src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.gui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbgui.GFinder;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 import javax.swing.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import java.awt.*;\r
  29 \r
  30 public class Finder extends GFinder\r
  31 {\r
  32   AlignViewport av;\r
  33   AlignmentPanel ap;\r
  34   JInternalFrame frame;\r
  35   SuperGroup searchGroup;\r
  36   Vector searchResults;\r
  37 \r
  38   int seqIndex = 0;\r
  39   int resIndex = 0;\r
  40   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  41   {\r
  42     this.av = av;\r
  43     this.ap = ap;\r
  44     frame = f;\r
  45 \r
  46     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  47     // obtain the focus/////////////////////////\r
  48     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  49     {\r
  50       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  51       {\r
  52         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  53         {\r
  54           public void run()\r
  55           {   textfield.requestFocus();      }\r
  56        });\r
  57      }\r
  58 \r
  59      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  60      {\r
  61        cancel_actionPerformed(null);\r
  62      }\r
  63 });\r
  64 \r
  65   }\r
  66 \r
  67   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  68   {\r
  69     doSearch(false);\r
  70   }\r
  71 \r
  72   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  73   {\r
  74     doSearch(false);\r
  75   }\r
  76 \r
  77   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  78   {\r
  79     resIndex=0;\r
  80     seqIndex=0;\r
  81     doSearch(true);\r
  82   }\r
  83 \r
  84   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  85   {\r
  86     try{\r
  87       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  88       ap.highlightSearchResults( null );\r
  89       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  90      // frame.setClosed(true);\r
  91     }catch(Exception ex){ }\r
  92   }\r
  93 \r
  94 \r
  95   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  96   {\r
  97 \r
  98    Color [] newColors = new Color[24];\r
  99    for(int i=0; i<24; i++)\r
 100      newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 101 \r
 102    jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(newColors);\r
 103    String searchString = textfield.getText();\r
 104 \r
 105    searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 106 \r
 107 \r
 108     for(int i=0; i<searchResults.size(); i+=3)\r
 109     {\r
 110       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
 111       // account for this here\r
 112 \r
 113       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString()) );\r
 114       int startRes = seq.findIndex( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+1).toString()) )-1;\r
 115       int endRes = seq.findIndex(   Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+2).toString()) )-1;\r
 116 \r
 117       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false, startRes , endRes  );\r
 118       sg.addSequence(seq);\r
 119       av.alignment.addGroup(sg);\r
 120       searchGroup.addGroup( sg );\r
 121 \r
 122     }\r
 123 \r
 124     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 125     ap.highlightSearchResults( null );\r
 126   }\r
 127 \r
 128 \r
 129   void doSearch(boolean findAll)\r
 130   {\r
 131     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 132 \r
 133     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 134 \r
 135     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 136 \r
 137     searchResults = new Vector();\r
 138     int [] allResults = null;\r
 139 \r
 140     Sequence seq;\r
 141     String item=null;\r
 142     boolean found = false;\r
 143 \r
 144     ////// is the searchString a residue number?\r
 145     try{\r
 146       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 147       found = true;\r
 148 \r
 149       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 150         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 151       else\r
 152         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 153 \r
 154       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 155       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 156       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 157 \r
 158     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 159     ///////////////////////////////////////////////\r
 160 \r
 161 \r
 162 \r
 163     Color [] newColors = new Color[24];\r
 164     for(int i=0; i<24; i++)\r
 165       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 166 \r
 167     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(newColors);\r
 168 \r
 169     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 170 \r
 171     int end = av.alignment.getHeight();\r
 172 \r
 173     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 174     if(selection!=null)\r
 175      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 176       selection = null;\r
 177 \r
 178     while( !found && seqIndex<end)\r
 179     {\r
 180       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 181 \r
 182 \r
 183       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 184       {\r
 185         seqIndex++;\r
 186         resIndex=0;\r
 187         continue;\r
 188       }\r
 189 \r
 190       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 191 \r
 192       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 193           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 194 \r
 195       ///Shall we ignore gaps????\r
 196       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 197       int insertCount=0;\r
 198       Vector spaces = new Vector();\r
 199 \r
 200       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 201       {\r
 202 \r
 203         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 204          {\r
 205            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 206            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 207          }\r
 208         else\r
 209            insertCount++;\r
 210       }\r
 211 \r
 212 \r
 213 \r
 214       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 215       {\r
 216 \r
 217        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 218        {\r
 219          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 220          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 221            continue;\r
 222 \r
 223          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 224 \r
 225          int sres = seq.findPosition( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) );\r
 226          int eres = seq.findPosition( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) );\r
 227 \r
 228           searchResults.addElement( sres+"" );\r
 229           searchResults.addElement( eres+"" );\r
 230 \r
 231          if(!findAll)\r
 232          {\r
 233            // thats enough, break and display the result\r
 234            found = true;\r
 235            resIndex++;\r
 236            break;\r
 237          }\r
 238 \r
 239          r=resIndex;\r
 240        }\r
 241       }\r
 242       if(!found)\r
 243       {\r
 244         seqIndex++;\r
 245         resIndex = 0;\r
 246       }\r
 247     }\r
 248 \r
 249 \r
 250     Vector idMatch = new Vector();\r
 251     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 252     {\r
 253       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 254         idMatch.add( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 255     }\r
 256 \r
 257     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 258       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 259 \r
 260 \r
 261     if(searchResults.size()>0)\r
 262     {\r
 263       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 264       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 265         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 266 \r
 267       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 268     }\r
 269     else\r
 270     {\r
 271       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 272       resIndex=0;\r
 273       seqIndex=0;\r
 274     }\r
 275 \r
 276     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 277     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 278 \r
 279     if (findAll)\r
 280     {\r
 281       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 282       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 283                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 284     }\r
 285 \r
 286   }\r
 287 \r
 288 }\r