Check hiddenSequence before placing in tmp
[jalview.git] / src / jalview / gui / Finder.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import java.awt.*;\r
26 import java.awt.event.*;\r
27 \r
28 import java.util.*;\r
29 \r
30 import javax.swing.*;\r
31 import javax.swing.event.*;\r
32 \r
33 \r
34 /**\r
35  * DOCUMENT ME!\r
36  *\r
37  * @author $author$\r
38  * @version $Revision$\r
39  */\r
40 public class Finder extends GFinder\r
41 {\r
42     AlignViewport av;\r
43     AlignmentPanel ap;\r
44     JInternalFrame frame;\r
45     int seqIndex = 0;\r
46     int resIndex = 0;\r
47 \r
48     SearchResults searchResults;\r
49 \r
50     /**\r
51      * Creates a new Finder object.\r
52      *\r
53      * @param av DOCUMENT ME!\r
54      * @param ap DOCUMENT ME!\r
55      * @param f DOCUMENT ME!\r
56      */\r
57     public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
58     {\r
59         this.av = av;\r
60         this.ap = ap;\r
61         frame = f;\r
62 \r
63         // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
64         // obtain the focus/////////////////////////\r
65         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
66             {\r
67                 public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
68                 {\r
69                     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
70                         {\r
71                             public void run()\r
72                             {\r
73                                 textfield.requestFocus();\r
74                             }\r
75                         });\r
76                 }\r
77             });\r
78     }\r
79 \r
80 \r
81     /**\r
82      * DOCUMENT ME!\r
83      *\r
84      * @param e DOCUMENT ME!\r
85      */\r
86     public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
87     {\r
88         doSearch(false);\r
89     }\r
90 \r
91     /**\r
92      * DOCUMENT ME!\r
93      *\r
94      * @param e DOCUMENT ME!\r
95      */\r
96     public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
97     {\r
98         resIndex = 0;\r
99         seqIndex = 0;\r
100         doSearch(true);\r
101     }\r
102 \r
103 \r
104     /**\r
105      * DOCUMENT ME!\r
106      *\r
107      * @param e DOCUMENT ME!\r
108      */\r
109     public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
110     {\r
111         JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");\r
112         JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());\r
113         JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
114         panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
115         panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
116 \r
117 \r
118         SequenceI [] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];\r
119         SequenceFeature [] features = new SequenceFeature[searchResults.getSize()];\r
120 \r
121 \r
122         for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
123         {\r
124             seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i).getDatasetSequence();\r
125 \r
126             features[i] = new SequenceFeature(textinput.getText(),\r
127                 "Search Results", null,\r
128                 searchResults.getResultStart(i),\r
129                 searchResults.getResultEnd(i),\r
130                "Search Results");\r
131         }\r
132 \r
133         if( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
134             .createNewFeatures(seqs, features))\r
135         {\r
136           ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
137           av.setShowSequenceFeatures(true);\r
138           ap.highlightSearchResults(null);\r
139         }\r
140     }\r
141 \r
142     /**\r
143      * DOCUMENT ME!\r
144      *\r
145      * @param findAll DOCUMENT ME!\r
146      */\r
147     void doSearch(boolean findAll)\r
148     {\r
149         createNewGroup.setEnabled(false);\r
150 \r
151         String searchString = textfield.getText().trim();\r
152         if(!caseSensitive.isSelected())\r
153           searchString = searchString.toUpperCase();\r
154 \r
155         if(searchString.length()<1)\r
156           return;\r
157 \r
158         com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
159 \r
160         searchResults = new SearchResults();\r
161 \r
162         Sequence seq;\r
163         String item = null;\r
164         boolean found = false;\r
165 \r
166         ////// is the searchString a residue number?\r
167         try\r
168         {\r
169             int res = Integer.parseInt(searchString);\r
170             found = true;\r
171             if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)\r
172             {\r
173               seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
174             }\r
175             else\r
176             {\r
177               seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
178             }\r
179 \r
180             searchResults.addResult(seq, res, res);\r
181         }\r
182         catch (NumberFormatException ex)\r
183         {\r
184         }\r
185 \r
186         ///////////////////////////////////////////////\r
187 \r
188         int end = av.alignment.getHeight();\r
189 \r
190         SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
191 \r
192         if (selection != null)\r
193         {\r
194             if ((selection.getSize(false) < 1) ||\r
195                     ((selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))\r
196             {\r
197                 selection = null;\r
198             }\r
199         }\r
200 \r
201         while (!found && (seqIndex < end))\r
202         {\r
203             seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
204 \r
205             if ((selection != null) && !selection.getSequences(false).contains(seq))\r
206             {\r
207                 seqIndex++;\r
208                 resIndex = 0;\r
209 \r
210                 continue;\r
211             }\r
212 \r
213             item = seq.getSequence();\r
214             if(!caseSensitive.isSelected())\r
215               item = item.toUpperCase();\r
216 \r
217             if ((selection != null) &&\r
218                     (selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth()-1))\r
219             {\r
220                 item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
221             }\r
222 \r
223             ///Shall we ignore gaps????\r
224             StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
225             int insertCount = 0;\r
226             Vector spaces = new Vector();\r
227 \r
228             for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
229             {\r
230                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
231                 {\r
232                     noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
233                     spaces.add(new Integer(insertCount));\r
234                 }\r
235                 else\r
236                 {\r
237                     insertCount++;\r
238                 }\r
239             }\r
240 \r
241             String noGaps = noGapsSB.toString();\r
242 \r
243             for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
244             {\r
245 \r
246                 if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
247                 {\r
248                     resIndex = regex.matchedFrom();\r
249 \r
250                     if ((selection != null) &&\r
251                             ((resIndex +\r
252                             Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString())) < selection.getStartRes()))\r
253                     {\r
254                         continue;\r
255                     }\r
256 \r
257 \r
258                     int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
259                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex)\r
260                                                    .toString()));\r
261                     int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
262                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo() -\r
263                                     1).toString()));\r
264 \r
265                     searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
266 \r
267                     if (!findAll)\r
268                     {\r
269                         // thats enough, break and display the result\r
270                         found = true;\r
271                         resIndex++;\r
272 \r
273                         break;\r
274                     }\r
275 \r
276                     r = resIndex;\r
277                 }\r
278                 else\r
279                 {\r
280                   break;\r
281                 }\r
282             }\r
283 \r
284             if (!found)\r
285             {\r
286                 seqIndex++;\r
287                 resIndex = 0;\r
288             }\r
289         }\r
290 \r
291         Vector idMatch = new Vector();\r
292 \r
293         for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
294         {\r
295             if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
296             {\r
297                 idMatch.add(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
298             }\r
299         }\r
300 \r
301         if ((searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))\r
302         {\r
303             ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
304         }\r
305 \r
306 \r
307         int resultSize = searchResults.getSize();\r
308 \r
309         if (searchResults.getSize() > 0)\r
310           createNewGroup.setEnabled(true);\r
311         else\r
312           searchResults = null;\r
313 \r
314         // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
315         ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
316 \r
317         if(!findAll && resultSize==0)\r
318         {\r
319             JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",\r
320                 null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
321             resIndex = 0;\r
322             seqIndex = 0;\r
323         }\r
324 \r
325         if (findAll)\r
326         {\r
327           String message = resultSize + " matches found.";\r
328           JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
329                                                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
330         }\r
331 \r
332     }\r
333 }\r