the table
1716      */
1717     @Override
1718     public Class<?> getColumnClass(int c)
1719     {
1720       switch (c)
1721       {
1722       case TYPE_COLUMN:
1723         return String.class;
1724       case COLOUR_COLUMN:
1725         return FeatureColour.class;
1726       case FILTER_COLUMN:
1727         return FeatureMatcherSet.class;
1728       default:
1729         return Boolean.class;
1730       }
1731     }
1732
1733     @Override
1734     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1735     {
1736       return col == 0 ? false : true;
1737     }
1738
1739     @Override
1740     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1741     {
1742       data[row][col] = value;
1743       fireTableCellUpdated(row, col);
1744       updateFeatureRenderer(data);
1745     }
1746
1747   }
1748
1749   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1750   {
1751     Border unselectedBorder = null;
1752
1753     Border selectedBorder = null;
1754
1755     public ColorRenderer()
1756     {
1757       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1758       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1759       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1760     }
1761
1762     @Override
1763     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1764             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1765     {
1766       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1767       setOpaque(true);
1768       setBackground(tbl.getBackground());
1769       if (!cellColour.isSimpleColour())
1770       {
1771         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1772         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1773                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1774       }
1775       else
1776       {
1777         this.setText("");
1778         this.setIcon(null);
1779         setBackground(cellColour.getColour());
1780       }
1781       if (isSelected)
1782       {
1783         if (selectedBorder == null)
1784         {
1785           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1786                   tbl.getSelectionBackground());
1787         }
1788         setBorder(selectedBorder);
1789       }
1790       else
1791       {
1792         if (unselectedBorder == null)
1793         {
1794           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1795                   tbl.getBackground());
1796         }
1797         setBorder(unselectedBorder);
1798       }
1799
1800       return this;
1801     }
1802   }
1803
1804   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1805   {
1806     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1807
1808     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1809
1810     public FilterRenderer()
1811     {
1812       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1813       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1814       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1815     }
1816
1817     @Override
1818     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1819             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1820             int column)
1821     {
1822       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1823       setOpaque(true);
1824       setBackground(tbl.getBackground());
1825       this.setIcon(null);
1826
1827       if (theFilter != null)
1828       {
1829         String asText = theFilter.toString();
1830         this.setText(asText);
1831       }
1832
1833       if (isSelected)
1834       {
1835         if (selectedBorder == null)
1836         {
1837           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1838                   tbl.getSelectionBackground());
1839         }
1840         setBorder(selectedBorder);
1841       }
1842       else
1843       {
1844         if (unselectedBorder == null)
1845         {
1846           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1847                   tbl.getBackground());
1848         }
1849         setBorder(unselectedBorder);
1850       }
1851
1852       return this;
1853     }
1854   }
1855
1856   /**
1857    * update comp using rendering settings from gcol
1858    *
1859    * @param comp
1860    * @param gcol
1861    */
1862   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1863   {
1864     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1865     if (w < 20)
1866     {
1867       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1868       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1869       if (w < 20)
1870       {
1871         w = 80;
1872         h = 12;
1873       }
1874     }
1875     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1876   }
1877
1878   @SuppressWarnings("serial")
1879   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1880           implements TableCellEditor, ActionListener
1881   {
1882     FeatureColourI currentColor;
1883
1884     FeatureTypeSettings chooser;
1885
1886     String type;
1887
1888     JButton button;
1889
1890     protected static final String EDIT = "edit";
1891
1892     int rowSelected = 0;
1893
1894     public ColorEditor()
1895     {
1896       // Set up the editor (from the table's point of view),
1897       // which is a button.
1898       // This button brings up the color chooser dialog,
1899       // which is the editor from the user's point of view.
1900       button = new JButton();
1901       button.setActionCommand(EDIT);
1902       button.addActionListener(this);
1903       button.setBorderPainted(false);
1904     }
1905
1906     /**
1907      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1908      * dialog's OK button
1909      */
1910     @Override
1911     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1912     {
1913       if (button == e.getSource())
1914       {
1915         if (currentColor.isSimpleColour())
1916         {
1917           /*
1918            * simple colour chooser
1919            */
1920           String ttl = MessageManager
1921                   .formatMessage("label.select_colour_for", type);
1922           Object last = (Boolean) table.getValueAt(selectedRow,
1923                   SHOW_COLUMN);
1924           table.setValueAt(Boolean.TRUE, selectedRow, SHOW_COLUMN);
1925           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
1926           {
1927             @Override
1928             public void colourSelected(Color c)
1929             {
1930               currentColor = new FeatureColour(c);
1931               table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1932               table.setValueAt(Boolean.TRUE, selectedRow, SHOW_COLUMN);
1933               fireEditingStopped();
1934             }
1935
1936             @Override
1937             public void cancel()
1938             {
1939               table.setValueAt(last, selectedRow, SHOW_COLUMN);
1940               fireEditingStopped();
1941             }
1942           };
1943           JalviewColourChooser.showColourChooser(button, ttl,
1944                   currentColor.getColour(), listener);
1945         }
1946         else
1947         {
1948           /*
1949            * variable colour and filters dialog
1950            */
1951           boolean last = (Boolean) table.getValueAt(selectedRow,
1952                   SHOW_COLUMN);
1953           table.setValueAt(Boolean.TRUE, selectedRow, SHOW_COLUMN);
1954           chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type, last);
1955           if (!Platform.isJS())
1956           /**
1957            * Java only
1958            *
1959            * @j2sIgnore
1960            */
1961           {
1962             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1963             chooser.requestFocus();
1964           }
1965           chooser.addActionListener(this);
1966           fireEditingStopped();
1967         }
1968       }
1969       else
1970       {
1971         /*
1972          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1973          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1974          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1975          */
1976         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1977         FeatureMatcherSetI currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
1978         if (currentFilter == null)
1979         {
1980           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1981         }
1982         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1983                 .getData()[rowSelected];
1984         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1985         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1986         fireEditingStopped();
1987         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
1988         // rather than relying upon no validation having
1989         // occurred since the stopEditing call was made.
1990         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
1991         table.validate();
1992         table.repaint();
1993       }
1994     }
1995
1996     /**
1997      * Override allows access to this method from anonymous inner classes
1998      */
1999     @Override
2000     protected void fireEditingStopped()
2001     {
2002       super.fireEditingStopped();
2003     }
2004
2005     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2006     @Override
2007     public Object getCellEditorValue()
2008     {
2009       return currentColor;
2010     }
2011
2012     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2013     @Override
2014     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2015             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2016     {
2017       currentColor = (FeatureColourI) value;
2018       this.rowSelected = row;
2019       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2020       button.setOpaque(true);
2021       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2022       if (!currentColor.isSimpleColour())
2023       {
2024         JLabel btn = new JLabel();
2025         btn.setSize(button.getSize());
2026         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2027         button.setBackground(btn.getBackground());
2028         button.setIcon(btn.getIcon());
2029         button.setText(btn.getText());
2030       }
2031       else
2032       {
2033         button.setText("");
2034         button.setIcon(null);
2035         button.setBackground(currentColor.getColour());
2036       }
2037       return button;
2038     }
2039   }
2040
2041   /**
2042    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2043    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible
2044    * abbreviated as display text). On click in the cell, opens the Feature
2045    * Display Settings dialog at the Filters tab.
2046    */
2047   @SuppressWarnings("serial")
2048   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2049           implements TableCellEditor, ActionListener
2050   {
2051
2052     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2053
2054     Point lastLocation;
2055
2056     String type;
2057
2058     JButton button;
2059
2060     protected static final String EDIT = "edit";
2061
2062     int rowSelected = 0;
2063
2064     public FilterEditor()
2065     {
2066       button = new JButton();
2067       button.setActionCommand(EDIT);
2068       button.addActionListener(this);
2069       button.setBorderPainted(false);
2070     }
2071
2072     /**
2073      * Handles events from the editor button
2074      */
2075     @Override
2076     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2077     {
2078       if (button == e.getSource())
2079       {
2080         boolean last = fr.getFeaturesDisplayed().isVisible(type);
2081         ((FeatureTableModel) table.getModel()).setValueAt(Boolean.TRUE,
2082                 rowSelected, SHOW_COLUMN);
2083         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(fr, type,
2084                 last);
2085         chooser.addActionListener(this);
2086         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2087         chooser.requestFocus();
2088         if (lastLocation != null)
2089         {
2090           // todo open at its last position on screen
2091           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2092                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2093           chooser.validate();
2094         }
2095         fireEditingStopped();
2096       }
2097       else if (e.getSource() instanceof Component)
2098       {
2099
2100         /*
2101          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2102          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2103          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2104          */
2105         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
2106         currentFilter = fr.getFeatureFilter(type);
2107         if (currentFilter == null)
2108         {
2109           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
2110         }
2111
2112         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
2113                 .getData()[rowSelected];
2114         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
2115         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
2116         data[SHOW_COLUMN] = fr.getFeaturesDisplayed().isVisible(type);
2117
2118         fireEditingStopped();
2119         // SwingJS needs an explicit repaint() here,
2120         // rather than relying upon no validation having
2121         // occurred since the stopEditing call was made.
2122         // Its laying out has not been stopped by the modal frame
2123         table.validate();
2124         table.repaint();
2125       }
2126     }
2127
2128     @Override
2129     public Object getCellEditorValue()
2130     {
2131       return currentFilter;
2132     }
2133
2134     @Override
2135     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable,
2136             Object value, boolean isSelected, int row, int column)
2137     {
2138       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2139       this.rowSelected = row;
2140       type = table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2141       button.setOpaque(true);
2142       button.setBackground(FeatureSettings.this.getBackground());
2143       button.setText(currentFilter.toString());
2144       button.setIcon(null);
2145       return button;
2146     }
2147   }
2148
2149   public boolean isOpen()
2150   {
2151     if (af.getSplitViewContainer() != null)
2152     {
2153       return af.getSplitViewContainer().isFeatureSettingsOpen();
2154     }
2155     return frame != null && !frame.isClosed();
2156   }
2157
2158   @Override
2159   public void revert()
2160   {
2161     fr.setTransparency(originalTransparency);
2162     fr.setFeatureFilters(originalFilters);
2163     updateFeatureRenderer(originalData);
2164     af.getViewport().setViewStyle(originalViewStyle);
2165     updateTransparencySliderFromFR();
2166     updateComplementButtons();
2167     refreshDisplay();
2168   }
2169 }
2170
2171 class FeatureIcon implements Icon
2172 {
2173   FeatureColourI gcol;
2174
2175   Color backg;
2176
2177   boolean midspace = false;
2178
2179   int width = 50, height = 20;
2180
2181   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2182
2183   Color mpcolour = Color.white;
2184
2185   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2186   {
2187     gcol = gfc;
2188     backg = bg;
2189     width = w;
2190     height = h;
2191     midspace = mspace;
2192     if (midspace)
2193     {
2194       s1 = width / 3;
2195       e1 = s1 * 2;
2196     }
2197     else
2198     {
2199       s1 = width / 2;
2200       e1 = s1;
2201     }
2202   }
2203
2204   @Override
2205   public int getIconWidth()
2206   {
2207     return width;
2208   }
2209
2210   @Override
2211   public int getIconHeight()
2212   {
2213     return height;
2214   }
2215
2216   @Override
2217   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2218   {
2219
2220     if (gcol.isColourByLabel())
2221     {
2222       g.setColor(backg);
2223       g.fillRect(0, 0, width, height);
2224       // need an icon here.
2225       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2226
2227       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
2228
2229       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2230       // AffineTransform.getScaleInstance(
2231       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2232       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2233
2234       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2235
2236     }
2237     else
2238     {
2239       Color minCol = gcol.getMinColour();
2240       g.setColor(minCol);
2241       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2242       if (midspace)
2243       {
2244         g.setColor(Color.white);
2245         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2246       }
2247       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2248       // g.fillRect(0, e1, width - e1, height); // BH 2018
2249       g.fillRect(e1, 0, width - e1, height);
2250     }
2251   }
2252 }