src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.bin.Jalview;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  31 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  32 import jalview.gui.Help.HelpId;
  33 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  34 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  35 import jalview.io.JalviewFileView;
  36 import jalview.schemes.FeatureColour;
  37 import jalview.util.MessageManager;
  38 import jalview.util.Platform;
  39 import jalview.util.dialogrunner.RunResponse;
  40 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  41 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours;
  42 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Colour;
  43 import jalview.xml.binding.jalview.JalviewUserColours.Filter;
  44 import jalview.xml.binding.jalview.ObjectFactory;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.Graphics;
  52 import java.awt.GridLayout;
  53 import java.awt.Point;
  54 import java.awt.Rectangle;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.awt.event.MouseAdapter;
  60 import java.awt.event.MouseEvent;
  61 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  62 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  63 import java.beans.PropertyChangeListener;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileInputStream;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.io.InputStreamReader;
  68 import java.io.OutputStreamWriter;
  69 import java.io.PrintWriter;
  70 import java.util.Arrays;
  71 import java.util.Comparator;
  72 import java.util.HashMap;
  73 import java.util.HashSet;
  74 import java.util.Hashtable;
  75 import java.util.Iterator;
  76 import java.util.List;
  77 import java.util.Map;
  78 import java.util.Set;
  79
  80 import javax.help.HelpSetException;
  81 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  82 import javax.swing.BorderFactory;
  83 import javax.swing.Icon;
  84 import javax.swing.JButton;
  85 import javax.swing.JCheckBox;
  86 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  87 import javax.swing.JInternalFrame;
  88 import javax.swing.JLabel;
  89 import javax.swing.JLayeredPane;
  90 import javax.swing.JMenuItem;
  91 import javax.swing.JPanel;
  92 import javax.swing.JPopupMenu;
  93 import javax.swing.JScrollPane;
  94 import javax.swing.JSlider;
  95 import javax.swing.JTable;
  96 import javax.swing.ListSelectionModel;
  97 import javax.swing.SwingConstants;
  98 import javax.swing.ToolTipManager;
  99 import javax.swing.border.Border;
 100 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 101 import javax.swing.event.ChangeListener;
 102 import javax.swing.plaf.TableUI;
 103 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 104 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 105 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 106 import javax.swing.table.TableColumn;
 107 import javax.xml.bind.JAXBContext;
 108 import javax.xml.bind.JAXBElement;
 109 import javax.xml.bind.Marshaller;
 110 import javax.xml.stream.XMLInputFactory;
 111 import javax.xml.stream.XMLStreamReader;
 112
 113 public class FeatureSettings extends JPanel
 114         implements FeatureSettingsControllerI
 115 {
 116   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 117           .getString("label.sequence_feature_colours");
 118
 119   /*
 120    * column indices of fields in Feature Settings table
 121    */
 122   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 123
 124   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 125
 126   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 127
 128   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 129
 130   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 131
 132   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 133
 134   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 135
 136   private final static String BASE_TOOLTIP = MessageManager.getString("label.click_to_edit");
 137
 138   final FeatureRenderer fr;
 139
 140   public final AlignFrame af;
 141
 142   /*
 143    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 144    */
 145   Object[][] originalData;
 146
 147   float originalTransparency;
 148
 149   Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 150
 151   final JInternalFrame frame;
 152
 153   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 154
 155   JTable table;
 156
 157   JPanel groupPanel;
 158
 159   JSlider transparency = new JSlider();
 160
 161   /*
 162    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 163    */
 164   protected volatile boolean inConstruction = true;
 165
 166   int selectedRow = -1;
 167
 168   JButton fetchDAS = new JButton();
 169
 170   JButton saveDAS = new JButton();
 171
 172   JButton cancelDAS = new JButton();
 173
 174   boolean resettingTable = false;
 175
 176   /*
 177    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 178    */
 179   boolean handlingUpdate = false;
 180
 181   /*
 182    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 183    */
 184   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 185
 186   /**
 187    * Constructor
 188    *
 189    * @param af
 190    */
 191   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 192   {
 193     this.af = alignFrame;
 194     fr = af.getFeatureRenderer();
 195
 196     // save transparency for restore on Cancel
 197     originalTransparency = fr.getTransparency();
 198     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 199     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 200
 201     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 202
 203     try
 204     {
 205       jbInit();
 206     } catch (Exception ex)
 207     {
 208       ex.printStackTrace();
 209     }
 210
 211     table = new JTable()
 212     {
 213       @Override
 214       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 215       {
 216         String tip = null;
 217         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 218         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 219
 220         switch (column)
 221         {
 222         case TYPE_COLUMN:
 223           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 224                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 225           break;
 226         case COLOUR_COLUMN:
 227           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 228                   column);
 229           tip = getColorTooltip(colour, true);
 230           break;
 231         case FILTER_COLUMN:
 232           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 233                   column);
 234           tip = o.isEmpty()
 235                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 236                   : o.toString();
 237           break;
 238         default:
 239           break;
 240         }
 241
 242         return tip;
 243       }
 244
 245
 246       /**
 247        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 248        * current cell
 249        */
 250       @Override
 251       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 252       {
 253         Point point = e.getPoint();
 254         int column = table.columnAtPoint(point);
 255         int row = table.rowAtPoint(point);
 256         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 257         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 258         return loc;
 259       }
 260     };
 261
 262     // next line is needed to avoid (quiet) exceptions thrown
 263     // when column ordering changes so that the above constants
 264     // no longer apply.
 265     table.getTableHeader().setReorderingAllowed(false); // BH 2018
 266
 267     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 268     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 269
 270     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 271     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 272
 273     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 274     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 275
 276     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 277             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 278     table.addColumn(colourColumn);
 279
 280     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 281             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 282     table.addColumn(filterColumn);
 283
 284     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 285
 286     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 287     {
 288       @Override
 289       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 290       {
 291         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 292         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 293         if (evt.isPopupTrigger())
 294         {
 295           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 296           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 297                   evt.getY());
 298         }
 299         else if (evt.getClickCount() == 2)
 300         {
 301           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 302           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 303           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 304           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 305                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 306         }
 307       }
 308
 309       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 310       @Override
 311       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 312       {
 313         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 314         if (evt.isPopupTrigger())
 315         {
 316           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 317           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 318           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 319                   evt.getY());
 320         }
 321       }
 322     });
 323
 324     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 325     {
 326       @Override
 327       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 328       {
 329         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 330         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 331         {
 332           /*
 333            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 334            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 335            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 336            */
 337           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 338                   .getData();
 339           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 340           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 341           {
 342             Object[] temp = data[i];
 343             data[i] = data[i + direction];
 344             data[i + direction] = temp;
 345           }
 346           updateFeatureRenderer(data);
 347           repaintTable();
 348           selectedRow = newRow;
 349         }
 350       }
 351     });
 352     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 353     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 354     scrollPane.setViewportView(table);
 355
 356     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 357     {
 358       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 359     }
 360
 361     discoverAllFeatureData();
 362     final PropertyChangeListener change;
 363     final FeatureSettings fs = this;
 364     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 365     {
 366       @Override
 367       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 368       {
 369         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 370         {
 371           fs.handlingUpdate = true;
 372           fs.resetTable(null);
 373           // new groups may be added with new sequence feature types only
 374           fs.handlingUpdate = false;
 375         }
 376       }
 377
 378     });
 379
 380     frame = new JInternalFrame();
 381     frame.setContentPane(this);
 382     if (Platform.isAMac())
 383     {
 384       Desktop.addInternalFrame(frame,
 385               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 386               600, 480);
 387     }
 388     else
 389     {
 390       Desktop.addInternalFrame(frame,
 391               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 392               600, 450);
 393     }
 394     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 395
 396     frame.addInternalFrameListener(
 397             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 398             {
 399               @Override
 400               public void internalFrameClosed(
 401                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 402               {
 403                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 404               };
 405             });
 406     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 407     inConstruction = false;
 408   }
 409
 410   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 411           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 412           int y)
 413   {
 414     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 415
 416     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 417             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 418             { type }));
 419     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 420             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 421     men.add(scr);
 422     final FeatureSettings me = this;
 423     scr.addActionListener(new ActionListener()
 424     {
 425
 426       @Override
 427       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 428       {
 429         me.af.avc
 430                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 431                 { type }));
 432       }
 433
 434     });
 435     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 436             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 437     dens.addActionListener(new ActionListener()
 438     {
 439
 440       @Override
 441       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 442       {
 443         me.af.avc
 444                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 445                 { type }));
 446       }
 447
 448     });
 449     men.add(dens);
 450
 451     /*
 452      * variable colour options include colour by label, by score,
 453      * by selected attribute text, or attribute value
 454      */
 455     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 456             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 457     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 458     men.add(variableColourCB);
 459
 460     /*
 461      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 462      * from the variable colour / filters dialog
 463      */
 464     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 465     {
 466       @Override
 467       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 468       {
 469         if (e.getSource() == variableColourCB)
 470         {
 471           if (featureColour.isSimpleColour())
 472           {
 473             /*
 474              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 475              */
 476             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 477             fc.addActionListener(this);
 478           }
 479           else
 480           {
 481             /*
 482              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 483              */
 484             String title = MessageManager.getString("label.select_colour");
 485             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 486             {
 487               @Override
 488               public void colourSelected(Color c)
 489               {
 490                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 491                         COLOUR_COLUMN);
 492                 table.validate();
 493                 me.updateFeatureRenderer(
 494                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 495                         false);
 496               }
 497             };
 498             JalviewColourChooser.showColourChooser(me, title, featureColour.getMaxColour(), listener);
 499           }
 500         }
 501         else    {
 502           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 503           {
 504             /*
 505              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 506              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 507              */
 508             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 509             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 510             table.validate();
 511           }
 512         }
 513       }
 514
 515     });
 516
 517     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 518             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 519     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 520     {
 521       @Override
 522       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 523       {
 524         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 525                 false, type);
 526       }
 527     });
 528     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 529             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 530     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 531     {
 532       @Override
 533       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 534       {
 535         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 536                 false, type);
 537       }
 538     });
 539     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 540             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 541     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 542     {
 543       @Override
 544       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 545       {
 546         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 547       }
 548     });
 549     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 550             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 551     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 552     {
 553       @Override
 554       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 555       {
 556         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 557       }
 558     });
 559     men.add(selCols);
 560     men.add(clearCols);
 561     men.add(hideCols);
 562     men.add(hideOtherCols);
 563     men.show(table, x, y);
 564   }
 565
 566   @Override
 567   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 568   {
 569     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 570     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 571
 572     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 573     {
 574       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 575       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 576       {
 577         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 578         {
 579           allGroups.add(group);
 580           checkGroupState(group);
 581         }
 582       }
 583     }
 584
 585     resetTable(null);
 586
 587     validate();
 588   }
 589
 590   /**
 591    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 592    *
 593    * @param group
 594    * @return true if group is visible
 595    */
 596   private boolean checkGroupState(String group)
 597   {
 598     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 599
 600     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 601     {
 602       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 603       {
 604         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 605         return visible;
 606       }
 607     }
 608
 609     final String grp = group;
 610     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 611     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 612     check.setToolTipText(group);
 613     check.addItemListener(new ItemListener()
 614     {
 615       @Override
 616       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 617       {
 618         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 619         resetTable(new String[] { grp });
 620         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 621       }
 622     });
 623     groupPanel.add(check);
 624     return visible;
 625   }
 626
 627   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 628   {
 629     if (resettingTable)
 630     {
 631       return;
 632     }
 633     resettingTable = true;
 634     typeWidth = new Hashtable<>();
 635     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 636     // rather than float
 637
 638     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 639     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 640
 641     /*
 642      * determine which feature types may be visible depending on
 643      * which groups are selected, and recompute average width data
 644      */
 645     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 646     {
 647
 648       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 649
 650       /*
 651        * get the sequence's groups for positional features
 652        * and keep track of which groups are visible
 653        */
 654       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 655       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 656       for (String group : groups)
 657       {
 658         if (group == null || checkGroupState(group))
 659         {
 660           visibleGroups.add(group);
 661         }
 662       }
 663       foundGroups.addAll(groups);
 664
 665       /*
 666        * get distinct feature types for visible groups
 667        * record distinct visible types, and their count and total length
 668        */
 669       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 670               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 671       for (String type : types)
 672       {
 673         displayableTypes.add(type);
 674         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 675         if (avWidth == null)
 676         {
 677           avWidth = new float[2];
 678           typeWidth.put(type, avWidth);
 679         }
 680         // todo this could include features with a non-visible group
 681         // - do we greatly care?
 682         // todo should we include non-displayable features here, and only
 683         // update when features are added?
 684         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 685         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 686       }
 687     }
 688
 689     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 690     int dataIndex = 0;
 691
 692     if (fr.hasRenderOrder())
 693     {
 694       if (!handlingUpdate)
 695       {
 696         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 697         // colourschemes. but don't
 698         // affect display
 699         // First add the checks in the previous render order,
 700         // in case the window has been closed and reopened
 701       }
 702       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 703       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 704       {
 705         String type = frl.get(ro);
 706
 707         if (!displayableTypes.contains(type))
 708         {
 709           continue;
 710         }
 711
 712         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 713         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 714         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 715         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 716                 ? new FeatureMatcherSet()
 717                 : featureFilter;
 718         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 719                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 720         dataIndex++;
 721         displayableTypes.remove(type);
 722       }
 723     }
 724
 725     /*
 726      * process any extra features belonging only to
 727      * a group which was just selected
 728      */
 729     while (!displayableTypes.isEmpty())
 730     {
 731       String type = displayableTypes.iterator().next();
 732       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 733
 734       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 735       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 736       {
 737         // "Colour has been updated in another view!!"
 738         fr.clearRenderOrder();
 739         return;
 740       }
 741       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 742       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 743               ? new FeatureMatcherSet()
 744               : featureFilter;
 745       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 746       dataIndex++;
 747       displayableTypes.remove(type);
 748     }
 749
 750     if (originalData == null)
 751     {
 752       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 753       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 754       {
 755         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 756       }
 757     }
 758     else
 759     {
 760       updateOriginalData(data);
 761     }
 762
 763     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 764     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 765
 766     groupPanel.setLayout(
 767             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 768     pruneGroups(foundGroups);
 769     groupPanel.validate();
 770
 771     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 772     resettingTable = false;
 773   }
 774
 775   /**
 776    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 777    * have been made outwith this dialog
 778    * <ul>
 779    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 780    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 781    * </ul>
 782    *
 783    * @param foundData
 784    */
 785   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 786   {
 787     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 788
 789     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 790             .getData();
 791     for (Object[] row : foundData)
 792     {
 793       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 794       boolean found = false;
 795       for (Object[] current : currentData)
 796       {
 797         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 798         {
 799           found = true;
 800           /*
 801            * currently dependent on object equality here;
 802            * really need an equals method on FeatureColour
 803            */
 804           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 805           {
 806             /*
 807              * feature colour has changed externally - update originalData
 808              */
 809             for (Object[] original : originalData)
 810             {
 811               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 812               {
 813                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 814                 break;
 815               }
 816             }
 817           }
 818           break;
 819         }
 820       }
 821       if (!found)
 822       {
 823         /*
 824          * new feature detected - add to original data (on top)
 825          */
 826         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 827                 + 1][COLUMN_COUNT];
 828         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 829         {
 830           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 831                   COLUMN_COUNT);
 832         }
 833         newData[0] = row;
 834         originalData = newData;
 835       }
 836     }
 837   }
 838
 839   /**
 840    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 841    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 842    * feature in that group is deleted.
 843    *
 844    * @param foundGroups
 845    */
 846   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 847   {
 848     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 849     {
 850       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 851       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 852       {
 853         groupPanel.remove(checkbox);
 854       }
 855     }
 856   }
 857
 858   /**
 859    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 860    *
 861    * @param data
 862    */
 863   private void ensureOrder(Object[][] data)
 864   {
 865     boolean sort = false;
 866     float[] order = new float[data.length];
 867     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 868     {
 869       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 870       if (order[i] < 0)
 871       {
 872         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 873       }
 874       if (i > 1)
 875       {
 876         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 877       }
 878     }
 879     if (sort)
 880     {
 881       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 882     }
 883   }
 884
 885   /**
 886    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 887    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 888    */
 889   void load()
 890   {
 891     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 892             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 893     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 894     chooser.setDialogTitle(
 895             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 896     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 897     chooser.response(new RunResponse(JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION){
 898
 899                 @Override
 900                 public void run() {
 901                       File file = chooser.getSelectedFile();
 902                       load(file);
 903                 }});
 904     chooser.showOpenDialog(this);
 905   }
 906
 907   /**
 908    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 909    *
 910    * @param file
 911    */
 912   void load(File file)
 913   {
 914     try
 915     {
 916       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 917               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 918
 919       JAXBContext jc = JAXBContext
 920               .newInstance("jalview.xml.binding.jalview");
 921       javax.xml.bind.Unmarshaller um = jc.createUnmarshaller();
 922       XMLStreamReader streamReader = XMLInputFactory.newInstance()
 923               .createXMLStreamReader(in);
 924       JAXBElement<JalviewUserColours> jbe = um.unmarshal(streamReader,
 925               JalviewUserColours.class);
 926       JalviewUserColours jucs = jbe.getValue();
 927
 928       // JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 929
 930       /*
 931        * load feature colours
 932        */
 933       for (int i = jucs.getColour().size() - 1; i >= 0; i--)
 934       {
 935         Colour newcol = jucs.getColour().get(i);
 936         FeatureColourI colour = jalview.project.Jalview2XML
 937                 .parseColour(newcol);
 938         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 939         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColour().size());
 940       }
 941
 942       /*
 943        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 944        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 945        */
 946       for (int i = 0; i < jucs.getFilter().size(); i++)
 947       {
 948         Filter filterModel = jucs.getFilter().get(i);
 949         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 950         FeatureMatcherSetI filter = jalview.project.Jalview2XML
 951                 .parseFilter(featureType, filterModel.getMatcherSet());
 952         if (!filter.isEmpty())
 953         {
 954           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 955         }
 956       }
 957
 958       /*
 959        * update feature settings table
 960        */
 961       if (table != null)
 962       {
 963         resetTable(null);
 964         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 965                 .getData();
 966         ensureOrder(data);
 967         updateFeatureRenderer(data, false);
 968         repaintTable();
 969       }
 970     } catch (Exception ex)
 971     {
 972       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 973     }
 974   }
 975
 976   /**
 977    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 978    * and any filters to the selected file in XML format
 979    */
 980   void save()
 981   {
 982     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 983             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 984     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 985     chooser.setDialogTitle(
 986             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 987     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 988     int option = chooser.showSaveDialog(this);
 989         if (option == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 990         {
 991           File file = chooser.getSelectedFile();
 992           save(file);
 993         }
 994   }
 995
 996   /**
 997    * Saves feature colours and filters to the given file
 998    *
 999    * @param file
1000    */
1001   void save(File file)
1002   {
1003     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1004     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1005     try
1006     {
1007       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1008               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1009
1010       /*
1011        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1012        * to 1 (lowest)
1013        */
1014       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1015       String[] sortedTypes = fr_colours
1016               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1017       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1018       {
1019         @Override
1020         public int compare(String type1, String type2)
1021         {
1022           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1023         }
1024       });
1025
1026       /*
1027        * save feature colours
1028        */
1029       for (String featureType : sortedTypes)
1030       {
1031         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1032         Colour col = jalview.project.Jalview2XML.marshalColour(featureType,
1033                 fcol);
1034         ucs.getColour().add(col);
1035       }
1036
1037       /*
1038        * save any feature filters
1039        */
1040       for (String featureType : sortedTypes)
1041       {
1042         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1043         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1044         {
1045           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1046           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1047           jalview.xml.binding.jalview.FeatureMatcherSet ms = jalview.project.Jalview2XML
1048                   .marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1049                   filter.isAnded());
1050           Filter filterModel = new Filter();
1051           filterModel.setFeatureType(featureType);
1052           filterModel.setMatcherSet(ms);
1053           ucs.getFilter().add(filterModel);
1054         }
1055       }
1056       JAXBContext jaxbContext = JAXBContext
1057               .newInstance(JalviewUserColours.class);
1058       Marshaller jaxbMarshaller = jaxbContext.createMarshaller();
1059       jaxbMarshaller.marshal(
1060               new ObjectFactory().createJalviewUserColours(ucs), out);
1061
1062       // jaxbMarshaller.marshal(object, pout);
1063       // marshaller.marshal(object);
1064       out.flush();
1065
1066       // ucs.marshal(out);
1067       out.close();
1068     } catch (Exception ex)
1069     {
1070       ex.printStackTrace();
1071     }
1072   }
1073
1074   public void invertSelection()
1075   {
1076     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1077     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1078     {
1079       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1080     }
1081     updateFeatureRenderer(data, true);
1082     repaintTable();
1083   }
1084
1085   public void orderByAvWidth()
1086   {
1087     if (table == null || table.getModel() == null)
1088     {
1089       return;
1090     }
1091     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1092     float[] width = new float[data.length];
1093     float[] awidth;
1094     float max = 0;
1095
1096     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1097     {
1098       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1099       if (awidth[0] > 0)
1100       {
1101         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1102         // weight - but have to make per
1103         // sequence, too (awidth[2])
1104         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1105       }
1106       else
1107       {
1108         width[i] = 0;
1109       }
1110       if (max < width[i])
1111       {
1112         max = width[i];
1113       }
1114     }
1115     boolean sort = false;
1116     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1117     {
1118       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1119       if (width[i] == 0)
1120       {
1121         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1122         if (width[i] < 0)
1123         {
1124           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1125                   i / data.length);
1126         }
1127       }
1128       else
1129       {
1130         width[i] /= max; // normalize
1131         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1132       }
1133       if (i > 0)
1134       {
1135         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1136       }
1137     }
1138     if (sort)
1139     {
1140       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1141       // update global priority order
1142     }
1143
1144     updateFeatureRenderer(data, false);
1145     repaintTable();
1146   }
1147
1148   /**
1149    * Repaints the table using alternative code for Java and J2S
1150    */
1151   private void repaintTable()
1152   {
1153         // BH 2018
1154         // Here is a needed intervention
1155         // because generally we don't "repaint"
1156         // the table. We re-create the HTML divs
1157         // that is associated with it. A better
1158         // way to do this would be to fire a property change.
1159         @SuppressWarnings("unused")
1160         TableUI ui = table.getUI();
1161         /**
1162          * @j2sNative ui.repaintTable$();
1163          */
1164         {
1165           table.repaint();
1166         }
1167   }
1168
1169   public void close()
1170   {
1171     try
1172     {
1173       frame.setClosed(true);
1174     } catch (Exception exe)
1175     {
1176     }
1177
1178   }
1179
1180   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1181   {
1182     updateFeatureRenderer(data, true);
1183   }
1184
1185   /**
1186    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1187    * of visible features
1188    *
1189    * @param data
1190    * @param visibleNew
1191    */
1192   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1193   {
1194     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1195
1196     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1197     {
1198       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1199     }
1200   }
1201
1202   /**
1203    * Converts table data into an array of data beans
1204    */
1205   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1206   {
1207     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1208     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1209     {
1210       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1211       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1212       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1213       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1214       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1215               isShown);
1216     }
1217     return rowData;
1218   }
1219
1220   private void jbInit() throws Exception
1221   {
1222     this.setLayout(new BorderLayout());
1223
1224     JPanel settingsPane = new JPanel();
1225     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1226
1227     JPanel bigPanel = new JPanel();
1228     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1229
1230     groupPanel = new JPanel();
1231     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1232
1233     JButton invert = new JButton(
1234             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1235     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1236     invert.addActionListener(new ActionListener()
1237     {
1238       @Override
1239       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1240       {
1241         invertSelection();
1242       }
1243     });
1244
1245     JButton optimizeOrder = new JButton(
1246             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1247     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1248     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1249     {
1250       @Override
1251       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1252       {
1253         orderByAvWidth();
1254       }
1255     });
1256
1257     JButton sortByScore = new JButton(
1258             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1259     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1260     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1261     {
1262       @Override
1263       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1264       {
1265         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1266       }
1267     });
1268     JButton sortByDens = new JButton(
1269             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1270     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1271     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1272     {
1273       @Override
1274       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1275       {
1276         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1277       }
1278     });
1279
1280     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1281     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1282     help.addActionListener(new ActionListener()
1283     {
1284       @Override
1285       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1286       {
1287         try
1288         {
1289           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1290         } catch (HelpSetException e1)
1291         {
1292           e1.printStackTrace();
1293         }
1294       }
1295     });
1296     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1297     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1298     help.addActionListener(new ActionListener()
1299     {
1300       @Override
1301       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1302       {
1303         try
1304         {
1305           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1306         } catch (HelpSetException e1)
1307         {
1308           e1.printStackTrace();
1309         }
1310       }
1311     });
1312
1313     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1314     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1315     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1316     {
1317       @Override
1318       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1319       {
1320         fr.setTransparency(originalTransparency);
1321         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1322         updateFeatureRenderer(originalData);
1323         close();
1324       }
1325     });
1326
1327     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1328     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1329     ok.addActionListener(new ActionListener()
1330     {
1331       @Override
1332       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1333       {
1334         close();
1335       }
1336     });
1337
1338     JButton loadColours = new JButton(
1339             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1340     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1341     loadColours.setToolTipText(
1342             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1343     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1344     {
1345       @Override
1346       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1347       {
1348         load();
1349       }
1350     });
1351
1352     JButton saveColours = new JButton(
1353             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1354     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1355     saveColours.setToolTipText(
1356             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1357     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1358     {
1359       @Override
1360       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1361       {
1362         save();
1363       }
1364     });
1365     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1366     {
1367       @Override
1368       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1369       {
1370         if (!inConstruction)
1371         {
1372           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1373           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1374         }
1375       }
1376     });
1377
1378     transparency.setMaximum(70);
1379     transparency.setToolTipText(
1380             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1381
1382     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1383     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1384
1385     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1386     transbuttons.add(optimizeOrder);
1387     transbuttons.add(invert);
1388     transbuttons.add(sortByScore);
1389     transbuttons.add(sortByDens);
1390     transbuttons.add(help);
1391     transPanel.add(transparency);
1392     transPanel.add(transbuttons);
1393
1394     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1395     buttonPanel.add(ok);
1396     buttonPanel.add(cancel);
1397     buttonPanel.add(loadColours);
1398     buttonPanel.add(saveColours);
1399     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1400     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1401     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1402     this.add(settingsPane);
1403   }
1404
1405   /**
1406    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1407    *
1408    * @param fcol
1409    * @param withHint
1410    *          if true include 'click to edit' and similar text
1411    * @return
1412    */
1413   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol,
1414           boolean withHint)
1415   {
1416     if (fcol == null)
1417     {
1418       return null;
1419     }
1420     if (fcol.isSimpleColour())
1421     {
1422       return withHint ? BASE_TOOLTIP : null;
1423     }
1424     String description = fcol.getDescription();
1425     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1426     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1427     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1428     if (withHint)
1429     {
1430       tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1431     }
1432     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1433   }
1434
1435   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1436           int w, int h)
1437   {
1438     boolean thr = false;
1439     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1440
1441     if (gcol.isColourByAttribute())
1442     {
1443       tx.append(FeatureMatcher
1444               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1445     }
1446     else if (!gcol.isColourByLabel())
1447     {
1448       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1449     }
1450     tx.append(" ");
1451     if (gcol.isAboveThreshold())
1452     {
1453       thr = true;
1454       tx.append(">");
1455     }
1456     if (gcol.isBelowThreshold())
1457     {
1458       thr = true;
1459       tx.append("<");
1460     }
1461     if (gcol.isColourByLabel())
1462     {
1463       if (thr)
1464       {
1465         tx.append(" ");
1466       }
1467       if (!gcol.isColourByAttribute())
1468       {
1469         tx.append("Label");
1470       }
1471       comp.setIcon(null);
1472     }
1473     else
1474     {
1475       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1476       comp.setBackground(newColor);
1477       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1478       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1479       comp.setIcon(ficon);
1480       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1481       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1482       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1483       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1484     }
1485     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1486     comp.setText(tx.toString());
1487   }
1488
1489   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1490   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1491   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1492   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1493   {
1494     private String[] columnNames = {
1495         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1496         MessageManager.getString("action.colour"),
1497         MessageManager.getString("label.filter"),
1498         MessageManager.getString("label.show") };
1499
1500     private Object[][] data;
1501
1502     FeatureTableModel(Object[][] data)
1503     {
1504       this.data = data;
1505     }
1506
1507     public Object[][] getData()
1508     {
1509       return data;
1510     }
1511
1512     public void setData(Object[][] data)
1513     {
1514       this.data = data;
1515     }
1516
1517     @Override
1518     public int getColumnCount()
1519     {
1520       return columnNames.length;
1521     }
1522
1523     public Object[] getRow(int row)
1524     {
1525       return data[row];
1526     }
1527
1528     @Override
1529     public int getRowCount()
1530     {
1531       return data.length;
1532     }
1533
1534     @Override
1535     public String getColumnName(int col)
1536     {
1537       return columnNames[col];
1538     }
1539
1540     @Override
1541     public Object getValueAt(int row, int col)
1542     {
1543       return data[row][col];
1544     }
1545
1546     /**
1547      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1548      */
1549     @Override
1550     public Class<?> getColumnClass(int c)
1551     {
1552       Object v = getValueAt(0, c);
1553       return v == null ? null : v.getClass();
1554     }
1555
1556     @Override
1557     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1558     {
1559       return col == 0 ? false : true;
1560     }
1561
1562     @Override
1563     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1564     {
1565       data[row][col] = value;
1566       fireTableCellUpdated(row, col);
1567       updateFeatureRenderer(data);
1568     }
1569
1570   }
1571
1572   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1573   {
1574     Border unselectedBorder = null;
1575
1576     Border selectedBorder = null;
1577
1578     public ColorRenderer()
1579     {
1580       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1581       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1582       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1583     }
1584
1585     @Override
1586     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1587             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1588     {
1589       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1590       setOpaque(true);
1591       setBackground(tbl.getBackground());
1592       if (!cellColour.isSimpleColour())
1593       {
1594         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1595         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1596                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1597       }
1598       else
1599       {
1600         this.setText("");
1601         this.setIcon(null);
1602         setBackground(cellColour.getColour());
1603       }
1604       if (isSelected)
1605       {
1606         if (selectedBorder == null)
1607         {
1608           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1609                   tbl.getSelectionBackground());
1610         }
1611         setBorder(selectedBorder);
1612       }
1613       else
1614       {
1615         if (unselectedBorder == null)
1616         {
1617           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1618                   tbl.getBackground());
1619         }
1620         setBorder(unselectedBorder);
1621       }
1622
1623       return this;
1624     }
1625   }
1626
1627   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1628   {
1629     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1630
1631     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1632
1633     public FilterRenderer()
1634     {
1635       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1636       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1637       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1638     }
1639
1640     @Override
1641     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1642             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1643             int column)
1644     {
1645       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1646       setOpaque(true);
1647       String asText = theFilter.toString();
1648       setBackground(tbl.getBackground());
1649       this.setText(asText);
1650       this.setIcon(null);
1651
1652       if (isSelected)
1653       {
1654         if (selectedBorder == null)
1655         {
1656           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1657                   tbl.getSelectionBackground());
1658         }
1659         setBorder(selectedBorder);
1660       }
1661       else
1662       {
1663         if (unselectedBorder == null)
1664         {
1665           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1666                   tbl.getBackground());
1667         }
1668         setBorder(unselectedBorder);
1669       }
1670
1671       return this;
1672     }
1673   }
1674
1675   /**
1676    * update comp using rendering settings from gcol
1677    *
1678    * @param comp
1679    * @param gcol
1680    */
1681   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1682   {
1683     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1684     if (w < 20)
1685     {
1686       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1687       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1688       if (w < 20)
1689       {
1690         w = 80;
1691         h = 12;
1692       }
1693     }
1694     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1695   }
1696
1697   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1698           implements TableCellEditor, ActionListener
1699   {
1700     FeatureSettings me;
1701
1702     FeatureColourI currentColor;
1703
1704     FeatureTypeSettings chooser;
1705
1706     String type;
1707
1708     JButton button;
1709
1710     protected static final String EDIT = "edit";
1711
1712     int rowSelected = 0;
1713
1714     public ColorEditor(FeatureSettings fs)
1715     {
1716       this.me = fs;
1717       // Set up the editor (from the table's point of view),
1718       // which is a button.
1719       // This button brings up the color chooser dialog,
1720       // which is the editor from the user's point of view.
1721       button = new JButton();
1722       button.setActionCommand(EDIT);
1723       button.addActionListener(this);
1724       button.setBorderPainted(false);
1725     }
1726
1727     /**
1728      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1729      * dialog's OK button
1730      */
1731     @Override
1732     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1733     {
1734       if (button == e.getSource())
1735       {
1736         if (currentColor.isSimpleColour())
1737         {
1738           /*
1739            * simple colour chooser
1740            */
1741           String ttl = MessageManager.getString("label.select_colour");
1742           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener() {
1743             @Override
1744             public void colourSelected(Color c)
1745             {
1746               currentColor = new FeatureColour(c);
1747               me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1748             }
1749           };
1750           JalviewColourChooser.showColourChooser(button,  ttl,  currentColor.getColour(), listener);
1751         }
1752         else
1753         {
1754           /*
1755            * variable colour and filters dialog
1756            */
1757           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1758           if (!Jalview.isJS())
1759           {
1760             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1761             chooser.requestFocus();
1762           }
1763           chooser.addActionListener(this);
1764           // Make the renderer reappear.
1765           fireEditingStopped();
1766         }
1767       }
1768       else
1769       {
1770         /*
1771          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1772          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1773          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1774          */
1775         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1776         FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1777         if (currentFilter == null)
1778         {
1779           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1780         }
1781         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1782                 .getData()[rowSelected];
1783         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1784         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1785
1786         fireEditingStopped();
1787         me.table.validate();
1788       }
1789     }
1790
1791     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1792     @Override
1793     public Object getCellEditorValue()
1794     {
1795       return currentColor;
1796     }
1797
1798     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1799     @Override
1800     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1801             boolean isSelected, int row, int column)
1802     {
1803       currentColor = (FeatureColourI) value;
1804       this.rowSelected = row;
1805       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1806       button.setOpaque(true);
1807       button.setBackground(me.getBackground());
1808       if (!currentColor.isSimpleColour())
1809       {
1810         JLabel btn = new JLabel();
1811         btn.setSize(button.getSize());
1812         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1813         button.setBackground(btn.getBackground());
1814         button.setIcon(btn.getIcon());
1815         button.setText(btn.getText());
1816       }
1817       else
1818       {
1819         button.setText("");
1820         button.setIcon(null);
1821         button.setBackground(currentColor.getColour());
1822       }
1823       return button;
1824     }
1825   }
1826
1827   /**
1828    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1829    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1830    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1831    * dialog at the Filters tab.
1832    */
1833   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1834           implements TableCellEditor, ActionListener
1835   {
1836     FeatureSettings me;
1837
1838     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1839
1840     Point lastLocation;
1841
1842     String type;
1843
1844     JButton button;
1845
1846     protected static final String EDIT = "edit";
1847
1848     int rowSelected = 0;
1849
1850     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1851     {
1852       this.me = me;
1853       button = new JButton();
1854       button.setActionCommand(EDIT);
1855       button.addActionListener(this);
1856       button.setBorderPainted(false);
1857     }
1858
1859     /**
1860      * Handles events from the editor button
1861      */
1862     @Override
1863     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1864     {
1865       if (button == e.getSource())
1866       {
1867         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1868         chooser.addActionListener(this);
1869         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1870         chooser.requestFocus();
1871         if (lastLocation != null)
1872         {
1873           // todo open at its last position on screen
1874           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1875                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1876           chooser.validate();
1877         }
1878         fireEditingStopped();
1879       }
1880       else if (e.getSource() instanceof Component)
1881       {
1882
1883         /*
1884          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1885          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1886          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1887          */
1888         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1889         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1890         if (currentFilter == null)
1891         {
1892           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1893         }
1894         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1895                 .getData()[rowSelected];
1896         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1897         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1898         fireEditingStopped();
1899         me.table.validate();
1900       }
1901     }
1902
1903     @Override
1904     public Object getCellEditorValue()
1905     {
1906       return currentFilter;
1907     }
1908
1909     @Override
1910     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1911             boolean isSelected, int row, int column)
1912     {
1913       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1914       this.rowSelected = row;
1915       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1916       button.setOpaque(true);
1917       button.setBackground(me.getBackground());
1918       button.setText(currentFilter.toString());
1919       button.setIcon(null);
1920       return button;
1921     }
1922   }
1923 }
1924
1925 class FeatureIcon implements Icon
1926 {
1927   FeatureColourI gcol;
1928
1929   Color backg;
1930
1931   boolean midspace = false;
1932
1933   int width = 50, height = 20;
1934
1935   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1936
1937   Color mpcolour = Color.white;
1938
1939   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1940   {
1941     gcol = gfc;
1942     backg = bg;
1943     width = w;
1944     height = h;
1945     midspace = mspace;
1946     if (midspace)
1947     {
1948       s1 = width / 3;
1949       e1 = s1 * 2;
1950     }
1951     else
1952     {
1953       s1 = width / 2;
1954       e1 = s1;
1955     }
1956   }
1957
1958   @Override
1959   public int getIconWidth()
1960   {
1961     return width;
1962   }
1963
1964   @Override
1965   public int getIconHeight()
1966   {
1967     return height;
1968   }
1969
1970   @Override
1971   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1972   {
1973
1974     if (gcol.isColourByLabel())
1975     {
1976       g.setColor(backg);
1977       g.fillRect(0, 0, width, height);
1978       // need an icon here.
1979       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1980
1981       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1982
1983       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1984       // AffineTransform.getScaleInstance(
1985       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1986       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1987
1988       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1989
1990     }
1991     else
1992     {
1993       Color minCol = gcol.getMinColour();
1994       g.setColor(minCol);
1995       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1996       if (midspace)
1997       {
1998         g.setColor(Color.white);
1999         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2000       }
2001       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2002       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2003     }
2004   }
2005 }