src/jalview/gui/Finder.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.jbgui.GFinder;\r
   4 import jalview.datamodel.*;\r
   5 import java.awt.event.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import javax.swing.event.*;\r
   8 import java.util.*;\r
   9 import java.awt.*;\r
  10 \r
  11 public class Finder extends GFinder\r
  12 {\r
  13   AlignViewport av;\r
  14   AlignmentPanel ap;\r
  15   JInternalFrame frame;\r
  16   String searchString;\r
  17   SuperGroup searchGroup;\r
  18 \r
  19   int seqIndex = 0;\r
  20   int resIndex = 0;\r
  21   public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  22   {\r
  23     this.av = av;\r
  24     this.ap = ap;\r
  25     frame = f;\r
  26 \r
  27     // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  28     // obtain the focus/////////////////////////\r
  29     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  30     {\r
  31       public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  32       {\r
  33         SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  34         {\r
  35           public void run()\r
  36           {   textfield.requestFocus();      }\r
  37        });\r
  38      }\r
  39 \r
  40      public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  41      {\r
  42        cancel_actionPerformed(null);\r
  43      }\r
  44 });\r
  45 \r
  46   }\r
  47 \r
  48   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  49   {\r
  50     doSearch(false);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  54   {\r
  55     doSearch(false);\r
  56   }\r
  57 \r
  58   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  59   {\r
  60     resIndex=0;\r
  61     seqIndex=0;\r
  62     doSearch(true);\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  66   {\r
  67     try{\r
  68       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  69       ap.highlightSearchResults( null );\r
  70      // frame.setClosed(true);\r
  71     }catch(Exception ex){ }\r
  72   }\r
  73 \r
  74 \r
  75   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  76   {\r
  77     for(int i=0; i<searchGroup.getSize(); i++)\r
  78       av.alignment.addGroup( searchGroup.getGroupeAt(i));\r
  79 \r
  80     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
  81     ap.highlightSearchResults( null );\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   void doSearch(boolean findAll)\r
  86   {\r
  87     createNewGroup.setEnabled(false);\r
  88     searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
  89 \r
  90     ArrayList searchResults = new ArrayList();\r
  91     int [] allResults = null;\r
  92 \r
  93     Sequence seq;\r
  94     String item=null;\r
  95     boolean found = false;\r
  96 \r
  97     ////// is the searchString a residue number?\r
  98     try{\r
  99       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 100       found = true;\r
 101 \r
 102       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 103         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 104       else\r
 105         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 106 \r
 107       searchResults.add( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 108       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 109       searchResults.add( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 110 \r
 111     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 112     ///////////////////////////////////////////////\r
 113 \r
 114 \r
 115     jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme();\r
 116     Color [] newColors = new Color[24];\r
 117     for(int i=0; i<24; i++)\r
 118       newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
 119 \r
 120     ucs.setColourScheme(newColors);\r
 121 \r
 122     searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
 123 \r
 124     int end = av.alignment.getHeight();\r
 125 \r
 126     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 127     if(selection!=null)\r
 128      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 129       selection = null;\r
 130 \r
 131     while( !found && seqIndex<end)\r
 132     {\r
 133       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 134 \r
 135 \r
 136       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 137       {\r
 138         seqIndex++;\r
 139         resIndex=0;\r
 140         continue;\r
 141       }\r
 142 \r
 143       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 144 \r
 145       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 146           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 147 \r
 148       ///Shall we ignore gaps????\r
 149       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 150       int insertCount=0;\r
 151       ArrayList spaces = new ArrayList();\r
 152 \r
 153       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 154       {\r
 155 \r
 156         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 157          {\r
 158            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 159            spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 160          }\r
 161         else\r
 162            insertCount++;\r
 163       }\r
 164 \r
 165 \r
 166       com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 167 \r
 168       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 169       {\r
 170 \r
 171        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 172        {\r
 173          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 174          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 175            continue;\r
 176 \r
 177          searchResults.add( Integer.toString( seqIndex) );\r
 178          searchResults.add( Integer.toString( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ) );\r
 179          searchResults.add( Integer.toString( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString()) ) );\r
 180 \r
 181          SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false,\r
 182                                              resIndex+ Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString()) ,\r
 183                                       regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.get(regex.matchedTo()-1).toString())\r
 184             );\r
 185          sg.addSequence((Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(seqIndex));\r
 186          searchGroup.addGroup( sg );\r
 187 \r
 188          if(!findAll)\r
 189          {\r
 190            // thats enough, break and display the result\r
 191            found = true;\r
 192            resIndex++;\r
 193            break;\r
 194          }\r
 195 \r
 196          r=resIndex;\r
 197        }\r
 198       }\r
 199       if(!found)\r
 200       {\r
 201         seqIndex++;\r
 202         resIndex = 0;\r
 203       }\r
 204     }\r
 205 \r
 206     if(searchResults.size()>0)\r
 207     {\r
 208       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 209       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 210         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.get(i).toString());\r
 211 \r
 212       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 213     }\r
 214     else\r
 215     {\r
 216       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching", null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 217       resIndex=0;\r
 218       seqIndex=0;\r
 219     }\r
 220 \r
 221     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 222     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 223 \r
 224     if (findAll)\r
 225     {\r
 226       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 227       JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 228                                             JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 229     }\r
 230 \r
 231   }\r
 232 \r
 233 }\r