src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcher;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  30 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.gui.JalviewColourChooser.ColourChooserListener;
  33 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  34 import jalview.io.JalviewFileView;
  35 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  36 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  37 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  38 import jalview.schemes.FeatureColour;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40 import jalview.util.Platform;
  41 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  42
  43 import java.awt.BorderLayout;
  44 import java.awt.Color;
  45 import java.awt.Component;
  46 import java.awt.Dimension;
  47 import java.awt.Font;
  48 import java.awt.Graphics;
  49 import java.awt.GridLayout;
  50 import java.awt.Point;
  51 import java.awt.Rectangle;
  52 import java.awt.event.ActionEvent;
  53 import java.awt.event.ActionListener;
  54 import java.awt.event.ItemEvent;
  55 import java.awt.event.ItemListener;
  56 import java.awt.event.MouseAdapter;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  59 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  60 import java.beans.PropertyChangeListener;
  61 import java.io.File;
  62 import java.io.FileInputStream;
  63 import java.io.FileOutputStream;
  64 import java.io.InputStreamReader;
  65 import java.io.OutputStreamWriter;
  66 import java.io.PrintWriter;
  67 import java.util.Arrays;
  68 import java.util.Comparator;
  69 import java.util.HashMap;
  70 import java.util.HashSet;
  71 import java.util.Hashtable;
  72 import java.util.Iterator;
  73 import java.util.List;
  74 import java.util.Map;
  75 import java.util.Set;
  76
  77 import javax.help.HelpSetException;
  78 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  79 import javax.swing.BorderFactory;
  80 import javax.swing.Icon;
  81 import javax.swing.JButton;
  82 import javax.swing.JCheckBox;
  83 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  84 import javax.swing.JColorChooser;
  85 import javax.swing.JDialog;
  86 import javax.swing.JInternalFrame;
  87 import javax.swing.JLabel;
  88 import javax.swing.JLayeredPane;
  89 import javax.swing.JMenuItem;
  90 import javax.swing.JPanel;
  91 import javax.swing.JPopupMenu;
  92 import javax.swing.JScrollPane;
  93 import javax.swing.JSlider;
  94 import javax.swing.JTable;
  95 import javax.swing.ListSelectionModel;
  96 import javax.swing.SwingConstants;
  97 import javax.swing.ToolTipManager;
  98 import javax.swing.border.Border;
  99 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 100 import javax.swing.event.ChangeListener;
 101 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 102 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 103 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 104 import javax.swing.table.TableColumn;
 105
 106 public class FeatureSettings extends JPanel
 107         implements FeatureSettingsControllerI
 108 {
 109   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 110           .getString("label.sequence_feature_colours");
 111
 112   /*
 113    * column indices of fields in Feature Settings table
 114    */
 115   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 116
 117   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 118
 119   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 120
 121   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 122
 123   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 124
 125   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 126
 127   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 128
 129   private final static String BASE_TOOLTIP = "Click to edit, right-click for menu";
 130
 131   final FeatureRenderer fr;
 132
 133   public final AlignFrame af;
 134
 135   /*
 136    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 137    */
 138   Object[][] originalData;
 139
 140   float originalTransparency;
 141
 142   Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 143
 144   final JInternalFrame frame;
 145
 146   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 147
 148   JTable table;
 149
 150   JPanel groupPanel;
 151
 152   JSlider transparency = new JSlider();
 153
 154   /*
 155    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 156    */
 157   protected volatile boolean inConstruction = true;
 158
 159   int selectedRow = -1;
 160
 161   JButton fetchDAS = new JButton();
 162
 163   JButton saveDAS = new JButton();
 164
 165   JButton cancelDAS = new JButton();
 166
 167   boolean resettingTable = false;
 168
 169   /*
 170    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 171    */
 172   boolean handlingUpdate = false;
 173
 174   /*
 175    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 176    */
 177   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 178
 179   /**
 180    * Constructor
 181    *
 182    * @param af
 183    */
 184   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 185   {
 186     this.af = alignFrame;
 187     fr = af.getFeatureRenderer();
 188
 189     // save transparency for restore on Cancel
 190     originalTransparency = fr.getTransparency();
 191     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 192     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 193
 194     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 195
 196     try
 197     {
 198       jbInit();
 199     } catch (Exception ex)
 200     {
 201       ex.printStackTrace();
 202     }
 203
 204     table = new JTable()
 205     {
 206       static final String tt = "Click to edit, right-click for menu"; // todo i18n
 207
 208       @Override
 209       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 210       {
 211         String tip = null;
 212         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 213         int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 214
 215         switch (column)
 216         {
 217         case TYPE_COLUMN:
 218           tip = JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 219                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 220           break;
 221         case COLOUR_COLUMN:
 222           FeatureColourI colour = (FeatureColourI) table.getValueAt(row,
 223                   column);
 224           tip = getColorTooltip(colour);
 225           break;
 226         case FILTER_COLUMN:
 227           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 228                   column);
 229           tip = o.isEmpty()
 230                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 231                   : o.toString();
 232           break;
 233         default:
 234           break;
 235         }
 236         return tip;
 237       }
 238
 239       /**
 240        * Position the tooltip near the bottom edge of, and half way across, the
 241        * current cell
 242        */
 243       @Override
 244       public Point getToolTipLocation(MouseEvent e)
 245       {
 246         Point point = e.getPoint();
 247         int column = table.columnAtPoint(point);
 248         int row = table.rowAtPoint(point);
 249         Rectangle r = getCellRect(row, column, false);
 250         Point loc = new Point(r.x + r.width / 2, r.y + r.height - 3);
 251         return loc;
 252       }
 253     };
 254     table.getTableHeader().setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 255     table.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12));
 256     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(table);
 257
 258     // table.setDefaultRenderer(Color.class, new ColorRenderer());
 259     // table.setDefaultEditor(Color.class, new ColorEditor(this));
 260     //
 261     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 262     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 263
 264     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 265     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 266
 267     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 268             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 269     table.addColumn(colourColumn);
 270
 271     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 272             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 273     table.addColumn(filterColumn);
 274
 275     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 276
 277     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 278     {
 279       @Override
 280       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 281       {
 282         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 283         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 284         if (evt.isPopupTrigger())
 285         {
 286           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 287           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 288                   evt.getY());
 289         }
 290         else if (evt.getClickCount() == 2)
 291         {
 292           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 293           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 294           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 295           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 296                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, type);
 297         }
 298       }
 299
 300       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 301       @Override
 302       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 303       {
 304         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 305         if (evt.isPopupTrigger())
 306         {
 307           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 308           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 309           popupSort(selectedRow, type, colour, fr.getMinMax(), evt.getX(),
 310                   evt.getY());
 311         }
 312       }
 313     });
 314
 315     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 316     {
 317       @Override
 318       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 319       {
 320         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 321         if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
 322         {
 323           /*
 324            * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
 325            * this could be more than one row away for a very fast drag action
 326            * so just swap it with adjacent rows until we get it there
 327            */
 328           Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 329                   .getData();
 330           int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
 331           for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
 332           {
 333             Object[] temp = data[i];
 334             data[i] = data[i + direction];
 335             data[i + direction] = temp;
 336           }
 337           updateFeatureRenderer(data);
 338           table.repaint();
 339           selectedRow = newRow;
 340         }
 341       }
 342     });
 343     // table.setToolTipText(JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 344     // MessageManager.getString("label.feature_settings_click_drag")));
 345     scrollPane.setViewportView(table);
 346
 347     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 348     {
 349       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 350     }
 351
 352     discoverAllFeatureData();
 353     final PropertyChangeListener change;
 354     final FeatureSettings fs = this;
 355     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 356     {
 357       @Override
 358       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 359       {
 360         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 361         {
 362           fs.handlingUpdate = true;
 363           fs.resetTable(null);
 364           // new groups may be added with new sequence feature types only
 365           fs.handlingUpdate = false;
 366         }
 367       }
 368
 369     });
 370
 371     frame = new JInternalFrame();
 372     frame.setContentPane(this);
 373     if (Platform.isAMac())
 374     {
 375       Desktop.addInternalFrame(frame,
 376               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 377               600, 480);
 378     }
 379     else
 380     {
 381       Desktop.addInternalFrame(frame,
 382               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 383               600, 450);
 384     }
 385     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 386
 387     frame.addInternalFrameListener(
 388             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 389             {
 390               @Override
 391               public void internalFrameClosed(
 392                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 393               {
 394                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 395               };
 396             });
 397     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 398     inConstruction = false;
 399   }
 400
 401   protected void popupSort(final int rowSelected, final String type,
 402           final Object typeCol, final Map<String, float[][]> minmax, int x,
 403           int y)
 404   {
 405     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 406
 407     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 408             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 409             { type }));
 410     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 411             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 412     men.add(scr);
 413     final FeatureSettings me = this;
 414     scr.addActionListener(new ActionListener()
 415     {
 416
 417       @Override
 418       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 419       {
 420         me.af.avc
 421                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 422                 { type }));
 423       }
 424
 425     });
 426     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 427             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 428     dens.addActionListener(new ActionListener()
 429     {
 430
 431       @Override
 432       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 433       {
 434         me.af.avc
 435                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 436                 { type }));
 437       }
 438
 439     });
 440     men.add(dens);
 441
 442     /*
 443      * variable colour options include colour by label, by score,
 444      * by selected attribute text, or attribute value
 445      */
 446     final JCheckBoxMenuItem variableColourCB = new JCheckBoxMenuItem(
 447             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 448     variableColourCB.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 449     men.add(variableColourCB);
 450
 451     /*
 452      * checkbox action listener doubles up as listener to OK
 453      * from the variable colour / filters dialog
 454      */
 455     variableColourCB.addActionListener(new ActionListener()
 456     {
 457       @Override
 458       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 459       {
 460         if (e.getSource() == variableColourCB)
 461         {
 462           if (featureColour.isSimpleColour())
 463           {
 464             /*
 465              * toggle simple colour to variable colour - show dialog
 466              */
 467             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 468             fc.addActionListener(this);
 469           }
 470           else
 471           {
 472             /*
 473              * toggle variable to simple colour - show colour chooser
 474              */
 475             String title = MessageManager.getString("label.select_colour");
 476             ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener()
 477             {
 478               @Override
 479               public void colourSelected(Color c)
 480               {
 481                 table.setValueAt(new FeatureColour(c), rowSelected,
 482                         COLOUR_COLUMN);
 483                 table.validate();
 484                 me.updateFeatureRenderer(
 485                         ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 486                         false);
 487               }
 488             };
 489             JalviewColourChooser.showColourChooser(me, title, featureColour.getMaxColour(), listener);
 490           }
 491         }
 492         else    {
 493           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 494           {
 495             /*
 496              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 497              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 498              */
 499             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 500             table.setValueAt(fci, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
 501             table.validate();
 502           }
 503         }
 504       }
 505
 506     });
 507
 508     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 509             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 510     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 511     {
 512       @Override
 513       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 514       {
 515         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 516                 false, type);
 517       }
 518     });
 519     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 520             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 521     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 522     {
 523       @Override
 524       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 525       {
 526         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 527                 false, type);
 528       }
 529     });
 530     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 531             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 532     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 533     {
 534       @Override
 535       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 536       {
 537         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 538       }
 539     });
 540     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 541             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 542     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 543     {
 544       @Override
 545       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 546       {
 547         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 548       }
 549     });
 550     men.add(selCols);
 551     men.add(clearCols);
 552     men.add(hideCols);
 553     men.add(hideOtherCols);
 554     men.show(table, x, y);
 555   }
 556
 557   @Override
 558   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 559   {
 560     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 561     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 562
 563     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 564     {
 565       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 566       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 567       {
 568         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 569         {
 570           allGroups.add(group);
 571           checkGroupState(group);
 572         }
 573       }
 574     }
 575
 576     resetTable(null);
 577
 578     validate();
 579   }
 580
 581   /**
 582    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 583    *
 584    * @param group
 585    * @return true if group is visible
 586    */
 587   private boolean checkGroupState(String group)
 588   {
 589     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 590
 591     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 592     {
 593       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 594       {
 595         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 596         return visible;
 597       }
 598     }
 599
 600     final String grp = group;
 601     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 602     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 603     check.setToolTipText(group);
 604     check.addItemListener(new ItemListener()
 605     {
 606       @Override
 607       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 608       {
 609         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 610         resetTable(new String[] { grp });
 611         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 612       }
 613     });
 614     groupPanel.add(check);
 615     return visible;
 616   }
 617
 618   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 619   {
 620     if (resettingTable)
 621     {
 622       return;
 623     }
 624     resettingTable = true;
 625     typeWidth = new Hashtable<>();
 626     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 627     // rather than float
 628
 629     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 630     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 631
 632     /*
 633      * determine which feature types may be visible depending on
 634      * which groups are selected, and recompute average width data
 635      */
 636     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 637     {
 638
 639       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 640
 641       /*
 642        * get the sequence's groups for positional features
 643        * and keep track of which groups are visible
 644        */
 645       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 646       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 647       for (String group : groups)
 648       {
 649         if (group == null || checkGroupState(group))
 650         {
 651           visibleGroups.add(group);
 652         }
 653       }
 654       foundGroups.addAll(groups);
 655
 656       /*
 657        * get distinct feature types for visible groups
 658        * record distinct visible types, and their count and total length
 659        */
 660       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 661               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 662       for (String type : types)
 663       {
 664         displayableTypes.add(type);
 665         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 666         if (avWidth == null)
 667         {
 668           avWidth = new float[2];
 669           typeWidth.put(type, avWidth);
 670         }
 671         // todo this could include features with a non-visible group
 672         // - do we greatly care?
 673         // todo should we include non-displayable features here, and only
 674         // update when features are added?
 675         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 676         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 677       }
 678     }
 679
 680     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 681     int dataIndex = 0;
 682
 683     if (fr.hasRenderOrder())
 684     {
 685       if (!handlingUpdate)
 686       {
 687         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 688         // colourschemes. but don't
 689         // affect display
 690         // First add the checks in the previous render order,
 691         // in case the window has been closed and reopened
 692       }
 693       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 694       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 695       {
 696         String type = frl.get(ro);
 697
 698         if (!displayableTypes.contains(type))
 699         {
 700           continue;
 701         }
 702
 703         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 704         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 705         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 706         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 707                 ? new FeatureMatcherSet()
 708                 : featureFilter;
 709         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 710                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 711         dataIndex++;
 712         displayableTypes.remove(type);
 713       }
 714     }
 715
 716     /*
 717      * process any extra features belonging only to
 718      * a group which was just selected
 719      */
 720     while (!displayableTypes.isEmpty())
 721     {
 722       String type = displayableTypes.iterator().next();
 723       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 724
 725       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 726       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 727       {
 728         // "Colour has been updated in another view!!"
 729         fr.clearRenderOrder();
 730         return;
 731       }
 732       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 733       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 734               ? new FeatureMatcherSet()
 735               : featureFilter;
 736       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 737       dataIndex++;
 738       displayableTypes.remove(type);
 739     }
 740
 741     if (originalData == null)
 742     {
 743       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 744       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 745       {
 746         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 747       }
 748     }
 749     else
 750     {
 751       updateOriginalData(data);
 752     }
 753
 754     table.setModel(new FeatureTableModel(data));
 755     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 756
 757     groupPanel.setLayout(
 758             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 759     pruneGroups(foundGroups);
 760     groupPanel.validate();
 761
 762     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 763     resettingTable = false;
 764   }
 765
 766   /**
 767    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 768    * have been made outwith this dialog
 769    * <ul>
 770    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 771    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 772    * </ul>
 773    *
 774    * @param foundData
 775    */
 776   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 777   {
 778     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 779
 780     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 781             .getData();
 782     for (Object[] row : foundData)
 783     {
 784       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 785       boolean found = false;
 786       for (Object[] current : currentData)
 787       {
 788         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 789         {
 790           found = true;
 791           /*
 792            * currently dependent on object equality here;
 793            * really need an equals method on FeatureColour
 794            */
 795           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 796           {
 797             /*
 798              * feature colour has changed externally - update originalData
 799              */
 800             for (Object[] original : originalData)
 801             {
 802               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 803               {
 804                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 805                 break;
 806               }
 807             }
 808           }
 809           break;
 810         }
 811       }
 812       if (!found)
 813       {
 814         /*
 815          * new feature detected - add to original data (on top)
 816          */
 817         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 818                 + 1][COLUMN_COUNT];
 819         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 820         {
 821           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 822                   COLUMN_COUNT);
 823         }
 824         newData[0] = row;
 825         originalData = newData;
 826       }
 827     }
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 832    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 833    * feature in that group is deleted.
 834    *
 835    * @param foundGroups
 836    */
 837   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 838   {
 839     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 840     {
 841       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 842       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 843       {
 844         groupPanel.remove(checkbox);
 845       }
 846     }
 847   }
 848
 849   /**
 850    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 851    *
 852    * @param data
 853    */
 854   private void ensureOrder(Object[][] data)
 855   {
 856     boolean sort = false;
 857     float[] order = new float[data.length];
 858     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 859     {
 860       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 861       if (order[i] < 0)
 862       {
 863         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 864       }
 865       if (i > 1)
 866       {
 867         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 868       }
 869     }
 870     if (sort)
 871     {
 872       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 873     }
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 878    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 879    */
 880   void load()
 881   {
 882     // TODO: JAL-3048 relies on Castor XML parsing: not needed for JS-jalview core
 883     // functionalty
 884
 885     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 886             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 887     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 888     chooser.setDialogTitle(
 889             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 890     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 891
 892     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 893
 894     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 895     {
 896       File file = chooser.getSelectedFile();
 897       load(file);
 898     }
 899   }
 900
 901   /**
 902    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 903    *
 904    * @param file
 905    */
 906   void load(File file)
 907   {
 908     try
 909     {
 910       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 911               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 912
 913       JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 914
 915       /*
 916        * load feature colours
 917        */
 918       for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 919       {
 920         jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 921         FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 922         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 923         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 924       }
 925
 926       /*
 927        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 928        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 929        */
 930       for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 931       {
 932         jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 933                 .getFilter(i);
 934         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 935         FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
 936                 filterModel.getMatcherSet());
 937         if (!filter.isEmpty())
 938         {
 939           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
 940         }
 941       }
 942
 943       /*
 944        * update feature settings table
 945        */
 946       if (table != null)
 947       {
 948         resetTable(null);
 949         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 950                 .getData();
 951         ensureOrder(data);
 952         updateFeatureRenderer(data, false);
 953         table.repaint();
 954       }
 955     } catch (Exception ex)
 956     {
 957       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
 958     }
 959   }
 960
 961   /**
 962    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
 963    * and any filters to the selected file in XML format
 964    */
 965   void save()
 966   {
 967     // TODO: JAL-3048 not needed for Jalview-JS - save colours
 968     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 969             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 970     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 971     chooser.setDialogTitle(
 972             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
 973     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
 974
 975     int value = chooser.showSaveDialog(this);
 976
 977     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 978     {
 979       save(chooser.getSelectedFile());
 980     }
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Saves feature colours and filters to the given file
 985    *
 986    * @param file
 987    */
 988   void save(File file)
 989   {
 990     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
 991     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
 992     try
 993     {
 994       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
 995               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
 996
 997       /*
 998        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
 999        * to 1 (lowest)
1000        */
1001       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1002       String[] sortedTypes = fr_colours
1003               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1004       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1005       {
1006         @Override
1007         public int compare(String type1, String type2)
1008         {
1009           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1010         }
1011       });
1012
1013       /*
1014        * save feature colours
1015        */
1016       for (String featureType : sortedTypes)
1017       {
1018         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1019         jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
1020                 featureType, fcol);
1021         ucs.addColour(col);
1022       }
1023
1024       /*
1025        * save any feature filters
1026        */
1027       for (String featureType : sortedTypes)
1028       {
1029         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1030         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1031         {
1032           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1033           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1034           MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1035                   filter.isAnded());
1036           Filter filterModel = new Filter();
1037           filterModel.setFeatureType(featureType);
1038           filterModel.setMatcherSet(ms);
1039           ucs.addFilter(filterModel);
1040         }
1041       }
1042
1043       ucs.marshal(out);
1044       out.close();
1045     } catch (Exception ex)
1046     {
1047       ex.printStackTrace();
1048     }
1049   }
1050
1051   public void invertSelection()
1052   {
1053     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1054     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1055     {
1056       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1057     }
1058     updateFeatureRenderer(data, true);
1059     table.repaint();
1060   }
1061
1062   public void orderByAvWidth()
1063   {
1064     if (table == null || table.getModel() == null)
1065     {
1066       return;
1067     }
1068     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1069     float[] width = new float[data.length];
1070     float[] awidth;
1071     float max = 0;
1072
1073     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1074     {
1075       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1076       if (awidth[0] > 0)
1077       {
1078         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1079         // weight - but have to make per
1080         // sequence, too (awidth[2])
1081         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1082       }
1083       else
1084       {
1085         width[i] = 0;
1086       }
1087       if (max < width[i])
1088       {
1089         max = width[i];
1090       }
1091     }
1092     boolean sort = false;
1093     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1094     {
1095       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1096       if (width[i] == 0)
1097       {
1098         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1099         if (width[i] < 0)
1100         {
1101           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1102                   i / data.length);
1103         }
1104       }
1105       else
1106       {
1107         width[i] /= max; // normalize
1108         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1109       }
1110       if (i > 0)
1111       {
1112         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1113       }
1114     }
1115     if (sort)
1116     {
1117       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1118       // update global priority order
1119     }
1120
1121     updateFeatureRenderer(data, false);
1122     table.repaint();
1123   }
1124
1125   public void close()
1126   {
1127     try
1128     {
1129       frame.setClosed(true);
1130     } catch (Exception exe)
1131     {
1132     }
1133
1134   }
1135
1136   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1137   {
1138     updateFeatureRenderer(data, true);
1139   }
1140
1141   /**
1142    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1143    * of visible features
1144    *
1145    * @param data
1146    * @param visibleNew
1147    */
1148   void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1149   {
1150     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1151
1152     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1153     {
1154       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1155     }
1156   }
1157
1158   /**
1159    * Converts table data into an array of data beans
1160    */
1161   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1162   {
1163     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1164     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1165     {
1166       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1167       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1168       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1169       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1170       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1171               isShown);
1172     }
1173     return rowData;
1174   }
1175
1176   private void jbInit() throws Exception
1177   {
1178     this.setLayout(new BorderLayout());
1179
1180     JPanel settingsPane = new JPanel();
1181     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1182
1183     JPanel bigPanel = new JPanel();
1184     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1185
1186     groupPanel = new JPanel();
1187     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1188
1189     JButton invert = new JButton(
1190             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1191     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1192     invert.addActionListener(new ActionListener()
1193     {
1194       @Override
1195       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1196       {
1197         invertSelection();
1198       }
1199     });
1200
1201     JButton optimizeOrder = new JButton(
1202             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1203     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1204     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1205     {
1206       @Override
1207       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1208       {
1209         orderByAvWidth();
1210       }
1211     });
1212
1213     JButton sortByScore = new JButton(
1214             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1215     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1216     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1217     {
1218       @Override
1219       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1220       {
1221         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1222       }
1223     });
1224     JButton sortByDens = new JButton(
1225             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1226     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1227     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1228     {
1229       @Override
1230       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1231       {
1232         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1233       }
1234     });
1235
1236     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1237     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1238     help.addActionListener(new ActionListener()
1239     {
1240       @Override
1241       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1242       {
1243         try
1244         {
1245           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1246         } catch (HelpSetException e1)
1247         {
1248           e1.printStackTrace();
1249         }
1250       }
1251     });
1252     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1253     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1254     help.addActionListener(new ActionListener()
1255     {
1256       @Override
1257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1258       {
1259         try
1260         {
1261           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1262         } catch (HelpSetException e1)
1263         {
1264           e1.printStackTrace();
1265         }
1266       }
1267     });
1268
1269     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1270     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1271     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1272     {
1273       @Override
1274       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1275       {
1276         fr.setTransparency(originalTransparency);
1277         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1278         updateFeatureRenderer(originalData);
1279         close();
1280       }
1281     });
1282
1283     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1284     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1285     ok.addActionListener(new ActionListener()
1286     {
1287       @Override
1288       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1289       {
1290         close();
1291       }
1292     });
1293
1294     JButton loadColours = new JButton(
1295             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1296     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1297     loadColours.setToolTipText(
1298             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1299     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1300     {
1301       @Override
1302       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1303       {
1304         load();
1305       }
1306     });
1307
1308     JButton saveColours = new JButton(
1309             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1310     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1311     saveColours.setToolTipText(
1312             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1313     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1314     {
1315       @Override
1316       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1317       {
1318         save();
1319       }
1320     });
1321     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1322     {
1323       @Override
1324       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1325       {
1326         if (!inConstruction)
1327         {
1328           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1329           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1330         }
1331       }
1332     });
1333
1334     transparency.setMaximum(70);
1335     transparency.setToolTipText(
1336             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1337
1338     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1339     bigPanel.add(transPanel, BorderLayout.SOUTH);
1340
1341     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1342     transbuttons.add(optimizeOrder);
1343     transbuttons.add(invert);
1344     transbuttons.add(sortByScore);
1345     transbuttons.add(sortByDens);
1346     transbuttons.add(help);
1347     transPanel.add(transparency);
1348     transPanel.add(transbuttons);
1349
1350     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1351     buttonPanel.add(ok);
1352     buttonPanel.add(cancel);
1353     buttonPanel.add(loadColours);
1354     buttonPanel.add(saveColours);
1355     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1356     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1357     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1358     this.add(settingsPane);
1359   }
1360
1361   /**
1362    * Answers a suitable tooltip to show on the colour cell of the table
1363    *
1364    * @param fcol
1365    * @return
1366    */
1367   public static String getColorTooltip(FeatureColourI fcol)
1368   {
1369     if (fcol == null)
1370     {
1371       return null;
1372     }
1373     if (fcol.isSimpleColour())
1374     {
1375       return BASE_TOOLTIP;
1376     }
1377     String description = fcol.getDescription();
1378     description = description.replaceAll("<", "&lt;");
1379     description = description.replaceAll(">", "&gt;");
1380     StringBuilder tt = new StringBuilder(description);
1381     tt.append("<br>").append(BASE_TOOLTIP).append("</br>");
1382     return JvSwingUtils.wrapTooltip(true, tt.toString());
1383   }
1384
1385   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1386           int w, int h)
1387   {
1388     boolean thr = false;
1389     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1390
1391     if (gcol.isColourByAttribute())
1392     {
1393       tx.append(FeatureMatcher
1394               .toAttributeDisplayName(gcol.getAttributeName()));
1395     }
1396     else if (!gcol.isColourByLabel())
1397     {
1398       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1399     }
1400     tx.append(" ");
1401     if (gcol.isAboveThreshold())
1402     {
1403       thr = true;
1404       tx.append(">");
1405     }
1406     if (gcol.isBelowThreshold())
1407     {
1408       thr = true;
1409       tx.append("<");
1410     }
1411     if (gcol.isColourByLabel())
1412     {
1413       if (thr)
1414       {
1415         tx.append(" ");
1416       }
1417       if (!gcol.isColourByAttribute())
1418       {
1419         tx.append("Label");
1420       }
1421       comp.setIcon(null);
1422     }
1423     else
1424     {
1425       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1426       comp.setBackground(newColor);
1427       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1428       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1429       comp.setIcon(ficon);
1430       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1431       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1432       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1433       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1434     }
1435     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1436     comp.setText(tx.toString());
1437   }
1438
1439   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1440   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1441   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1442   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1443   {
1444     private String[] columnNames = {
1445         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1446         MessageManager.getString("action.colour"),
1447         MessageManager.getString("label.filter"),
1448         MessageManager.getString("label.show") };
1449
1450     private Object[][] data;
1451
1452     FeatureTableModel(Object[][] data)
1453     {
1454       this.data = data;
1455     }
1456
1457     public Object[][] getData()
1458     {
1459       return data;
1460     }
1461
1462     public void setData(Object[][] data)
1463     {
1464       this.data = data;
1465     }
1466
1467     @Override
1468     public int getColumnCount()
1469     {
1470       return columnNames.length;
1471     }
1472
1473     public Object[] getRow(int row)
1474     {
1475       return data[row];
1476     }
1477
1478     @Override
1479     public int getRowCount()
1480     {
1481       return data.length;
1482     }
1483
1484     @Override
1485     public String getColumnName(int col)
1486     {
1487       return columnNames[col];
1488     }
1489
1490     @Override
1491     public Object getValueAt(int row, int col)
1492     {
1493       return data[row][col];
1494     }
1495
1496     /**
1497      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1498      */
1499     @Override
1500     public Class<?> getColumnClass(int c)
1501     {
1502       Object v = getValueAt(0, c);
1503       return v == null ? null : v.getClass();
1504     }
1505
1506     @Override
1507     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1508     {
1509       return col == 0 ? false : true;
1510     }
1511
1512     @Override
1513     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1514     {
1515       data[row][col] = value;
1516       fireTableCellUpdated(row, col);
1517       updateFeatureRenderer(data);
1518     }
1519
1520   }
1521
1522   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1523   {
1524     Border unselectedBorder = null;
1525
1526     Border selectedBorder = null;
1527
1528     public ColorRenderer()
1529     {
1530       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1531       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1532       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1533     }
1534
1535     @Override
1536     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1537             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1538     {
1539       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1540       setOpaque(true);
1541       setBackground(tbl.getBackground());
1542       if (!cellColour.isSimpleColour())
1543       {
1544         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1545         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1546                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1547       }
1548       else
1549       {
1550         this.setText("");
1551         this.setIcon(null);
1552         setBackground(cellColour.getColour());
1553       }
1554       if (isSelected)
1555       {
1556         if (selectedBorder == null)
1557         {
1558           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1559                   tbl.getSelectionBackground());
1560         }
1561         setBorder(selectedBorder);
1562       }
1563       else
1564       {
1565         if (unselectedBorder == null)
1566         {
1567           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1568                   tbl.getBackground());
1569         }
1570         setBorder(unselectedBorder);
1571       }
1572
1573       return this;
1574     }
1575   }
1576
1577   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1578   {
1579     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1580
1581     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1582
1583     public FilterRenderer()
1584     {
1585       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1586       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1587       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1588     }
1589
1590     @Override
1591     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1592             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1593             int column)
1594     {
1595       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1596       setOpaque(true);
1597       String asText = theFilter.toString();
1598       setBackground(tbl.getBackground());
1599       this.setText(asText);
1600       this.setIcon(null);
1601
1602       if (isSelected)
1603       {
1604         if (selectedBorder == null)
1605         {
1606           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1607                   tbl.getSelectionBackground());
1608         }
1609         setBorder(selectedBorder);
1610       }
1611       else
1612       {
1613         if (unselectedBorder == null)
1614         {
1615           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1616                   tbl.getBackground());
1617         }
1618         setBorder(unselectedBorder);
1619       }
1620
1621       return this;
1622     }
1623   }
1624
1625   /**
1626    * update comp using rendering settings from gcol
1627    *
1628    * @param comp
1629    * @param gcol
1630    */
1631   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1632   {
1633     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1634     if (w < 20)
1635     {
1636       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1637       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1638       if (w < 20)
1639       {
1640         w = 80;
1641         h = 12;
1642       }
1643     }
1644     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1645   }
1646
1647   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
1648           implements TableCellEditor, ActionListener
1649   {
1650     FeatureSettings me;
1651
1652     FeatureColourI currentColor;
1653
1654     FeatureTypeSettings chooser;
1655
1656     String type;
1657
1658     JButton button;
1659
1660     protected static final String EDIT = "edit";
1661
1662     int rowSelected = 0;
1663
1664     public ColorEditor(FeatureSettings fs)
1665     {
1666       this.me = fs;
1667       // Set up the editor (from the table's point of view),
1668       // which is a button.
1669       // This button brings up the color chooser dialog,
1670       // which is the editor from the user's point of view.
1671       button = new JButton();
1672       button.setActionCommand(EDIT);
1673       button.addActionListener(this);
1674       button.setBorderPainted(false);
1675     }
1676
1677     /**
1678      * Handles events from the editor button, and from the colour/filters
1679      * dialog's OK button
1680      */
1681     @Override
1682     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1683     {
1684       if (button == e.getSource())
1685       {
1686         if (currentColor.isSimpleColour())
1687         {
1688           /*
1689            * simple colour chooser
1690            */
1691           String ttl = MessageManager.getString("label.select_colour");
1692           ColourChooserListener listener = new ColourChooserListener() {
1693             @Override
1694             public void colourSelected(Color c)
1695             {
1696               currentColor = new FeatureColour(c);
1697               me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
1698             }
1699           };
1700           JalviewColourChooser.showColourChooser(button,  ttl,  currentColor.getColour(), listener);
1701         }
1702         else
1703         {
1704           /*
1705            * variable colour and filters dialog
1706            */
1707           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1708           /**
1709            * @j2sNative
1710            */
1711           {
1712             chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1713             chooser.requestFocus();
1714           }
1715           chooser.addActionListener(this);
1716           // Make the renderer reappear.
1717           fireEditingStopped();
1718         }
1719       }
1720       else
1721       {
1722         /*
1723          * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
1724          * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
1725          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1726          */
1727         currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1728         FeatureMatcherSetI currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1729         if (currentFilter == null)
1730         {
1731           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1732         }
1733         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1734                 .getData()[rowSelected];
1735         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1736         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1737
1738         fireEditingStopped();
1739         me.table.validate();
1740       }
1741     }
1742
1743     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
1744     @Override
1745     public Object getCellEditorValue()
1746     {
1747       return currentColor;
1748     }
1749
1750     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
1751     @Override
1752     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1753             boolean isSelected, int row, int column)
1754     {
1755       currentColor = (FeatureColourI) value;
1756       this.rowSelected = row;
1757       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1758       button.setOpaque(true);
1759       button.setBackground(me.getBackground());
1760       if (!currentColor.isSimpleColour())
1761       {
1762         JLabel btn = new JLabel();
1763         btn.setSize(button.getSize());
1764         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
1765         button.setBackground(btn.getBackground());
1766         button.setIcon(btn.getIcon());
1767         button.setText(btn.getText());
1768       }
1769       else
1770       {
1771         button.setText("");
1772         button.setIcon(null);
1773         button.setBackground(currentColor.getColour());
1774       }
1775       return button;
1776     }
1777   }
1778
1779   /**
1780    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
1781    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
1782    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
1783    * dialog at the Filters tab.
1784    */
1785   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
1786           implements TableCellEditor, ActionListener
1787   {
1788     FeatureSettings me;
1789
1790     FeatureMatcherSetI currentFilter;
1791
1792     Point lastLocation;
1793
1794     String type;
1795
1796     JButton button;
1797
1798     protected static final String EDIT = "edit";
1799
1800     int rowSelected = 0;
1801
1802     public FilterEditor(FeatureSettings me)
1803     {
1804       this.me = me;
1805       button = new JButton();
1806       button.setActionCommand(EDIT);
1807       button.addActionListener(this);
1808       button.setBorderPainted(false);
1809     }
1810
1811     /**
1812      * Handles events from the editor button
1813      */
1814     @Override
1815     public void actionPerformed(ActionEvent e)
1816     {
1817       if (button == e.getSource())
1818       {
1819         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
1820         chooser.addActionListener(this);
1821         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
1822         chooser.requestFocus();
1823         if (lastLocation != null)
1824         {
1825           // todo open at its last position on screen
1826           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
1827                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
1828           chooser.validate();
1829         }
1830         fireEditingStopped();
1831       }
1832       else if (e.getSource() instanceof Component)
1833       {
1834
1835         /*
1836          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
1837          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
1838          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
1839          */
1840         FeatureColourI currentColor = fr.getFeatureColours().get(type);
1841         currentFilter = me.fr.getFeatureFilter(type);
1842         if (currentFilter == null)
1843         {
1844           currentFilter = new FeatureMatcherSet();
1845         }
1846         Object[] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1847                 .getData()[rowSelected];
1848         data[COLOUR_COLUMN] = currentColor;
1849         data[FILTER_COLUMN] = currentFilter;
1850         fireEditingStopped();
1851         me.table.validate();
1852       }
1853     }
1854
1855     @Override
1856     public Object getCellEditorValue()
1857     {
1858       return currentFilter;
1859     }
1860
1861     @Override
1862     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
1863             boolean isSelected, int row, int column)
1864     {
1865       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
1866       this.rowSelected = row;
1867       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
1868       button.setOpaque(true);
1869       button.setBackground(me.getBackground());
1870       button.setText(currentFilter.toString());
1871       button.setIcon(null);
1872       return button;
1873     }
1874   }
1875 }
1876
1877 class FeatureIcon implements Icon
1878 {
1879   FeatureColourI gcol;
1880
1881   Color backg;
1882
1883   boolean midspace = false;
1884
1885   int width = 50, height = 20;
1886
1887   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
1888
1889   Color mpcolour = Color.white;
1890
1891   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
1892   {
1893     gcol = gfc;
1894     backg = bg;
1895     width = w;
1896     height = h;
1897     midspace = mspace;
1898     if (midspace)
1899     {
1900       s1 = width / 3;
1901       e1 = s1 * 2;
1902     }
1903     else
1904     {
1905       s1 = width / 2;
1906       e1 = s1;
1907     }
1908   }
1909
1910   @Override
1911   public int getIconWidth()
1912   {
1913     return width;
1914   }
1915
1916   @Override
1917   public int getIconHeight()
1918   {
1919     return height;
1920   }
1921
1922   @Override
1923   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
1924   {
1925
1926     if (gcol.isColourByLabel())
1927     {
1928       g.setColor(backg);
1929       g.fillRect(0, 0, width, height);
1930       // need an icon here.
1931       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1932
1933       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9));
1934
1935       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
1936       // AffineTransform.getScaleInstance(
1937       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
1938       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
1939
1940       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
1941
1942     }
1943     else
1944     {
1945       Color minCol = gcol.getMinColour();
1946       g.setColor(minCol);
1947       g.fillRect(0, 0, s1, height);
1948       if (midspace)
1949       {
1950         g.setColor(Color.white);
1951         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
1952       }
1953       g.setColor(gcol.getMaxColour());
1954       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
1955     }
1956   }
1957 }