Format changes
[jalview.git] / src / jalview / gui / Finder.java
1 /*\r
2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
4  *\r
5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
9  *\r
10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
13  * GNU General Public License for more details.\r
14  *\r
15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
18  */\r
19 package jalview.gui;\r
20 \r
21 import jalview.datamodel.*;\r
22 \r
23 import jalview.jbgui.*;\r
24 \r
25 import java.awt.*;\r
26 import java.awt.event.*;\r
27 \r
28 import java.util.*;\r
29 \r
30 import javax.swing.*;\r
31 import javax.swing.event.*;\r
32 \r
33 \r
34 /**\r
35  * DOCUMENT ME!\r
36  *\r
37  * @author $author$\r
38  * @version $Revision$\r
39  */\r
40 public class Finder extends GFinder\r
41 {\r
42     AlignViewport av;\r
43     AlignmentPanel ap;\r
44     JInternalFrame frame;\r
45     int seqIndex = 0;\r
46     int resIndex = 0;\r
47 \r
48     SearchResults searchResults;\r
49 \r
50     /**\r
51      * Creates a new Finder object.\r
52      *\r
53      * @param av DOCUMENT ME!\r
54      * @param ap DOCUMENT ME!\r
55      * @param f DOCUMENT ME!\r
56      */\r
57     public Finder()\r
58     {\r
59       frame = new JInternalFrame();\r
60       frame.setContentPane(this);\r
61       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);\r
62       Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);\r
63 \r
64 \r
65         // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
66         // obtain the focus/////////////////////////\r
67         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
68             {\r
69                 public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
70                 {\r
71                     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
72                         {\r
73                             public void run()\r
74                             {\r
75                                 textfield.requestFocus();\r
76                             }\r
77                         });\r
78                 }\r
79             });\r
80     }\r
81 \r
82 \r
83     /**\r
84      * DOCUMENT ME!\r
85      *\r
86      * @param e DOCUMENT ME!\r
87      */\r
88     public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
89     {\r
90       if (getFocusedViewport())\r
91         doSearch(false);\r
92     }\r
93 \r
94     /**\r
95      * DOCUMENT ME!\r
96      *\r
97      * @param e DOCUMENT ME!\r
98      */\r
99     public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
100     {\r
101       if(getFocusedViewport())\r
102       {\r
103         resIndex = 0;\r
104         seqIndex = 0;\r
105         doSearch(true);\r
106       }\r
107     }\r
108 \r
109     boolean getFocusedViewport()\r
110     {\r
111       JInternalFrame frame = Desktop.desktop.getAllFrames()[1];\r
112 \r
113       if(frame!=null && frame instanceof AlignFrame)\r
114       {\r
115         av = ((AlignFrame)frame).viewport;\r
116         ap = ((AlignFrame)frame).alignPanel;\r
117         return true;\r
118       }\r
119       return false;\r
120     }\r
121 \r
122 \r
123     /**\r
124      * DOCUMENT ME!\r
125      *\r
126      * @param e DOCUMENT ME!\r
127      */\r
128     public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
129     {\r
130         JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");\r
131         JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());\r
132         JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
133         panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
134         panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
135 \r
136 \r
137         SequenceI [] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];\r
138         SequenceFeature [] features = new SequenceFeature[searchResults.getSize()];\r
139 \r
140 \r
141         for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
142         {\r
143             seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i).getDatasetSequence();\r
144 \r
145             features[i] = new SequenceFeature(textinput.getText(),\r
146                 "Search Results", null,\r
147                 searchResults.getResultStart(i),\r
148                 searchResults.getResultEnd(i),\r
149                "Search Results");\r
150         }\r
151 \r
152         if( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()\r
153             .createNewFeatures(seqs, features))\r
154         {\r
155           ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
156           av.setShowSequenceFeatures(true);\r
157           ap.highlightSearchResults(null);\r
158         }\r
159     }\r
160 \r
161     /**\r
162      * DOCUMENT ME!\r
163      *\r
164      * @param findAll DOCUMENT ME!\r
165      */\r
166     void doSearch(boolean findAll)\r
167     {\r
168         createNewGroup.setEnabled(false);\r
169 \r
170         String searchString = textfield.getText().trim();\r
171         if(!caseSensitive.isSelected())\r
172           searchString = searchString.toUpperCase();\r
173 \r
174         if(searchString.length()<1)\r
175           return;\r
176 \r
177         com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
178 \r
179         searchResults = new SearchResults();\r
180 \r
181         Sequence seq;\r
182         String item = null;\r
183         boolean found = false;\r
184 \r
185         ////// is the searchString a residue number?\r
186         try\r
187         {\r
188             int res = Integer.parseInt(searchString);\r
189             found = true;\r
190             if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize(false) < 1)\r
191             {\r
192               seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
193             }\r
194             else\r
195             {\r
196               seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
197             }\r
198 \r
199             searchResults.addResult(seq, res, res);\r
200         }\r
201         catch (NumberFormatException ex)\r
202         {\r
203         }\r
204 \r
205         ///////////////////////////////////////////////\r
206 \r
207         int end = av.alignment.getHeight();\r
208 \r
209         SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
210 \r
211         if (selection != null)\r
212         {\r
213             if ((selection.getSize(false) < 1) ||\r
214                     ((selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))\r
215             {\r
216                 selection = null;\r
217             }\r
218         }\r
219 \r
220         while (!found && (seqIndex < end))\r
221         {\r
222             seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
223 \r
224             if ((selection != null) && !selection.getSequences(false).contains(seq))\r
225             {\r
226                 seqIndex++;\r
227                 resIndex = 0;\r
228 \r
229                 continue;\r
230             }\r
231 \r
232             item = seq.getSequence();\r
233             if(!caseSensitive.isSelected())\r
234               item = item.toUpperCase();\r
235 \r
236             if ((selection != null) &&\r
237                     (selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth()-1))\r
238             {\r
239                 item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
240             }\r
241 \r
242             ///Shall we ignore gaps????\r
243             StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
244             int insertCount = 0;\r
245             Vector spaces = new Vector();\r
246 \r
247             for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
248             {\r
249                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
250                 {\r
251                     noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
252                     spaces.add(new Integer(insertCount));\r
253                 }\r
254                 else\r
255                 {\r
256                     insertCount++;\r
257                 }\r
258             }\r
259 \r
260             String noGaps = noGapsSB.toString();\r
261 \r
262             for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
263             {\r
264 \r
265                 if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
266                 {\r
267                     resIndex = regex.matchedFrom();\r
268 \r
269                     if ((selection != null) &&\r
270                             ((resIndex +\r
271                             Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString())) < selection.getStartRes()))\r
272                     {\r
273                         continue;\r
274                     }\r
275 \r
276 \r
277                     int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
278                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex)\r
279                                                    .toString()));\r
280                     int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
281                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo() -\r
282                                     1).toString()));\r
283 \r
284                     searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
285 \r
286                     if (!findAll)\r
287                     {\r
288                         // thats enough, break and display the result\r
289                         found = true;\r
290                         resIndex++;\r
291 \r
292                         break;\r
293                     }\r
294 \r
295                     r = resIndex;\r
296                 }\r
297                 else\r
298                 {\r
299                   break;\r
300                 }\r
301             }\r
302 \r
303             if (!found)\r
304             {\r
305                 seqIndex++;\r
306                 resIndex = 0;\r
307             }\r
308         }\r
309 \r
310         Vector idMatch = new Vector();\r
311 \r
312         for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
313         {\r
314             if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
315             {\r
316                 idMatch.add(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
317             }\r
318         }\r
319 \r
320         if ((searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))\r
321         {\r
322             ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
323         }\r
324 \r
325 \r
326         int resultSize = searchResults.getSize();\r
327 \r
328         if (searchResults.getSize() > 0)\r
329           createNewGroup.setEnabled(true);\r
330         else\r
331           searchResults = null;\r
332 \r
333         // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
334         ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
335 \r
336         if(!findAll && resultSize==0)\r
337         {\r
338             JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",\r
339                 null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
340             resIndex = 0;\r
341             seqIndex = 0;\r
342         }\r
343 \r
344         if (findAll)\r
345         {\r
346           String message = resultSize + " matches found.";\r
347           JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
348                                                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
349         }\r
350 \r
351     }\r
352 }\r