src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.jbgui.GFinder;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  30
  31 import java.awt.Dimension;
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.awt.event.KeyEvent;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Vector;
  37 import java.util.regex.Pattern;
  38 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  39
  40 import javax.swing.AbstractAction;
  41 import javax.swing.JComponent;
  42 import javax.swing.JInternalFrame;
  43 import javax.swing.JLayeredPane;
  44 import javax.swing.KeyStroke;
  45
  46 /**
  47  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  48  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  49  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  50  *
  51  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  52  * Any gaps are ignored.
  53  *
  54  * @author $author$
  55  * @version $Revision$
  56  */
  57 public class Finder extends GFinder
  58 {
  59   private static final int MY_HEIGHT = 120;
  60
  61   private static final int MY_WIDTH = 400;
  62
  63   AlignmentViewport av;
  64
  65   AlignmentPanel ap;
  66
  67   private static final int MIN_WIDTH = 350;
  68
  69   private static final int MIN_HEIGHT = 120;
  70
  71   JInternalFrame frame;
  72
  73   int seqIndex = 0;
  74
  75   int resIndex = -1;
  76
  77   SearchResultsI searchResults;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new Finder object with no associated viewport or panel.
  81    */
  82   public Finder()
  83   {
  84     this(null, null);
  85     focusfixed = false;
  86   }
  87
  88   /**
  89    * Constructor given an associated viewport and alignment panel. Constructs
  90    * and displays an internal frame where the user can enter a search string.
  91    *
  92    * @param viewport
  93    * @param alignPanel
  94    */
  95   public Finder(AlignmentViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
  96   {
  97     av = viewport;
  98     ap = alignPanel;
  99     focusfixed = true;
 100     frame = new JInternalFrame();
 101     frame.setContentPane(this);
 102     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
 103     addEscapeHandler();
 104     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.find"),
 105             MY_WIDTH, MY_HEIGHT);
 106     frame.setMinimumSize(new Dimension(MIN_WIDTH, MIN_HEIGHT));
 107     textfield.requestFocus();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 112    */
 113   private void addEscapeHandler()
 114   {
 115     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
 116             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 117     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 118     {
 119       @Override
 120       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 121       {
 122         escapeActionPerformed();
 123       }
 124     });
 125   }
 126
 127   /**
 128    * Close the panel on Escape key press
 129    */
 130   protected void escapeActionPerformed()
 131   {
 132     setVisible(false);
 133     frame.dispose();
 134   }
 135
 136   /**
 137    * Performs the 'Find Next' action.
 138    *
 139    * @param e
 140    */
 141   @Override
 142   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
 143   {
 144     if (getFocusedViewport())
 145     {
 146       doSearch(false);
 147     }
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Performs the 'Find All' action.
 152    *
 153    * @param e
 154    */
 155   @Override
 156   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 157   {
 158     if (getFocusedViewport())
 159     {
 160       resIndex = -1;
 161       seqIndex = 0;
 162       doSearch(true);
 163     }
 164   }
 165
 166   /**
 167    * do we only search a given alignment view ?
 168    */
 169   private boolean focusfixed;
 170
 171   /**
 172    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 173    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 174    * accordingly
 175    *
 176    * @return false if no alignment window was found
 177    */
 178   boolean getFocusedViewport()
 179   {
 180     if (focusfixed || Desktop.desktop == null)
 181     {
 182       if (ap != null && av != null)
 183       {
 184         return true;
 185       }
 186       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 187       return false;
 188     }
 189     // now checks further down the window stack to fix bug
 190     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 191     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 192     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 193     {
 194       JInternalFrame alignFrame = frames[f];
 195       if (alignFrame != null && alignFrame instanceof AlignFrame)
 196       {
 197         av = ((AlignFrame) alignFrame).viewport;
 198         ap = ((AlignFrame) alignFrame).alignPanel;
 199         return true;
 200       }
 201     }
 202     return false;
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Opens a dialog that allows the user to create sequence features for the
 207    * find match results.
 208    */
 209   @Override
 210   public void createFeatures_actionPerformed()
 211   {
 212     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<SequenceI>();
 213     List<SequenceFeature> features = new ArrayList<SequenceFeature>();
 214
 215     String searchString = textfield.getText().trim();
 216     String desc = "Search Results";
 217
 218     /*
 219      * assemble dataset sequences, and template new sequence features,
 220      * for the amend features dialog
 221      */
 222     for (SearchResultMatchI match : searchResults.getResults())
 223     {
 224       seqs.add(match.getSequence().getDatasetSequence());
 225       features.add(new SequenceFeature(searchString, desc, null, match
 226               .getStart(), match.getEnd(), desc));
 227     }
 228
 229     if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 230             features, true, ap))
 231     {
 232       /*
 233        * ensure feature display is turned on to show the new features,
 234        * and remove them as highlighted regions
 235        */
 236       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 237       av.setShowSequenceFeatures(true);
 238       ap.highlightSearchResults(null);
 239     }
 240   }
 241
 242   /**
 243    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 244    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 245    *
 246    * @param doFindAll
 247    */
 248   void doSearch(boolean doFindAll)
 249   {
 250     createFeatures.setEnabled(false);
 251
 252     String searchString = textfield.getText().trim();
 253
 254     if (isInvalidSearchString(searchString))
 255     {
 256       return;
 257     }
 258     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 259     // other stuff
 260     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 261     // descriptions, features
 262     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 263             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 264     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 265     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());
 266
 267     finder.setFindAll(doFindAll);
 268
 269     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 270
 271     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 272     resIndex = finder.getResIndex();
 273
 274     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex,
 275     // caseSensitive.isSelected(), )
 276     Vector<SequenceI> idMatch = finder.getIdMatch();
 277     boolean haveResults = false;
 278     // set or reset the GUI
 279     if ((idMatch.size() > 0))
 280     {
 281       haveResults = true;
 282       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 283     }
 284     else
 285     {
 286       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 287     }
 288
 289     if (searchResults.getSize() > 0)
 290     {
 291       haveResults = true;
 292       createFeatures.setEnabled(true);
 293     }
 294     else
 295     {
 296       searchResults = null;
 297     }
 298
 299     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 300     // seqCanvas
 301     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 302     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 303     // 'SelectRegion' selection
 304     if (!haveResults)
 305     {
 306       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 307               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 308               JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 309       resIndex = -1;
 310       seqIndex = 0;
 311     }
 312     else
 313     {
 314       if (doFindAll)
 315       {
 316         // then we report the matches that were found
 317         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 318                 + " IDs" : "";
 319         if (searchResults != null)
 320         {
 321           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getSize() > 0)
 322           {
 323             message += " and ";
 324           }
 325           message += searchResults.getSize()
 326                   + " subsequence matches found.";
 327         }
 328         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 329                 JvOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 330         resIndex = -1;
 331         seqIndex = 0;
 332       }
 333     }
 334
 335   }
 336
 337   /**
 338    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 339    * invalid, else answers true.
 340    *
 341    * @param searchString
 342    * @return
 343    */
 344   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 345   {
 346     String error = getSearchValidationError(searchString);
 347     if (error == null)
 348     {
 349       return false;
 350     }
 351     JvOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 352             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 353             JvOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 354     return true;
 355   }
 356
 357   /**
 358    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 359    * returns null.
 360    *
 361    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 362    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 363    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 364    * search syntax is expanded.
 365    *
 366    * @param searchString
 367    * @return
 368    */
 369   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 370   {
 371     String error = null;
 372     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 373     {
 374       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 375     }
 376     try
 377     {
 378       Pattern.compile(searchString);
 379     } catch (PatternSyntaxException e)
 380     {
 381       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 382               + e.getDescription();
 383     }
 384     return error;
 385   }
 386 }