src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  30 import jalview.datamodel.ontology.OntologyI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  35 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  36 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  37 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  38 import jalview.schemes.FeatureColour;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40 import jalview.util.Platform;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  43 import jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher;
  44 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.Graphics;
  52 import java.awt.GridLayout;
  53 import java.awt.Point;
  54 import java.awt.Rectangle;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.awt.event.MouseAdapter;
  60 import java.awt.event.MouseEvent;
  61 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  62 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  63 import java.beans.PropertyChangeListener;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileInputStream;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.io.InputStreamReader;
  68 import java.io.OutputStreamWriter;
  69 import java.io.PrintWriter;
  70 import java.util.ArrayList;
  71 import java.util.Arrays;
  72 import java.util.Comparator;
  73 import java.util.HashMap;
  74 import java.util.HashSet;
  75 import java.util.Hashtable;
  76 import java.util.Iterator;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Map;
  79 import java.util.Set;
  80 import java.util.Vector;
  81
  82 import javax.help.HelpSetException;
  83 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  84 import javax.swing.BorderFactory;
  85 import javax.swing.Icon;
  86 import javax.swing.JButton;
  87 import javax.swing.JCheckBox;
  88 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  89 import javax.swing.JColorChooser;
  90 import javax.swing.JDialog;
  91 import javax.swing.JInternalFrame;
  92 import javax.swing.JLabel;
  93 import javax.swing.JLayeredPane;
  94 import javax.swing.JMenuItem;
  95 import javax.swing.JPanel;
  96 import javax.swing.JPopupMenu;
  97 import javax.swing.JScrollPane;
  98 import javax.swing.JSlider;
  99 import javax.swing.JTable;
 100 import javax.swing.ListSelectionModel;
 101 import javax.swing.RowFilter;
 102 import javax.swing.SwingConstants;
 103 import javax.swing.SwingUtilities;
 104 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 105 import javax.swing.event.ChangeListener;
 106 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 107 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 108 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 109 import javax.swing.table.TableColumn;
 110 import javax.swing.table.TableRowSorter;
 111
 112 public class FeatureSettings extends JPanel
 113         implements FeatureSettingsControllerI
 114 {
 115   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12);
 116
 117   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 118           .getString("label.sequence_feature_colours");
 119
 120   /*
 121    * column indices of fields in Feature Settings table
 122    */
 123   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 124
 125   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 126
 127   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 128
 129   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 130
 131   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 132
 133   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 134
 135   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 136
 137   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 138
 139   DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 140
 141   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 142
 143   final FeatureRenderer fr;
 144
 145   public final AlignFrame af;
 146
 147   /*
 148    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 149    */
 150   Object[][] originalData;
 151
 152   private float originalTransparency;
 153
 154   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 155
 156   final JInternalFrame frame;
 157
 158   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 159
 160   JTable table;
 161
 162   JPanel groupPanel;
 163
 164   JSlider transparency = new JSlider();
 165
 166   /*
 167    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 168    */
 169   protected volatile boolean inConstruction = true;
 170
 171   int selectedRow = -1;
 172
 173   JButton fetchDAS = new JButton();
 174
 175   JButton saveDAS = new JButton();
 176
 177   JButton cancelDAS = new JButton();
 178
 179   boolean resettingTable = false;
 180
 181   /*
 182    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 183    */
 184   private boolean handlingUpdate = false;
 185
 186   /*
 187    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 188    */
 189   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 190
 191   /*
 192    * if true, 'child' feature types are not displayed
 193    */
 194   JCheckBox summaryView;
 195
 196   /*
 197    * those feature types that do not have a parent feature type present
 198    * (as determined by an Ontology relationship)
 199    */
 200   List<String> topLevelTypes;
 201
 202   /**
 203    * Constructor
 204    *
 205    * @param af
 206    */
 207   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 208   {
 209     this.af = alignFrame;
 210     fr = af.getFeatureRenderer();
 211
 212     // save transparency for restore on Cancel
 213     originalTransparency = fr.getTransparency();
 214     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 215     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 216
 217     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 218
 219     topLevelTypes = new ArrayList<>();
 220
 221     try
 222     {
 223       jbInit();
 224     } catch (Exception ex)
 225     {
 226       ex.printStackTrace();
 227     }
 228
 229     initTable();
 230
 231     scrollPane.setViewportView(table);
 232
 233     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 234     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 235
 236     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 237     {
 238       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 239     }
 240
 241     discoverAllFeatureData();
 242     final PropertyChangeListener change;
 243     final FeatureSettings fs = this;
 244     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 245     {
 246       @Override
 247       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 248       {
 249         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 250         {
 251           fs.handlingUpdate = true;
 252           fs.resetTable(null);
 253           // new groups may be added with new sequence feature types only
 254           fs.handlingUpdate = false;
 255         }
 256       }
 257     });
 258
 259     frame = new JInternalFrame();
 260     frame.setContentPane(this);
 261     if (Platform.isAMac())
 262     {
 263       Desktop.addInternalFrame(frame,
 264               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 265               600, 480);
 266     }
 267     else
 268     {
 269       Desktop.addInternalFrame(frame,
 270               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 271               600, 450);
 272     }
 273     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 274
 275     frame.addInternalFrameListener(
 276             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 277             {
 278               @Override
 279               public void internalFrameClosed(
 280                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 281               {
 282                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 283                 dassourceBrowser.fs = null;
 284               };
 285             });
 286     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 287     inConstruction = false;
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Constructs and configures the JTable which displays columns of data for
 292    * each feature type
 293    */
 294   protected void initTable()
 295   {
 296     table = new JTable()
 297     {
 298       @Override
 299       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 300       {
 301         String tip = null;
 302         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 303         switch (column)
 304         {
 305         case TYPE_COLUMN:
 306           /*
 307            * drag to reorder not enabled in Summary View
 308            */
 309           tip = summaryView.isSelected()
 310                   ? MessageManager.getString(
 311                           "label.feature_settings_select_columns")
 312                   : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 313                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 314           break;
 315         case FILTER_COLUMN:
 316           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 317           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 318                   column);
 319           tip = o.isEmpty()
 320                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 321                   : o.toString();
 322           break;
 323         default:
 324           break;
 325         }
 326         return tip;
 327       }
 328     };
 329     table.getTableHeader().setFont(VERDANA_12);
 330     table.setFont(VERDANA_12);
 331
 332     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 333     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 334
 335     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 336     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 337
 338     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 339             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 340     table.addColumn(colourColumn);
 341
 342     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 343             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 344     table.addColumn(filterColumn);
 345
 346     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 347
 348     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 352       {
 353         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 354         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 355         if (evt.isPopupTrigger())
 356         {
 357           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 358           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 359         }
 360         else if (evt.getClickCount() == 2)
 361         {
 362           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 363           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 364           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 365           String[] terms = getTermsInScope(type);
 366           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 367                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, terms);
 368         }
 369       }
 370
 371       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 372       @Override
 373       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 374       {
 375         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 376         if (evt.isPopupTrigger())
 377         {
 378           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 379           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 380           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 381         }
 382       }
 383     });
 384
 385     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 386     {
 387       @Override
 388       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 389       {
 390         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 391         dragRow(newRow);
 392       }
 393     });
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Answers an array consisting of the given type, and also (if 'Summary View'
 398    * is selected), any child terms in the sequence ontology
 399    *
 400    * @param type
 401    * @return
 402    */
 403   protected String[] getTermsInScope(String type)
 404   {
 405     if (!summaryView.isSelected())
 406     {
 407       return new String[] { type };
 408     }
 409
 410     List<String> terms = new ArrayList<>();
 411     terms.add(type);
 412
 413     OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
 414
 415     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 416     for (Object[] row : data)
 417     {
 418       String type2 = (String) row[TYPE_COLUMN];
 419       if (!type2.equals(type) && so.isA(type2, type))
 420       {
 421         terms.add(type2);
 422       }
 423     }
 424     return terms.toArray(new String[terms.size()]);
 425   }
 426
 427   protected void popupMenu(final int rowSelected, final String type,
 428           final Object typeCol, int x, int y)
 429   {
 430     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 431
 432     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 433             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 434             { type }));
 435     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 436             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 437     men.add(scr);
 438     final FeatureSettings me = this;
 439     scr.addActionListener(new ActionListener()
 440     {
 441
 442       @Override
 443       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 444       {
 445         me.af.avc
 446                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 447                 { type }));
 448       }
 449
 450     });
 451     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 452             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 453     dens.addActionListener(new ActionListener()
 454     {
 455
 456       @Override
 457       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 458       {
 459         me.af.avc
 460                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 461                 { type }));
 462       }
 463
 464     });
 465     men.add(dens);
 466
 467     /*
 468      * variable colour options include colour by label, by score,
 469      * by selected attribute text, or attribute value
 470      */
 471     final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 472             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 473     mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 474     men.add(mxcol);
 475     mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 476     {
 477       JColorChooser colorChooser;
 478
 479       @Override
 480       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 481       {
 482         if (e.getSource() == mxcol)
 483         {
 484           if (featureColour.isSimpleColour())
 485           {
 486             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 487             fc.addActionListener(this);
 488           }
 489           else
 490           {
 491             // bring up simple color chooser
 492             colorChooser = new JColorChooser();
 493             String title = MessageManager
 494                     .getString("label.select_colour");
 495             JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 496                     title, true, // modal
 497                     colorChooser, this, // OK button handler
 498                     null); // no CANCEL button handler
 499             colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 500             dialog.setVisible(true);
 501           }
 502         }
 503         else
 504         {
 505           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 506           {
 507             /*
 508              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 509              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 510              */
 511             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 512             table.setValueAt(fci, rowSelected, 1);
 513             table.validate();
 514           }
 515           else
 516           {
 517             // probably the color chooser!
 518             table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 519                     rowSelected, 1);
 520             table.validate();
 521             me.updateFeatureRenderer(
 522                     ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 523                     false);
 524           }
 525         }
 526       }
 527     });
 528
 529     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 530             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 531     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 532     {
 533       @Override
 534       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 535       {
 536         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 537                 false, type);
 538       }
 539     });
 540     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 541             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 542     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 543     {
 544       @Override
 545       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 546       {
 547         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 548                 false, type);
 549       }
 550     });
 551     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 552             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 553     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 554     {
 555       @Override
 556       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 557       {
 558         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, true);
 559       }
 560     });
 561     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 562             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 563     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 564     {
 565       @Override
 566       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 567       {
 568         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(type, false);
 569       }
 570     });
 571     men.add(selCols);
 572     men.add(clearCols);
 573     men.add(hideCols);
 574     men.add(hideOtherCols);
 575     men.show(table, x, y);
 576   }
 577
 578   @Override
 579   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 580   {
 581     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 582     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 583
 584     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 585     {
 586       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 587       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 588       {
 589         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 590         {
 591           allGroups.add(group);
 592           checkGroupState(group);
 593         }
 594       }
 595     }
 596
 597     resetTable(null);
 598
 599     validate();
 600   }
 601
 602   /**
 603    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 604    *
 605    * @param group
 606    * @return true if group is visible
 607    */
 608   private boolean checkGroupState(String group)
 609   {
 610     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 611
 612     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 613     {
 614       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 615       {
 616         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 617         return visible;
 618       }
 619     }
 620
 621     final String grp = group;
 622     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 623     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 624     check.setToolTipText(group);
 625     check.addItemListener(new ItemListener()
 626     {
 627       @Override
 628       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 629       {
 630         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 631         resetTable(new String[] { grp });
 632         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 633       }
 634     });
 635     groupPanel.add(check);
 636     return visible;
 637   }
 638
 639   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 640   {
 641     if (resettingTable)
 642     {
 643       return;
 644     }
 645     resettingTable = true;
 646     typeWidth = new Hashtable<>();
 647     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 648     // rather than float
 649
 650     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 651     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 652
 653     /*
 654      * determine which feature types may be visible depending on
 655      * which groups are selected, and recompute average width data
 656      */
 657     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 658     {
 659
 660       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 661
 662       /*
 663        * get the sequence's groups for positional features
 664        * and keep track of which groups are visible
 665        */
 666       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 667       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 668       for (String group : groups)
 669       {
 670         if (group == null || checkGroupState(group))
 671         {
 672           visibleGroups.add(group);
 673         }
 674       }
 675       foundGroups.addAll(groups);
 676
 677       /*
 678        * get distinct feature types for visible groups
 679        * record distinct visible types, and their count and total length
 680        */
 681       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 682               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 683
 684       for (String type : types)
 685       {
 686         displayableTypes.add(type);
 687         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 688         if (avWidth == null)
 689         {
 690           avWidth = new float[2];
 691           typeWidth.put(type, avWidth);
 692         }
 693         // todo this could include features with a non-visible group
 694         // - do we greatly care?
 695         // todo should we include non-displayable features here, and only
 696         // update when features are added?
 697         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 698         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 699       }
 700     }
 701
 702     /*
 703      * enable 'Summary View' if some types are sub-types of others
 704      */
 705     Set<String> parents = SequenceOntologyFactory.getInstance()
 706             .getParentTerms(displayableTypes);
 707     summaryView.setEnabled(parents.size() < displayableTypes.size());
 708
 709     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 710     int dataIndex = 0;
 711
 712     if (fr.hasRenderOrder())
 713     {
 714       if (!handlingUpdate)
 715       {
 716         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 717         // colourschemes. but don't
 718         // affect display
 719         // First add the checks in the previous render order,
 720         // in case the window has been closed and reopened
 721       }
 722       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 723       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 724       {
 725         String type = frl.get(ro);
 726
 727         if (!displayableTypes.contains(type))
 728         {
 729           continue;
 730         }
 731         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 732         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 733         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 734         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 735                 ? new FeatureMatcherSet()
 736                 : featureFilter;
 737         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 738                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 739         dataIndex++;
 740         displayableTypes.remove(type);
 741       }
 742     }
 743
 744     /*
 745      * process any extra features belonging only to
 746      * a group which was just selected
 747      */
 748     while (!displayableTypes.isEmpty())
 749     {
 750       String type = displayableTypes.iterator().next();
 751       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 752
 753       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 754       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 755       {
 756         // "Colour has been updated in another view!!"
 757         fr.clearRenderOrder();
 758         return;
 759       }
 760       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 761       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 762               ? new FeatureMatcherSet()
 763               : featureFilter;
 764       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 765       dataIndex++;
 766       displayableTypes.remove(type);
 767     }
 768
 769     if (originalData == null)
 770     {
 771       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 772       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 773       {
 774         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 775       }
 776     }
 777     else
 778     {
 779       updateOriginalData(data);
 780     }
 781
 782     /*
 783      * recreate the table model
 784      */
 785     FeatureTableModel dataModel = new FeatureTableModel(data);
 786     table.setModel(dataModel);
 787
 788     /*
 789      * we want to be able to filter out rows for sub-types, but not to sort
 790      * rows, so have to add a RowFilter to a disabled TableRowSorter (!)
 791      */
 792     final TableRowSorter<FeatureTableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 793             dataModel);
 794     for (int i = 0; i < table.getColumnCount(); i++)
 795     {
 796       sorter.setSortable(i, false);
 797     }
 798
 799     /*
 800      * filter rows to only top-level Ontology types if requested
 801      */
 802     sorter.setRowFilter(new RowFilter<FeatureTableModel, Integer>()
 803     {
 804       @Override
 805       public boolean include(
 806               Entry<? extends FeatureTableModel, ? extends Integer> entry)
 807       {
 808         if (!summaryView.isSelected())
 809         {
 810           return true;
 811         }
 812         int row = entry.getIdentifier(); // this is model, not view, row number
 813         String featureType = (String) entry.getModel().getData()[row][TYPE_COLUMN];
 814         return parents.contains(featureType);
 815       }
 816     });
 817     table.setRowSorter(sorter);
 818
 819     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 820
 821     groupPanel.setLayout(
 822             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 823     pruneGroups(foundGroups);
 824     groupPanel.validate();
 825
 826     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 827     resettingTable = false;
 828   }
 829
 830   /**
 831    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 832    * have been made outwith this dialog
 833    * <ul>
 834    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 835    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 836    * </ul>
 837    *
 838    * @param foundData
 839    */
 840   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 841   {
 842     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 843
 844     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 845             .getData();
 846     for (Object[] row : foundData)
 847     {
 848       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 849       boolean found = false;
 850       for (Object[] current : currentData)
 851       {
 852         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 853         {
 854           found = true;
 855           /*
 856            * currently dependent on object equality here;
 857            * really need an equals method on FeatureColour
 858            */
 859           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 860           {
 861             /*
 862              * feature colour has changed externally - update originalData
 863              */
 864             for (Object[] original : originalData)
 865             {
 866               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 867               {
 868                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 869                 break;
 870               }
 871             }
 872           }
 873           break;
 874         }
 875       }
 876       if (!found)
 877       {
 878         /*
 879          * new feature detected - add to original data (on top)
 880          */
 881         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 882                 + 1][COLUMN_COUNT];
 883         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 884         {
 885           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 886                   COLUMN_COUNT);
 887         }
 888         newData[0] = row;
 889         originalData = newData;
 890       }
 891     }
 892   }
 893
 894   /**
 895    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 896    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 897    * feature in that group is deleted.
 898    *
 899    * @param foundGroups
 900    */
 901   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 902   {
 903     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 904     {
 905       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 906       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 907       {
 908         groupPanel.remove(checkbox);
 909       }
 910     }
 911   }
 912
 913   /**
 914    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 915    *
 916    * @param data
 917    */
 918   private void ensureOrder(Object[][] data)
 919   {
 920     boolean sort = false;
 921     float[] order = new float[data.length];
 922     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 923     {
 924       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 925       if (order[i] < 0)
 926       {
 927         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 928       }
 929       if (i > 1)
 930       {
 931         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 932       }
 933     }
 934     if (sort)
 935     {
 936       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 937     }
 938   }
 939
 940   /**
 941    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 942    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 943    */
 944   void load()
 945   {
 946     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 947             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 948     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 949     chooser.setDialogTitle(
 950             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 951     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 952
 953     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 954
 955     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 956     {
 957       File file = chooser.getSelectedFile();
 958       load(file);
 959     }
 960   }
 961
 962   /**
 963    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 964    *
 965    * @param file
 966    */
 967   void load(File file)
 968   {
 969     try
 970     {
 971       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 972               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 973
 974       JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 975
 976       /*
 977        * load feature colours
 978        */
 979       for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 980       {
 981         jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 982         FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 983         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 984         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 985       }
 986
 987       /*
 988        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 989        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 990        */
 991       for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 992       {
 993         jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 994                 .getFilter(i);
 995         String featureType = filterModel.getFeatureType();
 996         FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
 997                 filterModel.getMatcherSet());
 998         if (!filter.isEmpty())
 999         {
1000           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1001         }
1002       }
1003
1004       /*
1005        * update feature settings table
1006        */
1007       if (table != null)
1008       {
1009         resetTable(null);
1010         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1011                 .getData();
1012         ensureOrder(data);
1013         updateFeatureRenderer(data, false);
1014         table.repaint();
1015       }
1016     } catch (Exception ex)
1017     {
1018       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
1019     }
1020   }
1021
1022   /**
1023    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1024    * and any filters to the selected file in XML format
1025    */
1026   void save()
1027   {
1028     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1029             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1030     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1031     chooser.setDialogTitle(
1032             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1033     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1034
1035     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1036
1037     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1038     {
1039       save(chooser.getSelectedFile());
1040     }
1041   }
1042
1043   /**
1044    * Saves feature colours and filters to the given file
1045    *
1046    * @param file
1047    */
1048   void save(File file)
1049   {
1050     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1051     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1052     try
1053     {
1054       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1055               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1056
1057       /*
1058        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1059        * to 1 (lowest)
1060        */
1061       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1062       String[] sortedTypes = fr_colours
1063               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1064       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1065       {
1066         @Override
1067         public int compare(String type1, String type2)
1068         {
1069           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1070         }
1071       });
1072
1073       /*
1074        * save feature colours
1075        */
1076       for (String featureType : sortedTypes)
1077       {
1078         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1079         jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
1080                 featureType, fcol);
1081         ucs.addColour(col);
1082       }
1083
1084       /*
1085        * save any feature filters
1086        */
1087       for (String featureType : sortedTypes)
1088       {
1089         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1090         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1091         {
1092           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1093           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1094           MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1095                   filter.isAnded());
1096           Filter filterModel = new Filter();
1097           filterModel.setFeatureType(featureType);
1098           filterModel.setMatcherSet(ms);
1099           ucs.addFilter(filterModel);
1100         }
1101       }
1102
1103       ucs.marshal(out);
1104       out.close();
1105     } catch (Exception ex)
1106     {
1107       ex.printStackTrace();
1108     }
1109   }
1110
1111   public void invertSelection()
1112   {
1113     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1114     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1115     {
1116       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1117     }
1118     updateFeatureRenderer(data, true);
1119     table.repaint();
1120   }
1121
1122   public void orderByAvWidth()
1123   {
1124     if (table == null || table.getModel() == null)
1125     {
1126       return;
1127     }
1128     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1129     float[] width = new float[data.length];
1130     float[] awidth;
1131     float max = 0;
1132
1133     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1134     {
1135       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1136       if (awidth[0] > 0)
1137       {
1138         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1139         // weight - but have to make per
1140         // sequence, too (awidth[2])
1141         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1142       }
1143       else
1144       {
1145         width[i] = 0;
1146       }
1147       if (max < width[i])
1148       {
1149         max = width[i];
1150       }
1151     }
1152     boolean sort = false;
1153     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1154     {
1155       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1156       if (width[i] == 0)
1157       {
1158         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1159         if (width[i] < 0)
1160         {
1161           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1162                   i / data.length);
1163         }
1164       }
1165       else
1166       {
1167         width[i] /= max; // normalize
1168         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1169       }
1170       if (i > 0)
1171       {
1172         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1173       }
1174     }
1175     if (sort)
1176     {
1177       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1178       // update global priority order
1179     }
1180
1181     updateFeatureRenderer(data, false);
1182     table.repaint();
1183   }
1184
1185   public void close()
1186   {
1187     try
1188     {
1189       frame.setClosed(true);
1190     } catch (Exception exe)
1191     {
1192     }
1193
1194   }
1195
1196   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1197   {
1198     updateFeatureRenderer(data, true);
1199   }
1200
1201   /**
1202    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1203    * of visible features
1204    *
1205    * @param data
1206    * @param visibleNew
1207    */
1208   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1209   {
1210     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1211
1212     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1213     {
1214       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1215     }
1216   }
1217
1218   /**
1219    * Converts table data into an array of data beans
1220    */
1221   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1222   {
1223     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1224     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1225     {
1226       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1227       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1228       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1229       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1230       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1231               isShown);
1232     }
1233     return rowData;
1234   }
1235
1236   private void jbInit() throws Exception
1237   {
1238     this.setLayout(new BorderLayout());
1239
1240     JPanel settingsPane = new JPanel();
1241     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1242
1243     dasSettingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1244
1245     JPanel bigPanel = new JPanel();
1246     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1247
1248     groupPanel = new JPanel();
1249     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1250
1251     JButton invert = new JButton(
1252             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1253     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1254     invert.addActionListener(new ActionListener()
1255     {
1256       @Override
1257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1258       {
1259         invertSelection();
1260       }
1261     });
1262
1263     JButton optimizeOrder = new JButton(
1264             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1265     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1266     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1267     {
1268       @Override
1269       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1270       {
1271         orderByAvWidth();
1272       }
1273     });
1274
1275     JButton sortByScore = new JButton(
1276             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1277     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1278     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1279     {
1280       @Override
1281       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1282       {
1283         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1284       }
1285     });
1286     JButton sortByDens = new JButton(
1287             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1288     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1289     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1290     {
1291       @Override
1292       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1293       {
1294         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1295       }
1296     });
1297
1298     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1299     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1300     help.addActionListener(new ActionListener()
1301     {
1302       @Override
1303       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1304       {
1305         try
1306         {
1307           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1308         } catch (HelpSetException e1)
1309         {
1310           e1.printStackTrace();
1311         }
1312       }
1313     });
1314     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1315     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1316     help.addActionListener(new ActionListener()
1317     {
1318       @Override
1319       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1320       {
1321         try
1322         {
1323           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1324         } catch (HelpSetException e1)
1325         {
1326           e1.printStackTrace();
1327         }
1328       }
1329     });
1330
1331     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1332     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1333     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1334     {
1335       @Override
1336       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1337       {
1338         fr.setTransparency(originalTransparency);
1339         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1340         updateFeatureRenderer(originalData);
1341         close();
1342       }
1343     });
1344
1345     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1346     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1347     ok.addActionListener(new ActionListener()
1348     {
1349       @Override
1350       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1351       {
1352         close();
1353       }
1354     });
1355
1356     JButton loadColours = new JButton(
1357             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1358     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1359     loadColours.setToolTipText(
1360             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1361     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1362     {
1363       @Override
1364       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1365       {
1366         load();
1367       }
1368     });
1369
1370     JButton saveColours = new JButton(
1371             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1372     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1373     saveColours.setToolTipText(
1374             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1375     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1376     {
1377       @Override
1378       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1379       {
1380         save();
1381       }
1382     });
1383     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1384     {
1385       @Override
1386       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1387       {
1388         if (!inConstruction)
1389         {
1390           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1391           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1392         }
1393       }
1394     });
1395
1396     summaryView = new JCheckBox(
1397             MessageManager.getString("label.summary_view"));
1398     summaryView
1399             .setToolTipText(
1400                     MessageManager.getString("label.summary_view_tip"));
1401     summaryView.addActionListener(new ActionListener()
1402     {
1403       @Override
1404       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1405       {
1406         resetTable(null);
1407       }
1408     });
1409
1410     transparency.setMaximum(70);
1411     transparency.setToolTipText(
1412             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1413     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1414     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1415     {
1416       @Override
1417       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1418       {
1419         fetchDAS_actionPerformed(e);
1420       }
1421     });
1422     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1423     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1424     {
1425       @Override
1426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1427       {
1428         saveDAS_actionPerformed(e);
1429       }
1430     });
1431
1432     JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1433     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1434     dasSettingsPane.setBorder(null);
1435     cancelDAS.setEnabled(false);
1436     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1437     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1438     {
1439       @Override
1440       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1441       {
1442         cancelDAS_actionPerformed(e);
1443       }
1444     });
1445
1446     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1447     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1448
1449     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1450     transbuttons.add(optimizeOrder);
1451     transbuttons.add(invert);
1452     transbuttons.add(sortByScore);
1453     transbuttons.add(sortByDens);
1454     transbuttons.add(help);
1455     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(3, 1));
1456     transPanel.add(summaryView);
1457     transPanel.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1458     transPanel.add(transparency);
1459     lowerPanel.add(transPanel);
1460     lowerPanel.add(transbuttons);
1461
1462     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1463     buttonPanel.add(ok);
1464     buttonPanel.add(cancel);
1465     buttonPanel.add(loadColours);
1466     buttonPanel.add(saveColours);
1467     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1468     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1469     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1470     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1471     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1472     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1473     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1474     this.add(settingsPane);
1475   }
1476
1477   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1478   {
1479     fetchDAS.setEnabled(false);
1480     cancelDAS.setEnabled(true);
1481     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1482     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1483             .getSelectedSources();
1484     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1485   }
1486
1487   /**
1488    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1489    *
1490    * @param selectedSources
1491    * @param checkDbRefs
1492    * @param promptFetchDbRefs
1493    */
1494   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1495           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1496   {
1497     SequenceI[] dataset, seqs;
1498     int iSize;
1499     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1500     if (vp.getSelectionGroup() != null
1501             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1502     {
1503       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1504       dataset = new SequenceI[iSize];
1505       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1506     }
1507     else
1508     {
1509       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1510       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1511     }
1512
1513     dataset = new SequenceI[iSize];
1514     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1515     {
1516       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1517     }
1518
1519     cancelDAS.setEnabled(true);
1520     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1521             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1522     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1523     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1524   }
1525
1526   /**
1527    * blocking call to initialise the das source browser
1528    */
1529   public void initDasSources()
1530   {
1531     dassourceBrowser.initDasSources();
1532   }
1533
1534   /**
1535    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1536    * nicknames in sources
1537    *
1538    * @param sources
1539    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1540    * @return sources that are present in source list.
1541    */
1542   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1543   {
1544     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1545   }
1546
1547   /**
1548    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1549    * before calling this.
1550    *
1551    * @return vector of selected das source nicknames
1552    */
1553   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1554   {
1555     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1556   }
1557
1558   /**
1559    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1560    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1561    *
1562    * @param sources
1563    * @param block
1564    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1565    *          executor
1566    */
1567   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1568   {
1569     initDasSources();
1570     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1571             .resolveSourceNicknames(sources);
1572     if (resolved.size() == 0)
1573     {
1574       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1575     }
1576     if (resolved.size() > 0)
1577     {
1578       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1579       fetchDAS.setEnabled(false);
1580       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1581       Runnable fetcher = new Runnable()
1582       {
1583
1584         @Override
1585         public void run()
1586         {
1587           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1588
1589         }
1590       };
1591       if (block)
1592       {
1593         fetcher.run();
1594       }
1595       else
1596       {
1597         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1598       }
1599     }
1600   }
1601
1602   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1603   {
1604     dassourceBrowser
1605             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1606   }
1607
1608   public void complete()
1609   {
1610     fetchDAS.setEnabled(true);
1611     cancelDAS.setEnabled(false);
1612     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1613
1614   }
1615
1616   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1617   {
1618     if (dasFeatureFetcher != null)
1619     {
1620       dasFeatureFetcher.cancel();
1621     }
1622     complete();
1623   }
1624
1625   public void noDasSourceActive()
1626   {
1627     complete();
1628     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1629             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1630             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1631             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1632   }
1633
1634   /**
1635    * Reorders features by 'dragging' selectedRow to 'newRow'
1636    *
1637    * @param newRow
1638    */
1639   protected void dragRow(int newRow)
1640   {
1641     if (summaryView.isSelected())
1642     {
1643       // no drag while in summary view
1644       return;
1645     }
1646
1647     if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
1648     {
1649       /*
1650        * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
1651        * this could be more than one row away for a very fast drag action
1652        * so just swap it with adjacent rows until we get it there
1653        */
1654       Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1655               .getData();
1656       int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
1657       for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
1658       {
1659         Object[] temp = data[i];
1660         data[i] = data[i + direction];
1661         data[i + direction] = temp;
1662       }
1663       updateFeatureRenderer(data);
1664       table.repaint();
1665       selectedRow = newRow;
1666     }
1667   }
1668
1669   protected void refreshTable()
1670   {
1671     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1672     for (Object[] row : data)
1673     {
1674       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
1675       FeatureColourI colour = fr.getFeatureColours().get(type);
1676       FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(type);
1677       if (filter == null)
1678       {
1679         filter = new FeatureMatcherSet();
1680       }
1681       row[COLOUR_COLUMN] = colour;
1682       row[FILTER_COLUMN] = filter;
1683     }
1684     repaint();
1685   }
1686
1687   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1688   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1689   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1690   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1691   {
1692     private String[] columnNames = {
1693         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1694         MessageManager.getString("action.colour"),
1695         MessageManager.getString("label.filter"),
1696         MessageManager.getString("label.show") };
1697
1698     private Object[][] data;
1699
1700     FeatureTableModel(Object[][] data)
1701     {
1702       this.data = data;
1703     }
1704
1705     public Object[][] getData()
1706     {
1707       return data;
1708     }
1709
1710     public void setData(Object[][] data)
1711     {
1712       this.data = data;
1713     }
1714
1715     @Override
1716     public int getColumnCount()
1717     {
1718       return columnNames.length;
1719     }
1720
1721     public Object[] getRow(int row)
1722     {
1723       return data[row];
1724     }
1725
1726     @Override
1727     public int getRowCount()
1728     {
1729       return data.length;
1730     }
1731
1732     @Override
1733     public String getColumnName(int col)
1734     {
1735       return columnNames[col];
1736     }
1737
1738     @Override
1739     public Object getValueAt(int row, int col)
1740     {
1741       return data[row][col];
1742     }
1743
1744     /**
1745      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1746      */
1747     @Override
1748     public Class<?> getColumnClass(int c)
1749     {
1750       Object v = getValueAt(0, c);
1751       return v == null ? null : v.getClass();
1752     }
1753
1754     /**
1755      * Answers true for all columns except Feature Type
1756      */
1757     @Override
1758     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1759     {
1760       return col != TYPE_COLUMN;
1761     }
1762
1763     /**
1764      * Sets the value in the model for a given row and column. If Visibility
1765      * (Show/Hide) is being set, and the table is in Summary View, then it is
1766      * set also on any sub-types of the row's feature type.
1767      */
1768     @Override
1769     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1770     {
1771       data[row][col] = value;
1772       fireTableCellUpdated(row, col);
1773       if (summaryView.isSelected() && col == SHOW_COLUMN)
1774       {
1775         setSubtypesVisibility(row, (Boolean) value);
1776       }
1777       updateFeatureRenderer(data);
1778     }
1779
1780     /**
1781      * Sets the visibility of any feature types which are sub-types of the type
1782      * in the given row of the table
1783      *
1784      * @param row
1785      * @param value
1786      */
1787     protected void setSubtypesVisibility(int row, Boolean value)
1788     {
1789       String type = (String) data[row][TYPE_COLUMN];
1790       OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
1791
1792       for (int r = 0; r < data.length; r++)
1793       {
1794         if (r != row)
1795         {
1796           String type2 = (String) data[r][TYPE_COLUMN];
1797           if (so.isA(type2, type))
1798           {
1799             data[r][SHOW_COLUMN] = value;
1800             fireTableCellUpdated(r, SHOW_COLUMN);
1801           }
1802         }
1803       }
1804     }
1805
1806   }
1807
1808   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1809   {
1810     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1811
1812     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1813
1814     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1815
1816     public ColorRenderer()
1817     {
1818       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1819       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1820       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1821     }
1822
1823     @Override
1824     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1825             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1826     {
1827       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1828       setOpaque(true);
1829       setToolTipText(baseTT);
1830       setBackground(tbl.getBackground());
1831       if (!cellColour.isSimpleColour())
1832       {
1833         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1834         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1835                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1836       }
1837       else
1838       {
1839         this.setText("");
1840         this.setIcon(null);
1841         setBackground(cellColour.getColour());
1842       }
1843       if (isSelected)
1844       {
1845         if (selectedBorder == null)
1846         {
1847           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1848                   tbl.getSelectionBackground());
1849         }
1850         setBorder(selectedBorder);
1851       }
1852       else
1853       {
1854         if (unselectedBorder == null)
1855         {
1856           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1857                   tbl.getBackground());
1858         }
1859         setBorder(unselectedBorder);
1860       }
1861
1862       return this;
1863     }
1864   }
1865
1866   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1867   {
1868     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1869
1870     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1871
1872     public FilterRenderer()
1873     {
1874       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1875       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1876       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1877     }
1878
1879     @Override
1880     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1881             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1882             int column)
1883     {
1884       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1885       setOpaque(true);
1886       String asText = theFilter.toString();
1887       setBackground(tbl.getBackground());
1888       this.setText(asText);
1889       this.setIcon(null);
1890
1891       if (isSelected)
1892       {
1893         if (selectedBorder == null)
1894         {
1895           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1896                   tbl.getSelectionBackground());
1897         }
1898         setBorder(selectedBorder);
1899       }
1900       else
1901       {
1902         if (unselectedBorder == null)
1903         {
1904           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1905                   tbl.getBackground());
1906         }
1907         setBorder(unselectedBorder);
1908       }
1909
1910       return this;
1911     }
1912   }
1913
1914   /**
1915    * update comp using rendering settings from gcol
1916    *
1917    * @param comp
1918    * @param gcol
1919    */
1920   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1921   {
1922     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1923     if (w < 20)
1924     {
1925       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1926       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1927       if (w < 20)
1928       {
1929         w = 80;
1930         h = 12;
1931       }
1932     }
1933     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1934   }
1935
1936   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1937           int w, int h)
1938   {
1939     boolean thr = false;
1940     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1941     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1942
1943     if (gcol.isColourByAttribute())
1944     {
1945       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1946     }
1947     else if (!gcol.isColourByLabel())
1948     {
1949       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1950     }
1951     tx.append(" ");
1952     if (gcol.isAboveThreshold())
1953     {
1954       thr = true;
1955       tx.append(">");
1956       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1957               .append(") ");
1958     }
1959     if (gcol.isBelowThreshold())
1960     {
1961       thr = true;
1962       tx.append("<");
1963       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1964               .append(") ");
1965     }
1966     if (gcol.isColourByLabel())
1967     {
1968       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1969       if (thr)
1970       {
1971         tx.append(" ");
1972       }
1973       if (!gcol.isColourByAttribute())
1974       {
1975         tx.append("Label");
1976       }
1977       comp.setIcon(null);
1978     }
1979     else
1980     {
1981       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1982       comp.setBackground(newColor);
1983       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1984       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1985       comp.setIcon(ficon);
1986       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1987       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1988       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1989       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1990     }
1991     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1992     comp.setText(tx.toString());
1993     if (tt.length() > 0)
1994     {
1995       if (comp.getToolTipText() == null)
1996       {
1997         comp.setToolTipText(tt.toString());
1998       }
1999       else
2000       {
2001         comp.setToolTipText(
2002                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
2003       }
2004     }
2005   }
2006
2007   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
2008           implements TableCellEditor, ActionListener
2009   {
2010     FeatureSettings me;
2011
2012     FeatureColourI currentColor;
2013
2014     FeatureTypeSettings chooser;
2015
2016     String type;
2017
2018     JButton colourButton;
2019
2020     JColorChooser colorChooser;
2021
2022     JDialog dialog;
2023
2024     protected static final String EDIT = "edit";
2025
2026     int rowSelected = 0;
2027
2028     public ColorEditor(FeatureSettings me)
2029     {
2030       this.me = me;
2031       // Set up the editor (from the table's point of view),
2032       // which is a button.
2033       // This button brings up the color chooser dialog,
2034       // which is the editor from the user's point of view.
2035       colourButton = new JButton();
2036       colourButton.setActionCommand(EDIT);
2037       colourButton.addActionListener(this);
2038       colourButton.setBorderPainted(false);
2039       // Set up the dialog that the button brings up.
2040       colorChooser = new JColorChooser();
2041       dialog = JColorChooser.createDialog(colourButton,
2042               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
2043               colorChooser, this, // OK button handler
2044               null); // no CANCEL button handler
2045     }
2046
2047     /**
2048      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
2049      */
2050     @Override
2051     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2052     {
2053       // todo test e.getSource() instead here
2054       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
2055       {
2056         // The user has clicked the cell, so
2057         // bring up the dialog.
2058         if (currentColor.isSimpleColour())
2059         {
2060           // bring up simple color chooser
2061           colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2062           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
2063           dialog.setVisible(true);
2064         }
2065         else
2066         {
2067           // bring up graduated chooser.
2068           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2069           chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2070           chooser.requestFocus();
2071           chooser.addActionListener(this);
2072           chooser.showTab(true);
2073         }
2074         // Make the renderer reappear.
2075         fireEditingStopped();
2076       }
2077       else
2078       {
2079         if (currentColor.isSimpleColour())
2080         {
2081           /*
2082            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
2083            */
2084           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
2085           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
2086         }
2087         else
2088         {
2089           /*
2090            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
2091            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
2092            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2093            */
2094           refreshTable();
2095         }
2096         fireEditingStopped();
2097         me.table.validate();
2098       }
2099     }
2100
2101     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2102     @Override
2103     public Object getCellEditorValue()
2104     {
2105       return currentColor;
2106     }
2107
2108     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2109     @Override
2110     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2111             boolean isSelected, int row, int column)
2112     {
2113       currentColor = (FeatureColourI) value;
2114       this.rowSelected = row;
2115       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2116       colourButton.setOpaque(true);
2117       colourButton.setBackground(me.getBackground());
2118       if (!currentColor.isSimpleColour())
2119       {
2120         JLabel btn = new JLabel();
2121         btn.setSize(colourButton.getSize());
2122         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2123         colourButton.setBackground(btn.getBackground());
2124         colourButton.setIcon(btn.getIcon());
2125         colourButton.setText(btn.getText());
2126       }
2127       else
2128       {
2129         colourButton.setText("");
2130         colourButton.setIcon(null);
2131         colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2132       }
2133       return colourButton;
2134     }
2135   }
2136
2137   /**
2138    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2139    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
2140    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
2141    * dialog at the Filters tab.
2142    */
2143   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2144           implements TableCellEditor, ActionListener
2145   {
2146     FeatureSettings me;
2147
2148     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2149
2150     Point lastLocation;
2151
2152     String type;
2153
2154     JButton filterButton;
2155
2156     protected static final String EDIT = "edit";
2157
2158     int rowSelected = 0;
2159
2160     public FilterEditor(FeatureSettings me)
2161     {
2162       this.me = me;
2163       filterButton = new JButton();
2164       filterButton.setActionCommand(EDIT);
2165       filterButton.addActionListener(this);
2166       filterButton.setBorderPainted(false);
2167     }
2168
2169     /**
2170      * Handles events from the editor button
2171      */
2172     @Override
2173     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2174     {
2175       if (filterButton == e.getSource())
2176       {
2177         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2178         chooser.addActionListener(this);
2179         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2180         chooser.requestFocus();
2181         if (lastLocation != null)
2182         {
2183           // todo open at its last position on screen
2184           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2185                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2186           chooser.validate();
2187         }
2188         chooser.showTab(false);
2189         fireEditingStopped();
2190       }
2191       else if (e.getSource() instanceof Component)
2192       {
2193         /*
2194          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2195          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2196          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2197          */
2198         refreshTable();
2199         fireEditingStopped();
2200         me.table.validate();
2201       }
2202     }
2203
2204     @Override
2205     public Object getCellEditorValue()
2206     {
2207       return currentFilter;
2208     }
2209
2210     @Override
2211     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2212             boolean isSelected, int row, int column)
2213     {
2214       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2215       this.rowSelected = row;
2216       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2217       filterButton.setOpaque(true);
2218       filterButton.setBackground(me.getBackground());
2219       filterButton.setText(currentFilter.toString());
2220       filterButton.setToolTipText(currentFilter.toString());
2221       filterButton.setIcon(null);
2222       return filterButton;
2223     }
2224   }
2225 }
2226
2227 class FeatureIcon implements Icon
2228 {
2229   private static final Font VERDANA_9 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9);
2230
2231   FeatureColourI gcol;
2232
2233   Color backg;
2234
2235   boolean midspace = false;
2236
2237   int width = 50, height = 20;
2238
2239   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2240
2241   Color mpcolour = Color.white;
2242
2243   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2244   {
2245     gcol = gfc;
2246     backg = bg;
2247     width = w;
2248     height = h;
2249     midspace = mspace;
2250     if (midspace)
2251     {
2252       s1 = width / 3;
2253       e1 = s1 * 2;
2254     }
2255     else
2256     {
2257       s1 = width / 2;
2258       e1 = s1;
2259     }
2260   }
2261
2262   @Override
2263   public int getIconWidth()
2264   {
2265     return width;
2266   }
2267
2268   @Override
2269   public int getIconHeight()
2270   {
2271     return height;
2272   }
2273
2274   @Override
2275   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2276   {
2277
2278     if (gcol.isColourByLabel())
2279     {
2280       g.setColor(backg);
2281       g.fillRect(0, 0, width, height);
2282       // need an icon here.
2283       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2284
2285       g.setFont(VERDANA_9);
2286
2287       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2288       // AffineTransform.getScaleInstance(
2289       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2290       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2291
2292       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2293
2294     }
2295     else
2296     {
2297       Color minCol = gcol.getMinColour();
2298       g.setColor(minCol);
2299       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2300       if (midspace)
2301       {
2302         g.setColor(Color.white);
2303         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2304       }
2305       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2306       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2307     }
2308   }
2309 }