src/jalview/gui/Finder.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 import javax.swing.event.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class Finder extends GFinder\r
  41 {\r
  42     AlignViewport av;\r
  43     AlignmentPanel ap;\r
  44     JInternalFrame frame;\r
  45     int seqIndex = 0;\r
  46     int resIndex = 0;\r
  47 \r
  48     SearchResults searchResults;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new Finder object.\r
  52      *\r
  53      * @param av DOCUMENT ME!\r
  54      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  55      * @param f DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public Finder(AlignViewport av, AlignmentPanel ap, JInternalFrame f)\r
  58     {\r
  59         this.av = av;\r
  60         this.ap = ap;\r
  61         frame = f;\r
  62 \r
  63         // all a big pain, but we need to wait until the frame is visible before the textfield can\r
  64         // obtain the focus/////////////////////////\r
  65         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  66             {\r
  67                 public void internalFrameOpened(InternalFrameEvent evt)\r
  68                 {\r
  69                     SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()\r
  70                         {\r
  71                             public void run()\r
  72                             {\r
  73                                 textfield.requestFocus();\r
  74                             }\r
  75                         });\r
  76                 }\r
  77             });\r
  78     }\r
  79 \r
  80 \r
  81     /**\r
  82      * DOCUMENT ME!\r
  83      *\r
  84      * @param e DOCUMENT ME!\r
  85      */\r
  86     public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  87     {\r
  88         doSearch(false);\r
  89     }\r
  90 \r
  91     /**\r
  92      * DOCUMENT ME!\r
  93      *\r
  94      * @param e DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  97     {\r
  98         resIndex = 0;\r
  99         seqIndex = 0;\r
 100         doSearch(true);\r
 101     }\r
 102 \r
 103 \r
 104     /**\r
 105      * DOCUMENT ME!\r
 106      *\r
 107      * @param e DOCUMENT ME!\r
 108      */\r
 109     public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 110     {\r
 111         JLabel label = new JLabel("Enter name of new sequence feature");\r
 112         JTextField textinput = new JTextField(textfield.getText());\r
 113         JPanel panel = new JPanel(new BorderLayout());\r
 114         panel.add(label, BorderLayout.NORTH);\r
 115         panel.add(textinput, BorderLayout.SOUTH);\r
 116 \r
 117          int reply = JOptionPane.showInternalConfirmDialog(Desktop.desktop,\r
 118             panel, "New Sequence Feature Name",\r
 119           JOptionPane.OK_CANCEL_OPTION );\r
 120 \r
 121          if(reply != JOptionPane.OK_OPTION)\r
 122            return;\r
 123 \r
 124         for (int i = 0; i < searchResults.getSize(); i ++ )\r
 125         {\r
 126             SequenceI seq = searchResults.getResultSequence(i);\r
 127 \r
 128             SequenceFeature sf = new SequenceFeature(textinput.getText(),\r
 129                 "Search Results", null,\r
 130                 searchResults.getResultStart(i),\r
 131                searchResults.getResultEnd(i));\r
 132 \r
 133             ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().addNewFeature(\r
 134                 textinput.getText(), new Color(60,160,115));\r
 135 \r
 136             seq.getDatasetSequence().addSequenceFeature(sf);\r
 137         }\r
 138 \r
 139         ap.alignFrame.showSeqFeatures.setSelected(true);\r
 140         av.showSequenceFeatures(true);\r
 141         ap.highlightSearchResults(null);\r
 142     }\r
 143 \r
 144     /**\r
 145      * DOCUMENT ME!\r
 146      *\r
 147      * @param findAll DOCUMENT ME!\r
 148      */\r
 149     void doSearch(boolean findAll)\r
 150     {\r
 151         createNewGroup.setEnabled(false);\r
 152 \r
 153         String searchString = textfield.getText().toUpperCase().trim();\r
 154         if(searchString.length()<1)\r
 155           return;\r
 156 \r
 157         com.stevesoft.pat.Regex regex = new com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 158 \r
 159         searchResults = new SearchResults();\r
 160 \r
 161         Sequence seq;\r
 162         String item = null;\r
 163         boolean found = false;\r
 164 \r
 165         ////// is the searchString a residue number?\r
 166         try\r
 167         {\r
 168             int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 169             found = true;\r
 170             if (av.getSelectionGroup() == null || av.getSelectionGroup().getSize() < 1)\r
 171             {\r
 172               seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 173             }\r
 174             else\r
 175             {\r
 176               seq = (Sequence) (av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 177             }\r
 178 \r
 179             searchResults.addResult(seq, res, res);\r
 180         }\r
 181         catch (NumberFormatException ex)\r
 182         {\r
 183         }\r
 184 \r
 185         ///////////////////////////////////////////////\r
 186         Color[] newColors = new Color[24];\r
 187 \r
 188         for (int i = 0; i < 24; i++)\r
 189         {\r
 190             newColors[i] = new Color(60, 160, 115);\r
 191         }\r
 192 \r
 193         jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(newColors);\r
 194 \r
 195       //SG  searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs, true, true, false);\r
 196 \r
 197         int end = av.alignment.getHeight();\r
 198 \r
 199         SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 200 \r
 201         if (selection != null)\r
 202         {\r
 203             if ((selection.getSize() < 1) ||\r
 204                     ((selection.getEndRes() - selection.getStartRes()) < 2))\r
 205             {\r
 206                 selection = null;\r
 207             }\r
 208         }\r
 209 \r
 210         while (!found && (seqIndex < end))\r
 211         {\r
 212             seq = (Sequence) av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 213 \r
 214             if ((selection != null) && !selection.sequences.contains(seq))\r
 215             {\r
 216                 seqIndex++;\r
 217                 resIndex = 0;\r
 218 \r
 219                 continue;\r
 220             }\r
 221 \r
 222             item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 223 \r
 224             if ((selection != null) &&\r
 225                     (selection.getEndRes() < av.alignment.getWidth()-1))\r
 226             {\r
 227                 item = item.substring(0, selection.getEndRes() + 1);\r
 228             }\r
 229 \r
 230             ///Shall we ignore gaps????\r
 231             StringBuffer noGapsSB = new StringBuffer();\r
 232             int insertCount = 0;\r
 233             Vector spaces = new Vector();\r
 234 \r
 235             for (int j = 0; j < item.length(); j++)\r
 236             {\r
 237                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 238                 {\r
 239                     noGapsSB.append(item.charAt(j));\r
 240                     spaces.add(new Integer(insertCount));\r
 241                 }\r
 242                 else\r
 243                 {\r
 244                     insertCount++;\r
 245                 }\r
 246             }\r
 247 \r
 248             String noGaps = noGapsSB.toString();\r
 249 \r
 250             for (int r = resIndex; r < noGaps.length(); r++)\r
 251             {\r
 252 \r
 253                 if (regex.searchFrom(noGaps, r))\r
 254                 {\r
 255                     resIndex = regex.matchedFrom();\r
 256 \r
 257                     if ((selection != null) &&\r
 258                             ((resIndex +\r
 259                             Integer.parseInt(spaces.get(resIndex).toString())) < selection.getStartRes()))\r
 260                     {\r
 261                         continue;\r
 262                     }\r
 263 \r
 264 \r
 265                     int sres = seq.findPosition(resIndex +\r
 266                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex)\r
 267                                                    .toString()));\r
 268                     int eres = seq.findPosition(regex.matchedTo() - 1 +\r
 269                             Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo() -\r
 270                                     1).toString()));\r
 271 \r
 272                     searchResults.addResult(seq, sres, eres);\r
 273 \r
 274                     if (!findAll)\r
 275                     {\r
 276                         // thats enough, break and display the result\r
 277                         found = true;\r
 278                         resIndex++;\r
 279 \r
 280                         break;\r
 281                     }\r
 282 \r
 283                     r = resIndex;\r
 284                 }\r
 285                 else\r
 286                 {\r
 287                   break;\r
 288                 }\r
 289             }\r
 290 \r
 291             if (!found)\r
 292             {\r
 293                 seqIndex++;\r
 294                 resIndex = 0;\r
 295             }\r
 296         }\r
 297 \r
 298         Vector idMatch = new Vector();\r
 299 \r
 300         for (int id = 0; id < av.alignment.getHeight(); id++)\r
 301         {\r
 302             if (regex.search(av.alignment.getSequenceAt(id).getName()))\r
 303             {\r
 304                 idMatch.add(av.alignment.getSequenceAt(id));\r
 305             }\r
 306         }\r
 307 \r
 308         if ((searchResults.getSize() == 0) && (idMatch.size() > 0))\r
 309         {\r
 310             ap.idPanel.highlightSearchResults(idMatch);\r
 311         }\r
 312 \r
 313 \r
 314         int resultSize = searchResults.getSize();\r
 315 \r
 316         if (searchResults.getSize() > 0)\r
 317           createNewGroup.setEnabled(true);\r
 318         else\r
 319           searchResults = null;\r
 320 \r
 321         // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 322         ap.highlightSearchResults(searchResults);\r
 323 \r
 324         if(!findAll && resultSize==0)\r
 325         {\r
 326             JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, "Finished searching",\r
 327                 null, JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 328             resIndex = 0;\r
 329             seqIndex = 0;\r
 330         }\r
 331 \r
 332         if (findAll)\r
 333         {\r
 334           String message = resultSize + " matches found.";\r
 335           JOptionPane.showInternalMessageDialog(this, message, null,\r
 336                                                 JOptionPane.INFORMATION_MESSAGE);\r
 337         }\r
 338 \r
 339     }\r
 340 }\r