src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   SuperGroup searchGroup;\r
  17   Vector searchResults;\r
  18 \r
  19   int seqIndex = 0;\r
  20   int resIndex = 0;\r
  21   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  22   {\r
  23     this.av = av;\r
  24     this.ap = ap;\r
  25     frame = f;\r
  26 \r
  27     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  28     // obtain the focus/////////////////////////\r
  29     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  30     {\r
  31       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  32       {\r
  33         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  34         {\r
  35           public void run()\r
  36           {   textfield.requestFocus();      }\r
  37        });\r
  38      }\r
  39 \r
  40      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  41      {\r
  42        cancel_actionPerformed(null);\r
  43      }\r
  44 });\r
  45 \r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  49   {\r
  50     doSearch(false);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  54   {\r
  55     doSearch(false);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  59   {\r
  60     resIndex=0;\r
  61     seqIndex=0;\r
  62     doSearch(true);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  66   {\r
  67     try{\r
  68       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  69       ap.highlightSearchResults( null );\r
  70       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  71      // frame.setClosed(true);\r
  72     }catch(Exception ex){ }\r
  73   }\r
  74 \r
  75 \r
  76   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  77   {\r
  78     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
  79    Color [] newColors = new Color[24];\r
  80    for(int i=0; i<24; i++)\r
  81      newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
  82 \r
  83    ucs.setColourScheme(newColors);\r
  84    String searchString = textfield.getText();\r
  85 \r
  86    searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
  87 \r
  88 \r
  89     for(int i=0; i<searchResults.size(); i+=3)\r
  90     {\r
  91       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
  92       // account for this here\r
  93 \r
  94       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString()) );\r
  95       int startRes = seq.findIndex( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+1).toString()) )-1;\r
  96       int endRes = seq.findIndex(   Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+2).toString()) )-1;\r
  97 \r
  98       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false, startRes , endRes  );\r
  99       sg.addSequence(seq);\r
 100       av.alignment.addGroup(sg);\r
 101       searchGroup.addGroup( sg );\r
 102 \r
 103     }\r
 104 \r
 105     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 106     ap.highlightSearchResults( null );\r
 107   }\r
 108 \r
 109 \r
 110   void doSearch(boolean findAll)\r
 111   {\r
 112     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 113 \r
 114     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 115 \r
 116     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 117 \r
 118     searchResults = new Vector();\r
 119     int [] allResults = null;\r
 120 \r
 121     Sequence seq;\r
 122     String item=null;\r
 123     boolean found = false;\r
 124 \r
 125     ////// is the searchString a residue number?\r
 126     try{\r
 127       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 128       found = true;\r
 129 \r
 130       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 131         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 132       else\r
 133         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 134 \r
 135       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 136       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 137       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 138 \r
 139     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 140     ///////////////////////////////////////////////\r
 141 \r
 142 \r
 143     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 144     Color [] newColors = new Color[24];\r
 145     for(int i=0; i<24; i++)\r
 146       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 147 \r
 148     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 149 \r
 150     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 151 \r
 152     int end = av.alignment.getHeight();\r
 153 \r
 154     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 155     if(selection!=null)\r
 156      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 157       selection = null;\r
 158 \r
 159     while( !found && seqIndex<end)\r
 160     {\r
 161       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 162 \r
 163 \r
 164       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 165       {\r
 166         seqIndex++;\r
 167         resIndex=0;\r
 168         continue;\r
 169       }\r
 170 \r
 171       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 172 \r
 173       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 174           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 175 \r
 176       ///Shall we ignore gaps????\r
 177       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 178       int insertCount=0;\r
 179       Vector spaces = new Vector();\r
 180 \r
 181       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 182       {\r
 183 \r
 184         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 185          {\r
 186            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 187            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 188          }\r
 189         else\r
 190            insertCount++;\r
 191       }\r
 192 \r
 193 \r
 194 \r
 195       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 196       {\r
 197 \r
 198        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 199        {\r
 200          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 201          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 202            continue;\r
 203 \r
 204          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 205 \r
 206          int sres = seq.findPosition( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) );\r
 207          int eres = seq.findPosition( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) );\r
 208 \r
 209           searchResults.addElement( sres+"" );\r
 210           searchResults.addElement( eres+"" );\r
 211 \r
 212          if(!findAll)\r
 213          {\r
 214            // thats enough, break and display the result\r
 215            found = true;\r
 216            resIndex++;\r
 217            break;\r
 218          }\r
 219 \r
 220          r=resIndex;\r
 221        }\r
 222       }\r
 223       if(!found)\r
 224       {\r
 225         seqIndex++;\r
 226         resIndex = 0;\r
 227       }\r
 228     }\r
 229 \r
 230 \r
 231     Vector idMatch = new Vector();\r
 232     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 233     {\r
 234       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 235         idMatch.add( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 236     }\r
 237 \r
 238     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 239       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 240 \r
 241 \r
 242     if(searchResults.size()>0)\r
 243     {\r
 244       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 245       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 246         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 247 \r
 248       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 249     }\r
 250     else\r
 251     {\r
 252       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 253       resIndex=0;\r
 254       seqIndex=0;\r
 255     }\r
 256 \r
 257     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 258     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 259 \r
 260     if (findAll)\r
 261     {\r
 262       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 263       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 264                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 265     }\r
 266 \r
 267   }\r
 268 \r
 269 }\r