src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SearchResults;
  24 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.jbgui.GFinder;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  29
  30 import java.awt.event.ActionEvent;
  31 import java.awt.event.KeyEvent;
  32 import java.util.Vector;
  33 import java.util.regex.Pattern;
  34 import java.util.regex.PatternSyntaxException;
  35
  36 import javax.swing.AbstractAction;
  37 import javax.swing.JComponent;
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JLayeredPane;
  40 import javax.swing.JOptionPane;
  41 import javax.swing.KeyStroke;
  42
  43 /**
  44  * Performs the menu option for searching the alignment, for the next or all
  45  * matches. If matches are found, they are highlighted, and the user has the
  46  * option to create a new feature on the alignment for the matched positions.
  47  *
  48  * Searches can be for a simple base sequence, or may use a regular expression.
  49  * Any gaps are ignored.
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class Finder extends GFinder
  55 {
  56   private static final int HEIGHT = 110;
  57
  58   private static final int WIDTH = 340;
  59
  60   AlignmentViewport av;
  61
  62   AlignmentPanel ap;
  63
  64   JInternalFrame frame;
  65
  66   int seqIndex = 0;
  67
  68   int resIndex = -1;
  69
  70   SearchResults searchResults;
  71
  72   /**
  73    * Creates a new Finder object with no associated viewport or panel.
  74    */
  75   public Finder()
  76   {
  77     this(null, null);
  78     focusfixed = false;
  79   }
  80
  81   /**
  82    * Constructor given an associated viewport and alignment panel. Constructs
  83    * and displays an internal frame where the user can enter a search string.
  84    *
  85    * @param viewport
  86    * @param alignPanel
  87    */
  88   public Finder(AlignmentViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
  89   {
  90     av = viewport;
  91     ap = alignPanel;
  92     focusfixed = true;
  93     frame = new JInternalFrame();
  94     frame.setContentPane(this);
  95     frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  96     addEscapeHandler();
  97     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager.getString("label.find"),
  98             WIDTH, HEIGHT);
  99
 100     textfield.requestFocus();
 101   }
 102
 103   /**
 104    * Add a handler for the Escape key when the window has focus
 105    */
 106   private void addEscapeHandler()
 107   {
 108     getRootPane().getInputMap(JComponent.WHEN_IN_FOCUSED_WINDOW).put(
 109             KeyStroke.getKeyStroke(KeyEvent.VK_ESCAPE, 0), "Cancel");
 110     getRootPane().getActionMap().put("Cancel", new AbstractAction()
 111     {
 112       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 113       {
 114         escapeActionPerformed();
 115       }
 116     });
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Close the panel on Escape key press
 121    */
 122   protected void escapeActionPerformed()
 123   {
 124     setVisible(false);
 125     frame.dispose();
 126   }
 127
 128   /**
 129    * Performs the 'Find Next' action.
 130    *
 131    * @param e
 132    */
 133   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
 134   {
 135     if (getFocusedViewport())
 136     {
 137       doSearch(false);
 138     }
 139   }
 140
 141   /**
 142    * Performs the 'Find All' action.
 143    *
 144    * @param e
 145    */
 146   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
 147   {
 148     if (getFocusedViewport())
 149     {
 150       resIndex = -1;
 151       seqIndex = 0;
 152       doSearch(true);
 153     }
 154   }
 155
 156   /**
 157    * do we only search a given alignment view ?
 158    */
 159   private boolean focusfixed;
 160
 161   /**
 162    * if !focusfixed and not in a desktop environment, checks that av and ap are
 163    * valid. Otherwise, gets the topmost alignment window and sets av and ap
 164    * accordingly
 165    *
 166    * @return false if no alignment window was found
 167    */
 168   boolean getFocusedViewport()
 169   {
 170     if (focusfixed || Desktop.desktop == null)
 171     {
 172       if (ap != null && av != null)
 173       {
 174         return true;
 175       }
 176       // we aren't in a desktop environment, so give up now.
 177       return false;
 178     }
 179     // now checks further down the window stack to fix bug
 180     // https://mantis.lifesci.dundee.ac.uk/view.php?id=36008
 181     JInternalFrame[] frames = Desktop.desktop.getAllFrames();
 182     for (int f = 0; f < frames.length; f++)
 183     {
 184       JInternalFrame frame = frames[f];
 185       if (frame != null && frame instanceof AlignFrame)
 186       {
 187         av = ((AlignFrame) frame).viewport;
 188         ap = ((AlignFrame) frame).alignPanel;
 189         return true;
 190       }
 191     }
 192     return false;
 193   }
 194
 195   /**
 196    * DOCUMENT ME!
 197    *
 198    * @param e
 199    *          DOCUMENT ME!
 200    */
 201   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)
 202   {
 203     SequenceI[] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 204     SequenceFeature[] features = new SequenceFeature[searchResults
 205             .getSize()];
 206
 207     for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i++)
 208     {
 209       seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i).getDatasetSequence();
 210
 211       features[i] = new SequenceFeature(textfield.getText().trim(),
 212               "Search Results", null, searchResults.getResultStart(i),
 213               searchResults.getResultEnd(i), "Search Results");
 214     }
 215
 216     if (ap.getSeqPanel().seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 217             features, true, ap))
 218     {
 219       ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 220       av.setShowSequenceFeatures(true);
 221       ap.highlightSearchResults(null);
 222     }
 223   }
 224
 225   /**
 226    * Search the alignment for the next or all matches. If 'all matches', a
 227    * dialog is shown with the number of sequence ids and subsequences matched.
 228    *
 229    * @param findAll
 230    */
 231   void doSearch(boolean findAll)
 232   {
 233     createNewGroup.setEnabled(false);
 234
 235     String searchString = textfield.getText().trim();
 236
 237     if (isInvalidSearchString(searchString))
 238     {
 239       return;
 240     }
 241     // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and
 242     // other stuff
 243     // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS,
 244     // descriptions, features
 245     jalview.analysis.Finder finder = new jalview.analysis.Finder(
 246             av.getAlignment(), av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 247     finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 248     finder.setIncludeDescription(searchDescription.isSelected());
 249
 250     finder.setFindAll(findAll);
 251
 252     finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 253
 254     seqIndex = finder.getSeqIndex();
 255     resIndex = finder.getResIndex();
 256
 257     searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex,
 258     // caseSensitive.isSelected(), )
 259     Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 260     boolean haveResults = false;
 261     // set or reset the GUI
 262     if ((idMatch.size() > 0))
 263     {
 264       haveResults = true;
 265       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(idMatch);
 266     }
 267     else
 268     {
 269       ap.getIdPanel().highlightSearchResults(null);
 270     }
 271
 272     if (searchResults.getSize() > 0)
 273     {
 274       haveResults = true;
 275       createNewGroup.setEnabled(true);
 276     }
 277     else
 278     {
 279       searchResults = null;
 280     }
 281
 282     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in
 283     // seqCanvas
 284     ap.highlightSearchResults(searchResults);
 285     // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or
 286     // 'SelectRegion' selection
 287     if (!haveResults)
 288     {
 289       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this,
 290               MessageManager.getString("label.finished_searching"), null,
 291               JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 292       resIndex = -1;
 293       seqIndex = 0;
 294     }
 295     else
 296     {
 297       if (findAll)
 298       {
 299         // then we report the matches that were found
 300         String message = (idMatch.size() > 0) ? "" + idMatch.size()
 301                 + " IDs" : "";
 302         if (searchResults != null)
 303         {
 304           if (idMatch.size() > 0 && searchResults.getSize() > 0)
 305           {
 306             message += " and ";
 307           }
 308           message += searchResults.getSize()
 309                   + " subsequence matches found.";
 310         }
 311         JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 312                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 313         resIndex = -1;
 314         seqIndex = 0;
 315       }
 316     }
 317
 318   }
 319
 320   /**
 321    * Displays an error dialog, and answers false, if the search string is
 322    * invalid, else answers true.
 323    *
 324    * @param searchString
 325    * @return
 326    */
 327   protected boolean isInvalidSearchString(String searchString)
 328   {
 329     String error = getSearchValidationError(searchString);
 330     if (error == null)
 331     {
 332       return false;
 333     }
 334     JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, error,
 335             MessageManager.getString("label.invalid_search"), // $NON-NLS-1$
 336             JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 337     return true;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Returns an error message string if the search string is invalid, else
 342    * returns null.
 343    *
 344    * Currently validation is limited to checking the string is not empty, and is
 345    * a valid regular expression (simple searches for base sub-sequences will
 346    * pass this test). Additional validations may be added in future if the
 347    * search syntax is expanded.
 348    *
 349    * @param searchString
 350    * @return
 351    */
 352   protected String getSearchValidationError(String searchString)
 353   {
 354     String error = null;
 355     if (searchString == null || searchString.length() == 0)
 356     {
 357       error = MessageManager.getString("label.invalid_search");
 358     }
 359     try
 360     {
 361       Pattern.compile(searchString);
 362     } catch (PatternSyntaxException e)
 363     {
 364       error = MessageManager.getString("error.invalid_regex") + ": "
 365               + e.getDescription();
 366     }
 367     return error;
 368   }
 369 }