src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import jalview.datamodel.*;
  22
  23 import jalview.jbgui.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import java.util.*;
  29
  30 import javax.swing.*;
  31 import javax.swing.event.*;
  32
  33
  34 /**
  35  * DOCUMENT ME!
  36  *
  37  * @author $author$
  38  * @version $Revision$
  39  */
  40 public class Finder extends GFinder
  41 {
  42     AlignViewport av;
  43     AlignmentPanel ap;
  44     JInternalFrame frame;
  45     int seqIndex = 0;
  46     int resIndex = 0;
  47
  48     SearchResults searchResults;
  49
  50     /**
  51      * Creates a new Finder object.
  52      *
  53      * @param av DOCUMENT ME!
  54      * @param ap DOCUMENT ME!
  55      * @param f DOCUMENT ME!
  56      */
  57     public Finder()
  58     {
  59       frame = new JInternalFrame();
  60       frame.setContentPane(this);
  61       frame.setLayer(JLayeredPane.PALETTE_LAYER);
  62       Desktop.addInternalFrame(frame, "Find", 340, 110);
  63
  64       textfield.requestFocus();
  65     }
  66
  67
  68     /**
  69      * DOCUMENT ME!
  70      *
  71      * @param e DOCUMENT ME!
  72      */
  73     public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)
  74     {
  75       if (getFocusedViewport())
  76         doSearch(false);
  77     }
  78
  79     /**
  80      * DOCUMENT ME!
  81      *
  82      * @param e DOCUMENT ME!
  83      */
  84     public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)
  85     {
  86       if(getFocusedViewport())
  87       {
  88         resIndex = 0;
  89         seqIndex = 0;
  90         doSearch(true);
  91       }
  92     }
  93
  94     boolean getFocusedViewport()
  95     {
  96       JInternalFrame frame = Desktop.desktop.getAllFrames()[1];
  97
  98       if(frame!=null && frame instanceof AlignFrame)
  99       {
 100         av = ((AlignFrame)frame).viewport;
 101         ap = ((AlignFrame)frame).alignPanel;
 102         return true;
 103       }
 104       return false;
 105     }
 106
 107
 108     /**
 109      * DOCUMENT ME!
 110      *
 111      * @param e DOCUMENT ME!
 112      */
 113     public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)
 114     {
 115         JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");
 116         JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());
 117         JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());
 118         panel.add(label, BorderLayout.NORTH);
 119         panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);
 120
 121
 122         SequenceI [] seqs = new SequenceI[searchResults.getSize()];
 123         SequenceFeature [] features = new SequenceFeature[searchResults.getSize()];
 124
 125
 126         for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )
 127         {
 128             seqs[i] = searchResults.getResultSequence(i).getDatasetSequence();
 129
 130             features[i] = new SequenceFeature(textinput.getText(),
 131                 "Search Results", null,
 132                 searchResults.getResultStart(i),
 133                 searchResults.getResultEnd(i),
 134                "Search Results");
 135         }
 136
 137         if( ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer()
 138             .createNewFeatures(seqs, features))
 139         {
 140           ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);
 141           av.setShowSequenceFeatures(true);
 142           ap.highlightSearchResults(null);
 143         }
 144     }
 145
 146     /**
 147      * DOCUMENT ME!
 148      *
 149      * @param findAll DOCUMENT ME!
 150      */
 151     void doSearch(boolean findAll)
 152     {
 153         createNewGroup.setEnabled(false);
 154
 155         String searchString = textfield.getText().trim();
 156
 157         if(searchString.length()<1)
 158           return;
 159         // TODO: extend finder to match descriptions, features and annotation, and other stuff
 160         // TODO: add switches to control what is searched - sequences, IDS, descriptions, features
 161         jalview.analysis.Finder finder=new jalview.analysis.Finder(av.alignment, av.getSelectionGroup(), seqIndex, resIndex);
 162         finder.setCaseSensitive(caseSensitive.isSelected());
 163         finder.setFindAll(findAll);
 164
 165         finder.find(searchString); // returns true if anything was actually found
 166
 167         seqIndex=finder.getSeqIndex();
 168         resIndex=finder.getResIndex();
 169
 170         searchResults = finder.getSearchResults(); // find(regex, caseSensitive.isSelected(), )
 171         Vector idMatch = finder.getIdMatch();
 172         // set or reset the GUI
 173         if ((searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))
 174         {
 175             ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);
 176         }
 177
 178
 179         int resultSize = searchResults.getSize();
 180
 181         if (searchResults.getSize() > 0)
 182           createNewGroup.setEnabled(true);
 183         else
 184           searchResults = null;
 185
 186         // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas
 187         ap.highlightSearchResults(searchResults);
 188         // TODO: add enablers for 'SelectSequences' or 'SelectColumns' or 'SelectRegion' selection
 189         if(!findAll && resultSize==0)
 190         {
 191             JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",
 192                 null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 193             resIndex = 0;
 194             seqIndex = 0;
 195         }
 196
 197         if (findAll)
 198         {
 199           String message = resultSize + " matches found.";
 200           JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,
 201                                                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);
 202         }
 203
 204     }
 205 }