src/jalview/gui/FeatureSettings.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureColourI;
  24 import jalview.api.FeatureSettingsControllerI;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherI;
  28 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSet;
  29 import jalview.datamodel.features.FeatureMatcherSetI;
  30 import jalview.datamodel.ontology.OntologyI;
  31 import jalview.gui.Help.HelpId;
  32 import jalview.io.JalviewFileChooser;
  33 import jalview.io.JalviewFileView;
  34 import jalview.io.gff.SequenceOntologyFactory;
  35 import jalview.schemabinding.version2.Filter;
  36 import jalview.schemabinding.version2.JalviewUserColours;
  37 import jalview.schemabinding.version2.MatcherSet;
  38 import jalview.schemes.FeatureColour;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40 import jalview.util.Platform;
  41 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  42 import jalview.viewmodel.seqfeatures.FeatureRendererModel.FeatureSettingsBean;
  43 import jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher;
  44 import jalview.ws.dbsources.das.api.jalviewSourceI;
  45
  46 import java.awt.BorderLayout;
  47 import java.awt.Color;
  48 import java.awt.Component;
  49 import java.awt.Dimension;
  50 import java.awt.Font;
  51 import java.awt.Graphics;
  52 import java.awt.GridLayout;
  53 import java.awt.Point;
  54 import java.awt.Rectangle;
  55 import java.awt.event.ActionEvent;
  56 import java.awt.event.ActionListener;
  57 import java.awt.event.ItemEvent;
  58 import java.awt.event.ItemListener;
  59 import java.awt.event.MouseAdapter;
  60 import java.awt.event.MouseEvent;
  61 import java.awt.event.MouseMotionAdapter;
  62 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  63 import java.beans.PropertyChangeListener;
  64 import java.io.File;
  65 import java.io.FileInputStream;
  66 import java.io.FileOutputStream;
  67 import java.io.InputStreamReader;
  68 import java.io.OutputStreamWriter;
  69 import java.io.PrintWriter;
  70 import java.util.ArrayList;
  71 import java.util.Arrays;
  72 import java.util.Comparator;
  73 import java.util.HashMap;
  74 import java.util.HashSet;
  75 import java.util.Hashtable;
  76 import java.util.Iterator;
  77 import java.util.List;
  78 import java.util.Map;
  79 import java.util.Set;
  80 import java.util.Vector;
  81
  82 import javax.help.HelpSetException;
  83 import javax.swing.AbstractCellEditor;
  84 import javax.swing.BorderFactory;
  85 import javax.swing.Icon;
  86 import javax.swing.JButton;
  87 import javax.swing.JCheckBox;
  88 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  89 import javax.swing.JColorChooser;
  90 import javax.swing.JDialog;
  91 import javax.swing.JInternalFrame;
  92 import javax.swing.JLabel;
  93 import javax.swing.JLayeredPane;
  94 import javax.swing.JMenuItem;
  95 import javax.swing.JPanel;
  96 import javax.swing.JPopupMenu;
  97 import javax.swing.JScrollPane;
  98 import javax.swing.JSlider;
  99 import javax.swing.JTable;
 100 import javax.swing.ListSelectionModel;
 101 import javax.swing.RowFilter;
 102 import javax.swing.SwingConstants;
 103 import javax.swing.SwingUtilities;
 104 import javax.swing.event.ChangeEvent;
 105 import javax.swing.event.ChangeListener;
 106 import javax.swing.table.AbstractTableModel;
 107 import javax.swing.table.TableCellEditor;
 108 import javax.swing.table.TableCellRenderer;
 109 import javax.swing.table.TableColumn;
 110 import javax.swing.table.TableRowSorter;
 111
 112 public class FeatureSettings extends JPanel
 113         implements FeatureSettingsControllerI
 114 {
 115   private static final Font VERDANA_12 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 12);
 116
 117   private static final String SEQUENCE_FEATURE_COLOURS = MessageManager
 118           .getString("label.sequence_feature_colours");
 119
 120   /*
 121    * column indices of fields in Feature Settings table
 122    */
 123   static final int TYPE_COLUMN = 0;
 124
 125   static final int COLOUR_COLUMN = 1;
 126
 127   static final int FILTER_COLUMN = 2;
 128
 129   static final int SHOW_COLUMN = 3;
 130
 131   private static final int COLUMN_COUNT = 4;
 132
 133   private static final int MIN_WIDTH = 400;
 134
 135   private static final int MIN_HEIGHT = 400;
 136
 137   DasSourceBrowser dassourceBrowser;
 138
 139   DasSequenceFeatureFetcher dasFeatureFetcher;
 140
 141   JPanel dasSettingsPane = new JPanel();
 142
 143   final FeatureRenderer fr;
 144
 145   public final AlignFrame af;
 146
 147   /*
 148    * 'original' fields hold settings to restore on Cancel
 149    */
 150   Object[][] originalData;
 151
 152   private float originalTransparency;
 153
 154   private Map<String, FeatureMatcherSetI> originalFilters;
 155
 156   final JInternalFrame frame;
 157
 158   JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 159
 160   JTable table;
 161
 162   JPanel groupPanel;
 163
 164   JSlider transparency = new JSlider();
 165
 166   /*
 167    * when true, constructor is still executing - so ignore UI events
 168    */
 169   protected volatile boolean inConstruction = true;
 170
 171   int selectedRow = -1;
 172
 173   JButton fetchDAS = new JButton();
 174
 175   JButton saveDAS = new JButton();
 176
 177   JButton cancelDAS = new JButton();
 178
 179   boolean resettingTable = false;
 180
 181   /*
 182    * true when Feature Settings are updating from feature renderer
 183    */
 184   private boolean handlingUpdate = false;
 185
 186   /*
 187    * holds {featureCount, totalExtent} for each feature type
 188    */
 189   Map<String, float[]> typeWidth = null;
 190
 191   /*
 192    * if true, 'child' feature types are not displayed
 193    */
 194   JCheckBox summaryView;
 195
 196   /*
 197    * those feature types that do not have a parent feature type present
 198    * (as determined by an Ontology relationship)
 199    */
 200   List<String> topLevelTypes;
 201
 202   /**
 203    * Constructor
 204    *
 205    * @param af
 206    */
 207   public FeatureSettings(AlignFrame alignFrame)
 208   {
 209     this.af = alignFrame;
 210     fr = af.getFeatureRenderer();
 211
 212     // save transparency for restore on Cancel
 213     originalTransparency = fr.getTransparency();
 214     int originalTransparencyAsPercent = (int) (originalTransparency * 100);
 215     transparency.setMaximum(100 - originalTransparencyAsPercent);
 216
 217     originalFilters = new HashMap<>(fr.getFeatureFilters()); // shallow copy
 218
 219     topLevelTypes = new ArrayList<>();
 220
 221     try
 222     {
 223       jbInit();
 224     } catch (Exception ex)
 225     {
 226       ex.printStackTrace();
 227     }
 228
 229     initTable();
 230
 231     scrollPane.setViewportView(table);
 232
 233     dassourceBrowser = new DasSourceBrowser(this);
 234     dasSettingsPane.add(dassourceBrowser, BorderLayout.CENTER);
 235
 236     if (af.getViewport().isShowSequenceFeatures() || !fr.hasRenderOrder())
 237     {
 238       fr.findAllFeatures(true); // display everything!
 239     }
 240
 241     discoverAllFeatureData();
 242     final PropertyChangeListener change;
 243     final FeatureSettings fs = this;
 244     fr.addPropertyChangeListener(change = new PropertyChangeListener()
 245     {
 246       @Override
 247       public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 248       {
 249         if (!fs.resettingTable && !fs.handlingUpdate)
 250         {
 251           fs.handlingUpdate = true;
 252           fs.resetTable(null);
 253           // new groups may be added with new sequence feature types only
 254           fs.handlingUpdate = false;
 255         }
 256       }
 257     });
 258
 259     frame = new JInternalFrame();
 260     frame.setContentPane(this);
 261     if (Platform.isAMac())
 262     {
 263       Desktop.addInternalFrame(frame,
 264               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 265               600, 480);
 266     }
 267     else
 268     {
 269       Desktop.addInternalFrame(frame,
 270               MessageManager.getString("label.sequence_feature_settings"),
 271               600, 450);
 272     }
 273     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 274
 275     frame.addInternalFrameListener(
 276             new javax.swing.event.InternalFrameAdapter()
 277             {
 278               @Override
 279               public void internalFrameClosed(
 280                       javax.swing.event.InternalFrameEvent evt)
 281               {
 282                 fr.removePropertyChangeListener(change);
 283                 dassourceBrowser.fs = null;
 284               };
 285             });
 286     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 287     inConstruction = false;
 288   }
 289
 290   /**
 291    * Constructs and configures the JTable which displays columns of data for
 292    * each feature type
 293    */
 294   protected void initTable()
 295   {
 296     table = new JTable()
 297     {
 298       @Override
 299       public String getToolTipText(MouseEvent e)
 300       {
 301         String tip = null;
 302         int column = table.columnAtPoint(e.getPoint());
 303         switch (column)
 304         {
 305         case TYPE_COLUMN:
 306           /*
 307            * drag to reorder not enabled in Summary View
 308            */
 309           tip = summaryView.isSelected()
 310                   ? MessageManager.getString(
 311                           "label.feature_settings_select_columns")
 312                   : JvSwingUtils.wrapTooltip(true, MessageManager
 313                   .getString("label.feature_settings_click_drag"));
 314           break;
 315         case FILTER_COLUMN:
 316           int row = table.rowAtPoint(e.getPoint());
 317           FeatureMatcherSet o = (FeatureMatcherSet) table.getValueAt(row,
 318                   column);
 319           tip = o.isEmpty()
 320                   ? MessageManager.getString("label.filters_tooltip")
 321                   : o.toString();
 322           break;
 323         default:
 324           break;
 325         }
 326         return tip;
 327       }
 328     };
 329     table.getTableHeader().setFont(VERDANA_12);
 330     table.setFont(VERDANA_12);
 331
 332     table.setDefaultEditor(FeatureColour.class, new ColorEditor(this));
 333     table.setDefaultRenderer(FeatureColour.class, new ColorRenderer());
 334
 335     table.setDefaultEditor(FeatureMatcherSet.class, new FilterEditor(this));
 336     table.setDefaultRenderer(FeatureMatcherSet.class, new FilterRenderer());
 337
 338     TableColumn colourColumn = new TableColumn(COLOUR_COLUMN, 75,
 339             new ColorRenderer(), new ColorEditor(this));
 340     table.addColumn(colourColumn);
 341
 342     TableColumn filterColumn = new TableColumn(FILTER_COLUMN, 75,
 343             new FilterRenderer(), new FilterEditor(this));
 344     table.addColumn(filterColumn);
 345
 346     table.setSelectionMode(ListSelectionModel.SINGLE_SELECTION);
 347
 348     table.addMouseListener(new MouseAdapter()
 349     {
 350       @Override
 351       public void mousePressed(MouseEvent evt)
 352       {
 353         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 354         String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 355         if (evt.isPopupTrigger())
 356         {
 357           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 358           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 359         }
 360         else if (evt.getClickCount() == 2)
 361         {
 362           boolean invertSelection = evt.isAltDown();
 363           boolean toggleSelection = Platform.isControlDown(evt);
 364           boolean extendSelection = evt.isShiftDown();
 365           String[] terms = getTermsInScope(type);
 366           fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(
 367                   invertSelection, extendSelection, toggleSelection, terms);
 368         }
 369       }
 370
 371       // isPopupTrigger fires on mouseReleased on Windows
 372       @Override
 373       public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 374       {
 375         selectedRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 376         if (evt.isPopupTrigger())
 377         {
 378           String type = (String) table.getValueAt(selectedRow, TYPE_COLUMN);
 379           Object colour = table.getValueAt(selectedRow, COLOUR_COLUMN);
 380           popupMenu(selectedRow, type, colour, evt.getX(), evt.getY());
 381         }
 382       }
 383     });
 384
 385     table.addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()
 386     {
 387       @Override
 388       public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 389       {
 390         int newRow = table.rowAtPoint(evt.getPoint());
 391         dragRow(newRow);
 392       }
 393     });
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Answers an array consisting of the given type, and also (if 'Summary View'
 398    * is selected), any child terms in the sequence ontology
 399    *
 400    * @param type
 401    * @return
 402    */
 403   protected String[] getTermsInScope(String type)
 404   {
 405     if (!summaryView.isSelected())
 406     {
 407       return new String[] { type };
 408     }
 409
 410     List<String> terms = new ArrayList<>();
 411     terms.add(type);
 412
 413     OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
 414
 415     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
 416     for (Object[] row : data)
 417     {
 418       String type2 = (String) row[TYPE_COLUMN];
 419       if (!type2.equals(type) && so.isA(type2, type))
 420       {
 421         terms.add(type2);
 422       }
 423     }
 424     return terms.toArray(new String[terms.size()]);
 425   }
 426
 427   protected void popupMenu(final int rowSelected, final String type,
 428           final Object typeCol, int x, int y)
 429   {
 430     final FeatureColourI featureColour = (FeatureColourI) typeCol;
 431
 432     JPopupMenu men = new JPopupMenu(MessageManager
 433             .formatMessage("label.settings_for_param", new String[]
 434             { type }));
 435     JMenuItem scr = new JMenuItem(
 436             MessageManager.getString("label.sort_by_score"));
 437     men.add(scr);
 438     final FeatureSettings me = this;
 439     scr.addActionListener(new ActionListener()
 440     {
 441
 442       @Override
 443       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 444       {
 445         me.af.avc
 446                 .sortAlignmentByFeatureScore(Arrays.asList(new String[]
 447                 { type }));
 448       }
 449
 450     });
 451     JMenuItem dens = new JMenuItem(
 452             MessageManager.getString("label.sort_by_density"));
 453     dens.addActionListener(new ActionListener()
 454     {
 455
 456       @Override
 457       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 458       {
 459         me.af.avc
 460                 .sortAlignmentByFeatureDensity(Arrays.asList(new String[]
 461                 { type }));
 462       }
 463
 464     });
 465     men.add(dens);
 466
 467     /*
 468      * variable colour options include colour by label, by score,
 469      * by selected attribute text, or attribute value
 470      */
 471     final JCheckBoxMenuItem mxcol = new JCheckBoxMenuItem(
 472             MessageManager.getString("label.variable_colour"));
 473     mxcol.setSelected(!featureColour.isSimpleColour());
 474     men.add(mxcol);
 475     mxcol.addActionListener(new ActionListener()
 476     {
 477       JColorChooser colorChooser;
 478
 479       @Override
 480       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 481       {
 482         if (e.getSource() == mxcol)
 483         {
 484           if (featureColour.isSimpleColour())
 485           {
 486             FeatureTypeSettings fc = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
 487             fc.addActionListener(this);
 488           }
 489           else
 490           {
 491             // bring up simple color chooser
 492             colorChooser = new JColorChooser();
 493             String title = MessageManager
 494                     .getString("label.select_colour");
 495             JDialog dialog = JColorChooser.createDialog(me,
 496                     title, true, // modal
 497                     colorChooser, this, // OK button handler
 498                     null); // no CANCEL button handler
 499             colorChooser.setColor(featureColour.getMaxColour());
 500             dialog.setVisible(true);
 501           }
 502         }
 503         else
 504         {
 505           if (e.getSource() instanceof FeatureTypeSettings)
 506           {
 507             /*
 508              * update after OK in feature colour dialog; the updated
 509              * colour will have already been set in the FeatureRenderer
 510              */
 511             FeatureColourI fci = fr.getFeatureColours().get(type);
 512             table.setValueAt(fci, rowSelected, 1);
 513             table.validate();
 514           }
 515           else
 516           {
 517             // probably the color chooser!
 518             table.setValueAt(new FeatureColour(colorChooser.getColor()),
 519                     rowSelected, 1);
 520             table.validate();
 521             me.updateFeatureRenderer(
 522                     ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData(),
 523                     false);
 524           }
 525         }
 526       }
 527     });
 528
 529     JMenuItem selCols = new JMenuItem(
 530             MessageManager.getString("label.select_columns_containing"));
 531     selCols.addActionListener(new ActionListener()
 532     {
 533       @Override
 534       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 535       {
 536         String[] types = getTermsInScope(type);
 537         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(false, false,
 538                 false, types);
 539       }
 540     });
 541     JMenuItem clearCols = new JMenuItem(MessageManager
 542             .getString("label.select_columns_not_containing"));
 543     clearCols.addActionListener(new ActionListener()
 544     {
 545       @Override
 546       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 547       {
 548         String[] types = getTermsInScope(type);
 549         fr.ap.alignFrame.avc.markColumnsContainingFeatures(true, false,
 550                 false, types);
 551       }
 552     });
 553     JMenuItem hideCols = new JMenuItem(
 554             MessageManager.getString("label.hide_columns_containing"));
 555     hideCols.addActionListener(new ActionListener()
 556     {
 557       @Override
 558       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 559       {
 560         String[] types = getTermsInScope(type);
 561         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(true, types);
 562       }
 563     });
 564     JMenuItem hideOtherCols = new JMenuItem(
 565             MessageManager.getString("label.hide_columns_not_containing"));
 566     hideOtherCols.addActionListener(new ActionListener()
 567     {
 568       @Override
 569       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 570       {
 571         String[] types = getTermsInScope(type);
 572         fr.ap.alignFrame.hideFeatureColumns(false, types);
 573       }
 574     });
 575     men.add(selCols);
 576     men.add(clearCols);
 577     men.add(hideCols);
 578     men.add(hideOtherCols);
 579     men.show(table, x, y);
 580   }
 581
 582   @Override
 583   synchronized public void discoverAllFeatureData()
 584   {
 585     Set<String> allGroups = new HashSet<>();
 586     AlignmentI alignment = af.getViewport().getAlignment();
 587
 588     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 589     {
 590       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(i);
 591       for (String group : seq.getFeatures().getFeatureGroups(true))
 592       {
 593         if (group != null && !allGroups.contains(group))
 594         {
 595           allGroups.add(group);
 596           checkGroupState(group);
 597         }
 598       }
 599     }
 600
 601     resetTable(null);
 602
 603     validate();
 604   }
 605
 606   /**
 607    * Synchronise gui group list and check visibility of group
 608    *
 609    * @param group
 610    * @return true if group is visible
 611    */
 612   private boolean checkGroupState(String group)
 613   {
 614     boolean visible = fr.checkGroupVisibility(group, true);
 615
 616     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 617     {
 618       if (((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).getText().equals(group))
 619       {
 620         ((JCheckBox) groupPanel.getComponent(g)).setSelected(visible);
 621         return visible;
 622       }
 623     }
 624
 625     final String grp = group;
 626     final JCheckBox check = new JCheckBox(group, visible);
 627     check.setFont(new Font("Serif", Font.BOLD, 12));
 628     check.setToolTipText(group);
 629     check.addItemListener(new ItemListener()
 630     {
 631       @Override
 632       public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 633       {
 634         fr.setGroupVisibility(check.getText(), check.isSelected());
 635         resetTable(new String[] { grp });
 636         af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
 637       }
 638     });
 639     groupPanel.add(check);
 640     return visible;
 641   }
 642
 643   synchronized void resetTable(String[] groupChanged)
 644   {
 645     if (resettingTable)
 646     {
 647       return;
 648     }
 649     resettingTable = true;
 650     typeWidth = new Hashtable<>();
 651     // TODO: change avWidth calculation to 'per-sequence' average and use long
 652     // rather than float
 653
 654     Set<String> displayableTypes = new HashSet<>();
 655     Set<String> foundGroups = new HashSet<>();
 656
 657     /*
 658      * determine which feature types may be visible depending on
 659      * which groups are selected, and recompute average width data
 660      */
 661     for (int i = 0; i < af.getViewport().getAlignment().getHeight(); i++)
 662     {
 663
 664       SequenceI seq = af.getViewport().getAlignment().getSequenceAt(i);
 665
 666       /*
 667        * get the sequence's groups for positional features
 668        * and keep track of which groups are visible
 669        */
 670       Set<String> groups = seq.getFeatures().getFeatureGroups(true);
 671       Set<String> visibleGroups = new HashSet<>();
 672       for (String group : groups)
 673       {
 674         if (group == null || checkGroupState(group))
 675         {
 676           visibleGroups.add(group);
 677         }
 678       }
 679       foundGroups.addAll(groups);
 680
 681       /*
 682        * get distinct feature types for visible groups
 683        * record distinct visible types, and their count and total length
 684        */
 685       Set<String> types = seq.getFeatures().getFeatureTypesForGroups(true,
 686               visibleGroups.toArray(new String[visibleGroups.size()]));
 687
 688       for (String type : types)
 689       {
 690         displayableTypes.add(type);
 691         float[] avWidth = typeWidth.get(type);
 692         if (avWidth == null)
 693         {
 694           avWidth = new float[2];
 695           typeWidth.put(type, avWidth);
 696         }
 697         // todo this could include features with a non-visible group
 698         // - do we greatly care?
 699         // todo should we include non-displayable features here, and only
 700         // update when features are added?
 701         avWidth[0] += seq.getFeatures().getFeatureCount(true, type);
 702         avWidth[1] += seq.getFeatures().getTotalFeatureLength(type);
 703       }
 704     }
 705
 706     /*
 707      * enable 'Summary View' if some types are sub-types of others
 708      */
 709     Set<String> parents = SequenceOntologyFactory.getInstance()
 710             .getParentTerms(displayableTypes);
 711     summaryView.setEnabled(parents.size() < displayableTypes.size());
 712
 713     Object[][] data = new Object[displayableTypes.size()][COLUMN_COUNT];
 714     int dataIndex = 0;
 715
 716     if (fr.hasRenderOrder())
 717     {
 718       if (!handlingUpdate)
 719       {
 720         fr.findAllFeatures(groupChanged != null); // prod to update
 721         // colourschemes. but don't
 722         // affect display
 723         // First add the checks in the previous render order,
 724         // in case the window has been closed and reopened
 725       }
 726       List<String> frl = fr.getRenderOrder();
 727       for (int ro = frl.size() - 1; ro > -1; ro--)
 728       {
 729         String type = frl.get(ro);
 730
 731         if (!displayableTypes.contains(type))
 732         {
 733           continue;
 734         }
 735         data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 736         data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 737         FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 738         data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 739                 ? new FeatureMatcherSet()
 740                 : featureFilter;
 741         data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(
 742                 af.getViewport().getFeaturesDisplayed().isVisible(type));
 743         dataIndex++;
 744         displayableTypes.remove(type);
 745       }
 746     }
 747
 748     /*
 749      * process any extra features belonging only to
 750      * a group which was just selected
 751      */
 752     while (!displayableTypes.isEmpty())
 753     {
 754       String type = displayableTypes.iterator().next();
 755       data[dataIndex][TYPE_COLUMN] = type;
 756
 757       data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] = fr.getFeatureStyle(type);
 758       if (data[dataIndex][COLOUR_COLUMN] == null)
 759       {
 760         // "Colour has been updated in another view!!"
 761         fr.clearRenderOrder();
 762         return;
 763       }
 764       FeatureMatcherSetI featureFilter = fr.getFeatureFilter(type);
 765       data[dataIndex][FILTER_COLUMN] = featureFilter == null
 766               ? new FeatureMatcherSet()
 767               : featureFilter;
 768       data[dataIndex][SHOW_COLUMN] = new Boolean(true);
 769       dataIndex++;
 770       displayableTypes.remove(type);
 771     }
 772
 773     if (originalData == null)
 774     {
 775       originalData = new Object[data.length][COLUMN_COUNT];
 776       for (int i = 0; i < data.length; i++)
 777       {
 778         System.arraycopy(data[i], 0, originalData[i], 0, COLUMN_COUNT);
 779       }
 780     }
 781     else
 782     {
 783       updateOriginalData(data);
 784     }
 785
 786     /*
 787      * recreate the table model
 788      */
 789     FeatureTableModel dataModel = new FeatureTableModel(data);
 790     table.setModel(dataModel);
 791
 792     /*
 793      * we want to be able to filter out rows for sub-types, but not to sort
 794      * rows, so have to add a RowFilter to a disabled TableRowSorter (!)
 795      */
 796     final TableRowSorter<FeatureTableModel> sorter = new TableRowSorter<>(
 797             dataModel);
 798     for (int i = 0; i < table.getColumnCount(); i++)
 799     {
 800       sorter.setSortable(i, false);
 801     }
 802
 803     /*
 804      * filter rows to only top-level Ontology types if requested
 805      */
 806     sorter.setRowFilter(new RowFilter<FeatureTableModel, Integer>()
 807     {
 808       @Override
 809       public boolean include(
 810               Entry<? extends FeatureTableModel, ? extends Integer> entry)
 811       {
 812         if (!summaryView.isSelected())
 813         {
 814           return true;
 815         }
 816         int row = entry.getIdentifier(); // this is model, not view, row number
 817         String featureType = (String) entry.getModel().getData()[row][TYPE_COLUMN];
 818         return parents.contains(featureType);
 819       }
 820     });
 821     table.setRowSorter(sorter);
 822
 823     table.getColumnModel().getColumn(0).setPreferredWidth(200);
 824
 825     groupPanel.setLayout(
 826             new GridLayout(fr.getFeatureGroupsSize() / 4 + 1, 4));
 827     pruneGroups(foundGroups);
 828     groupPanel.validate();
 829
 830     updateFeatureRenderer(data, groupChanged != null);
 831     resettingTable = false;
 832   }
 833
 834   /**
 835    * Updates 'originalData' (used for restore on Cancel) if we detect that changes
 836    * have been made outwith this dialog
 837    * <ul>
 838    * <li>a new feature type added (and made visible)</li>
 839    * <li>a feature colour changed (in the Amend Features dialog)</li>
 840    * </ul>
 841    *
 842    * @param foundData
 843    */
 844   protected void updateOriginalData(Object[][] foundData)
 845   {
 846     // todo LinkedHashMap instead of Object[][] would be nice
 847
 848     Object[][] currentData = ((FeatureTableModel) table.getModel())
 849             .getData();
 850     for (Object[] row : foundData)
 851     {
 852       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
 853       boolean found = false;
 854       for (Object[] current : currentData)
 855       {
 856         if (type.equals(current[TYPE_COLUMN]))
 857         {
 858           found = true;
 859           /*
 860            * currently dependent on object equality here;
 861            * really need an equals method on FeatureColour
 862            */
 863           if (!row[COLOUR_COLUMN].equals(current[COLOUR_COLUMN]))
 864           {
 865             /*
 866              * feature colour has changed externally - update originalData
 867              */
 868             for (Object[] original : originalData)
 869             {
 870               if (type.equals(original[TYPE_COLUMN]))
 871               {
 872                 original[COLOUR_COLUMN] = row[COLOUR_COLUMN];
 873                 break;
 874               }
 875             }
 876           }
 877           break;
 878         }
 879       }
 880       if (!found)
 881       {
 882         /*
 883          * new feature detected - add to original data (on top)
 884          */
 885         Object[][] newData = new Object[originalData.length
 886                 + 1][COLUMN_COUNT];
 887         for (int i = 0; i < originalData.length; i++)
 888         {
 889           System.arraycopy(originalData[i], 0, newData[i + 1], 0,
 890                   COLUMN_COUNT);
 891         }
 892         newData[0] = row;
 893         originalData = newData;
 894       }
 895     }
 896   }
 897
 898   /**
 899    * Remove from the groups panel any checkboxes for groups that are not in the
 900    * foundGroups set. This enables removing a group from the display when the last
 901    * feature in that group is deleted.
 902    *
 903    * @param foundGroups
 904    */
 905   protected void pruneGroups(Set<String> foundGroups)
 906   {
 907     for (int g = 0; g < groupPanel.getComponentCount(); g++)
 908     {
 909       JCheckBox checkbox = (JCheckBox) groupPanel.getComponent(g);
 910       if (!foundGroups.contains(checkbox.getText()))
 911       {
 912         groupPanel.remove(checkbox);
 913       }
 914     }
 915   }
 916
 917   /**
 918    * reorder data based on the featureRenderers global priority list.
 919    *
 920    * @param data
 921    */
 922   private void ensureOrder(Object[][] data)
 923   {
 924     boolean sort = false;
 925     float[] order = new float[data.length];
 926     for (int i = 0; i < order.length; i++)
 927     {
 928       order[i] = fr.getOrder(data[i][0].toString());
 929       if (order[i] < 0)
 930       {
 931         order[i] = fr.setOrder(data[i][0].toString(), i / order.length);
 932       }
 933       if (i > 1)
 934       {
 935         sort = sort || order[i - 1] > order[i];
 936       }
 937     }
 938     if (sort)
 939     {
 940       jalview.util.QuickSort.sort(order, data);
 941     }
 942   }
 943
 944   /**
 945    * Offers a file chooser dialog, and then loads the feature colours and
 946    * filters from file in XML format and unmarshals to Jalview feature settings
 947    */
 948   void load()
 949   {
 950     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
 951             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
 952     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
 953     chooser.setDialogTitle(
 954             MessageManager.getString("label.load_feature_colours"));
 955     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.load"));
 956
 957     int value = chooser.showOpenDialog(this);
 958
 959     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
 960     {
 961       File file = chooser.getSelectedFile();
 962       load(file);
 963     }
 964   }
 965
 966   /**
 967    * Loads feature colours and filters from XML stored in the given file
 968    *
 969    * @param file
 970    */
 971   void load(File file)
 972   {
 973     try
 974     {
 975       InputStreamReader in = new InputStreamReader(
 976               new FileInputStream(file), "UTF-8");
 977
 978       JalviewUserColours jucs = JalviewUserColours.unmarshal(in);
 979
 980       /*
 981        * load feature colours
 982        */
 983       for (int i = jucs.getColourCount() - 1; i >= 0; i--)
 984       {
 985         jalview.schemabinding.version2.Colour newcol = jucs.getColour(i);
 986         FeatureColourI colour = Jalview2XML.unmarshalColour(newcol);
 987         fr.setColour(newcol.getName(), colour);
 988         fr.setOrder(newcol.getName(), i / (float) jucs.getColourCount());
 989       }
 990
 991       /*
 992        * load feature filters; loaded filters will replace any that are
 993        * currently defined, other defined filters are left unchanged
 994        */
 995       for (int i = 0; i < jucs.getFilterCount(); i++)
 996       {
 997         jalview.schemabinding.version2.Filter filterModel = jucs
 998                 .getFilter(i);
 999         String featureType = filterModel.getFeatureType();
1000         FeatureMatcherSetI filter = Jalview2XML.unmarshalFilter(featureType,
1001                 filterModel.getMatcherSet());
1002         if (!filter.isEmpty())
1003         {
1004           fr.setFeatureFilter(featureType, filter);
1005         }
1006       }
1007
1008       /*
1009        * update feature settings table
1010        */
1011       if (table != null)
1012       {
1013         resetTable(null);
1014         Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1015                 .getData();
1016         ensureOrder(data);
1017         updateFeatureRenderer(data, false);
1018         table.repaint();
1019       }
1020     } catch (Exception ex)
1021     {
1022       System.out.println("Error loading User Colour File\n" + ex);
1023     }
1024   }
1025
1026   /**
1027    * Offers a file chooser dialog, and then saves the current feature colours
1028    * and any filters to the selected file in XML format
1029    */
1030   void save()
1031   {
1032     JalviewFileChooser chooser = new JalviewFileChooser("fc",
1033             SEQUENCE_FEATURE_COLOURS);
1034     chooser.setFileView(new JalviewFileView());
1035     chooser.setDialogTitle(
1036             MessageManager.getString("label.save_feature_colours"));
1037     chooser.setToolTipText(MessageManager.getString("action.save"));
1038
1039     int value = chooser.showSaveDialog(this);
1040
1041     if (value == JalviewFileChooser.APPROVE_OPTION)
1042     {
1043       save(chooser.getSelectedFile());
1044     }
1045   }
1046
1047   /**
1048    * Saves feature colours and filters to the given file
1049    *
1050    * @param file
1051    */
1052   void save(File file)
1053   {
1054     JalviewUserColours ucs = new JalviewUserColours();
1055     ucs.setSchemeName("Sequence Features");
1056     try
1057     {
1058       PrintWriter out = new PrintWriter(new OutputStreamWriter(
1059               new FileOutputStream(file), "UTF-8"));
1060
1061       /*
1062        * sort feature types by colour order, from 0 (highest)
1063        * to 1 (lowest)
1064        */
1065       Set<String> fr_colours = fr.getAllFeatureColours();
1066       String[] sortedTypes = fr_colours
1067               .toArray(new String[fr_colours.size()]);
1068       Arrays.sort(sortedTypes, new Comparator<String>()
1069       {
1070         @Override
1071         public int compare(String type1, String type2)
1072         {
1073           return Float.compare(fr.getOrder(type1), fr.getOrder(type2));
1074         }
1075       });
1076
1077       /*
1078        * save feature colours
1079        */
1080       for (String featureType : sortedTypes)
1081       {
1082         FeatureColourI fcol = fr.getFeatureStyle(featureType);
1083         jalview.schemabinding.version2.Colour col = Jalview2XML.marshalColour(
1084                 featureType, fcol);
1085         ucs.addColour(col);
1086       }
1087
1088       /*
1089        * save any feature filters
1090        */
1091       for (String featureType : sortedTypes)
1092       {
1093         FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(featureType);
1094         if (filter != null && !filter.isEmpty())
1095         {
1096           Iterator<FeatureMatcherI> iterator = filter.getMatchers().iterator();
1097           FeatureMatcherI firstMatcher = iterator.next();
1098           MatcherSet ms = Jalview2XML.marshalFilter(firstMatcher, iterator,
1099                   filter.isAnded());
1100           Filter filterModel = new Filter();
1101           filterModel.setFeatureType(featureType);
1102           filterModel.setMatcherSet(ms);
1103           ucs.addFilter(filterModel);
1104         }
1105       }
1106
1107       ucs.marshal(out);
1108       out.close();
1109     } catch (Exception ex)
1110     {
1111       ex.printStackTrace();
1112     }
1113   }
1114
1115   public void invertSelection()
1116   {
1117     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1118     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1119     {
1120       data[i][SHOW_COLUMN] = !(Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1121     }
1122     updateFeatureRenderer(data, true);
1123     table.repaint();
1124   }
1125
1126   public void orderByAvWidth()
1127   {
1128     if (table == null || table.getModel() == null)
1129     {
1130       return;
1131     }
1132     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1133     float[] width = new float[data.length];
1134     float[] awidth;
1135     float max = 0;
1136
1137     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1138     {
1139       awidth = typeWidth.get(data[i][TYPE_COLUMN]);
1140       if (awidth[0] > 0)
1141       {
1142         width[i] = awidth[1] / awidth[0];// *awidth[0]*awidth[2]; - better
1143         // weight - but have to make per
1144         // sequence, too (awidth[2])
1145         // if (width[i]==1) // hack to distinguish single width sequences.
1146       }
1147       else
1148       {
1149         width[i] = 0;
1150       }
1151       if (max < width[i])
1152       {
1153         max = width[i];
1154       }
1155     }
1156     boolean sort = false;
1157     for (int i = 0; i < width.length; i++)
1158     {
1159       // awidth = (float[]) typeWidth.get(data[i][0]);
1160       if (width[i] == 0)
1161       {
1162         width[i] = fr.getOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString());
1163         if (width[i] < 0)
1164         {
1165           width[i] = fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(),
1166                   i / data.length);
1167         }
1168       }
1169       else
1170       {
1171         width[i] /= max; // normalize
1172         fr.setOrder(data[i][TYPE_COLUMN].toString(), width[i]); // store for later
1173       }
1174       if (i > 0)
1175       {
1176         sort = sort || width[i - 1] > width[i];
1177       }
1178     }
1179     if (sort)
1180     {
1181       jalview.util.QuickSort.sort(width, data);
1182       // update global priority order
1183     }
1184
1185     updateFeatureRenderer(data, false);
1186     table.repaint();
1187   }
1188
1189   public void close()
1190   {
1191     try
1192     {
1193       frame.setClosed(true);
1194     } catch (Exception exe)
1195     {
1196     }
1197
1198   }
1199
1200   public void updateFeatureRenderer(Object[][] data)
1201   {
1202     updateFeatureRenderer(data, true);
1203   }
1204
1205   /**
1206    * Update the priority order of features; only repaint if this changed the order
1207    * of visible features
1208    *
1209    * @param data
1210    * @param visibleNew
1211    */
1212   private void updateFeatureRenderer(Object[][] data, boolean visibleNew)
1213   {
1214     FeatureSettingsBean[] rowData = getTableAsBeans(data);
1215
1216     if (fr.setFeaturePriority(rowData, visibleNew))
1217     {
1218       af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1219     }
1220   }
1221
1222   /**
1223    * Converts table data into an array of data beans
1224    */
1225   private FeatureSettingsBean[] getTableAsBeans(Object[][] data)
1226   {
1227     FeatureSettingsBean[] rowData = new FeatureSettingsBean[data.length];
1228     for (int i = 0; i < data.length; i++)
1229     {
1230       String type = (String) data[i][TYPE_COLUMN];
1231       FeatureColourI colour = (FeatureColourI) data[i][COLOUR_COLUMN];
1232       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) data[i][FILTER_COLUMN];
1233       Boolean isShown = (Boolean) data[i][SHOW_COLUMN];
1234       rowData[i] = new FeatureSettingsBean(type, colour, theFilter,
1235               isShown);
1236     }
1237     return rowData;
1238   }
1239
1240   private void jbInit() throws Exception
1241   {
1242     this.setLayout(new BorderLayout());
1243
1244     JPanel settingsPane = new JPanel();
1245     settingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1246
1247     dasSettingsPane.setLayout(new BorderLayout());
1248
1249     JPanel bigPanel = new JPanel();
1250     bigPanel.setLayout(new BorderLayout());
1251
1252     groupPanel = new JPanel();
1253     bigPanel.add(groupPanel, BorderLayout.NORTH);
1254
1255     JButton invert = new JButton(
1256             MessageManager.getString("label.invert_selection"));
1257     invert.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1258     invert.addActionListener(new ActionListener()
1259     {
1260       @Override
1261       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1262       {
1263         invertSelection();
1264       }
1265     });
1266
1267     JButton optimizeOrder = new JButton(
1268             MessageManager.getString("label.optimise_order"));
1269     optimizeOrder.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1270     optimizeOrder.addActionListener(new ActionListener()
1271     {
1272       @Override
1273       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1274       {
1275         orderByAvWidth();
1276       }
1277     });
1278
1279     JButton sortByScore = new JButton(
1280             MessageManager.getString("label.seq_sort_by_score"));
1281     sortByScore.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1282     sortByScore.addActionListener(new ActionListener()
1283     {
1284       @Override
1285       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1286       {
1287         af.avc.sortAlignmentByFeatureScore(null);
1288       }
1289     });
1290     JButton sortByDens = new JButton(
1291             MessageManager.getString("label.sequence_sort_by_density"));
1292     sortByDens.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1293     sortByDens.addActionListener(new ActionListener()
1294     {
1295       @Override
1296       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1297       {
1298         af.avc.sortAlignmentByFeatureDensity(null);
1299       }
1300     });
1301
1302     JButton help = new JButton(MessageManager.getString("action.help"));
1303     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1304     help.addActionListener(new ActionListener()
1305     {
1306       @Override
1307       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1308       {
1309         try
1310         {
1311           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1312         } catch (HelpSetException e1)
1313         {
1314           e1.printStackTrace();
1315         }
1316       }
1317     });
1318     help.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1319     help.setText(MessageManager.getString("action.help"));
1320     help.addActionListener(new ActionListener()
1321     {
1322       @Override
1323       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1324       {
1325         try
1326         {
1327           Help.showHelpWindow(HelpId.SequenceFeatureSettings);
1328         } catch (HelpSetException e1)
1329         {
1330           e1.printStackTrace();
1331         }
1332       }
1333     });
1334
1335     JButton cancel = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
1336     cancel.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1337     cancel.addActionListener(new ActionListener()
1338     {
1339       @Override
1340       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1341       {
1342         fr.setTransparency(originalTransparency);
1343         fr.setFeatureFilters(originalFilters);
1344         updateFeatureRenderer(originalData);
1345         close();
1346       }
1347     });
1348
1349     JButton ok = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
1350     ok.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1351     ok.addActionListener(new ActionListener()
1352     {
1353       @Override
1354       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1355       {
1356         close();
1357       }
1358     });
1359
1360     JButton loadColours = new JButton(
1361             MessageManager.getString("label.load_colours"));
1362     loadColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1363     loadColours.setToolTipText(
1364             MessageManager.getString("label.load_colours_tooltip"));
1365     loadColours.addActionListener(new ActionListener()
1366     {
1367       @Override
1368       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1369       {
1370         load();
1371       }
1372     });
1373
1374     JButton saveColours = new JButton(
1375             MessageManager.getString("label.save_colours"));
1376     saveColours.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
1377     saveColours.setToolTipText(
1378             MessageManager.getString("label.save_colours_tooltip"));
1379     saveColours.addActionListener(new ActionListener()
1380     {
1381       @Override
1382       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1383       {
1384         save();
1385       }
1386     });
1387     transparency.addChangeListener(new ChangeListener()
1388     {
1389       @Override
1390       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
1391       {
1392         if (!inConstruction)
1393         {
1394           fr.setTransparency((100 - transparency.getValue()) / 100f);
1395           af.alignPanel.paintAlignment(true, true);
1396         }
1397       }
1398     });
1399
1400     summaryView = new JCheckBox(
1401             MessageManager.getString("label.summary_view"));
1402     summaryView
1403             .setToolTipText(
1404                     MessageManager.getString("label.summary_view_tip"));
1405     summaryView.addActionListener(new ActionListener()
1406     {
1407       @Override
1408       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1409       {
1410         resetTable(null);
1411       }
1412     });
1413
1414     transparency.setMaximum(70);
1415     transparency.setToolTipText(
1416             MessageManager.getString("label.transparency_tip"));
1417     fetchDAS.setText(MessageManager.getString("label.fetch_das_features"));
1418     fetchDAS.addActionListener(new ActionListener()
1419     {
1420       @Override
1421       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1422       {
1423         fetchDAS_actionPerformed(e);
1424       }
1425     });
1426     saveDAS.setText(MessageManager.getString("action.save_as_default"));
1427     saveDAS.addActionListener(new ActionListener()
1428     {
1429       @Override
1430       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1431       {
1432         saveDAS_actionPerformed(e);
1433       }
1434     });
1435
1436     JPanel dasButtonPanel = new JPanel();
1437     dasButtonPanel.setBorder(BorderFactory.createEtchedBorder());
1438     dasSettingsPane.setBorder(null);
1439     cancelDAS.setEnabled(false);
1440     cancelDAS.setText(MessageManager.getString("action.cancel_fetch"));
1441     cancelDAS.addActionListener(new ActionListener()
1442     {
1443       @Override
1444       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1445       {
1446         cancelDAS_actionPerformed(e);
1447       }
1448     });
1449
1450     JPanel lowerPanel = new JPanel(new GridLayout(1, 2));
1451     bigPanel.add(lowerPanel, BorderLayout.SOUTH);
1452
1453     JPanel transbuttons = new JPanel(new GridLayout(5, 1));
1454     transbuttons.add(optimizeOrder);
1455     transbuttons.add(invert);
1456     transbuttons.add(sortByScore);
1457     transbuttons.add(sortByDens);
1458     transbuttons.add(help);
1459     JPanel transPanel = new JPanel(new GridLayout(3, 1));
1460     transPanel.add(summaryView);
1461     transPanel.add(new JLabel(" Colour transparency" + ":"));
1462     transPanel.add(transparency);
1463     lowerPanel.add(transPanel);
1464     lowerPanel.add(transbuttons);
1465
1466     JPanel buttonPanel = new JPanel();
1467     buttonPanel.add(ok);
1468     buttonPanel.add(cancel);
1469     buttonPanel.add(loadColours);
1470     buttonPanel.add(saveColours);
1471     bigPanel.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
1472     dasSettingsPane.add(dasButtonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1473     dasButtonPanel.add(fetchDAS);
1474     dasButtonPanel.add(cancelDAS);
1475     dasButtonPanel.add(saveDAS);
1476     settingsPane.add(bigPanel, BorderLayout.CENTER);
1477     settingsPane.add(buttonPanel, BorderLayout.SOUTH);
1478     this.add(settingsPane);
1479   }
1480
1481   public void fetchDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1482   {
1483     fetchDAS.setEnabled(false);
1484     cancelDAS.setEnabled(true);
1485     dassourceBrowser.setGuiEnabled(false);
1486     Vector<jalviewSourceI> selectedSources = dassourceBrowser
1487             .getSelectedSources();
1488     doDasFeatureFetch(selectedSources, true, true);
1489   }
1490
1491   /**
1492    * get the features from selectedSources for all or the current selection
1493    *
1494    * @param selectedSources
1495    * @param checkDbRefs
1496    * @param promptFetchDbRefs
1497    */
1498   private void doDasFeatureFetch(List<jalviewSourceI> selectedSources,
1499           boolean checkDbRefs, boolean promptFetchDbRefs)
1500   {
1501     SequenceI[] dataset, seqs;
1502     int iSize;
1503     AlignmentViewport vp = af.getViewport();
1504     if (vp.getSelectionGroup() != null
1505             && vp.getSelectionGroup().getSize() > 0)
1506     {
1507       iSize = vp.getSelectionGroup().getSize();
1508       dataset = new SequenceI[iSize];
1509       seqs = vp.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(vp.getAlignment());
1510     }
1511     else
1512     {
1513       iSize = vp.getAlignment().getHeight();
1514       seqs = vp.getAlignment().getSequencesArray();
1515     }
1516
1517     dataset = new SequenceI[iSize];
1518     for (int i = 0; i < iSize; i++)
1519     {
1520       dataset[i] = seqs[i].getDatasetSequence();
1521     }
1522
1523     cancelDAS.setEnabled(true);
1524     dasFeatureFetcher = new jalview.ws.DasSequenceFeatureFetcher(dataset,
1525             this, selectedSources, checkDbRefs, promptFetchDbRefs);
1526     af.getViewport().setShowSequenceFeatures(true);
1527     af.showSeqFeatures.setSelected(true);
1528   }
1529
1530   /**
1531    * blocking call to initialise the das source browser
1532    */
1533   public void initDasSources()
1534   {
1535     dassourceBrowser.initDasSources();
1536   }
1537
1538   /**
1539    * examine the current list of das sources and return any matching the given
1540    * nicknames in sources
1541    *
1542    * @param sources
1543    *          Vector of Strings to resolve to DAS source nicknames.
1544    * @return sources that are present in source list.
1545    */
1546   public List<jalviewSourceI> resolveSourceNicknames(Vector<String> sources)
1547   {
1548     return dassourceBrowser.sourceRegistry.resolveSourceNicknames(sources);
1549   }
1550
1551   /**
1552    * get currently selected das sources. ensure you have called initDasSources
1553    * before calling this.
1554    *
1555    * @return vector of selected das source nicknames
1556    */
1557   public Vector<jalviewSourceI> getSelectedSources()
1558   {
1559     return dassourceBrowser.getSelectedSources();
1560   }
1561
1562   /**
1563    * properly initialise DAS fetcher and then initiate a new thread to fetch
1564    * features from the named sources (rather than any turned on by default)
1565    *
1566    * @param sources
1567    * @param block
1568    *          if true then runs in same thread, otherwise passes to the Swing
1569    *          executor
1570    */
1571   public void fetchDasFeatures(Vector<String> sources, boolean block)
1572   {
1573     initDasSources();
1574     List<jalviewSourceI> resolved = dassourceBrowser.sourceRegistry
1575             .resolveSourceNicknames(sources);
1576     if (resolved.size() == 0)
1577     {
1578       resolved = dassourceBrowser.getSelectedSources();
1579     }
1580     if (resolved.size() > 0)
1581     {
1582       final List<jalviewSourceI> dassources = resolved;
1583       fetchDAS.setEnabled(false);
1584       // cancelDAS.setEnabled(true); doDasFetch does this.
1585       Runnable fetcher = new Runnable()
1586       {
1587
1588         @Override
1589         public void run()
1590         {
1591           doDasFeatureFetch(dassources, true, false);
1592
1593         }
1594       };
1595       if (block)
1596       {
1597         fetcher.run();
1598       }
1599       else
1600       {
1601         SwingUtilities.invokeLater(fetcher);
1602       }
1603     }
1604   }
1605
1606   public void saveDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1607   {
1608     dassourceBrowser
1609             .saveProperties(jalview.bin.Cache.applicationProperties);
1610   }
1611
1612   public void complete()
1613   {
1614     fetchDAS.setEnabled(true);
1615     cancelDAS.setEnabled(false);
1616     dassourceBrowser.setGuiEnabled(true);
1617
1618   }
1619
1620   public void cancelDAS_actionPerformed(ActionEvent e)
1621   {
1622     if (dasFeatureFetcher != null)
1623     {
1624       dasFeatureFetcher.cancel();
1625     }
1626     complete();
1627   }
1628
1629   public void noDasSourceActive()
1630   {
1631     complete();
1632     JvOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,
1633             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_warn"),
1634             MessageManager.getString("label.no_das_sources_selected_title"),
1635             JvOptionPane.DEFAULT_OPTION, JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
1636   }
1637
1638   /**
1639    * Reorders features by 'dragging' selectedRow to 'newRow'
1640    *
1641    * @param newRow
1642    */
1643   protected void dragRow(int newRow)
1644   {
1645     if (summaryView.isSelected())
1646     {
1647       // no drag while in summary view
1648       return;
1649     }
1650
1651     if (newRow != selectedRow && selectedRow != -1 && newRow != -1)
1652     {
1653       /*
1654        * reposition 'selectedRow' to 'newRow' (the dragged to location)
1655        * this could be more than one row away for a very fast drag action
1656        * so just swap it with adjacent rows until we get it there
1657        */
1658       Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel())
1659               .getData();
1660       int direction = newRow < selectedRow ? -1 : 1;
1661       for (int i = selectedRow; i != newRow; i += direction)
1662       {
1663         Object[] temp = data[i];
1664         data[i] = data[i + direction];
1665         data[i + direction] = temp;
1666       }
1667       updateFeatureRenderer(data);
1668       table.repaint();
1669       selectedRow = newRow;
1670     }
1671   }
1672
1673   protected void refreshTable()
1674   {
1675     Object[][] data = ((FeatureTableModel) table.getModel()).getData();
1676     for (Object[] row : data)
1677     {
1678       String type = (String) row[TYPE_COLUMN];
1679       FeatureColourI colour = fr.getFeatureColours().get(type);
1680       FeatureMatcherSetI filter = fr.getFeatureFilter(type);
1681       if (filter == null)
1682       {
1683         filter = new FeatureMatcherSet();
1684       }
1685       row[COLOUR_COLUMN] = colour;
1686       row[FILTER_COLUMN] = filter;
1687     }
1688     repaint();
1689   }
1690
1691   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1692   // http://java.sun.com/docs/books/tutorial/uiswing/components/table.html
1693   // ///////////////////////////////////////////////////////////////////////
1694   class FeatureTableModel extends AbstractTableModel
1695   {
1696     private String[] columnNames = {
1697         MessageManager.getString("label.feature_type"),
1698         MessageManager.getString("action.colour"),
1699         MessageManager.getString("label.filter"),
1700         MessageManager.getString("label.show") };
1701
1702     private Object[][] data;
1703
1704     FeatureTableModel(Object[][] data)
1705     {
1706       this.data = data;
1707     }
1708
1709     public Object[][] getData()
1710     {
1711       return data;
1712     }
1713
1714     public void setData(Object[][] data)
1715     {
1716       this.data = data;
1717     }
1718
1719     @Override
1720     public int getColumnCount()
1721     {
1722       return columnNames.length;
1723     }
1724
1725     public Object[] getRow(int row)
1726     {
1727       return data[row];
1728     }
1729
1730     @Override
1731     public int getRowCount()
1732     {
1733       return data.length;
1734     }
1735
1736     @Override
1737     public String getColumnName(int col)
1738     {
1739       return columnNames[col];
1740     }
1741
1742     @Override
1743     public Object getValueAt(int row, int col)
1744     {
1745       return data[row][col];
1746     }
1747
1748     /**
1749      * Answers the class of the object in column c of the first row of the table
1750      */
1751     @Override
1752     public Class<?> getColumnClass(int c)
1753     {
1754       Object v = getValueAt(0, c);
1755       return v == null ? null : v.getClass();
1756     }
1757
1758     /**
1759      * Answers true for all columns except Feature Type
1760      */
1761     @Override
1762     public boolean isCellEditable(int row, int col)
1763     {
1764       return col != TYPE_COLUMN;
1765     }
1766
1767     /**
1768      * Sets the value in the model for a given row and column. If Visibility
1769      * (Show/Hide) is being set, and the table is in Summary View, then it is
1770      * set also on any sub-types of the row's feature type.
1771      */
1772     @Override
1773     public void setValueAt(Object value, int row, int col)
1774     {
1775       data[row][col] = value;
1776       fireTableCellUpdated(row, col);
1777       if (summaryView.isSelected() && col == SHOW_COLUMN)
1778       {
1779         setSubtypesVisibility(row, (Boolean) value);
1780       }
1781       updateFeatureRenderer(data);
1782     }
1783
1784     /**
1785      * Sets the visibility of any feature types which are sub-types of the type
1786      * in the given row of the table
1787      *
1788      * @param row
1789      * @param value
1790      */
1791     protected void setSubtypesVisibility(int row, Boolean value)
1792     {
1793       String type = (String) data[row][TYPE_COLUMN];
1794       OntologyI so = SequenceOntologyFactory.getInstance();
1795
1796       for (int r = 0; r < data.length; r++)
1797       {
1798         if (r != row)
1799         {
1800           String type2 = (String) data[r][TYPE_COLUMN];
1801           if (so.isA(type2, type))
1802           {
1803             data[r][SHOW_COLUMN] = value;
1804             fireTableCellUpdated(r, SHOW_COLUMN);
1805           }
1806         }
1807       }
1808     }
1809
1810   }
1811
1812   class ColorRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1813   {
1814     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1815
1816     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1817
1818     final String baseTT = "Click to edit, right/apple click for menu.";
1819
1820     public ColorRenderer()
1821     {
1822       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1823       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1824       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1825     }
1826
1827     @Override
1828     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl, Object color,
1829             boolean isSelected, boolean hasFocus, int row, int column)
1830     {
1831       FeatureColourI cellColour = (FeatureColourI) color;
1832       setOpaque(true);
1833       setToolTipText(baseTT);
1834       setBackground(tbl.getBackground());
1835       if (!cellColour.isSimpleColour())
1836       {
1837         Rectangle cr = tbl.getCellRect(row, column, false);
1838         FeatureSettings.renderGraduatedColor(this, cellColour,
1839                 (int) cr.getWidth(), (int) cr.getHeight());
1840       }
1841       else
1842       {
1843         this.setText("");
1844         this.setIcon(null);
1845         setBackground(cellColour.getColour());
1846       }
1847       if (isSelected)
1848       {
1849         if (selectedBorder == null)
1850         {
1851           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1852                   tbl.getSelectionBackground());
1853         }
1854         setBorder(selectedBorder);
1855       }
1856       else
1857       {
1858         if (unselectedBorder == null)
1859         {
1860           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1861                   tbl.getBackground());
1862         }
1863         setBorder(unselectedBorder);
1864       }
1865
1866       return this;
1867     }
1868   }
1869
1870   class FilterRenderer extends JLabel implements TableCellRenderer
1871   {
1872     javax.swing.border.Border unselectedBorder = null;
1873
1874     javax.swing.border.Border selectedBorder = null;
1875
1876     public FilterRenderer()
1877     {
1878       setOpaque(true); // MUST do this for background to show up.
1879       setHorizontalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1880       setVerticalTextPosition(SwingConstants.CENTER);
1881     }
1882
1883     @Override
1884     public Component getTableCellRendererComponent(JTable tbl,
1885             Object filter, boolean isSelected, boolean hasFocus, int row,
1886             int column)
1887     {
1888       FeatureMatcherSetI theFilter = (FeatureMatcherSetI) filter;
1889       setOpaque(true);
1890       String asText = theFilter.toString();
1891       setBackground(tbl.getBackground());
1892       this.setText(asText);
1893       this.setIcon(null);
1894
1895       if (isSelected)
1896       {
1897         if (selectedBorder == null)
1898         {
1899           selectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1900                   tbl.getSelectionBackground());
1901         }
1902         setBorder(selectedBorder);
1903       }
1904       else
1905       {
1906         if (unselectedBorder == null)
1907         {
1908           unselectedBorder = BorderFactory.createMatteBorder(2, 5, 2, 5,
1909                   tbl.getBackground());
1910         }
1911         setBorder(unselectedBorder);
1912       }
1913
1914       return this;
1915     }
1916   }
1917
1918   /**
1919    * update comp using rendering settings from gcol
1920    *
1921    * @param comp
1922    * @param gcol
1923    */
1924   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol)
1925   {
1926     int w = comp.getWidth(), h = comp.getHeight();
1927     if (w < 20)
1928     {
1929       w = (int) comp.getPreferredSize().getWidth();
1930       h = (int) comp.getPreferredSize().getHeight();
1931       if (w < 20)
1932       {
1933         w = 80;
1934         h = 12;
1935       }
1936     }
1937     renderGraduatedColor(comp, gcol, w, h);
1938   }
1939
1940   public static void renderGraduatedColor(JLabel comp, FeatureColourI gcol,
1941           int w, int h)
1942   {
1943     boolean thr = false;
1944     StringBuilder tt = new StringBuilder();
1945     StringBuilder tx = new StringBuilder();
1946
1947     if (gcol.isColourByAttribute())
1948     {
1949       tx.append(String.join(":", gcol.getAttributeName()));
1950     }
1951     else if (!gcol.isColourByLabel())
1952     {
1953       tx.append(MessageManager.getString("label.score"));
1954     }
1955     tx.append(" ");
1956     if (gcol.isAboveThreshold())
1957     {
1958       thr = true;
1959       tx.append(">");
1960       tt.append("Thresholded (Above ").append(gcol.getThreshold())
1961               .append(") ");
1962     }
1963     if (gcol.isBelowThreshold())
1964     {
1965       thr = true;
1966       tx.append("<");
1967       tt.append("Thresholded (Below ").append(gcol.getThreshold())
1968               .append(") ");
1969     }
1970     if (gcol.isColourByLabel())
1971     {
1972       tt.append("Coloured by label text. ").append(tt);
1973       if (thr)
1974       {
1975         tx.append(" ");
1976       }
1977       if (!gcol.isColourByAttribute())
1978       {
1979         tx.append("Label");
1980       }
1981       comp.setIcon(null);
1982     }
1983     else
1984     {
1985       Color newColor = gcol.getMaxColour();
1986       comp.setBackground(newColor);
1987       // System.err.println("Width is " + w / 2);
1988       Icon ficon = new FeatureIcon(gcol, comp.getBackground(), w, h, thr);
1989       comp.setIcon(ficon);
1990       // tt+="RGB value: Max (" + newColor.getRed() + ", "
1991       // + newColor.getGreen() + ", " + newColor.getBlue()
1992       // + ")\nMin (" + minCol.getRed() + ", " + minCol.getGreen()
1993       // + ", " + minCol.getBlue() + ")");
1994     }
1995     comp.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
1996     comp.setText(tx.toString());
1997     if (tt.length() > 0)
1998     {
1999       if (comp.getToolTipText() == null)
2000       {
2001         comp.setToolTipText(tt.toString());
2002       }
2003       else
2004       {
2005         comp.setToolTipText(
2006                 tt.append(" ").append(comp.getToolTipText()).toString());
2007       }
2008     }
2009   }
2010
2011   class ColorEditor extends AbstractCellEditor
2012           implements TableCellEditor, ActionListener
2013   {
2014     FeatureSettings me;
2015
2016     FeatureColourI currentColor;
2017
2018     FeatureTypeSettings chooser;
2019
2020     String type;
2021
2022     JButton colourButton;
2023
2024     JColorChooser colorChooser;
2025
2026     JDialog dialog;
2027
2028     protected static final String EDIT = "edit";
2029
2030     int rowSelected = 0;
2031
2032     public ColorEditor(FeatureSettings me)
2033     {
2034       this.me = me;
2035       // Set up the editor (from the table's point of view),
2036       // which is a button.
2037       // This button brings up the color chooser dialog,
2038       // which is the editor from the user's point of view.
2039       colourButton = new JButton();
2040       colourButton.setActionCommand(EDIT);
2041       colourButton.addActionListener(this);
2042       colourButton.setBorderPainted(false);
2043       // Set up the dialog that the button brings up.
2044       colorChooser = new JColorChooser();
2045       dialog = JColorChooser.createDialog(colourButton,
2046               MessageManager.getString("label.select_colour"), true, // modal
2047               colorChooser, this, // OK button handler
2048               null); // no CANCEL button handler
2049     }
2050
2051     /**
2052      * Handles events from the editor button and from the dialog's OK button.
2053      */
2054     @Override
2055     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2056     {
2057       // todo test e.getSource() instead here
2058       if (EDIT.equals(e.getActionCommand()))
2059       {
2060         // The user has clicked the cell, so
2061         // bring up the dialog.
2062         if (currentColor.isSimpleColour())
2063         {
2064           // bring up simple color chooser
2065           colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2066           colorChooser.setColor(currentColor.getColour());
2067           dialog.setVisible(true);
2068         }
2069         else
2070         {
2071           // bring up graduated chooser.
2072           chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2073           chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2074           chooser.requestFocus();
2075           chooser.addActionListener(this);
2076           chooser.showTab(true);
2077         }
2078         // Make the renderer reappear.
2079         fireEditingStopped();
2080       }
2081       else
2082       {
2083         if (currentColor.isSimpleColour())
2084         {
2085           /*
2086            * read off colour picked in colour chooser after OK pressed
2087            */
2088           currentColor = new FeatureColour(colorChooser.getColor());
2089           me.table.setValueAt(currentColor, rowSelected, COLOUR_COLUMN);
2090         }
2091         else
2092         {
2093           /*
2094            * after OK in variable colour dialog, any changes to colour
2095            * (or filters!) are already set in FeatureRenderer, so just
2096            * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2097            */
2098           refreshTable();
2099         }
2100         fireEditingStopped();
2101         me.table.validate();
2102       }
2103     }
2104
2105     // Implement the one CellEditor method that AbstractCellEditor doesn't.
2106     @Override
2107     public Object getCellEditorValue()
2108     {
2109       return currentColor;
2110     }
2111
2112     // Implement the one method defined by TableCellEditor.
2113     @Override
2114     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2115             boolean isSelected, int row, int column)
2116     {
2117       currentColor = (FeatureColourI) value;
2118       this.rowSelected = row;
2119       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2120       colourButton.setOpaque(true);
2121       colourButton.setBackground(me.getBackground());
2122       if (!currentColor.isSimpleColour())
2123       {
2124         JLabel btn = new JLabel();
2125         btn.setSize(colourButton.getSize());
2126         FeatureSettings.renderGraduatedColor(btn, currentColor);
2127         colourButton.setBackground(btn.getBackground());
2128         colourButton.setIcon(btn.getIcon());
2129         colourButton.setText(btn.getText());
2130       }
2131       else
2132       {
2133         colourButton.setText("");
2134         colourButton.setIcon(null);
2135         colourButton.setBackground(currentColor.getColour());
2136       }
2137       return colourButton;
2138     }
2139   }
2140
2141   /**
2142    * The cell editor for the Filter column. It displays the text of any filters
2143    * for the feature type in that row (in full as a tooltip, possible abbreviated
2144    * as display text). On click in the cell, opens the Feature Display Settings
2145    * dialog at the Filters tab.
2146    */
2147   class FilterEditor extends AbstractCellEditor
2148           implements TableCellEditor, ActionListener
2149   {
2150     FeatureSettings me;
2151
2152     FeatureMatcherSetI currentFilter;
2153
2154     Point lastLocation;
2155
2156     String type;
2157
2158     JButton filterButton;
2159
2160     protected static final String EDIT = "edit";
2161
2162     int rowSelected = 0;
2163
2164     public FilterEditor(FeatureSettings me)
2165     {
2166       this.me = me;
2167       filterButton = new JButton();
2168       filterButton.setActionCommand(EDIT);
2169       filterButton.addActionListener(this);
2170       filterButton.setBorderPainted(false);
2171     }
2172
2173     /**
2174      * Handles events from the editor button
2175      */
2176     @Override
2177     public void actionPerformed(ActionEvent e)
2178     {
2179       if (filterButton == e.getSource())
2180       {
2181         FeatureTypeSettings chooser = new FeatureTypeSettings(me.fr, type);
2182         chooser.addActionListener(this);
2183         chooser.setRequestFocusEnabled(true);
2184         chooser.requestFocus();
2185         if (lastLocation != null)
2186         {
2187           // todo open at its last position on screen
2188           chooser.setBounds(lastLocation.x, lastLocation.y,
2189                   chooser.getWidth(), chooser.getHeight());
2190           chooser.validate();
2191         }
2192         chooser.showTab(false);
2193         fireEditingStopped();
2194       }
2195       else if (e.getSource() instanceof Component)
2196       {
2197         /*
2198          * after OK in variable colour dialog, any changes to filter
2199          * (or colours!) are already set in FeatureRenderer, so just
2200          * update table data without triggering updateFeatureRenderer
2201          */
2202         refreshTable();
2203         fireEditingStopped();
2204         me.table.validate();
2205       }
2206     }
2207
2208     @Override
2209     public Object getCellEditorValue()
2210     {
2211       return currentFilter;
2212     }
2213
2214     @Override
2215     public Component getTableCellEditorComponent(JTable theTable, Object value,
2216             boolean isSelected, int row, int column)
2217     {
2218       currentFilter = (FeatureMatcherSetI) value;
2219       this.rowSelected = row;
2220       type = me.table.getValueAt(row, TYPE_COLUMN).toString();
2221       filterButton.setOpaque(true);
2222       filterButton.setBackground(me.getBackground());
2223       filterButton.setText(currentFilter.toString());
2224       filterButton.setToolTipText(currentFilter.toString());
2225       filterButton.setIcon(null);
2226       return filterButton;
2227     }
2228   }
2229 }
2230
2231 class FeatureIcon implements Icon
2232 {
2233   private static final Font VERDANA_9 = new Font("Verdana", Font.PLAIN, 9);
2234
2235   FeatureColourI gcol;
2236
2237   Color backg;
2238
2239   boolean midspace = false;
2240
2241   int width = 50, height = 20;
2242
2243   int s1, e1; // start and end of midpoint band for thresholded symbol
2244
2245   Color mpcolour = Color.white;
2246
2247   FeatureIcon(FeatureColourI gfc, Color bg, int w, int h, boolean mspace)
2248   {
2249     gcol = gfc;
2250     backg = bg;
2251     width = w;
2252     height = h;
2253     midspace = mspace;
2254     if (midspace)
2255     {
2256       s1 = width / 3;
2257       e1 = s1 * 2;
2258     }
2259     else
2260     {
2261       s1 = width / 2;
2262       e1 = s1;
2263     }
2264   }
2265
2266   @Override
2267   public int getIconWidth()
2268   {
2269     return width;
2270   }
2271
2272   @Override
2273   public int getIconHeight()
2274   {
2275     return height;
2276   }
2277
2278   @Override
2279   public void paintIcon(Component c, Graphics g, int x, int y)
2280   {
2281
2282     if (gcol.isColourByLabel())
2283     {
2284       g.setColor(backg);
2285       g.fillRect(0, 0, width, height);
2286       // need an icon here.
2287       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2288
2289       g.setFont(VERDANA_9);
2290
2291       // g.setFont(g.getFont().deriveFont(
2292       // AffineTransform.getScaleInstance(
2293       // width/g.getFontMetrics().stringWidth("Label"),
2294       // height/g.getFontMetrics().getHeight())));
2295
2296       g.drawString(MessageManager.getString("label.label"), 0, 0);
2297
2298     }
2299     else
2300     {
2301       Color minCol = gcol.getMinColour();
2302       g.setColor(minCol);
2303       g.fillRect(0, 0, s1, height);
2304       if (midspace)
2305       {
2306         g.setColor(Color.white);
2307         g.fillRect(s1, 0, e1 - s1, height);
2308       }
2309       g.setColor(gcol.getMaxColour());
2310       g.fillRect(0, e1, width - e1, height);
2311     }
2312   }
2313 }